Origine du SARS-CoV-2

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L'origine du SARS-CoV-2 est encore incertaine. Le réservoir animal initial se trouve chez la chauve-souris chinoise Rhinolophus affinis. Son adaptation à l'humain pourrait résulter d’un passage direct des chauves-souris aux humains ou d’une transmission impliquant un hôte intermédiaire, via un mécanisme de saut de la barrière des espèces. L'hypothèse d'un accident de laboratoire de virologie, vigoureusement écartée par les premières enquêtes sur l'origine du Covid-19 chez l'humain coordonnées par l'OMS, fait pourtant partie des scénarios possibles[1], d'autant que le virus n'a été trouvé nulle part dans la nature. L'identité, le lieu, le temps et le mécanisme de transmission au « patient zéro » doivent encore être élucidés[2],[3].

Histoire[modifier | modifier le code]

Wuhan comme épicentre[modifier | modifier le code]

En décembre 2019 et janvier 2020, une épidémie à pneumopathie éclate en Chine et touche surtout la province du Hubei. Le marché de gros de fruits de mer de Huanan, à Wuhan, est désigné comme épicentre de l'épidémie par les autorités locales le [4]. Il est fermé le lendemain même, le . Le marché de Huanan a la particularité d'offrir une grande diversité de produits issus de la faune sauvage[5]. Les premiers symptômes attribuables a posteriori au SARS-CoV-2 seraient toutefois apparus dès le chez un patient n'ayant pas fréquenté ce marché[6].

Le premier cas exporté hors de la Chine continentale est découvert le en Thaïlande[7]. La situation se dégrade rapidement au niveau mondial, et l'épidémie est déclarée urgence de santé publique de portée internationale par l'OMS le [8]. C'est la sixième fois seulement que l'OMS déclenche ce niveau d'alerte dans son histoire[9]. Dans les premières semaines de l'épidémie de 2019-2020, le virus se propage via des voyageurs vers différents pays d'Asie[10],[11],[12], le 21 janvier en Amérique du Nord[13], le , en Australie[14], en Europe[15],[16], le 16 février en Afrique[17] et le en Amérique du Sud[18]. Il s'agit là des premiers cas recensés, en réalité le virus est probablement arrivé plus tôt sur chacun de ces territoires, en y passant inaperçu. Le SARS-CoV-2 circulait probablement en France dès novembre 2019[19].

Mi-février 2020, le plus important foyer hors de Chine est le paquebot de croisière Diamond Princess, en quarantaine dans le port de Yokohama[20]. Dans la troisième semaine de février des foyers secondaires d'importance émergent en Corée du Sud, en Italie et en Iran[21], faisant craindre une installation durable de l'épidémie au niveau mondial[22]. Cette crainte se confirme début mars : le , le directeur général de l'OMS déclare que « la COVID-19 peut être qualifiée de pandémie »[23].

Arbre phylogénétique[modifier | modifier le code]

Le SARS-CoV-2 a des similitudes avec les Betacoronavirus trouvés chez les chauves-souris et les pangolins[24],[25]. L'arbre phylogénétique de la branche des coronavirus apparentés au SARS-CoV-2, tel qu'obtenu sur la base du gène RdRp, est le suivant[26],[27],[28] :



Rc-o319, proche à 81 % du SARS-CoV-2, Rhinolophus cornutus, Iwate, Japon (récolté en 2013, publié en 2020)[29]





SL-ZXC21, 88 %, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang (récolté en 2015, publié en 2018)[30]



SL-ZC45, 88 %, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang (récolté en 2017, publié en 2018)[30]





SL-CoV-GX, 89 %, Manis javanica, Asie du Sud-Est (récolté en 2017, publié en 2020)[31]




SL-CoV-GD, 91 %, Manis javanica, Asie du Sud-Est[32]





RacCS203, 91,5 %, Rhinolophus acuminatus, Chachoengsao, Thaïlande (métagénome de 4 coronavirus collectés en juin 2020, publié en 2021)[27]






RmYN02, 93,3 %, Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan (récolté en juin 2019, publié en 2020)[33]



RpYN06, 94.4 %, Rhinolophus pusillus, Mengla, Yunnan (récolté en mai 2020, publié en 2021)[26]





RshSTT182, 92,6 %, Rhinolophus shameli, Stoeng Treng, Cambodge (récolté en 2010, publié en 2021)[28]



RaTG13, 96,1 %, Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan (récolté en 2013, publié en 2020)[34]





SARS-CoV-2 (100 %)










SARS-CoV-1, proche à 79 % du SARS-CoV-2


En matière d'homologie, le SARS-CoV-2 est :

De manière surprenante, il a été observé en laboratoire que le coronavirus RaTG13 est incapable de se fixer sur les récepteurs ACE2 des chauves-souris censées être son hôte naturel. En revanche, RaTG13 reconnaît très bien les récepteurs ACE2 des souris et rats, et dans une moindre mesure ceux des humains. À partir de constat, il a été suggéré que l’échantillon fécal qui a permis de séquencer RaTG13 pourrait être en fait celui d’un rongeur et non d’une chauve-souris[42],[43].

Hôte intermédiaire[modifier | modifier le code]

Il est généralement admis que la transmission zoonotique des coronavirus de la chauve-souris à l'humain passe par une espèce animale intermédiaire. Cet hôte intermédiaire serait un prérequis : les récepteurs comme l'ACE2 sont différents entre un humain et une chauve-souris[44]. Ainsi il est suggéré que le SARS-CoV-1 a passé la barrière inter-espèce via la civette. Le taux d’identité entre le génome du SARS-CoV-1 humain et celui de la souche de civette la plus proche était de 99,52 %[44]. Concernant le MERS-CoV, il est suggéré que la transmission s'est faite via le dromadaire.

De nombreuses hypothèses ont émergé concernant l'hôte intermédiaire du SARS-CoV-2. Une première hypothèse, reprise par la presse, a suggéré deux espèces de serpents, Bungarus multicinctus et Naja atra[45], mais cette hypothèse a rapidement été écartée[46],[47]. Aucun coronavirus n'est connu à ce jour chez les animaux à sang froid : ils infectent des oiseaux ou plus souvent des mammifères[48].

Des experts[49],[50] ont avancé l'hypothèse d'un pangolin, un mammifère en danger d'extinction qui fait l'objet d'une consommation illégale en Chine, et qui était en vente sur le marché de Wuhan. On trouve chez le pangolin javanais Manis javanica des coronavirus quasiment identiques, en particulier pour leur spicule protéique[39],[40],[41]. Néanmoins, le taux d’identité des nucléotides des pangolins dans la région RBD atteint à peine 89 %, un pourcentage bien inférieur aux taux observés entre les souches de virus isolées chez l’humain et celles infectant les derniers intermédiaires animaux lors des précédentes transmissions zoonotiques comme le SARS-CoV-1[44].

En 2020, il est constaté que de nombreux animaux peuvent être infectés par le SARS-CoV-2 : les singes, les félidés (chats, tigres), les lapins, le chien viverrin, les furets et le hamster[51]. Il est suggéré que l'infection est le plus souvent bénigne, voire asymptomatique[52]. Le vison d'Amérique est capable de retransmettre la Covid à l'humain. Dans des élevages contaminés, 68 % des personnes en contact ont été infectées au SARS-CoV-2 par des visons[53],[54]. Pour cette raison 17 millions de visons ont été abattus au Danemark[55]. Enfin, alors qu’auparavant, le SARS-CoV-2 ne pouvait infecter que des rongeurs transgéniques porteurs du récepteur ACE2 humain, depuis 2021 avec l'apparition des variants anglais, sud-africain et brésilien, il a été constaté que le virus se transmet facilement aux rongeurs « sauvages », faisant craindre une accélération incontrôlable de l'évolution des mutants du SARS-CoV-2[56],[57].

Accident de laboratoire[modifier | modifier le code]

Selon Fox News, le virus aurait pu s'être échappé par accident de l'Institut de virologie de Wuhan. L'hypothèse est évoquée par Mike Pompeo, secrétaire d'État des États-Unis citant une enquête en cours de leur administration[58]. Richard Ebright (en), expert américain en biosécurité, estime que « les preuves laissent une base pour exclure que la Covid-19 soit une construction de laboratoire, mais aucune base pour exclure un accident »[59]. Des chercheurs du CNRS donnent du crédit à cette hypothèse[60].

En janvier 2021, l'Organisation mondiale de la santé envoie à Wuhan une équipe pour enquêter sur l'origine du virus[61]. L'enquête, placée en Chine sous surveillance étroite, « n'a pu percer les origines du Covid-19 », mais « les experts de l'OMS ont toutefois jugé hautement improbable l'hypothèse de la fuite depuis un laboratoire de la ville [de Wuhan]. » Le patron de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a néanmoins affirmé le que « toutes les hypothèses (restaient) sur la table » pour expliquer l'origine de la pandémie[62].

Le 14 mai 2021, 18 scientifiques américains publient dans le magazine Science un article invitant la communauté scientifique à envisager toutes les pistes, notamment celle d'une fuite d'un laboratoire de Wuhan[63].

Le professeur Renaud Piarroux considère, en janvier 2022 : « Je pense qu'il faut maintenant considérer la fuite involontaire à partir d'un laboratoire comme une hypothèse à investiguer sérieusement. »[64] . En juin 2022, il révèle à la télévision française que les recherches sur les coronavirus à Wuhan étaient faites non au niveau des laboratoires P4 mais dans les P2 où la sécurité est bien moindre. Il précise qu'il y a eu des manipulations de la part de certains scientifiques, comme Peter Daszak, pour écarter cette piste et refuser les investigations en profondeur[65].

Bibliographie[modifier | modifier le code]

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Notes et références[modifier | modifier le code]

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