Lignées Pango

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Lignées Pango
Pangolin logo.svg

Informations
Dernière version 4.0.6 ()[1]Voir et modifier les données sur Wikidata
Dépôt github.com/cov-lineages/pangolinVoir et modifier les données sur Wikidata
Écrit en PythonVoir et modifier les données sur Wikidata
Type Base de données biologiquesVoir et modifier les données sur Wikidata
Licence Licence publique générale GNU version 3Voir et modifier les données sur Wikidata
Site web pangolin.cog-uk.ioVoir et modifier les données sur Wikidata

Lignées Pango ou Attribution phylogénétique des lignées d'épidémies mondiales nommées (PANGOLIN) est un outil logiciel développé par les membres du laboratoire Rambaut, et l'application Web associée[2]. Son objectif est de mettre en œuvre la nomenclature dynamique des lignées SARS-CoV-2, connue sous le nom de nomenclature Pango[3]. Un utilisateur avec une séquence génomique complète d'un échantillon de SARS-CoV-2 peut utiliser l'outil pour soumettre cette séquence, qui est ensuite comparée à d'autres séquences génomiques, et assignée à la lignée la plus probable (Lignées Pango)[4].

Contexte[modifier | modifier le code]

Une lignée Pango est décrite comme un groupe de séquences associées à un événement épidémiologique, par exemple l'introduction du virus dans une zone géographique distincte avec des preuves de propagation[3].

L'outil et le système de nomenclature sont largement utilisés pendant la Pandémie de Covid-19[3],[5].

Notes et références[modifier | modifier le code]

Références[modifier | modifier le code]

  1. « Release 4.0.6 », (consulté le )
  2. « Real-Time Epidemiology for COVID-19 », www.pathogensurveillance.net (consulté le )
  3. a b et c Rambaut, A., Holmes, E.C., O’Toole, Á. et al., « A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology », Nature Microbiology, vol. 5, no 11,‎ , p. 1403–1407 (PMID 32669681, DOI 10.1038/s41564-020-0770-5, lire en ligne Accès libre).
  4. « Pangolin web application release », virological.org, (consulté le )
  5. Pipes, Wang, Huelsenbeck et Nielsen, « Assessing Uncertainty in the Rooting of the SARS-CoV-2 Phylogeny », Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP),‎ (ISSN 0737-4038, DOI 10.1093/molbev/msaa316, lire en ligne Accès libre)

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]