Variant Omicron du SARS-CoV-2

Cette page est semi-protégée.
Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.

Image d'un spécimen de SARS-CoV-2. Le variant Omicron présente plusieurs mutations sur le péplomère (spicules en vert sur l'image).

Le variant Omicron ([ɔmikʀɔn][1],[2]) du SARS-CoV-2, aussi appelé lignée Pango B.1.1.529 ou identifiant GISAID GR/484A[3], est un variant du coronavirus responsable de la Covid-19. Nommé d'après la lettre grecque Omicron, le premier cas de ce variant est détecté le 9 novembre 2021 au Botswana. Le 26 novembre 2021, il est classé comme variant préoccupant par l'Organisation mondiale de la santé (OMS)[4],[5],[6].

Le variant a d’abord été détecté en Afrique australe durant le mois de novembre, puis s’est propagé jusqu’à représenter 96,3 % des nouveaux cas dans trois états du nord-ouest des États-Unis ; il est devenu majoritaire dans ce pays depuis le [7].

Ce variant possède un nombre inhabituel de mutations, dont plusieurs inédites ou affectant le péplomère. Ces caractéristiques rendent le variant Omicron préoccupant quant à sa transmissibilité ainsi qu'à l'efficacité du système immunitaire ou des vaccins à son égard. En conséquence, plusieurs restrictions d'entrées de voyageurs provenant des pays où il a été détecté ont été mises en place au niveau international afin de limiter sa propagation. Malgré cela, le variant est présent un peu partout dans le monde à la mi-décembre, se propageant à une vitesse inédite selon l'OMS[8].

Les virologues mettent en garde que l'apparition de variants en supplantant d'autres est un phénomène classique dans les épidémies, un variant pouvant avoir une meilleure valeur sélective pour de nombreuses raisons autres qu'une meilleure transmissibilité, notamment à cause de changements dans les habitudes de son hôte humain[9],[10]. Début 2022, une étude s'intéressant à la charge virale d'Omicron et Delta ne trouve aucune différence significative entre ces deux variants[11]. Quelques jours plus tard, une étude danoise suggère que la transmissibilité des variants d'Omicron et Delta ne semble pas différente, les personnes non vaccinées étant aussi susceptibles de contracter l'un ou l'autre variant, mais qu'Omicron semble échapper un peu plus à la vaccination que Delta[12].

Origine

Selon une étude chinoise[13], le variant Omicron, atypique avec ses multiples mutations, résulterait d'une double transmission zoonotique :

  1. de l'humain vers la souris, mi-2020 (transmission d'un virus SARS-CoV-2 de la lignée B.1.1) ;
  2. du rongeur vers l'humain, fin 2021, après s'être adapté aux récepteurs cellulaires de l'animal.

Classification

Nomenclature

L'Organisation mondiale de la santé réserve une désignation en lettres grecques pour les « variants préoccupants »[14],[6].

Le 26 novembre, le groupe consultatif technique de l'OMS sur l'évolution du virus du SRAS-CoV-2 a déclaré que la lignée PANGO B.1.1.529 était un variant préoccupant et l'a désigné par la lettre grecque omicron[4],[5],[6].

L'OMS a sauté les lettres précédentes nu et xi dans l'alphabet grec pour éviter toute confusion avec les similitudes du mot anglais « nouveau » et du nom de famille chinois Xi[5],[6],[15],[16].

Le projet GISAID lui a attribué l'identifiant de clade GR/484A[17] et le projet Nextstrain lui a attribué l'identifiant de clade 21K[18].

Mutations

Arbre phylogénétique du SARS-CoV-2
comportant le variant Omicron
Définition des mutations dans le
variant Omicron SARS-CoV-2
Gène Acide aminé
Cadre de lecture ORF1ab nsp3 : K38R
nsp3 : V1069I
nsp3 : Δ1265
nsp3 : L1266I
nsp3 : A1892T
nsp4 : T492I
nsp5 : P132H
nsp6 : Δ105-107
nsp6 : A189V
nsp12 : P323L
nsp14 : I42V
Protéine Spike A67V
Δ69-70
T95I
G142D
Δ143-145
Δ211
L212I
ins214EPE
G339D
S371L
S373P
S375F
K417N
N440K
G446S
S477N
T478K
E484A
Q493R
G496S
Q498R
N501Y
Y505H
T547K
D614G
H655Y
N679K
P681H
N764K
D796Y
N856K
Q954H
N969K
L981F
Protéine enveloppe T9I
Protéine Membrane (en) D3G
Q19E
A63T
Protéine Nucleocapside (en) P13L
Δ31-33
R203K
G204R
Sources: EDCD Threat Assessment Brief[19] CoVariants [18]

Le variant présente une grande quantité de mutations, dont certaines sont préoccupantes[20] ou non répertoriées dans les autres variants.

Ainsi, 32 mutations affectent le péplomère, principale cible des anticorps et vaccins[21],[22].

Chronologie

Carte des pays concernés par des cas de variant Omicron confirmés le 26 novembre 2021[23].

Le premier spécimen du variant Omicron est recueilli le au Botswana[22]. Il est également détecté en Afrique du Sud[24] et à Hong Kong chez un voyageur de retour d'Afrique du Sud[25],[26]. Un autre cas est identifié en Israël chez un voyageur de retour du Malawi[27] en compagnie de deux autres provenant d'Afrique du Sud et de Madagascar[28]. Un cas est également détecté en Belgique chez un voyageur qui l'aurait éventuellement attrapé en Égypte avant le 11 novembre[29].

Les quatre premiers cas rapportés au Botswana, ainsi que les trois confirmés et suspectés en Israël, proviennent de personnes entièrement vaccinées[30],[31].

Fin novembre 2021, plusieurs États ont pris des mesures envers les voyageurs provenant de pays d'Afrique australe où le variant a été détecté. Certains interdisent les vols en provenance de ces pays, alors que d'autres demandent aux voyageurs de respecter un certain temps de quarantaine[32],[33].

Des inquiétudes à propos du possible impact économique du variant entraînent, en , une chute globale des marchés boursiers, dont le plus important recul de l'année pour le Dow Jones Industrial Average. Le prix des pétroles de type Brent Crude et West Texas Intermediate chute respectivement de 10 % et 11,7 %[34].

Épidémiologie

Une augmentation exponentielle du nombre de cas partout en Afrique du Sud, constatée à partir du 19 novembre 2021, et principalement dans le Gauteng, serait attribuable à la lignée B.1.1.529[35],[20],[36].

Le 27 novembre 2021, le variant est également détecté dans quelques pays d'Europe : Royaume-Uni, Allemagne, Italie, Belgique, Tchéquie[37] ou encore Pays-Bas[38]. Il est également détecté à l'entrée de l'Australie[38].

Le 27 novembre 2021, l'Institut national des maladies transmissibles de l'Afrique du Sud publie que 30 904 tests COVID effectués ont révélé 2 828 nouvelles infections (un quota de 9,2 %) pour un seul jour[39]. Une semaine plus tard, 65 990 tests révélent 16 055 nouvelles infections (un quota de 24,3 % et une croissance de 470 %)[40],[41].

Mi-décembre 2021, le variant Omicron est à l'origine de 40 % des cas de contamination à Londres[42], ce qui est qualifié de « raz-de-marée » par Boris Johnson[43].

À la date du , le variant Omicron ne représente que 0,7 % des cas de Covid-19 aux États-Unis et le variant Delta 99,3 %. À peine deux semaines plus tard, le , il compte pour 73,2 % des cas, le variant Delta ne représentant plus que 26,6 %[44]. Selon une étude préliminaire de l'université de Hong Kong, le variant Omicron se répliquerait 70 fois plus rapidement dans les bronches mais 10 fois moins dans les poumons que le virus originel. Ce résultat indiquerait un virus nettement plus contagieux mais potentiellement moins dangereux ou bien plus dangereux : en fait, ce résultat ne dit pas grand chose autre que le taux de réplication du virus mesuré dans les bronches ou poumons[45].

Le , un communiqué officiel informe du premier mort aux États-Unis, au Texas, en relation avec le variant Omicron. Il s'agit d'un homme de la cinquantaine, non vacciné et qui avait déjà été affecté par la Covid-19[46].

Caractéristiques

Selon l'OMS, le risque de contracter une forme grave est moins important qu'avec les autres formes du Covid-19, mais sa propagation est plus rapide[47]. Une étude de décembre 2021 sur des pseudovirus estime qu'il est quatre fois plus infectieux (et non pas contagieux) que le type naturel et deux fois plus que le variant Delta[48].

Les études initiales en Afrique du Sud publiées en décembre 2021, sur un nombre réduit de patients, mettent en évidence que l'échappement immunitaire est « bien plus important » que celui observé pour les précédents variants. L'action des anticorps produits par les personnes vaccinées (après deux doses du vaccin de Pfizer[49]) est quarante fois moins bonne contre le variant omicron que contre la souche historique. Selon les premières études européennes, le même schéma vaccinal entraînerait une perte d'efficacité totale ou seulement sept fois inférieure. Toutefois, une troisième dose de vaccin rétablirait une protection partielle. Christian Drosten, directeur du département de virologie de l’hôpital universitaire berlinois de la Charité, nuance ces premiers résultats, en soulignant qu'« une réduction de 40 fois l’activité de neutralisation ne signifie pas que la vaccination protégera 40 fois moins. La perte réelle de l’immunité est bien moindre » et la protection contre les formes graves pourrait être conservée[50].

Une étude prépubliée en décembre 2021 menée sur neuf anticorps monoclonaux utilisés en clinique ou en phase de développement préclinique montre que six d'entre eux sont totalement inefficaces face au variant Omicron, tandis que les trois autres voient leur efficacité diminuée de 3 à 80 fois par rapport à leur action sur le variant Delta. Les tests menés sur des sujets un mois après une troisième dose du vaccin Pfizer montrent son efficacité contre le variant Omicron, mais également que ce variant nécessite une quantité d'anticorps de 5 à 31 fois supérieure à celle nécessaire pour le variant Delta pour être neutralisé. La durée de cette efficacité n'est toujours pas connue. La même étude montre par contre que des patients ayant été symptomatiques il y a plus de 12 mois ou ayant reçu les deux doses du vaccin Pfizer il y a plus de cinq mois ne sont quasiment pas protégés contre le variant Omicron[51],[52].

Une prépublication de l'Imperial College parue le suggère un plus faible risque d'hospitalisation avec le variant Omicron qu'avec le variant Delta, en notant toutefois une population plus jeune touchée par le variant Omicron donc moins à risque[53].

Efficacité des vaccins avec le variant Omicron

Une étude publiée en décembre 2021 ayant testé l'efficacité de six vaccins face au variant Omicron observe que seuls 3 patients sur 13 ayant reçu deux doses du BBIBP-CorV de Sinopharm, 1 patient sur 12 ayant reçu le vaccin Janssen et aucun des 11 patients complètement vaccinés avec le Spoutnik V généraient des anticorps neutralisants contre le variant Omicron. Les trois autres vaccins testés, d'AstraZeneca, Moderna et Pfizer–BioNTech, étaient également moins efficaces avec seulement deux doses[54].

Le 8 décembre 2021, le Conseil scientifique émet un avis annonçant : « La dose de rappel de Moderna est actuellement de 50 µg. Elle pourrait être augmentée dans les semaines qui viennent à 100 µg pour induire une meilleure réponse immunologique vis-à-vis du variant Omicron »[55]. Un communiqué de presse de Moderna du 20 décembre affirme que la dose de 50 µg augmente le niveau des anticorps neutralisants contre le variant Omicron d'un facteur 37, celle à 100 µg d'un facteur 83[56].

Sous-variants d'Omicron

Comme les autres variants, le variant Omicron (BA.1), au cours de sa propagation, finit par muter et produire à son tour des sous variants. C'est le cas des variants BA.2 et BA.3, qui présentent des mutations différentes de celles de BA.1, l'Omicron classique. En janvier 2022 au Danemark, le sous-variant BA.2 a déjà remplacé BA.1, un phénomène également constaté au Royaume-Uni, aux États-Unis et en Norvège, selon l'Institut Statens Serum à Copenhague[57].

Notes et références

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « SARS-CoV-2 Omicron variant » (voir la liste des auteurs).
  1. Définitions lexicographiques et étymologiques de « omicron » dans le Trésor de la langue française informatisé, sur le site du Centre national de ressources textuelles et lexicales.
  2. Le Petit Robert (2022).
  3. « Suivi des variants du SARS-COV-2 », Organisation Mondiale de la Santé
  4. a et b (en) « Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern », sur World Health Organization, (consulté le )
  5. a b et c (en-GB) Marcus Parekh, Poppie Platt, Global Health Security Team et Joe Barnes, « Coronavirus latest news: EU suspends all flights to southern Africa over omicron Covid variant fears », The Telegraph,‎ (ISSN 0307-1235, lire en ligne, consulté le )
  6. a b c et d (en) David Meyer, « What's Omicron? Here's what we know and don't know about the new COVID variant that's roiling markets and air travel », sur Fortune, (consulté le )
  7. « COVID-19 | Le variant Omicron désormais largement majoritaire », sur La Presse, (consulté le )
  8. https://www.lequotidien.com/2021/12/14/le-variant-omicron-se-propage-a-un-rythme-inedit-appel-a-la-mobilisation-de-loms-9e1bf00f4092579bec5627eca13ed653
  9. (en) Amy B. Rosenfeld et Vincent R. Racaniello, « Human Behavior During the Pandemic Is More Important Than Any Covid Variant », (consulté le )
  10. « What is the Delta variant and why is it spreading so quickly? », sur CGTN, (consulté le )
  11. Olha Puhach, Kenneth Adea, Nicolas Hulo, Pascale Sattonnet, Camille Genecand, Anne Iten, Frédérique Jacquérioz Bausch, Laurent Kaiser, Pauline Vetter, Isabella Eckerle, Benjamin Meyer, Infectious viral load in unvaccinated and vaccinated patients infected with SARS-CoV-2 WT, Delta and Omicron, (prépublication), Cold Spring Harbor Laboratory (d), Voir et modifier les données sur Wikidata
  12. (en) Frederik Plesner Lyngse, Laust Hvas Mortensen, Matthew J. Denwood, Lasse Engbo Christiansen, Camilla Holten Møller, Robert Leo Skov, Katja Spiess, Anders Fomsgaard, Maria Magdalena Lassaunière, Morten Rasmussen, Marc Stegger, Claus Nielsen, Raphael Niklaus Sieber, Arieh Sierra Cohen, Frederik Trier Møller, Maria Overvad, Kåre Mølbak, Tyra Grove Krause et Carsten Thure Kirkeby, « SARS-CoV-2 Omicron VOC Transmission in Danish Households », MedRxiv, Cold Spring Harbor Laboratory (d),‎ (DOI 10.1101/2021.12.27.21268278)Voir et modifier les données sur Wikidata
  13. (en) Wei Changshuo, Shan Ke-Jia, Wang Weiguang, Zhang Shuya, Huan Qing, Qiana Wenfeng, « Evidence for a mouse origin of the SARS-CoV-2 Omicron variant », J Genet Genomics.,‎ , S1673-8527(21)00373-8. (DOI 10.1016/j.jgg.2021.12.003, lire en ligne, consulté le ).
  14. (en-GB) « Countries are scrambling to stop a new covid variant », The Economist,‎ (lire en ligne[archive du ], consulté le )
  15. (en-US) Vimal Patel, « How Omicron, the New Covid-19 Variant, Got Its Name », The New York Times,‎ (ISSN 0362-4331, lire en ligne[archive du ], consulté le )
  16. (en-US) « There are several COVID-19 variants you haven't heard of » [archive du ], sur NewsNation Now, (consulté le )
  17. « In focus » [archive du ], sur gisaid.org, GISAID, (consulté le ) : « The unique mix of spike amino acid changes in Omicron GR/484A (B.1.1.529) is of interest as it comprises several that were previously known to affect receptor binding and antibody escape. »
  18. a et b « Variant: 21K (Omicron) » [archive du ], sur covariants.org, CoVariants, (consulté le ) : « Variant 21K (Omicron) appears to have arisen in November 2021, possibly in South Africa. »
  19. « Implications of the emergence and spread of the SARS-CoV-2 B.1.1.529 variant of concern (Omicron) for the EU/EEA » [archive du ], sur ecdc.europa.eu (consulté le )
  20. a et b (en) Luke Hurst, « What we know so far about the B.1.1.529 'Omicron' COVID variant causing concern », Euronews,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  21. (en) Clive Cookson et Oliver Barnes, « What we know about Omicron variant that has sparked global alarm », Financial Times,‎ (lire en ligne, consulté le )
  22. a et b (en) Ewen Callaway, « Heavily mutated coronavirus variant puts scientists on alert », Nature,‎ (DOI 10.1038/d41586-021-03552-w, lire en ligne)
  23. (en-US) « Tracking COVID-19 variant Omicron », sur BNO News, (consulté le )
  24. (en) « outbreak.info », sur outbreak.info (consulté le )
  25. (en)Covid: New heavily mutated variant B.1.1.529 in South Africa raises concern, 25 novembre 2021, BBC News, consulté le 25 novembre 2021
  26. Suivi des variants du SARS-CoV-2 (Tables: Currently designated Variants Under Monitoring -describes 529 variant as present in 'Multiple countries'- and 'Formerly monitored variants'- B.1.523 & B.1.619 Reclassified Nov 2021). www.who.int, consulté le 25 novembre 2021
  27. (en)BNODesk, « Statement from Israel's health ministry reporting 1 confirmed case of new coronavirus variant B.1.1.529 », sur Twitter, (consulté le )
  28. (he)14:30 4 מאומתים לווריאנט החדש התגלו בארץ, רה"מ יקיים מסיבת עיתונאים, consulté le 26 novembre 2021
  29. (en) Reuters, « Belgium detects first case of new COVID-19 variant in Europe », Reuters,‎ (lire en ligne, consulté le )
  30. (en)Four cases of the new COVID-19 variant recorded in Botswana, 25 novembre 2021, Mmegi Online, consulté le 26 novembre 2021
  31. (en)BNODesk, « Statement from Israel's health ministry reporting 1 confirmed case of new coronavirus variant B.1.1.529 », sur Twitter, (consulté le )
  32. (en) Annie Linskey, « U.S. to restrict travel from South Africa and other countries as it assesses risks of new omicron variant », sur Washington Post, (consulté le )
  33. (en-CA) Marieke Walsh et Laura Stone, « COVID-19 variant of concern Omicron causes Canada to impose restrictions on travel from southern parts of Africa », The Globe and Mail,‎ (lire en ligne, consulté le )
  34. (en) Aaron Gregg, « Dow plunges more than 900 points as new coronavirus variant sends global markets reeling », sur Washington Post, (consulté le )
  35. « Qu’est-ce que ce nouveau variant en Afrique du Sud? », 26novembre 2021.
  36. « Patients Omicron  : des « symptômes légers », selon un médecin sud-africain », sur ici.radio-canada.ca, (consulté le ).
  37. CNEWS, « DIRECT - Coronavirus : le variant Omicron est arrivé en Europe », sur cnews.fr, (consulté le ).
  38. a et b Covid-19 : le variant Omicron détecté dans plusieurs pays d’Europe, Israël va fermer ses frontières aux étrangers, Le Monde, Novembre 2021
  39. (en)www.nicd.ac.za: latest confirmed cases of COVID-19 in South Africa (26 novembre 2021)
  40. (en)www.nicd.ac.za: LATEST CONFIRMED CASES OF COVID-19 IN SOUTH AFRICA (3 décembre 2021)
  41. (en) nicd.ac.za: GIS dashboard (données statistiques)
  42. « Coronavirus : Omicron à l'origine d'environ 40% des infections à Londres », sur La Tribune,
  43. « Face au « raz-de-marée Omicron », le Royaume-Uni mise sur la troisième dose de vaccin », sur Ouest-France,
  44. (en) « Monitoring Variant Proportions », sur CDC COVID Data Tracker, (consulté le )
  45. (en) « HKUMed finds Omicron SARS-CoV-2 can infect faster and better than Delta in human bronchus but with less severe infection in lung », LKS Faculty of Medicine News, (Université de Hong Kong),‎ (lire en ligne, consulté le ).
  46. (en) Maroosha Muzaffar, « Unvaccinated Texas man first in US to die of Omicron variant », The Independent,‎ (lire en ligne)
  47. « Omicron : l'OMS assure que ce nouveau variant ne provoque pour l'heure que des formes "légères" du Covid-19 », sur La Dépêche,
  48. (en) Wilfredo F Garcia-Beltran (et al.), « mRNA-based COVID-19 vaccine boosters induce neutralizing immunity against SARS-CoV-2 Omicron variant », medRxiv,‎ (lire en ligne)
  49. « Décembre à la maison, Noël Omicron », sur Les Jours, (consulté le )
  50. « Le variant omicron contourne davantage nos défenses mais sa gravité reste en question », sur Libération,
  51. « Covid-19 - Omicron : résistant à la plupart des anticorps monoclonaux mais neutralisé par la 3e dose », sur Institut Pasteur, (consulté le )
  52. (en) Delphine Planas, Nell Saunders et Piet Maes (et al.), « Considerable escape of SARS-CoV-2 variant Omicron to antibody neutralization », BioRxiv,‎ (lire en ligne)
  53. (en) Neil Ferguson, Azra Ghani, Wes Hinsley et Erik Volz, « Report 50: Hospitalisation risk for Omicron cases in England », Imperial College,‎ (lire en ligne)
  54. (en) « Sinopharm, Johnson & Johnson, Sputnik vaccines weaker against omicron – study », Gulf Business,‎ (lire en ligne)
  55. https://www.bfmtv.com/sante/variant-omicron-le-conseil-scientifique-recommande-d-augmenter-la-dose-de-rappel-de-moderna_AN-202112140279.html
  56. (en) « Moderna Announces Preliminary Booster Data and Updates Strategy to Address Omicron Variant », sur investors.modernatx.com, (consulté le )
  57. Statens Serum Institut (Danemark), le 20 janvier 2022 (en)[1]

Voir aussi

Articles connexes

Liens externes