Didier Raoult

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Didier Raoult
Naissance (65 ans)
Dakar (Sénégal)
Domicile Marseille
Nationalité française
Domaines Biologie, Médecine
Institutions IHU Méditerranée Infection, Hôpital de la Timone, AP-HM, Aix Marseille Université
Distinctions Grand Prix Inserm 2010

Didier Raoult, né le à Dakar au Sénégal, est un chercheur biologiste et professeur de microbiologie français, médecin de formation, spécialisé en maladies infectieuses. Il a découvert avec son équipe plus de soixante nouveaux virus dont les mimivirus (ou virus géants).

Biographie[modifier | modifier le code]

Le père de Didier Raoult est médecin militaire et sa mère infirmière. Les familles de ses parents sont issues de Normandie et du Nord de la Bretagne. Il s'installe avec ses parents à Marseille en 1961. En 1970, il s'engage sur un navire pendant deux ans. En 1972, il passe un baccalauréat littéraire en candidat libre puis s'inscrit en faculté de médecine. Il obtient son internat et un doctorat. Il est marié depuis 1982 avec Natacha Caïn, psychiatre, dont il a deux enfants.[réf. souhaitée]

Il découvre un moyen de cultiver les rickettsies et ainsi les étudier[1]. En 1984, il crée ex nihilo l'Unité des Rickettsies. Professeur, il enseigne les maladies infectieuses à la faculté de médecine de Marseille et dirige depuis 1982 de nombreuses thèses de médecine et doctorats d'université[2].

Depuis 2008, le professeur Didier Raoult dirige l'Urmite (Unité de Recherche en Maladies Infectieuses et Tropicales Émergentes)[3] à Marseille et à Dakar au sein du campus de Hann, de l'Institut de recherche pour le développement (IRD) et de l'Université Cheikh-Anta-Diop (UCAD). Son laboratoire emploie aujourd'hui plus de 200 personnes, dont 86 chercheurs et médecins qui publient en moyenne 325 articles par an et ont déposé plus de 50 brevets[4]. Didier Raoult est aussi à l'origine, avec ses chercheurs, de la création de 8 startup[5].

Selon Les Échos[6], il est « l'archétype du savant prolifique : imaginatif, entreprenant par nature, persévérant et un brin chanceux ». Dans cet article, Didier Raoult rappelle que : « Le tiers des prix Nobel a été décerné à des chercheurs qui ont osé explorer au-delà des frontières de la connaissance ». De plus, en butte à des problèmes de financement, il y critique le système français « égalitariste » et demande des évaluations individuelles[6].

Le , il reçoit le Grand Prix Inserm 2010 pour l’ensemble de sa carrière[7].

Didier Raoult a fait construire un nouveau bâtiment pour accueillir l'Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) Méditerranée Infection, grâce au Grant le plus élevé en France pour la recherche médicale (73 millions d’euros porté par l’Agence Nationale pour la Recherche). L'IHU Méditerranée Infection a ouvert début 2017[8].

Cet institut est dédié à la prise en charge et à l’étude des maladies infectieuses et associe en un seul lieu les activités de diagnostic, de soins, de recherche et d’enseignement[9].

Champs de recherche[modifier | modifier le code]

La microbiologie clinique[modifier | modifier le code]

Didier Raoult a investi depuis longtemps dans les différents aspects de la microbiologie clinique[10],[11].

Successivement son équipe a été une des premières à utiliser un séquenceur automatique dans un laboratoire de microbiologie clinique pour obtenir les séquences de 16S afin d’identifier les bactéries[12].

Ensuite son laboratoire a été le premier à utiliser systématiquement le MALDI-TOF pour l’identification des bactéries en routine[13]. Puis Didier Raoult a été le premier à installer un laboratoire de Point of Care (en) dans un hôpital, ce travail est d'ailleurs devenu une référence internationale[14],[15].

Concernant les endocardites l’équipe de Didier Raoult est celle qui a rapporté le plus grand nombre de cas d’endocardites à hémoculture négative et déterminé les étiologies de bactéries fastidieuses ou détruites par les antibiotiques[16]. L’équipe de Didier Raoult a proposé un traitement spécifique des endocardites à hémocultures négatives[17] et présente également une référence dans la prise en charge des endocardites qui diffère des guidelines habituellement utilisées[18].

Concernant les péricardites, l’équipe de Didier Raoult a rapporté les plus grandes séries mondiales de péricardites permettant, d'une part le diagnostic étiologique de ces infections et d'autre part, la découverte de virus jusque-là inconnus dans cette situation[19].

L’équipe de Didier Raoult travaille depuis 1984 sur les maladies transmises par les tiques et a produit un grand nombre de publications sur les domaines concernant les rickettsioses, les borrélioses et les bartonelloses.

Les virus géants[modifier | modifier le code]

Concernant les virus géants, il a identifié avec Bernard La Scola un virus géant d’amibe, mimivirus[20], puis à établir son génome[21], puis à découvrir spoutnik le premier virophage, c'est-à-dire un virus capable d'infecter un autre virus pour se reproduire[22], puis à mettre en évidence dans mimivirus un mécanisme de défense empêchant l’implantation du virophage dans l’usine à virus (MIMIVIRE)[23]. Enfin il a mis en évidence que ce virophage pouvait s’intégrer aux cellules sous forme de pro-virophage et qu’il pouvait être associé à des transposon-like structures appelées transpovirons[24].

Par ailleurs, son équipe a découvert les Marseillevirus[25] et les Faustovirus[26]. La découverte des virus géants remet profondément en cause la classification des virus. Didier Raoult a plusieurs fois rapporté qu'il considérait que les virus géants sont d’une nature différente des autres virus et qu'ils constituent une 4e branche des microbes connue sous le nom de TRUC pour Things Resisting Uncompleted Classifications soit en français « choses résistantes aux classifications incomplètes »[27],[28].

Les bactéries nouvelles[modifier | modifier le code]

Depuis les années 1990, « il a identifié et décrit avec son équipe de médecins et de chercheurs de haut niveau, environ 96 nouvelles bactéries pathogènes »[29] et montré leur implication dans les pathologies humaines. Deux bactéries ont reçu son nom Raoultella planticola et Rickettsia raoultii[30].

Les rickettsies, les bartonella, la fièvre Q[modifier | modifier le code]

Didier Raoult a développé le champ de la culture des bactéries intracellulaires, puis initié le champ des rickettsioses émergentes et avec son équipe a identifié 10 nouvelles espèces de Rickettsies pathogènes pour l'homme. Une de ces nouvelles espèces porte son nom Rickettsia raoultii. Il a dirigé et coécrit deux revues de références[31],[32] et il a en particulier montré qu’à côté de la transmission par les poux, les puces et les tiques, une rickettsie est aussi susceptible d’être transmise par les moustiques, c'est le cas de Rickettsia felis qui est l'espèce la plus commune sous les tropiques[33].

Le laboratoire est devenu rapidement Centre National de Référence (partenariat avec l'InVS) et Centre collaborateur de l'OMS. De ce fait les prélèvements arrivent d'hôpitaux du monde entier.

Pour les Bartonella, l'équipe a été la première à identifier leur rôle dans les endocardites[34].

Pour la fièvre Q, maladie transmise par l'agent bactérien Coxiella burnetii, il a été amené à en redéfinir les critères de diagnostic, à décrire tous les aspects de la maladie et à mettre en évidence le rôle de la bactérie dans la genèse des lymphomes non hodgkiniens[35].

Il a mis en évidence, avec son équipe, le rôle des anticorps anti-phospholipide dans les endocardites à Coxiella burnetii[36] et dans les thromboses. Il a récemment décrit les endocardites aiguës[37] et redéfini les endocardites persistantes. Il a mis au point les stratégies thérapeutiques actuellement utilisées par le monde médical (doxycycline et plaquenil) en utilisant pour la première fois le plaquenil pour alcaliniser la vacuole acide dans laquelle vivent les bactéries afin de permettre l’activité des antibiotiques inhibés par cette acidité[38].

Un ouvrage de référence témoigne de l'ensemble de ce travail[39].

La maladie de Whipple[modifier | modifier le code]

Tropheryma whipplei, l'agent causal de la maladie de Whipple, décrite en 1907 par le docteur Georges Hoyt Whipple, a été isolé pour la première fois dans le laboratoire de Didier Raoult[40]. Son équipe est une des deux équipes mondiales à avoir séquencé le génome de la bactérie[41]. La découverte de Tropheryma whipplei a complètement changé le profil de la maladie et il est maintenant montré que la bactérie est relativement commune dans l'environnement ou sur les muqueuses des patients, sans nécessairement être associée à la pathologie[42].

Pour la maladie de Whipple il a mis en place le traitement devenu le traitement de référence par doxycycline et plaquenil[43] et décrit les formes aiguës de la maladie qui incluent les pneumopathies[44].

Paléomicrobiologie[modifier | modifier le code]

Port ouvert sur la Méditerranée, Marseille fut une ville exposée à de nombreuses épidémies. Grâce à une collaboration avec des équipes d'anthropologues, Didier Raoult, Michel Drancourt et Gérard Aboudharam ont inauguré le champ de la paléomicrobiologie. Ils ont développé une technique originale d'extraction d'ADN de la pulpe dentaire et établi le premier diagnostic rétrospectif de la peste du Moyen Âge dont une résurgence avait eu lieu à Marseille au début du XVIIIe siècle[45] puis la confirmation, sur des prélèvements de la peste du XIVe siècle, que Yersinia pestis est l'agent causal de la peste noire[46]. Ce travail a fait l’objet d’une contestation par MT. Gilbert qui a entretenu pendant longtemps une polémique sur la nature de l’agent responsable de la peste noire[47].

L’équipe de Didier Raoult a également mis en évidence que la peste justinienne était due elle-aussi à Yersinia pestis et son équipe a postulé que la transmission extrêmement rapide de cette bactérie était due à l’infection du pou qui a probablement joué le rôle de relais dans cette épidémie[48].

Ces techniques ont également conduit à la mise en évidence de la cause de la mort d'une partie des soldats de l'armée de Napoléon Ier au cours de la Retraite de Russie à partir des fosses communes découvertes à Vilnius[49].

Les possibilités de découvertes dans ce domaine sont variées et prometteuses[50].

Microbiogénomique[modifier | modifier le code]

En 1999, Didier Raoult décide de démarrer un nouveau programme de génomique et de l'appliquer à la microbiologie et aux maladies infectieuses.

L'équipe a commencé avec Rickettsia conorii et depuis 24 génomes bactériens ont été séquencés, ainsi que ceux de 7 virus géants (14 génomes seulement ont été publiés)[51].

Culturomique microbienne[modifier | modifier le code]

La culturomique microbienne est un champ qui a été créé par l’équipe de Didier Raoult en 2008 pour exprimer la multiplication des techniques de culture, identification par MALDI-TOF et confirmation par séquençage du 16S RNA. Cette technique de culture a permis de collecter deux fois plus d’espèces microbiennes que le reste des laboratoires du monde réunis[52].

Cette nouvelle approche de la biodiversité est appliquée aux microbiotes humains. Ainsi dans l'étude décrite dans la revue Nature Microbiology en 2016[53], près de 1 000 échantillons provenant du tube digestif humain (selles, estomac, intestin grêle et colon) ont été analysés, 1 170 bactéries différentes présentes dans le tube digestif ont pu être cultivées, dont 247 espèces de bactéries entièrement nouvelles. Par ailleurs, ont été isolées pour la première fois chez l'homme 269 bactéries qui étaient connues uniquement dans l’environnement et 250 bactéries qui avaient déjà été isolées chez l’homme mais jamais dans le tube digestif. L’ensemble de ces nouvelles espèces de bactéries sont disponibles dans des collections de souches internationales (Collection de Souches de l’Unité des Rickettsies, et Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen).

Dans un travail réalisé par le laboratoire et publié dans Clinical Microbiology and Infection en septembre 2012[54], cette technique a permis de réaliser cinq records du monde :

  • le plus grand nombre d'espèces bactériennes isolées d'une selle humaine (excrément humain),
  • le plus grand virus isolé chez un homme à ce jour,
  • la plus grande bactérie isolée chez un homme à ce jour,
  • le plus grand nombre d'espèces bactériennes entièrement nouvelles trouvées en un seul travail (31 espèces),
  • plus de 30% des micro-organismes de l'intestin cultivés ont été identifiés par l'équipe selon une récente revue[52].

De fait, cette approche du microbiote digestif a amené à repenser le rôle du microbiote dans la malnutrition[55].

Cette production à haut débit d’espèces nouvelles, a rendu obligatoire la création d’une nouvelle approche de la description des espèces appelée Taxonogénomique[56],[57].

Étude sur les probiotiques[modifier | modifier le code]

Le dernier champ de recherche développé par Didier Raoult est actuellement le plus controversé, mais représente selon lui une question majeure de santé publique. Il concerne les manipulations de la flore intestinale et l'obésité[58]. Entre les probiotiques rajoutés aux produits laitiers industriels comme Actimel de Danone et l'obésité : y a-t-il un lien ?

Dans la revue scientifique Nature Reviews Microbiology[59] de septembre 2009, Didier Raoult indique: « les yaourts et les boissons lactées aux probiotiques, depuis près de vingt ans, auraient leur part de responsabilité dans l'épidémie d'obésité… »

Ce professionnel de la santé rappelle également : « les probiotiques sont utilisés comme promoteurs de croissance dans le "secteur agricole". De nouvelles études devraient être effectuées pour confirmer qu'ils soient sûrs pour l'usage chez l'homme ».

VIH en route vers l'endogénéisation[modifier | modifier le code]

Un travail conduit par Didier Raoult et publié en 2014[60] fait l’analogie entre l’évolution de rétrovirus du koala actuellement en cours d’endogénéisation et une apparente guérison spontanée de l’infection par le VIH chez deux patients jamais traités par antirétroviraux et n’ayant aucun symptôme clinique lié au VIH ni aucun acide nucléique VIH détectable dans le sang par les tests diagnostics standards. Les séquences VIH obtenues chez ces deux patients à l’aide de techniques modernes de séquençage ont montré que les gènes VIH étaient inactivés par le remplacement des codons tryptophane par des codons stop, ce qui est probablement dû à l’action d’une enzyme cellulaire, APOBEC. Ce travail est un changement de paradigme dans la recherche sur le VIH qui considérait que l’éradication de tout l’ADN VIH des cellules des patients était une étape nécessaire pour envisager une éventuelle guérison. Il ouvre de nouvelles perspectives pour évaluer chez les patients les chances d’évolution spontanée favorable de l’infection VIH et de traitement par l’utilisation d’APOBEC.

Prises de position[modifier | modifier le code]

Actualité politique[modifier | modifier le code]

Le professeur Didier Raoult intervient régulièrement dans les médias. Il anime une chronique dans le magazine Le Point[61] où il commente entre autres l’actualité politique. En avril 2016, il prend par exemple position contre l’interdiction du voile à l’université[62].

Changement climatique[modifier | modifier le code]

En 2013, Didier Raoult publie un article où il fait part de son scepticisme face aux modèles mathématiques de prédiction du climat[63]. Il dit notamment que les modèles mathématiques sont la version moderne de la divination. Dans un article du 1er novembre 2014[64], il note ironiquement, à propos de la « pause » constatée dans le réchauffement climatique depuis la fin des années 1990, que « la nature a oublié d’obéir aux prédictions ». Au sujet d'un article paru peu avant dans la revue Nature et selon lequel la température globale de la Terre ne serait plus le bon indicateur du réchauffement climatique, il fait ce commentaire : « Il vaut mieux casser le thermomètre qui vous contredit ! »

En avril 2015 il déclare être sceptique vis-à-vis du changement climatique[65].

Hiérarchisation des risques : ce qui arrive contre ce qui pourrait arriver[modifier | modifier le code]

Lors de ses interventions dans le débat public, Didier Raoult plaide pour une hiérarchisation des risques, en donnant moins de priorité aux risques « qui pourraient arriver », fruits de modèles prédictifs (épidémie mondiale, bioterrorisme, crises liées au réchauffement climatique), et plus de priorités aux risques « qui arrivent » tels les décès liés au sucre, au sel, au tabac. Il consacre son ouvrage Votre Santé à cette question[66].

Par exemple, dans un article du 25 janvier 2015[67], il compare la mortalité des déplacements à vélo, selon lui plus importants que celles qui ont une place de choix dans les médias, telles que « la crise de la vache folle, la grippe aviaire, Ebola, le bioterrorisme, le Chikungunya, le SRAS et le coronavirus du Moyen-Orient ».

Publications et ouvrages[modifier | modifier le code]

Didier Raoult est « classé parmi les dix premiers chercheurs français par la revue Nature pour le nombre de publications (plus de deux mille à son actif) comme pour le nombre de citations reprenant ses travaux » relate en 2008 le quotidien économique Les Échos[6]. Par ailleurs, selon la source ISI Web of Knowledge Didier Raoult est un des chercheurs qui publie le plus en France. Il est une référence mondiale pour la fièvre Q et la maladie de Whipple[68].

En 2017, sur Google Scholar citations, il cumule plus de 104 000 citations et un indice h de 148[69].

Il figure par ailleurs dans la "Highly Cited Researchers List" de Thomson Reuters, qui répertorie les chercheurs qui influencent le plus la recherche dans leurs domaines, et dont les publications sont parmi les 1% les plus consultées dans les revues académiques. Il y apparaît comme l'un des 99 microbiologistes mondial et l'un des 73 scientifiques français les plus hautement cités[70].

Il fait également partie de la liste des 400 auteurs les plus cités du domaine biomédical[71].

Selon l'analyse des publications de 2007 à 2013, par Kathleen Gransalke, pour Labtimes au 02/2017, Didier Raoult apparaît au sommet du classement européen (incluant Israël) avec 18 128 citations[72]

Enfin, sur plus de 2 000 publications internationales référencées, on trouve 8 articles dans Science, et 3 dans Nature les deux revues scientifiques les plus visibles selon l'indice N&S du classement de Shanghai.

  • (en) avec Kazar J, Rickettsiae and Rickettsial diseases. Slovak Academy of Sciences ed. Publishing House of the Slovak Academy of Sciences, 1991.
  • Collectif: Argenson JN, Aubaniac JM, Curvale G, Groulier P, Drancourt M, Raoult D. L'infection ostéoarticulaire sur prothèse - Prévention, Diagnostic, Traitement. 1992.
  • (en) Antimicrobial Agents and Intracellular Parasites. Boca Raton: CRC Press Book, 1993
  • avec Mege JL, Revillard JP, Immunité et Infection - Concepts immunologiques et perspectives thérapeutiques. Arnette, 1997.
  • Maîtrise de la prescription des antibiotiques dans les hôpitaux. Elsevier ed. Paris: Elsevier, 1998.
  • Dictionnaire de maladies infectieuses : diagnostic, épidémiologie, répartition géographique, taxonomie, symptomatologie, Paris, Elsevier Masson, , 1162 p. (ISBN 9782842990367, lire en ligne).
  • Didier Raoult, Philippe Brouqui, Les rickettsioses, Paris, Elsevier Masson, , 190 p. (ISBN 9782842990640, lire en ligne)
  • (en) Collectif: Yu VL, Merigan TC, Barriere SL, et al. Antimicrobial Therapy and Vaccines. Williams & Wilkins, 1998.
  • avec Nigoghossian JP, Cartapanis A. L'Université de la Méditerranée face aux défis du troisième millénaire. 1999.
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  • (en) avec Brouqui P. Rickettsiae and Rickettsial Diseases at the Turn of the Third Millenium. Paris: Elsevier, 1999.
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  • (en) Collectif: Hechemy KE, Avsic-Zupanc T, Childs JE, Raoult DA. Rickettsiology - present and Future Directions. Annals of the New York Academy of Sciences ed. United States of America: K-M Research/PCP, 2003.
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  • Les nouveaux risques infectieux, grippe aviaire, SRAS et après ? Paris : Lignes de Repères, 2005.
  • (en) Collectif : Hechemy KE, Oteo JA, Raoult DA, Silverman DJ, Blanco JR. Century of Rickettsiology - Emerging, reemerging Rickettsioses, Molecular Diagnostics, and Emerging Veterinary Rickettsioses. Annals of the New York Academy of Sciences ed. Boston, USA: Blackwell Publishing, 2006.
  • (en) avec Parola P. Rickettsial Diseases. New York: Informa Healthcare USA, Inc, 2007.
  • (en) avec Drancourt M, Paleomicrobiology – Past Human Infection, Springer, 2008.
  • Dépasser Darwin, Plon, 2010.
  • Grippe aviaire, SRAS : vivre avec les nouveaux risques infectieux, 2012, Ebook Kindle, Amazon.
  • (en) Didier Raoult, Eugene V Koonin, « Microbial genomics challenge Darwin », Frontiers in Cellular and Infection Microbiology,‎ (DOI 10.3389/fcimb.2012.00127, lire en ligne)
  • De l'ignorance et de l'aveuglement : pour une science postmoderne Ebook Kindle, Amazon, 2012. (en) Of Ignorance and Blindness, 2013, Ebook Kindle, Amazon.
  • Votre santé : Tous les mensonges qu’on vous raconte et comment la science vous aide à y voir clair (en collaboration avec Sabine Casalonga), Michel Lafon, 2015.
  • Arrêtons d'avoir peur !, Paris, Michel Lafon, , 223 p. (ISBN 9782749930039, lire en ligne)
  • Mieux vaut guérir que prédire, Paris, Michel Lafon, , 134 p. (ISBN 9782749932378, lire en ligne)

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]

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Articles connexes[modifier | modifier le code]

Bibliographie[modifier | modifier le code]

  • « Didier Raoult, chercheur volontariste », dans Les Échos, 29 octobre 2008, p. 13.
  • « Rencontre avec un chercheur de microbes », dans Le Point, 1er janvier 2009, no 1894.
  • « Dépasser Darwin », aux éditions Plon, paru le 7 octobre 2010

Notes et références[modifier | modifier le code]

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  2. « Faculté de Médecine de Marseille, Aix Marseille Université »
  3. Unité Mixte de Recherche CNRS 7278 - IRD 198, INSERM U1095, composante UM63 d'Aix Marseille Université
  4. « INPI Base brevets »
  5. « Incubation de start-ups - IHU Méditerranée Infection », sur www.mediterranee-infection.com (consulté le 25 avril 2017)
  6. a, b et c « Didier Raoult, chercheur volontariste », in Les Échos, 29 octobre 2008, p.13.
  7. [1]
  8. « Accueil - IHU Méditerranée Infection », sur www.mediterranee-infection.com (consulté le 25 avril 2017)
  9. « L'institut : Mission et Objectifs »
  10. Raoult D, Fournier PE, Drancourt M. What does the future hold for clinical microbiology? Nat Rev Microbiol. 2004 Feb;2(2):151-9. Review.
  11. Fournier PE, Drancourt M, Colson P, Rolain JM, La Scola B, Raoult D. Modern clinical microbiology: new challenges and solutions. Nat Rev Microbiol. 2013 Aug;11(8):574-85.Review.
  12. Drancourt M, Bollet C, Carlioz A, Martelin R, Gayral JP, Raoult D. 16S ribosomal DNA sequence analysis of a large collection of environmental and clinical unidentifiable bacterial isolates. J Clin Microbiol. 2000 Oct;38(10):3623-30.
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  18. Tissot-Dupont H, Casalta JP, Gouriet F, Hubert S, Salaun E, Habib G, Fernandez-Gerlinger MP, Mainardi JL, Tattevin P, Revest M, Lucht F, Botelho-Nevers E, Gagneux-Brunon A, Snygg-Martin U, Chan KL, Bishara J, Vilacosta I, Olmos C, San Román JA, López J, Tornos P, Fernández-Hidalgo N, Durante-Mangoni E, Utili R, Paul M, Baddour LM, De Simone DC, Sohail MR, Steckelberg JM, Wilson WR, Raoult D. International experts' practice in the antibiotic therapy of infective endocarditis is not following the guidelines. Clin Microbiol Infect. 2017 Mar 18. pii: S1198-743X(17)30173-8.
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  26. Reteno DG, Benamar S, Khalil JB, Andreani J, Armstrong N, Klose T, Rossmann M, Colson P, Raoult D, La Scola B. Faustovirus, an asfarvirus-related new lineage of giant viruses infecting amoebae. J Virol. 2015 Jul;89(13):6585-94.
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