Maladie à coronavirus 2019

Maladie à coronavirus 2019 (Covid-19)

Pneumonie aiguë bilatérale, les flèches indiquent un infiltrat en verre dépoli dans les deux poumons.

Données clés

Causes	SARS-CoV-2
Transmission	Transmission aéroportée (d), contamination par les sécrétions respiratoires (d), transmission par contact (d), transmission directe (d), transmission par surface contaminée (d) et infection de l’œil (d) (?)
Incubation min	2 j
Incubation max	14 j ou 27 j
Symptômes	Fièvre, toux sèche, dyspnée

Traitement

Diagnostic	PCR sur prélèvement nasopharyngé ou bronchique et scanner des poumons
Différentiel	Infection virale à H5N1, H7N9, grippe et toutes infections pulmonaires bactériennes et virales y compris SRMO/MERS, SRAS et tuberculose
Traitement	Traitement symptomatique, antiviral, oxygénothérapie normobare, immunothérapie, thérapie par immunoglobulines, immunosuppresseur, sérum immun et traitement de la Covid-19
Médicament	Soins de support. Aucun traitement à l'efficacité prouvée.-
Spécialité	Infectiologie, pneumologie, virologie, épidémiologie et médecine d'urgence

Classification et ressources externes

CIM-10	U07.1 et U07.2
OMIM	301051
DiseasesDB	60833
MedlinePlus	007768
eMedicine	2500114
MeSH	D000086382

Mise en garde médicale

La maladie à coronavirus 2019 , ou le ou la Covid-19 (acronyme anglais de coronavirus disease 2019), est une maladie infectieuse émergente de type zoonose virale causée par la souche de coronavirus SARS-CoV-2. Les symptômes les plus fréquents sont la fièvre, la toux, la fatigue et la gêne respiratoire. Dans les formes les plus graves, l'apparition d'un syndrome de détresse respiratoire aiguë peut entraîner la mort, notamment chez les personnes plus fragiles du fait de leur âge ou en cas de comorbidités. Une autre complication mortelle est une réponse exacerbée du système immunitaire inné (choc cytokinique).

Une perte brutale de l'odorat (anosmie) associée ou non à une perte du goût (agueusie) sont des manifestations relativement fréquentes et parfois révélatrices de l'infection par le SARS-COV-2.

Il existe un taux important de formes asymptomatiques. La transmission interhumaine se fait surtout via des gouttelettes respiratoires, postillons comme pour la grippe saisonnière, surtout lors de la parole, de la toux et des éternuements ou lorsque le contact d'une surface contaminée est suivi par celui d'une muqueuse du visage (bouche, nez, yeux). La période d'incubation est en moyenne de 5 à 6 jours, avec des extrêmes pouvant aller de deux à quatorze jours.

Une proportion importante de personnes infectées, notamment d'enfants, ne présentent que peu ou pas de symptômes mais peuvent néanmoins transmettre la maladie. De plus, il a été établi que, chez les personnes symptomatiques, la contagiosité peut précéder les symptômes de 2 à 3 jours et qu'elle serait maximale durant les premiers jours de la maladie.

Nom de la maladie

Dénomination par l'OMS

Le 11 février 2020, l'OMS nomme officiellement la maladie dans plusieurs langues, dont la langue française où le terme retenu est : « maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) ». La désignation Covid-19, donnée de façon identique à toutes les langues, est une apocope du syntagme en langue anglaise (CO_ronaVI_rus D_{isease 20}19). L'organisation, dans la version du texte en langue française , emploie l'acronyme au féminin : « La COVID-19 est la maladie infectieuse causée par le dernier coronavirus qui a été découvert ».

Europe

L'acronyme COVID-19 est repris en France et dans les régions francophones d'Europe avec la typographie Covid-19 et un genre masculin, y compris dans les communications gouvernementales françaises, belges et suisses, malgré quelques exceptions. Dans les textes législatifs et réglementaires français instaurant l'état d'urgence sanitaire en mars 2020, le mot est utilisé au masculin, mêlant l'épidémie et le virus. Dans le décret français n°2020-545 du 11 mai 2020 « prescrivant les mesures générales nécessaires pour faire face à l'épidémie de covid-19 dans le cadre de l'état d'urgence sanitaire », le mot est écrit en minuscule covid-19 avec un emploi au masculin mais sert indifféremment à désigner la maladie et le virus, comme dans d'autres textes ultérieurs. On retrouve le même genre d'usage dans des textes officiels belges. Début mai 2020, l'Académie française dit sa préférence pour l'emploi du féminin pour Covid-19, son noyau étant un équivalent du nom français féminin « maladie ». Dans ses échos à cet avis, la presse européenne doute de son impact sur des usages bien ancrés. Le 4 juin 2020, le nom « covid » rentre dans le dictionnaire en ligne du Robert qui le considère masculin ou féminin en raison des usages différents en France et au Québec.

Canada

Au Canada, le nom est repris avec la typographie COVID-19. Si l'usage du masculin pour COVID-19 l'emporte dans un premier temps, l’Office québécois de la langue française se prononce rapidement pour un emploi au féminin. Début mars, le média national Radio Canada recommande l'emploi du féminin sur son antenne. Par la suite, le Bureau de la traduction du gouvernement canadien précise également le même genre. Ces démarches aboutissent à un usage beaucoup plus fréquent du féminin au Canada que dans le reste de la francophonie, même si l'usage reste encore hésitant à la mi-mai 2020. Dans leurs allocutions, les premiers ministres Justin Trudeau, du Canada, et François Legault, du Québec emploient le féminin.

Historique de la maladie

Le premier cas rapporté est un patient de 55 ans tombé malade le 17 novembre 2019 en Chine. Un mois plus tard, le 15 décembre, le nombre de cas s'élève à 27. Le 20 décembre, il est à 60, incluant plusieurs personnes qui, travaillant au marché de gros de fruits de mer de Huanan, sont hospitalisées à l'hôpital de Huanan, dans la région du Hubei, pour pneumopathie. Personne ne sait encore si les humains se contaminent entre eux ou non, les malades ayant pu être contaminés par une source animale commune. À ce stade déjà, de nombreux observateurs soupçonnent les autorités chinoises d'avoir voulu étouffer la vérité. Le 21 décembre, un kit diagnostic ciblant vingt-deux germes pathogènes respiratoires (dix-huit virus et quatre bactéries) donnant un résultat négatif, les médecins réalisent qu'ils sont en présence d'un nouvel agent pathogène respiratoire.

Le 31 décembre 2019, un pays tiers informe officiellement l'Organisation mondiale de la santé (OMS) de la survenue de nombreux cas d'une pneumonie d'origine inconnue dans la ville de Wuhan.

Le 6 janvier, les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies des États-Unis (US CDC) communiquent sur les risques d’une épidémie.

Le 7 janvier 2020, les autorités chinoises confirment qu'il s'agit bien d'un nouveau virus de la famille des coronavirus, baptisé temporairement « 2019-nCoV », signalent une soixantaine de victimes, et isolent un nouveau type de coronavirus : le SARS-CoV-2 (deuxième coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère). Le coronavirus de Wuhan, désigné internationalement sous le terme « 2019 novel Coronavirus » abrégé 2019-nCov, parfois appelé « virus de la pneumonie du marché aux fruits de mer de Wuhan », est le coronavirus à l'origine de l’épidémie de pneumonie de Wuhan, nom provisoire repris par l'Institut Pasteur, car c'est à l'Organisation mondiale de la santé (OMS) qu'il reviendra de donner son nom définitif à cette nouvelle pathologie. En attendant, la Chine a annoncé la nommer pneumonie à nouveau coronavirus, lui donnant le sigle anglais officiel de NCP (pour novel coronavirus pneumonia).

Le 9 janvier 2020, l'OMS lance une alerte internationale.

Le 21 janvier, l'OMS émet son premier rapport journalier sur l'épidémie.

Le 23 janvier, l'OMS annonce que la maladie est transmissible entre humains.

Le 24 janvier, l'OMS indique que les modes de transmission de la maladie sont probablement les mêmes que pour d'autres coronavirus : contact direct via les gouttelettes respiratoires éjectées lors de la parole (postillons), la toux et les éternuements ou via des objets contaminés par ces gouttelettes.

Le 26 janvier, la Commission nationale de la santé de Chine annonce que le nouveau virus a une période d’incubation pouvant aller jusqu’à deux semaines, et surtout que la contagion est possible durant la période d’incubation. De ce fait, s'il ne fait pas l'objet d'une politique de détection systématique et précoce, il est susceptible de se répandre avec une croissance exponentielle. Dans la plupart des publications scientifiques, maladie et virus apparaissent provisoirement sous le nom de 2019-nCOV.

Le 30 janvier, l'OMS déclare que l'épidémie constitue une urgence de santé publique de portée internationale (USPPI). Certains évoquent la « maladie X », nom donné en 2018 par l'OMS à une maladie susceptible de causer un danger international.

Le 11 février, l'OMS nomme officiellement la maladie : « maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) ». Le virus est lui-aussi nommé : « coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) ».

Le 27 février, l'OMS publie un guide sur les mesures préventives destinées à freiner l'épidémie.

Le 11 mars, le directeur général de l'OMS qualifie la COVID-19 de pandémie, soulignant que c'est la première fois qu'une pandémie est causée par un coronavirus.

Cause : coronavirus SARS-CoV-2

Le coronavirus SARS-CoV-2 génère la maladie infectieuse Covid-19.

Pénétration dans l'organisme et physiopathologie

Les virus infectent généralement les cellules en y entrant via une endocytose médiée par un récepteur auquel chaque virus doit d'abord se lier. Le récepteur utilisé par le SARS-CoV-2 est une protéine de surface cellulaire : l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2), la même que pour le SARS-CoV mais avec une affinité 10 à 20 fois plus importante que le SARS-CoV. Le virus se lie avec le récepteur ACE-2 par ses protéines présentes dans les épines de sa couronne (protein spike).

L'ACE2 est une enzyme de conversion des récepteurs cellulaires de l'angiotensine II. Elle est présente sur les « cellules épithéliales alvéolaires AT2 » situées dans les alvéoles pulmonaires, mais aussi dans l'œsophage (dans les cellules épithéliales supérieures et stratifiées), dans les entérocytes absorbants de l'iléon et du côlon et dans le pancréas (de légères pancréatites sont d'ailleurs observées, via analyses d'amylase et de lipase et via l'imagerie médicale, chez les malades légèrement ou sévèrement atteints par la Covid-19). Les « cellules à AT2 » sont connues pour être sujettes aux infections virales.

Il existe un deuxième récepteur de l'angiotensine au niveau des cellules pulmonaires nommé ACE1. Ce récepteur convertit la pro-hormone angiotensine I (peptide comprenant 10 acides aminés) en angiotensine II (peptide comprenant 8 acides aminés). L'angiotensine II entraîne une vasoconstriction des vaisseaux avec augmentation de la pression artérielle. L'ACE2 convertit l'angiotensine II en un peptide à 7 acides aminés agissant sur des récepteurs Mas entraînant une vaso-dilatation.

Le virus, en utilisant l'ACE2, empêche l'élimination naturelle de l'angiotensine II. Cette accumulation d'angiotensine II pourrait entraîner une stimulation des récepteurs AT₁R présents sur les lymphocytes TCD8 entraînant une libération de cytokine pouvant, en l'absence de régulation, entraîner un choc cytokinétique.

L'implication du système rénine-angiotensine, régulant la pression artérielle, dans la réponse immunitaire innée, a fait l'objet de nombreuses publications (plus de 15). Ce système agit par l'intermédiaire du récepteur AT₁R présent sur les lymphocytes TCD8 (12 publications).

Le virus pourrait s'introduire dans le liquide cérébrospinal des personnes contaminées.

Les lymphocytes cytotoxiques sont chargés de détruire les cellules dans lesquelles un virus commence à se répliquer : ce sont d'abord les cellules tueuses naturelles (éléments de l'immunité innée), et les lymphocytes T cytotoxiques qui viennent compléter le travail des précédentes et le poursuivre dans la durée. Ces cellules du système immunitaire, permettent de bloquer en quelque heures ou quelques jours une infection virale en cours.

Une équipe médicale chinoise constate qu'au début de la maladie, l'organisme des patients (panel de 68 malades, âge médian de 47 ans) n'arrive pas à produire les cellules NK et les lymphocytes T CD8⁺ nécessaire pour combattre le virus. Leur nombre moyen de ces cellules a même chuté sous la moyenne normale. Ceci a été démontré par le suivi des niveaux d'expression du récepteur NKG2A, « récepteur inhibiteur », déjà connu comme indicateur d'« épuisement » de ces types cellulaires lors d'autres infections virales chroniques. Et, le jour de leur admission, la leucocytose et la lymphopénie des patients est proportionnelle à la gravité de la maladie (atteignant surtout les TCD8). Autrement dit : la phase de progression du virus dans les cas sévères de Covid-19 correspondait à un « épuisement fonctionnel des lymphocytes cytotoxiques », avec un nombre total de cellules T (Cellule tueuse naturelle + LT CD8) qui s'effondrait quand le SARS-CoV-2 se développait, pendant que dans le même temps l'expression de NKG2A augmentait. Par contre on voyait chez les convalescents, le nombre de cellules tueuses NK et de LT CD8⁺ se restaurer, pendant que l'expression de NKG2A diminuait. Ceci laisse penser que le SARS-CoV-2 peut bloquer précocement, efficacement (et durablement dans les cas les plus graves) notre immunité antivirale. Les auteurs de l'article estiment que le récepteur NKG2A pourrait être une cible thérapeutique à étudier.

Une caractéristique commune à de nombreux coronavirus est que « la gravité de la maladie augmente lors de la phase d'élimination du virus, suggérant que la réponse immunitaire de l'hôte est à la fois protectrice et pathogène. De plus, l'inhibition d'aspects spécifiques de la réponse immunitaire entraîne une maladie moins grave et moins de destruction des tissus, sans diminuer la cinétique de la clairance virale ».

Répartition dans l'organisme

La répartition du virus dans l'organisme pourrait varier selon les souches virales ; par exemple chez un patient de Wuhan, « des populations de virus à séquence distincte ont été systématiquement détectées dans des échantillons de gorge et de poumon du même patient, prouvant une réplication indépendante » (réplication démontrée par des ARN réplicatifs viraux).

La première synthèse basée sur 1 070 échantillons prélevés en hôpital en Chine en janvier-février 2020 a montré que l'ARN viral était fortement présent dans les lavages bronchoalvéolaires (14 cas sur 15 ; soit 93 %). Venaient ensuite les expectorations (72 cas sur 104 ; 72 %), les écouvillons nasaux (5 cas sur 8 ; 63 %), la biopsie par fibroscopie bronchique (6 cas sur 13 ; 46 %), le pharynx (126 cas sur 398 ; 32 %), les matières fécales (44 cas sur 153 ; 29 %) et enfin dans le sang (3 cas sur 307 ; 1 %). Dans aucun cas le virus n'a été retrouvé dans l'urine, mais les auteurs notent qu'un SARS-CoV-2 infectieux a été trouvé dans les selles de deux patients sans diarrhées.

En avril, on découvre, comme pour les virus du SRAS et du MERS, que le virus peut infecter le système nerveux central : un patient de 56 ans atteint de la Covid-19 à l'hôpital Ditan de Pékin présente des troubles neurologiques (contractions de muscles du visage après quelques jours de traitement), des coronavirus sont retrouvés dans son liquide cérébrospinal et il développe une encéphalite.

Le virus semble pouvoir également affecter le foie et les reins. La métabolisation des médicaments administrés peut de ce fait être modifiée.

En revanche le virus ne se retrouve pas dans les sécrétions vaginales et la voie vaginale ne semble pas être une voie d'infection.

Fin avril 2020, le virus a été détecté dans les cellules épithéliales alvéolaires de type II, les monocytes, les cellules épithéliales du tube digestif, les cellules tubulaires rénales distales, les cellules des glandes sudoripares cutanées, les éosinophiles parathyroïdes et hypophysaires, les cellules du cortex surrénalien, les cellules pariétales gastriques, les cellules pancréatiques cellules acineuses et cellules de la glande séreuse trachéale. Différent du SARS-CoV-1, le SARS-CoV-2 a été principalement détecté dans les cellules épithéliales alvéolaires de type II et les macrophages pulmonaires, et en partie dans les ganglions lymphatiques hilaires, la rate et les testicules.

Comparaison de dangerosité avec d'autres viroses

Le taux de reproduction de base (R0) est le nombre moyen d'individus qu'une personne infectieuse peut infecter, tant qu'elle est contagieuse.

Le temps de génération est le délai qui sépare l'apparition des signes cliniques d'une personne infectée et l'apparition des signes cliniques des ou de la personne qu'elle a infectée.

Virus	Maladie	Transmission respiratoire	Taux de reproduction de base	Taux de létalité pour 1000	Temps de génération (jours)	Contagion avant l'apparition des symptômes
SARS-CoV-2	Covid-19	Oui	Supérieur à 2	67[réf. nécessaire]	> 3	Oui
Alphainfluenzavirus Betainfluenzavirus Gammainfluenzavirus	grippe	Oui	1,4	1	> 3	Oui
SARS-CoV (ou SARS-CoV-1)	SRAS	Oui	Supérieur à 2	94	> 3	Non (trois jours après la toux, probablement car contrairement au cas de la Covid-19, le SARS-CoV-1 ne se reproduisait que dans la partie basse du poumon, alors que le SARS-CoV-2 se reproduit aussi dans la partie supérieure des voies respiratoires).
MERS-CoV	SRMO / MERS	Oui	Inférieur à 1	344	> 3
Morbillivirus (measles virus)	rougeole	Oui	12	1	> 3	Non mais signes très légers

Bien entendu, quand le vaccin existe, les campagnes de vaccination réduisent considérablement l'impact d'un virus dangereux dans une population.

Transmission

La première étude (portant sur les 425 premiers cas) dans The New England Journal of Medicine, montre que la transmission inter-humaine date au moins de la mi-décembre 2019.

Pour éviter la contagion, une distance supérieure à un mètre semble généralement suffisante, par précaution 2 m, voire plus, sont parfois proposés ou imposés. Une étude publiée le 26 mars dans le JAMA montre qu'en cas de toux ou d'éternuement, la diffusion du virus est possible lors de l’expiration jusqu'à une distance pouvant atteindre 8 mètres, très loin des deux mètres recommandés par le CDC. En présence d'aérosols et non de gouttelettes, un masque FFP2 est efficace.

L’existence de patients totalement asymptomatiques, en grand nombre (25 % des individus infectés et contagieux), semble se confirmer et modifie les recommandations initiales de l'OMS de ne pas porter de masque.

Contagiosité

La contagiosité du SARS-Cov-2 serait notamment due à sa capacité à être clivé par la furine (protéine présente dans de nombreux tissus), ce qui n'était pas le cas des deux autres coronavirus hautement pathogènes pour l'humain.

Établir la contagiosité

Mesurer la contagiosité du virus n'est pas simple. Le test-diagnostic RT-PCR n'indique que la présence d'ARN viral (en fait d'un fragment qui diffère selon les tests), il ne peut pas différentier l'ARN de virus activement infectieux et celui de restes de virus inactivés par le système immunitaire. Il ne mesure donc pas le degré de contagiosité du patient. La réplication active du virus peut cependant être démontrée par l'analyse d'intermédiaires réplicatifs sous-génomiques viraux, mais ce n'est pas une pratique de routine en laboratoire.

Un bon moyen d'établir le pouvoir infectieux et la contagiosité est la culture virale (in vitro), mais elle n'est pas utilisable en pratique, car elle est longue, non représentative de la vitesse de reproduction du virus in vivo, et de faible sensitivité (beaucoup d'échec de culture). Pour la grippe, il existe une corrélation entre la quantité de copie retrouvée par RT-PCR et la quantité de virus retrouvé par culture virale. Il n’existe aucune donnée pour la SARS-Cov-2.

Le 11 avril 2020, le South China Morning Post cite une étude post-mortem de l’Université de Hong-Kong sur la multiplication du SARS-Cov-2 (par rapport au SARS-Cov, responsable du SARS) dans le tissu pulmonaire. Le Sars-Cov-2 se multiplie de 5 à 10 fois plus que le SARS-Cov dans la même unité de temps aboutissant à une production de virus 3 fois supérieures que le SARS-Cov. Cette multiplication importante s'accompagne d'une réponse immunitaire plus faible de l'organisme.

Durée de la période d'excrétion virale

C'est le temps durant lequel un malade est potentiellement contagieux. Elle commence dans les heures qui suivent la contamination, donc avant toute manifestation perceptible de la maladie.

En général :

• lors de l'incubation : avant les premiers symptômes, avant que le système immunitaire ne soit déjà bien activé, le futur malade est déjà contagieux. Mi avril 2020, dans Nature une étude a confirmé qu'il est particulièrement contagieux (c'est peut-être le moment où il le sera le plus) en fin d'incubation. La contagiosité commence 2,3 jours avant les premiers symptômes, et elle culminerait à 0,7 jour avant l'apparition de ces symptômes ; une autre étude a trouvé que l'excrétion pharyngé était très élevée la première semaine de symptômes (pic à 7,11 × 108 copies d'ARN par prélèvement de gorge au jour 4) ;
• pendant la phase clinique (symptomatique) : le malade est contagieux ; après l'apparition des signes cliniques, la moyenne de la durée de contagiosité serait de 20 jours pour les personnes de moins de 65 ans et de 22 jours pour les personnes de plus de 65 ans ;
• durant la convalescence : certains malades excrètent encore le virus après disparition des symptômes. De l'ARN viral est retrouvé dans les expectorations et les selles après disparition totale des symptômes.

À la mi-mars 2020, peu de données concernent les porteurs asymptomatiques et/ou non-hospitalisés, mais chez les patients hospitalisés, la durée médiane d'excrétion virale était de 20 jours environ chez les survivants. Et le SARS-CoV-2 était détectable jusqu'à la mort chez tous les non-survivants. Il est probable que ces patients sont ceux qui excrètent le plus de virus, et le plus longtemps. La durée la plus longue d'excrétion virale observée parmi près de 200 cas étudiés a été (parmi les survivants) de 37 jours.

Cette excrétion, plus précoce et plus longue qu'attendue, est à prendre en compte dans les modélisations épidémiologiques. Elle confirme la nécessité d'isoler les patients infectés et de rechercher des antiviraux plus efficaces. La contagiosité ne disparaît pas nécessairement quand l’excrétion du virus disparaît de la gorge, notamment chez l'enfant qui peut encore excréter le virus via l'intestin jusqu'à 8 à 20 jours après que le virus n'est plus présent dans la gorge.

Chez les enfants

L'enfant ne présente souvent que des symptômes bénins (ou aucun symptôme) mais tout en excrétant le virus et pouvant alors être alors contagieux. De plus l'excrétion virale dans les selles persiste même après la disparition du virus dans les excrétions nasales ou dans les écouvillonages de la gorge, avec des écarts constatés de 8 à 20 jours. Ce fait évoque des mécanismes différents de ceux constatés chez les adultes.

Taux de contagion

Selon de premiers travaux de recherche, le taux de reproduction de base (noté R₀) qui est un indice de contagiosité se situerait entre 2,2 et 3,5. Il est de 2,2 (intervalle de confiance 95 %, de 1,4 à 3,9) sur les 425 premiers cas confirmés.

Une revue de la littérature publiée entre le 1^er janvier 2020 et le 7 février 2020 indique une médiane du taux de reproduction de base à 2,79.

En avril 2020, le taux de contagiosité est réévalué fortement à la hausse, entre 3,8 et 8,9, avec une médiane à 5,7.

Taux d’attaque secondaire

Ce taux décrit le nombre de foyers secondaires apparaissant à partir d'un foyer primaire. Il indique la facilité d'une infection à se propager dans un lieu clos (foyer...). Une publication du 27 février dans le Lancet, estime ce taux d'attaque secondaire à 35 %.

Survie du virus hors de l'organisme

Elle a dans un premier temps été estimée comprise entre trois heures (en milieu sec) et trois jours (en milieu humide), mais, comme pour la plupart des virus, elle varie beaucoup selon les conditions de température, d'humidité, de lumière (les UV solaires le détruisent), et selon le type de surface sur laquelle le virus, ou le résidu sec de gouttelettes en contenant, se sont déposés.

En février 2020, on estimait que le pouvoir infectieux du virus disparaissait en quelques heures. On notait cependant que le virus de la Covid-19 se montrait bien plus contagieux que celui du SRAS et encore bien plus que celui du MERS, surtout pour le personnel soignant, surexposé, et ce malgré les masques chirurgicaux utilisés.

Une étude américaine parue le 10 mars dans le NEJM a mesuré le temps de « survie » des virus SARS-Cov-1 et SARS-Cov-2 dans différentes conditions :

1. En aérosol (en suspension sèche, dans l'air — c'est-à-dire hors de gouttelettes).
2. Sur quatre types de surfaces.

Les résultats peuvent être résumés ainsi :

Virus	En suspension dans l'air	Sur une surface de cuivre	Sur une surface de carton	Sur une surface d'inox	Sur une surface de polypropylène
SARS-Cov-1	Encore très présent après 3 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 8 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 8 heures.	Encore détectable à faible concentration après 48 heures.	Encore détectable à faible concentration après 72 heures.
SARS-Cov-2	Encore très présent après 3 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 4 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 24 heures.	Encore détectable à faible concentration après 72 heures.	Encore détectable à faible concentration après 72 heures.

Important : trois heures est la durée maximale testée ci-dessus pour les aérosols (virus en suspension dans l'air) ;
trois heures après l'aérosolisation, le taux de SARS-CoV-2 viables était encore très significatif (le titre infectieux n'était passé que de 10^3,5 à 10^2,7 TCID₅₀/mL). Il en allait de même pour le SARS-CoV-1 qui en 3 heures passait de 10^4,3 à 10^3,5 TCID₅₀/mL.

Il faut noter que cette étude a d'abord vocation à « prévenir le milieu hospitalier et les chercheurs qui manipulent le virus en laboratoire — qui sont en contact étroit avec les agents infectieux — sur différentes surfaces, pour minimiser les risques de contamination et d'infections nosocomiales ». Les quantités de virus et leur charge virale utilisées pour ces tests en laboratoire sont très grandes et non représentatives de contaminations accidentelles en milieu ordinaire. L'étude américaine précise d'ailleurs que le virus résiste moins de 5 minutes en dessous de 10 000 particules (contre 100 millions de copies pour test).

Toutefois, en cas de toux ou d'éternuement, les gouttelettes exhalées se diffusent dans l'air sous la forme d'un nuage chaud et humide dont la cinétique retarde l'évaporation de ces gouttelettes ; l'aérosol (résidu sec après leur évaporation) pourrait rester dans l'atmosphère ambiante pendant plusieurs heures, et dans des conditions propices se diffuser via les systèmes de ventilation, ce qui serait alors une source potentielle d'infections nosocomiales.

Saisonnalité

Une étude chinoise sur la température et le taux d'humidité dans la transmission du virus conclut que celle-ci semble peu influencée par ces paramètres.

Le chef du service de virologie du CHU de Caen, le D^r Astrid Vabret, rappelle que l'épidémie de SRAS s'est produite de novembre 2002 à juillet 2003, puis de septembre 2003 à mai 2004. De l'automne au printemps, voire à l'été, donc. Et « on ne sait pas quel a été le rôle de la saisonnalité sur le SRAS ». Certes, « les virus sont tués par les hautes températures, mais on parle là de plus de 56 °C », insiste la virologue. « Si l'organisme d'un humain atteint cette température-là, s'il ne peut pas se refroidir, lui aussi meurt. C'est déjà compliqué de survivre à 43 °C ».

Le directeur de l'Institut de santé globale au sein de la faculté de médecine de l'université de Genève, Antoine Flahault, estime que, « sous les latitudes tempérées, les virus respiratoires, comme ceux de la grippe ou les coronavirus, sont sensibles aux saisons et l'hiver est leur saison de prédilection ».

Voies de transmission

Transmission interhumaine

Estimation du nombre de cas de Covid-19 à Wuhan en fonction du taux de reproduction de base (R0).

Au 14 mars les modalités précises de transmission sont encore mal cernées. Certaines personnes infectées n'ont pas transmis le virus, tandis que d'autres l'ont transmis à plusieurs personnes.

Plusieurs voies de transmission semblent coexister :

• la voie respiratoire directe : c'est la plus commune. Une étude publiée le 26 mars dans le Jama montre que la diffusion du virus est possible lors de l’expiration de jusqu'à une distance pouvant atteindre 8 mètres, très loin des deux mètres recommandées par le CDC ;
• la parole est suffisante pour émettre un nombre important de gouttelettes de salive. Une personne prononçant trois fois la phrase « Stay healthy » pendant vingt-cinq secondes émet environ avec une courte pause entre les phrases 350 gouttelettes au cours de la première phrase et 230 à la troisième. Ce résultat a été obtenu par étude utilisant une lumière laser verte, le virus stagne alors dans l'air d'un espace confiné pendant environ dix ou douze minutes ou, selon une autre étude, entre 8 et 14 minutes ; en extérieur, la propagation des gouttelettes après un éternuement sans masque dépend beaucoup de la vitesse et de la direction du vent ;
• par contact avec une surface ou un objet infecté : les doigts qui se sont contaminés sur une surface, s'ils sont ensuite portés à la bouche, près des narines ou sur l'œil, peuvent être vecteurs du virus. Les virus du SRAS et du MERS pouvaient rester infectieux sur des surfaces lisses et certains objets (dits fomites) : ceci est aussi démontré depuis février 2020 pour le SARS-CoV-2. Mi-mars, on estime qu'à l'intérieur d'une pièce, un coronavirus reste infectieux 9 jours sur des substrats lisses non-poreux, sauf sur le cuivre ou les métaux à base de cuivre (laiton, bronze) qui sont naturellement biocides. La demi-vie du virus (temps nécessaire pour que la moitié des virus soient inactivés) est d'environ treize heures sur de l'inox et seize heures sur du polypropylène ;
• par des virus aérosolisés : une transmission par aérosols a été suggérée par l'OMS et confirmée (le virus pouvant alors rester infectieux deux à trois heures dans l'air, sans doute plus si l'hygrométrie est très élevée) ;
• par des particules ou gouttelettes fécales ou des personnes se lavant mal les mains après être passées aux toilettes. Ceci a d'abord été suggéré en février par deux laboratoires d'État chinois puis confirmé dans JAMA le 12 mars 2020, ce qui est cohérent avec le fait que le récepteur de surface utilisé par le virus pour pénétrer dans une cellule est aussi présent dans les entérocytes de l'iléon et dans les colonocytes du tube digestif ;
• par des eaux usées (en cas de fuites…) : lors de la pandémie de SRAS de 2002-2003, une flambée majeure de SARS-CoV a concerné 321 personnes infectées dans un même immeuble de grande hauteur, au même moment, à Hong Kong. La conduite d'eau usée qui descendait à l'extérieur à proximité d'une rangée verticale de climatiseurs et de fenêtres a été jugée responsable de cette brutale contagion ;
• par les systèmes d'air conditionné.

Transmission humain-animal

Un cas de transmission de l'humain vers l'animal semble documenté à Hong Kong. Il s'agit d'un spitz nain testé faiblement positif après que son propriétaire a développé la Covid-19. Selon le ministère de l'Agriculture, des Pêches et de la Conservation de Hong Kong, les experts pensaient unanimement que ce chien avait « un faible niveau d'infection et qu'il s'agirait probablement d'un cas de transmission d'humain à animal ». Des experts médicaux, dont de l'OMS, enquêtent pour déterminer si le chien a été directement infecté ou s'il s'agit d'une contamination acquise via un objet porteur du virus. Pour l'OMS, il n'y avait pas encore de preuve que des animaux, comme les chiens ou les chats, puissent être infectés par ce coronavirus. Les autorités locales recommandent cependant de ne plus embrasser les animaux de compagnie. Le chien est mort 7 jours après avoir été testé et le propriétaire a refusé l'autopsie.

Un deuxième cas de transmission de l'humain vers un animal a été recensé en Belgique, il s'agit d'un chat qui a été contaminé par son maître testé positif à la Covid-19.

L'étude d'une équipe de scientifiques de l'Institut de recherche vétérinaire de Harbin, foyer de la seconde vague de Covid-19 en Chine montre que le chat peut être infecté par le virus mais sans présenter de symptôme, son rôle semble néanmoins très minime dans la propagation du virus, mais néanmoins les scientifiques chinois ont constaté que la transmission entre chats pouvait être possible par crachats et que les chatons étaient plus gravement atteints que les adultes, avec « des lésions massives dans la muqueuse nasale et trachéale, ainsi que les poumons ». Par contre, le furet serait plus sensible au virus, puisque certains d'entre eux auraient perdu l’appétit et eu de la fièvre. Les autres animaux étudiés dont le chien, le porc, le poulet ou le canard ne semblent pas être atteints par le virus.

Selon une étude pré-publiée sur BioRxiv l'inoculation expérimentale sur la conjonctive de l'œil du singe Macaque s'est montrée infectieuse.

Phases de transmission

Transmission en phase d'incubation

Elle est prouvée par des tests faits systématiquement chez des sujets ayant eu un contact avec un cas « index ». Ont été ainsi mis en évidence :

• la présence du SARS-CoV-2 dans des frottis nasopharyngés au moyen de la technique de PCR quantitative par transcriptase inverse (qRT-PCR) ;
  Une étude de la charge virale des écouvillons nasaux et de la gorge obtenus auprès des 17 patients symptomatiques en fonction du jour d'apparition de tout symptôme est publiée le 19 février ;
• une charge virale élevée (environ 100 000 000 de copies (du virus) par millilitre de crachat).

Transmission durant la maladie

• Des charges virales plus élevées sont détectées peu après l'apparition des symptômes, avec des valeurs plus fortes dans le nez que dans la gorge. Le schéma d'excrétion virale par les malades symptomatiques semble plus proche de celui des sujets grippés que de celui observé chez les patients infectés par le SARS-CoV-2.

Transmission par des sujets asymptomatiques

Elle existe, et leur charge virale est similaire à celle des patients symptomatiques. On le sait grâce au test RT-PCR (réaction en chaîne par polymérase en transcription inverse) qui peut détecter à la fois les porteurs du virus symptomatiques et asymptomatiques et les autorités chinoises l'ont confirmé dès le 26 janvier 2020.

Cependant mi-mars 2020, la part réelle des asymptomatiques parmi les malades reste inconnue. On sait néanmoins que :

• des transmissions précoces ont été signalées ;
• en Chine pour les cas avérés (testés par RT-PCR), 1 % environ étaient asymptomatiques (ni fièvre, ni toux sèche ni fatigue), chiffre sous-estimé car n'ont été testés que des cas suspects ;
• en Allemagne, 2 malades asymptomatiques ont été détectés par RT-PCR parmi 114 voyageurs (1,8 %) venant de Wuhan, alors que tous avaient réussi le dépistage basé sur les symptômes ;
• des Japonais évacués du foyer chinois initial ont été diagnostiqués infectés malgré un test RT-PCR initialement négatif. Un homme d’une cinquantaine d’années (qui avait pris le 1^er vol d’évacuation de Wuhan le 29 janvier 2020) a même été testé négatif à deux reprises avant de finalement se montrer atteint au 3^e test (12 jours plus tard), et ce après qu'il est resté isolé depuis son retour ;
• parmi les passagers du bateau de croisière Diamond Princess testés par PCR, 18 % étaient des porteurs asymptomatiques ; et le nombre de passagers testés positifs a ensuite continué à augmenter. Faute d’un nombre suffisant de lits d’isolement à terre, les malades peu symptomatiques ont été traités à bord. Selon Bwire & Paulo (2020), faute de plans de gestion transnationaux clairs pour le traitement, l'isolement, la quarantaine et l'évacuation des passagers de navires de croisière, ceux-ci « peuvent être le maillon faible » de la lutte contre une telle épidémie (l’Oasis of the Seas embarque jusqu'à 6 296 passagers dans 2 706 cabines) ;
• même très gravement atteints, quelques malades n’ont pas de fièvre (sur 138 patients hospitalisés à Wuhan 98,6 % avaient de la fièvre mais deux patients (1,4 %), en unité de soins non intensifs, n’en avaient pas ;
• les jeunes et les enfants semblent plus souvent asymptomatiques ou peu symptomatiques ; leur rôle dans la contagion pourrait avoir été sous-estimé, d'autant qu'il y a proportionnellement peu d'enfants en Chine (début mars 2020, dans le monde, 300 millions d'enfants ne se sont pas rendus dans les écoles, ce qui serait alors une mesure utile).

Ces éléments confèrent à la Covid-19 un potentiel pandémique élevé. La détection et l'isolement précoce des cas asymptomatiques pourrait donc être utile mais implique de modifier les stratégies de gestion de la pandémie :

• les sujets asymptomatiques capables de transmettre des virus sont courants dans les autres infections à coronavirus.
• une étude sur 24 personnes sans signes cliniques mais hospitalisées car ayant un RT-PCR positif montre que seuls 20 % présenteront des signes cliniques, 50 % présenteront des anomalies pulmonaires au CT-SCAN. Les 30 % restants n'auront ni signe clinique ni anomalie pulmonaire. Ces sept cas étaient plus jeunes que les autres avec une médiane d'âge de 14 ans (âge médian des 24 : 32,5 ans). Pour les 24 personnes, la médiane de temps entre le premier test positif et la disparition du virus est de dix jours mais avec un maximum de 21 jours. Aucun n'eut de forme sévère. Les 7 porteurs asymptomatiques étaient contagieux pendant une durée médiane de 4 jours, mais avec une grande variabilité interindividuelle (IQR, 2,0-15,0). Il a été confirmé que certains d'entre eux avaient infecté des proches.
• un article (5 mars 2020) parle de quatre personnes ayant été contaminées par deux porteurs avant que ces porteurs aient présenté les premiers symptômes. Une personne contaminée est restée positive au test RT-PCR avec une charge virale élevée dans les expectorations après réduction des symptômes.
• une étude parue le 13 avril 2020 dans le NEJM sur les 215 femmes ayant accouché entre le 22 mars et le 24 avril au New York–Presbyterian Allen Hospital and Columbia University Irving Medical Center et ayant bénéficié d'un test RT-PCR systématique montre que le virus était présent chez 33 femmes. Sur ces 33 femmes seules 4 femmes étaient symptomatiques à l'entrée soit 15,4 % de femmes porteuses du virus dont 87 % asymptomatiques. Le suivi de ces patient a montré que 4 femmes asymptomatiques sont devenues symptomatiques après leur accouchement. Un suivi à long terme n'était pas possible car les patientes quittaient généralement la maternité deux jours après l’accouchement.
• Près de 60 % des marins de l’équipage du porte-avion Theodore Roosevelt étaient asymptomatiques après le décès d'un membre de l'équipage.

Durée d'incubation, estimée, pour 3 types de coronavirus, par différentes études (boîtes à moustaches) :
bleu : SARS-CoV-2 ; rose : SARS-CoV ; vert : MERS-CoV ; médiane : point noir ; intervalle interquartile : encadré ; la longueur des « moustaches » valant 1,5 fois l’écart interquartile.
D'après les 1^res données disponibles pour le SARS-CoV-2 (à confirmer donc...)

Incubation

La période d'incubation de la Covid-19 serait d'environ cinq jours, le plus souvent comprise entre trois et sept jours. Exceptionnellement, pour un peu plus de 1 % des cas, le temps d'incubation dépasse quatorze jours et très exceptionnellement pourrait durer jusqu'à 24 jours.

Quatorze jours est donc considéré comme un bon délai de sécurité pour savoir si une personne est symptomatiquement infectée, et pour éviter qu'elle ne contamine d'autres gens hors de sa zone de confinement.

Historiquement, fin janvier, l'OMS, en se basant notamment sur les observations anciennes faites sur le MERS, a estimé la durée d'incubation à en moyenne cinq jours (entre deux et dix jours). On savait aussi déjà qu'« on peut être contagieux avant que les signes cliniques soient là », voire sans symptômes, comme avec la grippe ; et « que les cas secondaires sont de plus en plus fréquents ».

Le 6 février 2020, une étude chinoise supervisée par Zhong Nanshan (médecin ayant découvert le SRAS en 2003), menée sur près de 1 100 patients conclut à une incubation de 0 à 24 jours, avec une durée médiane de trois jours.

Le 10 mars, une étude internationale estime la durée médiane d'incubation à 5,1 jours (5,5 jours en moyenne), et que 97,5 % des personnes seront malades 11,5 jours après le contact infectieux. Même si dans 101 cas sur 10 000 (99^e percentile), les 14 jours sont dépassés, les auteurs principaux, le docteur Lauer et Ms. Grantz, jugent qu'il n'y a pas lieu de remettre en cause la durée de 14 jours de quarantaine.

Symptômes et manifestations cliniques

Symptômes et manifestations observés.

Une étude française publiée le 27 mars décrit trois types de malades :

• patients présentant peu de signes cliniques mais avec une charge virale nasale élevée et étant très contagieux ;
• patients ayant des symptômes légers au départ mais subissant une aggravation vers le dixième jour avec apparition d'un syndrome respiratoire aigu sévère malgré une charge virale qui diminue. La réaction immunitaire au niveau pulmonaire ne serait plus régulée ;
• patients avec une aggravation rapide vers un syndrome respiratoire aigu avec persistance d'une charge virale élevée dans le nez et dans la gorge et apparition d'une virémie sanguine à SARS-Cov-2 provoquant une défaillance multi-viscérale conduisant au décès. Ce troisième type de malade concerne surtout les personnes âgées.

Dans certains cas, la maladie peut durer 30 ou 60 jours.

Formes cliniques (la plus fréquente étant respiratoire)

L’installation des symptômes se fait progressivement sur plusieurs jours, contrairement à la grippe qui débute brutalement.

Signes cliniques

En avril 2020, les signes cliniques sont, selon le British Medical Journal, en fonction de leur fréquence :

• signes cliniques principaux :
  • la fièvre (sauf chez l'enfant) chez 77 % à 98 % des patients. Elle n'est pas toujours le premier signe de la maladie (elle peut apparaître après la toux). Sur une étude de 1 099 cas publiée le 28 février dans le NEJM, seules 44 % des personnes étaient fébriles à leur admission, d'autres sont devenues fébriles après leur admission, et 11 % des cas n'ont pas été fiévreux (ici une fièvre est définie comme une température supérieure à 37,5 °C à l'aisselle). Chez 52 personnes hospitalisées en unité de soins intensifs en Chine, la fièvre était le symptôme le plus fréquent, associée à la pneumonie à SARS-CoV-2, mais tous les patients n'avaient pas de fièvre. Chez six d'entre eux (11,5 %), la fièvre ne fut détectée que deux à huit jours plus tard et non aux débuts de la maladie.
    Le retard de la manifestation fiévreuse empêche l'identification précoce des patients infectés par le SARS-CoV-2 — s'ils sont asymptomatiques, et complique l'identification des cas suspects.
  • la toux, le plus souvent sèche, chez 57 % à 82 % des patients,
  • la dyspnée (gêne respiratoire) chez 18 % à 57 % des patients,
  • une anosmie (perte totale de l'odorat) chez 70 % à 86 % des patients (d'autres études ont obtenu des taux différents),
  • une agueusie (perte du goût) chez 54 % à 88 % des patients (d'autres études ont obtenu des taux différents) ;
• signes secondaires :
  • la fatigue chez 29 % à 69 % des patients,
  • les douleurs musculaires chez 11 % à 44 % des patients,
  • des maux de gorge chez 5 % à 17 % des patients,
  • des crachats chez 26 % à 33 % des patients,
  • une perte d'appétit chez 40 % des patients ;
• autres signes (retrouvés dans moins de 10 % des cas) :
  • céphalée chez 6 % à 8 % des patients,
  • vertiges chez 9 % des patients,
  • crachats sanglants chez 5 % des patients,
  • douleurs de poitrine chez 2 % à 5 % des patients,
  • écoulement nasal chez 4 % à 5 % des patients,
  • troubles gastro-intestinaux (douleur ou diarrhée) chez 1 % à 10 % des patients. La diarrhée ou des douleurs abdominales apparaissent un ou deux jours avant les troubles respiratoires dans 10 % des cas dans une étude sur 138 patients dans le JAMA publiée le 7 février 2020.

D'autres signes cliniques ont été peu à peu rapportés :

• des symptômes dermatologiques (exanthème, ou, plus rare, engelures) ;

• des symptômes oculaires. Lors des pandémies de SRAS de 2002-2003 puis de MERS (2012), quelque études avaient détecté le virus dans les larmes de patients, et une autre non (dans le cas du SRAS), mais des signes et symptômes oculaires ont été rétrospectivement retrouvés. Ainsi une première étude (février 2020) notait une « congestion conjonctivale » chez certains malades. Une autre étude parmi 38 patients chinois hospitalisés pour Covid-19 dans le Hubei du 9 au 15 février 2020, 28 (soit 73,7 %) ont été testés positifs et 12 (soit 31,6 % ; environ un tiers) ont manifesté des troubles oculaires associés à une conjonctivite (dont hyperémie conjonctivale, chémosis, épiphora ou sécrétions anormalement abondantes). Ces troubles sont plus marqués chez ceux qui ont été les plus gravement malades. La RT-PCR était positive SARS-CoV-2 pour 28 écouvillons nasopharyngés et également pour des écouvillons conjonctivaux chez deux d'entre eux (soit 5,2 %). Les anomalies sanguines étaient les plus marquées chez les patients ayant ces troubles oculaires. Ces troubles peuvent donc contribuer au diagnostic. Les connaitre peut contribuet à prévenir la transmission de la maladie. Bien que le virus soit peu présent dans les larmes « il est possible de transmettre par les yeux ». En avril, des informations et préconisations pour les ophtalmologistes ont été publiées.
  La tomographie par cohérence optique (ou PTOM) permet d'observer la rétine de manière non-invasive. Elle avait déjà montré des changements rétiniens discrets (infracliniques) en cas de diabète, maladie de Parkinson et maladie d'Alzheimer, et pour beaucoup d'infections par des virus. En 2020, cette technique a permis de prouver que le SARS-CoV-2 induit aussi de discrets changements rétiniens chez des patients atteints de COVID-19 (dans un panel de patients hospitalisés, mais n'ayant pas nécessité de soins intensifs et dont les paramètres sanguins étaient normaux au moment de l'évaluation ophtalmologique). Tous ces patients présentaient des lésions hyper-réfléchissantes au niveau des cellules ganglionnaires et des couches plexiformes internes de la rétine, plus visibles au niveau du faisceau papillomaculaire. Ni leur acuité visuelle ni leurs réflexes pupillaires étaient dégradés, et aucun signe d'inflammation intraoculaire étaient visibles ; l'angiographie OCT et de l'analyse des cellules ganglionnaires semblaient normales chez tous ces patients, mais quatre d'entre eux présentaient de subtiles taches cotonneuses et des microhémorragies le long de l'arc rétinien (visible lors de l'examen du fond d'œil, à la photographie couleur du fond d'œil, et à l'imagerie sans rouge).

Critères de gravité : ils sont : une fréquence respiratoire supérieure à 30 par minute, une saturation en oxygène au repos inférieure à 93 % (SaO₂), un rapport pression en oxygène sur concentration en oxygène inférieur à 300 mm de mercure (PaO₂/FiO₂).

Formes extra-respiratoires

Quatre mois après l’apparition de la maladie plusieurs nouvelles descriptions de la maladie sont décrites.

Manifestations gastro-intestinales

Dès décembre 2019, des symptômes gastroentériques sont épisodiquement signalés chez les malades, suivies de preuves éparses d'atteintes entériques.

Ces études laissaient penser que les symptômes gastro-intestinaux ne survenaient qu'au cours de la maladie, mais une autre étude a signalé que des patients atteints de Covid-19 avaient déjà des diarrhées 1–2 jours avant apparition d'une fièvre et/ou dyspnée.

Début avril 2020, une analyse virologique détaillée de 9 malades, conclue que dans ces 9 cas des virus infectieux était abondant dans la gorge et les poumons, mais pas dans les échantillons de sang, d'urine ou de selles (malgré une forte concentration en ARN viral dans les selles).

Mi-avril 2020, la fréquence d'atteintes gastroentériques est rétrospectivement confirmée par une étude multicentrique, menée en Chine dans la province du Hubei, où les cas de 232 patients testés positifs au SARS-CoV-2 entre le 19 janvier et le 6 mars 2020 ont été étudiés. Ces malades se répartissaient en 129 hommes et 101 femmes ; ils étaient âgés de 7 à 90 ans (âge médian : 47,5 ans). Des diarrhées ont été signalées chez 49 (21 %) patients, plutôt chez les plus âgés, et chez les plus susceptibles d'avoir des comorbidités et plus souvent touchés par une pneumonie grave (par rapport à la moyenne des malades).

Curieusement, plus l'épidémie avançait dans le temps, plus la part des malades souffrant de diarrhée augmentait ; ainsi 43 % des patients accueillis entre le 12 février et le 6 mars 2020 présentaient des diarrhées contre 19 % des malades accueillis dans le mois précédent (entre le 19 janvier et le 11 février 2020). Les auteurs n'ont pas trouvé de corrélation entre le risque de diarrhée et la supplémentation en oxygène. Mais chez les patients souffrant de diarrhée, la part de ceux ayant nécessité des soins intensifs et une assistance respiratoire a été significativement plus élevée. Les résultats aux tests de laboratoire, de même que la part des patients ayant reçu un traitement antibiotique et/ou antiviral, étaient globalement identiques chez les patients avec ou sans diarrhée. Dans quelques cas (4 % des 230 malades du panel) des problèmes hémorragiques ont été signalés (selles sanglantes) et 1 % des cas ont manifesté des douleurs abdominales, mais en aucun cas (dans ce panel) les symptômes gastroentériques étaient seuls. Les auteurs notent que parmi les malade du SRAS en 2003, on avait déjà noté que les patients diarrhéiques avaient été plus nombreux à nécessiter des soins intensifs et une ventilation (par rapport aux non-diarrhéiques).

Expliquer ces diarrhées et ces corrélations, et pourquoi le nombre de maladies diarrhéiques augmente entre janvier et mars (passage de 2 à 3 % avec diarrhée à 21 %) pourrait selon Yunle Wan et al. (en avril 2020) « aider à identifier de nouvelles stratégies d'intervention pour réduire ou prévenir les conséquences graves de COVID-19 ».

Le plus que doublement en un mois du taux apparent d'atteintes gastroentériques signalés intrigue. Il pourrait en partie s'expliquer par une sous-estimation de ces symptômes par les cliniciens en début d'épidémie, et/ou refléter des différences géographiques entre les populations humaines ou virales étudiées (car les premières études portent sur des malades de Wouhan et le panel a ensuite été élargi à quatre autres villes de la province). Le manque de données sur le nombre de cas asymptomatiques a pu faire surestimer la part des patients présentant des troubles gastro-intestinaux. Et par ailleurs le lopinavir et le ritonavir ici utilisés comme antiviraux contre le SARS-CoV-2 ont comme effet secondaire fréquent des diarrhées, il aurait pu être source de quelques biais, mais l'étude n'a rétrospectivement pas constaté chez les malades de corrélation entre diarrhée et utilisation d'antiviraux ou d'antibiotiques. Il est donc possible que le virus ait muté en modifiant son tropisme, en l'élargissant aux intestins, ce qui invite à des travaux approfondis. Le virus étant présent dans les diarrhées, ces excrétas devraient faire l'objet d'une gestion adaptée (déchet à risque infectieux).

Manifestations neurologiques

Des recherches ont montré que le virus du SRAS ou celui du MERS pouvaient infecter les cerveaux des souris notamment le thalamus et le tronc cérébral. Les cellules gliales du cerveau ont des récepteurs ACE2 qui sont utilisés par le virus pour pénétrer dans les cellules respiratoires. Il n'est pas certain que le virus puisse infecter directement le cerveau en franchissant les barrières qui séparent la circulation du cerveau et la circulation générale. D'autres coronavirus sont capables d'infecter le cerveau via une voie synaptique vers le centre respiratoirecentre respiratoire situé dans la moelle allongée, par le biais de mécanorécepteurs comme les récepteurs pulmonaires extensibles et les chimiorécepteurs (principalement les chimiorécepteurs centraux) dans les poumons. Il est possible qu'un dysfonctionnement du centre respiratoire aggrave encore le syndrome de détresse respiratoire aigüe observé chez les patients Covid-19.

Des manifestations neurologiques signalées chez des personnes atteintes de Covid-19 concernent le système nerveux central (maux de tête, vertiges, troubles de la conscience, ataxie, maladie cérébrovasculaire aigüe et épilepsie) ou le système nerveux périphériques (anosmie, agueusie, névrite optique). Une encéphalite aigüe par pénétration directe du virus dans le cerveau est rapportée le 1^er avril 2020.

Depuis avril 2020, quelques encéphalopathies et/ou méningites ont été observées chez certains patients (et confirmée par imagerie), avec certains rapports de détection du virus par ponction lombaire. On note que la présence de bandes oligoclonales semble être un dénominateur commun chez ces patients.

Formes critiques

Les principales complications sont une détresse respiratoire aiguë dans 30 % des cas, une myocardite dans 10 % des cas et une surinfection bactérienne dans 10 % des cas ou une libération importante de cytokine responsable d'une lymphohistiocytose hémophagocytaire secondaire qui est une forme particulière de choc cytokinique.

Ces complications peuvent entraîner la mort spécialement, mais pas exclusivement, chez les personnes rendues fragiles par l'âge ou par des comorbidités.

Dysfonctionnement de la coagulation

Le risque thrombo-embolique est une complication des formes critiques. Ces dernières s'accompagnent d'un état d'hypercoagulabilité et on observe une corrélation entre le taux de D-dimère et le risque de mortalité. L'embolie massive est une cause majeure de mortalité, surtout chez les sujets jeunes et chez les patients sévèrement atteints.

Mi-avril une étude sur 183 patients de Wuhan estimait qu'environ 71 % des morts de Covid-19 ont présenté une thrombose et une hémostase (ISTHISTH)^[Quoi ?] répondant aux critères de diagnostic d'une coagulation intravasculaire disséminée (CID).

On avait déjà montré (2013) que le virus du SRAS, via une voie anormale d'urokinase pouvait induire une lésion du poumon par le SARS-CoV, ces qui évoquait une interaction complexe entre les nouveaux coronavirus, la coagulation et les systèmes fibrinolytiques.

En avril 2020, la Chine a publié un consensus d'experts sur les troubles de la coagulation liés à la Covid-19 sévère, sur les tests de coagulation, le traitement anticoagulant, un traitement de remplacement et sur un traitement de soutien et la prévention ; avec 18 recommandations cliniques. L'effet inflammatoires multi-organes endommage aussi le système microvasculaire, ce qui suractive le système de coagulation, avec comme manifestation une vascularite généralisée des petits vaisseaux et une microthrombose largement répartie.

Rhabdomyolyse

La rhabdomyolyse est une complication sous-estimée car se manifestant principalement par des douleurs musculaires mais qui persiste et se focalise. Le diagnostic de cette complication est facile car elle se fait par le dosage de la créatine-kinase et de la myoglobine. Mais ces examens ne font pas partie des examens biologique de routine.

Cause des décès plus cardiovasculaire que pulmonaire

Plusieurs articles avaient signalé en Chine et à Singapour un aspect cardiovasculaire chez des patients, mais sans les étudier systématiquement.

Le 25 mars 2020, un article scientifique confirme que de nombreux patients sévèrement touchés avaient une maladie cardiovasculaire sous-jacente et/ou des facteurs de risque cardiovasculaires et cérébrovasculaires. Une lésion cardiaque aiguë (notamment démontrée par des taux élevés de troponine) est fréquente dans les cas graves et très associée à la mortalité. Les auteurs estiment que la Covid-19 induit plus souvent qu'on ne le pensait initialement une inflammation vasculaire, une myocardite et des arythmies cardiaques, ce qui invite à mieux étudier les facteurs de risque, cardiovasculaires.

Le 10 avril 2020, Sandro Giannini, professeur de médecine à l'Université de Bologne estime que les décès dus à la Covid-19 qu'il a observés ont une cause cardiovasculaire plutôt que respiratoire. La Covid-19 induit un affolement du système immunitaire où l'inflammation induit aussi une embolie pulmonaire (caillots sanguins). Ceci expliquerait l'efficacité des anti-inflammatoires et l'inefficacité de la ventilation assistée. Le D^r Cameron Kyle-Sidell (médecin urgentiste du centre médical Maïmonide de New-York) pense de même : les poumons des patients sont sains et remplis d'air, mais le niveau d'oxygène sanguin est insuffisant. 50 % des patients soignés par Luciano Gattinoni (professeur au service d’anesthésie-réanimation de l’Université de Göttingen en Allemagne, et expert renommé en ventilation mécanique) étaient dans ce cas.

Pronostic et létalité

Avertissements :

1. Deux indicateurs sont à ne pas confondre : taux de létalité = ratio nombre de décès sur nombre de personnes malades (ce qui est différent du nombre de personnes testées positives sauf si on teste l’ensemble des personnes concernées), et taux de mortalité = ratio nombre de décès sur l’ensemble d’une population concernée ;
2. Ces taux sont incertains, car mesurer le nombre total de malades et de morts par le virus est à ce jour impossible, faute de moyens de test suffisants. Le nombre de guérisons et de décès, et donc le vrai taux de létalité, ne seront connus de façon définitive qu'après la fin de l'épidémie. Si les cas pas et peu symptomatiques sont moins détectés, cela biaise les taux vers le haut. Si les morts sont attribués à la Covid-19 sur des critères restrictifs en ne comptant par exemple que les morts constatés à l'hôpital, cela biaise les taux vers le bas.

Taux de létalité de l'épidémie de coronavirus de 2019-2020

• Au 27 janvier 2020, le taux de létalité provisoire (nombre de morts rapporté au nombre de cas positifs) calculé par l'OMS d'après les chiffres fournis par les différents pays, était de 3 % environ (80 décès sur 2 800 infections). Cette valeur provisoire est bien plus faible que celles des épidémies de SRAS en 2002-2003 (9,6 %) et de MERS en 2009 (34,4 %) mais néanmoins beaucoup plus élevée que la plupart des virus grippaux touchant les humains.
• Au 11 février 2020, le taux de létalité recalculé par le CDC chinois (« Chinese Center for Disease Control and Prevention » ) sur près de 45 000 cas confirmés, était de 2,3 %, restant bien plus élevé que celui des grippes saisonnières typiques ; il est supérieur à celui de la pandémie grippale de 1957 (0,6 %) qui fit entre 1 et 4 millions de morts, et même à celui de la pandémie de grippe espagnole (1918) (2 %).
• Au 28 février 2020, sur la base du nombre de pneumonies hospitalisées confirmées, une étude chinoise portant sur les 421 premiers cas donne un taux de létalité d'environ 2 %, suggérant des conséquences proches de celles d'une épidémie de grippe saisonnière sévère, ou d'une grippe pandémique modérée (comme celles de 1957 et 1968), plutôt que de celles d'une épidémie type SRAS ou MERS.
• Ces taux de létalité sont souvent calculés sur le nombre de cas déclarés et ne tiennent pas compte des cas asymptomatiques ou peu symptomatiques qui sont pourtant la majorité des cas.
• Le 22 mars 2020, un étude française se basant sur un couplage entre une approche statistique et un modèle épidémiologique calcule un taux de létalité de 0,8 % en France (0,5 % si l'on ne tient compte que des données hospitalières).
• Une étude du 30 mars parue dans le Lancet permet d'affiner la létalité de cette maladie : le taux de létalité en Chine serait de 1,38 % chez les moins de 60 ans, de 6,4 % chez les plus de 60 ans et jusqu'à 13,4 % après 80 ans.
• Le 9 avril, une étude allemande menée dans la commune de Gangelt a consisté notamment à détecter les personnes immunisées en recherchant chez un échantillon représentatif de la population des anticorps anti-SARS-CoV-2. Les résultats montrent que 14 % de la population a été infectée par le virus. Dans cette commune le taux de létalité de la maladie a été déterminé à 0,37 % lors de l’étude (à comparer au taux de létalité de près de 2 % pour la totalité du pays pour la même période). Le taux de mortalité était de 0,06 % calculé sur la population de Gangelt.
• Le 21 avril une modélisation de l'Institut Pasteur indique notamment que le « taux de mortalité chez les personnes infectées est de l’ordre 0,5 % (13 % chez les hommes de plus de 80 ans) » sur la base des données hospitalières, confirmant ainsi la valeur obtenue le 22 mars et indiquant une stabilité de ce taux dans le temps. D'après cette étude, au 11 mai « près de 6 % des Français devraient avoir été infectés par le SARS-CoV-2 ».
• Le 23 avril, une étude sérologique à grande échelle conduite à New York donne un taux de létalité de 0,6 %.
• Le 20 mai 2020, le Centers for Disease Control and Prevention publie un taux de létalité de 0,4 % des patients symptomatiques, et 35 % d'infections asymptomatiques.

Taux de létalité en fonction de l'âge. Le groupe des plus de 65 ans est beaucoup plus vulnérable au SARS-CoV-2 que les jeunes.

Taux de létalité en fonction des pathologies existantes

Source : Centre chinois pour le contrôle et la prévention des maladies. Données au 11 février.

HTA	Diabète	Maladies cardiovasculaires	Maladies respiratoires	Cancer
6 %	7,3 %	10,5 %	6,3 %	5,6 %

L'hypertension artérielle (HTA) semble être le facteur de risque le plus important dans une étude du 24 mars. Les coronavirus SARS et SARS-CoV-2 utilise le récepteur ACE2 pour pénétrer dans l'épithélium respiratoire. Plusieurs hypothèses sont avancées notamment la perturbation du fonctionnement des ACE2 par un traitement antagoniste des récepteurs de l'angiotensine II ou les enzymes impliquées dans le fonctionnement de ces récepteurs. Un autre mécanisme évoqué est la surexpression des ACE2 chez les patients atteints d'hypertension ou de diabète. Le D^r Karol Watson, éditeur associé du NEJM Journal Watch Cardiology indique qu'il n'y a aucune donnée actuelle qui laisse penser à un risque supplémentaire chez les patients prenant un antagoniste des récepteurs de l'angiotensine II ou un inhibiteur de l'enzyme de conversion. Au contraire, une étude rétrospective sur 511 patients montre que la prise d'antagoniste des récepteurs de l'angiotensine II pour HTA s’accompagne d'une mortalité diminuée par rapport aux hypertendus ne prenant pas ce traitement. L'effet est net après 65 ans. Ce caractère protecteur du traitement anti-HTA est spécifique des antagonistes des récepteurs de l'angiotensine II. Il n'est pas retrouvé dans les autres catégories d'anti-hypertenseurs (bêta-bloquant, inhibiteur calcique).

Ce même mécanisme pourrait être à l'origine de l'effet délétère de l'ibuprofène sur la maladie.

Selon le sexe

Le nombre de malades est égal entre les sexes, mais parmi les personnes sévèrement touchées, les hommes survivent moins à la maladie. Ainsi :

• la seconde semaine d’avril selon l'OMS, 50 % des cas de Covid-19 déclarés sur le continent européen était des hommes, mais les hommes comptaient pour 60 % des décès (alors qu'il y a moins d'hommes âgés que de femmes âgées) ; les hommes sont aussi beaucoup plus nombreux que les femmes à être envoyés en soins intensifs, mais avec des différences importantes selon l'âge ;
• l'ONG Global Health 5050, qui travaille sur les inégalités de santé entre hommes et femmes, a montré que là où des données sont disponibles, les décès sont toujours plus nombreux chez les hommes que chez les femmes (que les hommes soient plus souvent infectés ou pas) ; en France au 15 mars, 47 % des cas et 58 % des décès étaient des hommes ;
• du 16 mars au 16 avril, en un mois 2 806 cas graves de Covid-19 ont été enregistrés par Santé publique France (par 144 services de réanimation du réseau sentinelle) ; parmi les malades envoyés en réanimation (âgés en moyenne de 61 ans), 73 % étaient des hommes. Et les hommes restent aussi très sur-représentés parmi les morts. En outre, quand les femmes mettent quatre jours pour éliminer le virus, les hommes en mettent six (temps de 50 % plus long) ;
• en Lombardie, 82 % des 1 591 patients envoyés en unités de soins intensifs (du 20 février au 18 mars) étaient des hommes (âge moyen : 63 ans).

Causes de surmortalité masculine ?
Cette surmortalité masculine est particulièrement marquée chez les 40-70 ans (d'après les statistiques OMS). Elle pourrait s'expliquer par :

• une consommation en moyenne plus élevée d'alcool et de tabac chez les hommes ;
• de nombreux gènes régulant l'immunité se trouvent sur le chromosome X (et les homme n'en possèdent qu'un seul) ;
• des origines hormonales :
  • deux hormones féminines, les œstrogènes et la progestérone, sont connues pour stimuler l'immunité innée et acquise ;
  • le poumon du nourrisson garçon est plus immature à la naissance que celui de la fille, faisant que le nourrisson garçon est moyenne, plus vulnérable au syndrome de détresse respiratoire aiguë ; il répond en outre également moins bien à la « corticothérapie prénatale » prescrite contre la détresse respiratoire ;
  • le récepteur des androgènes (RA) inhibe la production de surfactant pulmonaire ; or il est peu exprimé chez les femmes (toute leur vie), et il l'est également peu chez l'enfant (jusqu'à l'adolescence), ce qui pourrait expliquer que les enfants et les femmes soient moins gravement touchés par les manifestations respiratoires aiguës de la COVID-19 (détresse respiratoire notamment) ;
  • Le SARS-CoV-2 (comme les autres coronavirus humains) cible principalement les pneumocytes de type II dans le poumon humain. On sait que le processus d'entrée du virus SARS-CoV-2 dans la cellule doit être amorcé par le lien entre la protéine de de pointe de la surface virale et l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2), que l'on sait influencée par des hormones sexuelles). De plus, la protéase transmembranaire à sérine 2 (TMPRSS2) de l'hôte joue aussi un rôle. Or, dans les pneumocytes de type II, l'expression de la TMPRSS2 s'accompagne d'une augmentation de l'expression du récepteur des androgènes (RA). Ceci lie donc l'expression du RA au SARS-CoV-2. Début avril 2020, des chercheurs ont proposé qu'une étude épidémiologique s'intéresse aux personnes prédisposées (ethniquement, génétiquement ou pathologiquement) à une surexpression ou à une sous-expression du récepteur des androgènes (ex : hommes souffrant d'alopécie androgénétique, d'hypertrophie bénigne de la prostate ; femmes souffrant du syndrome des ovaires polykystiques. Car, si ce récepteur est en cause, on dispose de plusieurs classes de médicaments le ciblant (antagonistes de la RA, les inhibiteurs de la synthèse des androgènes et les antigonadotrophines).

Mortalité

Au Royaume-Uni, 50 % des gens admis en USI décèdent. Alors que dans une étude du Centre chinois de contrôle et de prévention sur 72 314 cas enregistrés jusqu'au 11 février, aucun enfant de moins de 10 ans n'était mort, un enfant de moins de 1 an est décédé aux États-Unis.

Une étude du 30 mars parue dans le Lancet estime la mortalité en Chine à 0,66 %.

Causes

• La détresse respiratoire aiguë (SDRA) est la cause physiologique principale de la mortalité de la Covid-19. D'apparition particulièrement brutale et sévère, la mortalité induite par le SDRA se situe entre 30 à 50 % selon le site European Lung. Le pronostic du SDRA dépend de l'état de santé initial du patient. Il peut entraîner des séquelles à long terme dans la plupart des cas.

• Selon F. Zhou et ses collègues (mars 2020) environ la moitié des morts de la Covid-19 résultent de co-infections ou surinfections (dites sur infections secondaires), le plus souvent bactériennes, mais dès février 2020 Chen et ses collègues avaient noté que la co-infection est parfois à la fois bactérienne et fongique.

• Une réaction immunitaire trop importante connue responsable d'une lymphohistiocytose hémophagocytaire secondaire qui une forme particulière de choc cytokinique est aussi un facteur majeur de mortalité.

Facteurs de risque

Connaître les facteurs favorisant ou non l'infection, le développement des symptômes et le diagnostic aide les cliniciens à mieux identifier, et précocement trier les patients à risque. Selon une mise à jour (9 mars 2020) rétrospective des facteurs de risques chez 191 patients (dont 137 ont guéri et 54 sont morts à l'hôpital), les facteurs de risques de mortalité sont :

Facteur de risque	Précisions
Comorbidité	Une comorbidité est présente dans 48 % des cas. Il s’agit d’hypertension le plus souvent (30 % des comorbidités), devant le diabète (19 %) et les maladies coronariennes (8 %).
Âge avancé	Les plus de 65 ans risquent plus de développer une forme grave de la maladie, et risquent plus d'en mourir.
Score SOFA élevé	Le score SOFA (Sequential Organ Failure Assessment) décrit un risque élevé de défaillances d'organes, s'il est élevé, il est associé à un mauvais pronostic.
Taux de D-dimère élevé	Un taux de D-dimère supérieur à 1 μg/L au moment de l’admission dégrade également le pronostic.

Personnes à risque

En France, le ministère des Solidarités et de la Santé informe, le 24 mars 2020, que, dans le cadre de la procédure d’arrêt de travail simplifiée, sont considérés comme « à risque » au regard de la Covid-19 et susceptibles de développer une forme grave d’infection, les cas suivants :

« Les personnes âgées de 70 ans et plus (même si les patients entre 50 ans et 70 ans doivent être surveillés de façon plus rapprochée) ;

Les patients présentant une insuffisance rénale chronique dialysée, insuffisance cardiaque stade NYHA III ou IV ;

Les malades atteints de cirrhose au stade B au moins ;

Les patients aux antécédents (ATCD) cardiovasculaires : hypertension artérielle, ATCD d’accident vasculaire cérébral ou de coronaropathie, chirurgie cardiaque ;

Les diabétiques insulinodépendants ou présentant des complications secondaires à leur pathologie (micro ou macro angiopathie) ;

Les insuffisants respiratoires chroniques sous oxygénothérapie ou asthme ou mucoviscidose ou toute pathologie chronique respiratoire susceptible de décompenser lors d’une infection virale ;

Les personnes avec une immunodépression :

• médicamenteuses : chimiothérapie anti cancéreuse, immunosuppresseur, biothérapie et/ou une corticothérapie à dose immunosuppressive ;
• infection à VIH non contrôlé avec des CD4 < 200/min ;
• consécutive à une greffe d’organe solide ou de cellules souche hématopoïétiques ;
• atteint d’hémopathie maligne en cours de traitement ;
• présentant un cancer métastasé ;
• Les femmes enceintes ;

Les personnes présentant une obésité morbide (indice de masse corporelle > 40 kg m⁻²) : par analogie avec la grippe A(H1N1). »

Effets « paradoxaux » du tabac ?

Selon une hypothèse en cours d'exploration (en mai 2020, parmi d'autres), le récepteur nicotinique de l'acétylcholine (nAChR) serait indispensable au virus SARS-CoV-2 qui serait aussi un bloqueur du nAChRmm. Quand il est occupé par une molécule de nicotine, il n'est plus disponible pour le processus infectieux de la Covid-19

De premières études estimaient un risque plus élevé de 50 % chez les fumeurs de développer une forme grave (notamment en raison des effets nocifs du tabac sur les poumons et/ou le système cardiovasculaire). Mais alors que le fumeur double son risque de déclarer une grippe, qu'il n'est pas protégé pour le SRAS et alors qu'il semblait nettement plus vulnérable au MERS, des faisceaux d'indices statistiques plaident pour une moindre vulnérabilité à la Covid-19 :

• En Chine 6 % des 191 malades hospitalisé à Wuhan étaient fumeurs. 30 % des chinois adultes sont réputés fumeurs, mais seuls 12,6 % de 1 099 malades étudiés étaient fumeurs ;
• Aux États-Unis où 13,4 % de la population fume, seuls 1 % de 7 162 patients U.S. étaient signalés comme fumeurs ;
• En France dans l'étude du cluster du lycée de Crépy-en-Valois, 7,2 % des fumeurs présentaient des anticorps contre le virus, contre 28 % des non-fumeurs, ce qui laisse penser que le risque d'être infecté était ici de 75 % moindre pour le fumeurs (à moins qu'ils soient faiblement infectés, et sans produire d'anticorps). Par ailleurs, la Pitié-Salpétrière a noté que pour 350 malades hospitalisés et 130 patients plus légers accueillis en ambulatoire, tous testés positifs à la Covid-19, les non-fumeurs étaient largement sur-représentés. Selon Zahir Amoura, dans ce dernier cas, « on a trouvé seulement 5 % de fumeurs chez ces patients, ce qui est très bas. En gros, on a 80 % de moins de fumeurs chez les patients Covid-19 qu'en population générale de même sexe et de même âge ».

La nicotine protégerait-elle de la Covid-19 ?

• Une hypothèse d'explication est que la nicotine interagirait avec le système rénine-angiotensine (SRA) chez les fumeurs, comme l'avait déjà montré en 2018 Joshua M. Robert et ses collègues ; la nicotine bloquerait peut-être l'accès à l'ACE2 (récepteur SARS-CoV-2) pour le virus.
  Les experts restent prudent, estimant que ces résultats doivent être reproduits, compris et « être soigneusement examinés à la lumière du risque accru de forme grave de COVID-19 chez les fumeurs une fois infectés » et des conséquences néfastes à long terme du tabagisme, qui par ailleurs tue des millions de personnes dans le monde ;
• seconde l'hypothèse (pré-publiée le 21 avril 2020) : le récepteur nicotinique de l'acétylcholine (nAChR) pourrait avoir une fonction essentielle lors de l'infection Covid-19 ; fonction qui serait inhibée par la nicotine ; le SARS-CoV-2 pourrait aussi être un bloqueur du récepteur nAChR (tout comme l'ivermectine qui fait aussi partie des molécules testées) ;
• autre hypothèse (non exclusive des précédentes) : la nicotine pourrait atténuer la réponse immunitaire très anormalement excessive dans les cas les plus sévères.

Plusieurs des études citées ci-dessus présentent de possibles biais. Par exemple, le personnel soignant et enseignant (moins susceptibles de fumer) y est sur-représenté. Ou (dans l'étude de la Pitié-Salpétrière) les patients viennent d'Île-de-France, une région où l'on compte moins de fumeurs qu'ailleurs en France. Mais au moins deux de ces études laissent fortement penser que les fumeurs sont mieux protégés du virus.

Une pré-étude (du 8 mai 2020) rappelle que d'après les bases de données disponibles, les tissus pulmonaires et rénaux des fumeurs (tout comme ceux des patients souffrant d'hypertension artérielle pulmonaire, d'insuffisance rénale chronique et de néphropathie diabétique) expriment plus que la normale la protéine ACE2 (consensuellement considérée comme principale voie d'entrée pour le virus dans les cellules qu'il infecte).

Des études utilisant des patchs nicotiniques (ou contenant d'autres « agents nicotiniques ») sont prévues ; ces patchs seront testés sur du personnel soignant, et en essai thérapeutique sur des patients hospitalisés (dont en réanimation). Ils doivent permettre de confirmer ou infirmer que le produit actif est bien dans ce cas la nicotine (sachant que la chimie de la fumée de tabac est particulièrement complexe).

Le paradoxe avec l'asthme et la maladie pulmonaire obstructive chronique

On a d'abord craint que l'asthme et la maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC), et d'autres maladies respiratoires chroniques, prédisposeraient à l'infection par le SARS-CoV-2 et/ou à développer les formes les plus sévères de Covid-19. Contre toute attente et au contraire, lors des trois premiers mois de pandémie, ces deux maladies ont été sous-représentées dans les comorbidités signalées. Une même tendance, non expliquée, avait concerné le SRAS.

Pourquoi sont-elles sous-représentées ? plusieurs hypothèses d'explications sont :

1. Ces deux maladies pourraient avoir été méconnues chez les premiers patients chinois atteints de Covid-19. C'est peu probable car en Italie au 23 mars 2020, par exemple pour 355 patients morts de la Covid-19 (à 79,5 ans en moyenne), l’un était diabétique et un diabète a été signalé chez 20,3 % des patients ayant survécu, alors qu'aucune BPCO ne figurait parmi les comorbidités. De même aux États-Unis (au 31 mars 2020) pour 7 162 parmi 74 439 cas signalés documentés les maladies respiratoires chroniques et le diabète étaient respectivement signalés chez 8,5 % et 10,2 % de ces cas (à comparer aux taux mondiale de 11,3 % pour les maladies respiratoires chroniques et de 10,2 % pour le diabète).
2. avoir une maladie respiratoire chronique protégerait contre la Covid-19, peut-être en calmant la réponse immunitaire ; si c’est le cas, ce n'est pas encore expliqué, et cette protection ne vaudrait pas pour les patients néanmoins entrés en phase aiguë de la maladie, car parmi ces derniers, avoir une BPCO comme comorbidité est associé à un risque accru de mourir, comme cela était attendu.
3. les médicaments pris pour ces deux maladies diminueraient le risque d’infection, et/ou d'émergence des symptômes permettant le diagnostic. Cependant seuls 50 % des MPOC sont en Chine traités par les traitements standard européens et nord-américains alors que près de 75 % des asthmatiques chinois inhalent des corticostéroïdes. In vitro, des corticostéroïdes non seulement suppriment la réplication des coronavirus, mais atténuent ou bloquent la production de cytokines (impliquées dans la « tempête de cytokines » qui tue de nombreux patients sévèrement atteint). Par un mécanisme encore incompris, des corticostéroïdes inhalés semblent, chez ces patients, pouvoir empêcher ou freiner le développement d'une infection symptomatique ou diminuer la sévérité de la Covid-19. L’exemple suivant n'a pas valeur de preuve statistique (peu de cas, pas de groupe témoin), mais il est cité par la littérature médicale : l'état de trois malades de Covid-19 (nécessitant de l'oxygène, mais pas d'assistance ventilatoire) s'est amélioré après inhalation de ciclésonide.
   Depuis le début de la pandémie les experts et l’OMS recommandent aux victimes de MPOC et d'asthme de ne pas changer leur traitement. Une revue systématique faite après la pandémie de SRAS avait conclu que les corticostéroïdes systémiques ne présentaient aucun avantage et parfois un préjudice.

Début avril 2020, les chercheurs ayant fait ce constat invitent à documenter avec précision les comorbidités, et les traitements antérieurs des malades de Covid-19, pour préciser les facteurs favorisant ou non l'infection, le développement des symptômes et le diagnostic, et pour définir les avantages/inconvénients du traitement de l'asthme et de la MPOC lors de la pandémie de Covid-19.

Effets des antihypertenseurs ?

Parmi les plus utilisés au monde, surtout chez des gens âgés, ces médicaments peuvent exacerber le risque de septicémie, d'hypotension (en modifiant l'homéostasie et notamment le système nerveux sympathique, l'équilibre sodique et/ou le système rénine-angiotensine-aldostérone (RAS) qui est impliqué dans la Covid-19. Malgré une préoccupation théorique concernant une expression accrue de l'ACE2 par blocage du système Rénine-Angiotensine-Aldostérone (RAS), début mai 2020, on n'a pas démontré que les antihypertenseurs soient nuisibles lors d'une infection à Covid-19 (sur le modèle animal, ils semblent même bénéfiques). Sur ces bases, le 7 mai 2020, un groupe de spécialité de l'hypertension (Sungha Park & al.) a recommandé de maintenir le blocage RAS chez les hypertendus lors de la pandémie de Covid-19.

Diagnostic

La méthode standard de diagnostic consiste à effectuer une réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse (rRT-PCR) à partir d'un écouvillon nasopharyngé. Au début de l’épidémie, des critères avaient été définis^{[Par qui ?]} pour réaliser les tests diagnostiques. Au 6 mars 2020, devant la diffusion mondiale du virus et l’apparition de plusieurs foyers importants, ces critères sont devenus de plus en plus obsolètes. Le fait de revenir d'un séjour dans une région infectée est suffisant pour justifier une recherche par RT-PCR et/ou la réalisation d'un CT scan des poumons si un patient présente les signes décrits ci-dessus.

Les CDC définissent un « contact étroit » comme le fait d'être à moins de deux mètres d'un malade suspecté ou confirmé ou dans une pièce ou une zone de soins pendant une période prolongée sans équipement de protection individuelle ou exposé directement aux sécrétions d'une personne infectée par le SARS-CoV-2.

Biologie

Preuve de l'infection virale

RT-PCR

Le test-diagnostic le plus utilisé est la mise en évidence du génome du virus par la technologie RT-PCR (amplification génique après transcription inverse) sur des frottis nasopharyngés. Cependant, ce diagnostic n'est pas à la portée de tous les systèmes de santé. De plus, des faux négatifs sont possibles en RT-PCR, ce pourquoi l'imagerie médicale reste essentielle pour le bon diagnostic des patients.

La spécificité de ce test est de 100 % mais on ignore sa sensibilité cependant tout dépend de la charge virale du prélèvement laquelle est variable selon le moment (primo-infection) selon l’état immunitaire du sujet (risque élevé chez les sujets immunodéprimés). L'existence de faux négatifs est connue. La RT-PCR a été largement déployée en virologie diagnostique et a donné peu de résultats faussement positifs. Les valeurs prédictives positive et négative ne sont pas actuellement connues avec précision, car, pour les calculer il faut avoir le chiffre exact de l'incidence et de la prévalence de la maladie. Le 22 janvier 2020, le ministère français des Solidarités et de la Santé annonce qu'un test diagnostic développé par le centre national de référence des virus respiratoires, à savoir l'Institut Pasteur, est disponible en France.

La sensibilité du test dépend aussi de son lieu et mode de prélèvement. Ainsi la sensibilité de la RT-PCR est meilleure pour les prélèvements faits dans le nez que dans la bouche. Pour échantillonner l'ARN du SARS-CoV-2, on a d'abord recommandé d'analyser le mucus de fond de gorge par écouvillonage. Puis les gouttelettes d'expectorations ont été jugées plus représentatives de la charge virale, puis en cas de RT-PCR négative au niveau naso-pharyngés chez un patient suspect de maladie à coronavirus 2019, des prélèvements par lavage bronchoalvéolaire (lavage bronchique au cours d'une fibroscopie pulmonaire) est la meilleure des méthodes, mais cette méthode (recommandée pour toute maladie respiratoire à risque) est impossible à appliquer en contexte épidémique.

La RT-PCR nécessite du temps et le nombre d'appareils et de leur capacité sont limités. Des diagnostic rapide sont donc proposés, par exemple en se basant sur l'âge, le sexe, la température, les images radiologiques, et le rapport neutrophile sur lymphocyte.

Une étude rétrospective chinoise, publiée le 11 avril 2020 dans le Journal of Clinical Virology, portant sur 301 malades hospitalisés présentant des formes moyennes ou sévères (mais dont aucun n'a nécessité un transfert en U.S.I.), 1 113 RT-PCT ont été effectués chez ces patients sur des prélèvements nasaux ou laryngés (nez et bouche). Cette étude permet d'établir la dynamique de la RT-PCR :

0-7 jours	8-14 jours	15-21 jours	22-28 jours	Plus de 28 jours
97,9 %	68,8 %	36,3 %	30 %	26,3 %

Une méta-analyse publiée le 13 mai 2020 dans le Annals of Internal Medicine évoque aussi des faux négatifs évoluant de 38 % à J5 (jour moyen de début des symptômes) à 20 % à J8 pour remonter à 21 % à J9 puis 66 % à J21.

Charge virale

il existe une certaine confusion sur la notion de charge virale pour la maladie à coronavirus 2019 comme le rappelle Alexandre Bleibtreu, infectiologue à l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière à Paris. La charge virale est la quantité de virus dans une unité de volume. Le test RT-PCR dose la quantité de génome virale c'est-à-dire après destruction de l’enveloppe et de la membrane du virus.

La persistance d'une excrétion virale par l'épithélium nasal est aussi un facteur de risque. Toutes les personnes dans une étude comprenant 171 personnes admises en USI avec 53 décès ont gardé une charge virale jusqu'à la fin. Une lettre adressée à l’éditeur du Lancet rappelle que la charge virale dans le cas du SARS restait positif jusqu'à 1 mois après la guérison alors que la culture virale se négativait plus rapidement relativisant de la charge virale dans la contagiosité.

La présence d'une charge virale sanguine (assez fréquente lors de maladies à coronavirus) semblerait être un facteur de gravité. Elle invite aussi à une bonne gestion des dons de sang faits pour les transfusions.

Réponse sérologique

Une première étude s'intéresse à la présence des anticorps IgG et IgM. La recherche des IgG et IgM est beaucoup plus simple et rapide que le RT-PCR. Elle permettrait de rattraper les faux positifs (par pollution d'ARN dans le laboratoire) et les faux négatifs (mauvais prélèvement) mais le faible nombre de cas ne permet pas de conclure définitivement.

Une autre étude sur 173 patients porte sur la réaction sérologique à l'infection à SARS-CoV-2 : le taux de séroconversion (passage de l'absence d'anticorps spécifique à la présence d'anticorps spécifiques) pour les anticorps IgG et IgM étaient de 93,1 % (161/173) 82,7 % (143/173) avaient des IgM sans IgG et 64,7 % (112/173) des IgG sans IgM ; La séroconversion est apparue séquentiellement pour anticorps IgG et IgM, IgM puis IgG, avec un temps médian respectivement de onze, douze et quatorze jours. Moins de 40 % de patients avaient des anticorps les sept premiers jours de la maladie puis ce pourcentage a rapidement augmenté à 100,0 %, 94,3 % et 79,8 % pour IgG et IgM, IgM et IgG respectivement quinze jours après le début de la maladie. En revanche, le taux positif du RT-PCR est passé de 66,7 % (58/87) dans les échantillons prélevés avant le 7^e jour à 45,5 % (25/55) entre J15 et J39. La combinaison de la détection d’ARN et d’anticorps a amélioré la sensibilité du diagnostic (p < 0,001), même en phase précoce (première semaine).

Une autre étude a conclu que chez la moitié des patients la séroconversion se produit après une semaine (parfois au 14^e jour), et elle n'est pas suivie d'une baisse rapide de la charge virale.

Une étude remarque que les IgG apparaissent un ou deux jours seulement après les IgM soit de façon beaucoup plus rapide qu’habituellement.

Un titre anticorps IgG et IgM élevé serait indépendamment associé à une gravité de la maladie.

Indications dans la recherche des anticorps

Début mai, la HAS rappelle que les tests sérologiques ne permettent pas de statuer sur une potentielle immunité protectrice ni a fortiori sur sa durée. Et ils n’apportent pas d’information sur la contagiosité. Outre leur intérêt épidémiologique, elle précise les indications dans le diagnostic de la maladie :

• En diagnostic initial pour les patients symptomatiques graves hospitalisés, dont la RT-PCR est négative mais chez qui les symptômes cliniques ou le scanner sont évocateurs d’une Covid-19.
• En diagnostic de rattrapage de patients symptomatiques graves hospitalisés mais qui n’ont pas eu un test RT-PCR dans les sept premiers jours.
• En diagnostic initial de patients symptomatiques sans signes de gravité suivis en ambulatoire dont le test RT-PCR est négatif mais dont le tableau clinique est évocateur.
• En diagnostic de rattrapage de patients symptomatiques sans signes de gravité suivis en ambulatoire mais chez qui un test RT-PCR n’a pu être réalisé avant 7 jours.

• En diagnostic différé des patients symptomatiques sans signes de gravité diagnostiqués cliniquement mais n’ayant pas fait l’objet d’une RT-PCR et ce depuis la mise en place de la phase 2 (à partir du 2 mars 2020).
• En détection d’anticorps chez les professionnels soignants non symptomatiques, en complément du dépistage et de la détection de personne-contact par RT-PCR selon les recommandations en vigueur, si la RT-PCR est négative.
• En détection d’anticorps chez du personnel d’hébergement collectif (établissements sociaux et médico sociaux, prisons, casernes, résidences universitaires, internats…) non symptomatiques en complément du dépistage et de la détection de personne-contact par RT-PCR selon les recommandations en vigueur, si la RT-PCR est négative.

Culture virale

Ce virus peut se cultiver par culture virale (faite le 27 janvier 2020 à l'Institut Pasteur de Paris ; par contre, c'est une équipe australienne qui isole le virus par culture pour la première fois), mais celle-ci n'est pas utilisée en pratique clinique.

Auto-Test de recherche de protéine virale

Un premier essai d'un test à faire chez soi a été publié dans la revue Journal of Clinical Virology le 20 avril, ce test bien qu'ayant une sensibilité de 100 % et une spécificité de 97 % se montre lors de l'essai pas assez spécifique puisque sa valeur prédictive positive n'est que de 55 % (donc, si ce test est positif, le virus détecté sera le SARS-Cov-2 une fois sur deux et une fois sur deux un autre virus), mais sa valeur prédictive négative est de 100 % : s'il est négatif, vous êtes sûr de ne pas avoir le virus.

Examens courants

Les signes biologiques les plus importants car semblant en rapport avec la gravité de la maladie sont :

• lymphopénie (inférieure à 1 500 lymphocytes par ml) est retrouvée dans 83 % des cas ; une lymphopénie est très souvent présente chez des patients en état critique. La lymphopénie est une caractéristique importante des patients gravement malades infectés par le SARS-CoV, car une invasion ciblée des lymphocytes par des particules virales du SARS-CoV endommage la composante cytoplasmique du lymphocyte et provoque sa destruction. La lymphopénie était également courante chez les patients gravement malades infectés par le MERS-CoV, qui est le résultat de l'apoptose des lymphocytes. Il semblerait que la gravité de la lymphopénie reflète la gravité de l'infection par le SARS-CoV-2 ;
• thrombopénie (inférieure à 150 000 plaquettes par ml) existe dans 36 % des cas ;
• leucopénie (inférieure à 1 500 leucocytes par ml) retrouvée dans 33 % des cas ;
• dans la mesure où 50 % des décès résultent d'une surinfection opportuniste ou provenant de bactérioses ou de mycoses sous-jacentes, une recherche de bactéries ou micro-champignons infectieux est à faire, idéalement par les moyens de la métagénomique ou la recherche de génomes entiers (qui sont encore peu disponibles, notamment dans les pays pauvres).

Les autres anomalies évaluent le retentissement de l'infection virale sur les différents organes (cœur, rein, foie) : on peut retrouver une cytolyse hépatique modérée (transaminase légèrement augmentée) ; le taux de procalcitonine est normal ; les lactates déshydrogénases et la créatine kinase peuvent être augmentées.

Une aggravation de la maladie se traduit par l'aggravation de la lymphopénie avec aggravation de la leucocytose.

Marqueurs biologiques pronostiques

Marqueurs de la réponse immunitaire

Interleukine

Des indicateurs d'inflammation ont été recherchés chez des patients légers, graves et critiques, pour discriminer rapidement ceux dont la pneumopathie pourrait évoluer vers une forme sévère ou mortelle. Les critères associés à la gravité de la maladie étaient l'âge, le récepteur de l'interleukine 2, de l'interleukine 6 (IL-6), de l'interleukine 8, de l'interleukine 10, le facteur de nécrose tumorale α, la protéine C réactive (CRP), la ferritine, la procalcitonine, la numération des globules blancs, la numération des lymphocytes, la numération des neutrophiles et la numération des éosinophiles, avec en conclusion un risque maximal pour les plus de 67 ans, avec un taux d'interleukine 2 supérieure à 793,5 U/mL, de CRP supérieure à 30,7 ng/mL, de ferroprotéine supérieure à 2 252 μg/L, une leucocytose supérieure à 95 × 10⁸ L^-1 ou un nombre de neutrophiles dépassant 7 305 × 10⁶ L^-1.

Un niveau élevé d'IL-6 à l'admission serait associé à une manifestation clinique sévère. La diminution de l'IL-6 semble indiquer l'efficacité du traitement, tandis que son augmentation indique une progression de la maladie. L'évolution du niveau d'IL-6 est donc un marqueur utile pour la surveillance de la maladie chez les patients atteints de Covid-19 sévère.

Une étude montre une présence de l'ARN viral dans le sang et que la charge virale est directement corrélée avec le taux sanguin d'interleukine 6, ce qui fait de cette molécule un marqueur pronostique important. Cette augmentation associée à un taux de fer sanguin élevée doit faire rechercher une lymphohistiocytose hémophagocytaire secondaire.

Le taux de CRP semble être en rapport avec une réaction inflammatoire inappropriée du foie.

Lymphocyte

Une étude semble montrer que le taux de lymphocytes est un moyen efficace et un indicateur fiable pour la classification et le pronostic de la maladie : durant le passage d'une forme bénigne vers une forme grave, le taux de lymphocyte sanguin diminue et reste bas. Au moment où l'état du malade s’améliore, le taux de lymphocyte sanguin remonte vers des taux normaux. Les patients ayant moins de 5 % de lymphocytes par rapport aux normes, avaient souvent un mauvais pronostic. Une autre étude confirme l'existence d'une corrélation élevée entre le taux des lymphocytes sanguins et la progression de la maladie. Pour les auteurs de cette étude, le lymphocyte est la cellule clé de la pathologie du SARS-Cov-2.

Marqueurs de la coagulation

D-dimère

L'augmentation des D-dimères est un signe de gravité ainsi que l'augmentation de la créatinémie. Ce marqueur est aussi retrouvé dans cette publication qui a été étudié les facteurs de risque chez les patients décédés de Covid-19 pour un taux supérieur à 1 microgramme par ml.

Imagerie médicale

• 
  Stade 2 (progressif)
• 
  Stade 3 (du pic)

Comme le fait remarquer le professeur Christine Jenkins, responsable de la Fondation australienne des maladies pulmonaires et expert en pneumologie, la particularité des pneumopathies virales est leur propension à atteindre tout le poumon alors que les pneumopathies bactériennes sont souvent localisées à un lobe pulmonaire. La Covid-19 atteint très rapidement ensemble des deux poumons.

Une équipe chinoise décrit en février 2020 l’évolution de la pneumopathie chez des patients peu sévères en la divisant en quatre stades selon l’aspect au scanner :

1. stade 1, dit précoce (jusqu'aux quatre premiers jours) : les opacités en verre dépoli c’est-à-dire des changements de densité des tissus en forme de halo, courants dans les affections virales.sont la principale anomalie pulmonaire, sont sous-pleurales et touchent les lobes inférieurs des poumons ;
2. stade 2, dit progressif (cinq à huit jours) : les opacités en verre dépoli deviennent bilatérales et multilobaires, des plages de condensation et de crazy paving apparaissent ;
3. stade 3, dit du pic (dix à treize jours) ; les anomalies s’intensifient, notamment la condensation alvéolaire ;
4. stade 4, dit de résorption (après quatorze jours) : régression des anomalies, résorption de la condensation, disparition complète du crazy paving et persistance de verre dépoli.

Les mêmes auteurs concluent que les patients présentant une pneumonie modéré (sans détresse respiratoire sévère), les anomalies pulmonaires au scanner thoracique sont maximales environ dix jours après l'apparition initiale des symptômes, et régresse à partir de quatorze jours.

Généralement, plus la maladie avance, plus les opacités linéaires, un motif de pavage fou » et/ou un signe de « halo inversé sont présents sur l’image.

Chez les sujets asymptomatiques ou encore symptomatiques (c'est-à-dire à un stade infraclinique) le scanner (tomodensitométrie ou TDM) montre néanmoins des changements précoces dans les poumons (opacités en verre dépoli unilatérales). Le scanner peut donc contribuer au diagnostic de la Covid-19, associé à un test RT-PCR concordant, voire en cas de faux-négatif de ce test.

Le 23 avril l'équipe du P^r Delabrousse du CHU de Besançon publie un article dans la revue internationale RADIOLOGY qui fait figure d'avancée majeure dans la prise en charge des patients atteints de Covid-19. Cette étude établit que 23 % des patients atteints présentent une embolie pulmonaire détectée par angioscanner (qui utilise une injection de produit de contraste). « Le diagnostic d'embolie pulmonaire chez les patients COVID-19 est impératif et impose la réalisation d'un angioscanner pulmonaire au lieu du scanner thoracique sans injection actuellement recommandé ». Cette nouvelle recommandation est aussitôt suivie par le CHU de Strasbourg.

Nouvelles technologies

Prise en charge et diagnostic par télémédecine

La télémédecine a montré son intérêt dans plusieurs situations de crises sanitaires. Elle pourrait permettre de trier les cas nécessitant une hospitalisation et pour les autres une surveillance à domicile. Le recueil des données associées avec un programme d'intelligence artificielle permet de trier et d'évaluer le risque. En cas d'hospitalisation, l'équipe médicale peut isoler et prendre en charge le patient de façon plus rapide, protégeant aussi les autres patients attendant dans le service des urgences.

Diagnostic par intelligence artificielle

Une étude scientifique semble montrer l'intérêt d'utiliser des logiciels d'IA, qui en analysant les anomalies pulmonaires visibles au scanner initial permettent de prédire avec de bonnes performance la durée d'hospitalisation des patients.

Outil de diagnostic en ligne

L'Institut Pasteur met en ligne un outil de diagnostic tout public qui comprend 22 questions.

Diagnostic différentiel

L'utilisation d'un kit permettant de détecter plusieurs agents pathogènes responsables des maladies respiratoires a révélé un taux élevé d'infections par le virus de la grippe, représentant 28,5 % de tous les cas suspects d'infection par le SARS-CoV-2.

Clinique	Examens
Syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS)
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Les symptômes gastro-intestinaux et les symptômes des voies respiratoires supérieures semblent être moins fréquents pour la Covid-19.	Réaction en chaîne par polymérase, après transcription inverse (RT-PCR) positive à l'ARN viral du MERS-CoV.
Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)
Plus aucun cas depuis 2004. Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Les symptômes gastro-intestinaux et les symptômes des voies respiratoires supérieures semblent être moins fréquents pour la Covid-19.	RT-PCR positive à l'ARN viral du SARS-CoV.
Grippe
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la Covid-19 et la grippe.	RT-PCR positive à l'ARN viral du virus de la grippe A (Alphainfluenzavirus) ou celui de la grippe B (Betainfluenzavirus).
Pneumonie communautaire
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la Covid-19 et les infections des voies respiratoires d'origine communautaire.	Test sanguin ou sur crachats de positive pour l'organisme responsable par PCR ou culture[Quoi ?].
Rhume
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la Covid-19 et les infections des voies respiratoires d'origine communautaire. Écoulement nasal et mal de gorge moins fréquent dans le rhume.	RT-PCR : positive pour le virus causal ou négative pour l'ARN viral du SARS-CoV-2.
Grippe aviaire à H7N9
Maladie endémique en Chine. Malade suspect vivant dans les régions où cette maladie est endémique. Contact avec des oiseaux infectés.	RT-PCR : positive pour l'ARN du H7.
Grippe aviaire à H5N1
Malade suspect vivant dans les régions où cette maladie est endémique. Contact avec des oiseaux infectés.	RT-PCR : positive pour l'ARN du H5-N1.
Autres infections pulmonaires virales ou bactériennes
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la Covid-19 et les infections des voies respiratoires d'origine communautaire. Penser à l'adénovirus ou au mycoplasme pour les sujets vivants en groupe (par exemple école ou camps militaires).	Test sanguin ou sur crachats de positive pour l'organisme responsable par PCR ou culture.[Quoi ?]
Tuberculose pulmonaire
Personne vivant en zone d'endémisme, en particulier chez les patients immunodéprimés. L'histoire clinique est généralement plus longue. La présence de sueurs nocturnes et de perte de poids sont des éléments cliniques très discriminants.	Opacités fibro-nodulaires dans les lobes supérieurs avec ou sans cavitation[Quoi ?] à la radiographie pulmonaire. Bactéries acido-résistantes, sur culture ou à l'examen direct de crachat. Tests moléculaires : positifs pour Mycoplasma tuberculosis[Quoi ?].

Classification de la maladie

La classification de la gravité de la Covid-19 est très importante. Lors du déclenchement d'une épidémie les ressources médicales sont relativement rares. Une classification en optimise l’utilisation permettant de limiter le sur-traitement ou le sous-traitement. Le guide du Centre national de contrôle des maladies chinois classe la maladie principalement sur des critères radiologiques en quatre types. Une étude suggère d'utiliser le taux de lymphocytes pour classer la maladie.

Anatomopathologie, autopsies

Peu de données microscopiques sont disponibles sur la Covid-19. Les principales constations anatomopathologiques à l'autopsie sont :

• macroscopie : épanchement pleural, péricardite, pneumopathie et œdème pulmonaire ;
• quatre niveaux de sévérité de pneumonie virale peuvent être observés :
  • pneumonie légère : exsudat de plasma ou de fibrine dans les alvéoles pulmonaires,
  • pneumonie modérée : œdème pulmonaire modérée, hyperplasie des pneumocytes, présence de grands pneumocytes atypiques, inflammation interstitielle avec infiltrat lymphocytaire des septas interalvéolaires, formation de cellules géantes multinucléées (pneumonie à cellules géantes),
  • pneumonie sévère : dommage alvéolaire diffus (Diffuse alveolar damage, DAD) avec membranes hyalines pulmonaires (membranes de fibrine, exsudat fibrineux), qui est à l'origine du syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) et de l'hypoxémie observée dans 5 à 10 % des cas de cette maladie,
  • pneumonie d'organisation : forme de cicatrisation pulmonaire après le stade inflammatoire, et fibrose pulmonaire ;
• coagulation intravasculaire disséminée (CIVD) ;
• plasmocytose au lavage bronchoalvéolaire ;
• foie : stéatose microvésiculaire.

La médecine légale ou toute pratique d'autopsie nécessite des précautions particulières en période de risque pandémique. Le SARS-CoV-2 ayant été classé dans les organismes du groupe de danger 3, le Collège royal des pathologistes a publié des recommandations sur la pratique de l'autopsie en présence de Covid-19 certaine ou possible^[pas clair].

Traitement

Il n'y a pas de médicament curatif efficace contre le SARS-CoV-2 reconnu scientifiquement par l'OMS à la fin mars 2020, malgré plus de 200 essais cliniques enregistrés rien qu'en Chine. Le traitement est donc jusqu’à présent purement symptomatique. Il vise à suppléer les défaillances viscérales (cardiaques, pulmonaires, rénales).

Les traitements sont essentiellement des soins de soutien : ventilation non invasive, ventilation mécanique ou oxygénation par membrane extracorporelle. La prescription d'antiviraux est très variable selon les équipes : elle est de 90 % dans une étude faite parmi les premiers patients chinois, alors que parmi les 68 premiers patients hospitalisés au Royaume-Uni, un seul a reçu des antiviraux (en raison de la présence du virus influenza A qui était recherché systématiquement dans le cadre du diagnostic différentiel). Aucun n'a reçu de corticoïdes.

Les agents putatifs comprennent des antiviraux comme la griffithsine, un inhibiteur de la protéine de pointe ; des analogues nucléosidiques comme le remdésivir et la ribavirine ; des inhibiteurs de protéase comme la combinaison lopinavir/ritonavir ; des agents immunomodulateurs et autres agents ciblés sur l'hôte tels que l'interféron, la chloroquine et les immunoglobulines. Un traitement par phagothérapie avec des bactériophages Q-beta est à l'étude en Allemagne et a montré un résultat positif avec le virus de la grippe sur du tissu de poumon humain. Le principe est de saturer les hémagglutinines du virus avec des phages modifiés chimiquement

Le tableau ci-après présente les traitements qui sont en cours d'évaluation dans le cadre des essais cliniques sur la Covid-19. Pour chacun de ces traitements, une liste de publications scientifiques à jour est accessible sur Data.Gouv.fr.

Index	Nom du traitement	Noms commerciaux et fabricant	Type	Publications
1	Chloroquine	Nivaquine	Antiviral	Lien
2	Hydroxychloroquine	Plaquenil (en France), Axemal (en Inde), Dolquine, Plaquinol , Quensyl	Antiviral	Lien
3	Azithromycine	Zithromax (Pfizer), Ordipha (onipharm), Azyter (Théa), Zetron (El Kendi), Azimycine (Sidal)	Antibiotique	Lien
4	Combinaison d'hydroxychloroquine et d'azithromycine		Association d'un antiviral et d'un antibiotique	Lien
5	Lopinavir-Ritonavir	Aluvia/Kaletra/Lopimune (Abbvie, Inc.)	Association de deux antiviraux
6	Combinaison Lopinavir-Ritonavir et Interféron beta		Association de deux antiviraux et d'une cytokine
7	Remdesivir	GS-5734 (Gilead Sciences)	Antiviral	Lien
8	Favipiravir (ou T-705)	Avigan	Antiviral
9	Umifénovir	Arbidol	Antiviral
10	Darunavir (en)	Prezista	Antiviral
11	Combinaison de Darunavir (en) et d'Umifenovir	Prezista et Arbidol (Pharmstandard  (en)  (ru))	Association de deux antiviraux
12	Lenzilumab (en)	(Humanigen, Inc.)	Anticorps monoclonal
13	Tocilizumab	Actemra (Genentech) RoActemra (Roche Chugai)	Anticorps monoclonal

Traitement préventif

En l’absence de traitement curatif, le traitement de la maladie est essentiellement préventif et symptomatique. Semblable à celui de la grippe, il consiste essentiellement en l’éviction du contage, en limitant la durée d'exposition et le risque d'exposition. Pour cela, lors de la pandémie de Covid-19 de 2020, l'OMS recommande des « gestes barrières ».

Traitement de support

La Société européenne de soins intensifs (ESCM) et la Society of Critical Care Medicine (SSCM - USA), afin d'aider les agents de santé, a publié un guide de meilleures pratiques, pour la prise en charge des patients gravement touchés en unités de soins intensifs (USI) ou de réanimation. Un groupe de 38 experts en médecine d’urgence de 12 pays a proposé 53 questions lui paraissant pertinentes pour la gestion de la Covid-19, et en s’appuyant sur la littérature disponible (preuves directes et indirectes), le groupe a produit des recommandations fortes et faibles de « meilleures pratiques », sur la base d’une analyse avantages/inconvénients, des implications en ressources et coûts, d'équité et de faisabilité.

De nombreuses organisations, sociétés savantes ou universités de médecine publie des recommandations pour la prise en charge de la maladie :

Organisme	Titre de la recommandation	Mise à jour le
OMS	Prise en charge clinique des infections aigus sévères	13/03/2020
CDC	Recommandations cliniques provisoires pour la prise en charge des patients atteints d'une maladie confirmée à coronavirus	04/04/2020
Commission Nationale Chinoise de la Santé	Protocole de diagnostic et de traitement pour la pneumonie liée au coronavirus	03/03/2020
Société Italienne des Maladies infectieuses et Tropicales	Manuel pour la prise en charge des personnes atteintes de maladie-COVID 19
National Health System	Ensemble de guide pour la pratique clinique

Comme environ 50 % des décès sont liés à des surinfections bactériennes ou fongiques, les antibiotiques sont fréquemment inclus dans le traitement (71 % des patients admis avec Covid-19 ont reçu des antibiotiques). Au Royaume-Uni en avril 2020, le National Institute for Health and Care Excellence (NICE) recommande contre la pneumonie grave acquise un traitement antibiotique à large spectre (co-amoxiclav) associé à un macrolide pour couvrir les organismes atypiques et 74,5 % des patients en soins intensifs sont ainsi traités, « ce qui rend les tests microbiologiques basés sur la culture moins sensible » et risque de contribuer à l'antibiorésistance.

Thérapeutiques ciblant le virus

Antiviraux

Aucun traitement antiviral spécifique n'existe à ce jour. Les patients traités en Chine reçoivent comme antiviraux de l'oseltamivir, du ganciclovir, du lopinavir et du ritonavir.

Selon l'OMS, des tentatives de repositionnement d'antiviraux existants pourraient être effectuées.

En utilisant l'apprentissage automatique, une équipe scientifique publie le 4 février 2020 dans le Lancet une étude sur les antiviraux possibles. L'un des six médicaments de liaison AAK1 de haute affinité est le baricitinib, inhibant la cycline G, un autre régulateur de l'endocytose. La concentration plasmatique de baricitinib à la dose thérapeutique (sous forme de 2 mg ou de 4 mg une fois par jour) est suffisante pour inhiber l'AAK1.

Le 29 janvier 2020, des chercheurs australiens du Peter Doherty Institute for Infection and Immunity (Melbourne) réussissent pour la première fois, sous la responsabilité du D^r Julian Druce, à créer un nouveau coronavirus à partir d'un échantillon prélevé sur un patient infecté. C'est une étape majeure dans la mise au point d'un traitement. Ils partagent ce virus avec les laboratoires du monde entier, les autorités chinoises ne l'ayant pas fait.

Anticorps monoclonaux

Ciblant l'interleukine 6

L'interleukine 6 est une cytokine appartenant au trio des cytokines pro-inflammatoires de l'immunité innée (l'interleukine-1, l' interleukine-6 et le facteur de nécrose tumorale).

Le tocilizumab, l'un des immunosuppresseurs déconseillés par la France, et principalement utilisé pour le traitement de la polyarthrite rhumatoïde, a été inclus dans les directives de traitement par la Commission nationale de la santé de la Chine après une étude positive de l'Université de sciences et technologie de Chine. Il subit des tests dans cinq hôpitaux en Italie chez les personnes atteintes d'une forme grave de la maladie. Il a pour objectif de prévenir une complication potentiellement mortelle de la maladie du syndrome de libération des cytokines, entraînant un choc cytokinique pouvant aboutir à une défaillance multiviscérale chez les patients présentant des taux élevés d'indicateurs de réaction inflammatoire notamment les protéines de la phase aiguë.

Le 27 avril 2020, la direction des Hôpitaux de Paris annonce avoir mené un essai clinique de quatorze jours avec des résultats encourageants concernant le traitement des cas graves de la Covid-19 avec le tocilizumab. Les résultats officiels sont néanmoins encore en attente de publication.

Phagothérapie

Les virus bactériophages font l'objet d'études pour combattre le virus de la grippe et maintenant le virus SARS-CoV-2.

Des chercheurs ont modélisé pour le SARS-CoV-2 un phage parasite de bactéries Eschericchia Coli dénommé phage Q-beta. Ce modèle, en théorie efficace, doit faire ses preuves dans le cadre de tests pré-cliniques.

Sérothérapie

L'essai clinique Coviplasm promu par l’AP-HP consiste à évaluer l'éventuelle efficacité d'une sérothérapie, c'est-à-dire de la transfusion de plasma sanguin de malades guéris. En effet ce plasma sanguin est riche en anticorps dirigés contre le virus et on espère qu'il permette de transférer cette immunité aux malades. La première phase de l'essai commence le mardi 7 avril 2020 avec le prélèvement par plasmaphérèse de malades français guéris de la Covid-19 dans les régions Île-de-France, Grand Est et Bourgogne-Franche-Comté. L'EFS, prélèvera ainsi 600 ml de plasma chez environ 200 patients volontaires, guéris depuis au moins 14 jours. L'essai porte sur 60 patients dont la moitié bénéficiera du traitement. Ils se verront injecter deux poches de plasma de 200 ml chacune au 6^e jour (±1) des symptômes puis, en l'absence d'intolérance, deux autres doses le lendemain. Une évaluation de l'efficacité du traitement sera possible deux à trois semaines après le début de l’essai.

Vaccin

Dès le début de la pandémie, la recherche d'un vaccin contre le SARS-CoV-2, le virus responsable, a été très intense au niveau mondial. Fin février 2020, l'Organisation mondiale de la santé estime qu'un tel vaccin ne sera pas disponible avant mi-2021.

Au 9 avril 2020 il existait 115 projets de vaccin. Sur ces 115 projets 78 sont des projets actifs. 73 sont en phase de développement pré clinique et 5 sont à la phase I de développement clinique.

Thérapeutiques ciblant l’hôte

Chloroquine et hydroxychloroquine

Un repositionnement constituant une première piste est celui d'une molécule initialement antipaludique, la chloroquine, dont l'effet anticoronaviral avait déjà été démontré in vitro (dans des éprouvettes) sur le SRAS, ainsi que son dérivé l'hydroxychloroquine. Le mode d'action du traitement s'expliquerait par une modification d'une protéine d'attachement sur la tête du virus, ce qui limiterait sa réplication tout en contrôlant les lymphocytes NK (Natural Killer).

Le corps médical est divisé sur ce traitement qui n'a pas été validé de manière rigoureuse in vivo (chez l’être humain). S'opposent d'un côté ceux qui veulent d'abord évaluer les traitements potentiels par des essais thérapeutiques, et de l'autre ceux qui, face à l'urgence sanitaire, veulent pouvoir utiliser immédiatement chez les malades l'association hydroxychloroquine-azithromycine, quitte à ce que ce traitement soit inefficace, mais de façon à en faire profiter les patients si son efficacité présumée était confirmée par la suite.

Le 19 février, une lettre parue dans la revue BioScience Trends indique qu'à l'issue des premières études cliniques la commission nationale Chinoise de la Santé recommande l'utilisation du phosphate de chloroquine dans le traitement du virus. Ces données sont cependant encore limitées notamment en raison de la petite taille de l'échantillon statistique (100 patients). Un consensus d'experts chinois recommande le 20 février d'inclure le phosphate de chloroquine dans les recommandations de prise en charge des patients sans contre-indication à la chloroquine, à raison de 500 mg deux fois par jour pendant 10 jours pour les patients diagnostiqués comme des cas légers, modérés et sévères de maladie.

Néanmoins, une méta-analyse des études en cours indique que les informations données par cette lettre (comparaison de traitement, nombre de patients, etc.) ne semble pas correspondre aux études réellement menées et citées par la lettre en question. Elle pointe aussi la non-publication des données cliniques et l'absence d'information sur l'obtention du consensus annoncé. Cette méta-analyse conclut tout de même à la nécessité de poursuivre les recherches sur cette molécule, rappelant qu'au moment de sa parution, 23 études étaient en cours en Chine pour évaluer son efficacité.

Il est aussi à noter que la prise de chloroquine à haute dose peut provoquer des effets secondaires potentiellement sérieux, en particulier celui d'une intoxication aiguë susceptible de déclencher des problèmes cardiaques ou respiratoires, et que la dose thérapeutique est proche de la dose toxique.

Le 6 mars, une étude pilote réalisée en Chine dans le cadre d'un essai randomisé ne détecte pas d'effet d'un traitement à l'hydroxychloroquine sur la durée d'hospitalisation, la baisse de fièvre ou l'état radiologique des poumons.

En mai 2020 sont publiées successivement cinq études, menées par des équipes américaines, française et chinoise, qui concluent toutes à l'inefficacité de l'hydroxychloroquine contre la Covid-19. Au vu de ces résultats défavorables, et sur l'avis du Haut Conseil de la santé publique, le décret du 26 mai annule l'autorisation de prescrire l'hydroxychloroquine contre la Covid-19.

Cependant, le 3 juin 2020, la revue scientifique The Lancet émet une « expression of concern » concernant l'étude de M. R. Mehra et al. qu'il a publié le 22 mai 2020. Le journal prend ainsi de la distance avec son propre article en écrivant « to alert readers to the fact that serious scientific questions have been brought to our attention » — « pour alerter les lecteurs sur le fait que des questions scientifiques sérieuses ont été portées à notre attention » (avec une suite future – future au 3 juin 2020).

Corticothérapie dans le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA)

L'usage de la corticothérapie dans le SDRA est un sujet de controverse. Le SDRA est en partie causé par les réponses immunitaires de l'hôte. Les corticostéroïdes permettent de diminuer l'inflammation pulmonaire excessive et néfaste mais, par contre, ils inhibent également la réponse immunitaire bénéfique qui permet au patient d'éliminer les agents pathogènes.

Faisant suite à plusieurs publications traitant de l'utilisation des corticoïdes dans le syndrome de détresse respiratoire aiguë, une méta-analyse parue dans le Lancet le 7 février 2020 présente la synthèse de l'utilisation des corticostéroïdes dans le SRAS, le MERS, les infections respiratoires à virus syncytial et les SDRA quelle qu'en soit la cause. Elle conclut qu'aucune donnée clinique ne montre de bénéfice en faveur de l’utilisation des corticoïdes dans tout SDRA, dont celui consécutif au coronavirus. Des médecins chinois critiquent la méthodologie de cette étude et rappellent que, dans des études prospectives sur l'usage des corticoïdes dans les SDRA à H1N1, les corticoïdes avaient réduit la mortalité. La corticothérapie est donc une arme à double tranchant et ils soulignent l'importance de bien évaluer le rapport bénéfice sur risque ; doivent être soigneusement pris en compte : utilisation chez des malades en situation critique, utilisation chez des malades déjà en hypoxie par une maladie chronique ; la posologie doit être faible à modérée (≤ 0,5 à 1 mg/kg par jour de méthylprednisolone ou équivalent) et la durée du traitement doit être courte (au plus sept jours).

Typologie des malades

Distribution par âges et par formes cliniques

Le 24 février 2020, une étude du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies paraît dans le New England Journal of Medecine sur 72 314 cas enregistrés jusqu'au 11 février.

Distribution de l'âge de 44 672 cas confirmés (février 2020)

Âge	Contamination	(en % de cas)	Décès	(en % de cas)
Supérieur ou égal à 80 ans	1 408 cas	3 %	208	15 %
70-79 ans	3 918 cas	9 %	312	8 %
30-69 ans	34 762 cas	78 %	503	1,3 %
20-29 ans	3 619 cas	8 %
10-19 ans	549 cas	1 %
Inférieur à 10 ans	416 cas	1 %	0	0 %
Nombre total	44 672	100 %	1 023	2,3 %

Distribution des formes cliniques de 44 615 cas confirmés (février 2020)

	Nombre	(en ℅ de cas)	Décès	(en ℅ de cas)
Moyenne	36 160 cas	81 %	0	0 %
Grave	6 168 cas	14 %	0	0 %
Critique	2 087 cas	5 %	1 023	49 %

Bien que la Covid-19 semble être plus transmissible que le SRAS et le MERS, et que de nombreuses estimations du taux de reproduction de base de la Covid-19 (R₀) aient déjà été publiées, il est encore trop tôt pour développer une estimation précise de R₀ ou pour évaluer la dynamique de la transmission, selon les auteurs de cette étude.

Typologie par groupe sanguin

Une étude récente (preprint du 16 mars 2020) réalisée en Chine sur différents hôpitaux (Wuhan, Shenzhen) semble montrer que les personnes de groupe sanguin A présentent un risque plus élevé que les autres groupes, tandis que les personnes de groupe O présentent un risque moins élevé que les autres groupes. Dans cette étude la répartition des patients de groupe B et AB atteints de la Covid-19 est la même que dans un échantillon sain de population.^{[pertinence contestée]} Cette étude a été mise en relation avec une autre sur le SARS-CoV de 2001-2002 par France Inter, ayant prouvé in vitro cette corrélation sur le virus cousin du SARS-CoV-2 à l'origine de la Covid-19.^{[pertinence contestée]}

Covid-19 et grossesse

Le SRAS pendant la grossesse était associé à une incidence élevée de complications maternelles et fœtales telles que fausse couche spontanée, accouchement prématuré, retard de croissance intra-utérine, ventilation mécanique assistée, admission en unité de soins intensifs (USI), insuffisance rénale et coagulation intra-vasculaire disséminée.

Une infection périnatale par le SARS-CoV-2 peut être acquise auprès de l'entourage, des soignants (éventuellement de manière nosocomiale) ou via la mère (transmission verticale in utero ? ou post-naissance).

Comme pour le SARS-CoV et le MERS-CoV, la transmission materno-fœtale du SARS-CoV-2 n’a jamais pu à ce jour être démontrée : parmi les six coronavirus connus pour communément infecter l'humain (229E, OC43, NL63, HKU1, SARS-CoV et MERS-CoV) seuls quatre (229E, OC43, NL63 et HKU1) peuvent être transmis verticalement via le placenta et ils sont tous bénins (simples rhumes).

Deux études publiées le 26 mars relancent le débat en s’appuyant sur la présence d'IgM dans le sang fœtal pour un total de sept nouveau-nés. Ces immunoglobulines ne traversant pas la barrière placentaire en raison de leur poids moléculaire. Ces immunoglobulines proviendraient donc d'une synthèse fœtal in utero. Le taux d'IgM était parfois supérieur au taux maternel mais aucun enfant n'était positif au RT-PCR pour le prélèvement de gorge ou de sang fœtal. Cependant la recherche d'IgG et d'IgM par les techniques de laboratoire est rarement utilisée dans le diagnostic des infections congénitales virales (cytomégalovirus, rubéole, Zika), bactérienne (syphilis) ou parasitaire (toxoplasmose) en raison de leur spécificité et sensibilité inférieure à la PCR. Pour les auteurs de l'éditorial du JAMA du 26 mars, on ne peut éliminer formellement la possibilité d'une transmission in utero du SARS-CoV-2.

La chaîne publique CCTV a annoncé le 5 février 2020 qu'un nouveau-né de 30 heures avait été testé positif après l'accouchement d'une femme qui avait été testée positive, ce qui laisse envisager que le virus pourrait passer la barrière placentaire.

Une étude publiée le 12 février 2020 dans The Lancet sur neuf femmes enceintes présentant une pneumonie Covid-19 contractée au dernier trimestre de la grossesse est plutôt rassurante. Le tableau clinique de la pneumonie Covid-19 était identique chez les personnes non enceintes. Six patientes ont reçu des anti-viraux. Elles ont toutes accouché par césarienne d'indication obstétricale (pré-éclampsie, utérus cicatriciel, etc.).

Une nouvelle étude du 13 mars confirme cette impression sur 16 femmes enceintes confirmées et 18 cas suspects tout en soulignant qu'elles ont des signes radiologiques type de la maladie, les manifestations cliniques sont moins importantes que chez les femmes non enceintes.

Transmission du virus par allaitement maternel

La transmission du virus dans le lait maternel n'a pas été établie sur 16 femmes dans plusieurs études. Dans le SARS un seul cas a été rapporté de PCR positif chez une femme mais sur du colostrum avant l'accouchement.

Nouveau-né

Dans une étude chinoise du 12 février 2020 publiée dans The Lancet et réalisée sur 9 femmes enceintes contaminées, tous les enfants nés étaient en bonne santé. Le sang fœtal, le liquide amniotique, des prélèvements au niveau de la gorge du nouveau-né et du lait maternel ont été effectués sur six des neuf patientes. Tous les résultats d'analyse étaient négatifs pour le SARS-CoV-2. Deux cas n'ont pu être prélevés car la césarienne a été effectuée la nuit. Le dernier cas n'a pas été prélevé car le résultat (positif) du test maternel SARS-CoV-2 n'est parvenu qu'après la césarienne. Selon les chercheurs, le cas positif du 5 février 2020 serait dû à une contamination maternelle post-naissance.

Une autre publication de mars 2020 ne retrouve pas de transmission materno-fœtale.

Une autre étude chinoise, publiée en février 2020 dans la revue Translational Pediatrics, est moins rassurante et concerne dix nouveau-nés de Wuhan, issus de neuf mères infectées ayant présenté des symptômes avant l'accouchement dans quatre cas, le jour même dans deux cas et après l'accouchement dans trois cas. Huit bébés étaient des garçons et deux des filles ; quatre sont nés à terme et six prématurément ; deux étaient petits pour leur l'âge gestationnel (SGA) et un était macrosome ; six avaient un score PCIS (Pediatric Critical Illness Score) inférieur à 90. Six ont présenté un essoufflement comme premier symptôme, mais deux ont d’abord eu de la fièvre. Deux ont présenté une thrombocytopénie avec fonction hépatique anormale ; un avait une fréquence cardiaque rapide, un vomissait et un a fait un pneumothorax ; cinq nouveau-nés ont guéri, un est mort et quatre sont restés hospitalisés dans un état stable. Cette étude ne donne aucune explication sur le décès du nouveau-né. Seuls des prélèvements nasaux ont été faits. Ils étaient tous négatifs.

Dans l'étude du 13 mars citée plus haut, il n' y a pas de différences significatives chez les nouveau-nés des cas confirmés ou suspects par rapport à un groupe témoin de 121 cas notamment pour ce qui concerne le score d'Apgar à la naissance.

Une autre étude chinoise datant du 24 mars, et effectuée sur 33 nouveau-nés, confirme le pronostic généralement bon des enfants nés de mère PCR positif. Mais 3 des 33 enfants, tous nés par césarienne, présentent une pneumopathie typique de la Covid-19 survenant entre 2 et 4 jours après la naissance. Les prélèvements anaux et de la gorge étaient positifs au SARS-CoV-2. Aucune recherche n'a été effectuée dans le sang de cordon ou le liquide amniotique. Le seul enfant ayant nécessité une prise en charge en soins intensifs avait une hémoculture positive à Enterobacter. Aucun enfant n'est décédé. Les auteurs de l'étude concluent que la transmission du virus s'est produite après la naissance.

Critères de guérison

Les critères de guérison selon la Commission chinoise de la santé sont :

• température normale durant plus de trois jours ;
• disparition des symptômes respiratoires ;
• amélioration nette des images de tomodensitométrie thoracique ;
• deux résultats consécutifs du test RT-PCR négatifs, séparés par au moins un jour.

En France les critères de guérison et de sortie de confinement des personnes infectées sont précisés par le HCSP.

Immunisation

En avril 2020, l'OMS reste prudente : « Il n'y a actuellement aucune preuve que les personnes qui se sont remises de la Covid-19 et qui ont des anticorps sont protégées contre une deuxième infection » ; à ce jour la présence d'anticorps dans le sang signifie simplement que la personne a été en contact avec le virus. L'OMS alerte les États qui - comme le Chili - envisagent de délivrer des « certificats d'immunité » aux personnes supposées guéries. Faute de preuves acquises entre janvier et avril 2020 que l'immunisation existe bien, ces certificats ou passeports pourraient ne pas être fiables, et alors aggraver la propagation virale (des personnes guéries s'exposeraient en pensant être protégées du virus, et une fois infectées seraient à nouveau contagieuses).

Que sait-on ? (modèle animal, études cliniques...)

Chez des singes macaques ré-exposés au coronavirus après une première infection, la maladie n'a pas récidivé, mais on ne sait pas encore (fin avril) si ceci est transposable à l'homme ni si cette protection est systématique.

91 personnes ont été testées positives au SARS-CoV-2 en Corée du Sud, après avoir réuni les critères de guérison. Mais il se pourrait que plutôt qu'une réinfection, il s'agisse d'une réactivation du virus déjà présent dans l'organisme (ce que seule l'étude du génome viral pourrait prouver). Une autre explication pourrait être de faux négatifs lors de la supposée guérison et/ou de faux positifs lors du test fait après guérison. En avril 2020, des études sont encore en cours en Allemagne où de nombreux tests ont été faits.

Après infection par le SARS-CoV-1 ou le MERS-CoV

La récurrence et l'ampleur des épidémies de SRAS et de MERS (en) sont trop faibles pour permettre d'observer une possible immunité chez les personnes qui auraient été infectées dans le passé. Par ailleurs, aucune recherche basée sur l'inoculation n'a été tentée en raison du caractère hautement pathogène des virus du SRAS et du MERS. Une étude montrerait que les anticorps provoqués par le SRAS disparaissent au bout de trois ans.

Après une infection par le SARS-Cov-2 (épidémie de Covid-19)

Aucune étude clinique n'est publiée sur la protection et la durée de l'immunité chez les personnes infectées par le SARS-Cov-2. On sait simplement, notamment grâce à l'étude du cluster du lycée de Crépy-en-Valois, que les anticorps apparaissent parfois dès le 5^e ou 6^e jour chez les personnes infectées et plutôt à partir du 14^e jour. Les immunoglobulines IGM et IGG apparaissent successivement (l'IGG étant neutralisante contre le virus). « Mais cela ne nous dit rien d'une possible réinfection, ni si ces personnes ne sont pas contagieuses pour les autres », commente une infectiologue, Odile Launay.

Étude d'une infection à base d'une souche de coronavirus bénigne

Des études ont porté sur l'immunisation après une infection par des coronavirus responsables d'infection bénigne (rhumes). Une même personne peut avoir plusieurs fois dans l'année un rhume à coronavirus, mais il pourrait alors s'agir de sérotypes assez génétiquement différents pour échapper au système immunitaire.

• Une étude a porté sur 18 volontaires, volontairement infectés par le coronavirus 228E, puis de nouveau infectés avec la même souche : la maladie n'a pas chez eux récidivé.
• Parmi 15 volontaires infectées volontairement, puis de nouveau infectées un an après, plusieurs sujets ont au contraire, été réinfectés, mais avec des signes cliniques moins importants.

Protection par les anticorps ?

Après infection par le SARS-CoV-1 ou le MERS-CoV

Des mesures faites à moyen ou long termes sont disponibles sur l'immunisation naturelle après guérison pour des virus très similaires. Elles sont issues d'études faites après la pandémie de SRAS de 2002-2003 puis du MERS. Dans les deux cas elles ne concernent qu'un faible nombre de cas, et les études n'ont pas vérifié que l'immunité était fonctionnelle :

• En 2006, une étude sur la protection par des anticorps agglutinants contre le SARS-CoV-1 montre que la protection diminue nettement après deux à trois ans.
• Une prépublication chinoise récente (publiée le 14 février 2020 sur medRixv) a porté sur l'immunité à long termes d'un panel de 20 soignants chinois, faisant partie d'un cluster de 34 soignants atteints par le SRAS dans l'hôpital de Guangzhou : dans ce cas (c'est-à-dire à la suite du SRAS de 2002-2003), les taux d'immunoglobulines anti-SARS-CoV-1 ont atteint un pic environ 12 mois après l'infection, pour ensuite rapidement décliner. Des anticorps étaient encore détectables 12 ans après chez ces 20 soignants, mais en faible quantité.
  Plus précisément, un pic de concentration a été noté un an après l'infection (en 2004), suivi d'une diminution rapide pendant deux ans (de 2004 à 2006), puis d'un déclin moins rapide. Les auteurs notent que dans ce groupe, les patients traités à l'époque par corticoïdes (prednisone et méthylprednisolone) se sont ensuite montrés les moins immunisés (titrations d'anticorps plus basses).
  Les auteurs restent prudents et concluent : « Actuellement, nous ne savons pas si les anticorps IgG persistants possèdent des activités de neutralisation du virus et peuvent fournir une protection complète contre l'infection par le SRAS-CoV ou une protection croisée contre le nouveau bétacoronavirus, 2019-nCoV. Des études précédentes, nous avons prédit que la présence d'anticorps IgG pourrait au moins fournir une protection partielle contre l'infection par un coronavirus ». Ces données éclairent les liens entre ce coronavirus et les mécanismes immunitaires, et peuvent orienter les directions à prendre pour des vaccins contre le SARS-CoV-1 et le SARS-CoV-2 ; les auteurs précisent que deux des soignants diagnostiqués il y a 17 ans comme atteint du SRAS ne présentaient lors de l'étude aucun anticorps, ajoutant que ces deux cas « méritent une enquête plus approfondie pour clarifier si ces deux sujets étaient des non-répondeurs qui n'ont pas développé du tout d'anticorps anti-SRAS-CoV-1 ou s'ils représentaient simplement deux cas mal diagnostiqués » (à l'époque — c'était avant que l'OMS ait officiellement reconnu l'entité SRAS — il n'existait pas de test, et leur pneumonie atypique pourrait potentiellement avoir une autre origine).
• Un constat similaire a été fait pour le MERS.

Après une infection par le SARS-Cov-2 (épidémie de Covid-19)

Au 10 avril 2020, « nous ne savons pas si les anticorps IgG persistants (d'une infection au SARS-CoV-1) possèdent des activités de neutralisation du virus et peuvent fournir une protection complète contre l'infection par le SARS-CoV-1 ou une protection croisée contre le nouveau bétacoronavirus, SARS-CoV-2 » ; on suppose que les malades guéris de la Covid-19 ont développé une certaine immunité au SARS-CoV-2, mais on ignore pour combien de temps, dans quelle mesure et à quelles conditions (ex. : certains médicaments sont immunosuppresseurs… ou dans le cas du SRAS semblent avoir atténué la quantité d'anticorps produits dans les mois et années suivantes) et on ignore encore s'il y a des exceptions à cette immunisation. Les coronavirus sont, comme les virus grippaux, des virus à ARN qui mutent rapidement. Une possibilité est qu'une souche constitutive d'une nouvelle vague épidémique ou pandémique pourrait être assez différente de la précédente pour à nouveau infecter des gens ayant guéri de l'épidémie de Covid-19.

Le 25 avril 2020, l'OMS avertit qu'il n'existe aucune preuve que les anticorps produits par le SARS-Cov-2 possèdent des capacités agglutinantes permettant une protection efficace contre une réinfection.

Séquelles

Maladie à transmission sexuelle ? Risque d'infertilité masculine ?

Dans les testicules, ce sont les cellules de Sertoli et les spermatogonies qui sont atteintes en cas d'infection du SARS-CoV-2 ; ce qui altère la spermatogenèse.

La Covid-19 pourrait-elle provoquer une infertilité masculine ? passagère ou durable ?

Le testicule est un réservoir pour plusieurs virus, dont le virus Zika comme démontré chez l'homme et le VIH, le virus étant alors sexuellement transmissible s'il passe dans le sperme. Dans une prépublication publiée sur MedRxiv, des chercheurs de New York et de Mumbai notent que dans le panel (de 81 malades hommes en âge de se reproduire) qu'ils ont suivi et comparé à 100 hommes en bonne santé les femmes se sont rétablies plus vite que les hommes. Les auteurs pensent que le virus peut être relativement à l'abri du système immunitaire dans les testicules, comme cela a pu être montré pour d'autres virus. Ils notent aussi que la protéine ACE2 est aussi présente en grande quantité dans le testicule, alors qu'elle est presque absente du tissu ovarien. L'ACE2 est notamment présente dans les spermatogonies (cellules inactives jusqu'à la puberté), dans les cellules de Leydig et dans les cellules de Sertoli) ; cependant, ces résultats issus de base de données n'ont pas été vérifiés expérimentalement et l'ACE2 seule ne permet pas l'entrée du virus dans les cellules. D'autres facteurs sont nécessaires telle que la protéase TMPRSS2. Or une autre étude montre que ces facteurs additionnels ne sont pas exprimés par les cellules testiculaires qui expriment ACE2. Il n'est donc pas acquis que le SARS-CoV-2 puisse infecter les cellules testiculaires, mais si le virus peut infecter les testicules, le système immunitaire perturbé au sein de l'appareil reproducteur masculin, par des médiateurs inflammatoires notamment, pourrait altérer la barrière hémato-testiculaire et faciliter l'excrétion de virions dans le sperme.

Une autre prépublication, mi-avril, indique que le SARS-CoV-2 perturbe le système hormonal, avec notamment une augmentation significative de l'hormone lutéinisante [HL] observée dans le sang, alors que le ratio T/LH (c'est-à-dire entre testostérone [T] et l'hormone lutéinisante [LH]) de même que le ratio entre l'hormone folliculo-stimulante et l'hormone lutéinisante [HL] est diminué. Les auteurs en déduisent que la fonction gonadique des patients guéris devrait faire l'objet d'une attention particulière chez les hommes en âge de procréer. Cette hypothèse est toutefois controversée par plusieurs scientifiques. La Covid-19 pouvant donc peut-être altérer la fécondité masculine en altérant le fonctionnement endocrinien, une étude massive a été envisagée car les études précédentes ne portaient que sur 81 sujets masculins âgés de 20 à 54 ans. Cette étude sera basée sur plusieurs recherches préalables qui postulent que toutes les cellules exprimant des récepteurs pour SARS-CoV-2. Or, les testicules montrent le niveau d'expression le plus élevé de cette enzyme principalement liée aux spermatogonies, et aux cellules de Sertoli. Tous les résultats suggèrent un risque potentiel du testicule humain face à l'attaque du SARS-CoV-2.

En février 2020, une prépublication n'avait pas trouvé de coronavirus dans le sperme de patient convalescents, ni dans le testicule d'un patient décédé. À ce moment, rien ne plaidait pour une possible infection du testicule humain ni du tractus génital masculin par le SARS-CoV-2, et cette famille de virus n'était pas supposée cibler les testicules. Cependant, trois mois plus tard, la revue JAMA rapporte plusieurs cas de patients chinois ayant contracté la Covid-19, dont en rémission, chez lesquels le virus a été retrouvé dans le sperme. « Les banques de sperme doivent-elles interrompre la cryogénisation de dons de sperme durant la pandémie de Covid-19 ? » s'interrogaient Bright & Woodward en avril 2020. On sait en effet que certains patients virémiques (éventuellement asymptomatiques) excrètent des virus dans leur sperme — ceci était en 2017, déjà prouvé pour 27 virus différents — et parfois longtemps (par exemple le virus Zika était encore présent dans le sperme d'hommes réputés guéris ou ne présentant plus de symptômes « jusqu'à 1 an après la guérison »).

Selon Michael Bright Yakass et Bryan Woodward, les hommes atteint de Covid-19 excrètent a priori peu de virus dans leur sperme car « seuls des titres très faibles de SARS-CoV-2 ont été détectés dans des sites non respiratoires » de l'organisme humain (y compris dans les selles humaines selon Holshue et al., 2020). « Cependant, « faible » est-il un risque acceptable si nous devons cryoconserver des échantillons de sperme pendant la pandémie ? », d'autant que la plupart des virus à ARN se conservent parfaitement durant des décennies aux températures de cryoconservation s'ils ont été stockés séchés, dans des concentrations de protéines appropriées. On n'a pas de cas documentés de contamination clinique par coronavirus à partir de sperme cryoconservé, ce qui invite à penser que le risque est négligeable, mais en 2019-2020 au moins le SARS-CoV-2 pourrait être présent dans les échantillons de sperme congelés dans le monde entier. Bright & Woodward (2020) recommandent de remonter le niveau de biosécurité et de conserver les échantillons de la période pandémique dans des cryovaisseaux séparés en renforçant la traçabilité des échantillons cryoconservés envoyés entre cliniques et banques de spermes pendant et après la pandémie.

Mi-avril une revue d'étude basée sur 79 rapports, a porté sur la liaison de la « protéine de pointe » S1 du SARS-CoV-2 aux récepteurs présents sur les cellules des cellules reproductrices humaines (ces récepteurs étaient notamment l'ACE2, le CD26, l'ezrine et les cyclophilines (en)). Cette étude a conclu que le SARS-CoV-1 peut provoquer une orchite grave (avec destruction de cellules germinales) ; les données alors disponible indiquent une diminution de la concentration et de la motilité des spermatozoïdes durant 72 à 90 jours après une COVID-19. Une expression d'ACE2 (dépendante de la gonadotrophine a été constatée dans les ovaires, mais sans preuve que le SARS-CoV-2 nuise à la gamétogenèse. Statistiquement, la COVID-19 touche moins les mères que ne le faisait le SRAS ou le MERS, mais quelques rapports suggèrent que des femmes asymptomatiquement infectées peuvent développer des symptômes respiratoires post-accouchement. La COVID-19 pendant la grossesse est associée à risque accru d'accouchement prématuré, mais jusqu'alors aucun cas de transmission verticale fœtale n'avait été rapporté.

Le 8 mai 2020, sur la base d'une analyse bio-informatique des bases de données de génome, protéome et transcriptome, une prépublication mise en ligne par 13 chercheurs chinois spécialistes en urologie et santé reproductive insiste sur l'ACE2 et TMPRSS2, deux protéines jugées nécessaires au virus pour qu'il puisse s'arrimer à une cellule et la pénétrer. Selon les bases de données, ces deux protéines sont effectivement fortement exprimés dans les organes génitaux masculins et le système urinaires associé. L'ACE2 est particulièrement présent à la surface des gamétocytes dans les testicules ; et il est aussi très présent dans les tubules rénaux proximaux. De plus les récepteurs des cytokines pro-inflammatoires (IL-6 ST en particulier) étaient remarquablement concentrés dans les cellules endothéliales, les macrophages et les cellules souches spermatogoniales dans les testicules et les cellules endothéliales rénales, évoquant des attaques auto-immunes (des endothélites sont d'ailleurs suspectées à échelle plus systémique). Correctement traiter la Covid-19 implique d'intégrer ces aspects de la maladies.

Prévention

Le virus est sensible à tous les désinfectants habituels et au savon.

Mesures

La prévention vise essentiellement à éviter la contagion en suspendant tout contact proche avec une personne infectée confirmée et en limitant très fortement les autres contacts. Ceci passe notamment par l'instauration de mesures-barrières comme la distanciation sociale, l'arrêt des embrassades et des échanges manuels, le lavage fréquent des mains, l'utilisation de mouchoirs jetables ou encore la pratique de tousser dans son coude pour éviter la production d'aérosols, la désinfection des surfaces potentiellement contaminées telles que des poignées de portes, boutons d'ascenseurs, etc.

Il est vivement conseillé aux personnes présentant un état grippal de surveiller leur température. L'ingestion de viande ou d'œuf mal cuits est déconseillée.

La London School of Hygiene and Tropical Medicine publie une étude le 6 février 2020 montrant que les détecteurs thermiques des aéroports détectent moins de 40 % des personnes infectées en se basant notamment sur cette publication.

Port du masque

L'OMS ne recommande pas le port du masque systématiquement, craignant qu'il procure un faux sentiment de sécurité. Le masque ne doit être porté que si on tousse ou éternue, ou si on s'occupe d’une personne présumée infectée par le SARs-Cov-2. L'OMS rappelle en outre que le port du masque est sans intérêt s'il ne s’accompagne pas d'un lavage régulier des mains et son utilisation exige des précautions particulières. Le port du masque diminue considérablement la transmission des gouttelettes émises au cours de la parole. La bonne manipulation du masque lors de sa mise en place et son retrait suivi d'un lavage des mains est primordiale.

Les masques avec valve ne protègent que le porteur du masque, la valve facilitant l'expiration pour des raisons de confort. Les masques avec valves sont surtout utilisés dans les professions dont l'activité physique nécessite une bonne ventilation du porteur (métier du bâtiment par exemple), où le porteur, non contaminant, travaille dans un milieu contaminé.

Masque chirurgical

Le masque chirurgical est conçu pour retenir les germes sortant des poumons de la personne qui le porte : il est porté par un chirurgien (d'où le qualificatif de ce masque) pour éviter surtout d'infecter son patient opéré. Le port de ce masque peut apporter parfois un faux sentiment de sécurité.

Masque FFP2

Le masque de protection individuel (de type FFP2) est équipé d'un filtre qui empêche les germes de pénétrer dans l'organisme. Son efficacité dure de trois à huit heures. Ce masque sert à protéger les personnels de santé lors de leurs soins aux personnes infectées.

Pour éviter la confusion entre les masques FFP1, FFP2 et FFP3, les élastiques sont jaunes pour les FFP1, blancs ou bleus pour les FFP2 et rouges pour les FFP3.

Masques alternatifs

Début avril, les dirigeants de plusieurs pays changent de discours et recommandent de se couvrir le visage, avec un simple foulard ou un masque fait maison si besoin. En France, l’Académie nationale de médecine estime qu’un masque « grand public » devrait être rendu obligatoire pour toute sortie pendant et après le confinement. En effet, les scientifiques n'écartent pas que le virus puisse se transmettre par l'air expiré de personnes sans symptômes (sans tousser mais en parlant).

Port de gants

Hormis si l'on est un soignant en contact avec un patient potentiellement infecté et que l'on a été au préalable formé aux bonnes pratiques, l'OMS précise que le port de gants est inutile et que « le fait de se laver les mains régulièrement protège mieux contre la Covid-19 que le port de gants en caoutchouc ».

Lavage des mains

Se laver régulièrement les mains avec du savon ou du gel hydroalcoolique est la plus importante des mesures de protection contre le SARS-CoV-2. Pour être efficace, le lavage au gel hydroalcoolique doit se faire en manches courtes, les ongles courts (1 mm ou moins) sans vernis, sans aucun bijou (ni alliance ni montre…) et les mains sèches et macroscopiquement propres (on ne désinfecte que ce qui est propre).

Eau potable

Face à la pandémie de Covid-19 qui sévit en France, de nombreux gestionnaires d'approvisionnement en eau potable ont répondu à l’appel des Agences régionales de santé, suivant en cela les recommandations de l’Organisation mondiale de la santé. Elles leur demandent de modifier la chloration de l'eau, avec une augmentation du taux de 0,3 mg/l à 0,5 mg/l en sortie de station de traitement, avec une exposition au chlore libre pendant au moins 30 minutes. C'est le cas en particulier à Rennes, Strasbourg, Toulouse, dans la région parisienne, etc..

Désinformation

De nombreuses théories concernant les causes du virus, la propagation de celui-ci ou les traitements sont diffusées sur les médias sociaux, et s'avèrent être liées aux théories du complot, aux infox ou d'être de la désinformation. Elles sont alimentées par les affirmations contradictoires des dirigeants politiques, des autorités de santé et des scientifiques.

Initiatives

Alors que les pouvoirs publics de l'ensemble des États demeurent fortement mobilisés, les grandes entreprises sont également engagées et viennent apporter leur soutien dans la lutte contre la pandémie. Si les maisons de mode ont pris le pas de la fabrication de masques, et de gels hydroalcooliques, les particuliers et les autres industries sont également mobilisés. Orano, expert dans le nucléaire, a contribué à la fabrication de pièces pour les visières et équipements de protection des soignants ; tandis que les fabricants de spiritueux ont livré des stocks pour des gels désinfectants. Du point de vue des nouvelles technologies, les acteurs de la FrenchTech et de la MedTech ont mis au point des tests sérologiques.

Infographie

• Gildas Des Roseaux, « Comment fonctionnent les différents tests de dépistage du virus ? », sur Le Figaro, 2 avril 2020 (consulté le 11 avril 2020)
• Marc Cherki, « Coronavirus: de nombreux freins à l’accélération des tests PCR », sur Le Figaro, 22 avril 2020 (consulté le 25 avril 2020)
• Guillaume Balavoine, « Cinq cartes pour visualiser les disparités régionales face au Covid-19 », sur Le Figaro, 24 avril 2020 (consulté le 25 avril 2020)
• Dossier : « Coronavirus : notre dossier spécial sur la pandémie de Covid-19 », sur La Croix (consulté le 25 avril 2020)
• Jonathan Parienté, Pierre Breteau, Maxime Ferrer et Léa Sanchez, « Coronavirus : âge, sexe, département… la hausse de la mortalité française en six graphiques », sur Le Monde, 24 avril 2020 (consulté le 25 avril 2020)
• « EN DIRECT - Déconfinement : des réponses concrètes en début de semaine », sur Les Échos, 25 avril 2020 (consulté le 25 avril 2020)

Voir aussi

Bibliographie

• Philippe Sansonetti, « Covid-19, chronique d’une émergence annoncée », La Vie des idées,‎ 19 mars 2020 (lire en ligne, consulté le 21 mars 2020)
• Pascal Marichalar, « Savoir et prévoir : Première chronologie de l’émergence du Covid-19 », La Vie des idées,‎ 25 mars 2020 (lire en ligne, consulté le 25 mars 2020).
• Philippe Grandcolas et Jean-Lou Justine, « Covid-19 ou la pandémie d’une biodiversité maltraitée », The Conversation,‎ 25 mars 2020 (DOI https://doi.org/10.6084/m9.figshare.12040623.v1, lire en ligne, consulté le 30 mars 2020)
• Ressources pour le Covid-19, sur worldcat.org

Articles connexes

• Betacoronavirus
• SARS-CoV-2
• Désinformation sur la pandémie de Covid-19
• Développement et recherche de médicaments contre la Covid-19
• Épidémie
• Grippe (classique ou saisonnière)
• Lymphohistiocytose hémophagocytaire secondaire
• Maladie à déclaration obligatoire
• Maladie infectieuse émergente
• Pandémie
• Pandémie de Covid-19
• Santé publique
• SARS-CoV-2 chez les animaux non-humains
• Syndrome inflammatoire de reconstitution immune
• Système immunitaire
• Syndrome de libération de cytokines
• Test diagnostique du SARS-CoV-2

Liens externes

• Ressources relatives à la santé :
  • Diseases Ontology
  • DiseasesDB
  • Héritage mendélien chez l'humain
  • Héritage mendélien chez l'humain
  • ICD-10 Version:2016
  • MalaCards
  • Medical Dictionary for Regulatory Activities Terminology
  • Medical Subject Headings
  • MedlinePlus
  • NCI Thesaurus
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  • Store medisinske leksikon
• Liste des publications scientifiques relatives à la Covid-19 et Sars-Cov-2 de medRxiv, arXiv, JAMA network, New England Journal of Medecine sur Coronavir.org
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• Comparateur des courbes épidémiques nationales (sources ECDC)
• Guide de bonnes pratiques Alhazzani, W. Møller, M. H. Arabi, M. Loeb et et al., Surviving sepsis campaign: guidelines on the management of critically ill adults with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) - Un-edited accepted proof, European Society of Intensive Care Medicine and the Society of Critical Care Medicine, 2020 (DOI 10.1007/s00134-020-06022-5, lire en ligne)