Origine du SARS-CoV-2

    Ajouter des liens
    Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.

    L'origine du SARS-CoV-2 est encore incertaine. Le réservoir animal initial se trouve chez la chauve-souris chinoise Rhinolophus affinis. Son adaptation à l'humain pourrait résulter d’un passage direct des chauves-souris aux humains ou d’une transmission impliquant un hôte intermédiaire, via un mécanisme de saut de la barrière des espèces. L'hypothèse d'un accident de laboratoire de virologie, vigoureusement écartée par les premières enquêtes sur l'origine du Covid-19 chez l'humain coordonnées par l'OMS, fait pourtant partie des scénarios possibles[1], d'autant que le virus n'a été trouvé nulle part dans la nature[2]. L'identité, le lieu, le temps et le mécanisme de transmission au « patient zéro » doivent encore être élucidés[3],[4].

    En février 2023, le Département de l'Énergie des États-Unis considère la théorie de l'accident de laboratoire ("lab leak theory") comme la source la plus probable de l'origine du Covid-19[5]. Le Federal Bureau of Investigation (FBI) considérait cette hypothèse comme la plus probable depuis novembre 2021[6]. En revanche, d'autres agences de renseignement américaines ne privilégient pas cette hypothèse. Le National Intelligence Council et quatre autres agences estiment n'avoir « qu'une faible confiance dans la probabilité que le virus soit apparu par transmission naturelle à partir d'un animal infecté, sans pour autant considérer qu'il soit certain que l'hypothèse de la fuite de laboratoire soit la bonne »[7].

    Histoire[modifier | modifier le code]

    Wuhan comme épicentre[modifier | modifier le code]

    Article détaillé : Chronologie de la pandémie de Covid-19.

    En décembre 2019 et janvier 2020, une épidémie à pneumopathie éclate en Chine et touche surtout la province du Hubei. Le marché de gros de fruits de mer de Huanan, à Wuhan, est désigné comme épicentre de l'épidémie par les autorités locales le [8]. Il est fermé le lendemain même, le . Le marché de Huanan a la particularité d'offrir une grande diversité de produits issus de la faune sauvage[9]. Les premiers symptômes attribuables a posteriori au SARS-CoV-2 seraient toutefois apparus dès le chez un patient n'ayant pas fréquenté ce marché[10].

    Le premier cas exporté hors de la Chine continentale est découvert le en Thaïlande[11]. La situation se dégrade rapidement au niveau mondial, et l'épidémie est déclarée urgence de santé publique de portée internationale par l'OMS le [12]. C'est la sixième fois seulement que l'OMS déclenche ce niveau d'alerte dans son histoire[13]. Dans les premières semaines de l'épidémie de 2019-2020, le virus se propage via des voyageurs vers différents pays d'Asie[14],[15],[16], le 21 janvier en Amérique du Nord[17], le , en Australie[18], en Europe[19],[20], le 16 février en Afrique[21] et le en Amérique du Sud[22]. Il s'agit là des premiers cas recensés, en réalité le virus est probablement arrivé plus tôt sur chacun de ces territoires, en y passant inaperçu. Le SARS-CoV-2 circulait probablement en France dès novembre 2019[23].

    Mi-février 2020, le plus important foyer hors de Chine est le paquebot de croisière Diamond Princess, en quarantaine dans le port de Yokohama[24]. Dans la troisième semaine de février des foyers secondaires d'importance émergent en Corée du Sud, en Italie et en Iran[25], faisant craindre une installation durable de l'épidémie au niveau mondial[26]. Cette crainte se confirme début mars : le , le directeur général de l'OMS déclare que « la COVID-19 peut être qualifiée de pandémie »[27].

    Arbre phylogénétique[modifier | modifier le code]

    Le SARS-CoV-2 a des similitudes avec les Betacoronavirus trouvés chez les chauves-souris et les pangolins[28],[29]. L'arbre phylogénétique de la branche des coronavirus apparentés au SARS-CoV-2, tel qu'obtenu sur la base du gène RdRp, est le suivant[30],[31],[32] :



    Rc-o319, proche à 81 % du SARS-CoV-2, Rhinolophus cornutus, Iwate, Japon (récolté en 2013, publié en 2020)[33]





    SL-ZXC21, 88 %, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang (récolté en 2015, publié en 2018)[34]



    SL-ZC45, 88 %, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang (récolté en 2017, publié en 2018)[34]





    SL-CoV-GX, 89 %, Manis javanica, Asie du Sud-Est (récolté en 2017, publié en 2020)[35]




    SL-CoV-GD, 91 %, Manis javanica, Asie du Sud-Est[36]





    RacCS203, 91,5 %, Rhinolophus acuminatus, Chachoengsao, Thaïlande (métagénome de 4 coronavirus collectés en juin 2020, publié en 2021)[31]






    RmYN02, 93,3 %, Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan (récolté en juin 2019, publié en 2020)[37]



    RpYN06, 94.4 %, Rhinolophus pusillus, Mengla, Yunnan (récolté en mai 2020, publié en 2021)[30]





    RshSTT182, 92,6 %, Rhinolophus shameli, Stoeng Treng, Cambodge (récolté en 2010, publié en 2021)[32]



    RaTG13, 96,1 %, Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan (récolté en 2013, publié en 2020)[38]





    SARS-CoV-2 (100 %)










    SARS-CoV-1, proche à 79 % du SARS-CoV-2


    En matière d'homologie, le SARS-CoV-2 est :

    De manière surprenante, il a été observé en laboratoire que le coronavirus RaTG13 est incapable de se fixer sur les récepteurs ACE2 des chauves-souris censées être son hôte naturel. En revanche, RaTG13 reconnaît très bien les récepteurs ACE2 des souris et rats, et dans une moindre mesure ceux des humains. À partir de constat, il a été suggéré que l’échantillon fécal qui a permis de séquencer RaTG13 pourrait être en fait celui d’un rongeur et non d’une chauve-souris[46],[47].

    Hôte intermédiaire[modifier | modifier le code]

    Article détaillé : SARS-CoV-2 chez les animaux.

    Il est généralement admis que la transmission zoonotique des coronavirus de la chauve-souris à l'humain passe par une espèce animale intermédiaire. Cet hôte intermédiaire serait un prérequis : les récepteurs comme l'ACE2 sont différents entre un humain et une chauve-souris[48]. Ainsi il est suggéré que le SARS-CoV-1 a passé la barrière inter-espèce via la civette. Le taux d’identité entre le génome du SARS-CoV-1 humain et celui de la souche de civette la plus proche était de 99,52 %[48]. Concernant le MERS-CoV, il est suggéré que la transmission s'est faite via le dromadaire.

    De nombreuses hypothèses ont émergé concernant l'hôte intermédiaire du SARS-CoV-2. Une première hypothèse, reprise par la presse, a suggéré deux espèces de serpents, Bungarus multicinctus et Naja atra[49], mais cette hypothèse a rapidement été écartée[50],[51]. Aucun coronavirus n'est connu à ce jour chez les animaux à sang froid : ils infectent des oiseaux ou plus souvent des mammifères[52].

    Des experts[53],[54] ont avancé l'hypothèse d'un pangolin, un mammifère en danger d'extinction qui fait l'objet d'une consommation illégale en Chine, et qui était en vente sur le marché de Wuhan. On trouve chez le pangolin javanais Manis javanica des coronavirus quasiment identiques, en particulier pour leur spicule protéique[43],[44],[45]. Néanmoins, le taux d’identité des nucléotides des pangolins dans la région RBD atteint à peine 89 %, un pourcentage bien inférieur aux taux observés entre les souches de virus isolées chez l’humain et celles infectant les derniers intermédiaires animaux lors des précédentes transmissions zoonotiques comme le SARS-CoV-1[48].

    En 2020, il est constaté que de nombreux animaux peuvent être infectés par le SARS-CoV-2 : les singes, les félidés (chats, tigres), les lapins, le chien viverrin, les furets et le hamster[55]. Il est suggéré que l'infection est le plus souvent bénigne, voire asymptomatique[56]. Le vison d'Amérique est capable de retransmettre la Covid à l'humain. Dans des élevages contaminés, 68 % des personnes en contact ont été infectées au SARS-CoV-2 par des visons[57],[58]. Pour cette raison 17 millions de visons ont été abattus au Danemark[59]. Enfin, alors qu’auparavant, le SARS-CoV-2 ne pouvait infecter que des rongeurs transgéniques porteurs du récepteur ACE2 humain, depuis 2021 avec l'apparition des variants anglais, sud-africain et brésilien, il a été constaté que le virus se transmet facilement aux rongeurs « sauvages », faisant craindre une accélération incontrôlable de l'évolution des mutants du SARS-CoV-2[60],[61].

    En mars 2023, Florence Débarre découvre dans des données génétiques en ligne que celles-ci montrent pour la première fois que des animaux sensibles au coronavirus étaient présents sur le marché de Wuhan. Conformément aux règles de la base de données Gisaid, son équipe contacte les scientifiques chinois qui ont mis en ligne les données génétiques pour leur demander la permission de les analyser, ce qui, selon elle, a été accordé. Un jour plus tard, ils envoient un e-mail pour partager leur découverte de la présence d'ADN de chien viverrin dans les séquences. Le lendemain, les dossiers sont rendus inaccessibles, apparemment à la demande des chercheurs chinois, dont le virologue George Gao[62]. Cette découverte, selon The Guardian, suscite plusieurs questions : « Pourquoi les résultats des prélèvements effectués dans les premiers mois de Covid-19 ont-ils été cachés à la communauté scientifique pendant plus de trois ans ? Pourquoi la première version de l'étude chinoise affirmait-elle n'avoir trouvé aucun ADN de chien viverrin ? Et pourquoi les séquences génétiques ont-elles été discrètement téléchargées sur Gisaid – laissées en ligne assez longtemps pour être découvertes – puis retirées de la vue du public ? »[62].

    Accident de laboratoire[modifier | modifier le code]

    Articles détaillés : Enquêtes sur l'origine de la Covid-19 et Assessment on COVID-19 Origins.

    Selon Fox News, le virus aurait pu s'être échappé par accident de l'Institut de virologie de Wuhan. L'hypothèse est évoquée par Mike Pompeo, secrétaire d'État des États-Unis citant une enquête en cours de leur administration[63]. Richard Ebright (en), expert américain en biosécurité, estime que « les preuves laissent une base pour exclure que la Covid-19 soit une construction de laboratoire, mais aucune base pour exclure un accident »[64]. Des chercheurs du CNRS donnent du crédit à cette hypothèse[65].

    En janvier 2021, l'Organisation mondiale de la santé envoie à Wuhan une équipe pour enquêter sur l'origine du virus[66]. L'enquête, placée en Chine sous surveillance étroite, « n'a pu percer les origines du Covid-19 », mais « les experts de l'OMS ont toutefois jugé hautement improbable l'hypothèse de la fuite depuis un laboratoire de la ville [de Wuhan]. ». Parmi les experts de l'OMS figure Peter Daszak. Le patron de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a néanmoins affirmé le que « toutes les hypothèses (restaient) sur la table » pour expliquer l'origine de la pandémie[67].

    Le , 18 scientifiques américains publient dans le magazine Science un article invitant la communauté scientifique à envisager toutes les pistes, notamment celle d'une fuite d'un laboratoire de Wuhan[68].

    Le professeur Renaud Piarroux considère, en janvier 2022 : « Je pense qu'il faut maintenant considérer la fuite involontaire à partir d'un laboratoire comme une hypothèse à investiguer sérieusement. »[69] . En juin 2022, il révèle à la télévision française que les recherches sur les coronavirus à Wuhan étaient faites non au niveau des laboratoires P4 mais dans les P2 où la sécurité est bien moindre. Il précise qu'il y a eu des manipulations de la part de certains scientifiques, comme Peter Daszak, pour écarter cette piste et refuser les investigations en profondeur[70].

    Peter Daszak, qui travaille pour l'ONG EcoHealth, avait en 2018 pour projet d'inclure un site de clivage de furine sur les virus de type coronavirus pour tester leur infectiosité (Le projet DEFUSE: Defusing the Threat of Bat-Borne Coronaviruses) et avait fait une demande de subvention en ce sens[2]. EcoHealth a collaboré activement avec l’Institut de virologie de Wuhan[71]. En 2014, EcoHealth avait déjà lancé un projet visant à dépister la présence des coronavirus chez des chauves-souris en Chine, à analyser en laboratoire leurs séquences génomiques et à évaluer leur risque d’infecter les humains[71].

    Le SARS-CoV-2 contient un site de clivage de furine, cette insertion est récente, puisqu’aucun virus dans le reste de la famille des SARS-CoV[72], ni aucun virus connu proche de SARS-CoV-2 ne la contient[73].

    Des expériences de gains de fonction sur les coronavirus ont commencé au début des années 2000 et ont ensuite impliqué le laboratoire de Wuhan (WIV)[74], bien que Peter Daszak nie que des expériences de gains de fonction (GoF) aient pu avoir lieu à l'institut de virologie de Wuhan[71].

    Le plus proche parent du SARS-CoV2 est le RaTG13[75],[76] (anciennement appelé Ra4991[77],[78]) qui a été découvert en 2013 chez les chauves-souris du Yunnan en Chine[79]. La séquence génomique du RaTG13, issue de l'étude d'un échantillon collecté en 2013 par l'institut de Wuhan[80],[78], a été publiée en 2020 par Shi Zhengli de l'institut virologique de Wuhan . Une partie du génome du RaTG13 avait déjà été séquencée par l'institut de Wuhan en 2016 sous le nom de Ra4991[81],[82]. Mais des spécialistes indiquent que RaTG13 a une différence majeure avec Ra4991 au niveau de la partie du génome correspondant à la protéine spike[83], alors que Shi Zhengli avait affirmé que le RaTG13 était un virus déjà connu sous le nom Ra4991[82].

    En février 2023, le ministère américain de l'Énergie estime que la pandémie de Covid-19 a « très probablement » été provoquée par une fuite de laboratoire, selon un rapport de la Direction nationale du renseignement. Le contenu du rapport reste classifié. Les autorités américaines refusent de donner des détails sur les nouveaux renseignements et analyses ayant conduit à ce changement de position. Le document rappelle également que les différentes agences de renseignement américaines peuvent avoir des avis différents sur l'origine de la pandémie[7]. Selon The Guardian, la théorie des fuites de laboratoire manque de preuves tangibles, mais a été redynamisée par ces rapports selon lesquels « les agences gouvernementales américaines ont conclu que c'était possible, mais avec une confiance faible à modérée »[62].

    Bibliographie[modifier | modifier le code]

    • Brice Perrier, Sars-CoV-2. Aux origines du mal, Belin, 2021.

    Notes et références[modifier | modifier le code]

    1. ↑ (en) Angela L. Rasmussen, « On the origins of SARS-CoV-2 », Nature Medicine, vol. 27, no 1,‎ , p. 9–9 (ISSN 1546-170X, DOI 10.1038/s41591-020-01205-5, lire en ligne, consulté le )
    2. ↑ a et b « Nouveaux doutes sur l’origine du Covid-19 - C à vous - 07/06/2022 » (consulté le )
    3. ↑ « WHO-convened Global Study of the Origins of SARS-CoV-2 » [archive du ], sur WHO (consulté le )
    4. ↑ David A. Relman, « Opinion: To stop the next pandemic, we need to unravel the origins of COVID-19 », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 117, no 47,‎ , p. 29246–29248 (ISSN 0027-8424, PMID 33144498, DOI 10.1073/pnas.2021133117, lire en ligne [archive du ], consulté le )
    5. ↑ (en-US) Michael R. Gordon and Warren P. Strobel, « Lab Leak Most Likely Origin of Covid-19 Pandemic, U.S. Agency Now Says », sur Wall Street Journal, (consulté le )
    6. ↑ (en-US) Julian E. Barnes, « Origin of Virus May Remain Murky, U.S. Intelligence Agencies Say », The New York Times,‎ (ISSN 0362-4331, lire en ligne, consulté le ).
    7. ↑ a et b Adrien Jaulmes, Le Covid-19 «très probablement provoqué» par une fuite d'un laboratoire chinois, lefigaro.fr, 27 février 2023
    8. ↑ (zh) « Notice d'information de la Commission municipale de la santé de Wuhan sur la situation actuelle de l'épidémie de pneumonie dans notre ville [en chinois] », sur http://wjw.wuhan.gov.cn/, (consulté le ).
    9. ↑ (en) « Wuhan virus: a visual explainer », sur South China Morning Post (consulté le ).
    10. ↑ (en) Chaolin Huang, Yeming Wang, Xingwang Li et Lili Ren, « Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China », The Lancet,‎ , S0140673620301835 (DOI 10.1016/S0140-6736(20)30183-5, lire en ligne, consulté le ).
    11. ↑ « Déclaration de l’OMS sur le nouveau coronavirus en Thaïlande », sur www.who.int (consulté le ).
    12. ↑ « Déclaration sur la deuxième réunion du Comité d’urgence du Règlement sanitaire international (2005) concernant la flambée de nouveau coronavirus 2019 (2019-nCoV) tenue le 30 janvier 2020 », sur www.who.int (consulté le ).
    13. ↑ Urgence de santé publique de portée internationale.
    14. ↑ (en) « China coronavirus: Hong Kong scraps major Lunar New Year events », sur South China Morning Post, (consulté le ).
    15. ↑ (en) hermesauto, « Wuhan virus: Vietnam confirms 2 cases of Sars-like coronavirus », The Straits Times, (consulté le ).
    16. ↑ (en) hermesauto, « Singapore confirms first case of Wuhan virus », The Straits Times, (consulté le ).
    17. ↑ « New Virus Spreads to U.S., Sparking Rush to Contain Outbreak », sur www.bloomberg.com, (consulté le ).
    18. ↑ (en) Scott Morrison, « Update on Coronavirus pic.twitter.com/Ol8DRQtVQJ », sur @ScottMorrisonMP, (consulté le ).
    19. ↑ « Coronavirus : un troisième cas d’infection confirmé en France », Le Monde.fr,‎ (lire en ligne, consulté le ).
    20. ↑ « Coronavirus : 5 nouveaux cas "sans gravité" en France dont un enfant de 9 ans scolarisé dans 2 écoles », sur lci.fr, (consulté le ).
    21. ↑ APANEWS, « Coronavirus : l’Egypte enregistre le premier cas en Afrique », sur apanews.net (consulté le ).
    22. ↑ (en) « Brazil confirms first coronavirus case in Latin America: source », Reuters,‎ (lire en ligne, consulté le ).
    23. ↑ Marie Zins, « Le Sars-cov2 circulait probablement en France dès novembre 2019 », INSERM,‎ (lire en ligne, consulté le ).
    24. ↑ (en) Princess Cruises, « Princess Cruises: Diamond Princess Coronavirus & Quarantine Updates - Notices & Advisories », sur www.princess.com, mon feb 17 15:21:24 pst 2020 (consulté le ).
    25. ↑ « Coronavirus: l'Italie, la Corée du Sud et l'Iran tentent d'endiguer l'épidémie », sur RFI, (consulté le ).
    26. ↑ « Coronavirus : la contamination s’accélère à travers la planète », Le Monde.fr,‎ (lire en ligne, consulté le ).
    27. ↑ « Allocution liminaire du Directeur général de l’OMS lors du point presse sur la COVID-19 - 11 mars 2020 », sur www.who.int (consulté le ).
    28. ↑ Félix Roudaut, « Coronavirus : qu’est-ce que la maladie de Kawasaki qui inquiète le monde médical », sur rtl.fr, (consulté le ).
    29. ↑ (en) Benvenuto D. et al., « The 2019-new Coronavirus epidemic: evidence for virus evolution », bioRxiv.org,‎ (lire en ligne).
    30. ↑ a et b Hong Zhou, Jingkai Ji, Xing Chen, Yuhai Bi, Juan Li, Qihui Wang, Tao Hu, Hao Song, Runchu Zhao, Yanhua Chen, Mingxue Cui, Yanyan Zhang, Alice C. Hughes, Edward C. Holmes et Weifeng Shi, « Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses », Cell,‎ , S0092867421007091 (DOI 10.1016/j.cell.2021.06.008)
    31. ↑ a et b (en) S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, « Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. », Nature Communications, vol. 12, no 1,‎ , p. 972 (PMID 33563978, PMCID 7873279, DOI 10.1038/s41467-021-21240-1).
    32. ↑ a et b (en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, « A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia », sur bioRxiv, (DOI 10.1101/2021.01.26.428212), p. 2021.01.26.428212.
    33. ↑ (en) Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, no 12,‎ , p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386).
    34. ↑ a et b (en) Hong Zhou, Xing Chen, Tao Hu, Juan Li, Hao Song, Yanran Liu, Peihan Wang, Di Liu, Jing Yang, Edward C. Holmes, Alice C. Hughes, Yuhai Bi et Weifeng Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein », Current Biology, vol. 30, no 11,‎ , p. 2196–2203.e3 (DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023).
    35. ↑ (en) Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, no 7815,‎ , p. 282–285 (DOI 10.1038/s41586-020-2169-0).
    36. ↑ (en) Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, no 5,‎ , e1008421 (DOI 10.1371/journal.ppat.1008421).
    37. ↑ (en) H Zhou, X Chen, T Hu, J Li, H Song, Y Liu, P Wang, D Liu, J Yang, EC Holmes, AC Hughes, Y Bi et W Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. », Current biology : CB, vol. 30, no 11,‎ , p. 2196-2203.e3 (PMID 32416074, DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023).
    38. ↑ (en) Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL, Chen HD, Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang RD, Liu MQ, Chen Y, Shen XR, Wang X, Zheng XS, Zhao K, Chen QJ, Deng F, Liu LL, Yan B, Zhan FX, Wang YY, Xiao GF, Shi ZL, « Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature, vol. 588, no 7836,‎ , E6 (PMID 33199918, DOI 10.1038/s41586-020-2951-z, lire en ligne).
    39. ↑ (en) Peng Zhou, Xing-Lou Yang, Xian-Guang Wang et Ben Hu, « A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature,‎ (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, DOI 10.1038/s41586-020-2012-7, lire en ligne, consulté le ).
    40. ↑ (en) Fan Wu, Su Zhao, Bin Yu et Yan-Mei Chen, « A new coronavirus associated with human respiratory disease in China », Nature, vol. 579, no 7798,‎ , p. 265–269 (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, PMID 32015508, PMCID PMC7094943, DOI 10.1038/s41586-020-2008-3, lire en ligne, consulté le ).
    41. ↑ Hervé Morin, Coronavirus : le pangolin a-t-il pu servir d’hôte intermédiaire ?, Le Monde, . L’université d’agriculture de Chine du Sud a annoncé qu'un séquencage du virus trouvés chez des pangolins montrait qu'il était homologue à 99 % à celui du SARS-CoV-2. Le pangolin aurait pu servir d'espèce réservoir ou hôte entre la chauve-souris et l'humain, une hypothèse discutée par plusieurs spécialistes.
    42. ↑ Expert reaction to statement from South China Agricultural University that research has identified the pangolin as a possible coronavirus host, Science Media Center, 7/02/2020.
    43. ↑ a et b (en) Tommy Tsan-Yuk Lam, Marcus Ho-Hin Shum, Hua-Chen Zhu et Yi-Gang Tong, « Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature,‎ (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, DOI 10.1038/s41586-020-2169-0, lire en ligne, consulté le ).
    44. ↑ a et b (en) Lamia Wahba, Nimit Jain, Andrew Z. Fire et Massa J. Shoura, « An Extensive Meta-Metagenomic Search Identifies SARS-CoV-2-Homologous Sequences in Pangolin Lung Viromes », mSphere, vol. 5, no 3,‎ , e00160–20, /msphere/5/3/mSphere160–20.atom (ISSN 2379-5042, DOI 10.1128/mSphere.00160-20, lire en ligne, consulté le ).
    45. ↑ a et b (en) Tao Zhang, Qunfu Wu et Zhigang Zhang, « Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the COVID-19 Outbreak », Current Biology, vol. 30, no 7,‎ , p. 1346–1351.e2 (PMID 32197085, PMCID PMC7156161, DOI 10.1016/j.cub.2020.03.022, lire en ligne, consulté le ).
    46. ↑ (en) Rossana Segreto, « The genetic structure of SARS‐CoV‐2 does not rule out a laboratory origin », BioEssays,‎ (lire en ligne, consulté le ).
    47. ↑ (en) Huihui Mou, « Mutations from bat ACE2 orthologs markedly enhance ACE2-Fc neutralization of SARS-CoV-2 », bioRxiv,‎ (lire en ligne, consulté le ).
    48. ↑ a b et c Erwan Sallard, « Les interférons de type I et III : des effecteurs de l’immunité innée antivirale », Planet Vie - ENS,‎ (lire en ligne, consulté le ).
    49. ↑ (en) Haitao Guo, Guangxiang "George" Luo and Shou-Jiang Gao, The, « Snakes could be the source of the Wuhan coronavirus outbreak », sur CNN (consulté le ).
    50. ↑ (en-US) Robertson D.L., « nCoV's relationship to bat coronaviruses & recombination signals (no snakes) », sur Virological, (consulté le ).
    51. ↑ (en) Callaway E. et Cyranoski D., « Why snakes probably aren’t spreading the new China virus », Nature,‎ (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, DOI 10.1038/d41586-020-00180-8, lire en ligne, consulté le ).
    52. ↑ (en) « Virus Taxonomy: 2018b Release », ICTV, (consulté le ).
    53. ↑ (en) David Cyranoski, « Did pangolins spread the China coronavirus to people? », Nature,‎ , d41586–020–00364-2 (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, DOI 10.1038/d41586-020-00364-2, lire en ligne, consulté le ).
    54. ↑ « Coronavirus : le pangolin a-t-il pu servir d’hôte intermédiaire ? », Le Monde.fr,‎ (lire en ligne, consulté le ).
    55. ↑ (en) Bas B. Oude Munnink, Reina S. Sikkema, David F. Nieuwenhuijse et Robert Jan Molenaar, « Transmission of SARS-CoV-2 on mink farms between humans and mink and back to humans », Science,‎ , eabe5901 (ISSN 0036-8075 et 1095-9203, DOI 10.1126/science.abe5901, lire en ligne, consulté le )
    56. ↑ « Animaux de compagnie et COVID-19 », Bulletin de l'Académie Nationale de Médecine,‎ , S000140792030217X (PMID 32394980, PMCID PMC7212960, DOI 10.1016/j.banm.2020.05.003, lire en ligne, consulté le )
    57. ↑ « Transmission confirmée de la COVID-19 entre l’humain et le vison », sur Le Devoir (consulté le ).
    58. ↑ DOI 10.1126/science.abe5901
    59. ↑ « Red-on-line », sur journaldelenvironnement.net (consulté le ).
    60. ↑ Charybde et Scylla, « Variant brésilien : cet autre (et tragique) échec qui nous pend au nez ? », Atlantico,‎ (lire en ligne, consulté le ).
    61. ↑ Marc Gozlan, « Des variants du SARS-CoV-2 peuvent infecter des chats et des chiens de compagnie, et même des souris », Réalités biomédicales - Le Monde,‎ (lire en ligne, consulté le ).
    62. ↑ a b et c (en) Michael Safi et Eli Block, ‘Being truthful is essential’: scientist who stumbled upon Wuhan Covid data speaks out, theguardian.com, 28 mars 2023
    63. ↑ L'Obs avec AFP, « L’administration Drumpf dit enquêter pour savoir si le coronavirus provient d’un laboratoire de Wuhan », sur nouvelobs.com, (consulté le ).
    64. ↑ sudinfo.be
    65. ↑ Yaroslav Pigenet, « La question de l'origine du SARS-CoV-2 se pose sérieusement », CNRS le journal,‎ (lire en ligne).
    66. ↑ « Chine : à Wuhan, l'enquête de l'OMS sur l'origine du virus sous haute surveillance », Marianne,‎ (lire en ligne).
    67. ↑ TV5 Monde, Origines de la pandémie: Washington et des experts de l'OMS font pression sur Pékin, le
    68. ↑ Jean-Loup Adenor, « Le Covid échappé d’un laboratoire : la théorie qui n’a plus rien de conspirationniste », sur www.marianne.net, 2021-05-14utc17:44:47+0000 (consulté le )
    69. ↑ « Covid-19 : "Au printemps, tout le monde sera persuadé que tout est fini, mais pas moi !", avertit l'épidémiologiste Renaud Piarroux », sur franceinfo, (consulté le )
    70. ↑ « Covid : la recherche sur les virus en laboratoire va-t-elle trop loin ? - C à vous - 07/06/2022 » (consulté le )
    71. ↑ a b et c « Origine du Covid-19 : le rôle trouble d’une ONG américaine et d’un zoologue britannique », Le Monde.fr,‎ (lire en ligne, consulté le ) :

      « Cet institut de Wuhan, par ailleurs, aurait-il mené des expériences de « gain de fonction » sur des coronavirus, susceptibles d’aggraver leur pathogénicité ? Peter Daszak le nie »
    72. ↑ « La question de l'origine du SARS-CoV-2 se pose sérieusement », sur CNRS Le journal (consulté le ) : « Reste la 4e insertion qui fait apparaître un site de protéolyse furine chez le SARS-CoV-2 absente dans le reste de la famille des SARS-CoV »
    73. ↑ Erwan Sallard, José Halloy, Didier Casane et Jacques van Helden, « Retrouver les origines du SARS-CoV-2 dans les phylogénies de coronavirus », médecine/sciences, vol. 36, nos 8-9,‎ , p. 783–796 (ISSN 0767-0974 et 1958-5381, DOI 10.1051/medsci/2020123, lire en ligne, consulté le ) :

      « Une insertion entre les fragments S1 et S2 de la protéine S a créé un site de clivage protéolytique sensible à la furine. Cette insertion est récente, puisqu’aucun virus connu proche de SARS-CoV-2 ne la contient »
    74. ↑ « Origine du virus de la Covid-19: mise à jour 1er avril 2022 »
    75. ↑ Steven E. Massey, « SARS-CoV-2's closest relative, RaTG13, was generated from a bat transcriptome not a fecal swab: implications for the origin of COVID-19 », arXiv:2111.09469 [q-bio],‎ (lire en ligne, consulté le )
    76. ↑ (en) Peng Zhou, Xing-Lou Yang, Xian-Guang Wang et Ben Hu, « Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin », Nature,‎ , p. 2020.01.22.914952 (DOI 10.1101/2020.01.22.914952v2, lire en ligne, consulté le )
    77. ↑ (en-US) « The ‘Occam's Razor Argument’ Has Not Shifted in Favor of a COVID Lab Leak », sur Snopes.com (consulté le )
    78. ↑ a et b « Controversies around SARS-CoV-2 origin (part 3) From RaTG13 to the 2012 pneumonia with COVID-19-like symptoms »
    79. ↑ « VIDEO. En 2012, une mystérieuse maladie ressemblant à une pneumonie sévère avait déjà fait des morts en Chine », sur Franceinfo, (consulté le )
    80. ↑ (en-US) « Bat coronavirus RaTG13, complete genome », Nature,‎ (lire en ligne, consulté le )
    81. ↑ Xing-Yi Ge, Ning Wang, Wei Zhang et Ben Hu, « Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft », Virologica Sinica, vol. 31, no 1,‎ , p. 31–40 (ISSN 1995-820X, PMID 26920708, PMCID 7090819, DOI 10.1007/s12250-016-3713-9, lire en ligne, consulté le )
    82. ↑ a et b « Covid-19 : comment l'hypothèse de l'accident de laboratoire, à l'origine du coronavirus, s'est étoffée en un an », sur Franceinfo, (consulté le )
    83. ↑ « la-piste-de-laccident-de-laboratoire-wuhan-refait-surface »
    Ce document provient de « https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Origine_du_SARS-CoV-2&oldid=202838347 ».