Liste d'agents pathogènes touchant les humains
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Cette page est une Liste d'agents pathogènes touchant les humains, qui sont des agents qui causent infection qui est un états pathologiques créant des maladies infectieuses chez de homme (Homo sapiens; 1er décrit 1758 par Carl Linnæus[1] (1707 - 1778[2]) [nb 1]. Cette liste est à l'inclusion de: bactérie[7] (A-H K-P R-V Y), champignon[7] (BC EF H LMN P RST), moisissure[8] (champignon microscopique[9]) (C EF P S U), parasite[7],[10] (A-H L-P ST W), (helminthe[11] - némathelminthe[12], mouche[13] (O), protozoaire[11], amibe[14] (AB E N S)), prion[7],[10] (P), et virus[7],[10] (A-P RST VW YZ).
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Humain[modifier | modifier le code]
Infection[modifier | modifier le code]
A[modifier | modifier le code]
- Absettarov[15],[nb 2] → Flaviviridae[19]
- Absidia corymbifera [nb 3] (Absidia ramosa, Mycocladus corymbiferus) → Lichtheimia[28],[29]
- Acanthamoebidae (FAMILLE)[30] [nb 4]
- Achromobacter[23] → Alcaligenaceae[43]
- Acremonium (de en es) (GENRE[44]) spp. (ESPÈCES:7 [45] +2[46] (de 150)[47]) (moisissures) RÉGNE:Fungi FAMILLE:Hypocreaceae PHYLUM:Ascomycota[44]
- traitement: voriconazole (egyptiacum & sclerotigenum)[46]: un Triazole (2e génération; c. année 2002)[48]
- alabamensis[45]: cas d'infection humaine, 2014 (1,3-7,9)[49]
- egyptiacum: plus fréquemment impliquée en pathologie humaine, 2015 (2 & 8)[46]
- falciforme[45] (3)[49]
- kiliense[45] (syn. Sarocladium kiliense[50] FAMILLE:Sarocladiaceae PHYLUM:Ascomycota[51]) (4)[49]
- potronii[45] (5)[49]
- recifei[45] (6)[49]
- roseo-griseum[45] (7)[49]
- sclerotigenum (8)[46]
- strictum[45] (9)[49]
- traitement: voriconazole (egyptiacum & sclerotigenum)[46]: un Triazole (2e génération; c. année 2002)[48]
- Actinobacillus actinomycetemcomitans[32] (syn. Aggregatibacter actinomycetemcomitans[15]) → Pasteurellaceae[52]
- Actinomadura[15] → Thermomonosporaceae[53],[54]
- Actinomyces[15] (microbiote de l'homme dans un état normal: ESPÈCES:26)[55]
- Adenoviridae (FAMILLE)[15]
- Mastadenovirus[62]
- Les adénovirus[63]: CtRb classe 2[19] (agents pathogènes humains: 57 sérotypes)[64],[65]
- Mastadenovirus[62]
- Aerococcaceae[74]
- Aerococcus[23] (GENUS 1953[75]) (cocci[74])
- christensenii[76] [nb 11] (Nomenclature bactérienne: CCUG 28831T[78],[79])
- maladie: endocardite[80]
- sanguinicola (en)[81] [nb 12]
- traitement: Bêtalactamines, Cotrimoxazole, Glycopeptides[82]
- urinae (en)[81] [nb 13]
- traitement: Bêtalactamines, Fosfomycine, Glycopeptides[82]
- urinaehominis[83]
- viridans[81] (en) [nb 14] dans l'air des chambres[84]
- christensenii[76] [nb 11] (Nomenclature bactérienne: CCUG 28831T[78],[79])
- Aerococcus[23] (GENUS 1953[75]) (cocci[74])
- Aeromonas[23] (bacille)[85]
- Água Preta[96] [nb 16] Herpesviridae[98]
- virus Aichi[15] [nb 17] → Picornaviridae[100]
- Acinetobacter (bactéries[101]) → Moraxellaceae[102]
- Alcaligenaceae[103]
- Alternaria[23]
- Alteromonas[23]
- Anaplasmataceae (FAMILLE) (ORDRE Rickettsiales)[120],[121]
- Anaplasma[15]
- maladie: anaplasmose granulocytaire[122]
- traitement: doxycycline, tétracycline, rifampicine[122]
- vecteur: Ixodes scapularis, Ixodes pacificus (aussi →[122] Borrelia burgdorferi)[122],[15]
- Ehrlichia[15] (α-protéobactérie)[125] CtRb classe 2[19]
- Anaplasma[15]
- Ancylostomatidae (FAMILLE)[134]
- Ancylostoma duodenale (parasite)[32] [nb 24]
- Angiostrongylus (parasite[32],[136])
- maladie: angiostrongylose[137]
- cantonensis[136],[23]
- costaricensis[32]
- maladie: angiostrongylose[137]
- Anisakidé (FAMILLE)[138]
- Apoi → Flavivirus[140]
- Araguari[96] [nb 25] proposé comme[143] Orthomyxoviridae (familia)[144]
- Arbovirus[145] (Alphavirus cohortis[15])
- maladie: encéphalite équine de l'Est[146]
- à tiques[15]
- maladie: neurotrope[147]
- sous type d’Europe centrale[15],[148] Flaviviridae[32] (avec Hanzalova, Hypr, Kumlinge, Neudoerfl : tout virus encéphalitique transmis par les tiques - sous-type européen)[149]
- sous type de Pacifique-Orient[15]
- sous type sibérien[15]
- Arcanobacterium (en de)
- Arcobacter (en it) (GENRE): ESPÈCES (4) sont connues (2016) comme infectantes[153]
- Arenaviridae[19] [nb 27]
- Mammarenavirus (cohortis)[15],[155],[156] (arénavirus de l'Ancien Monde[32],[157])
- complexes
- chorioméningite lymphocytaire-Lassa[32] souches neurotropes[32]: CtRb classe 3[19], autres souches[32]: CtRb classe 2[19]
- CML[158] (chorioméningite lymphocytaire[32]) [nb 28]
- Dandenong[158]
- Gbagroube[158]
- Ippy[158]
- Kodoko[158]
- Lassa[160] [nb 29]: CtRb classe 4[19]
- réservoir: Mastomys natalensis d'Afrique de l’Ouest: Sierra Leone, Liberia, Guinée, Nigéria[156]
- maladie: fièvre de[161] [nb 30]
- Josiah (prototype souche)[162]
- Lujo[15],[163]
- Menekre[158]
- Mérino Walk[158]
- Mobala[15],[164]: CtRb 2[165]
- Mopeia (en)[15]: CtRb classe 2[19]
- Morogoro[158]
- tacaribe (arénavirus du Nouveau Monde[32],[157])[166],[167],[168]
- Clade[169] A[170],[169]
- Clade[169] B[170],[172]
- Chapare[15] provoquer des fièvres hémorragiques (pfh)[173]
- Guanarito[174],[167] (pfh)[173]: CtRb classe 4[19]
- vecteur: zoonotique: rongeur, nosocomial[167]
- Junin[174],[167] (pfh)[173]: CtRb classe 4[19]
- Machupo[32],[167] (pfh)[173]: CtRb classe 4[19]
- Sabiá[174],[167] (pfh)[173]: CtRb classe 4[19]
- Tacaribe[175],[166] [nb 31]: CtRb 2[165]
- chorioméningite lymphocytaire-Lassa[32] souches neurotropes[32]: CtRb classe 3[19], autres souches[32]: CtRb classe 2[19]
- complexes
- Mammarenavirus (cohortis)[15],[155],[156] (arénavirus de l'Ancien Monde[32],[157])
- Ascaris (parasite[177],[32])
- Aspergillus (champignons[15])
- Astrovirus[181] (Astroviridae (familia)[15] [nb 32]: CtRb classe 2[19]
- Aureobasidium pullulans[183] [nb 33] → Dothioraceae (FAMILLE)[183]
- Avulavirus (cohortis)[15] → Paramyxoviridae[185]
B[modifier | modifier le code]
- Babesia (protozoaire[186]) (GENRE)[187]
- traitement: base d'azithromycine associée à de l'atovaquone / quinine associée à de la clindamycine[188]
- canis[186]
- caucasica (synonyme: B.bovis, Hoare)[186]
- vecteur: alimentation de tique[186] Ixodes scapularis, I. pacificus[189]
- agence: pénétration des érythrocytes - réplique asexuée internes les globules rouges[186]
- divergens (parasite)[15]
- vecteur: I. ricinus (tique)[186]
- duncani[186]
- microti (parasite)[15]
- vecteur: alimentation de tiques, transfusion sanguine[186]
- Bacillus anthracis[15] CtRb classe 3[19]
- cause de: maladie du charbon[190]
- agent: l'endospores[191],[192]
- réservoir naturelle[192]: animaux sauvages et domestiques qui broutent[191]
- vecteur:
- zoonotique[193]
- non-contagieux naturelle sauf[194] dans de rares cas[194],[191]
- contact cutané[194]
- à l’injection de drogues (diamorphine, diacétylmorphine) contaminées[191]
- le matériel de guerre - l' agression / inhalation[191], par exemple courrier contaminé[195]
- Bacteroides[15] (GENRE)[196]
- caccae[196]
- coagulans[196]
- coprocola[196]
- eggerthii[196]
- fragilis (de en it)[15],[197],[198] [nb 34] (bacille gram-négatif anaérobie[200]) CtRb classe 2[19]
- massiliensis[196]
- nordi[196]
- ovatus[196]
- plebeius[196]
- pyogenes[196]
- salyersiae[196]
- stercoris[196]
- tectus[196]
- thetaiotaomicron[196]
- uniformis[196]
- vulgatus[196]
- Balamuthia mandrillaris (parasite[15]⇔ vivre librement amibe[201])
- habitat: sol, eau douce[201]
- Balantidium coli (parasite[15]⇔ protozoaire[202])
- maladie: balantidiose[202]
- réservoir naturelle: porcs[202]
- virus Banna (en)[15] → Reoviridae[203]
- virus de la forêt de Barmah d'Australie[204]
- Bartonella[15]
- bacilliformis[15] CtRb classe 2[19]
- bronchiseptica[15]
- parapertussis[15]
- pertussisis[15]
- quintana (Rochalimaea quintana)[15] CtRb classe 2[19]
- agent d'infectieux (singulièrement[205]): Pediculus humanis corporis (pou de corps)[205],[206]
- maladie: fièvre des tranchées, surtout au 20e siècle avant 1946[207]
- rochalimaea spp.[15] CtRb classe 2[19]
- spp.[15]
- Bas-Congo[208] tibrovirus[209] [nb 35] (en)
- Batken[96],[210] [nb 36]
- Bayou → Bunyavirales[15],[19]
- Bebaru (en)[15] alphavirus[212]
- Bermejo[96],[213] → Bunyavirales[213],[19]
- Bhanja → Bunyavirales[32]
- Blastomyces (champignons[15])
- Bordetella[114] → Alcaligenaceae[103]
- Borrelia[15]
- Bourbon[217] (Thogotovirus[218]) [nb 38]
- Brachyspira spp. (bactérie[15])
- Brucella[15] (coccobacille)
- Brugia
- Bunyavirales (ORDRE)[15] (Bunyaviridae )[32]
- Ortho-
- bunyavirus
- hantavirus (cohortis)[15],[19]
- Andes[15]
- maladie: causant le syndrome pulmonaire (SPH)[15]
- Bayou[15] CtRb 3[165]
- réservoir naturelle: Oryzomys palustris[221]
- vecteur: probablement par inhalation d'excréments contaminés[222]
- Dobrava-Belgrade CtRb classe 3[19] (circulent sur le continent européen[223]) CtRb 3[165]
- maladie: la fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR)[15]
- Bermejo[96],[213]
- Bhanja[32] CtRb classe 2[19] [nb 39]
- Black Creek Canal[15] CtRb 3[165]
- Cano Delgadito[15] CtRb 3[165]
- Chocl[15] CtRb 3[165]
- Germiston[15],[32] CtRb classe 2[19]
- Hantaan[15] CtRb classe 3[19]
- maladie: la fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR)[32]
- Laguna Negra[15] CtRb 3[165]
- El Moro Canyon[15] CtRb 3[165]
- Prospect Hill[15] (en) (Orthohantavirus prospectense) CtRb classe 2[19],[165]
- Puumala[15] CtRb classe 2[19] (circulant européen[223]) CtRb 2[165]
- maladie: la néphropathie épidémique scandinave (NE)[15]
- Séoul[32] CtRb classe 3[19],[165] (circulant européen[223])
- maladie: la fièvre hémorragique avec syndrome rénal (FHSR)[15]
- Sin Nombre[15] CtRb classe 3[19],[165]
- maladie: le Syndrome pulmonaire à hantavirus[225],[15] (SPH)[15]
- vecteur: exposition aux excréments, aux sécrétions de Peromyscus maniculatus[226]
- Tula (circulant européen)[223]
- Andes[15]
- nairovirus (cohortis)[15]
- Phlebovirus[15]
- Bhanja[15]
- Punta Toro[15]
- de la fièvre de la vallée du Rift[15] CtRb classe 3[19]
- fièvre à phlébotomes de Naples (virus Toscana)[15] CtRb classe 2[19]
- SFTS (virus du syndrome de fièvre sévère avec thrombocytopénie)[15]
- autres phlébovirus connus pour être pathogènes[15]
- Ortho-
- Burkholderia[15] (bactérie)[229]
- mallei (Pseudomonas mallei)[15] CtRb classe 3[19]
- (Pseudomonas) pseudomallei[15],[230] CtRb classe 3[19]
- maladie: Mélioïdose (synonyme: maladie de Whitmore)[230]
C[modifier | modifier le code]
- Caliciviridae[32],[19] (FAMILLE[231])[15],[232]
- Norovirus (GENRE[231],[15]) Calicivirus humain NLV[233]
- Orthohepevirus A (virus de l’hépatite E[15]) CtRb classe 3[19]
- Sapovirus (GENRE[231]) Calicivirus humain SLV[235],[231],[233]
- Campylobacter[15]
- Candida (champignons[15])
- Cano Delgadito[96] → Bunyavirales[238]
- Capillaria
- philippinensis (parasite)[15]
- spp. (parasite)[15]
- Cardiobacterium (ga en)[15]
- Cardiovirus (en es) (cohortis)[15]
- cercopithèque 1 → Herpesviridae[32]
- Chaetomium spp. (moisissure)[239]
- Chandipura vesiculovirus : Rhabdoviridae[240]
- Chikungunya (virus)[15]
- vecteur: Aedes[241]
- tropique et subtropicale: aegypti[241]
- régions tempérées & froides: albopictus[241]
- épidémiologique: épidémie 2007 de l’Île de La Réunion et les îles de l’Océan Indien[242]
- certains signes cliniques sont les mêmes que ceux de la dengue et de la maladie à virus Zika[241]
- vecteur: Aedes[241]
- Chlamydia (bactérie)[15]
- (circovirus PCV2 : in vitro[245])
- Cladophialophora (ceb en) (champignons[15])
- bantiana (Xylohypha bantiana, Cladosporium bantianum, trichoides)[15]
- modesta[15]
- Cladosporium
- cladosporioides (moisissure)[246]
- herbarum (moisissure)[247]
- Clonorchis
- sinensis (Opisthorchis sinensis) (parasite)[15]
- viverrini (Opisthorchis viverrini) (parasite)[15]
- Clostridium[15] [nb 41]
- Coccidioides
- Coltivirus (cohortis)[15]
- complexes
- bactérie[229]
- virus[249]
- chorioméningite lymphocytaire-Lassa[32] → Arenaviridae[19]
- l'encéphalomyélite équine vénézuélienne[249] (les arbovirus : alphavirus[250])
- forêt de Semliki[253]
- de la forêt de Semliki[15]
- de Me Tri (Vietnam) (d'abord isolé en Culex tritaeniorhynchus)[256]
- tacaribe → Arenaviridae[19]
- Coronaviridae (FAMILLE)[15] [nb 43] (ORDRE Nidovirales SOUCHE(7))[258] [nb 44] CtRb classe 2[19]
- α[262],[263]
- β[262],[15]
- 1
- Embecovirus[266]
- Sarbecovirus[268]
- MERS-CoV[269] [nb 49]
- maladie: épidémie 2012: syndrome respiratoire du Moyen-Orient (SRMO-CoV[15])
- réservoir naturelle: chameaux dromadaires[270]
- -1[271],[272],[273]
- maladie: 1er cas[274]: novembre 2002, province Guangdong, Chine[275]: Syndrome respiratoire aigu sévère [nb 50]: épidémie de SRAS 2003[269]
- -2[272] [nb 51]
- vecteur: particules de sécrétions respiratoires en suspension dans l'air (aérosols): inhalation de, surface contaminée[281]
- maladie[262]: 2019-nCoV[269] pandémie[282] ; 1er cas: décembre 2019, Wuhan, Hubei[269] (par un marché aux fruits de mer de Huanan en Chine du Sud[282])
- variants
- α (alpha[283]) (nomenclature de OMS mai 2021[284]) / (B.1.1.7[283]) (nomenclature: Lignées Pango)Rambaut, O’Toole, Scher, Underwood, Jackson, Hill, McCrone, Colquhoun, Ruis, Abu-Dahab, Taylor, Yeats, du Plessis, Maloney, Medd, Attwood, Aanensen, Holmes, Pybus[285]; attribués phylogénétiquement aux lignées d'épidémies mondiales (comme anglais donné comme p.a.n.g.o.lin etre «Les Pangolins»)[286] (VoC 202012/01)[287],[288] (variant Kent[284])
- β (bêta) (B.1.351)[283]
- γ (gamma)[289] (P1)[290]
- δ (delta)[283],[291] (B.1.617.2)[283] (Indien[292])
- AY.4.2[283]
- ε (epsilon) (VdI)[293]
- ζ (zeta) (VdI)[293]
- η (eta) (VdI)[293]
- θ (thêta)[289]
- ι (iota) (VdI)[293]
- κ (kappa (VdI)[293]
- λ (lambda)[289]
- μ (mu)[289]
- Ο (omicron)[283] (B.1.1.529)[294] [nb 52]
- Deltacron[303] (XD[272])
- XBC.1.6 (recombinaison de δ B.1.617.2 & ο BA.2[300])
- variants
- MERS-CoV[269] [nb 49]
- autres Coronaviridae connus pour être pathogènes[15]
- Corynebacterium[15]
- diphtheriae[15] CtRb classe 2[19]
- minutissimum[15] CtRb classe 2[19]
- pseudotuberculosis[15] CtRb classe 2[19]
- ulcerans[15]
- spp.[15]
- Cosavirus (en) (cohortis)[15]
- A[15]
- Coxiella burnetii (bactérie[15]) CtRb classe 3[19]
- Cryptococcus
- gattii (Filobasidiella neoformans var. bacillispora) (champignons)[15]
- neoformans (Filobasidiella neoformans var. neoformans) (champignons)[15]
- Cryptosporidium[304] (parasite) (apicomplexa : Cryptosporidiidae[305])
- Cyclospora[307]
- cayetanensis[307] (parasite)[15]
- vecteur: contact oral avec des matières fécales[307]
- cayetanensis[307] (parasite)[15]
- cyclovirus: 1, 10, 11, 12, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9
- Cystoisospora (Isospora) belli (protozoaire)[308]
- maladie: cystoisosporose[308]
- Cytomegalovirus (cohortis)[15] → Herpesviridae[32]
D[modifier | modifier le code]
- Le Dantec → Rhabdoviridae[240]
- Δ-virus (cohortis)[15]
- DENV - dengue → Flaviviridae[32]
- Dhori[15] Inde[309] (en) orthomyxoviridae (à tiques)[15]
- Dicrocoelium dendriticum (parasite)[15]
- Dipetalonema streptocerca (parasite)[15]
- Diphyllobothrium
- Dothioraceae (PHYLUM: Ascomycota)[183]
- Dracunculus medinensis[15] [nb 54] (ESPÈCE[312] parasite[15] PHYLUM: Nemotoda)
- amibienne ⇒ Entamoeba histolytica[319]
- bacillaire ⇒ Shigella[319]
E[modifier | modifier le code]
- Ébolavirus[15] → Filoviridae[32]
- Echinococcus (GENUS[320])
- granulosus[15] sensu latu complex[320] (parasite)[15]
- multilocularis (parasite)[15]
- oligarthrus (parasite)[15]
- shiquicus[320]
- vogeli (parasite)[15]
- Edwardsiella tarda (bactérie)[15] → Enterobacteriaceae[321]
- Ehrlichia[15] → Anaplasmataceae[121]
- Eikenella corrodens (bactérie)[15] CtRb classe 2[19]
- Ekpoma tibrovirus: Rhabdoviridae[240] [nb 56]
- Elizabethkingia meningoseptica (en) (Flavobacterium meningosepticum)[15] résistant aux carbapénèmes[323]
- Emmonsia
- parva
- var. parva (champignons)[15]
- var. crescens (champignons)[15]
- parva
- virus de l’encéphalite:
- Vallée du Murray[15] &/ Australie[324] → Flaviviridae[32]
- de Californie[15] → Bunyaviridae[32]
- japonaise[15] → Flaviviridae[19]
- Rage (RABV) lyssavirus : Rhabdoviridae[240]
- Saint-Louis[15] → Flaviviridae[32]
- verno-estivale russe[15] → Flaviviridae[32]
- Encéphalomyélite
- Entamoeba histolytica (parasite)[15]
- Enterobacter[15]
- Enterobacteriaceae[101] (FAMILLE[325])
- traitement: a une résistance aux carbapénèmes, produit BLSE[101]
- Edwardsiella[321]
- Yersinia (bactérie)[15]
- aldovae[326]
- alecksiciae[326]
- bercovieri[326]
- enterocolitica[15]
- maladie: yersiniose entérique[327]
- réservoir naturelle: les porcs et les sangliers (porteurs sains)[327]
- enterocolitica [nb 57] (est synonyme de Y. enterocolitica)[331]
- palearctica[15] [nb 58]
- frederiksenii[326]
- intermedia[326]
- kristensenii[326]
- massiliensis[326]
- mollaretii[326]
- pestis[15] CtRb classe 3[19]
- maladie: peste bubonique[334]
- affection (incidence): pandémie - peste de Justinien (541/542[335] - 750[336]), une grande épidémie (débuta[337] 1346[338]) la peste noire[339]; Liste des épidémies de peste
- vecteur: Xenopsylla cheopis[340] (puce[340],[341])
- maladie: peste méningée[325]
- maladie: peste pulmonaire[334]
- maladie: peste septicémique[325]
- maladie: peste bubonique[334]
- pseudotuberculosis[15] (Pfeiffer 1889)[347] (γ-proteobactérie: Garrity, Bell & Lilburn, 2005)[348] CtRb classe 2[19]
- maladies: yersiniose entérique[327], l'érythème noueux et polymorphe[349], arthrite réactive due à une septicémie[350] (arthrite septique[351])
- rohdei[326]
- ruckeri[326]
- similis[326]
- Enterobius vermicularis (parasite)[15]
- Enterococcus spp. (bactérie)[15] CtRb classe 2[19]
- Enterocytozoon bieneusi (parasite)[15]
- Entérovirus (cohortis)[15]
- A[15]
- B[15]: Echo
- C[15]
- D (type 70 (virus de la conjonctivite hémorragique aiguë)[15]
- Epicoccum purpurascens (moisissure)[352]
- Epidermophyton
- Erysipelothrix rhusiopathiae (bactérie)[15] CtRb classe 2[19]
- Erythroparvovirus (cohortis)[15]
- des primates 1 parvovirus humain, virus B 19[15]
- Escherichia coli[15] (bactérie)[353] [nb 59] CtRb classe 2[19]
- souches cytotoxiques (par exemple O157:H7 ou O103)[15] CtRb classe 3[19]
- hautement pathogènes (E. coli entérohémorragiques (ECEH), entéro-invasifs (ECEI) entéropathogènes (ECEP), entérotoxinogènes (ECET), producteurs de shiga-toxines (STEC))[114]
- virus Everglades (en)[15]
F[modifier | modifier le code]
- Fasciolidae (FAMILLE)[355]
- Fasciolopsis buski (parasite)[15] [nb 60]
- Filoviridae (FAMILLE)[15],[19]
- Flaviviridae (FAMILLE)[15],[32] (ORDRE Amarillovirales)[364]
- Flavivirus (cohortis)[15],[365],[366],[367],[368],[369],[370],[371],[372]
- Absettarov[15]: CtRb classe 3 (2017)[19] 4 (Haut Conseil des biotechnologies (HCb) 2019)[373]
- maladie: encéphalitique[369]
- agent d'infectieux[369] (arbovirusoïdal[374]): Ixodes ricinus[149] (tique[369])[15]
- Apoi[140]
- vecteur: Apodemus argenteus[140]
- B japonaise: CtRb classe 3[19]
- DENV - dengue[32] (synonyme: grippe tropicale[375]) CtRb classe 3[19]
- virus de la fièvre
- hémorragique
- jaune[15]
- forêt de Kyasanur[15] [nb 65]: CtRb classe 3[19] 4 (HCb 2019)[373]
- maladie: fièvre de Kyasanur[379]
- réservoir naturelle: singe[380]
- Alkhumra[174]: CtRb classe 4 (HCb 2019)[373]
- vecteur: Ornithodoros savignyi, Hyalomma dromedarii (en)[381]
- du Nil occidental[15] par[382] virus du Nil occidental[32]
- réservoir naturelle: oiseaux[382]
- Hanzalova[15]: CtRb classe 3[19] 4 (HCb 2019)[373]
- Hypr[15]: CtRb classe 3[19] 4[373]
- Kumlinge[15]: CtRb classe 3[19] 4[373]
- Kunjin[383] [nb 66]
- vecteur (arbovirus[374]): moustique (Culex annulirostris)[384]
- Rocio[15]
- Saint-Louis[15]
- Louping ill[15]: CtRb classe 3[19]
- de la Vallée du Murray[15] (d’Australie)[324]: CtRb classe 3[19]
- verno-estivale russe[15]: CtRb classe 4[373]
- Wesselsbron (it en)[15] [nb 67]
- Zika[363] [nb 68]
- maladie: peu ou l’absence de symptômes[391]; est un antécédent de syndrome de Guillain-Barré[392]; syndrome congénital[393], qui inclut la microcéphalie[394]
- affection (incidence): isolé chez de le humain 1952[395]; épidémies: 2007 (l’ile de Yap), 2013 (Polynésie française), 2014 (Nouvelle-Calédonie), 2015 (Amérique et le Caraïbes)[395]
- vaccin (en): essais cliniques, non depuis février 2022[396],[393]
- vecteur (arbovirus «arthropod-borne»[389])[374]: piqûre de moustique[389]: Aedes aegypti[391],[397] et albopictus[391]
- maladie: peu ou l’absence de symptômes[391]; est un antécédent de syndrome de Guillain-Barré[392]; syndrome congénital[393], qui inclut la microcéphalie[394]
- Absettarov[15]: CtRb classe 3 (2017)[19] 4 (Haut Conseil des biotechnologies (HCb) 2019)[373]
- hepacivirus[398]
- Flavivirus (cohortis)[15],[365],[366],[367],[368],[369],[370],[371],[372]
- Flavobacterium meningosepticum[32] CtRb classe 2[19]
- Fluoribacter bozemanae (Legionella)[15]: CtRb classe 2[19]
- Fonsecaea
- Francisella (ca en es)[15]
- hispaniensis[15]
- tularensis[15] (bactérie à Gram négatif)
- Fusarium (moisissure)[402] (73 espèces isolées de cas infectieux)[403]
- maladie: abcès cérébral, arthrite septique, cystite, endophtalmie, ostéomyélite[404]
- monoliforme[405] (F. verticillioides)[404]
- oxysporum[405],[404]
- proliferatum[405]
- riograndense sp. nov.[403]
- solanii[405],[403]
- Fusobacterium necrophorum [15]: CtRb classe 2[19]
G[modifier | modifier le code]
- γ-retrovirus (cohortis)[15] → Retroviridae
- Gardnerella vaginalis (bactérie)[15] CtRb classe 2[19]
- affection: vaginose - déséquilibre de la flore vaginale[407]
- gemykibivirus : 1, 2, 3, 4, 5
- Germiston → Bunyaviridae[32]
- Giardia[304] (protozoaire)[408]
- grippe → Orthomyxoviridae[409]
H[modifier | modifier le code]
- Haemophilus[15]
- Hantaviridae (FAMILLE)[15] → Bunyaviridae[32]
- Hanzalova[15] → Flaviviridae[32]
- Hazara → Bunyaviridae[32]
- Helicobacter[15]
- virus de Hendra
- Hépacivirus (cohortis)[15] → Flaviviridae[398]
- Hepadnaviridae (familia)[15]
- Hépatite (virus)
- A
- B (Hepadnaviridae[32])
- C[399] → Flaviviridae[32]
- Δ (Hepadnaviridae[32])
- E → Caliciviridae[32]
- G → Flaviviridae[32]
- Hepeviridae (FAMILLE)[15]
- Herpesvirales (ORDRE)[15]
- Herpesviridae (FAMILLE[15]) (ESPÈCES (9)[418] (+1)[419]) (prototype: HSV-1)[420]
- α-herpesvirinae[421](SOUS FAMILLE)[422]
- théorie de la maladie: 3 avec latent HS1 est un agent causal de la maladie d'Alzheimer[423]
- agence et traitement: Les protéines VHS et ICP27 paralysent la traduction des protéines des cellules humaines[424]. Les mutations des gènes UL23 (pour Thymidine kinase[425], avec 1131 paires de bases[426]) et UL30 (ADN polymérase[425]) sont corrélées à l’efficacité des médicaments acyclovir et foscarnet en types 1 & 2[427]; gène UL5 (Hélicase) affecte l'efficacité du cidofovir et inhibiteurs de l'hélicase-primase pour le type 1[425].
- Simplexvirus (GENRE)[421]
- herpesvirus macacine[428],[419] (virus du cercopithèque type (virus B du singe)[32] herpesvirus simiae, virus Herpès B)[15],[421]
- herpesvirus humain (HVH) 1 / virus Herpes simplex de type 1[15] (HS1)[423]
- affection: La maladie alterne avec une infection permanente latente située dans les ganglions de le nerveux périphériques[429]
- souche[420]: Dans le hospices civils de Lyon, 239 souches de virus HSV1 ont été détectées des années 2012 à 2016[430].
- 17 (1er génome séquencé)[431]; 17syn+[429]. KOS[420] 63; souche moins pathogène[420],[432] (également connu un: KOS[433] apres K.O. Smith 1964[434] l'emplacement des isolats, avec KOS 79, isolé 16 ans après[435]). 17 diffèrent de KOS: 1,024 polymorphisme nucléotidique et 172 insertion ou délétion[436]
- HVH2, virus Herpes simplex de type 2[15]
- Varicellovirus[418],[422]
- β-herpesvirinae (SOUS FAMILLE)[422]
- γ-herpesvirinae (SOUS FAMILLE)[422]
- 4 EBV[15] lymphocryptovirus (Epstein-Barr)
- 8[15]
- maladie[449]: sarcome de Kaposi[449],[450]
- α-herpesvirinae[421](SOUS FAMILLE)[422]
- Herpesviridae (FAMILLE[15]) (ESPÈCES (9)[418] (+1)[419]) (prototype: HSV-1)[420]
- Hépatovirus (cohortis)[15]
- A (virus de l’hépatite A, entérovirus humain de type 72)[15]
- Hénipavirus (cohortis)[15]
- Heterophyes spp. (parasite)[15]
- Histoplasma
- capsulatum (champignons)[15]
- var. farciminosum (champignons)[15]
- duboisii (champignons)[15]
- capsulatum (champignons)[15]
- huchismacovirus: 1[451], 2[452], 3
- Hymenolepis
- Hypr[15] → Flaviviridae[32]
I[modifier | modifier le code]
- Icoaraci phlebovirus[453],[454],[455] (de Brésil) (Bunyaviridae[453])
- réservoir naturelle: petits animaux de la forêt: Nectomys[453]
- vecteur: arbovirus[453]
- virus de l'immunodéficience simienne (VIS)[15]
- Indiana vesiculovirus : Rhabdoviridae[240]
J[modifier | modifier le code]
(Junin) → complexe Tacaribe[32]
K[modifier | modifier le code]
- Klebsiella[15] (bactéries gram-négatives)[456]
- Kobuvirus (cohortis)[15]
- Kumlinge[15] → Flaviviridae[32]
L[modifier | modifier le code]
- Langya → Paramyxoviridae[458]
- Legionella[15] (bacille intracellulaire à Gram négatif[459])
- Leishmania (GENRE[461])
- aethiopica (parasite)[15]
- braziliensis (parasite)[15]
- donovani (parasite)[15]
- guyanensis (Viannia guyanensis) (parasite)[15]
- infantum (Leishmania chagasi) (parasite)[15]
- major (parasite)[15]
- mexicana (parasite)[15]
- panamensis (Viannia panamensis) (parasite)[15]
- peruviana (parasite)[15]
- tropica (parasite)[15]
- spp. (parasite)[15]
- Lentivirus (cohortis)[15]
- Leptospira[15] (bactérie)
- réservoir: mammifères sauvages et domestiques: rongeurs et al.[462]
- interrogans[15] CtRb classe 2[19]
- réservoir: mammifères sauvages et domestiques: rongeurs et al.[462]
- Lichtheimia corymbifera[28],[29] (moisissure)[27] CLASSE: Zygomycètes ORDRE: Mucorales[463] [nb 71]
- maladie: poumon du fermier (de it)[464]
- Listeria [15] (bactérie)[466]
- monocytogenes[15] CtRb classe 2[19]
- maladie: listériose[466]
- monocytogenes[15] CtRb classe 2[19]
- Loa loa (parasite)[15]
- Louping ill[15] → Flaviviridae[32]
- Lymphocryptovirus (cohortis)[15] → Herpesviridae[32]
- Lyngbya (cyanobacterie neurotoxines)[467]
- Lyssavirus (cohortis)[15]
M[modifier | modifier le code]
- (Machupo) → complexe Tacaribe[32]
- Madurella
- grisea (champignons)[15]
- mycetomatis (champignons)[15]
- Mammarenavirus (cohortis)[15] → Arenaviridae[155]
- Mansonella
- virus de Marburg[15] → Filoviridae[32]
- Mastadenovirus A, B, C, D, E, F, G
- virus de Mayaro[15]
- Metagonimus spp. (parasite)[15]
- metapneumovirus (cohortis)[15]
- Microcystis (cyanobacterie hépatotoxine)[467]
- Micropolyspora[468] [nb 72] (bactérie)[469]
- Microsporum spp. (champignons)[15]
- Molluscum contagiosum (en es)[15] poxvirus[471]
- Molluscipoxvirus (cohortis)[15]
- Mononegavirales[15]
- Moraxellaceae[102]
- Acinetobacter (CLASSE:γ-Proteobacteria[102],[101] gram- aérobique[472] coccobacille[473]: ORDRE:Pseudomonadales[102])
- vecteur: mains du personnel hospitalier (nosocomiales, circa. 2005), pas nosocomiales: guerre, troubles sociaux par tremblement de terre[474]
- réservoir naturelle[475]: boues, dépotoirs, eaux usées[476]
- maladies: infections nosocomiales[474] et pas - les infections avant les années 1970 étaient principalement des infections des voies urinaires post-chirurgicales chez les patients hospitalisés[474]
- traitement: si multirésistante: céfépime, cefpirome (avec un anti anaérobiebactérie), imipenem-cilastin[477]
- baumannii
- traitement: a une résistance aux carbapénèmes[101] (q.v. résistance aux antibiotiques & (en) Fabimycin (2022)[478],[479]; trouvé dans la majorité des infections[480](c. 2005[474], 2020[480])
- calcoaceticus[481]
- johnsonii[475]
- maladie: infections nosocomiales[483]
- agent: par cathéter vasculaire (c. 1993)[483]
- junii[475] [nb 73]
- lwoffii[475] [nb 74]
- nosocomialis[475] (ESPÈCE GÉNOMIQUE 13TU[486])
- traitement: provoquant des infections nosocomiales, notamment dans les unités de soins intensifs[487]. Trouvé avec des β-lactamases en Japon 2012[488]
- pitti[475] (ESPÈCE GÉNOMIQUE 3[486])
- traitement: trouvé avec β-lactamases pendant 2012 au Japon[488] et en Chine[489]
- ursingii[490] [nb 75] (Nomenclature bactérienne: CCUG 45559[492])
- baumannii
- Acinetobacter (CLASSE:γ-Proteobacteria[102],[101] gram- aérobique[472] coccobacille[473]: ORDRE:Pseudomonadales[102])
- Morbillivirus (cohortis)[15]
- Morganella morganii[15] (Enterobacteriaceae famille[493]) CtRb classe 2[19]
- virus Mucambo[15]
- Mycobacterium
- abscessus[15]
- africanum CtRb classe 3[19]
- avium complex[114] CtRb classe 2[19]
- bovis[96] (non a souche BCG) CtRb classe 3[19]
- canettii[96]
- chelonae[15] CtRb classe 2[19]
- fortuitum complex[114]
- hominis[15]
- kansasii[15] CtRb classe 2[19]
- leprae[15] CtRb classe 3[19]
- malmoense[15] CtRb classe 2[19]
- marinum[15] CtRb classe 2[19]
- microti CtRb classe 3[19]
- paratuberculosis CtRb classe 2[19]
- pneumoniae[15]
- scrofulaceum[15] CtRb classe 2[19]
- simiae complex[114]
- szulgai[15] CtRb classe 2[19]
- tuberculosis complex (en es)[114],[494]
- caprae[15]
- microti[15]
- pinnipedii[15]
- tuberculosis[15] [nb 76] CtRb classe 3[19]
- maladie: Tuberculose[495]
- morbidité: la 2ème cause de décès par maladies infectieuses dans le monde en 2021[496]
- traitement: une bactérie multirésistante[479]
- vaccin: (Albert Calmette, Camille Guérin; 1908) Bacillus Calmette–Guérin, utilisé depuis 1921[495]
- maladie: Tuberculose[495]
- ulcerans[15] CtRb classe 3[19]
- xenopi[15] CtRb classe 2[19]
- spp.[15]
- Mycoplasma
N[modifier | modifier le code]
- Naegleria fowleri (parasite[15] ⇔ amibes libres[36])
- Nairoviridae (FAMILLE)[15]
- Nannizzia spp. (champignons)[15]
- virus Ndumu[15]
- Necator americanus (parasite)[15]
- virus Negishi[15]
- Neisseria[15] (bactérie)[497]
- gonorrhoeae[15] CtRb classe 2[19]
- meningitidis[15],[498] CtRb classe 2[19]
- méningocoque du sérogroupe B[499],[498]
- infection: sepsis grave[499]
- méningocoque du sérogroupe B[499],[498]
- Neorickettsia sennetsu (Rickettsia sennetsu, Ehrlichia sennetsu) (bactérie)[15]
- Neotestudina rosatii (champignons)[15]
- Nidovirales (ordo)[15]
- virus de Nipah → Paramyxoviridae[500]
- Nocardia[15] (bactérie)[501] [nb 77]
- maladie: Nocardiose[502]
- Nodularia (en) (cyanobacterie hépatotoxine)[467]
- Norovirus (cohortis) - (Norwalk)[15] → Caliciviridae[32]
O[modifier | modifier le code]
- Onchocerca volvulus (parasite)[15]
- Opisthorchis
- Orbivirus[15]
- virus Orf[15]
- Orientia tsutsugamushi (Rickettsia tsutsugamushi) (bactérie)[15]
- Orthobunyavirus, Orthohantavirus, Orthonairovirus[15] → Bunyavirales[32]
- Orthohepadnavirus (cohortis)[15]
- Orthohepevirus (cohortis)[15]
- Orthomyxoviridae (FAMILLE)[15],[409]
- influenzavirus[507]
- traitements: les inhibiteurs de la pompe à protons ou anti-M2 (amantadine, rimantadine) et les INA (oseltamivir, zanamivir)[508]
- α[15] / A[509] (GENRE)[507] [nb 78]
- agence: glycoprotéines (protéine)[511]: l’H, &, N[409],[512],[511] . H permet l’attachement sur les acides sialiques, leurs récepteurs à la surface des cellules de l’épithélium cilié respiratoire. Cette fixation est suivie de la pénétration intra-cellulaire du virus par endocytose, puis de sa réplication. La N permet ensuite la libération des nouveaux virions à la surface cellulaire[511]
- H1[15]
- H2
- H3[409]
- H5
- H7[520]
- H9
- β[15],[409] / B[515] (GENRE)[507]
- γ[15],[409] / C[515] (GENRE)[507]
- influenzavirus[507]
- Orthopneumovirus (cohortis[15])
- Orthopneumovirus humain (virus respiratoire syncytial)[15]
- Orthopoxvirus (cohortis)[15],[521]
- Orthorubulavirus 2, 4
- Oscillatoria (cyanobacterie neurotoxines)[467]
P[modifier | modifier le code]
- Papillomaviridae (familia) (Papillomavirus[15] : cinq genres[522]: 226[523] types[524])
- maladie: lésions cutanées: trois genres de papillomavirus[525], cancer[524]: haut risque de cancer[526] (oncogène[527]): 16, 18[526] , 26[527], 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52[526], 53[527], 56, 58, 59, 66[526], 67[527], 68[526], 69, 70[527], 73[526]
- vaccin: Gardasil® (qHPV)[528]
- Α-papillomavirus[529]
- 2[530]
- 6[530] (αPV 10[531])
- 7[530]
- 11[530]
- 16 (αPV 9[531])
- maladie: cancer du col de l'utérus plus causal[529]
- 18[530] (αPV 7[531])
- 31 (αPV 9[531])
- maladie: cancer du col de l'utérus causal[529]
- 33[530] (αPV 9[531])
- 35[530]
- 39[526] (αPV 7[531])
- 45[530]
- 51[526] (αPV 5[531])
- 52[526] (αPV 9[531])
- 53[527] (αPV 6[531])
- 59[526] (αPV 7[531])
- 66[526] (αPV 6[531])
- 68[526] (αPV 7[531])
- 71 (αPV 14)
- Β[525]
- Γ[525]
- Paracoccidioides
- brasiliensis (champignons)[15]
- lutzii (champignons)[15]
- Paragonimus
- westermani (parasite)[15]
- spp. (parasite)[15]
- Paramyxoviridae (FAMILLE)[15],[458],[185]
- Avulavirus[15] (GENRE)[185] (Paramyxovirus aviaire[532] type 1[533])
- affection: maladie de Newcastle[15],[534]
- henipavirus[535],[500]
- respirovirus[15]
- 1 (virus para-influenza de type 1)[15]
- 3[538] (virus para-influenza de type 3)[15] (HPIV 3)[539]
- Avulavirus[15] (GENRE)[185] (Paramyxovirus aviaire[532] type 1[533])
- Paraphyton spp. (champignons)[15]
- Parapoxvirus (cohortis)[15]
- Pseudocowpox virus (=Parapoxvirus bovis, virus du nodule des trayeurs (en)
- maladie: Pseudo-pox de la vache[15]
- Pseudocowpox virus (=Parapoxvirus bovis, virus du nodule des trayeurs (en)
- Parechovirus (cohortis)[15]
- Parvoviridae (familia)[15]
- Parvovirus B19[540]
- maladie: Cinquième maladie[540]
- Parvovirus B19[540]
- Pasteurellaceae (FAMILLE)[52]
- Penicillium spp. (moisissure)[542]
- Peptostreptococcus
- anaerobius (bactérie)[15] CtRb classe 2[19]
- Peribunyaviridae (familia)[15]
- Phenuiviridae (familia)[15]
- Phlebovirus[15] → Bunyavirales[19]
- Phoma glomerata (moisissure)[544]
- Phaeohyphomycètes (champignon)[405]
- Picobirnavirus (en)
- Picornavirales (ORDRE)[15]
- Piry Vesiculovirus[15]
- Plasmodium
- falciparum (parasite)[15]
- knowlesi (parasite)[15]
- spp. (humain et simien) (parasite)[15]
- Plesiomonas shigelloides (bactérie)[15] CtRb classe 2[19]
- Pneumocystis
- carinii (protozoaire)[549]
- jiroveci (champignon)
- maladie: pneumocystose pulmonaire[550]
- jiroveci (champignon)
- carinii (protozoaire)[549]
- Pneumoviridae (familia)[15]
- Poliovirus[15]
- Polyomaviridae (familia)[15]
- polyomavirus : 1, 10, 11, 13, 14, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9
- Porphyromonas spp. (bactérie)[15] CtRb classe 2[19]
- Porprismacovirus: 1, 2
- Powassan[15] Flaviviridae[32]
- Poxviridae (familia)[15],[551]
- Variole (majeure et mineure)[15],[521]
- maladie: peste antonine[552](Mésopotamie - Rome) 165/166 -180 et, ou, après[553]
- Prevotella spp.[15] (bactérie)[554] CtRb classe 2[19]
- Prion[15] [nb 83]
- Creutzfeldt-Jakob[15]
- encéphalopathies spongiformes transmissibles[15],[8]
- La maladie de Gerstmann Straüssler (en) Scheinker (en)[557],[558]
- l’insomnie fatale familiale (IFF)[557]
- Kuru[15] infligé au peuple Fore dans les hautes terres de Nouvelle-Guinée à cause de la pratique consistant à manger les corps, en particulier les cerveaux de leurs proches décédés (anthropophagie)[559]
- Proteus (bactérie)[15]
- Providencia (bactérie)[15]
- alcalifaciens (Proteus inconstans)[15] CtRb classe 2[19]
- rettgeri (Proteus rettgeri)[15] CtRb classe 2[19]
- spp.[15] CtRb classe 2[19]
- Pseudocowpox virus (=Parapoxvirus bovis, virus du nodule des trayeurs en)
- Pseudomonas aeruginosa (bactérie) CtRb classe 2[19]
- traitement: résistant aux carbapénèmes[101]
- Puumala orthohantavirus (Hantaviridae, Bunyavirales)[32]
R[modifier | modifier le code]
- Reoviridae (FAMILLE)[15],[560]
- respirovirus[15] → Paramyxoviridae[539]
- Retroviridae (FAMILLE)[15] (present comme HERV en le génome[561] [nb 84] restes d'infections[564],[565] pré-homo sapiens (accepter les archives archéologiques actuelles dans la réalité)[566]. En tant que groupe, principalement non intact, dont HERV-K a été trouvé actif (Wildschutte et al. 2017)[567] dont la sous-clade de (HML)-2 existe depuis 35 millions d'années (Burn et al. 2022)[565], étant le provirus (Temin 1964 et al.) le plus récemment actif résultant de la réintégration de manière endogène[567],[562]. La transcription de HERV-K s'avère exister longitudinalement dans un état stable à de faibles niveaux dans divers tissus et tumeurs (Tönjes et al. 1996)[568]. Les séquences rétrovirales endogènes aient la même structure fondamentale que la forme intégrée (provirale) d'un rétrovirus exogène dans l'ADN chromosomique de l'hôte (Larsson et al. 1989)[569].
- VIH-1 [nb 85], VIH-2 [nb 86] CtRb classe 3[19]
- agence: colonise les lymphocytes T CD4[573]
- maladie: l'syndrome d’immunodéficience acquise (sida)[574]
- vaccin: non[575]: développements actuels ou antérieurs: Virus vivant atténué et virus inactivé. Sous-unité protéique gp140, gp160, gp120. HVTN 502: un type 5 adénovirus recombinant avec défaut de réplication (rAd5). ALVAC-HIV vCP1521: un virus canarypox recombinant non réplicatif. ADN du VIH. Électrophile[576]
- traitement: les antirétroviraux (TAR): Cabotégravir[575] avec Rilpivirine[577] (Inhibiteur de la transcriptase inverse (Iti): FDA approuvé: 2011-05-20[578]) depuis circa le 21 décembre 2021[579], Ténofovir alafénamide (Iti: FDA approuvé: 2016-11-10[578]), Doravirine (Iti: FDA approuvé: 2018-08-30[578]). Dapivirine[575] (Partenariat international pour les microbicides: circa 2005[580], essais cliniques de phase 3: Fevrier 2021[581]; Janssen Sciences Irlande UC[582])
- γ-retrovirus (cohortis)[15]
- VIH-1 [nb 85], VIH-2 [nb 86] CtRb classe 3[19]
- Rhabdoviridae (FAMILLE)[15],[240]
- Rhadinoovirus (cohortis)[15]
- Rhinocladiella mackenziei (champignons)[15]
- Rhinovirus[15]
- Rhodococcus hoagii (Morse 1912[584]) comb. nov. (Kämpfer et al. 2014)[584],[585] (syn. Corynebacterium equii[15] Rhodococcus equi (Magnusson 1923) Goodfellow et Alderson 1979[584]) CtRb classe 2[19]
- Rickettsia (bactérie)[15]
- africae[15]
- akari[15] CtRb classe 3[19]
- australis[15]
- canadensis[15] CtRb classe 3[19]
- conorii[15] CtRb classe 3[19]
- heilongjiangensis[15]
- japonica[15]
- montanensis[15] CtRb classe 3[19]
- typhi[15] (Rickettsia mooseri[32]) CtRb classe 3[19]
- prowazekii[15] CtRb classe 3[19]
- rickettsii[15] CtRb classe 3[19]
- sibirica[15]
- tsutsugamushi CtRb classe 3[19]
- spp.[15] CtRb classe 2[19]
- Rocio[15] → Flaviviridae[32]
- Roseolovirus (cohortis)[15]
- virus de Ross River[15]
- Rotavirus[586] (cohortis)[15]
- virus de la Rubéole[15]
- Rubivirus (cohortis)[15]
- Rubulavirus[15]
S[modifier | modifier le code]
- Saccharopolyspora rectivirgul (en)
- affection: maladie de le poumon de le fermier[587]
- viruses Saffold[15] [nb 87]
- Salmonella[15] (GENRE: protéobactéries, FAMILLE:[589] entérobactéries)[590]
- affection: gastro-entérites et fièvres typhoïde et paratyphoïdes[590]
- Sappinia pedata (amibe)[591] [nb 88]
- Sapporo[232] → Caliciviridae[15],[232]
- Sarcocystis suihominis (parasite)[15]
- maladie: Sarcocystose[593]
- vecteur: zoonose: porcins, bovins - ingestion: crue ou insuffisamment cuite[593]
- Scedosporium
- apiospermum[15] (Pseudallescheria boydii)[400] (champignon)[15]
- aurantiacum[405]
- dehoogii[405]
- prolificans (inflatum) (champignon)[15]
- Schistosoma (trématode[595])
- maladie: bilharziose[595]
- SBV (Schmallenberg orthobunyavirus, 2011)
- Seadornavirus (cohortis)[15]
- Séoul (Corée)[598] → Bunyavirales[223]
- Serpulina spp. (bactérie)[32] CtRb classe 2[19]
- Shigella (bactérie)[15],[599]
- Simplexvirus (cohortis)[15] → Herpesviridae[421]
- Sin Nombre (ex Muerto Canyon) → Bunyavirales[32]
- virus Sindbis[15]
- smacovirus[600]
- Sporothrix schenckii (champignons)[15]
- Stachybotrys chartarum (moisissure)[601]
- Staphylococcus aureus (bactérie)[15] CtRb classe 2[19]
- médicalement: résistant à la méthicilline[479]
- virus de la stomatite vésiculeuse
- Streptobacillus moniliformis (bactérie)[15] CtRb classe 2[19]
- Streptococcus (bactérie)[15] (streptocoques)[602],[603] (gram +[604] cocci[605]) [nb 90]
- agalactiae[15] (groupe B[608])
- maladie: la première cause d’infections néonatales invasives (septicémies, méningites)[609]
- anginosus (oraux)[602]
- canis (G[610])
- constellatus (oraux)[602]
- dysgalactiae[114] (C[610])
- equisimilis[15] (C ou G)[611]
- equi[612]
- gallolyticus (ex bovis[615], également connu sous equinis)[616]
- gallolyticus[616] (S. bovis I)[617]
- macedonicus[616]
- infantarius[602]
- intermedius (oraux)[602]
- mitis (oraux)[602]
- mutans (oraux)[602]
- oralis (oraux)[602]
- pneumoniae[15] CtRb classe 2[19]
- maladie: pneumocoque - sepsis grave[499] pneumonie[618] (oraux par le classification de Schleifer et Kilpper-Bälz[619])
- pyogenes[15],[602] [nb 91] (groupe[620] A[499],[611] de groupes de Lancefield[610]) CtRb classe 2[19]
- maladie: la cause de la fièvre puerpérale (Pasteur 1879)[606]
- réservoir naturelle: principalement humain[621]
- salivarius[602]
- sanguis[602]
- suis[15] CtRb classe 2[19]
- agalactiae[15] (groupe B[608])
- Strongyloides
- stercoralis (parasite)[15]
- maladie: strongyloïdose[623]
- spp. (parasite)[15]
- stercoralis (parasite)[15]
- virus synthétique (Cello, Paul, Wimmer 2002) de la poliomyélite[624]
T[modifier | modifier le code]
- virus T-lymphotrope[625]
- transmis: l'allaitement, sexuellement, dans sang, transplantation d'organes)[625]
- 1 des primates (virus lymphotrope des cellules T humain de type 1)[15]
- 2 des primates (virus lymphotrope des cellules T humain de type 2)[15]
- transmis: l'allaitement, sexuellement, dans sang, transplantation d'organes)[625]
- Taenia
- Talaromyces marneffei (Penicillium marneffei) (champignons)[15]
- virus Tanapox (es)[15]
- Thermoactinomyces vulgaris[469]
- Thermomonosporaceae (FAMILLE)[53],[54] [nb 92]
- Thogotovirus (cohortis)[15]
- virus Thogoto (orthomyxoviridae à tiques: Thogoto)[15]
- Togaviridae (familia)[15]
- Toscana (en it) phlébovirus : Bunyaviridae[32]
- Toxocara
- Toxoplasma gondii (parasite)[15]
- affection: toxoplasmose[549]
- Treponema (bactérie)[15]
- Trichinella
- Trichomonas vaginalis (parasite)[15]
- Trichophyton
- Trichostrongylus (en it)
- orientalis (parasite)[15]
- spp. (parasite)[15]
- Trichuris trichiura (parasite)[15]
- Trueperella pyogenes (en de) (bactérie)[15]
- Trypanosoma
U[modifier | modifier le code]
- Ulocladium chartarum[639] [nb 97] (en) (moisissure; PHYLUM:Pezizomycotina CLASSE:Dothideomycetes ORDRE:Pleosporales FAMILLE:Pleosporaceae[640])
- Ureaplasma (bactérie[15] GENRES (2)[641])
- traitement: MLSK[641] groupe d'antibiotiques[642]: Érythromycine, Josamycine, Pristinamycine, Tétracycline, Lévofloxacine et moxifloxacine, résiste aux lincosamides i.e. clindamycine[641]
V[modifier | modifier le code]
- virus de la Vaccine y compris virus de la variole du buffle, virus de la variole de l’éléphant, virus de la variole du lapin[15]
- Varicellovirus (cohortis)[15] → Herpesviridae[32]
- Variole (majeure et mineure)[15],[521] → Poxviridae[551]
- bovine[15]
- singe[643]
- affection: épidémie 2022
- Vesiculovirus (cohortis)[15]
- Vibrionaceae (FAMILLE)[644]
- Vibrio (bactérie)[15]
- vecteur: intoxication alimentaire ou de l'exposition d'une plaie ouverte[645]
- affection: Vibriose[645]
- alginolyticus[645]
- cholerae (y inclus El Tor (it))[15] CtRb classe 2[19]
- parahaemolyticus (Benecka parahaemolytica)[15] CtRb classe 2[19]
- vulnificus[644]
- spp.[15] CtRb classe 2[19]
W[modifier | modifier le code]
- Wuchereria bancrofti (parasite[15] - némathelminthe[12])
- (Wesselsbron[15] l'Etat libre d'Orange[386], Union Sud Afrique[385]) → Flaviviridae[32]
Y[modifier | modifier le code]
- Yatapoxvirus (en)[15],[647]
- maladie: tumeur du singe Yaba (en)[15]
- Yersinia (bactérie)[15] [nb 98] → Entérobacteriaceae[325]
Z[modifier | modifier le code]
- Zika[363] [nb 99] → Flaviviridae[370]
Réseau trophique[modifier | modifier le code]
Infection[modifier | modifier le code]
A[modifier | modifier le code]
- Actinomyces[15] georgiae[57] [nb 100] - Bovins[réf. nécessaire]
- Arcanobacterium pyogenes - Bovins, caprins, ovins[655]
B[modifier | modifier le code]
- Blumeria graminis - blé[656]
- Botryosphaeria dothidea (dénommé Camarosporium dalmaticum) - l’olive[657]
C[modifier | modifier le code]
Clostridium: chauvoei, novyi, perfringens, septicum, sordelli - Bovins, caprins, ovins[655]
D[modifier | modifier le code]
Dichelobacter nodosus - Bovins, caprins, ovins[655]
E[modifier | modifier le code]
F[modifier | modifier le code]
Fusobacterium necrophorum - Bovins, caprins, ovins[655]
P[modifier | modifier le code]
- Paenibacillus larvae - abeille américaine[659]
- Plasmopara viticola - la vigne[660]
- Pseudocercospora cladosporioides - l’olivier[661]
- Pseudomonas salomonii - ail[662]
M[modifier | modifier le code]
Melissococcus plutonius - abeille européenne[659]
Voir aussi[modifier | modifier le code]
Liste des maladies infectieuses
Notes[modifier | modifier le code]
- Marcus Terentius Varro[3] (né 116 av. J.-C.[4]) est considéré comme le premier à spéculer sur l'existence de petits agents pathogènes infectieux, via le livre I[5] chapitre XII[6] de Rerum rusticarum[5]: "quod crescunt animalia quaedam minuta...atque efficiunt difficilis morbos"[6]
- Absettarov découverte 5-aminoisoxazole-3-acide carboxylique esters d'adamantylméthyle[16] qui a une activité antivirale[17] de VMET[18]
- Absidia corymbifera (Cohn)[20],[21] Vuill. (1903)[20],[22] Absidia (en) ( it )[23] (PEL van[24],[25] Thieghem 1876)[26] corymbifera[27] (Cohn 1884)[26]
- Sawyer, T. K.; Griffin, J. L. (1975)[31]
- (Волконский)
- Acanthamoeba (Volkonsky [nb 5], 1931)[34] αιχμηρά (akantha[35]) + amibe[36] (Bory de Saint-Vincent 1822, Ehrenberg 1830; 1er décrit: Rösel von Resenhof 1757: petit Protée[37])
- ainsi nommé parce qu'il a été découvert par Castellani[39] (it de en)
- A. gerencseriae (Johnson et al 1990[57] car Mary Ann Gerencser[58])
- A. israelii (Kruse 1896 car Professeur James Israel[59])
- adénovirus A 18 (1er isolé: Rowe, Hartley, Huebner: 1956 & 1958, par un enfant avec maladie de[68] Niemann-Pick[69])
- A. christensenii (apres Jens J. Christensen[77], décrit 1999[76] Collins, Jovita, Hutson, Ohlén, Falsen[78])
- A. sanguinicola (2001[76])
- A. urinae (1992[76])[83]
- A. viridans (Williams et al.[77], 1953[76])[83]
- A. salmonicida (1er cas 2014; Tewari, Dudeja, Nandy, Kumar Das)[95]
- Água Preta, un mairie[97] de Brésil[97]
- de le Préfecture d'Aichi, Japon[99]
- Alcaligenes (Castellani et Chalmers 1919)[111]
- A. denitrificans denitrificans (Rüger et Tan 1983) (et. dénitrifiant)[111]
- A. infernus (Raguénès et al. 1997[119])
- A. canis (1935)[129]
- A. chaffeensis (décrite 1986)[125]
- E. sennetsu (1er isolé: 1954 [132], décrite 1956)[125]
- A. duodenale (Dubini 1843)[135]
- d'Araguari, un mairie de Brésil[141],[142] (prototype souche 1er isolé circa 1969)[142]
- (découverte 1946, Maclean[151],[152]: Corynebacterium[151],[15] haenolyticum)[15]
- arena: sable (de le ribosomes)[154]
- découvert par: C. Armstrong (Service de santé publique des États-Unis), R.D. Lillie (1933)[159]
- Lassa (1er identifié: 1969[156])
- Fièvre de Lassa (1er décrit: 1950)[161]
- Tacaribe (1er isolé: entre 1956 et 1958, Trinité[176])
- Astrovirus (decouverte 1975[182])
- (de Bary & Löwenthal) G.Arnaud, 1918 [184]
- B. fragilis (Castellani and Chalmers (1919)[199]
- Bas-Congo tibrovirus (Walker, Firth, Widen, Blasdell, Guzman, Wood 2018)[209]
- Batken, Kirgizstan[210] (1er isolé de[211] 1970[210])
- (une infection présente en un corps datant d'environ 3278 ans av. J.-C., découverte dans les Alpes de l'Ötztal[215])
- Bourbon (Comté de Bourbon-Kansas[217]) (1er identifié en 2014[217])
- Bhanja de Bhanjanagar, Inde (1er isolé: 1954)[224]
- Crimée-Congo (1er identifié: Crimée, 1944[227])
- Clostridium (Prazmowski 1880) (synonyme: Anaerobacter - Duda et al. 1996)[248]
- TONV de Tonate[15] (isolé pour la première fois pendant 1973 en Guyane française, Amérique du Sud[251])
- («couronne ⇒ halo»[257]: de la forme de la péplomère)
- (1ère détection des coronavirus humains: Tyrrell (en) et Bynoe[259] (1965)[260],[261],[259]
- NL63 (1er identifié: 2004 [264] Pays-Bas[265])
- 229E (1er identifié: "nouveau virus respiratoire": Hamre et Procknow, hiver de 1962[261] États-Unis[265])
- HKU1 (1er identifié: 2005[264] Hong Kong[267])
- OC43 (1er identifié: 1967 [264] France[265])
- MERS-CoV (1er isolé: 2012 Jeddah, Arabie Saoudite[267])
- SARS-CoV-1 (1er identifié: 2003, Carlo Urbani[276], Hôpital français de Hanoi[277])
- SARS-CoV-2 [272] (1er identifié: Janvier 2020 [269])
- B.1.1.529 (1er identifié: 24 novembre 2021 Sud Afrique[295])
- D. mansoni (Sparganum mansoni (Cobbold, 1883)[311])
- Dracunculus medinensis (Linnæus, 1758 [312]: petit dragon (draco) de Médine[313],[314]) (1er identifié: 1611 ver de Guinée[315], apres Golfe de Guinée)[313] present dans momie 1770 du musée de Manchester datée ~1000 av. J.C[316]
- vecteur: copépodes + hôtes intermédiaires (Alexeï Fedtchenko 1870 [314])
- Ekpoma (État d'Edo, Nigeria)[240] (1er identifié: 2015[322])
- Y. enterocolitica enterocolitica (Schleifstein et Coleman 1939; Frederiksen 1964)[331]
- Y. palearctica (Neubauer et al. 2000)[332]
- E. coli (1er décrit Théodore Escherich: Bacterium coli[354])
- F. buski (Lankaster, 1857 Distoma buski)[356]
- ouest de l'Ouganda[358]
- Fairfax[359] nord de[360] Virginie (1989)[361]
- Côte d'Ivoire[362]
- A. albopictus (Skuse, 1894)[377]
- de la forêt de Kyasanur, Karnataka, Inde[379] (1er identifié: 1957[380])
- Kunjin (1er identifié: 1960 Australie)[383]
- Wesselsbron (1er isolé: Weiss et al. 1956 [385], 1er identifié 1954-5 en les moutons de Wesselsbron[386])
- Zika (1er isolé: chez un macaque rhésus[389] GWA Dick[390] 1947[389])
- cytomegalovirus (1er identifié: 1904, 1956)[443]
- roseolovirus (1er identifié : 1986)[445],[446], isolé à partir de cellules mononucléaires du sang périphérique (PBMC) stimulées par l'interleukine 2 de patients atteints du SIDA ou de troubles lymphoprolifératifs[447]
- (de quo Mucor[464]: le premier microbe identifié par la science: Hooke & van Leeuwenhoek en le Micrographia de 1665[465])
- Micropolyspora (Hubert A. Lechevalier et al. 1961)[468]
- A. junii (Bouvet et Grimont 1986 (W. Mannheim 1964 de même que Achromobacter citroalcaligenes)[484]
- A. lwoffii (Audureau 1940) Brisou et Prévot 1954)[485]
- A. ursingii (1er isolé: 2001 - De Baere, Dijkshoorn, Nemec, van der Reijden, Tjernberg, Vaneechoutte[491])
- M. tuberculosis cause de la tuberculose (Robert Koch 1882)[495]
- Nocardia (1er isolé: Edmond Nocard 1888[501])
- influenzavirus α (1er isolé: 1932 - 1933 par Andrewes, Laidlaw, Smith[510])
- Nipah (1er identifié: 1999 - Malaysia[537])
- Langya (1er identifié: 2018 [500])
- Aichi 1 (premier isolé 1989[545])
- (kobuvirus (en)[547] (car au microscope électronique est morphologiquement bosselé; Japonais: kobu[548]) bovin[547] (1er rapport 2003[547])
- Prusiner[555] decouverte l'existence des prions circa 1982 par gratte[556]
- (apres Temin 1964; Weiss 1967; et al.[562],[563])
- VIH-1 (1er identifié: 1983[570]: Barré-Sinoussi, Chermann[571], Montagnier[572])
- VIH-2 (1er identifié: 1986[570])
- (Theiler’s-like human cardioviruses; Morris Saffold Jones 2007 apres Theiler, 1934[588])
- Sappinia pedata (Dangeard, 1896[592])
- présent chez les pharaons[596] de la XXe dynastie (Ruffer 1910)[597]
- Streptococcus (d'abord décrit par Billroth (1874 puis 1877)[606] par érysipèle et infections des plaies[607])
- pyogenes («pus (pyo) + formant (genes)» - Rosenbach 1884[607])
- (Stackebrandt, Rainey, Ward-Rainey 1997: Actinobacteria classis nov[53]. emend. Zhi, Li, Stackebrandt, 2009 [54])
- ἀκτῖνος + Madura (Lechevalier et Lechevalier[627] 1968 [628] / 1970 [627])
- (Vincent 1894)[632]
- Treponema pertenue (Castellani[15], 1905[634])
- T. pseudospiralis (Garkavi, 1972[638])
- U. chartarum (Preuss) E.G. Simmons[639]
- (A. Yersin 1894[648])
- (forêt Zika[649], à environ 1 150 à 1 170 mètres d'altitude[650], Comté de Kitala[651],[652],[653], ouganda[649])
- A. georgiae (Johnson, Moore, Kaneko, Moore: 1990[57] car Dr. L K Georg[654])
Références[modifier | modifier le code]
- (fr) https://inpn.mnhn.fr/espece/cd_nom/815096, Inventaire national du patrimoine naturel: https://inpn.mnhn.fr/
- (fr) https://www.larousse.fr/encyclopedie/personnage/Carl_von_Linn%C3%A9/130020, https://www.larousse.fr/ (Éditions Larousse)
- (en) https://www.rcpe.ac.uk/heritage/history-germ-theory-college-collections, https://www.rcpe.ac.uk/ (Collège royal des médecins d'Édimbourg (en))
- (fr) https://www.lesbelleslettres.com/contributeur/varron, https://www.lesbelleslettres.com/
- (fr) Jean Trinquier https://www.persee.fr/doc/mom_0151-7015_2008_act_39_1_1006#mom_0151-7015_2008_act_39_1_T11_0157_0000 Actes du colloque international tenu à la Maison de l'Orient et de la Méditerranée-Jean Pouilloux, les 26 et 27 octobre 2006 MOM Éditions Année 2008 , https://www.persee.fr/ (Persée) ← Université d'État de l'Oregon par James T. Bawden https://www.quora.com/What-did-Marcus-Terentius-Varro-contribute-in-the-field-and-study-of-microbiology, https://www.quora.com/
- (fr) B. Maroutaeff, C. Ruell, J. Schumacher (2008) http://agoraclass.fltr.ucl.ac.be/concordances/varron_de_agricultura_01/ligne05.cfm?numligne=13&mot=siqua, http://agoraclass.fltr.ucl.ac.be/ (UCLouvain)
- (fr) Professeur Catherine Neuwirth http://www.ifsidijon.info/v2/wp-content/uploads/2015/09/2016-Les-agents-infectieux.pdf [archive] (http://www.ifsidijon.info/v2/ Institut de formation en soins infirmiers - CHU de Dijon - https://www.chu-dijon.fr/
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