Global Biodiversity Information Facility

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Le GBIF pour Global Biodiversity Information Facility (en français « Système Mondial d'Informations sur la Biodiversité ») est un projet scientifique international, fondé par l'OCDE en 2001, et qui a pour but de mettre à disposition toute l'information connue sur la biodiversité (données d'observations ou de collections sur les animaux, plantes, champignons, bactéries et archaea).

Les décisions prises lors de la Conférence mondiale sur la biodiversité, de Nagoya (2010) devaient conduire à accélérer le développement du GBIF.

Le nouveau[1] portail de données international du GBIF est aussi une plate-forme informatique ouverte dans une perspective de gestion de grandes quantité de données (Big data), de recherche et sélection de données (data mining) dans une volonté de partage et d'ouverture (open data)[2] donne accès en ligne à plus de 400 millions de données primaires sur la biodiversité. Ces données sont téléchargeables en « open access » gratuitement (après inscription obligatoire et gratuite).

Méthode de travail[modifier | modifier le code]

Il connecte des bases de données de collections d'histoire naturelle ou d'observations dans la nature à un portail de recherche (accessible à tous, à condition d'avoir préalablement donné son accord aux conditions d'utilisation).
Ce portail crée des cartes automatiques indiquant les zones actuelles et connues de répartition (avec possibilité de zoomer sur la carte) et le caractère plus ou moins commun de la plante.

Ainsi, toutes les données informatisées sur la nature devraient peu à peu devenir sont interopérables et visibles. En septembre 2009, 299 fournisseurs de données étaient connectés au GBIF, contribuant plus de 180 millions de données concernant chacune un spécimen de plante, d'animal ou d'organisme unicellulaire.

De plus, le GBIF maintient des points nodaux dans ses pays membres, qui aident à la connexion des données et font connaître le projet.

Open data et collaborativité[modifier | modifier le code]

Le GIBF encourage le travail collaboratif et ouvert des chercheurs qui peuvent aussi bénéficier d'autres projets de mise à disposition de données en Open data dans le monde, pouvant interagir avec le GBIF avec parfois des applications logicielles ouvertes aux sciences citoyennes et au travail collaboratif ((wikispecies), dont en France avec Tela botanica et de premiers outils développés en 2011[3].

Exemples d'utilisations de données « massives »[modifier | modifier le code]

Le GIBF a par exemple permis une étude internationale[4] montrant comment l'écureuil gris (Sciurus carolinensis) originaire d'Amérique du Nord est devenu rapidement invasif en ayant pratiquement aussi anéanti les populations indigènes d'écureuil roux (Sciurus vulgaris) dans une grande partie des îles Britanniques et dans le nord de l'Italie (d'où il pourrait peut-être gagner la France ou le reste de l'Europe)[4]. Les données naturalistes (dont celles du GBIF) et des observations de terrain ont permis d'affiner et comparer les modèles de propagation réelle des écureuils envahissants avec les modèles de leurs comportements en Amérique du Nord. On a ainsi pu définir et comparer la niche écologique de l'animal en Amérique et en Europe, et montrer que dans un nouveau milieu et climat l'écureuil gris a pu modifier sa niche écologique et coloniser des milieux plus froids que ses habitats naturels d'origine[4]. Ceci montre que prévoir le développement d'une population invasive uniquement à partir de données comportementales et biogéographiques venant de la région d'origine de l'espèce peut conduire à gravement sous-estimer son impact en terme d'invasivité biologique dans un environnement "exotique" (nouveau) ; les modèles de recherche doivent donc être utilisés avec prudence pour construire des « listes blanches » d'espèces présumées ne présenter qu'un faible risque d'invasion[5].

De même la stratégie de création du réseau des aires marines protégées du Golfe de Californie (au large du Mexique) a utilisée le GBIF pour définir l'espacement idéal entre ces aires protégées, afin d'assurer une connectivité écologique suffisante pour les larves d'espèces de poissons identifiées par le GBIF et son partenaire mexicain (CONABIO [6])

En 2012, des chercheurs mexicains ont étudié comment des modèles basés sur les données du GBIF (ou similaires) peuvent préciser la répartition d'espèces discrètes et à faible aire de répartition, afin d'améliorer les stratégies de conservation de la nature. Le sujet d'étude était Dendrortyx barbatus, oiseau rarement aperçu vivant dans les forêts tempérées de l'est de la chaîne montagneuse de la Sierra Madre orientale (Mexique), classé « vulnérable » sur la liste rouge de l'UICN, mais «en danger de disparition » au Mexique (suite à un désaccord sur l'imminence du risque d'extinction). La carte de distribution faite par l'UICN suggère que la métapopulation de cette espèce est principalement divisée en trois petites sous-populations séparées par de grandes distances. Une première étude[7] a comparé 5 méthodes différentes d'utilisation d'un petit nombre de séries de données disponibles pour tenter de définir la répartition réelle de l'espèce (41 documents historiques ont été trouvés dont via le GBIF). La modélisation des niches écologiques semble fournir les meilleurs résultats en termes d'aide et décision pour la conservation des espèces, surtout pour les zones géographiques limitées. Une autre étude[8] a utilisé cette modélisation pour repérer où existaient encore des habitats favorables et mieux cibler la détection d'oiseaux in situ (par diffusion de chants enregistrés), y compris hors de l'aire où l'espèce est supposée encore survivre. Ceci a permis de détecter 95 nouveaux individus en grande partie hors de la carte alors disponible de l'aire de répartition de l'espèce, confirmant que l'espèce est discrète, mais suggérant une rareté moindre que supposée à ce moment. Les auteurs ont conclu que l'oiseau pouvait ne plus être classé comme étant en danger au Mexique, mais que l'UICN doit mettre à jour sa carte d'aire de répartition géographique, tout en convenant que l'espèce reste vulnérable.

Une étude publiée dans la revue Nature a utilisé environ 47 millions de données concernant près de 30 000 espèces (initialement acquises par des centaines d’institutions et aujourd’hui accessibles via le GBIF) pour mieux comprendre comment au cours de l’évolution les plantes ligneuses et/ou à fleur apparues en milieux tropicaux ont pu coloniser les régions aux hivers froids ou très froids en « contournant » les nombreux problèmes posés par le gel (par exemple avec la perte des feuilles, la descente de sève, la survie hivernale sous forme de bulbe, des modifications biochimiques, etc.). Des études de ce type pourraient ensuite porter sur la réaction ou l’adaptation de plantes ou d’autres organismes vivants à d'autres types de pressions environnementale.

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]

Références[modifier | modifier le code]

  1. mis en place en octobre 2013
  2. Nouveau portail GBIF (Oct 2013)
  3. Julien Vinzent, Une start-up marseillaise met la biodiversité en « open data » ; 2011-09-15
  4. a, b et c Di Febbraro, M. et al., 2013. The use of climatic niches in screening procedures for introduced species to evaluate risk of spread: a case with the American eastern grey squirrel H. Verbruggen, ed. PLoS ONE, 8(7), p.e66559. Available at: http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0066559
  5. gbif.org (2013) Featured Data Use Shifting niches and invasive species control
  6. Portail de la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO) et présentation (en espagnol)
  7. Mota-Vargas, C. & Rojas-Soto, O.R., 2012. The importance of defining the geographic distribution of species for conservation: The case of the Bearded Wood-Partridge. Journal for Nature Conservation, 20(1), pp.10–17. http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1617138111000422).
  8. Mota-Vargas, C. et al., 2012. Geographic and ecological analysis of the Bearded Wood Partridge Dendrortyx barbatus: some insights on its conservation status. Bird Conservation International, pp.1–15. (http://www.journals.cambridge.org/abstract_S0959270912000329)