Variant 501.V2

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État de la propagation mondiale du variant 501.V2 au .
  • Entre 5 et 9 cas confirmés.
  • Entre 2 et 4 cas confirmés.
  • Un cas confirmé.
  • Cas confirmé(s) mais données indisponibles.
  • Cas suspecté(s).
  • Absence de cas ou données indisponibles.

Le variant 501.V2, aussi appelé variant sud-africain, est un variant considéré comme hautement transmissible du SARS-CoV-2, coronavirus responsable de la Covid-19. Ce variant a été détecté en Afrique du Sud et son existence rendue publique par le département de la Santé (en) de ce pays le 18 décembre 2020[1]. Il a par la suite été observé également au Royaume-Uni[2],[3].

On a observé que la prévalence de ce variant est plus élevée chez les personnes jeunes sans comorbidité et qu'elle conduit chez ces patients à des formes plus graves de la maladie que les autres variants[4],[5]. Le département de la Santé d'Afrique du Sud indique également que ce variant pourrait être responsable de la seconde vague de la pandémie de Covid-19 dans ce pays en raison de sa plus grande vitesse de diffusion[1],[4].

Mutations[modifier | modifier le code]

Ce variant contient plusieurs mutations qui lui permettent de se lier plus facilement aux cellules humaines, notamment en raison des trois mutations suivantes[6] du péplomère S du virus affectant le domaine de liaison au récepteur, ou RBD (pour receptor-binding domain), susceptible de se lier à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) : une mutation N501Y[7] (un résidu d'asparagine est remplacé par une tyrosine en position 501), une mutation K417N[8] (un résidu de lysine est remplacé par une asparagine en position 417) et une mutation faux sens E484K[8] (un résidu de glutamate est remplacé par une lysine en position 484).

La mutation N501Y est également présente dans le variant VOC-202012/01 observé fin 2020 au Royaume-Uni[6],[9],[10].

Le variant 501.V2 a plus muté que le VOC-202012/01 anglais, ce qui le rend plus inquiétant.

Contagiosité[modifier | modifier le code]

Le variant sud-africain serait une souche plus contagieuse du SARS-CoV-2, ce qui le rendrait plus difficile à contrôler et pourrait causer, arithmétiquement, plus d'hospitalisations et de décès. Le variant sud-africain 501.V2 semblerait être plus contagieux que le variant anglais VOC-202012/01, déjà entre 50 % et 70 % plus contagieux que la souche commune[11]. Cette contagiosité accrue serait due à la mutation N501Y principalement, mais aussi K417N et E484K, présentes sur la protéine Spike.

Résistance aux vaccins[modifier | modifier le code]

L'inquiétude quant à la résistance au vaccin du variant 501.V2 est plus grande que pour le VOC-202012/01, qui a été confirmé sensible aux vaccins occidentaux, notamment à ARN. La modification de la protéine S détectée par le système immunitaire est problématique. En effet, il existe, selon le professeur John Bell de l'université d'Oxford, une grande inconnue quant à l'efficacité des vaccins, qui, a minima, pourrait être réduite[11]. Des analyses de plasma de personnes précédemment infectées avaient montré que le virus déjouait l'immunité en étant « moins bien neutralisé » par les lymphocytes[12]. On note également le cas en d'une Brésilienne réinfectée par un variant porteur de la E484K, qui avait alors eu une forme plus sévère. Pfizer et Moderna ont assuré que leur vaccin neutralisait un virus porteur de la mutation N501Y, mais aucune étude n'a été faite pour la E484K[13]. Ce variant augmente également le risque de réinfection.

Les scientifiques s'inquiètent de l'éventuelle accumulation des mutations dans le futur, réduisant progressivement l'efficacité des vaccins et nécessitant leur reformulation, même si à l'heure actuelle, une moitié d'entre eux reste optimiste concernant 501.V2, tandis que l'autre est dubitative.[14]

Une étude de Pfizer est en cours. Les premiers prérésultats offrent des perspectives peu encourageantes, laissant craindre la nécessité de reformuler (durant six semaines) le vaccin, avec ensuite la question juridique du « saut » des essais cliniques.[source insuffisante]

Origine[modifier | modifier le code]

Ce variant accumule un nombre de mutations plus important que d'habitude. Les mutations pourraient être apparues chez un sujet immunodéprimé, ayant de moins bonnes défenses et favorisant la multiplication du virus. D'autant que l'Afrique du Sud a un taux de prévalence au SIDA de plus de 20 % (pour les personnes âgées de 15 à 49 ans), particulièrement dans l'Est du pays[11].

Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. a et b (en) Sheri Fink, « South Africa announces a new coronavirus variant. », sur https://www.nytimes.com/, The New York Times, (consulté le 24 décembre 2020).
  2. (en) Sarah Newey, Tom Collins et Will Brown, « Two cases of 'highly concerning' South Africa virus variant detected in UK », sur https://www.telegraph.co.uk/, The Daily Telegraph, (consulté le 24 décembre 2020).
  3. (en) Clive Cookson, David Pilling et Joseph Cotterill, « Coronavirus variant first detected in South Africa identified in Britain », sur https://www.ft.com/, Financial Times, (consulté le 24 décembre 2020).
  4. a et b (en) Lesley Wroughton et Max Bearak, « South Africa’s second coronavirus wave is fueled by a new strain, teen ‘rage festivals’ », sur https://www.washingtonpost.com/, The Washington Post, (consulté le 24 décembre 2020).
  5. (en) Zwelini Mkhize, « Update on Covid-19 (18th December 2020) », sur https://sacoronavirus.co.za/, Département de la Santé d'Afrique du Sud (en), (consulté le 24 décembre 2020).
  6. a et b (en) Derek Lowe, « The New Mutations », sur https://blogs.sciencemag.org/, Science, (consulté le 24 décembre 2020) : « I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role. You’ll note the N501Y is also in the UK strain, but the E484K is one that people are particularly watching, because that’s in a region that a number of antibodies seem to recognize. ».
  7. (en) Salim S. Abdool Karim, « The 2nd Covid-19 wave in South Africa: Transmissibility & a 501.V2 variant », sur https://www.scribd.com/, Scribd, (consulté le 24 décembre 2020).
  8. a et b (en) « Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants. » [PDF], sur https://www.who.int/, Organisation mondiale de la santé, (consulté le 24 décembre 2020).
  9. (en) « Novel mutation combination in spike receptor binding site », sur https://www.gisaid.org/, GISAID, (consulté le 24 décembre 2020).
  10. (en) « Implications of the Emerging SARS-CoV-2 Variant VOC 202012/01 », sur https://www.cdc.gov/, CDC, (consulté le 24 décembre 2020).
  11. a b et c « Covid-19 : le variant sud-africain plus "toxique" que le britannique ? », sur LCI (consulté le 14 janvier 2021)
  12. « Covid-19 : ces nouvelles mutations qui inquiètent les scientifiques », sur www.franceinter.fr, (consulté le 14 janvier 2021)
  13. RMC, « Nom de code: « E484K »: pourquoi la mutation du Covid-19 pose question pour les vaccins », sur RMC (consulté le 14 janvier 2021)
  14. « Sur les traces du variant sud-africain qui pourrait remettre en cause l'efficacité du vaccin », sur www.msn.com (consulté le 17 janvier 2021)