Variants Kappa et Delta du SARS-CoV-2

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Nombre de séquençages B.1.617 par pays au 21 avril 2021[1].
Legend:
  • >100 séquences confirmées
  • 2–99 séquences confirmées
  • 1 séquences confirmées
  • Absence ou absence de donnée
  • Les variants B.1.617, nommés aussi G / 452R. V3[2] et fréquemment surnommés « variant indien », sont des variants du SARS-CoV-2. Ils sont identifiés pour la première fois dans le Maharashtra, en Inde[3] le [4]. Ils sont identifiés dans le clade 20A sous le système de classification phylogénétique Nextstrain[5]. La sous-lignée B.1.617.1 est nommée variant Kappa par l'OMS, et la sous-lignée B.1.617.2, variant Delta[6].

    « Double mutant »[modifier | modifier le code]

    Détecté le près de Nagpur en Inde, le variant B.1.617(.1) présente 15 mutations dont deux affectent le domaine de liaison de la protéine spiculaire :

    • L452R, détectée chez les variants B.1.427/B.1.429 (Californie)[7] ;
    • E484Q, affectant le même acide aminé que la mutation E484K des variants sud-africains et brésiliens[8].

    Ces deux dernières mutations sont préoccupantes car elles pourraient lui permettre d'échapper aux anticorps (post-infection ou vaccinaux)[1],[9]. Elles lui valent le qualificatif — impropre[Note 1] — de « double mutant »[10].

    Le , ce variant B.1.617 a été classé comme « préoccupant » par l'OMS[11]. Le , l'OMS note qu'il « pourrait y avoir des différences importantes entre les trois sous-lignées » mais que « les données actuellement disponibles sont trop limitées » pour pouvoir les différencier[12].

    Des cas de mucormycose[Note 2] sont signalés en Inde chez des patients guéris de la Covid-19[13]. Il semblerait toutefois que ce soit la conjonction d'un diabète de type 2[14] et d'un traitement à base de corticoïdes affaiblissant le système immunitaire qui favorise l'infection mucorale et non le virus SARS-CoV-2 lui-même[15].

    Le , l'OMS adopte des lettres grecques pour nommer les variants les plus importants, en remplacement de leur origine géographique, potentiellement stigmatisante :

    • la lignée B.1.617.1 devient le variant Kappa et est déclassé variant d’intérêt ;
    • la lignée B.1.617.2, la plus dynamique, devient le variant Delta, classé variant préoccupant ;
    • la troisième lignée s'est peu répandue hors de l'Inde.

    Le variant Delta se déploie en Europe (4e vague) au détriment du variant Alpha. Il se caractérise par :

    Propagation[modifier | modifier le code]

    En , il s'était propagé dans au moins huit pays. Des rapports de terrain le décrivent comme plus contagieux[17].

    Santé publique France écrit le  : « Ce variant a été détecté sporadiquement en Angleterre, Allemagne, au Canada et à Singapour. Deux cas ont été détectés en Guadeloupe. »[7]

    Fin avril, il s'avère que ce variant circule aux Fidji. Il y a été apporté par deux patients rapatriés d'Inde. Un soldat en centre de quarantaine a alors été contaminé en touchant leurs bagages. Il a ensuite contaminé une femme de ménage, qui n'a pas informé les autorités de signes cliniques de sa maladie et s'est déplacée librement en dehors du centre de quarantaine, contaminant de nombreuses autres personnes[18],[19].

    Le , l'agence régionale de santé de Nouvelle-Aquitaine annonce que le variant indien a été détecté pour la première fois en France, dans le département de Lot-et-Garonne, sur un patient revenu d'Inde. Le lendemain, la Direction générale de la Santé révèle que deux nouveaux cas ont été détectés dans les Bouches-du-Rhône et que d'autres cas suspects sont en cours d'investigation dans d'autres régions, concernant toujours des personnes venues d'Inde[réf. nécessaire].

    En , certains médias considèrent que le variant dit indien est plus contagieux que le variant dit britannique. Au Royaume-Uni, le variant dit britannique ne représente plus que 90 % des virus qui se propagent contre 10 % pour le variant dit indien[20].

    Au , le Royaume-Uni — pour réagir au variant Delta qui supplante les autre variants — recommande officiellement de réduire les déplacements au minimum[21]. En effet, le variant double chaque semaine le nombre de personnes hospitalisées au Royaume-Uni, dont 90% non vaccinées avec deux doses[22].

    En , le variant quintuple chaque quinzaine le nombre de personnes flash-testées en France[23], c'est-à-dire qu'il est multiplié par 2.2 chaque semaine. Le , Gabriel Attal, porte-parole du gouvernement, annonce que ce variant représente 9 à 10 % des contaminations en France, mais que ce nombre est bien plus élevé dans le département des Landes où il atteint 70 %[24].

    Toutefois, en France, on recherche des mutations plutôt que des variants[25]. Le , la mutation L452R apparaît dans 25,8 % des tests[26].

    Le , la propagation du variant delta en Espagne conduit au confinement nocturne dans les communes catalanes de plus de 5 000 habitants[27].

    Le lendemain, les Pyrénées Orientales — département français voisin de la Catalogne — ferme les bars, restaurants, établissements de plage, débits de boissons temporaires et épiceries de nuit, de 23 h à 6 h[28].

    Problématique liée à l'immunité collective[modifier | modifier le code]

    Le professeur J-F Delfraissy le a évalué le nombre de reproduction de base R0 du variant Delta à 7,5[29]. Le taux d’immunité collective nécessaire pour que le virus ne se propage plus est donc de 1-1/R0 soit 87 %.

    L'efficacité des vaccins diminue avec le variant Delta (efficacité évaluée à 88 % pour le vaccin Pfizer)[30].

    Statistiques[modifier | modifier le code]

    Cas reportés par pays (mis à jour le 7 juillet 2021) GISAID[31]
    Pays Cas confirmés Date de collecte
    Inde 3693 26 mai 2021
    Royaume-Uni 517 31 mai 2021
    États-Unis 299 24 juin 2021
    Canada 266 12 mai 2021
    Irlande 170 8 juin 2021
    Australie 112 15 juin 2021
    Allemagne 106 22 juin 2021
    Singapour 59 13 mai 2021
    Danemark 28 31 mai 2021
    Pays-Bas 27 12 juin 2021
    Japon 27 7 mai 2021
    Angola 24 20 avril 2021
    France 16 20 mai 2021
    Belgique 16 13 mai 2021
    Chine 13 18 avril 2021
    Qatar 12 17 mai 2021
    Corée du Sud 12 27 avril 2021
    Suisse 10 4 mai 2021
    Portugal 9 4 mai 2021
    Italie 9 24 mai 2021
    Bahreïn 8 10 avril 2021
    Mexique 8 2 juin 2021
    Afrique du Sud 8 18 juin 2021
    Finlande 7 23 mai 2021
    Luxembourg 6 26 avril 2021
    Espagne 5 19 mai 2021
    Suède 5 17 avril 2021
    Ghana 5 20 avril 2021
    Kenya 5 29 avril 2021
    République tchèque 4 4 mai 2021
    Jordanie 4 25 avril 2021
    Myanmar 4 2 juin 2021
    Nouvelle-Zélande 4 8 avril 2021
    Malaisie 4 1 juin 2021
    Indonésie 3 29 avril 2021
    Guadeloupe 2 10 mars 2021
    Malawi 2 30 avril 2021
    Népal 2 9 mai 2021
    Saint-Martin 2 3 avril 2021
    Botswana 2 1 juin 2021
    Koweït 1
    Autriche 1
    Cambodge 1 5 avril 2021
    Curaçao 1 23 avril 2021
    Grèce 1 6 avril 2021
    Slovaquie 1 19 avril 2021
    Slovénie 1 6 avril 2021
    Thaïlande 1 26 avril 2021
    Ouganda 1 26 mars 2021
    Zambie 1 2 mai 2021
    Monde (50 pays) Total : 5 525 Total au 1er juillet 2021

    Notes et références[modifier | modifier le code]

    Notes[modifier | modifier le code]

    1. Le nombre de mutations n'est pas limité à deux et le virus n'a pas muté deux fois.
    2. Voir Champignon noir (complication liée à la COVID-19)

    Références[modifier | modifier le code]

    1. a et b « PANGO lineages Lineage B.1.617 », cov-lineages.org (consulté le 3 mai 2021)
    2. (en) « COVID-19 Weekly Epidemiological Update (2 May 2021) », reliefweb.int, World Health Organization (consulté le 6 mai 2021)
    3. (en) « Tracking of Variants », gisaid.org, GISAID, (consulté le 8 mai 2021)
    4. (en) « Expert reaction to cases of variant B.1.617 (the ‘Indian variant’) being investigated in the UK », Science Media Centre, Science Media Centre (consulté le 20 avril 2021)
    5. (en) « Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling (Filtered to B.1.617) », nextstrain.org (consulté le 5 mai 2021)
    6. « Alpha, Bêta, Gamma… L’OMS rebaptise les variants du Covid-19 », sur liberation.fr, .
    7. a et b « Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France] », sur santepubliquefrance.fr,
    8. « Covid-19 : ce que l'on sait du variant B.1.617 identifié en Inde, dont les premiers cas sont signalés en France », France info, (consulté le 17 juillet 2021)
    9. (en) Starr, Greaney, Dingens et Bloom, « Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016 », Cell Reports Medicine,‎ , p. 100255 (DOI 10.1016/j.xcrm.2021.100255)
    10. « Que sait-on du variant indien, ce « double mutant » qui inquiète ? », Ouest-France, (consulté le 17 juillet 2021)
    11. Covid-19 : jugé "plus contagieux", le variant indien classé comme "préoccupant" par l'OMS. France 24
    12. « Coronavirus : ce que l'on sait du variant indien », RTL, (consulté le 17 juillet 2021)
    13. Covid en Inde : le mystère du « champignon noir », Pourquoi Docteur.
    14. DOI:10.1051/medsci/201329s106
    15. Cyrielle Cabot, « Inde : un "champignon noir", touchant des patients atteints du Covid-19, provoque l'inquiétude », sur france24.com, (consulté le 14 mai 2021)
    16. « Covid : les mutations qui rendent le variant delta du virus plus contagieux et plus inquiétant », BBC News Brasil, (consulté le 17 juillet 2021)
    17. Par Libération à 20h59, « Covid : l’Inde, de l’insouciance à la catastrophe », sur liberation.fr, (consulté le 14 avril 2021)
    18. (en) "Fiji announces more COVID-19 local infections", Fiji Broadcasting Corporation, 27 avril 2021
    19. (en) "Fiji needs to stop COVID-19 tsunami", Fiji Broadcasting Corporation, 27 avril 2021
    20. « L'inquiétude autour du variant indien gagne le Royaume-Uni », sur L'Express, (consulté le 16 mai 2021).
    21. (en) Lydia Stephens, « Large area of England told to minimise travel as Delta variant spreads », sur WalesOnline, (consulté le 10 juin 2021)
    22. « Covid-19 dans le monde : le variant Delta en forte hausse au Royaume-Uni, l’épidémie s’emballe à Moscou », sur Le Monde,
    23. Covid-19 en France : le variant Delta est toujours « minoritaire », mais en progression ; date=18 juin 2021 ; site=Le Monde.
    24. Robin Verner, « Selon Gabriel Attal, le variant delta représente 70 % des contaminations dans les Landes », sur bfmtv.com, (consulté le 24 juin 2021)
    25. Covid-19 : pourquoi ne cherche-t-on plus les variants mais les mutations lors des tests ?, La Dépêche du Midi, 17 juin 2021.
    26. Caroline Robin, « Les départements où le variant Delta circule le plus, notre carte de France », sur Capital
    27. « Espagne : couvre-feu à Barcelone face à l'explosion des cas avec le variant Delta », sur TV5 Monde, (consulté le 17 juillet 2021).
    28. « Covid-19 : fermeture des bars et restaurants à 23h dès dimanche dans les Pyrénées-Orientales », sur Le Figaro (consulté le 17 juillet 2021).
    29. « Covid-19 : une quatrième vague, "différente" des précédentes, pourrait arriver à la rentrée », Midi Libre, (consulté le 9 juillet 2021)
    30. « Vaccines highly effective against B.1.617.2 variant after 2 doses », Public Health England, (consulté le 21 juillet 2021)
    31. « GISAID - variantes hCov19 », sur www.gisaid.org (consulté le 7 juillet 2021)