Maladie à coronavirus 2019

Maladie à coronavirus 2019 (Covid-19)

Données clés

Causes	Coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère
Transmission	Transmission aéroportée (d), contamination par les sécrétions respiratoires (d), transmission par contact (d), transmission directe (d), transmission par surface contaminée (d) et infection de l’œil (d) (?)
Incubation min	2 j
Incubation max	14 j ou 27 j
Symptômes	Fièvre, toux sèche, dyspnée

Traitement

Diagnostic	PCR sur prélèvement nasopharyngé ou bronchique et scanner des poumons
Différentiel	Infection virale à H5N1, H7N9, grippe et toutes infections pulmonaires bactériennes et virales y compris MERS, SRAS et tuberculose
Traitement	Traitement symptomatique, antiviral, oxygénothérapie normobare, immunothérapie, thérapie par immunoglobulines, immunosuppresseur, sérum immun et traitement de la Covid-19
Spécialité	Infectiologie, pneumologie, virologie, épidémiologie et médecine d'urgence

Épidémiologie

Mortalité	4,635 % des cas reportés par l’OMS (le 28 mars 2020)

Classification et ressources externes

CIM-10	U07.1 et U07.2
OMIM	301051
DiseasesDB	60833
MedlinePlus	007768
eMedicine	2500114
MeSH	D000086382

Mise en garde médicale

La maladie à coronavirus 2019 ou Covid-19 (acronyme anglais de coronavirus disease 2019) est une maladie infectieuse émergente de type zoonose virale causée par la souche de coronavirus SARS-CoV-2. Les symptômes les plus fréquents en sont la fièvre, la toux et la gêne respiratoire et, plus rarement, un syndrome de détresse respiratoire aiguë pouvant entraîner la mort, notamment chez les personnes rendues fragiles par l'âge ou des comorbidités. Une autre complication mortelle est une réponse exacerbée du système immunitaire (choc cytokinique).

La maladie apparaît en novembre 2019 à Wuhan, en Chine centrale avec des cas inhabituels de pneumopathie justifiant de sévères mesures de confinement en janvier 2020. En mars 2020 l'épidémie est requalifiée en pandémie par l'Organisation mondiale de la santé (OMS). La pandémie de Covid-19 se propage rapidement dans de nombreux autres pays qui prennent à leur tour des mesures similaires en mars, provoquant des fermetures de frontières, un brusque ralentissement de l'économie mondiale et un krach boursier le 12 mars 2020.

La Covid-19 est contagieuse avec transmission interhumaine via des gouttelettes respiratoires, surtout lorsque les gens toussent ou éternuent, ou via un contact manuel avec une surface contaminée suivi d'un toucher de la main sur le visage (bouche, nez, yeux, pas la peau). La période d'incubation se situe généralement entre deux et quatorze jours, avec une moyenne de cinq jours. Une proportion importante des personnes infectées ne présentent aucun symptôme mais peuvent transmettre la maladie. Son diagnostic repose surtout sur un test (RT-PCR) et/ou sur les images pulmonaires faites au scanner.

En termes de prévention, le lavage très fréquent des mains, la limitation des contacts inter-humains (distanciation sociale, mesures-barrières, confinement), ainsi que le port d'un masque médical par les personnes atteintes, permettent de limiter le taux de reproduction du virus et donc de faciliter la gestion de la crise par les services de santé. Malgré des recherches intenses, il n'y a encore ni traitement (inhibiteur ou médicament spécifique reconnu) ni vaccin.

Historique de la maladie

Le premier cas rapporté serait un patient de 55 ans tombé malade le 17 novembre 2019 en Chine. Le 15 décembre, le nombre de cas était de vingt-sept, et le 20 décembre de soixante, incluant plusieurs personnes qui, travaillant au marché de gros de fruits de mer de Huanan, sont hospitalisées à l'hôpital de Huanan, dans la région du Hubei, pour pneumopathie. À ce stade, il n'est pas certain que les humains puissent se contaminer entre eux, les malades ayant pu être contaminés par une source animale commune bien que de nombreux observateurs soupçonnent les autorités chinoises d'avoir voulu étouffer la vérité.

Le 21 décembre, un kit diagnostic ciblant vingt-deux germes pathogènes respiratoires (dix-huit virus et quatre bactéries) donnant un résultat négatif, les médecins réalisent à ce stade qu'ils sont en présence d'un nouvel agent pathogène respiratoire. Le 31 décembre 2019, l'Organisation mondiale de la santé (OMS), est informée de l'existence de cas de pneumonie d'origine inconnue dans le Wuhan.

Le 7 janvier 2020, les autorités chinoises signalent une soixantaine de victimes, et isolent un nouveau type de coronavirus : le SARS-CoV-2 (deuxième coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère). Le 6 janvier, les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) aux États-Unis communiquent sur les risques d’une épidémie ; l'OMS fait de même le 9 janvier.

Le 21 janvier, l'OMS émet son premier rapport journalier sur ce qui allait devenir une pandémie. Le 23, l'OMS indique que la maladie est transmissible entre humains. Le 24, l'OMS indique que les modes de transmissions de la maladie sont très probablement les mêmes que ceux des autres coronavirus : gouttelettes éjectées (par postillons, lors de toux ou d'éternuements), contacts directs ou via des objets contaminés.

Le 26 janvier, la Commission nationale de la Santé de Chine (CNS), indique que ce nouveau virus a une période d’incubation pouvant aller jusqu’à deux semaines, et surtout que la contagion est possible durant la période d’incubation. De ce fait, s'il ne fait pas l'objet d'une politique de détection systématique et précoce, il est susceptible de se répandre avec une croissance exponentielle.

Le 30 janvier, l'OMS déclare que cette épidémie constitue une urgence de santé publique de portée internationale (USPPI). Certains évoquent la « maladie X » (nom donné en 2018 par l'OMS à une maladie susceptible de causer un danger international).

Le 11 février, le directeur général de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, annonce que la maladie est désormais officiellement nommée « maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) », Covid-19 étant l'acronyme anglais de coronavirus disease 2019. Le virus est lui finalement nommé « coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) ».

Le 27 février, l'OMS publie un guide sur les mesures préventives destinées à freiner l'épidémie.

Le 11 mars, le directeur général de l'OMS annonce qu'il s'agit d'une pandémie. C'est la première fois qu'une pandémie est causée par un coronavirus.

Des mesures nationales sévères de confinement sont prises dans de nombreux pays, dès janvier 2020 en Chine, puis en mars (Italie, Espagne, France, Suisse, Belgique, Canada, etc.). Ces mesures provoquent des annulations en série de rassemblements et des fermetures de frontières, le brusque ralentissement de l'économie mondiale et le krach boursier du 12 mars 2020.

Cause : coronavirus SARS-CoV-2

Le coronavirus SARS-CoV-2 génère la maladie infectieuse Covid-19.

Pénétration dans l'organisme et physiopathologie

Les virus infectent généralement les cellules en y entrant via une endocytose médiée par un récepteur auquel chaque virus doit d'abord se lier. Le récepteur utilisé par le SARS-CoV-2 est une protéine de surface cellulaire : l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2), la même que pour le SARS-CoV mais avec une affiné 10 à 20 plus importante que le SARS-Cov. Le virus se lie avec le récepteur ACE-2 par ses protéines présentes dans les épines de sa couronne (protein spyke)..

L'ACE2 est une enzyme de conversion des récepteurs cellulaires de l'angiotensine II. Elle est présente sur les « cellules épithéliales alvéolaires AT2 » situées dans les alvéoles pulmonaires, mais aussi dans l'œsophage (dans les cellules épithéliales supérieures et stratifiées), dans les entérocytes absorbants de l'iléon et du côlon et dans le pancréas (de légères pancréatites sont d'ailleurs observées, via analyses d'amylase et de lipase et via l'imagerie médicale, chez les malades légèrement ou sévèrement atteints par la Covid-19). Les « cellules à AT2 » sont connues pour être sujettes aux infections virales.

Il existe un deuxième récepteur de l'angiotensine au niveau des cellules pulmonaires nommé ACE1. Ce récepteur convertit la pro-hormone angiotensine I (peptide comprenant 10 acides aminés ) en angiotensine II ((peptide comprenant 8 acides aminés ) . L'angiotensine II entraîne une vasoconstriction des vaisseaux avec augmentation de la pression artérielle. L'ACE2 convertit l'angiotensine II en un peptide à 7 acides aminés agissant sur des récepteurs Mas entraînant une vaso-dilatation..

Le virus en utilisant l' ACE2 empêche l'élimination naturelle de l'angiotensine II , Cette accumulation d'angiotensine II pourrait entraîner une stimulation des récepteurs AT₁R présents sur les lymphocytes T entraînant une libération de cytokine pouvant en l'absence de régulation entraîner un choc cytokinétique

L'implication du système rénine -angiotensine , régulant la pression artérielle, dans la réponse immunitaire innée a fait l'objet de nombreuses publications (plus de 15) ainsi que ce système agit par l'intermédiaire du récepteur AT₁R présents sur les lymphocytes T(12 publications)

Le virus pourrait s'introduire dans le liquide cérébrospinal des personnes contaminées.

Répartition dans l'organisme

La répartition du virus dans l'organisme n'est pas encore précisément connue (mars 2020). Elle pourrait varier selon les souches virales.

Selon une synthèse basée sur 1 070 échantillons prélevés à l'hôpital en Chine en janvier-février 2020 et publiée le 11 mars 2020, les taux positifs les plus élevés ont été trouvés dans les lavages bronchoalvéolaires (14 cas sur 15 ; soit 93 %). Venaient ensuite les expectorations (72 cas sur 104 ; 72 %), les écouvillons nasaux (5 cas sur 8 ; 63 %), la biopsie par fibrobronchoscopie (6 cas sur 13 ; 46 %), le pharynx (126 cas sur 398 ; 32 %), les matières fécales (44 cas sur 153 ; 29 %) et enfin dans le sang (3 cas sur 307 ; 1 %). Dans aucun cas le virus n'a été retrouvé dans l'urine, mais les auteurs notent qu'un SARS-CoV-2 infectieux a été trouvé dans les selles de deux patients sans diarrhées.
Comme ceux du SARS et le MERS, ce virus semble pouvoir infecter le système nerveux central, comme l'a montré l'hôpital Ditan de Pékin chez un patient de 56 ans atteint du COVID-19 et qui présentait des troubles neurologiques (contractions de muscles du visage après quelques jours de traitement); des coronavirus ont été retrouvés dans son liquide cérébrospinal et il avait développé une encéphalite.

Le virus semble pouvoir également infecter ou affecter le foie et les reins. Ces infections peuvent impacter la métabolisation des médicaments reçus.

En revanche le virus ne se retrouve pas dans les sécrétions vaginales et la voie vaginale ne semble pas être une voie d'infection.

Comparaison de dangerosités avec d'autres viroses

Le taux de reproduction de base est le nombre moyen d'individus qu'une personne infectieuse peut infecter, tant qu'elle est contagieuse.

Le temps de génération est le délai qui sépare l'apparition des signes cliniques d'une personne infectée et l'apparition des signes cliniques des ou de la personne qu'elle a infectée.

Virus	Maladie	Transmission respiratoire	Taux de reproduction de base	Taux de létalité pour 1000	Temps de génération (jours)	Contagion avant l'apparition des symptômes
SARS-CoV-2	Covid-19	Oui	Entre 3 et 4	Entre 10 et 30	> 3	Oui
Alphainfluenzavirus Betainfluenzavirus Gammainfluenzavirus	grippe	Oui	1,4	1	> 3	Oui
SARS-CoV	SRAS	Oui	Supérieure à 2	94	> 3	Non (trois jours après la toux)
MERS-CoV	SRMO	Oui	Inférieure à 1	344	> 3
Morbillivirus (measles virus)	rougeole	Oui	12	1	> 3	Non mais signes très légers

Bien entendu, l'existence d'une vaccination efficace réduit considérablement l'impact d'un virus dangereux.

Transmission

La première étude (portant sur les 425 premiers cas) dans The New England Journal of Medicine, montre que la transmission inter-humaine date au moins de la mi-décembre 2019.

Pour éviter la contagion, une distance supérieure à un mètre semble généralement suffisante, par précaution 2 m, voire plus, sont parfois proposés ou imposés. Une étude publiée le 26 mars dans le JAMA montre qu'en cas de toux ou d'éternuement, la diffusion du virus est possible lors de l’expiration jusqu'à une distance pouvant atteindre 8 mètres, très loin des deux mètres recommandées par le CDC. En présence d'aérosols et non de gouttelettes, le masque FFP2 est efficace.^{[réf. souhaitée]}

L’existence de patients totalement asymptomatique pouvant atteindre 25% des gens infectés et contagieux semble se confirmer et pourrait remettre en cause les recommandations de l'OMS de ne pas porter de masque.

Contagiosité

La contagiosité du SARS-Cov-2 serait notamment due à sa capacité à être clivé par la furine (protéine présente dans de nombreux tissus), ce qui n'était pas le cas des deux autres coronavirus hautement pathogènes pour l'humain.

Le South China Morning Post fait état dans son édition du 11 Avril 2020 d'une étude post mortem de l’Université de Hong-Kong sur la multiplication du SARS-Cov-2 par rapport au SARS-Cov (responsable du SARS) dans le tissu pulmonaire. Le Sars-Cov-2 se multiplie entre 5 et 10 plus que le SAR-Cov dans la même unité de temps aboutissant à une production de virus 3 fois supérieures que le SARS-Cov. Cette multiplication importante s'accompagne dune réponse immunitaire plus faible de l'organisme.

Durée de la période d'excrétion virale

En général

Cette période correspond au temps durant lequel un malade est potentiellement contagieux.

Elle commence dans les heures qui suivent la contamination, donc avant toute manifestation de la maladie.

À la mi-mars 2020, on manque de données concernant les porteurs asymptomatiques et/ou non-hospitalisés, mais chez les patients hospitalisés, la durée médiane d'excrétion virale était de 20 jours environ chez les survivants, et le SARS-CoV-2 était détectable jusqu'à la mort chez tous les non-survivants. Il est probable que ces patients sont ceux qui excrètent le plus de virus, et le plus longtemps. La durée la plus longue d'excrétion virale observée parmi près de 200 cas étudiés a été (parmi les survivants) de 37 jours.

Cette excrétion, plus précoce et plus longue qu'attendue, est à prendre en compte dans les modélisations épidémiologiques. Elle confirme la nécessité d'isoler les patients infectés et de rechercher des antiviraux plus efficaces. La contagiosité disparaît lorsque l’excrétion du virus disparaît de la gorge^{[réf. nécessaire]}.

Chez les enfants

Ils ne présentent souvent que des symptômes bénins (ou aucun symptôme) mais excrètent le virus et peuvent être alors contagieux. De plus l'excrétion virale dans les selles persiste même après la disparition du virus dans les excrétions nasales ou dans les écouvillonages de la gorge, avec des écarts constatés de 8 à 20 jours. Ce fait évoque des mécanismes différents de ceux constatés chez les adultes.

Taux de contagion

Selon de premiers travaux de recherche, le taux de reproduction de base (noté R₀) qui est un indice de contagiosité se situerait entre 2,2 et 3,5. Il est de 2,2 (intervalle de confiance 95 %, de 1,4 à 3,9) sur les 425 premiers cas confirmés.
Une revue de la littérature publiée entre le 1^er janvier 2020 et le 7 février 2020 indique une médiane du taux de reproduction de base à 2,79.

En avril 2020, le taux de contagiosité est réévalué fortement à la hausse, entre 3.8 et 8.9, avec une médiane à 5.7.

Ce taux pourrait varier selon les souches émergentes du virus ou avec une baisse de virulence (classique chez le virus en cas de pandémie)

Taux d’attaque secondaire

Ce taux décrit le nombre de foyers secondaires apparaissant à partir d'un foyer primaire. Il indique la facilité d'une infection à se propager dans un lieu clos (foyer...). Une publication du 27 février dans le Lancet, estime ce taux d'attaque secondaire à 35 %.

Survie du virus hors de l'organisme

Elle a dans un premier temps été estimée comprise entre trois heures (en milieu sec) et trois jours (en milieu humide), mais comme pour la plupart des virus, elle varie beaucoup selon les conditions de température et d'humidité, de lumière (les UV solaires le détruisent), et selon le type de surface sur laquelle le virus ou le résidu sec des gouttelettes en contenant se sont déposées.

En février 2020, on estimait que le pouvoir infectieux du virus disparaissait en quelques heures. On notait cependant que la Covid-19 se montrait bien plus contagieuse que le SRAS et encore bien plus que le MERS, surtout pour le personnel soignant, surexposé, et ce malgré les masques chirurgicaux souvent.

Une étude américaine récente (10 mars 2020, parue dans le NEJM) a mesuré le temps de 'survie' des virus SARS-Cov-2 et du SARS-Cov ; 1) en aérosol (en suspension sèche dans l'air, c'est-à-dire hors de gouttelettes) et 2) sur 4 types de surfaces :

Virus	En suspension dans l'air	Sur une surface de cuivre	Sur une surface de carton	Sur une surface d'inox	Sur une surface de polypropylène
SARS	Encore très présent après 3 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 8 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 8 heures.	Encore détectable à faible concentration après 48 heures.	Encore détectable à faible concentration après 72 heures.
SARS-Cov-2	Encore très présent après 3 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 4 heures.	Les virus infectieux ont disparu en 24 heures.	Encore détectable à faible concentration après 72 heures.	Encore détectable à faible concentration après 72 heures.

Important : trois heures est la durée maximale testée ci-dessus pour les aérosols (virus en suspension dans l'air) ;
3 heures après l'aérosolisation, le taux de SARS-CoV-2 viables était encore très significatif (le titre infectieux n'était passé que de 103,5 à 102,7 CID50/mL). Il en allait de même pour le SARS-CoV-1 qui en 3 heures passait de 104,3 à 103,5 TCID50/mL.

Cependant, il faut noter que ces deux études ont vocation d'abord à « prévenir le milieu hospitalier et les chercheurs qui manipulent le virus en laboratoire — qui sont en contact étroit avec les agents infectieux — sur différentes surfaces, pour minimiser les risques de contamination et d'infections nosocomiales ». Les quantités de virus et leur charge virale utilisées pour ces tests en laboratoire sont très grandes et non représentatives de contaminations accidentelles en milieu ordinaire. L'étude américaine précise d'ailleurs que le virus résiste moins de 5 minutes en dessous de 10 000 particules (contre 100 millions de copies pour test). Toutefois, en cas de toux ou d'éternuement, les gouttelettes exhalées se diffusent dans l'air sous la forme d'un nuage chaud et humide dont la cinétique retarde l'évaporation de ces gouttelettes ; l'aérosol (résidu sec après leur évaporation) pourrait rester dans l'atmosphère ambiante pendant plusieurs heures, et dans des conditions propices se diffuser via les systèmes de ventilation, ce qui serait alors une source potentielle d'infections nosocomiales.

Saisonnalité

Une étude chinoise sur la température et le taux d'humidité dans la transmission du virus conclut que celle-ci semble peu influencée par ces paramètres.

Le chef du service de virologie du CHU de Caen, le D^r Astrid Vabret, rappelle que l'épidémie de SRAS s'est produite de novembre 2002 à juillet 2003, puis de septembre 2003 à mai 2004. De l'automne au printemps, voire à l'été, donc. Et « on ne sait pas quel a été le rôle de la saisonnalité sur le SRAS ». Certes, « les virus sont tués par les hautes températures, mais on parle là de plus de 56 °C », insiste la virologue. « Si l'organisme d'un humain atteint cette température-là, s'il ne peut pas se refroidir, lui aussi meurt. C'est déjà compliqué de survivre à 43 °C ».

Le directeur de l'Institut de santé globale au sein de la faculté de médecine de l'université de Genève, Antoine Flahault, estime que, « sous les latitudes tempérées, les virus respiratoires, comme ceux de la grippe ou les coronavirus, sont sensibles aux saisons et l'hiver est leur saison de prédilection ».

Voies de transmission

Transmission interhumaine

Estimation du nombre de cas de Covid-19 à Wuhan en fonction du taux de reproduction de base (R0).

Au 14 mars les modalités précises de transmission sont encore mal cernées. Certaines personnes infectées n'ont pas transmis le virus, tandis que d'autres l'ont transmis à plusieurs personnes.

Plusieurs voies de transmission semblent coexister :

• la voie respiratoire directe : c'est la plus commune. Une étude publiée le 26 mars dans le Jama montre que la diffusion du virus est possible lors de l’expiration de jusqu'à une distance pouvant atteindre 8 mètres, très loin des deux mètres recommandées par le CDC.
• par contact avec une surface ou un objet infecté : les doigts qui se sont contaminés sur une surface, s'ils sont ensuite portés à la bouche, près des narines ou sur l'œil, peuvent être vecteurs du virus. Les virus du SRAS et du MERS pouvaient rester infectieux sur des surfaces lisses et certains objets (dits fomites) : ceci est aussi démontré depuis février 2020 pour le SARS-CoV-2. Mi-mars, on estime qu'à l'intérieur d'une pièce, un coronavirus reste infectieux 9 jours sur des substrats lisses non-poreux, sauf sur le cuivre ou les métaux à base de cuivre (laiton, bronze) qui sont naturellement biocides. La demi-vie du virus (temps nécessaire pour que la moitié des virus soient inactivés) est d'environ treize heures sur de l'inox et seize heures sur du polypropylène ;
• par des virus aérosolisés : une transmission par aérosols a été suggérée par l'OMS et confirmée (le virus pouvant alors rester infectieux deux à trois heures dans l'air, sans doute plus si l'hygrométrie est très élevée) ;
• par des particules ou gouttelettes fécales ou des personnes se lavant mal les mains après être passées aux toilettes. Ceci a d'abord été suggéré en février par deux laboratoires d'État chinois puis confirmé dans JAMA le 12 mars 2020, ce qui est cohérent avec le fait que le récepteur de surface utilisé par le virus pour pénétrer dans une cellule est aussi présent dans les entérocytes de l'iléon et dans les colonocytes du tube digestif ;
• par des eaux usées (en cas de fuites…) : lors de la pandémie de SRAS 2002-2003, une flambée majeure de SARS-CoV a concerné 321 personnes infectées dans un même immeuble de grande hauteur, au même moment, à Hong Kong. La conduite d'eau usée qui descendait à l'extérieur à proximité d'une rangée verticale de climatiseurs et de fenêtres a été jugée responsable de cette brutale contagion.
• par les systèmes d'air conditionné.

Transmission humain-animal

Un cas de transmission de l'humain vers l'animal semble documenté à Hong Kong. Il s'agit d'un spitz nain testé faiblement positif après que son propriétaire a développé une Covid-19. Selon le ministère de l'Agriculture, des Pêches et de la Conservation de Hong Kong, les experts pensaient unanimement que ce chien avait « un faible niveau d'infection et qu'il s'agirait probablement d'un cas de transmission d'humain à animal ». Des experts médicaux, dont de l'OMS, enquêtent pour déterminer si le chien a été directement infecté ou s'il s'agit d'une contamination acquise via un objet porteur du virus. Pour l'OMS, il n'y avait pas encore de preuve que des animaux, comme les chiens ou les chats, puissent être infectés par ce coronavirus. Les autorités locales recommandent cependant de ne plus embrasser les animaux de compagnie. Le chien est mort 7 jours après avoir été testé et le propriétaire a refusé l'autopsie.

Un deuxième cas de transmission de l'humain vers un animal a été recensé en Belgique, il s'agit d'un chat qui a été contaminé par son maître testé positif au Covid-19.

L'étude d'une équipe de scientifiques du laboratoire de recherche vétérinaire à Harbin dans le nord-est de la Chine montre que le chat peut être infecté par le virus mais sans présenter de symptôme, son rôle semble néanmoins très minime dans la propagation du virus, mais néanmoins les scientifiques chinois ont constaté que la transmission entre chats pouvait être possible par crachats et que les chatons étaient plus gravement atteints que les adultes, avec « des lésions massives dans la muqueuse nasale et trachéale, ainsi que les poumons ». Par contre, le furet serait plus sensible au virus, puisque certains d'entre eux auraient perdu l’appétit et eu de la fièvre. Les autres animaux étudiés dont le chien, le porc, le poulet ou le canard ne semblent pas être atteint par le virus.

Phases de transmission

Transmission en phase d'incubation

Elle est prouvée par des tests faits systématiquement chez des sujets ayant eu un contact avec un cas « index ». A été ainsi mis en évidence :

• la présence du SARS-CoV-2 dans des frottis nasopharyngés au moyen de la technique de PCR quantitative par transcriptase inverse (qRT-PCR) ;
  Une étude de la charge virale des écouvillons nasaux et de la gorge obtenus auprès des 17 patients symptomatiques en fonction du jour d'apparition de tout symptôme est publiée le 19 février ;
• une charge virale élevée (environ 100 000 000 de copies (du virus) par millilitre de crachat).

Transmission durant la maladie

• Des charges virales plus élevées sont détectées peu après l'apparition des symptômes, avec des valeurs plus fortes dans le nez que dans la gorge. Le schéma d'excrétion virale par les malades symptomatiques semble plus proche de celui des sujets grippés que de celui observé chez les patients infectés par le SARS-CoV.

Transmission par des sujets asymptomatiques

Elle existe, et leur charge virale est similaire à celle des patients symptomatiques. On le sait grâce au test RT-PCR (réaction en chaîne par polymérase en transcription inverse) qui peut détecter à la fois la Covid-19 symptomatique et asymptomatique et les autorités chinoises l'ont confirmé dès le 26 janvier 2020.

Cependant mi-mars 2020, la part réelle des asymptomatiques parmi les malades reste inconnue. On sait néanmoins que :

• des transmissions précoces ont été signalées ;
• en Chine pour les cas avérés (testés par RT-PCR), 1 % environ étaient asymptomatiques (ni fièvre, ni toux sèche ni fatigue), chiffre sous-estimé car n'ont été testés que des cas suspects ;
• en Allemagne, 2 malades asymptomatiques ont été détectés par RT-PCR parmi 114 voyageurs (1,8 %) venant de Wuhan, alors que tous avaient réussi le dépistage basé sur les symptômes ;
• des Japonais évacués du foyer chinois initial ont été diagnostiqués infectés malgré un test RT-PCR initialement négatif. Un homme d’une cinquantaine d’années (qui avait pris le 1^er vol d’évacuation de Wuhan le 29 janvier 2020) a même été testé négatif à deux reprises avant de finalement se montrer atteint au 3^e test (12 jours plus tard), et ce après qu'il soit resté isolé depuis son retour ;
• parmi les passagers du bateau de croisière Diamond Princess testés par PCR, 18% étaient des porteurs asymptomatiques ; et le nombre de passagers testés positifs a ensuite continué à augmenter. Faute d’un nombre suffisant de lits d’isolement à terre, les malades peu symptomatiques ont été traités à bord. Selon Bwire & Paulo (2020), faute de plans de gestion transnationaux clairs pour le traitement, l'isolement, la quarantaine et l'évacuation des passagers de navires de croisière, ceux-ci « peuvent être le maillon faible » de la lutte contre une telle épidémie (l’Oasis of the Seas embarque jusqu'à 6 296 passagers dans 2 706 cabines) ;
• même très gravement atteints, quelques malades n’ont pas de fièvre (sur 138 patients hospitalisés à Wuhan 98,6 % avaient de la fièvre mais 2 patients (1,4 %), en unité de soins non intensifs, n’en avaient pas ;
• les jeunes et les enfants semblent plus souvent asymptomatiques ou peu symptomatiques ; leur rôle dans la contagion pourrait avoir été sous-estimé, d'autant qu'il y a proportionnellement peu d'enfants en Chine (début mars 2020, dans le monde, 300 millions d'enfants ne se sont pas rendus dans les écoles, ce qui serait alors une mesure utile).

Ces éléments confèrent à la Covid-19 un potentiel pandémique élevé. La détection et l'isolement précoce des cas asymptomatiques pourrait donc être utile mais implique de modifier les stratégies de gestion de la pandémie ;

• les sujets asymptomatiques capables de transmettre des virus sont courants dans les autres infections à coronavirus.
• une étude sur 24 personnes sans signes cliniques mais hospitalisées car ayant un RT-PCR positif montre que seuls 20 % présenteront des signes cliniques, 50 % présenteront des anomalies pulmonaires au CT-SCAN. Les 30 % restants n'auront ni signe clinique ni anomalie pulmonaire. Ces sept cas étaient plus jeunes que les autres avec une médiane d'âge de 14 ans (âge médian des 24 : 32.5 ans). Pour les 24 personnes, la médiane de temps entre le premier test positif et la disparition du virus est de dix jours mais avec un maximum de 21 jours. Aucun n'eut de forme sévère. Les 7 porteurs asymptomatiques étaient contagieux pendant une durée médiane de 4 jours, mais avec une grande variabilité interindividuelle (IQR, 2.0-15.0). Il a été confirmé que certains d'entre eux avaient infecté des proches.
• un article (5 mars 2020) parle de quatre personnes ayant été contaminées par deux porteurs avant que ces porteurs aient présenté les premiers symptômes . Une personne contaminée est restée positive au test RT-PCR avec une charge virale élevée dans les expectorations après réduction des symptômes.
• Une étude parut le 13 avril 2020 dans le NEJM sut les 215 femmes ayant accouché entre le 22 mars et 24 avril au New York–Presbyterian Allen Hospital and Columbia University Irving Medical Center et ayant bénéficié d'un test RT-PCR systématique montre que le virus était présent chez 33 femmes. Sur ces 33 femmes seul 4 femmes étaient symptomatiques à l'entrée soit 15,4% de femmes porteuses du virus dont 87% asymptomatique. Le suivi de ces patient ont montré que 4 femmes asymptomatiques sont devenus symptomatiques après leur accouchement. Un suivi à long terme n'était pas possible car les patientes quittait généralement la maternité 2 jours après l’accouchement.

Durée d'incubation, estimée, pour 3 types de coronavirus, par différentes études (boîtes à moustaches) :
Bleu : SARS-CoV-2 ; rose : SARS-CoV ; vert : MERS-CoV
Médiane = point noir ; Intervalle interquartile = encadré ; la longueur des « moustaches » valant 1,5 fois l’écart interquartile.
D'après les 1^res données disponibles pour le SARS-CoV-2 (à confirmer donc...)

La période d'incubation de la Covid-19 serait d'environ cinq jours, le plus souvent comprise entre trois et sept jours. Exceptionnellement, pour un peu plus de 1 % des cas, le temps d'incubation dépasse quatorze jours et très exceptionnellement pourrait durer jusqu'à 24 jours.
Quatorze jours est donc considéré comme un bon délai de sécurité pour savoir si une personne est symptomatiquement infectée, et pour éviter qu'elle ne contamine d'autres gens hors de sa zone de confinement.

Historiquement, fin janvier, l'OMS, en se basant notamment sur les observations anciennes faites sur le MERS, a estimé la durée d'incubation à en moyenne cinq jours (entre deux et dix jours). On savait aussi déjà qu'« on peut être contagieux avant que les signes cliniques soient là », voire sans symptômes, comme avec la grippe ; et « que les cas secondaires sont de plus en plus fréquents ».

Le 6 février 2020, une étude chinoise supervisée par Zhong Nanshan (médecin ayant découvert le SRAS en 2003), menée sur près de 1 100 patients conclut à une incubation de 0 à 24 jours, avec une durée médiane de trois jours.

Le 10 mars, une étude internationale estime la durée médiane d'incubation à 5,1 jours (5,5 jours en moyenne), et que 97,5 % des personnes seront malades 11,5 jours après le contact infectieux. Même si dans 101 cas sur 10 000 (99^e percentile), les 14 jours sont dépassés, les auteurs principaux, le docteur Lauer et Ms. Grantz, jugent qu'il n'y a pas lieu de remettre en cause la durée de 14 jours de quarantaine.

Symptômes et manifestations cliniques

Symptômes et manifestations observés.

Une étude française publiée le 27 mars décrit trois types de malades :

• Patients présentant peu de signes cliniques mais avec une charge virale nasale élevée et étant très contagieux ;
• Patients ayant des symptômes légers au départ mais subissant une aggravation vers le dixième jour avec apparition d'un syndrome respiratoire aigu sévère malgré une charge virale qui diminue. La réaction immunitaire au niveau pulmonaire ne serait plus régulée.
• Patients avec une aggravation rapide vers un syndrome respiratoire aigu avec persistance d'une charge virale élevée dans le nez et dans la gorge et apparition d'une virémie sanguine à SARS-Cov-2 provoquant une défaillance multi-viscérale conduisant au décès. Ce troisième type de malade concerne surtout les personnes âgées.

Forme clinique la plus fréquente : forme respiratoire

Signes cliniques

En février 2020, les signes cliniques sont, selon le British Medical Journal, en fonction de leur fréquence :

• signes cliniques principaux :
  • la fièvre (sauf chez l'enfant) chez 83 % à 98 % des patients,
  • la toux, le plus souvent sèche, chez 59 % à 82 % des patients,
  • la dyspnée (gêne respiratoire) chez 31 % à 55 % des patients ;
• signes secondaires :
  • la fatigue chez 44 % à 69 % des patients,
  • les douleurs musculaires chez 11 % à 44 % des patients,
  • des maux de gorge chez 5 % à 17 % des patients,
  • des crachats chez 26 % à 28 % des patients,
  • une anosmie (perte totale de l'odorat) dans 30 % des cas selon des tests effectués en Corée du Sud et à 68 % selon une étude récente sur 52 patients ; l'anosmie est une manifestation fréquente dans les infections virales,
  • une agueusie (perte du goût) a été rapportée par les patients de la Covid-19,
  • une perte d'appétit chez 40 % des patients ;
  • des symptômes dermatologiques (exanthème, engelures) ont été rapportés ;
• autres signes (retrouvés dans moins de 10 % des cas) :
  • céphalée chez 6 % à 8 % des patients,
  • vertiges chez 9 % des patients,
  • crachats sanglants chez 5 % des patients,
  • douleurs de poitrine chez 2 % à 5 % des patients,
  • écoulement nasal chez 4 % à 5 % des patients,
  • troubles gastro-intestinaux (douleur ou diarrhée) chez 1 % à 10 % des patients.

Il peut ne pas y avoir toujours de fièvre et elle n'est pas toujours le premier signe de la maladie (elle peut apparaître après la toux). Sur une étude de 1 099 cas publiée le 28 février dans le NEJM, seules 44 % des personnes étaient fébriles à leur admission, d'autres sont devenues fébriles après leur admission, et 11 % des cas n'ont pas été fiévreux (ici une fièvre est définie comme une température supérieure à 37,5 °C à l'aisselle). Chez 52 personnes hospitalisées en unité de soins intensifs en Chine, la fièvre était le symptôme le plus fréquent, associée à la pneumonie à SARS-CoV-2, mais tous les patients n'avaient pas de fièvre. Chez six d'entre eux (11,5 %), la fièvre ne fut détectée que deux à huit jours plus tard, et non durant les débuts de la maladie.

Le retard de la manifestation fiévreuse empêche l'identification précoce des patients infectés par le SARS-CoV-2 — s'ils sont asymptomatiques, et complique l'identification des cas suspects.

La diarrhée ou des douleurs abdominales apparaissent un ou deux jours avant les troubles respiratoires dans 10 % des cas dans une étude sur 138 patients dans le JAMA publiée le 7 février 2020.

Les critères de gravité sont : une fréquence respiratoire supérieure à 30 par minute, une saturation en oxygène au repos inférieure à 93 % (SaO₂), un rapport pression en oxygène sur concentration en oxygène inférieur à 300 mm de mercure (PaO₂/FiO₂).

Formes extra-respiratoires

Quatre mois après l’apparition de la maladie plusieurs nouvelles descriptions de la maladie sont décrites

Manifestations neurologiques

Des recherches avaient montré que le virus du SARS ou du MERS pouvaient infecter les cerveaux des souris notamment le thalamus et le tronc cérébral. Les cellules gliales du cerveau ont des récepteurs ACE2 qui est utilisé par le cerveau pour pénétrer dans les cellules respiratoires. Des manifestations atteignants le système nerveux central (maux de tête, vertiges, troubles de la conscience, ataxie, maladie cérébrovasculaire aiguë et épilepsie) ou le système nerveux périphériques (anosmie , agueusie, névrite du nerf optique) sont décrites. Une encéphalite aiguë par pénétration directe du virus dans le cerveau est rapportée le 1 avril 2020.

Formes critiques

Les principales complications sont une détresse respiratoire aiguë dans 30 % des cas, une myocardite dans 10 % des cas et une surinfection bactérienne dans 10 % des cas ou une libération importante de cytokine responsable d'une lymphohistiocytose hémophagocytaire secondaire qui est une forme particulière de choc cytokinique.

Ces complications peuvent entraîner la mort spécialement, mais pas exclusivement, chez les personnes rendues fragiles par l'âge ou par des comorbidités.

Risque thrombo-embolique

Le risque thrombo-embolique est une complication des formes critiques . Les formes critiques s'accompagnent d'un état d'hypercoagulabilté comme en témoigne la relation entre le taux de D-Dimère et la mortalité. L'embolie massive est une cause de mortalité importante surtout chez les sujets jeunes

Rhabdomyolyse

La rhabdomyolyse est une complication sous-estimée car se manifestant principalement par des douleurs musculaires mais qui persiste et se focalise. Le diagnostic de cette complication est facile car elle se fait par le dosage de la créatine-kinase et de la myoglobine. Mais ces examens ne font pas partie des examens biologique de routine.

Pronostic et létalité

Avertissements :

1. Deux indicateurs sont à ne pas confondre : taux de létalité (ratio décès sur infections avérées, c'est-à-dire proportion de malades confirmés décédant de la maladie), et taux de mortalité (proportion de décès dans une population entière) ;
2. Ces taux sont incertains, car mesurer le nombre total de malades et de morts par le virus est à ce jour impossible, faute de moyens de test suffisants. Le nombre de guérisons et de décès, et donc le vrai taux de létalité, ne seront connus qu'après la fin de l'épidémie. Si les cas pas et peu symptomatiques sont moins détectés, cela biaise les taux vers le haut. Si les morts sont attribuées au Covid-19 sur des critères restrictifs en ne comptant par exemple que les morts constatées à l'hôpital, cela biaise les taux vers le bas.

Taux de létalité de l'épidémie de coronavirus de 2019-2020

• Au 27 janvier 2020, le taux de létalité provisoire calculé par l'OMS d'après les chiffres fournis par les différents pays, était de 3 % environ (80 décès sur 2 800 infections). Cette valeur provisoire est bien plus faible que ceux des épidémies de SARS-CoV en 2002-2003 (9,6 %) et de MERS-CoV en 2009 (34,4 %) mais néanmoins beaucoup plus élevée que la plupart des virus grippaux touchant les humains.
• Au 11 février 2020, le taux de létalité recalculé par le CDC chinois (« Chinese Center for Disease Control and Prevention » ) sur près de 45 000 cas confirmés, était de 2,3 %, restant bien plus élevé que celui des grippes saisonnières typiques ; il est supérieur à celui de la pandémie grippale de 1957 (0,6 %) qui fit entre 1 et 4 millions de morts, et même à celui de la pandémie de grippe espagnole (1918) (2 %).
• Au 28 février 2020, sur la base du nombre de pneumonies hospitalisées confirmées, une étude chinoise portant sur les 421 premiers cas donne un taux de létalité d'environ 2 %, suggérant des conséquences proches de celles d'une épidémie de grippe saisonnière sévère, ou d'une grippe pandémique modérée (comme celles de 1957 et 1968), plutôt que de celles d'une épidémie type SARS ou MERS.
• Une étude du 30 mars parue dans le Lancet permet d'affiner la létalité de cette maladie : le taux de létalité en Chine serait de 1,38% chez les moins de 60 ans, de 6,4% chez les plus de 60 ans et jusqu'à 13,4% après 80 ans.

Taux de létalité en fonction de l'âge. Le groupe des plus de 65 ans est beaucoup plus vulnérable au SARS-CoV-2 que les jeunes.

Taux de létalité en fonction des pathologies existantes

Source : Centre chinois pour le contrôle et la prévention des maladies. Données au 11 février.

HTA	Diabète	Maladies cardiovasculaires	Maladies respiratoires	Cancer
6 %	7,3 %	10,5 %	6,3 %	5,6 %

L'hypertension artérielle (HTA) semble être le facteur de risque le plus important dans une étude du 24 mars. Les coronavirus SARS et SARS-CoV-2 utilise le récepteur ACE2 pour pénétrer dans l'épithélium respiratoire. Plusieurs hypothèses sont avancées notamment la perturbation du fonctionnement des ACE2 par un traitement antagoniste des récepteurs de l'angiotensine II ou les enzymes impliquées dans le fonctionnement de ces récepteurs. Un autre mécanisme évoqué est la surexpression des ACE2 chez les patients atteints d'hypertension ou de diabète. Le D^r Karol Watson, éditeur associé du NEJM Journal Watch Cardiology indique qu'il n'y a aucune donnée actuelle qui laisse penser à un risque supplémentaire chez les patients prenant un antagoniste des récepteurs de l'angiotensine II ou un inhibiteur de l'enzyme de conversion. Au contraire, une étude rétrospective sur 511 patients montre que la prise d'antagoniste des récepteurs de l'angiotensine II pour HTA s’accompagne d'une mortalité diminuée par rapport aux hypertendus ne prenant pas ce traitement. L'effet est net après 65 ans. Ce caractère protecteur du traitement anti-HTA est spécifique des antagonistes des récepteurs de l'angiotensine II. Il n'est pas retrouvé dans les autres catégories d'anti-hypertenseurs (bêta-bloquant, inhibiteur calcique).

Ce même mécanisme pourrait être à l'origine de l'effet délétère de l'ibuprofène sur la maladie.

Selon le sexe

La surmortalité de cette infection chez l'homme par rapport à la femme pourrait s'expliquer par des phénomènes hormonaux , les œstrogènes et progestérone stimulent l'immunité innée et acquise et de nombreux gènes régulant l’immunité se trouvent sur le chromosome X.

Mortalité

Au Royaume-Uni , 50 % des gens admis en USI décèdent. Alors que dans une étude du Centre chinois de contrôle et de prévention sur 72 314 cas enregistrés jusqu'au 11 février, aucun enfant de moins de 10 ans n'était mort, un enfant de moins de 1 an est décédé aux États-Unis.

Une étude du 30 mars parue dans le Lancet estime la mortalité en Chine à 0,66% .

Causes

• La détresse respiratoire aiguë (SDRA) est la cause principale de la mortalité de la Covid-19. D'apparition particulièrement brutale et sévère, la mortalité induite par le SDRA se situe entre 30 à 50 % selon le site European Lung. Le pronostic du SDRA dépend de l'état de santé initial du patient. Il peut entraîner des séquelles à long terme dans la plupart des cas.

• Une réaction immunitaire trop importante connue responsable d'une lymphohistiocytose hémophagocytaire secondaire qui une forme particulière de choc cytokinique est aussi un facteur majeur de mortalité.

Facteurs de risque

Connaître les facteurs favorisant ou non l'infection, le développement des symptômes et le diagnostic aide les cliniciens à mieux identifier, et précocement trier les patients à risque. Selon une mise à jour (9 mars 2020) rétrospective des facteurs de risques chez 191 patients (dont 137 ont guéri et 54 sont morts à l'hôpital), les facteurs de risques de mortalité sont :

Facteur de risque	Précisions
Comorbidité	Une comorbidité est présente dans 48 % des cas. Il s’agit d’hypertension le plus souvent (30 % des comorbidités), devant le diabète (19 %) et les maladies coronariennes (8 %)
Âge avancé	Les plus de 65 ans risquent plus de développer une forme grave de la maladie, et risquent plus d'en mourir
Score SOFA élevé	Le score SOFA (Sequential Organ Failure Assessment) décrit un risque élevé de défaillances d'organes, s'il est élevé, il est associé à un mauvais pronostic
Taux de D-dimère élevé	Un taux de D-dimère supérieur à 1 μg/L au moment de l’admission dégrade également le pronostic.

Le paradoxe avec l'asthme et la maladie pulmonaire obstructive chronique

On a d'abord craint que l'asthme et la maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC), et d'autres maladies respiratoires chroniques, prédisposeraient à l'infection par le SRAS-CoV-2 et/ou à développer les formes les plus sévères de la COVID-19. Contre toute attente et au contraire, lors des 3 premiers mois de pandémie, ces deux maladies ont été sous-représentées dans les comorbidités signalées. Une même tendance, non expliquée, avait concerné le SRAS.
Pourquoi sont-elles sous-représentées ? plusieurs hypothèses d'explications sont  :

1. Ces deux maladies pourraient avoir méconnues chez les premiers patients chinois atteints de COVID-19. C'est peu probable car en Italie au 23 mars 2020, par exemple pour 355 patients morts de la COVID-19 (à 79,5 ans en moyenne), l’un était diabétique et un diabète a été signalé chez 20,3% des patients ayant survécu, alors que aucune BPCO ne figurait parmi les comorbidités. De même aux Etats-Unis (au 31 mars 2020) pour 7162 parmi 74 439 cas signalés documentés les maladies respiratoires chroniques et le diabète étaient respectivement signalés chez 8,5% et 10,2% de ces cas (à comparer aux taux mondiale de 11,3% pour les maladies respiratoires chroniques et de 10,2% pour le diabète)
2. avoir une maladie respiratoire chronique protègerait contre la COVID-19, peut-être en calmant la réponse immunitaire ; Si c’est le cas, ce n'est pas encore expliqué, et cette protection ne vaudrait pas pour les patients néanmoins entrés en phase aiguë de la maladie, car parmi ces derniers, avoir une BPCO comme comorbidité est associé à un risque accru de mourrir, comme cela était attendu.
3. les médicaments pris pour ces deux maladies diminueraient le risque d’infection, et/ou d'émergence des symptômes permettant le diagnostic. Cependant seuls 50% des MPOC sont en Chine traités par les traitements standard européens et nord-américains alors que près de 75% des asthmatiques chinois inhalent des corticostéroïdes. in vitro, des corticostéroïdes non seulement suppriment la réplication des coronavirus, mais atténuent ou bloquent la production de cytokines (impliquées dans la « tempête de cytokines » qui tue de nombreux patients sévèrement atteint). Par un mécanisme encore incompris, des corticostéroïdes inhalés semblent, chez ces patients, pouvoir empêcher ou freiner le développement d'une infection symptomatique ou diminuer la sévérité de la COVID-19. L’exemple suivant n'a pas valeur de preuve statistique (peu de cas, pas de groupe témoin), mais il est cité par la littérature médicale : l'état de trois malades de COVID-19 (nécessitant de l'oxygène, mais pas d'assistance ventilatoire) s'est amélioré après inhalation de ciclésonide.
   Depuis le début de la pandémie les experts et l’OMS recommandent aux victimes de MPOC et d'asthme de ne pas changer leur traitement. Une revue systématique faite après la pandémie de SRAS avait conclu que les corticostéroïdes systémiques ne présentaient aucun avantage et parfois un préjudice.

Début avril 2020, les chercheurs ayant fait ce constat invitent à documenter avec précision les comorbidités, et les traitements antérieurs des malades de COVID-19, pour préciser les facteurs favorisant ou non l'infection, le développement des symptômes et le diagnostic, et pour définir les avantages/inconvénients du traitement de l'asthme et de la MPOC lors de la pandémie de Covid-19.

Diagnostic

La méthode standard de diagnostic consiste à effectuer une réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse (rRT-PCR) à partir d'un écouvillon nasopharyngé. Au début de l’épidémie, des critères avaient été définis^{[Par qui ?]} pour réaliser les tests diagnostiques. Au 6 mars 2020, devant la diffusion mondiale du virus et l’apparition de plusieurs foyers importants, ces critères sont devenus de plus en plus obsolètes. Le fait de revenir d'un séjour dans une région infectée est suffisant pour justifier une recherche par RT-PCR et/ou la réalisation d'un CT scan des poumons si un patient présente les signes décrits ci-dessus.

Les CDC définissent un « contact étroit » comme le fait d'être à moins de deux mètres d'un malade suspecté ou confirmé ou dans une pièce ou une zone de soins pendant une période prolongée sans équipement de protection individuelle ou exposé directement aux sécrétions d'une personne infectée par le SARS-CoV-2.

Le diagnostic repose sur la mise en évidence du virus par la technologie RT-PCR (amplification génique après transcription inverse) sur des frottis nasopharyngés. Cependant, ce diagnostic n'est pas à la portée de tous les systèmes de santé, et il n'existe pas de diagnostic sérologique à l'heure actuelle.

La spécificité de ce test est de 100 % mais on ignore sa sensibilité. L'existence de faux négatifs est connue. La RT-PCR a été largement déployée en virologie diagnostique et a donné peu de résultats faussement positifs. Les valeurs prédictives positive et négative ne sont pas actuellement connues avec précision, car, pour les calculer il faut avoir le chiffre exact de l'incidence et de la prévalence de la maladie. Le 22 janvier 2020, le ministère français des Solidarités et de la Santé annonce qu'un test diagnostic développé par le centre national de référence des virus respiratoires, à savoir l'Institut Pasteur, est disponible en France.

En raison du temps nécessaire pour faire un RT-PCR et du nombre limité d'appareils ainsi que de la capacité de ces appareils, des scores de diagnostic rapide sont publiés en se basant sur l'âge, le sexe, la température, les images radiologiques, et le rapport neutrophile sur lymphocyte.

Biologie

Les signes biologiques les plus importants car semblant en rapport avec la gravité de la maladie sont :

• lymphopénie (inférieure à 1 500 lymphocytes par ml) retrouvés dans 83 % des cas ; une lymphocytopénie est très souvent présente chez des patients en état critique. La lymphocytopénie est une caractéristique importante des patients gravement malades infectés par le SARS-CoV, car une invasion ciblée des lymphocytes par des particules virales du SARS-CoV endommage la composante cytoplasmique du lymphocyte et provoque sa destruction. La lymphocytopénie était également courante chez les patients gravement malades infectés par le MERS, qui est le résultat de l'apoptose des lymphocytes. Il semblerait que la gravité de la lymphocytopénie reflète la gravité de l'infection par le SARS-CoV-2 ;
• thrombopénie (inférieure à 150 000 plaquettes par ml) dans 36 % des cas ;
• leucopénie (inférieure à 1 500 leucocytes par ml) retrouvés dans 33 % des cas.

Les autres anomalies évaluent le retentissement de l'infection virale sur les différents organes (cœur, rein, foie) : on peut retrouver une cytolyse hépatique modérée (transaminase légèrement augmentées) ; le taux de procalcitonine est normal ; les lactates déshydrogénases et la créatines kinases peuvent être augmentés.

Une aggravation de la maladie se traduit par l'aggravation de la lymphopénie avec aggravation de la leucocytose.

La présence d'une charge virale sanguine (assez fréquente lors de maladies à coronavirus) semblerait être un facteur de gravité. Elle invite aussi à une bonne gestion des dons de sang faits pour les transfusions.

Réponse sérologique

Une première étude s'intéresse à la présence des anticorps IgG et IgM. La recherche des IgG et IgM est beaucoup plus simple et rapide que le RT-PCR. Elle permettrait de rattraper les faux positifs (par pollution d'ARN dans le laboratoire) et les faux négatifs (mauvais prélèvement) mais le faible nombre de cas ne permet pas de conclure définitivement.

Une autre étude sur 173 patients montre la réaction sérologique à l'infection à SARS-CoV-2 : le taux de séroconversion (passage de l'absence d'anticorps spécifique à la présence d'anticorps spécifiques) pour les anticorps IgG et IgM étaient de 93,1 % (161/173) 82,7 % (143/173) avaient des IgM sans IgG et 64,7 % (112/173) des IgG sans IgM; La séroconversion est apparue séquentiellement pour anticorps IgG et IgM, IgM puis IgG, avec un temps médian respectivement de onze, douze et quatorze jours. Moins de 40 % de patients avaient des anticorps les sept premiers jours de la maladie puis ce pourcentage a rapidement augmenté à 100,0 %, 94,3 % et 79,8 % pour IgG et IgM, IgM et IgG respectivement quinze jours après le début de la maladie. En revanche, le taux positif du RT-PCR est passé de 66,7 % (58/87) dans les échantillons prélevés avant le 7^e jour à 45,5 % (25/55) entre J15 et J39. La combinaison de la détection d’ARN et d’anticorps a amélioré la sensibilité du diagnostic (p <0,001), même en phase précoce (première semaine).

Une étude remarque que les IgG apparaissent un ou deux jours seulement après les IgM soit de façon beaucoup plus rapide qu’habituellement.

Un titre anticorps IgG et IgM élevé serait indépendamment associé à une gravité de la maladie.

Marqueurs biologiques pronostiques

Interleukine

Des indicateurs d'inflammation ont été recherchés chez des patients légers, graves et critiques, pour discriminer rapidement ceux dont la pneumopathie pourrait évoluer vers une forme sévère ou mortelle. Les critères associés à la gravité de la maladie étaient l'âge, le récepteur de l'interleukine 2, de l'interleukine 6 (IL-6), de l'interleukine 8, de l'interleukine 10, le facteur de nécrose tumorale α, la protéine C réactive (CRP), la ferritine, la procalcitonine, la numération des globules blancs, la numération des lymphocytes, la numération des neutrophiles et la numération des éosinophiles, avec en conclusion un risque maximal pour les plus de 67 ans, avec un taux d'interleukine 2 supérieure à 793,5 U/mL, de CRP supérieure à 30,7 ng/mL, de ferroprotéine supérieure à 2 252 μg/L, une leucocytose supérieure à 95 × 10⁸ L^-1 ou un nombre de neutrophiles dépassant 7 305 × 10⁶ L^-1.

Un niveau élevé d'IL-6 à l'admission serait associé à une manifestation clinique sévère. La diminution de l'IL-6 semble indiquer l'efficacité du traitement, tandis que son augmentation indique une progression de la maladie. L'évolution du niveau d'IL-6 est donc un marqueur utile pour la surveillance de la maladie chez les patients atteints de Covid-19 sévère.

Une étude montre une présence de l'ARN viral dans le sang et que la charge virale est directement corrélée avec le taux sanguin d'interleukine 6, ce qui fait de cette molécule un marqueur pronostique important. Cette augmentation associée à un taux de fer sanguin élevée doit faire rechercher une lymphohistiocytose hémophagocytaire secondaire.

Le taux de CRP semble être en rapport avec une réaction inflammatoire inappropriée du foie.

Lymphocyte

Une étude semble montrer que le taux de lymphocytes est un moyen efficace et un indicateur fiable pour la classification et le pronostic de la maladie : durant le passage d'une forme bénigne vers une forme grave, le taux de lymphocyte sanguin diminue et reste bas. Au moment où l'état du malade s’améliore, le taux de lymphocyte sanguin remonte vers des taux normaux. Les patients ayant moins de 5 % de lymphocytes par rapport aux normes, avaient souvent un mauvais pronostic. Une autre étude confirme l'existence d'une corrélation élevée entre le taux des lymphocytes sanguins et la progression de la maladie. Pour les auteurs de cette étude, le lymphocyte est la cellule clé de la pathologie du SARS-Cov-2.

D-dimère

L'augmentation des D-dimères est un signe de gravité ainsi que l'augmentation de la créatinémie. Ce marqueur est aussi retrouvé dans cette publication qui a été étudié les facteurs de risque chez les patients décédés de Covid-19 pour un taux supérieur à 1 microgramme par ml.

Charge virale

La persistance d'une excrétion virale par l'épithélium nasal est aussi un facteur de risque. Toutes les personnes dans une étude comprenant 171 personnes admises en USI avec 53 décès ont gardé une charge virale jusqu'à la fin. Une lettre adressée à l’éditeur du Lancet rappelle que la charge virale dans le cas du SARS restait positif jusqu'à 1 mois après la guérison alors que la culture virale se négativait plus rapidement relativisant de la charge virale dans la contagiosité;

Imagerie médicale

• 
  Stade 2 (progressif)
• 
  Stade 3 (du pic)

Comme le fait remarquer le professeur Christine Jenkins, responsable de la Fondation australienne des maladies pulmonaires et expert en pneumologie, la particularité des pneumopathies virales est leur propension à atteindre tout le poumon alors que les pneumopathies bactériennes ont souvent localisées à un lobe pulmonaire. La Covid-19 atteint très rapidement ensemble des 2 poumons

Une équipe chinoise décrit en février 2020 l’évolution de la pneumopathie chez des patients peu sévères en la divisant en quatre stades selon l’aspect au scanner :

1. stade 1, dit précoce (jusqu'aux quatre premiers jours) : les opacités en verre dépoli sont la principale anomalie pulmonaire, sont sous-pleurales et touchent les lobes inférieurs des poumons ;
2. stade 2, dit progressif (cinq à huit jours) : les opacités en verre dépoli deviennent bilatérales et multilobaires, des plages de condensation et de crazy paving apparaissent ;
3. stade 3, dit du pic (dix à treize jours) ; les anomalies s’intensifient, notamment la condensation alvéolaire ;
4. stade 4, dit de résorption (après quatorze jours) : régression des anomalies, résorption de la condensation, disparition complète du crazy paving et persistance de verre dépoli.

Les mêmes auteurs concluent que les patients présentant une pneumonie modéré (sans détresse respiratoire sévère), les anomalies pulmonaires au scanner thoracique sont maximales environ dix jours après l'apparition initiale des symptômes, et régresse à partir de quatorze jours.

Généralement, plus la maladie avance, plus les opacités linéaires, un motif de pavage fou » et/ou un signe de « halo inversé sont présents sur l’image.

Chez les sujets asymptomatiques ou encore symptomatiques (c'est-à-dire à un stade infraclinique) le scanner (tomodensitométrie ou TDM) montre néanmoins des changements précoces dans les poumons (opacités en verre dépoli unilatérales). Le scanner peut donc contribuer au diagnostic du covid-19, associé à un test RT-PCR concordant, voire en cas de faux-négatif de ce test.

Nouvelles technologies

Prise en charge et diagnostic par télémédecine

La télémédecine a montré son intérêt dans plusieurs situations de crises sanitaires. Elle pourrait permettre de trier les cas nécessitant une hospitalisation et pour les autres une surveillance à domicile. Le recueil des données associées avec un programme d'intelligence artificielle permet de trier et d'évaluer le risque. En cas d'hospitalisation, l'équipe médicale peut isoler et prendre en charge le patient de façon plus rapide, protégeant aussi les autres patients attendant dans le service des urgences.

Diagnostic par intelligence artificielle

Une étude scientifique semble montrer l'intérêt d'utiliser des logiciels d'IA, qui en analysant les anomalies pulmonaires visibles au scanner initial permettent de prédire avec de bonnes performance la durée d'hospitalisation des patients.

Outil de diagnostic en ligne

L'Institut Pasteur met en ligne un outil de diagnostic tout public qui comprend 22 questions.

Diagnostic différentiel

L'utilisation d'un kit permettant de détecter plusieurs agents pathogènes responsables des maladies respiratoires a révélé un taux élevé d'infections par le virus de la grippe, représentant 28,5 % de tous les cas suspects d'infection par le SARS-CoV-2.

Clinique	Examens
Syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS)
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Les symptômes gastro-intestinaux et les symptômes des voies respiratoires supérieures semblent être moins fréquents pour la Covid-19.	Réaction en chaîne par polymérase après transcription inverse positive (RT-PCR) à l'ARN viral du MERS-CoV.
Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)
Plus aucun cas depuis 2004. Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Les symptômes gastro-intestinaux et les symptômes des voies respiratoires supérieures semblent être moins fréquents pour la Covid-19.	RT-PCR positive à l'ARN viral du SARS-CoV.
Grippe
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la COVID-19 et la grippe.	RT-PCR positive à l'ARN viral du virus de l'influenza A ou B.
Pneumonie communautaire
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la Covid-19 et les infections des voies respiratoires d'origine communautaire.	Test sanguin ou sur crachats de positive pour l'organisme responsable par PCR ou culture.
Rhume
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la Covid-19 et les infections des voies respiratoires d'origine communautaire. Écoulement nasal et mal de gorge moins fréquent dans le rhume.	RT-PCR : positive pour le virus causal ou négative pour l'ARN viral du SARS-CoV-2.
Grippe aviaire à H7N9
Maladie endémique en Chine. Malade suspect vivant dans les régions où cette maladie est endémique. Contact avec des oiseaux infectés.	RT-PCR : positive pour l'ARN du H7.
Grippe aviaire à H5N1
Malade suspect vivant dans les régions où cette maladie est endémique. Contact avec des oiseaux infectés.	RT-PCR : positive pour l'ARN du H5-N1.
Autres infections pulmonaires virales ou bactériennes
Absence de contact avec une personne atteinte de la Covid-19 ou absence de voyage dans une région à risque. Pas de différenciation clinique entre la Covid-19 et les infections des voies respiratoires d'origine communautaire. Penser à l'adénovirus ou au mycoplasme dans les sujets vivants en groupe (par exemple école ou camps militaires).	Test sanguin ou sur crachats de positive pour l'organisme responsable par PCR ou culture.
Tuberculose pulmonaire
Personne vivant en zone d'endémisme, en particulier chez les patients immunodéprimés. L'histoire clinique est généralement plus longue. La présence de sueurs nocturnes et de perte de poids sont des éléments cliniques très discriminants.	Opacités fibro nodulaires dans les lobes supérieurs avec ou sans cavitation à la radiographie pulmonaire. Bactéries acido-résistantes sur culture ou à l'examen direct de crachat. Tests moléculaires : positifs pour Mycoplasma tuberculosis.

Classification de la maladie

La classification de la gravité de la Covid-19 est très importante. Lors du déclenchement d'une épidémie les ressources médicales sont relativement rares. Une classification en optimise l’utilisation permettant de limiter le sur-traitement ou le sous-traitement. Le guide du Centre national de contrôle des maladies chinois classe la maladie principalement sur des critères radiologiques en 4 types. Une étude suggère d'utiliser le taux de lymphocytes pour classer la maladie.

Anatomopathologie

Peu de données microscopiques sont disponibles sur la Covid-19. Les principales constations anatomopathologiques à l'autopsie sont :

• macroscopie : épanchement pleural, péricardite, pneumopathie et œdème pulmonaire ;
• quatre niveaux de sévérité de pneumonie virale peuvent être observés :
  • pneumonie légère : exsudat de plasma ou de fibrine dans les alvéoles pulmonaires,
  • pneumonie modérée : œdème pulmonaire modérée, hyperplasie des pneumocytes, présence de grands pneumocytes atypiques, inflammation interstitielle avec infiltrat lymphocytaire des septas interalvéolaires, formation de cellules géantes multinucléées (pneumonie à cellules géantes),
  • pneumonie sévère : dommage alvéolaire diffus (DAD) avec membranes hyalines pulmonaires (membranes de fibrine, exsudat fibrineux), qui est à l 'origine du syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA) et de l'hypoxémie observée dans 5 à 10 % des cas de cette maladie,
  • pneumonie d'organisation : forme de cicatrisation pulmonaire après le stade inflammatoire, et fibrose pulmonaire ;
• coagulation intravasculaire disséminée (CIVD) ;
• plasmocytose au lavage bronchoalvéolairee ;
• foie : stéatose microvésiculaire.

Traitement

Il n'y a pas de médicament curatif efficace contre le SARS-CoV-2 reconnu scientifiquement par l'OMS à la fin mars 2020, malgré plus de 200 essais cliniques enregistrés rien qu'en Chine. Le traitement est donc jusqu’à présent purement symptomatique. Il vise à suppléer les défaillances viscérales (cardiaques, pulmonaires, rénales).

Les traitements sont essentiellement des soins de soutien : ventilation non invasive, ventilation mécanique ou oxygénation par membrane extracorporelle. La prescription d'antiviraux est très variable selon les équipes : elle est de 90 % dans une étude faite parmi les premiers patients chinois, alors que parmi les 68 premiers patients hospitalisés au Royaume-Uni, un seul a reçu des antiviraux (en raison de la présence du virus influenza A qui était recherché systématiquement dans le cadre du diagnostic différentiel). Aucun n'a reçu de corticoïdes.

La Société européenne de soins intensifs (ESCM) et la Society of Critical Care Medicine (SSCM - USA), afin d'aider les agents de santé, a publié un guide de meilleures pratiques, pour la prise en charge des patients gravement touchés en unités de soins intensifs (USI) ou de réanimation. Un groupe de 38 experts en médecine d’urgence de 12 pays a proposé 53 questions lui paraissant pertinentes pour la gestion de la Covid-19, et en s’appuyant sur la littérature disponible (preuves directes et indirectes), le groupe a produit des recommandations fortes et faibles de « meilleures pratiques », sur la base d’une analyse avantages /inconvénients, des implications en ressources et coûts, d'équité et de faisabilité.

Les agents putatifs comprennent des antiviraux comme la griffithsine, un inhibiteur de la protéine de pointe ; des analogues nucléosidiques comme le remdésivir et la ribavirine ; des inhibiteurs de protéase comme la combinaison lopinavir/ritonavir ; des agents immunomodulateurs et autres agents ciblés sur l'hôte tels que l'interféron, la chloroquine et les immunoglobulines.

Traitement préventif

En l’absence de traitement curatif, le traitement de la maladie est essentiellement préventif et symptomatique. Semblable à celui de la grippe, il consiste essentiellement en l’éviction du contage, en limitant la durée d'exposition et le risque d'exposition, pour cela lors de la pandémie de Covid-19 de 2020 l'OMS recommande des "gestes barrières".

Antiviraux

Aucun traitement antiviral spécifique n'existe à ce jour. Les patients traités en Chine reçoivent comme antiviraux de l'oseltamivir, du ganciclovir, du lopinavir et du ritonavir.

Selon l'OMS, des tentatives de repositionnement d'antiviraux existants pourraient être effectuées.

En utilisant l'apprentissage automatique, une équipe scientifique publie le 4 février 2020 dans le Lancet une étude sur les antiviraux possibles. L'un des six médicaments de liaison AAK1 de haute affinité est le baricitinib, inhibant la cycline G, un autre régulateur de l'endocytose. La concentration plasmatique de baricitinib à la dose thérapeutique (sous forme de 2 mg ou de 4 mg une fois par jour) est suffisante pour inhiber l'AAK1.

Le 29 janvier 2020, des chercheurs australiens du Peter Doherty Institute for Infection and Immunity (Melbourne) réussissent pour la première fois, sous la responsabilité du D^r Julian Druce, à créer un nouveau coronavirus à partir d'un échantillon prélevé sur un patient infecté. C'est une étape majeure dans la mise au point d'un traitement. Ils partagent ce virus avec les laboratoires du monde entier, les autorités chinoises ne l'ayant pas fait.

Chloroquine et hydroxychloroquine

Un repositionnement constituant une première piste est celui d'une molécule initialement antipaludique, la chloroquine, dont l'effet anticoronaviral avait déjà été démontré in vitro (dans des éprouvettes) sur le SRAS, ainsi que son dérivé l'hydroxychloroquine. Le mode d'action du traitement s'expliquerait par une modification d'une protéine d'attachement sur la tête du virus, ce qui limiterait sa réplication tout en contrôlant les lymphocytes NK (Natural Killer).

Le corps médical est divisé sur ce traitement qui n'a pas été validé de manière rigoureuse in vivo (chez l’être humain). S'opposent d'un côté ceux qui veulent d'abord évaluer les traitements potentiels par des essais thérapeutiques, et de l'autre ceux qui, face à l'urgence sanitaire, veulent pouvoir utiliser immédiatement chez les malades l'association hydroxychloroquine-azithromycine, quitte à ce que ce traitement soit inefficace, mais de façon à en faire profiter les patients si son efficacité présumée était confirmée par la suite.

Le 19 février, une lettre parue dans la revue BioScience Trends indique qu'à l'issue des premières études cliniques la commission nationale Chinoise de la Santé recommande l'utilisation du phosphate de chloroquine dans le traitement du virus. Ces données sont cependant encore limitées notamment en raison de la petite taille de l'échantillon statistique (100 patients). Un consensus d'experts chinois recommande le 20 février d'inclure le phosphate de chloroquine dans les recommandations de prise en charge des patients sans contre-indication à la chloroquine, à raison de 500 mg deux fois par jour pendant 10 jours pour les patients diagnostiqués comme des cas légers, modérés et sévères de maladie.

Néanmoins, une méta-analyse des études en cours indique que les informations données par cette lettre (comparaison de traitement, nombre de patients, etc.) ne semble pas correspondre avec les études réellement menées et citées par la lettre en question. Elle pointe aussi la non-publication des données cliniques et l'absence d'information sur l'obtention du consensus annoncé. Cette méta-analyse conclut tout de même à la nécessité de poursuivre les recherche sur cette molécule, rappelant qu'au moment de sa parution, 23 études étaient en cours en Chine pour évaluer son efficacité.

Il est aussi à noter que la prise de chloroquine à haute dose peut provoquer des effets secondaires potentiellement sérieux, en particulier celui d'une intoxication aiguë susceptible de déclencher des problèmes cardiaques ou respiratoires, et que la dose thérapeutique est proche de la dose toxique.

Le 6 mars, une étude pilote réalisée en Chine dans le cadre d'un essai randomisé ne détecte pas d'effet d'un traitement à l'hydroxychloroquine sur la durée d'hospitalisation, la baisse de fièvre ou l'état radiologique des poumons.

Anticorps monoclonaux

Le tocilizumab, l'un des immunosuppresseurs déconseillés par la France, et principalement utilisé pour le traitement de la polyarthrite rhumatoïde, a été inclus dans les directives de traitement par la Commission nationale de la santé de la Chine après une étude positive de l'Université de sciences et technologie de Chine. Il subit des tests dans cinq hôpitaux en Italie chez les personnes atteintes d'une forme grave de la maladie. Il a pour objectif de prévenir une complication potentiellement mortelle de la maladie, le choc cytokinique pouvant conduire à un syndrome de défaillance multiviscérale chez les patients présentant des taux sanguins élevés d'indicateurs de réaction inflammatoire.

Sérothérapie

L'essai clinique Coviplasm promu par l’AP-HP consiste à évaluer l'éventuelle efficacité d'une sérothérapie, c'est à dire de la transfusion de plasma sanguin de malades guéris. En effet ce plasma sanguin est riche en anticorps dirigés contre le virus et on espère qu'il permette de transférer cette immunité aux malades. La première phase de l'essai commence le mardi 7 avril 2020 avec le prélèvement par plasmaphérèse de malades français guéris de la Covid-19 dans les régions Île-de-France, Grand Est et Bourgogne-Franche-Comté. L'EFS, prélèvera ainsi 600 ml de plasma chez environ 200 patients volontaires, guéris depuis au moins 14 jours. L'essai porte sur 60 patients dont la moitié bénéficiera du traitement. Ils se verront injecter deux poches de plasma de 200 ml chacune au 6^e jour (±1) des symptômes puis, en l'absence d'intolérance, deux autres doses le lendemain. Une évaluation de l'efficacité du traitement sera possible deux à trois semaines après le début de l’essai.

Corticothérapie dans le syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA)

L'usage de la corticothérapie dans le SDRA est un sujet de controverse. Le SDRA est en partie causé par les réponses immunitaires de l'hôte. Les corticostéroïdes permettent de diminuer l'inflammation pulmonaire excessive et néfaste mais, par contre, ils inhibent également la réponse immunitaire bénéfique qui permet au patient d'éliminer les agents pathogènes.

Faisant suite à plusieurs publications traitant de l'utilisation des corticoïdes dans le syndrome de détresse respiratoire aiguë, une méta-analyse parue dans le Lancet le 7 février 2020 présente la synthèse de l'utilisation des corticostéroïdes dans le SRAS, le MERS, les infections respiratoires à virus syncytial et les SDRA quelle qu'en soit la cause. Elle conclut qu'aucune donnée clinique ne montre de bénéfice en faveur de l’utilisation des corticoïdes dans tout SDRA, dont celui consécutif au coronavirus. Des médecins chinois critiquent la méthodologie de cette étude et rappellent que, dans des études prospectives sur l'usage des corticoïdes dans les SDRA à H1N1, les corticoïdes avaient réduit la mortalité. La corticothérapie est donc une arme à double tranchant et ils soulignent l'importance de bien évaluer le rapport bénéfice sur risque ; doivent être soigneusement pris en compte : utilisation chez des malades en situation critique, utilisation chez des malades déjà en hypoxie par une maladie chronique ; la posologie doit être faible à modérée (≤ 0,5 à 1 mg/kg par jour de méthylprednisolone ou équivalent) et la durée du traitement doit être courte (au plus sept jours).

Vaccin

Dès le début de la pandémie, la recherche d'un vaccin contre le SARS-CoV-2, le virus responsable, a été très intense au niveau mondial. Fin février 2020, l'Organisation mondiale de la santé estime qu'un tel vaccin ne sera pas disponible avant mi-2021. Au début du mois de mars 2020, environ trente tentatives étaient en cours, mais aucun vaccin n'avait terminé les essais cliniques.

Typologie des malades

Distribution par âges et par formes cliniques

Le 24 février 2020, une étude du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies paraît dans le New England Journal of Medecine sur 72 314 cas enregistrés jusqu'au 11 février.

Distribution de l'âge de 44 672 cas confirmés (février 2020)

Âge	Contamination	(en % de cas)	Décès	(en % de cas)
Supérieur ou égal à 80 ans	1 408 cas	3 %	208	15 %
70-79 ans	3 918 cas	9 %	312	8 %
30-69 ans	34 762 cas	78 %	503	1,3 %
20-29 ans	3 619 cas	8 %
10-19 ans	549 cas	1 %
Inférieur à 10 ans	416 cas	1 %	0	0 %
Nombre total	44 672	100 %	1 023	2,3 %

Distribution des formes cliniques de 44 615 cas confirmés (février 2020)

	Nombre	(en ℅ de cas)	Décès	(en ℅ de cas)
Moyenne	36 160 cas	81 %	0	0 %
Grave	6 168 cas	14 %	0	0 %
Critique	2 087 cas	5 %	1 023	49 %

Bien que la Covid-19 semble être plus transmissible que le SRAS et le MERS, et que de nombreuses estimations du taux de reproduction de base de la Covid-19 (R₀) aient déjà été publiées, il est encore trop tôt pour développer une estimation précise de R₀ ou pour évaluer la dynamique de la transmission, selon les auteurs de cette étude.

Typologie par groupe sanguin

Une étude récente (preprint du 16 mars 2020) réalisée en Chine sur différents hôpitaux (Wuhan, Shenzhen) semble montrer que les personnes de groupe sanguin A présentent un risque plus élevé que les autres groupes, tandis que les personnes de groupe O présentent un risque moins élevé que les autres groupes. Dans cette étude la répartition des patients de groupe B et AB atteints de la Covid-19 est la même que dans un échantillon sain de population.

Cette étude a été mise en relation avec une autre sur le SARS-CoV de 2001-2002 par France Inter, ayant prouvé in vitro cette corrélation sur le virus cousin du SARS-CoV-2 à l'origine de la Covid-19. Une confirmation biologique et épidémiologique de cette information pourrait être utilisée pour les situations de crise médicale aigüe (conditions où les ressources manquent gravement) pour réduire la transmission du virus, par exemple de patient à soignant.

Covid-19 et grossesse

Le SRAS pendant la grossesse était associé à une incidence élevée de complications maternelles et fœtales telles que fausse couche spontanée, accouchement prématuré, retard de croissance intra-utérine, ventilation mécanique assistée, admission en USI, insuffisance rénale et coagulation intra-vasculaire disséminée.

Une infection périnatale par le SARS-CoV-2 peut être acquise auprès de l'entourage, des soignants (éventuellement de manière nosocomiale) ou via la mère (transmission verticale in utero ? ou post-naissance).

Comme pour le SARS-CoV et le MERS-CoV, la transmission materno-fœtale du SARS-CoV-2 n’a jamais pu à ce jour être démontrée : parmi les six coronavirus connus pour communément infecter l'humain (229E, OC43, NL63, HKU1, SARS-CoV et MERS-CoV) seuls quatre (229E, OC43, NL63 et HKU1) peuvent être transmis verticalement via le placenta et ils sont tous bénins (simples rhumes).

Deux études publiées le 26 mars relancent le débat en s’appuyant sur la présence d'Ig M dans le sang fœtal pour un total de 7 nouveau-nés. Ces immunoglobulines ne traversant pas la barrière placentaire en raison de leur poids moléculaire. Ces immunoglobulines proviendraient donc d'une synthèse fœtal in utero. Le taux Ig M était parfois supérieur au taux maternel mais aucun enfant n'était positif au RT-PCR pour le prélèvement de gorge ou de sang fœtal. Cependant la recherche d'Ig G et Ig M par les techniques de laboratoire est rarement utilisée dans le diagnostic des infections congénitales virales (cytomégalovirus, rubéole, Zika), bactérienne (syphilis) ou parasitaire (toxoplasmose) en raison de leur spécificité et sensibilité inférieure à la PCR. Pour les auteurs de l'éditorial du JAMA du 26 mars, on ne peut éliminer formellement la possibilité d'une transmission in utero du SARS-CoV-2.

La chaîne publique CCTV a annoncé le 5 février 2020 qu'un nouveau-né de 30 heures avait été testé positif après l'accouchement d'une femme qui avait été testée positive, ce qui laisse envisager que le virus pourrait passer la barrière placentaire.

Une étude publiée le 12 février 2020 dans The Lancet sur neuf femmes enceintes présentant une pneumonie Covid-19 contractée au dernier trimestre de la grossesse est plutôt rassurante. Le tableau clinique de la pneumonie Covid-19 était identique chez les personnes non enceintes. Six patientes ont reçu des anti-viraux. Elles ont toutes accouché par césarienne d'indication obstétricale (pré-éclampsie, utérus cicatriciel, etc.).

Une nouvelle étude du 13 mars confirme cette impression sur 16 femmes enceintes confirmées et 18 cas suspects tout en soulignant qu'elles ont des signes radiologiques type de la maladie, les manifestations cliniques sont moins importantes que chez les femmes non enceintes.

Nouveau-né

Dans une étude chinoise du 12 février 2020 publiée dans The Lancet et réalisée sur 9 femmes enceintes contaminées, tous les enfants nés étaient en bonne santé. Le sang fœtal, le liquide amniotique, des prélèvements au niveau de la gorge du nouveau-né et du lait maternel ont été effectués sur six des neuf patientes. Tous les résultats d'analyse étaient négatifs pour le SARS-CoV-2. Deux cas n'ont pu être prélevés car la césarienne a été effectuée la nuit. Le dernier cas n'a pas été prélevé car le résultat (positif) du test maternel SARS-CoV-2 n'est parvenu qu'après la césarienne. Selon les chercheurs, le cas positif du 5 février 2020 serait dû à une contamination maternelle post-naissance.

Une autre publication de mars 2020 ne retrouve pas de transmission materno-fœtale.

Une autre étude chinoise, publiée en février 2020 dans la revue Translational Pediatrics, est moins rassurante et concerne dix nouveau-nés de Wuhan, issus de neuf mères infectées ayant présenté des symptômes avant l'accouchement dans quatre cas, le jour même dans deux cas et après l'accouchement dans trois cas. Huit bébés étaient des garçons et deux des filles ; quatre sont nés à terme et six prématurément ; deux étaient petits pour leur l'âge gestationnel (SGA) et un était macrosome ; six avaient un score PCIS (Pediatric Critical Illness Score) inférieur à 90. Six ont présenté un essoufflement comme premier symptôme, mais deux ont d’abord eu de la fièvre. Deux ont présenté une thrombocytopénie avec fonction hépatique anormale ; un avait une fréquence cardiaque rapide, un vomissait et un a fait un pneumothorax ; cinq nouveau-nés ont guéri, un est mort et quatre sont restés hospitalisés dans un état stable. Cette étude ne donne aucune explication sur le décès du nouveau-né. Seuls des prélèvements nasaux ont été faits. Ils étaient tous négatifs.

Dans l'étude du 13 mars citée plus haut, il n' y a pas de différence significatives chez les nouveau-nés des cas confirmés ou suspects par rapport à un groupe témoin de 121 cas notamment au niveau du score d'Apgar à la naissance.

Une autre étude chinoise datant du 24 mars, et effectuée sur 33 nouveau-nés, confirme le pronostic généralement bon des enfants nés de mère PCR positif. Mais 3 des 33 enfants, tous nés par césarienne, présentent une pneumopathie typique de la Covid-19 survenant entre 2 et 4 jours après la naissance. Les prélèvements anaux et de la gorge étaient positifs au SARS-CoV-2. Aucune recherche n'a été effectuée dans le sang de cordon ou le liquide amniotique. Le seul enfant ayant nécessité une prise en charge en soins intensifs avait une hémoculture positive à Enterobacter. Aucun enfant n'est décédé. Les auteurs de l'étude concluent que la transmission du virus s'est produite après la naissance.

Critères de guérison

Les critères de guérison selon la Commission chinoise de la santé sont :

• température normale durant plus de trois jours ;
• disparition des symptômes respiratoires ;
• amélioration nette des images de tomodensitométrie thoracique ;
• deux résultats consécutifs du test RT-PCR négatifs, séparés par au moins un jour.

Immunisation

Au 28 mars 2020, il est acquis que les gens infectés développent une immunité à la COVID-19, mais il n'est pas établi s'il y a des exceptions à cette immunisation, et sa durée n'est pas connue.

Prévention

Le virus est sensible à tous les désinfectants habituels et au savon.

Mesures

La prévention vise essentiellement à éviter la contagion en suspendant tout contact proche avec une personne infectée confirmée et en limitant très fortement les autres contacts. Ceci passe notamment par l'instauration de mesures-barrières comme la distanciation sociale, l'arrêt des embrassades et des échanges manuels, le lavage fréquent des mains, l'utilisation de mouchoirs jetables ou encore, la pratique de tousser dans son coude pour éviter la production d'aérosols, la désinfection des surfaces potentiellement contaminées telles que des poignées de portes, boutons d'ascenseurs, etc.

Il est vivement conseillé aux personnes présentant un état grippal de surveiller leur température. L'ingestion de viande ou d'œuf mal cuits est déconseillée.

La London School of Hygiene and Tropical Medicine publie une étude le 6 février 2020 montrant que les détecteurs thermiques des aéroports détectent moins de 40 % des personnes infectées.

Port du masque

L'OMS ne recommande pas le port du masque systématiquement, craignant qu'il procure un faux sentiment de sécurité. Le masque ne doit être porté que si on tousse ou éternue, ou si on s'occupe d’une personne présumée infectée par le SARs-Cov-2. L'OMS rappelle en outre que le port du masque est sans intérêt s'il ne s’accompagne pas d'un lavage régulier des mains et son utilisation exige des précautions particulières.

Les masques avec valve ne protègent que le porteur du masque, la valve permettant d 'extraire le souffle du porteur pour ne pas respirer son CO2. Les masques avec valves sont surtout utilisés dans les professions dont l'activité physique nécessite une bonne ventilation du porteur (métier du bâtiment par exemple ).

Masque chirurgical

Le masque chirurgical est conçu pour retenir les germes sortant des poumons de la personne qui le porte : il est porté par un chirurgien (d'où le qualificatif de ce masque) pour éviter surtout d'infecter son patient opéré. Le port de ce masque peut apporter parfois un faux sentiment de sécurité.

Masque FFP2

Le masque de protection individuel (de type FFP2) est équipé d'un filtre qui empêche les germes de pénétrer dans l'organisme. Son efficacité dure de trois à huit heures. Ce masque sert à protéger les personnels de santé lors de leurs soins aux personnes infectées.

Masques alternatifs

Début avril, les dirigeants de plusieurs pays changent de discours et recommandent de se couvrir le visage, avec un simple foulard ou un masque fait maison si besoin. En France, l’Académie nationale de médecine estime qu’un masque « grand public » devrait être rendu obligatoire pour toute sortie pendant et après le confinement. En effet, les scientifiques n'écartent pas que le virus puisse se transmettre par l'air expiré de personnes sans symptômes (sans tousser mais en parlant).

Port de gants

Hormis si l'on est un soignant en contact avec un patient potentiellement infecté et avec que l'on a été au préalable formé aux bonnes pratiques, l'OMS précise que le port de gants est inutile et que "le fait de se laver les mains régulièrement protège mieux contre la COVID-19 que le port de gants en caoutchouc".

Lavage des mains

Se laver régulièrement les mains avec du savon ou du gel hydroalcoolique est la plus importante des mesures de protection contre la COVID-19. Pour être efficace, le lavage au gel hydroalcoolique doit se faire en manches courtes, les ongles courts (1mm ou moins) sans vernis, sans aucun bijou (ni alliance ni montre…) et les mains sèches et macroscopiquement propres (on ne désinfecte que ce qui est propre).

Eau potable

Face à la pandémie de COVID-19 qui sévit en France, de nombreux gestionnaires d'approvisionnement en eau potable ont répondu à l’appel des Agences régionales de santé, suivant en cela les recommandations de l’Organisation Mondiale de la Santé. Elles leur demandent de modifier la chloration de l'eau, avec une augmentation du taux de 0,3 mg/l à 0,5 mg/l en sortie de station de traitement, avec une exposition au chlore libre pendant au moins 30 minutes. C'est le cas en particulier à Rennes, Strasbourg, Toulouse, dans la région parisienne, etc ....

Désinformation

De nombreuses théories concernant les causes du virus, la propagation de celui-ci ou les traitements sont diffusées sur les médias sociaux, et s'avèrent être liées aux théories du complot, aux fake news ou d'être de la désinformation.

Voir aussi

Guide de bonnes pratiques

• Alhazzani, W. Møller, M. H. Arabi, M. Loeb et et al., Surviving sepsis campaign: guidelines on the management of critically ill adults with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) - Un-edited accepted proof, European Society of Intensive Care Medicine and the Society of Critical Care Medicine, 2020 (DOI 10.1007/s00134-020-06022-5, lire en ligne)

Bibliographie

• Philippe Sansonetti, « Covid-19, chronique d’une émergence annoncée », La Vie des idées,‎ 19 mars 2020 (lire en ligne, consulté le 21 mars 2020).
• Pascal Marichalar, « Savoir et prévoir : Première chronologie de l’émergence du Covid-19 », La Vie des idées,‎ 25 mars 2020 (lire en ligne, consulté le 25 mars 2020).
• Philippe Grandcolas et Jean-Lou Justine, « Covid-19 ou la pandémie d’une biodiversité maltraitée », The Conversation,‎ 25 mars 2020 (DOI https://doi.org/10.6084/m9.figshare.12040623.v1, lire en ligne, consulté le 30 mars 2020)
• Ressources pour le COVID-19, sur worldcat.org

Articles connexes

• Coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2)
• Pandémie de Covid-19
• Épidémie
• Maladie à déclaration obligatoire
• Maladie infectieuse émergente
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• Pandémie
• Santé publique
• Lymphohistiocytose hémophagocytaire secondaire
• Syndrome inflammatoire de reconstitution immune
• Désinformation sur la pandémie de Covid-19
• Test diagnostique du SARS-CoV-2
• Développement et recherche de médicaments contre la Covid-19

Liens externes

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  • Diseases Ontology
  • DiseasesDB
  • Héritage mendélien chez l'humain
  • Héritage mendélien chez l'humain
  • ICD-10 Version:2016
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