Cette page est en semi-protection longue.

Coronavirus

Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.

Orthocoronavirinae

SARS-CoV-2 3D virion

Les coronavirus (CoV) sont des virus qui constituent la sous-famille Orthocoronavirinae de la famille Coronaviridae. Le nom « coronavirus », du latin signifiant « virus à couronne », est dû à l'apparence des virions sous un microscope électronique, avec une frange de grandes projections bulbeuses qui évoquent une couronne solaire[2].

Les coronavirus sont munis d'une enveloppe virale incluant une capside caractérisée par des protéines en forme de massue (appelées spicules). Ils ont un génome à ARN monocaténaire (c'est-à-dire à un seul brin), de sens positif (groupe IV de la classification Baltimore), de 26 à 32 kilobases (ce qui en fait les plus grands génomes parmi les virus à ARN)[3]. Ils se classent parmi les Nidovirales, ordre de virus produisant un jeu imbriqué d'ARNm sous-génomiques lors de l'infection. Des spicules, une enveloppe, membrane et capside contribuent à la structure d'ensemble de tous les coronavirus. Ils peuvent muter et se recombiner[4].

Les chauves-souris et les oiseaux, en tant que vertébrés volants à sang chaud, seraient les hôtes idéaux pour les coronavirus assurant l'évolution et la dissémination du coronavirus[5]. Les coronavirus sont normalement spécifiques à un taxon animal comme hôte, mammifères ou oiseaux selon leur espèce ; mais ils peuvent parfois changer d'hôte à la suite d'une mutation. Leur transmission interhumaine se produit principalement par contacts étroits via des aérosols respiratoires générées par les éternuements, la toux ou la phonation. Plus de 500 types de coronavirus ont été isolées chez la chauve-souris et il existerait plus de 5 000 types de coronavirus[6].

Sept principaux coronavirus sont généralement cités comme pouvant contaminer l'humain[7]. Un huitième a été identifié : le B814[8] (le premier coronavirus humain identifié), mais cette souche semble ne plus circuler.

Quatre coronavirus en circulation sont considérés comme sources d'infection bénignes : 229E, NL63, OC43 et HKU1. Ils seraient la cause de 15 à 30 % des rhumes courants.

Plus récemment ont été identifiés trois types de coronavirus responsables de graves pneumopathies :

  1. le SARS-CoV, agent pathogène du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2002-2004
  2. le MERS-CoV, celui du syndrome respiratoire du Moyen-Orient à partir de 2012
  3. le SARS-CoV-2, celui de la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) apparue en Chine en 2019 et responsable d'une sévère pandémie en 2020-2021

Découverte, histoire

Illustration de la morphologie des coronavirus. Les péplomères, pointes virales en forme de massue ici colorées en rouge, créent l'apparence d'une couronne entourant le virion, lorsqu'ils sont vus au microscope électronique.

Les coronavirus existent probablement depuis au moins des centaines de millions d'années, mais du point de vue de l'épidémiologie et de l'histoire médicale et en tant que zoonose c'est au XXIe siècle qu'ils ont pris de l'importance : « cinq des sept coronavirus humains ont été isolés au cours de ce siècle. Et malheureusement, les trois derniers sont entrés dans notre vie avec les craintes liées à une épidémie, une pandémie ou à la mort »[9].

C'est en 1930 aux États-Unis que la première maladie due à un coronavirus est observée, chez des volailles. L'année suivante, un médecin décrit dans un article la maladie qui cause une détresse respiratoire chez la poule et une diminution de la ponte et de la qualité des œufs. En 1937, l'agent infectieux, le virus de la bronchite infectieuse aviaire (IBV pour Infectious Bronchitis Virus) est isolé.

En 1946, un autre coronavirus est identifié, le Coronavirus de la gastro-entérite transmissible porcine (TGEV). Indépendamment, en 1949 à New York et 1951 à Londres, deux équipes découvrent le virus de l'hépatite murine chez une souris paralysée[10].

En 1965, le premier coronavirus infectant l'être humain (la souche B814) est découvert. Et rapidement, d'autres suivent : 229E en 1966 et OC43 en 1967[11], qui sont la cause de rhumes plus ou moins graves selon les personnes. L'année suivante, ils sont observés au microscope électronique par June Almeida et David Tyrrell qui mettent en évidence leur structure en couronne[12]. La relation est faite entre tous ces virus, et le terme de « coronavirus » est pour la première fois utilisé dans la revue Nature en 1968[2],[10].

Épidémie du XXIe siècle

Pandémie de Coronavirus

Le dernier coronavirus humain (ou récemment humanisé, très probablement à partir d'une ou plusieurs souches portées par des chauves-souris) semble avoir émergé à Wuhan en Chine en 2019 : le SARS-CoV-2. La maladie qu'il cause (Covid-19) a provoqué en quelques mois la première grande pandémie à coronavirus, caractérisée par un R0 élevé (2,3 en moyenne d'après les estimations disponibles en avril 2020, mais qui semble pouvoir atteindre 5,7) ; avec un taux de létalité de 6,3 (très variable selon les âges et les contextes, pouvant parfois dépasser 15%)[9].

Pandémie de Coronavirus
Pandémie Date Cas confirmés Décès Guérisons Sous-type impliqué
Épidémie de SRAS de 2002-2004 2002-2004 8 096 774 - Sars-Cov (SRAS)
Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient 2012-2014 361 107 - MERS-CoV
Pandémie de Covid-19 (En cours) 2019-2021 + 106 903 452 (10 février 2021)[13] + 2 341 010 ()[13] + 59 755 076 (10 février 2021)[13] SARS-CoV-2 (Covid-19)

Données de la pandémie de Sars-CoV-2 (2019-2021)

 voir • disc. • mod. 

Données de la pandémie de Covid-19 par pays et territoire
Lieux Confirmés Décès Rétablis % morts par
cas confirmés
Morts par
million hab.
Réf
200+ 176 329 457 3 813 671 [14]
Drapeau des États-Unis États-Unis[a] 33 611 037 605 915 1,8 % 1 848 [15]
Drapeau de l'Inde Inde 29 510 410 374 305 28 162 947 1,27 % 282 [16]
Drapeau du Brésil Brésil 17 412 766 487 401 15 794 548 2,8 % 2 319 [17],[18]
Drapeau de la France France[b],[c] 5 737 810 110 407 1,92 % 1 664 [19],[20]
Drapeau de la Turquie Turquie 5 336 073 48 795 5 206 836 0,91 % 584 [21]
Drapeau de la Russie Russie[d] 5 236 593 127 180 4 818 244 2,43 % 866 [22]
Drapeau du Royaume-Uni Royaume-Uni[e] 4 573 419 127 907 2,8 % 1 953 [23]
Drapeau de l'Italie Italie 4 244 872 127 002 3 957 557 2,99 % 2 106 [24]
Drapeau de l'Argentine Argentine 4 145 419 86 029 3 748 731 2,08 % 1 914 [25]
Drapeau de l'Allemagne Allemagne 3 733 573 90 456 3 573 217 2,42 % 1 088 [26],[27]
Drapeau de l'Espagne Espagne 3 741 767 80 517 2,15 % 1 723 [28]
Drapeau de la Colombie Colombie 3 753 224 95 778 3 477 656 2,55 % 1 952 [29]
Drapeau de l'Iran Iran 3 028 717 82 098 2 652 792 2,71 % 1 027 [30]
Drapeau de la Pologne Pologne 2 877 819 74 626 2 649 080 2,59 % 1 944 [31]
Drapeau du Mexique Mexique 2 455 351 230 187 1 956 575 9,37 % 1 845 [32]
Drapeau de l'Ukraine Ukraine 2 224 992 51 769 2 136 176 2,33 % 1 216 [33],[34]
Drapeau du Pérou Pérou 2 004 252 188 921 1 965 273 9,43 % 6 430 [35],[36]
Drapeau de l'Indonésie Indonésie 1 927 708 53 280 1 757 641 2,76 % 197 [37]
Drapeau d'Afrique du Sud Afrique du Sud 1 752 632 57 879 1 611 447 3,3 % 971 [38],[39]
Drapeau de la Tchéquie Tchéquie 1 665 327 30 229 1 630 938 1,82 % 2 825 [40]
Drapeau des Pays-Bas Pays-Bas[f] 1 669 121 17 705 1,06 % 1 045 [41],[42]
Drapeau du Chili Chili 1 482 663 30 804 1 406 555 2,08 % 1 706 [43]
Drapeau du Canada Canada 1 400 220 25 901 1 356 249 1,85 % 683 [44],[45]
Drapeau des Philippines Philippines 1 327 431 22 963 1 246 405 1,73 % 227 [46],[47]
Drapeau de l'Irak Irak 1 259 683 16 736 1 176 576 1,33 % 437 [48]
Drapeau de la Roumanie Roumanie 1 079 879 31 957 1 044 563 2,96 % 1 632 [49]
Drapeau de la Suède Suède 1 083 456 14 574 1,35 % 1 404 [50]
Drapeau de la Belgique Belgique[g] 1 076 579 25 093 2,33 % 2 195 [51],[52]
Drapeau du Pakistan Pakistan 943 027 21 782 880 316 2,31 % 101 [53]
Drapeau du Portugal Portugal 858 022 17 047 815 622 1,99 % 1 656 [54],[55]
Drapeau d’Israël Israël 839 630 6 428 832 923 0,77 % 707 [56]
Drapeau de la Hongrie Hongrie 806 790 29 904 724 614 3,71 % 3 061 [57]
Drapeau du Bangladesh Bangladesh 833 291 13 222 771 073 1,59 % 80 [58],[59]
Drapeau du Japon Japon 776 307 14 126 733 316 1,82 % 112 [60]
Drapeau de la Jordanie Jordanie 739 847 9 530 721 016 1,29 % 914 [61]
Drapeau de la Serbie Serbie 715 015 6 970 0,97 % 993 [62]
Drapeau de la Suisse Suisse 700 051 10 304 317 600 1,47 % 1 217 [63],[64]
Drapeau de l'Autriche Autriche 648 849 10 668 634 439 1,64 % 1 211 [65]
Drapeau de la Malaisie Malaisie 667 876 4 069 593 695 0,61 % 129 [66]
Drapeau des Émirats arabes unis Émirats arabes unis 601 950 1 734 581 139 0,29 % 184 [67]
Drapeau du Népal Népal 612 202 8 506 540 439 1,39 % 280 [68]
Drapeau du Liban Liban 542 649 7 801 527 645 1,44 % 1 279 [69]
Drapeau du Maroc Maroc 523 890 9 211 511 126 1,76 % 256 [70]
Drapeau de l'Arabie saoudite Arabie saoudite 465 797 7 572 448 093 1,63 % 229 [71]
Drapeau de l'Équateur Équateur 439 139 21 051 398 645 4,79 % 1 266 [72],[73]
Drapeau de la Bulgarie Bulgarie 420 493 17 915 390 388 4,26 % 2 559 [74],[75]
Drapeau de la Grèce Grèce 413 170 12 370 data-sort-value="−1" 2,99 % 1 150 [76]
Drapeau de la Biélorussie Biélorussie 406 360 2 987 399 174 0,74 % 319 [77]
Drapeau de la Slovaquie Slovaquie 391 087 12 446 3,18 % 2 306 [78]
Drapeau du Kazakhstan Kazakhstan 402 239 4 171 377 642 1,04 % 228 [79],[80]
Drapeau du Panama Panama 388 325 6 461 372 341 1,66 % 1 576 [81]
Drapeau de la Bolivie Bolivie 409 106 15 614 324 028 3,82 % 1 413 [82]
Drapeau de la Croatie Croatie 358 677 8 160 349 750 2,28 % 1 988 [83]
Drapeau du Paraguay Paraguay 393 482 10 954 327 670 2,78 % 1 608 [84]
Drapeau de la Tunisie Tunisie 370 224 13 567 323 201 3,66 % 1 173 [85]
Drapeau de la Géorgie Géorgie 355 368 5 083 341 103 1,43 % 1 367 [86]
Drapeau de l'Azerbaïdjan Azerbaïdjan 335 196 4 955 328 699 1,48 % 489 [87]
Drapeau du Costa Rica Costa Rica 343 604 4 388 262 852 1,28 % 894 [88]
Drapeau du Koweït Koweït 329 526 1 828 311 559 0,55 % 397 [89]
Drapeau de l'Uruguay Uruguay 340 818 5 036 303 880 1,48 % 1 457 [90],[91]
Drapeau de la République dominicaine République dominicaine 309 477 3 708 252 803 1,2 % 356 [92]
Drapeau du Danemark Danemark[h] 290 333 2 527 280 084 0,87 % 442 [93],[94]
Drapeau de la Lituanie Lituanie 277 942 4 348 264 037 1,56 % 1 558 [95],[96]
Drapeau de l'Éthiopie Éthiopie 274 346 4 250 251 107 1,55 % 40 [97]
Drapeau de l'Égypte Égypte 273 795 15 654 201 739 5,72 % 165 [98]
Drapeau de l'Irlande Irlande 263 720 4 941 1,87 % 1 038 [99]
Drapeau de la Moldavie Moldavie 255 830 6 154 248 733 2,41 % 2 412 [100]
Drapeau du Guatemala Guatemala 271 990 8 465 247 134 3,11 % 490 [101]
Drapeau de la Slovénie Slovénie 256 581 4 408 1,72 % 2 133 [102],[103]
Drapeau du Honduras Honduras 248 115 6 653 89 324 2,68 % 718 [104],[105]
Drapeau de Bahreïn Bahreïn 258 731 1 221 244 579 0,47 % 818 [106]
Drapeau du Venezuela Venezuela 251 686 2 829 231 558 1,12 % 99 [107]
Drapeau de l'Arménie Arménie 223 805 4 489 215 455 2,01 % 1 532 [108]
Drapeau du Qatar Qatar 219 887 579 217 143 0,26 % 219 [109]
Drapeau d'Oman Oman 236 440 2 532 211 494 1,07 % 524 [110]
Drapeau de la Bosnie-Herzégovine Bosnie-Herzégovine 204 668 9 495 177 976 4,64 % 2 707 [111]
Drapeau du Sri Lanka Sri Lanka 225 922 2 203 190 464 0,98 % 103 [112],[113]
Drapeau de la Libye Libye 189 284 3 165 174 976 1,67 % 474 [114]
Drapeau du Kenya Kenya 175 681 3 421 120 359 1,95 % 71 [115]
Drapeau du Nigeria Nigeria 167 078 2 117 163 469 1,27 % 11 [116]
Drapeau de la Thaïlande Thaïlande 202 264 1 485 162 718 0,73 % 23 [117],[118]
Drapeau de la Macédoine du Nord Macédoine du Nord 155 536 5 471 149 628 3,52 % 2 636 [119]
Drapeau de la Birmanie Birmanie 145 826 3 248 132 969 2,23 % 61 [120]
Drapeau de Cuba Cuba 157 708 1 087 149 759 0,69 % 95 [121],[122]
Drapeau de la Corée du Sud Corée du Sud 148 647 1 992 139 733 1,34 % 39 [123],[124]
Drapeau de la Lettonie Lettonie 136 247 2 464 131 139 1,81 % 1 291 [125],[126]
Drapeau de l'Albanie Albanie 132 461 2 453 129 865 1,85 % 812 [127],[128]
Drapeau de l'Estonie Estonie 130 599 1 266 125 929 0,97 % 956 [129],[130]
Drapeau de l'Algérie Algérie 133 388 3 571 92 852 2,68 % 86 [131]
Drapeau de la Norvège Norvège 128 277 789 88 952 0,62 % 146 [132]
Drapeau du Kosovo Kosovo 107 571 2 249 104 791 2,09 % 1 194 [133]
Drapeau du Kirghizistan Kirghizistan 111 343 1 905 103 357 1,71 % 307 [134]
Drapeau de l'Ouzbékistan Ouzbékistan 104 113 709 99 986 0,68 % 21 [135]
Drapeau du Monténégro Monténégro 99 964 1 602 97 951 1,6 % 2 574 [136]
Drapeau de la Zambie Zambie 115 824 1 444 99 895 1,25 % 84 [137]
Drapeau du Ghana Ghana 94 493 789 92 589 0,83 % 29 [138]
Drapeau de la Finlande Finlande 93 923 964 31 000 1,03 % 175 [139],[140]
Drapeau de la République populaire de Chine Chine 91 471 4 636 86 352 5,07 % 3 [141]
Drapeau du Cameroun Cameroun 79 904 1 302 57 008 1,63 % 54 [142],[143]
Drapeau du Salvador Salvador 75 351 2 288 70 150 3,04 % 356 [144]
Drapeau de Chypre Chypre 73 247 374 0,51 % 328 [145]
Drapeau de l'Afghanistan Afghanistan 93 272 3 683 61 705 3,95 % 101 [146]
Drapeau du Mozambique Mozambique 71 568 841 69 889 1,18 % 28 [147],[148]
Drapeau du Luxembourg Luxembourg 70 445 818 69 129 1,16 % 1 306 [149]
Drapeau des Maldives Maldives 67 538 182 46 334 0,27 % 417 [150]
Drapeau de Singapour Singapour 62 301 34 61 894 0,05 % 6 [151]
Drapeau de la Mongolie Mongolie 80 733 380 57 822 0,47 % 124 [152]
Drapeau de la Namibie Namibie 65 815 1 008 55 187 1,53 % 398 [153]
Drapeau du Botswana Botswana 58 095 885 53 887 1,52 % 386 [154]
Drapeau de la Jamaïque Jamaïque 49 356 1 011 27 732 2,05 % 350 [155],[156]
Drapeau de la Côte d'Ivoire Côte d'Ivoire 47 760 306 47 239 0,64 % 13 [157],[158]
Drapeau de l'Ouganda Ouganda 63 099 434 48 480 0,69 % 10 [159],[160]
Drapeau du Sénégal Sénégal 41 680 1 148 40 298 2,75 % 72 [161]
Drapeau de Madagascar Madagascar 41 933 887 40 239 2,12 % 35 [162],[163]
Drapeau du Zimbabwe Zimbabwe 40 077 1 635 37 027 4,08 % 99 [164]
Drapeau du Soudan Soudan 36 304 2 732 29 994 7,53 % 67 [165]
Drapeau de l'Angola Angola 36 790 836 30 359 2,27 % 28 [166]
Drapeau du Malawi Malawi 34 564 1 159 32 753 3,35 % 62 [167]
Drapeau de la république démocratique du Congo République démocratique du Congo 35 668 846 27 849 2,37 % 10 [168],[169]
Drapeau du Cambodge Cambodge 39 464 361 33 571 0,91 % 23 [170],[171]
Drapeau de Malte Malte 30 582 419 30 112 1,37 % 901 [172]
Drapeau du Cap-Vert Cap-Vert 31 571 273 30 316 0,86 % 500 [173]
Drapeau de l'Australie Australie 30 262 910 3,01 % 37 [174]
Drapeau du Rwanda Rwanda 28 614 372 26 383 1,3 % 30 [175],[176]
Drapeau de la Syrie Syrie 24 743 1 804 21 658 7,29 % 98 [177]
Drapeau du Gabon Gabon 24 755 157 23 910 0,63 % 78 [178]
Drapeau de Trinité-et-Tobago Trinité-et-Tobago 28 982 677 19 141 2,34 % 494 [179],[180]
Drapeau de la Guinée Guinée 23 366 167 21 438 0,71 % 13 [181]
Drapeau de la Mauritanie Mauritanie 20 073 475 19 142 2,37 % 107 [182],[183]
Drapeau de l'Eswatini Eswatini 18 746 676 17 952 3,61 % 601 [184]
Drapeau du Guyana Guyana 18 446 430 16 313 2,33 % 553 [185]
Drapeau de la Papouasie-Nouvelle-Guinée Papouasie-Nouvelle-Guinée 16 682 165 16 017 0,99 % 18 [186]
Drapeau du Suriname Suriname 18 599 412 14 172 2,22 % 731 [187]
Drapeau de la Somalie Somalie 14 776 773 6 985 5,23 % 70 [188]
Drapeau d'Haïti Haïti 16 675 358 12 563 2,15 % 33 [189]
Drapeau du Mali Mali 14 336 523 9 903 3,65 % 28 [190]
Drapeau d'Andorre Andorre 13 826 127 13 618 0,92 % 1 667 [191]
Drapeau du Tadjikistan Tadjikistan 13 714 90 13 218 0,66 % 10 [192],[193]
Drapeau du Togo Togo 13 631 126 13 308 0,92 % 16 [194]
Drapeau du Burkina Faso Burkina Faso 13 459 167 13 277 1,24 % 9 [195],[196]
Drapeau du Belize Belize 12 971 326 12 479 2,51 % 870 [197]
Drapeau de Hong Kong Hong Kong 11 879 210 11 598 1,77 % 28 [198]
Drapeau des Bahamas Bahamas 12 199 237 11 136 1,94 % 599 [199]
Drapeau de la république du Congo République du Congo 11 920 155 8 208 1,3 % 29 [200],[201]
Drapeau des Seychelles Seychelles 13 630 50 12 173 0,37 % 522 [202],[203]
Drapeau de Djibouti Djibouti 11 575 154 11 405 1,33 % 161 [204]
Drapeau du Lesotho Lesotho 10 923 326 6 443 2,98 % 146 [205]
Drapeau du Soudan du Sud Soudan du Sud 10 688 115 10 514 1,08 % 9 [206]
Drapeau de la Guinée équatoriale Guinée équatoriale 8 662 120 8 449 1,39 % 95 [207]
Drapeau de Taïwan Taïwan 13 241 460 No data 3,47 % 20 [208]
Drapeau du Bénin Bénin 8 109 102 7 979 1,26 % 9 [209]
Drapeau du Nicaragua Nicaragua 7 662 188 2,45 % 30 [210]
Drapeau de la République socialiste du Viêt Nam Viêt Nam 10 999 59 4 236 0,54 % 1 [211]
Drapeau de la République centrafricaine République centrafricaine 7 101 98 5 112 1,38 % 21 [212],[213]
Drapeau du Timor oriental Timor oriental 7 764 17 5 515 0,22 % 13 [214]
Drapeau du Yémen Yémen 6 863 1 350 3 765 19,67 % 48 [215]
Drapeau de l'Islande Islande 6 622 30 6 562 0,45 % 84 [216]
Drapeau de la Gambie Gambie 6 016 180 5 822 2,99 % 86 [217]
Drapeau du Niger Niger 5 452 192 5 172 3,52 % 9 [218],[219]
Drapeau de Saint-Marin Saint-Marin 5 090 90 4 998 1,77 % 2 695 [220]
Drapeau de Sainte-Lucie Sainte-Lucie 5 180 80 5 006 1,54 % 447 [221]
Drapeau du Tchad Tchad 4 943 174 4 767 3,52 % 11 [222],[223]
Drapeau du Burundi Burundi 5 026 8 773 0,16 % 1 [224]
Drapeau de Sierra Leone Sierra Leone 4 433 82 3 184 1,85 % 11 [225]
Drapeau de l'Érythrée Érythrée 4 981 16 4 420 0,32 % 5 [226]
Drapeau des Comores Comores 3 901 146 3 738 3,74 % 177 [227]
Drapeau de la Guinée-Bissau Guinée-Bissau 3 803 69 3 548 1,81 % 37 [228],[229]
Drapeau du Liechtenstein Liechtenstein 3 026 59 2 954 1,95 % 1 556 [230]
Drapeau de Monaco Monaco 2 525 33 2 473 1,31 % 853 [231]
Drapeau de Sao Tomé-et-Principe Sao Tomé-et-Principe 2 357 37 2 306 1,57 % 181 [232]
Drapeau de la Nouvelle-Zélande Nouvelle-Zélande 2 353 26 2 299 1,1 % 5 [233],[234]
Drapeau du Libéria Libéria 2 535 93 2 094 3,67 % 20 [235]
Drapeau du Laos Laos 2 025 3 1 905 0,15 % 0 [236]
Drapeau du Bhoutan Bhoutan 1 826 1 1 467 0,05 % 1 [237]
Drapeau de Maurice Maurice 1 701 18 1 265 1,06 % 14 [238]
Drapeau d'Antigua-et-Barbuda Antigua-et-Barbuda 1 263 42 1 220 3,33 % 412 [239]
Diamond Princess 712 14 698 1,97 % 3 773 [240],[241]
Drapeau de la Tanzanie Tanzanie [242],[243]
Drapeau des Fidji Fidji 1 322 5 367 0,38 % 6 [244]
Drapeau du Brunei Brunei 248 3 239 1,21 % 7 [245],[246]
Drapeau de la Barbade Barbade 236 7 218 2,97 % 24 [247]
Drapeau de la Dominique Dominique 189 0 188 0 % 0 [248]
Drapeau de Grenade Grenade 160 1 158 0,63 % 9 [249]
Drapeau de Saint-Vincent-et-les-Grenadines Saint-Vincent-et-les-Grenadines 98 0 81 % 0 [250],[251]
Drapeau de Saint-Christophe-et-Niévès Saint-Christophe-et-Niévès 209 0 64 0 % 0 [252],[253]
Drapeau de Macao Macao 52 0 51 0 % 0 [254]
Drapeau du Vatican Vatican 29 0 27 0 % 0 [255],[256]
Drapeau de la République arabe sahraouie démocratique Sahara Occidental 28 2 26 % 0 [257]
Drapeau des Îles Salomon Îles Salomon 13 0 4 % 0 [258]
MS Zaandam 13 4 30,77 % 2 187 [259],[260]
Drapeau des Îles Marshall Îles Marshall 4 0 0 % 0 [261]
Drapeau des Samoa Samoa 3 0 1 0 % 0 [262],[263]
Drapeau du Vanuatu Vanuatu 3 0 3 0 % 0 [264],[265]
Drapeau des États fédérés de Micronésie États fédérés de Micronésie 1 0 0 % 0 [266]

Caractérisation

La taxonomie de ces nouveaux virus fait d'abord débat, pour finalement aboutir en 1975 à la création d'une nouvelle famille (Coronaviridae) et d'une nouvelle sous-famille (Orthocoronavirinae) par l'International Committee on Taxonomy of Viruses[10].

Dénomination

Le terme coronavirus (du latin corona et virus, littéralement « virus à couronne »[267]) provient de l'apparence des virions au microscope électronique, caractérisée par une frange de grandes protubérances entourant l'enveloppe avec l'apparence d'une couronne, par analogie avec la couronne solaire[2].

Hôtes du virus

Les hôtes idéaux des coronavirus, en tant que vertébrés volants à sang chaud, sont les chauves-souris (pour les Alphacoronavirus et les Betacoronavirus) et les oiseaux (pour les Gammacoronavirus et les Deltacoronavirus). Ces espèces-réservoir assurent l'évolution et la dissémination des coronavirus[5]. Chez d'autres espèces, les symptômes varient (maladies des voies respiratoires supérieures chez la poule, diarrhée chez la vache ou le porc, des voies digestives chez le chat et le chien, etc.). Parfois, aucun symptôme n'est associé à leur présence (ex. coronavirus du béluga).

L'être humain abrite naturellement quatre types de coronavirus bénins, qui provoquent des infections des voies respiratoires, comme le rhume, et plus rarement affectent les systèmes gastro-intestinaux, cardiaques et nerveux[268].

Les groupes de coronavirus ont normalement un hôte animal spécifique (mammifères ou oiseaux[269]) mais ils peuvent parfois changer d'hôte à la suite d'une mutation. Ce sont de telles mutations qui ont probablement conduit à l'apparition de souches causant de graves infections chez l'homme (SRAS, MERS et Covid-19).

Tropisme

On a longtemps pensé que les coronavirus avaient un tropisme uniquement respiratoire ou gastrointestinal (traduit par des pneumonies et entérocolites dans les cas graves), mais un nombre croissant d'études montrent un tropisme bien plus large, cardiovasculaire notamment, et neurologique également (dès les années 1980, on a montré que plusieurs coronavirus, dont en dernier cas le SARS-CoV-2 sont clairement aussi neuroinvasifs et neurotropes[270],[271],[272], au point que cette diversité de tropismes et de symptômes font des coronavirus (murins notamment, regroupées sous le sigle de MHV) un modèle animal pour l'étude de maladies humaines aussi variées que la sclérose en plaques, l’hépatite virale ou la pneumonie (S. R. Weiss et al. 2011). Le MHV pénètre le Système nerveux central (SNC) via les neurones du nerf olfactif, et peut causer une encéphalite aiguë ou une maladie démyélinisante chronique s'il y persiste (il peut aussi se propager jusqu’à la moelle épinière)[271],[273].

Recherches

En 2002, l’apparition du Sars-CoV, un virus responsable d'une maladie infectieuse des poumons, pousse l’Union européenne à lancer plusieurs programmes afin de ne pas être prise au dépourvu en cas de nouvelles émergences. Dès 2004, l’équipe de Bruno Canard, directeur de recherche CNRS à Aix-Marseille, spécialiste des coronavirus, grâce aux réseaux collaboratifs européens, affiche des résultats prometteurs. « Nous avions eu cette idée qui s’est révélée fructueuse : les virus ont une capacité énorme à être différents, variés, avec de larges familles. Nous les avons donc étudiés tous en même temps, afin d’en avoir un modèle type qui nous permettrait, en cas de menace d’un virus inconnu, d’en trouver un proche, d’où nous pourrions extraire des données scientifiques.[274] ».

Mais dès 2006, l’intérêt des politiques pour le Sars-CoV disparait. La crise financière de 2008 accélère le désengagement de l’Europe et de la France pour la recherche, les stratégies de recherche fondamentale perdent leurs financements. Aussi, en 2015, Bruno Canard, dénonce le désengagement européen et français dans le secteur des sciences et adresse avec ses collègues belges et hollandais des lettres d’intention à la Commission européenne, où il explique qu’il existe neuf familles de virus pour lesquelles une émergence est possible. « Le premier sur la liste était le flavivirus, explique-t-il. Le second, le coronavirus. Un an plus tard, apparaissait Zika, un flavivirus ». Or La Commission européenne ne donnera jamais de réponse. Et en 2020 surgit le Sars-CoV-2, un coronavirus[274] engendrant la Covid-19.

Biologie

Morphologie

Morphologie d'un coronavirus.

Ce virus enveloppé est constitué d'une enveloppe virale entourant une capside hélicoïdale qui contient le brin d'ARN. La taille du génome de ces virus varie d'environ 26 à 32 kilobases, valeurs parmi les plus élevées chez les virus à ARN.

Les coronavirus ont en commun des protéines désignées par une lettre indiquant leur localisation : S (protubérances), E (enveloppe), M (membrane) et N (nucléocapside). Certains, notamment ceux du sous-groupe A du genre Betacoronavirus, ont une protéine HE (hémagglutinine estérase (en)) caractéristique. Le coronavirus du SRAS présente en outre sur la protéine S un site de liaison spécifique à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2[275] qui lui sert de point d'entrée dans la cellule hôte.

La taille physique du virion est classiquement donnée comme étant de 120 à 160 nm[276] ou comme étant de l'ordre de 125 nm[277]. Toutefois le SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19 a été annoncé plus récemment comme mesurant approximativement de 60 à 140 nm, et comme étant de forme elliptique avec de nombreuses variations[278].

Génome

Génome et protéines du SRAS-CoV

Tous les CoV ont un génome d'ARN non-segmentés (simple brin) organisé de la même manière : les deux tiers environ du génome contiennent deux grands « cadres de lecture ouverts » et se chevauchant (dits ORF1a et ORF1b). Ces deux cadres sont traduits en « polyprotéines réplicase » pp1a et pp1ab. « Ces polyprotéines sont ensuite traitées pour générer 16 protéines non structurales, désignées nsp1 ~ 16. La partie restante du génome contient des ORF pour les protéines structurales, y compris la pointe (S), l'enveloppe (E), la membrane (M) et la nucléoprotéine (N). Un certain nombre de protéines accessoires spécifiques à la lignée sont également codées par différentes lignées de CoV »[3],[279],[280],[281].

Réplication

Réplication du virus à couronne.

Elle se fait en six étapes successives (voir illustration) :

  1. grâce à leur protéine S, les coronavirus se lient aux molécules cellulaires de surface telles que les métalloprotéinases. Les virus dotés en plus de la protéine HE (hémagglutinine-estérase) dans leur enveloppe peuvent aussi se lier à l'acide N-acétylneuraminique qui sert de corécepteur (lui-même initiateur de l'entrée d'un pathogène dans une cellule hôte). On ne sait pas clairement si les virus entrent dans la cellule hôte par fusion des membranes virales et cellulaires, ou par une internalisation à récepteur. Quel qu’en soit le mécanisme, le brin d'ARN est inséré dans la cellule, et la capside (la coque) est abandonnée ;
  2. les coronavirus sont munis d'un seul génome ARN à brin positif, à présent sur place dans le cytoplasme. Le génome de l'ARN du coronavirus a une coiffe méthylée 5' et une queue polyadénylée 3', ce qui permet à l'ARN de se fixer aux ribosomes pour la traduction. Les ribosomes de la cellule décodent l'ARN viral, produisant les protéines qui y sont codées ;
  3. d'abord l'ARN positif du virus est transcrit en protéine pour former une ARN polymérase propre (une ARN polymérase ARN-dépendante). La réplicase est la première protéine fabriquée ; une fois le gène codant la réplicase traduit par le ribosome de la cellule hôte, la traduction est arrêtée par un codon stop. Cette réplicase virale ne reconnaît et produit que l'ARN viral, et permet au génome viral d'être transcrit en nouvelles copies d'ARN, à l'aide de la machinerie de la cellule hôte. Se servant du brin positif comme modèle, cet enzyme assemble le brin négatif ;
  4. par la suite, ce brin négatif sert lui-même de modèle pour transcrire de petits ARN sous-génomiques, qui sont utilisés pour fabriquer toutes les autres protéines. C'est ce qu'on appelle une transcription imbriquée. Ce processus est une forme d'économie génétique, permettant au virus de coder le plus grand nombre de gènes dans un petit nombre de nucléotides ;
    le génome du brin négatif est traduit par le ribosome de la cellule hôte, et une longue polyprotéine est formée, où toutes les protéines virales sont attachées. Les coronavirus ont une protéine non structurale — une protéase — qui est capable de cliver la polyprotéine.
    Par ailleurs, ce brin négatif joue un rôle dans la réplication de nouveaux génomes ARN à brin positif.
    Le cytoplasme de la cellule hôte se remplit de protéines et d'ARN viraux ;
  5. (a) la protéine N aide à lier l'ARN génomique pour réaliser l’encapsidation du génome virale dans une enveloppe protectrice nommée capside[282] ; la protéine M s'intègre à la membrane du réticulum endoplasmique, côté capside ; et des protéines HE et S traversent la membrane du réticulum endoplasmique, via la protéine de translocation, et se positionnent du côté opposé ;
    (b) avec la liaison entre la capside et les protéines M, la membrane du réticulum s'invagine, et bourgeonne. La capside (la coque) assemblée dotée d'ARN hélicoïdal se retrouve alors à l'intérieur du réticulum endoplasmique, ayant capturé à son profit la membrane de ce dernier, qui porte à présent à son extérieur les protéines HE et S ;
  6. cette progéniture virale est ensuite (a) encapsulée et transportée par des vésicules golgiennes vers la membrane cellulaire, (b) pour être enfin externalisée (par exocytose) hors de la cellule.

Infection à coronavirus

Types d'infection

Sept types de coronavirus infectent couramment l'homme[283], dont trois causent des infections graves.

Infections bénignes

Les quatre premiers types connus sont sans gravité : les coronavirus humains 229E, NL63, OC43 et HKU1, inconnus chez la chauve-souris. Ils causent des rhumes avec fièvre et des maux de gorge dus à des végétations adénoïdes gonflées, principalement en hiver et au début du printemps[284].

Les coronavirus seraient la cause de 15 à 30 % des rhumes courants[285].

Infections graves

Transmission et cycle de vie du SRAS-CoV-2 causant COVID-19.

Trois types de coronavirus qui ne se trouvent pas naturellement chez l'homme mais chez des mammifères ont été découverts plus récemment et ont été à l'origine d'infections graves des poumons (pneumopathie virale) :

Selon le virus en cause, les formes graves de la maladie ont leurs particularités. Par exemple, la diarrhée était très fréquente dans le SRAS mais rare dans la maladie à coronavirus 2019.

Comparaison des infections graves

Trois principales sources sont utilisées : l'Institut Pasteur, l'OMS et les CDC américains[287].

Syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS)[288],[289] Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)[290],[291],[292] Maladie à coronavirus 2019 (COVID-19)
Agent pathogène MERS-CoV SARS-CoV SARS-CoV-2
Année d'apparition 2012 2003 2019
Nombre de cas 1 219 8 098 dont 5 327 en Chine. En cours, voir ici
Pourcentage de cas par transmission nosocomiale 70 %[293] 58 %[293]
Nombre de décès 449 774 (dont 349 en Chine) En cours, voir ici
Réservoir Dromadaire Chauve-souris Chauve-souris (probablement)
Transmission à l'homme par l'animal Contact direct avec un animal infecté, consommation de lait cru de dromadaire. Consommation de viande de civette palmiste masquée, animal sauvage vendu sur les marchés et consommé dans le Sud de la Chine. Un pangolin[286] pourrait être l'hôte intermédiaire.
Transmission interhumaine Oui Oui Oui
Transmission par objet Oui Risque très faible.
Transmission materno-fœtale Aucun cas retrouvé chez les femmes enceintes infectées par ce virus[294]. Aucune preuve[295].
Transmission par le lait maternel Un seul cas documenté[296] RT-PCR négative sur 16 femmes testées[297]
Incubation Entre 5 et 15 jours. Entre 2 et 7 jours. Durée médiane d'incubation à 5,1 jours (5,5 jours en moyenne), 97,5 % des personnes seront malades 11,5 jours après le contact infectieux[298].
Porteur sain Probablement pas. Oui, (un seul cas publié)
Contagiosité Taux de reproduction inférieur à 1[299]. Taux de reproduction supérieur à 2[299]. Médiane du taux de reproduction de base (R0) à 2,79[300].
Durée de la contagiosité Semble limitée à la période des signes cliniques. Possibilité disputée de contagion en phase asymptomatique[301].
Début de la période de contagiosité 3 à 4 jours après le début des signes cliniques. Dès l'apparition des signes cliniques. Porteur asymptomatique prouvé[302].
Fièvre À 98% À 99% À 87.9%, mais peut apparaître plusieurs jours après la toux ou les difficultés à respirer.
Diarrhée À 26% À 20%[294]. À 3.7%.
Transmission par les selles Très probable mais a joué un rôle mineur[294]. Cette possibilité est envisagée[303].
Létalité 34,4 %[293] 9,5 %[293], au-delà de 50 % chez les plus de 65 ans. 3,4 %[304]
Traitement Symptomatique Symptomatique Symptomatique
Vaccin Aucun Aucun En cours
Statut Résurgence possible. Considéré comme éradiqué. Épidémie en cours.

Passage de la barrière des espèces

Origines des coronavirus humains avec d'éventuels hôtes intermédiaires.

Au vu des séquences génomiques disponibles, deux grands taxons animaux seraient le réservoir principal des CoVs :

Au vu des connaissances disponibles, les coronavirus semblaient avoir besoin d'hôtes intermédiaires (toujours des mammifères) pour s'« humaniser », c'est-à-dire muter pour pouvoir infecter l'Homme.
Des hôtes intermédiaires connus ont été :

Transmission interhumaine

Pour la pandémie de 2019-2020, se reporter aux articles dont les noms suivent.

Particules éjectées par un éternuement.

La transmission interhumaine des coronavirus se fait principalement par les gouttelettes ou des aérosols respiratoires expectorées par une personne infectée (via la toux, les éternuements, des postillons, ou parfois par le simple fait de parler fort ou en criant) quand les particules virales sont inhalées par une personne se trouve à proximité. La transmission et la contagiosité varient aussi selon le coronavirus, et peut-être selon sa souche au sein d'une épidémie.

La prophylaxie passe par une prévention primaire visant à limiter la transmission du virus : éviter les contacts (surfaces potentiellement contaminées, poignées de main, embrassades), se laver les mains fréquemment, éviter de se toucher les yeux, le nez ou la bouche, par où le virus peut s'introduire dans l'organisme. En cas de symptômes de type toux ou rhume, se maintenir à au moins 1 mètre de toute personne et éviter d'émettre des particules contaminées[306].

D'autres recommandations comprennent[307] :

  • ne pas entrer en contact avec des animaux manifestement malades, ne pas consommer de viandes provenant d'animaux malades ;
  • ne pas consommer de produits animaux (viande...) mal cuits, ni de légumes crus s'ils n'ont pas été lavés avec de l'eau non contaminée.

Traitement

Dans le cas du SRAS, des médicaments ont été utilisés pour tenter d'enrayer l'épidémie : la ribavirine, un analogue de nucléotides, des anti-inflammatoires stéroïdiens et, après identification formelle de l'agent pathogène et des criblages de sensibilité, l'interféron-alpha et des inhibiteurs de protéases. Leur efficacité est encore sujette à caution. Aucun n'a fait l'objet d'une étude clinique adéquate : beaucoup d'études disponibles ne permettent pas de conclusions scientifiques claires car elles ont été réalisées sur de petits nombres de sujets ou alors sans protocole ou dose fixe. Certaines indiquent même que ces traitements pourraient avoir nui à l'éradication du virus[308].

Bruno Canard dénonce en mars 2020 l'emballement et publie une lettre ouverte Coronavirus : la science ne marche pas dans l’urgence ![309]. Il déclare : « Un vaccin demande au mieux 18 mois de recherches. Et pour des virus non prévisibles, qui changent, il n’est pas adapté. Mieux vaut faire des médicaments qui ont un large spectre dans une famille virale. Cela peut nécessiter 5 ans, parfois 10. D’où l’importance de l’anticipation scientifique[274]. ».

Vaccins

L'éradication rapide de l'épidémie de SRAS précédente n'a pas laissé place à beaucoup d'essais cliniques. Des vaccins à base de virus inactivé, et d'autres fondés sur les protéines S et N, sont à l'étude depuis plusieurs années[310]. Pour les vaccins, les éléments viraux produisant l'immunité ne sont souvent pas assez conservés dans la même famille virale. "Ainsi, s'il y avait eu un vaccin contre le coronavirus de 2003, il est pratiquement certain qu'il n'aurait pas marché de manière satisfaisante contre le Covid-19" (Bruno Canard)[311].

Taxonomie

Nommage des coronavirus

Les coronavirus sont nommés par un groupe d'étude[312] travaillant au sein de l'ICTV (International committee on Taxonomy of viruses)[313].

Classification

Les coronavirus (CoV) sont des virus à ARN monocaténaire de sens positif (groupe IV de la classification Baltimore) correspondant à la sous-famille Orthocoronavirinae de la taxonomie de l'ICTV[1], dans la famille Coronaviridae, et de l'ordre Nidovirales[314],[315].

Selon les caractéristiques de leurs séquences protéiques, les CoV sont classés en 4 genres (alpha-CoV, beta-CoV, gamma-CoV et delta-CoV), qui tous contiennent des virus pathogènes pour les mammifères[4] :

Arbre phylogénétique des coronavirus
  1. Alphacoronavirus, qui inclut le virus de la diarrhée épidémique porcine (PEDv), le virus de la gastro-entérite transmissible porcine (TGEV), le coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë porcine (SADS-CoV), le coronavirus canin, le coronavirus entérique félin, le virus de la péritonite infectieuse féline (FIPV) ;
  2. Betacoronavirus, dont le virus respiratoire-respiratoire du SRAS (SARS-CoV), le SARS-CoV-2, le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV), virus de l'hépatite murine (MHV), coronavirus bovins, virus de la sialodacryoadénite du rat, virus de la sialodacryoadénite porcine, hémagglutinose porcine, virus de l'hémagglutinose porcine coronavirus équin. Dans ce genre Betacoronavirus, le SARS-CoV et le SARS-CoV-2 appartiennent tous les deux au sous-genre Sarbecovirus au sein duquel trois clades distincts ont été identifiés :
    - Clade1: souches "chauve-souris" de Bulgarie et Kenya[316] ;
    - Clade2: SARS-CoV-2 et souches "chauve-souris" de Chine orientale[316] ;
    - Clade3: SARS-CoV et souches "chauves-souris" de Chine du sud-ouest[316] :
  3. Gammacoronavirus: surtout trouvé chez des oiseaux migrateurs, causant notamment des bronchites ; un Gammacoronavirus a été isolé d'un béluga en captivité,
  4. Deltacoronavirus: connus depuis peu, qui semblent surtout infecter les oiseaux, mais aussi trouvé chez les porcs.

Remarques :

  • On a parfois nommé un coronavirus selon l'espèce animale où il a d'abord été trouvé (par exemple : coronavirus respiratoire canin, ou CRCoV pour Canine respiratory coronavirus, virus appartenant au genre betacoronavirus et à son sous-groupe 2a)[317],[318].
  • Le dernier coronavirus trouvé, en 2019, est le SARS-CoV-2, responsable de la pandémie de Covid-19.

Liste des espèces

La sous-famille Orthocoronavirinae de la famille Coronaviridae est organisée en 4 genres, 22 sous-genres et une quarantaine d'espèces[319] :


Notes

  1. Sont inclus les cas recensés à Porto Rico et aux îles Vierges des États-Unis.
  2. Sont inclus les cas recensés en Guadeloupe, en Guyane, à La Réunion, en Martinique, à Mayotte, en Nouvelle-Calédonie, en Polynésie française, à Saint-Barthélemy, à Saint-Martin et à Saint-Pierre-et-Miquelon.
  3. L'université Johns-Hopkins additionnant les cas confirmés et probables, les données de Santé publique France sont utilisées pour la France (source).
  4. Les chiffres ci-contre ne tiennent pas compte de la déclaration de la vice-première ministre en charge de la santé, Tatiana Golikova qui indiquait le 28 décembre que la COVID-19 aurait fait 186 000 morts depuis le début de la pandémie. Voir « Moscou admet que le nombre de morts du Covid-19 en Russie est trois fois supérieur au bilan officiel », sur Le Monde,
  5. Sont inclus les cas recensés à Anguilla, aux Bermudes, à Gibraltar, aux îles Anglo-Normandes, aux îles Caïmans, aux îles Turques-et-Caïques, aux îles Vierges britanniques, dans l'île de Man et à Montserrat.
  6. Sont inclus les cas recensés à Aruba, à Curaçao et à Saint-Martin.
  7. Le total des décès enregistrés au se répartissent comme suit: 57 % sont survenus en milieu hospitalier, 40 % en maisons de soins et de repos (sans test de confirmation), 1 % au domicile du patient et pour 2 %, l'information n'est pas disponible selon Sciensano.
  8. Sont inclus les cas recensés au Groenland et dans les îles Féroé.

Références

  1. a et b (en) « Virus Taxonomy: 2018b Release », ICTV, (consulté le 24 janvier 2020).
  2. a b et c (en) « Virology: Coronaviruses », Nature, vol. 220, no 5168,‎ , p. 650–650 (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, PMCID PMC7086490, DOI 10.1038/220650b0, lire en ligne, consulté le 14 mai 2020)
  3. a et b (en) Zi-Wei Ye et Shuofeng Yuan, « Zoonotic origins of human coronaviruses », sur International Journal of Biological Sciences, (ISSN 1449-2288, PMID 32226286, PMCID PMC7098031, DOI 10.7150/ijbs.45472, consulté le 22 mai 2020), p. 1686–1697
  4. a et b SARS-CoV, B.S (2020) Mutation and Recombination.
  5. a et b (en) Patrick C. Y. Woo, Susanna K. P. Lau, Carol S. F. Lam, Candy C. Y. Lau, Alan K. L. Tsang, John H. N. Lau, Ru Bai, Jade L. L. Teng, Chris C. C. Tsang, Ming Wang, Bo-Jian Zheng, Kwok-Hung Chan et Kwok-Yung Yuen, « Discovery of Seven Novel Mammalian and Avian Coronaviruses in the Genus Deltacoronavirus Supports Bat Coronaviruses as the Gene Source of Alphacoronavirus and Betacoronavirus and Avian Coronaviruses as the Gene Source of Gammacoronavirus and Deltacoronavirus », Journal of Virology, vol. 86, no 7,‎ , p. 3995-4008 (PMID 22278237, DOI 10.1128/JVI.06540-11, Bibcode 3302495, lire en ligne, consulté le 6 mars 2020)
  6. « Coronaviruses 101: Focus on Molecular Virology » (consulté le 2 avril 2020).
  7. (en-US) « Coronavirus | Human Coronavirus Types | CDC », sur www.cdc.gov, (consulté le 15 avril 2020)
  8. A. Z. Kapikian, « The coronaviruses », Developments in Biological Standardization, vol. 28,‎ , p. 42–64 (ISSN 0301-5149, PMID 1092577, lire en ligne, consulté le 15 avril 2020)
  9. a et b Cemal BULUT et Yasuyuki KATO, « Epidemiology of COVID-19 », TURKISH JOURNAL OF MEDICAL SCIENCES, vol. 50, no SI-1,‎ , p. 563–570 (ISSN 1303-6165, DOI 10.3906/sag-2004-172, lire en ligne, consulté le 25 avril 2020)
  10. a b et c Marc Gozlan, « Il était une fois les coronavirus », sur https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales, Le Monde, (consulté le 4 avril 2020)
  11. K McIntosh, W B Becker et R M Chanock, « Growth in suckling-mouse brain of "IBV-like" viruses from patients with upper respiratory tract disease. », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 58, no 6,‎ , p. 2268–2273 (ISSN 0027-8424, PMID 4298953, lire en ligne, consulté le 15 avril 2020)
  12. Steven Brocklehurst, « The woman who discovered the first coronavirus », sur https://www.bbc.com, British Broadcasting Corporation, (consulté le 17 avril 2020)
  13. a b et c (en) « COVID-19 Dashboard by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU) », sur gisanddata.maps.arcgis.com (consulté le 14 juin 2020)
  14. « COVID-19 Dashboard by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU) », sur ArcGIS, Johns Hopkins University (consulté le 15 juin 2021)
  15. « COVID-19/Coronavirus Real Time Updates With Credible Sources in US and Canada », sur 1point3acres (consulté le 14 juin 2021)
  16. « COVID-19 India », Ministry of Health and Family Welfare (India) 2021
  17. (pt) « Painel Coronavírus », Ministry of Health (Brazil) (consulté le 13 juin 2021)
  18. (pt-BR) « Brasil registra 2.215 mortes por Covid em 24 horas; média móvel volta a ficar acima de 1,9 mil após 18 dias », G1, (consulté le 11 juin 2021)
  19. « info coronavirus covid-19 », Gouvernement.fr (consulté le 12 juin 2021)
  20. « COVID-19 : bilan et chiffres clés en France », www.santepubliquefrance.fr (consulté le 12 juin 2021)
  21. « Turkiye COVID-19 Hasta Tablosu », sur covid19.saglik.gov.tr (consulté le 14 juin 2021)
  22. (ru) « ru:Оперативные данные », sur Стопкоронавирус.рф (consulté le 15 juin 2021)
  23. « Coronavirus (COVID-19) in the UK », sur coronavirus.data.gov.uk (consulté le 14 juin 2021)
  24. (it) « COVID-19 ITALIA », sur opendatadpc.maps.arcgis.com, Protezione Civile (consulté le 13 juin 2021)
  25. (es) « Información epidemiológica », Ministerio de Salud (consulté le 14 juin 2021)
  26. (de) « Corona-Karte Deutschland: COVID-19 live in allen Landkreisen und Bundesländern », sur Tagesspiegel (consulté le 12 juin 2021)
  27. (de) « Wie sich das Coronavirus in Ihrer Region ausbreitet », Zeit Online (consulté le 12 juin 2021)
  28. (es) « La pandemia del coronavirus, en datos, mapas y gráficos », sur RTVE (consulté le 15 juin 2021)
  29. « CORONAVIRUS COLOMBIA », sur Instituto Nacional De Salud, (consulté le 13 juin 2021)
  30. (en) « COVID-19 kills 187 more Iranians over past 24 hours », IRNA,‎ (lire en ligne)
  31. (pl) « Ministerstwo Zdrowia », Ministry of Health (Poland), (consulté le 15 juin 2021)
  32. (es) « Covid-19 Mexico », Instituciones del Gobierno de México (consulté le 15 juin 2021)
  33. (uk) « uk:За весь час пандемії в Україні », Ministry of Healthcare (Ukraine),‎ (consulté le 15 juin 2021)
  34. « Coronavirus epidemic monitoring system », National Security and Defense Council of Ukraine (consulté le 15 juin 2021)
  35. (es) Ministry of Health (Peru), « Sala Situacional COVID-19 Perú »,
  36. (es) « Resultados de busqueda », sur gob.pe (consulté le 15 juin 2021)
  37. « Peta Sebaran » (consulté le 15 juin 2021)
  38. « COVID-19 Statistics in South Africa », sur sacoronavirus.co.za, (consulté le 14 juin 2021)
  39. « Department of Health », Department of Health (South Africa), (consulté le 13 juin 2021)
  40. (cs) « Aktuálně o koronaviru », Ministry of Health of the Czech Republic (consulté le 15 juin 2021)
  41. (nl) « Actuele informatie over het nieuwe coronavirus (COVID-19) », RIVM, (consulté le 11 juin 2021)
  42. « Statistieken over het Coronavirus en COVID-19 », sur allecijfers.nl (consulté le 11 juin 2021)
  43. (es) « Casos confirmados COVID-19 », Gobierno de Chile (consulté le 14 juin 2021)
  44. « Tracking every case of COVID-19 in Canada », CTV News, (consulté le 12 juin 2021)
  45. « Covid-19: Outbreak update », Government of Canada,
  46. « COVID-19 Case Bulletin », Department of Health (Philippines) (consulté le 15 juin 2021)
  47. « COVID-19 Tracker », Department of Health (Philippines) (consulté le 15 juin 2021)
  48. (ar) « ar:الموقف الوبائي اليومي لجائحة كورونا في العراق ليوم الخميس الموافق ٥ تشرين الثاني ٢٠٢٠ », Ministry of Health of Iraq,‎ (consulté le 15 juin 2021)
  49. (ro) « Comunicate de presă », Ministry of Internal Affairs (Romania) (consulté le 15 juin 2021)
  50. (sv) « Antal fall av covid-19 i Sverige – data uppdateras 11:30 och siffrorna är tillgängliga 14:00 », sur Public Health Agency of Sweden – Official statistics at arcgis (consulté le 11 juin 2021) : « "Data updated daily at 11:30 [CEST]" »
  51. (nl) « COVID-19 – Epidemiologische situatie », sur Sciensano (consulté le 15 juin 2021)
  52. (nl) « Coronavirus COVID-19 » (consulté le 15 juin 2021)
  53. « COVID-19 Situation », sur covid.gov.pk, Government of Pakistan (consulté le 15 juin 2021)
  54. (pt) « Ponto de Situação Atual em Portugal », Direção-Geral da Saúde (consulté le 14 juin 2021)
  55. (pt) « Já se encontra disponível o relatório de situação de hoje », Direção-Geral da Saúde (consulté le 14 juin 2021)
  56. (he) « he:נגיף הקורונה בישראל – תמונת מצב כללית » (consulté le 11 juin 2021)
  57. « Tájékoztató oldal a koronavírusról », koronavirus.gov.hu, (consulté le 12 juin 2021)
  58. (bn) « bn:করোনা ভাইরাস ইনফো ২০১৯ », sur corona.gov.bd (consulté le 15 juin 2021)
  59. « কোভিড-১৯ ট্র্যাকার », sur covid19tracker.gov.bd (consulté le 15 juin 2021)
  60. (ja) « ja:新型コロナウイルス感染症の現在の状況と厚生労働省の対応について », Ministry of Health, Labour and Welfare (Japan),‎ (consulté le 15 juin 2021)
  61. « COVID-19 Statistical report », Ministry of Health (Jordan), (consulté le 6 juin 2021)
  62. « Latest Information about COVID-19 in the Republic of Serbia », sur covid19.rs, Ministry of Health (Serbia) (consulté le 14 juin 2021)
  63. « Current situation in Switzerland », Federal Office of Public Health (consulté le 11 juin 2021)
  64. « Cas d'infection au Sars-CoV-2 en Suisse », Tribune de Genève (consulté le 24 décembre 2020)
  65. (de) « Bundesministerium für Inneres: Aktuelle Zahlen zum Corona-Virus », Innenministerium (consulté le 15 juin 2021)
  66. (ms) « Terkini Harian », Ministry of Health (Malaysia), (consulté le 15 juin 2021)
  67. « UAE Coronavirus (COVID-19) Updates », National Emergency Crisis and Disaster Management Authority (UAE), (consulté le 15 juin 2021)
  68. « COVID-19 Dashboard », Ministry of Health and Population (Nepal) (consulté le 15 juin 2021)
  69. (ar) « ar:الجمهورية اللبنانية – وزارة اﻹعلام – الموقع الرسمي لمتابعة أخبار فيروس الكورونا في لبنان », Ministry of Information (Lebanon),‎ (consulté le 15 juin 2021)
  70. « Le Portail Officiel du Coronavirus au Marocco », Ministère de la santé (consulté le 13 juin 2021)
  71. (ar) « COVID 19 Dashboard: Saudi Arabia », Ministry of Health (Saudi Arabia), (consulté le 13 juin 2021)
  72. (es) « Las cifras del COVID-19 en Ecuador » (consulté le 14 juin 2021)
  73. (es) « Salud_Ec », Ministerio de Salud Pública, (consulté le 14 juin 2021)
  74. (bg) « bg:1 352 са новодиагностицираните с COVID-19 лица у нас през изминалото днонощие », Ministry of Health (Bulgaria),‎ (consulté le 12 avril 2021)
  75. « COVID-19 in Bulgaria », sur coronavirus.bg, (consulté le 14 juin 2021)
  76. (el) « el:Δεδομένα για τον κορωνοϊό στην Ελλάδα - Τελευταία Ενημέρωση », Government of Greece,‎ (consulté le 11 juin 2021)
  77. (ru) « Статистика COVID-19 в Беларуси », Onliner.by,‎ (lire en ligne)
  78. « Coronavirus (COVID-19) in the Slovak Republic in numbers », sur korona.gov.sk, National Health Information Center, (consulté le 15 juin 2021)
  79. (ru) « ru:Ситуация с коронавирусом официально », sur coronavirus2020.kz, Kazinform,‎ (consulté le 14 juin 2021)
  80. (kk) « kk:Қазақстан Республикасы Денсаулық сақтау министрлігі », Ministry of Health (Kazakhstan) (consulté le 14 juin 2021)
  81. « Ministerio de Salud de Panamá », Ministry of Health (Panama), (consulté le 15 juin 2021)
  82. (es) « Datos Oficiales », sur Bolivia Segura, (consulté le 15 juin 2021)
  83. « Službena stranica Vlade », Croatian Institute of Public Health (consulté le 15 juin 2021)
  84. (es) « COVID-19 », Ministry of Public Health and Social Welfare (Paraguay), (consulté le 15 juin 2021)
  85. (ar) « The main figures », (consulté le 14 juin 2021)
  86. « StopCOV.ge » (consulté le 15 juin 2021)
  87. (az) « Azərbaycanda cari vəziyyət », sur koronavirusinfo.az, (consulté le 15 juin 2021)
  88. (es) « Situacion Nacional Covid-19 », Ministerio de Salud (Costa Rica), (consulté le 15 juin 2021)
  89. « COVID 19 Updates », Ministry of Health (Kuwait), (consulté le 14 juin 2021)
  90. (es) « Visualizador de casos coronavirus COVID-19 en Uruguay », Sistema Nacional de Emergencias (consulté le 15 juin 2021)
  91. (es) « Comunicados », Sistema Nacional de Emergencias (consulté le 15 juin 2021)
  92. « Homepage », Dominican Today, (consulté le 14 juin 2021)
  93. (da) « Tal og overvågning af COVID-19 », Sundhedsstyrelsen (Danish Health Authority), (consulté le 15 juin 2021)
  94. (da) « Statens Serum Institut – COVID-19 – Danmark », Statens Serum Institut (State Serum Institute) (consulté le 15 juin 2021)
  95. « Relevant information about Coronavirus (COVID-19) », Government of the Republic of Lithuania, (consulté le 15 juin 2021)
  96. (lt) « COVID-19 ligos apžvalga Lietuvoje », sur gislithuania.maps.arcgis.com (consulté le 15 juin 2021)
  97. (am) « Covid-19 », sur covid19.et, (consulté le 14 juin 2021)
  98. (ar) « ar:الصحة: ارتفاع حالات الشفاء من مصابي فيروس ... », Egyptian Ministry of Health and Population,‎ (consulté le 15 juin 2021)
  99. « Latest updates on COVID-19 (Coronavirus) », Department of Health (Ireland),
  100. (ro) « COVID-19 în Republica Moldova: situaţia la zi », sur gismoldova.maps.arcgis.com (consulté le 15 juin 2021)
  101. (es) « Coronavirus », Ministerio de Salud Pública (Guatemala), (consulté le 15 juin 2021)
  102. (sl) « Statistični pregled koronavirusa v Sloveniji », sur www.rtvslo.si, (consulté le 15 juin 2021)
  103. « Coronavirus disease COVID-19 », Ministry of Health (Slovenia), (consulté le 21 mai 2021)
  104. (es) « Secretaría de Salud », Secretary of Health (Honduras), (consulté le 15 juin 2021)
  105. (es) « Coronavirus en Honduras », Secretaria de Salud de Honduras (consulté le 15 juin 2021)
  106. « Daily COVID-19 Report », Ministry of Health (Bahrain), (consulté le 13 juin 2021)
  107. (es) « Estadísticas Venezuela », MPPS COVID Patria, (consulté le 14 juin 2021)
  108. (hy) « hy:Հաստատված դեպքերն ըստ օրերի », NCDC Armenia,‎ (consulté le 15 juin 2021)
  109. « Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) », Ministry of Public Health (Qatar) (consulté le 14 juin 2021)
  110. « Covid-19 cases in Oman », Ministry of Health (Oman), (consulté le 14 juin 2021)
  111. « COVID-19 in Bosnia and Herzegovina », Ministry of Civil Affairs of Bosnia and Herzegovina, (consulté le 14 juin 2021)
  112. « COVID-19 : Live Situational Analysis Dashboard of Sri Lanka », Health Promotion Bureau (Sri Lanka), (consulté le 12 juin 2021)
  113. « Epidemiology Unit », Ministry of Health (Sri Lanka), (consulté le 14 juin 2021)
  114. (ar) « ar:البوابة الجغرافية لمراقبة انتشار فيروس كورونا في ليبيا », National Centre of Disease Control (Libya),‎ (consulté le 14 juin 2021)
  115. « Ministry of Health », Ministry of Health (Kenya), (consulté le 14 juin 2021)
  116. « NCDC Covid-19 Page », Nigeria Centre for Disease Control, (consulté le 15 juin 2021)
  117. « COVID-19 Outbreak », Bangkok Post, (consulté le 27 mai 2021)
  118. (th) « th:ไทยรู้สู้โควิด », Ministry of Health (Thailand),‎ (consulté le 3 mai 2021)
  119. (mk) « Real-time Coronavirus condition in North Macedonia », sur gdi.net (consulté le 12 juin 2021)
  120. « Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Surveillance Dashboard (Myanmar) », Ministry of Health and Sports (Myanmar), (consulté le 14 juin 2021)
  121. (es) « Nota informativa sobre la COVID-19 en Cuba », Ministerio de Salud (Cuba), (consulté le 13 juin 2021)
  122. (es) MINSAPCuba, « Coronavirus en Cuba », sur Twitter, (consulté le 13 juin 2021)
  123. « Coronavirus Disease-19, Republic of Korea », sur ncov.mohw.go.kr, Ministry of Health and Welfare (South Korea) (consulté le 15 juin 2021)
  124. « Press Release », sur kdca.go.kr, Korea Disease Control and Prevention Agency (consulté le 15 juin 2021)
  125. (lv) « Covid-19 izplatība Latvijā », sur covid19.gov.lv, (consulté le 15 juin 2021)
  126. (lv) « Covid-19 Statistika », sur www.spkc.gov.lv, Slimību Profilakses un Kontroles Centrs (Centre for Disease Prevention and Control), (consulté le 15 juin 2021)
  127. (sq) « Lajme Archives », Ministria e Shëndetësisë dhe Mbrojtjes Sociale (consulté le 14 juin 2021)
  128. (sq) « Coronavirus Albania Statistika », Agjencia Kombëtare e Shoqerisë së Informacionit (consulté le 14 juin 2021)
  129. « Information about Coronavirus disease COVID-19 », Estonian Health Board (consulté le 15 juin 2021)
  130. « Koroonaviiruse andmestik », Estonian Health Board (consulté le 15 juin 2021)
  131. « Coronavirus nombre de cas en Algérie », sur coronavirus-statistiques.com, (consulté le 13 juin 2021)
  132. Av Sondre Nilsen, Oda Leraan Skjetne, Yasmin Sfrintzeris, Hanna Haug Røset, Carina Hunshamar, Sofie Fraser et Ole Løkkevik, « Live: Corona-viruset sprer seg i Norge og verden », sur VG Nett (consulté le 15 juin 2021)
  133. (sq) « Covid-19 », sur Koha Ditore, (consulté le 12 juin 2021)
  134. (ru) « ru:Информации », Ministry of Health (Kyrgyz Republic),‎ (consulté le 15 juin 2021)
  135. (ru) « ru:Коронавирусная инфекция (COVID-19) », sur coronavirus.uz,‎ (consulté le 15 juin 2021)
  136. (cnr) « Statistički podaci o COVID/19 », sur covidodgovor.me, Government of Montenegro, (consulté le 14 juin 2021)
  137. ZMPublicHealth, « COVID19 update », sur Twitter,
  138. « COVID-19 Updates », Ghana Health Service, (consulté le 13 juin 2021)
  139. « Situation update on coronavirus [Finland's situation in brief] », Finnish Institute for Health and Welfare, (consulté le 9 juin 2021)
  140. « Varmistetut koronatapaukset Suomessa (COVID-19) », sur experience.arcgis.com, (consulté le 15 juin 2021)
  141. (zh-CN) « zh:截至6月14日24时新型冠状病毒肺炎疫情最新情况 », National Health Commission,‎ (consulté le 15 juin 2021)
  142. « STATISTIQUES COVID-19 », sur covid19.minsante.cm, (consulté le 28 avril 2021)
  143. « Covid-19 dashboard », WHO (consulté le 8 juin 2021)
  144. (es) « SITUACIÓN NACIONAL », sur covid19.gob.sv, Ministry of Health (El Salvador), (consulté le 11 juin 2021)
  145. « COVID-19 Spread in Cyprus », sur covid19.ucy.ac.cy, (consulté le 15 juin 2021)
  146. « Afghanistan Covid-19 Cases », Ministry of Public Health (Afghanistan), (consulté le 14 juin 2021)
  147. (pt) « Início », sur covid19.ins.gov.mz, (consulté le 14 juin 2021)
  148. (pt) « Situação Epidemiológica COVID-19 República de Moçambique », Ministério da Saúde, (consulté le 14 juin 2021)
  149. « Coronavirus: COVID-19 », Government of Luxembourg, (consulté le 15 juin 2021)
  150. « COVID-19 Statistics Dashboard », Ministry of Health (Maldives), (consulté le 6 juin 2021)
  151. « COVID-19 Situation Report [Current Situation] », Ministry of Health (Singapore), (consulté le 15 juin 2021)
  152. « Mongolian COVID-19 Coronavirus Tracker », sur covid19mongolia.mn, Ministry of Health (Mongolia), (consulté le 15 juin 2021)
  153. « Summary of the national update », Ministry of Health and Social Services (Namibia), (consulté le 14 juin 2021)
  154. « COVID-19 Botswana Dashboard », sur covid19portal.gov.bw, Government of Botswana, (consulté le 10 juin 2021)
  155. « COVID-19 », Ministry of Health and Wellness (Jamaica), (consulté le 11 juin 2021)
  156. « COVID-19 Clinical Management Summary », Ministry of Health and Wellness (Jamaica), (consulté le 15 juin 2021)
  157. « COVID -19: point de la situation de la maladie à coronavirus du 30 avril 2021 », sante.gouv.ci, (consulté le 1er mai 2020)
  158. (en) « Ministère de la Santé et de l'Hygiène Publique », (consulté le 15 juin 2021)
  159. « MoH Uganda: COVID-19 Information Portal », sur covid19.gou.go.ug, Ministry of Health (Uganda), (consulté le 11 juin 2021)
  160. Ministry of Health- Uganda (@MinofHealthUG), « Covid-19 Daily Updates », sur Twitter, (consulté le 14 juin 2021)
  161. « Coronavirus : Riposte à l'épidémie : Tableau Récapitulatif des dons" », Ministry of Health and Social Action (Senegal), (consulté le 8 juin 2021)
  162. « Situation Covid-19 », Ministry of Public Health (Madagascar), (consulté le 12 juin 2021)
  163. « Madagascar: WHO Coronavirus Disease (COVID-19) Dashboard », sur covid19.who.int (consulté le 14 juin 2021)
  164. MoHCCZim, « COVID-19 update: As at 14 June 2021 », sur Twitter, (consulté le 15 juin 2021)
  165. (ar) « ar:التقرير الوبائي لكوفيد_19، ليوم الإثنين الموافق التقارير الوبائية لكوفيد_19، ليوم الخميس والجمعة والسبت ٥ يونيو. »,‎ (consulté le 13 juin 2021)
  166. (pt) « Últimos dados sobre o COVID-19 », COMISSÃO INTERMINISTERIAL DE ANGOLA - CISP, (consulté le 15 juin 2021)
  167. « Covid 19 National Information Dashboard », Ministry of Health and Population (Malawi), (consulté le 14 juin 2021)
  168. « Situation Épidémiologique en RDC », sur stopcoronavirusrdc.info, (consulté le 30 avril 2021)
  169. « Situation Épidémiologique Covid-19 En Republique Democratique du Congo au 13 Juin 2021 », CMR COVID-19, (consulté le 14 juin 2021)
  170. (km) « km:ចំនួនករណីឆ្លងជំងឺកូវីដសរុប », Ministry of Health (Cambodia),‎ (consulté le 11 mai 2021)
  171. (km) « km:ក្រសួងសុខាភិបាលនៃព្រះរាជាណាចក្រកម្ពុជា », Ministry of Health of the Kingdom of Cambodia,‎ (consulté le 15 juin 2021)
  172. « Official COVID-19 figures », Ministry of Health (Malta), (consulté le 15 juin 2021)
  173. (pt) « Situação Atual », sur covid19.cv, (consulté le 13 juin 2021)
  174. « Coronavirus (COVID-19) current situation and case numbers », Australian Government Department of Health, (consulté le 15 juin 2021)
  175. « Covid-19 Rwanda Cases », Rwanda Biomedical Centre (consulté le 10 juin 2021)
  176. Rwanda Ministry of Health (@RwandaHealth), « Amakuru Mashya Update », sur Twitter,
  177. « Syrian Arab Republic », Syrian Ministry of Health, (consulté le 10 juin 2021)
  178. « Situations Épidémiologique au Gabon », sur infocovid.ga, Comité de Pilotage du Plan de Veille, (consulté le 15 juin 2021)
  179. « Trinidad and Tobago COVID-19 (Novel Coronavirus) UPDATE#740 », sur health.gov.tt (consulté le 30 mai 2021)
  180. « Ministry of Health, Trinidad & Tobago: COVID-19 Tracker », sur experience.arcgis.com (consulté le 14 juin 2021)
  181. « Situation du coronavirus en Guinée », Agence Nationale de Sécurité Sanitaire, (consulté le 11 juin 2021)
  182. « Mauritania COVID-19 Situation Report 2021-04-18AR », Ministère de la Santé Mauritania,
  183. (ar) « ar:حالة اليوم », Ministère de la Santé du Mauritania,‎
  184. EswatiniGovern1, « COVID-19 Update », sur Twitter, (consulté le 15 juin 2021)
  185. « Home », Ministry of Health (Guyana) (consulté le 15 juin 2021)
  186. « Covid-19 In PNG Statistics », sur covid19.info.gov.pg, Joint Agency Task Force National Control Centre for COVID-19, Government of Papua New Guinea, (consulté le 13 juin 2021)
  187. (nl) « COVID-19 », sur COVID SURINAME (consulté le 15 juin 2021)
  188. « COVID-19 Dashboard, Somalia », Ministry of Health (Somalia), (consulté le 8 juin 2021)
  189. « COVID-19 : Situation en Haiti », Ministère de la Santé Publique et de la Population du Republique d'Haiti (consulté le 15 juin 2021)
  190. « Du Ministere de la sante et du développement social sur le suivi des actions de prevention et de riposte face a la maladie a coronavirus », sur sante.gov.ml, (consulté le 12 juin 2021)
  191. (ca) « Coronavirus updates », sur www.govern.ad, Govern d'Andorra, (consulté le 15 juin 2021)
  192. (ru) « COVID-19: Шабонарӯзи охир дар Тоҷикистон ягон ҳолати нави гирифторшавӣ ба ин беморӣ ба қайд гирифта нашуд » (consulté le 18 mars 2021)
  193. « Tajikistan: WHO Coronavirus Disease (COVID-19) Dashboard », sur covid19.who.int (consulté le 1er mai 2021)
  194. « Situation au Togo », sur covid19.gouv.tg, Government of Togo, (consulté le 15 juin 2021)
  195. « Service d'Information du Gouvernement – Burkina Faso », (consulté le 15 juin 2021)
  196. « Maladie à coronavirus : 00 nouveaux cas confirmés, 08 guérisons et 00 décès à la date du 02 mai 2021 », Service d'Information du Gouvernement du Burkina Faso (consulté le 5 mai 2021)
  197. « Belize COVID-19 Cumulative Report SARSCoV2 Lab Screenings », (consulté le 15 juin 2021)
  198. « Coronavirus Disease (COVID-19) in HK », Hong Kong, Department of Health, (consulté le 15 juin 2021)
  199. « COVID-19 Report Update #443 », Ministry of Health (Bahamas) (consulté le 15 juin 2021)
  200. (en) « WHO daily Report », sur www.who.int (consulté le 4 juin 2021)
  201. « Ministere de la Sante, de la Population, de la Promotion de la Femme et de l'integration de la Femme au Developpement », sur www.sante.gouv.cg (consulté le 31 octobre 2020)
  202. « COVID-19 Local Situation », Ministry of Health (Seychelles), (consulté le 27 mai 2021)
  203. « COVID-19 in Seychelles », Ministry of Health (Seychelles), (consulté le 15 juin 2021)
  204. « Communique De Presse COVID-19 », (consulté le 15 juin 2021)
  205. nacosec, « Lesotho COVID-19 Statistics », sur Twitter,
  206. « Update on COVID-19 Response », Ministry of Health Republic of South Sudan, (consulté le 27 mai 2021)
  207. (es) « Covid 19 de Guinea Ecuatorial », Guinea Ecuatorial Salud, (consulté le 15 juin 2021)
  208. « COVID-19 全球即時疫情地圖 »,‎ (consulté le 15 juin 2021)
  209. « Coronavirus (Covid-19) », Gouvernement de la République du Bénin, (consulté le 11 juin 2021)
  210. (es) « Estadísticas de COVID-19 en Nicaragua », Observatorio Ciudadano, (consulté le 12 juin 2021)
  211. (vi) « Trang Tin Về Dịch Bệnh Viêm Đường Hô Hấp Cấp Covid-19 », Ministry of Health (Vietnam), (consulté le 15 juin 2021)
  212. (en) « WHO daily Report », sur www.who.int (consulté le 8 juin 2021)
  213. Ministère de la Santé et de la Population (@MSPCentrafrique), « Communiqué de Presse », sur Twitter,
  214. « [Current Situation] COVID-19 cases in Timor-Leste », COVID-19 Timor-Leste Dashboard, (consulté le 8 juin 2021)
  215. (ar) YSNECCOVID19, « ar:آخر إحصائيات انتشار فيروس #كورونا في #اليمن#معا_لمواجهة_كورونا », sur Twitter (consulté le 14 juin 2021) Missing or empty |date= (help)
  216. (is) « COVID-19 á Íslandi – Tölfræði », sur www.covid.is (consulté le 15 juin 2021)
  217. « The Gambia COVID-19 Outbreak Situational Report », Ministry of Health (The Gambia), (consulté le 15 juin 2021)
  218. « Press release from the Minister of Public Health », Niger Ministry of Public Health, (consulté le 1er mai 2021)
  219. « Communiqué du 14/06/2021 », (consulté le 15 juin 2021)
  220. « Aggiornamento settimanale epidemia COVID-19 e andamento Campagna Vaccinale al 31 maggio 2021 », Istituto per la Sicurezza Sociale di San Marino (consulté le 31 mai 2021)
  221. « Saint Lucia's COVID-19 Dashboard [Statistics] », Ministry of Health and Wellness (Saint Lucia), (consulté le 15 juin 2021)
  222. « WHO daily Report », sur www.who.int (consulté le 20 avril 2021)
  223. « Communiqué N* 424 de la Coordination Nationale de Riposte Sanitaire », Ministère de la Santé Publique du Tchad, (consulté le 15 juin 2021)
  224. (en) « Burundi: WHO Coronavirus Disease (COVID-19) Dashboard », sur covid19.who.int (consulté le 14 juin 2021)
  225. « The Ministry of Information and Communication – Sierra Leone » (consulté le 14 juin 2021)
  226. « Announcement from the Ministry of Health », Eritrea Ministry Of Information (consulté le 14 juin 2021)
  227. Coordination Comores Contre COVID-19, « Pandémie COVID -19/ Union des Comores Communiqué N°261 »,
  228. (pt) « Dashboard Bissau Covid », sur Dados Bissau (consulté le 14 juin 2021)
  229. « Boletim Epidemiológico Semanal de 19 a 25 de Abril de 2021 Nr.34 », sur Alto Comissariado para a Covid-19 (consulté le 27 avril 2021)
  230. (de) « Ministerium für Gesellschaft », (consulté le 14 juin 2021)
  231. « Covid-19 : un nouveau cas positif ce dimanche 13 juin », Government of the Principality of Monaco, (consulté le 14 juin 2021)
  232. (pt) « Situação Actual em São Tomé e Príncipe », sur covid.ms.gov.st, Ministério da Saúde (São Tomé e Príncipe), (consulté le 15 juin 2021)
  233. « COVID-19 – Latest updates », sur covid19.govt.nz, Government of New Zealand, (consulté le 5 mai 2021)
  234. « COVID-19 – current cases », Ministry of Health (New Zealand), (consulté le 14 juin 2021)
  235. « Liberia COVID-19 Daily Case Update By County », (consulté le 13 juin 2021)
  236. (lo) « ຄະນະສະເພາະກິດເພື່ອປ້ອງກັນ, ຄວບຄຸມ ແລະ ແກ້ໄຂການລະບາດ: ຂອງພະຍາດອັກເສບປອດ ຈາກເຊື້ອຈຸລະໂລກສາຍພັນໃຫມ່ (COVID-19) », sur covid19.gov.la, Laos Coronavirus Task Force,‎ (consulté le 15 juin 2021)
  237. « COVID-19 In Bhutan », Government of Bhutan (consulté le 14 juin 2021)
  238. « COVID-19 Updates & News in Mauritius », sur covid19mu.com, Ministry of Health and Wellness (Mauritius), (consulté le 14 juin 2021)
  239. « Home », sur COVID19.gov.ag, Government of Antigua and Barbuda, (consulté le 14 juin 2021)
  240. (ja) « ja:国内感染者1万6395人 死者773人(クルーズ船除く)新型コロナ », sur nhk.or.jp,‎
  241. « How lax rules, missed warnings led to Japan's second coronavirus cruise-ship hot spot », sur Reuters, (consulté le 9 mai 2020)
  242. « Covid-19: Tanzania updates will resume after improvements at national laboratory », THECITIZEN (consulté le 8 mai 2020)
  243. « Zanzibar confirms 29 new cases, plus 11 recoveries », ippmedia.com (consulté le 8 mai 2020)
  244. « COVID-19 Updates », Ministry of Health and Medical Services, (consulté le 15 juin 2021)
  245. « One new import case COVID-19 reported today, 07 May 2021 » [PDF], Ministry of Health (Brunei), (consulté le 7 mai 2021)
  246. « Latest News », Ministry of Health (Brunei) (consulté le 11 juin 2021)
  247. (en) « COVID-19 Update: One New Case  », sur Governemental Information Service (consulté le 30 octobre 2020).
  248. « Dominica Coronavirus Update », Ministry of Health, Wellness and New Health Investment Response to COVID-19 (Commonwealth of Dominica), (consulté le 11 juin 2021)
  249. « COVID-19 Update COVID-19 Grenada Dashboard », Ministry of Health (Grenada), (consulté le 28 avril 2021)
  250. « Four New COVID-19 Cases From Canada And The UK », sur The official website of the Government of Saint Vincent and the Grenadines, The Government of Saint Vincent and the Grenadines, (consulté le 14 décembre 2020)
  251. « COVID-19 Report As At December 1st, 2020 », sur National Emergency Management Organisation (NEMO), (consulté le 2 décembre 2020)
  252. « Government of St. Kitts and Nevis – COVID – 19 Updates » (consulté le 14 juin 2021)
  253. « St.Kitts-Nevis COVID-19 Situation Report No. 427 », Government of St. Kitts and Nevis, (consulté le 2 juin 2021)
  254. « Special webpage against Epidemics », sur www.ssm.gov.mo, (consulté le 9 juin 2021)
  255. « Dichiarazione del Direttore della Sala Stampa della Santa Sede, Matteo Bruni, 06.06.2020 », sur Official The Holy See website (consulté le 7 juin 2020)
  256. « Vaticano, nuovo caso di positività al Covid-19 », sur vaticannews.va (consulté le 17 octobre 2020)
  257. « Le ministère de la Santé publique confirme qu'il continue de respecter les mesures préventives », sur Sahara Press Service (consulté le 25 septembre 2020).
  258. « services médicaux du ministère de la santé ».
  259. « Deal is done: Cruise ship with sick passengers and sister ship will be allowed to dock in Florida », NBC News (consulté le 2 avril 2020)
  260. « Indonesian crew member of virus-hit Zaandam cruise ship dies in Florida », sur South China Morning Post, (consulté le 11 avril 2020)
  261. « Coronavirus: les îles Marshall isolées enregistrent les premiers cas ».
  262. « Samoa records first positive Covid test result », (consulté le 7 décembre 2020)
  263. « Samoa: WHO Coronavirus Disease (COVID-19) Dashboard », sur covid19.who.int (consulté le 1er juin 2021)
  264. « Vanuatu Ministry of Health Covid-19 Updates », sur Vanuatu Ministry of Health COVID-19 Updates, (consulté le 22 mai 2021)
  265. « Vanuatu Situation Report #38 – 3 June 2021 », sur Vanuatu Ministry of Health COVID-19 Updates, (consulté le 5 juin 2021)
  266. (en) « Micronesia: COVID-19 », FICR,‎ (lire en ligne)
  267. « S'informer sur le Coronavirus », sur popsciences.universite-lyon (consulté le 1er avril 2020).
  268. Zhu N., Zhang D., Wang W. et al., « A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019. », The New England Journal of Medicine, vol. 382, no 8,‎ , p. 727-733 (PMID 31978945, PMCID PMC7092803, DOI 10.1056/NEJMoa2001017).
  269. Jacobson E.R (2007) Infectious Diseases and Pathology of Reptiles; CRC Press, Taylor & Francis Group: Boca Raton, FL, États-Unis ; p. 33487–2742 (lien Google Livre)
  270. (en) K. Yagami, K. Hirai et N. Hirano, « Pathogenesis of haemagglutinating encephalomyelitis virus (HEV) in mice experimentally infected by different routes », Journal of Comparative Pathology, vol. 96, no 6,‎ , p. 645–657 (PMID 3546411, PMCID PMC7130377, DOI 10.1016/0021-9975(86)90061-7, lire en ligne, consulté le 17 mai 2020)
  271. a et b (en) Susan J. Bender et Susan R. Weiss, « Pathogenesis of Murine Coronavirus in the Central Nervous System », Journal of Neuroimmune Pharmacology, vol. 5, no 3,‎ , p. 336–354 (ISSN 1557-1890 et 1557-1904, PMID 20369302, PMCID PMC2914825, DOI 10.1007/s11481-010-9202-2, lire en ligne, consulté le 17 mai 2020)
  272. (en) Timothy J Cowley et Susan R Weiss, « Murine coronavirus neuropathogenesis: determinants of virulence », Journal of NeuroVirology, vol. 16, no 6,‎ , p. 427–434 (ISSN 1355-0284 et 1538-2443, DOI 10.1007/BF03210848, lire en ligne, consulté le 17 mai 2020)
  273. Lane, Thomas E et Martin P Hosking. 2010. « The pathogenesis of murine coronavirus infection of the central nervous system. » Critical reviews in immunology 30 (2): 119‐30.
  274. a b et c https://www.humanite.fr/bruno-canard-le-chercheur-qui-avait-alerte-en-2015-sur-le-risque-de-coronavirus-denonce-le-686372
  275. (en) Fang Li, Wenhui Li, Michael Farzan et Stephen C. Harrison, « Structure of SARS Coronavirus Spike Receptor-Binding Domain Complexed with Receptor », Science, vol. 309, no 5742,‎ , p. 1864-1868 (PMID 16166518, DOI 10.1126/science.1116480, JSTOR 3843779, Bibcode 2005Sci...309.1864L, lire en ligne, consulté le 25 janvier 2020)
  276. (en) Thomas C. Holland, Neurovirology in Handbook of Clinical Neurology, 2014 lire en ligne
  277. (en) Fehr, Anthony R, Stanley Perlman. “Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis.” Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) vol. 1282 (2015): 1-23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1 lire en ligne
  278. Cascella M, Rajnik M, Cuomo A, et al. Features, Evaluation and Treatment Coronavirus (COVID-19), in: StatPearls [Internet], StatPearls Publishing, Treasure Island (Floride), janvier 2020, mis à jour le 8 mars 2020 lire en ligne
  279. (en) Shuo Su et Gary Wong, « Epidemiology, Genetic Recombination, and Pathogenesis of Coronaviruses », sur Trends in Microbiology, (DOI 10.1016/j.tim.2016.03.003, consulté le 23 mai 2020), p. 490–502
  280. (en) Lok-Yin Roy Wong et Pak-Yin Lui, « A molecular arms race between host innate antiviral response and emerging human coronaviruses », sur Virologica Sinica, (ISSN 1674-0769, PMID 26786772, PMCID PMC7090626, DOI 10.1007/s12250-015-3683-3, consulté le 23 mai 2020), p. 12–23
  281. (en) Shuo Su et Gary Wong, « Epidemiology, Genetic Recombination, and Pathogenesis of Coronaviruses », sur Trends in Microbiology, (PMID 27012512, PMCID PMC7125511, DOI 10.1016/j.tim.2016.03.003, consulté le 23 mai 2020), p. 490–502
  282. (en) Ping-Kun Hsieh, Shin C. Chang, Chu-Chun Huang et Ting-Ting Lee, « Assembly of severe acute respiratory syndrome coronavirus RNA packaging signal into virus-like particles is nucleocapsid dependent », Journal of Virology, vol. 79, no 22,‎ , p. 13848–13855 (ISSN 0022-538X, PMID 16254320, PMCID 1280188, DOI 10.1128/JVI.79.22.13848-13855.2005, lire en ligne, consulté le 13 mars 2020).
  283. (en) CDC, « Human Coronavirus Types », sur Center for Disease Control Prevention (consulté le 22 janvier 2020).
  284. (en) Liu P, Shi L, Zhang W, He J, Liu C, Zhao C, Kong SK, Loo JF, Gu D, Hu L, « Prevalence and genetic diversity analysis of human coronaviruses among cross-border children », Virology Journal, vol. 14, no 1,‎ , p. 230 (PMID 29166910, PMCID 5700739, DOI 10.1186/s12985-017-0896-0).
  285. Fehr AR, Perlman S, « Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis », Methods in Molecular Biology, vol. 1282,‎ , p. 1–23 (ISBN 978-1-4939-2437-0, PMID 25720466, PMCID 4369385, DOI 10.1007/978-1-4939-2438-7_1).
  286. a et b L'hypothèse du pangolin javanais comme hôte intermédiaire du coronavirus
  287. Coronavirus Disease (COVID-19 cdc.gov, consulté le 02 mars 2020.
  288. « MERS-CoV », Institut Pasteur, (consulté le 29 janvier 2020).
  289. (en-US) CDC, « Middle East Respiratory Syndrome (MERS) », sur Centers for Disease Control and Prevention, (consulté le 29 janvier 2020).
  290. « SRAS », Institut Pasteur, (consulté le 29 janvier 2020).
  291. O.M.S, « Syndrome aiguë respiratoire », sur O.M.S (consulté le 29 janvier 2020).
  292. (en-US) « SARS | Home | Severe Acute Respiratory Syndrome | SARS-CoV Disease | CDC », sur www.cdc.gov, (consulté le 29 janvier 2020).
  293. a b c et d Vincent J. Munster, Marion Koopmans, Neeltje van Doremalen et Debby van Riel, « A Novel Coronavirus Emerging in China — Key Questions for Impact Assessment », The New England Journal of Medicine, vol. 382, no 8,‎ , p. 692–694 (ISSN 0028-4793, DOI 10.1056/NEJMp2000929, lire en ligne, consulté le 3 mars 2020).
  294. a b et c Organisation mondiale de la santé, "Consensus document on the epidemiology of severe acute respiratory syndrome (SARS)", 2003, page 15.
  295. (en) Huijun Chen, Juanjuan Guo, Chen Wang et Fan Luo, « Clinical characteristics and intrauterine vertical transmission potential of COVID-19 infection in nine pregnant women: a retrospective review of medical records », The Lancet, vol. 395, no 10226,‎ , p. 809–815 (ISSN 0140-6736 et 1474-547X, PMID 32151335, DOI 10.1016/S0140-6736(20)30360-3, lire en ligne, consulté le 27 mars 2020).
  296. Corwin A. Robertson, Sara A. Lowther, Thomas Birch et Christina Tan, « SARS and Pregnancy: A Case Report », Emerging Infectious Diseases, vol. 10, no 2,‎ , p. 345–348 (ISSN 1080-6040 et 1080-6059, PMID 15030710, PMCID PMC3322896, DOI 10.3201/eid1002.030736, lire en ligne, consulté le 15 avril 2020)
  297. (en) Kimberly A. Lackey, Ryan M. Pace, Janet E. Williams et Lars Bode, « SARS-CoV-2 and human milk: what is the evidence? », medRxiv,‎ , p. 2020.04.07.20056812 (DOI 10.1101/2020.04.07.20056812, lire en ligne, consulté le 15 avril 2020)
  298. Étude du Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, de Baltimore associée à School of Public Health and Health Sciences du Massachusetts, et à la Ludwig-Maximilians-Universität de Munich.
  299. a et b (en) David L. Swerdlow et Lyn Finelli, « Preparation for Possible Sustained Transmission of 2019 Novel Coronavirus: Lessons From Previous Epidemics », JAMA,‎ (ISSN 0098-7484, DOI 10.1001/jama.2020.1960, lire en ligne, consulté le 12 février 2020).
  300. « Le taux de reproduction de COVID-19 est plus élevé que celui du SRAS ».
  301. https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/02/06/coronavirus-une-affiche-du-ministere-ecarte-trop-vite-le-risque-de-contagion-lors-de-l-incubation_6028658_4355770.html
  302. (en) Smriti Mallapaty, « What the cruise-ship outbreaks reveal about COVID-19 », Nature,‎ , d41586–020–00885-w (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, DOI 10.1038/d41586-020-00885-w, lire en ligne, consulté le 27 mars 2020).
  303. « Coronavirus : la maladie pourrait aussi se transmettre par voie fécale », sur www.pourquoidocteur.fr (consulté le 17 mars 2020).
  304. « Coronavirus : L’OMS indique que le taux de mortalité est de 3,4 % », Intellivoire,‎ (lire en ligne, consulté le 5 mars 2020).
  305. a b c d e et f (en) Jie Cui, Fang Li et Zheng-Li Shi, « Origin and evolution of pathogenic coronaviruses », Nature Reviews Microbiology, vol. 17, no 3,‎ , p. 181–192 (ISSN 1740-1534, DOI 10.1038/s41579-018-0118-9, lire en ligne, consulté le 17 mars 2020).
  306. Coronavirus disease (COVID-19) advice for the public, OMS, 2020.
  307. « Coronavirus – informations et conseils », sur Centre de vaccinations internationales Air France (consulté le 13 mars 2020).
  308. Stockman LJ, Bellamy R, Garner P. SARS: systematic review of treatment effects. PLoS Med. 2006;3:e343. doi:10.1371/journal.pmed.0030343
  309. https://universiteouverte.org/2020/03/04/coronavirus-la-science-ne-marche-pas-dans-lurgence/
  310. Zhu, M. 2004. SARS immunity and vaccination. Cell. Mol. Immunol. 1:193-198
  311. https://sciences-critiques.fr/bruno-canard-demander-un-medicament-des-le-lendemain-dune-epidemie-na-aucun-sens/
  312. coronavirus Study Group ou CSG
  313. Gorbalenya A.E & a. (2020) Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: The species and its viruses – a statement of the Coronavirus Study Group. bioRxiv, https://www.biorxiv. org/content/10.1101/2020.02.07.937862v1.full.pdf.
  314. de Groot RJ, Baker SC, Baric R, Enjuanes L, Gorbalenya AE, Holmes KV, Perlman S, Poon L, Rottier PJ, Talbot PJ, Woo PC, Ziebuhr J, Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, Oxford, Elsevier, , 806–828 p. (ISBN 978-0-12-384684-6), « Family Coronaviridae ».
  315. International Committee on Taxonomy of Viruses, « ICTV Master Species List 2009 – v10 » [xls], .
  316. a b et c Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H, [...] Tan W, 2020. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. The Lancet doi: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8.
  317. (en) Kerstin Erles, Kai-Biu Shiu et Joe Brownlie, « Isolation and sequence analysis of canine respiratory coronavirus », Virus Research, vol. 124, no 1,‎ , p. 78–87 (ISSN 0168-1702, DOI 10.1016/j.virusres.2006.10.004, lire en ligne, consulté le 17 mars 2020).
  318. (en) Kerstin Erles, Crista Toomey, Harriet W Brooks et Joe Brownlie, « Detection of a group 2 coronavirus in dogs with canine infectious respiratory disease », Virology, vol. 310, no 2,‎ , p. 216–223 (ISSN 0042-6822, DOI 10.1016/S0042-6822(03)00160-0, lire en ligne, consulté le 17 mars 2020).
  319. (en) « Virus taxonomy: 2018b release », sur ICTV online, (consulté le 24 janvier 2020).

Voir aussi

Sur les autres projets Wikimedia :

Bibliographie

  • (en) Christine V.F. Carrington, Jerome E. Foster, Hua Chen Zhu, Jin Xia Zhang, Gavin J.D. Smith, Nadin Thompson, Albert J. Auguste, Vernie Ramkissoon, Abiodun A. Adesiyun et Yi Guan, « Detection and Phylogenetic Analysis of Group 1 Coronaviruses in South American Bats », Emerging Infectious Diseases journal, Centers for Disease Control and Prevention, vol. 14, no 12,‎ , p. 1890-1893 (DOI 10.3201/eid1412.080642, lire en ligne)
  • Habibzadeh P, Stoneman EK "The Novel Coronavirus: A Bird's Eye View". The International Journal of Occupational and Environmental Medicine. 11 (2): 65–71. doi:10.15171/ijoem.2020.1921. (résumé).
  • Saif, L. J., Wang, Q., Vlasova, A. N., Jung, K., & Xiao, S. (2019). Coronaviruses. Diseases of swine, 488-523.
  • Nathalie Kin et Astrid Vabret, « Les infections à coronavirus humains », sur Revue Francophone des Laboratoires, (PMID 32288826, PMCID PMC7140280, DOI 10.1016/S1773-035X(16)30369-0, consulté le 22 mai 2020), p. 25–33

Infographie

Articles connexes

Liens externes