Variant Gamma du SARS-CoV-2

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Le variant Gamma[1] du SARS-CoV-2, aussi appelé variant P.1 est un variant qui a émergé en décembre 2020 dans la région brésilienne de Manaus, alors qu'aucune trace de ce variant n'avait été détectée jusqu'en novembre 2020.

Il est responsable d'une seconde vague extrêmement sévère dans la ville de Manaus alors que celle-ci semblait avoir atteint l'immunité collective en octobre 2020 après que 76 % de la population avaient apparemment été exposés au SARS-CoV-2[2],[3].

Mutations et problèmes sous-jacents[modifier | modifier le code]

Le variant P.1, proche du variant B.1.1.248[4] - détecté au Japon mais provenant également du Brésil, comporte de nombreuses mutations problématiques, plus que le variant VOC-202012/01 britannique (ou anglais). La mutation N501Y le rendrait plus contagieux, à l'instar du VOC-202012/01 et du variant 501.V2 sud-africain. Il présente aussi la mutation E484K, tout comme le variant B.1.1.28 et le variant 501.V2, ce qui pourrait le rendre plus résistant aux anticorps issus d'une infection passée (cette hypothèse semblant être confirmée par le cas de la deuxième vague de Manaus), mais pourrait aussi altérer, et au pire, inactiver, l'efficacité des vaccins à ARN actuellement développés sur les modèles d'autres souches[5].

La mutation E484K, également présente chez le variant Bêta, est sans doute liée avec un échappement immunitaire[6].

Au total, le variant Gamma présente 21 mutations, dont 17 mutations faux-sens remplaçant certains acides aminés, 3 délétions (suppression de certaines nucléotides) et même une insertion[5].

Foyers en dehors du Brésil[modifier | modifier le code]

En dehors du Brésil, en avril 2021, le principal foyer d'infection est lié à la station de ski canadienne de Whistler en Colombie britannique du Canada[7].

Santé publique France note, le 8 avril 2021, que ce variant P1-V3 est "majoritaire parmi les souches circulant en Guyane". Du 29 mars au 4 avril, le variant brésilien est "à l'origine de plus de 76% des contaminations dans la région"[8].

Détection[modifier | modifier le code]

Lors d'un test RT-PCR, le variant Gamma peut être distingué notamment par la mutation E484K, également présente chez le variant Bêta[6].

Statistiques[modifier | modifier le code]

Cas par pays (mis à jour le 1 août 2021) GISAID[9]
Pays Cas confirmés Dernier cas signalé
États-Unis 21 605 29 juin 2021
Brésil 12 469 13 juin 2021
Canada 8 481
Belgique 1 518 1 juillet 2021
Mexique 1 285 24 juin 2021
Chili 2 149 13 juin 2021
Espagne 786 26 juin 2021
Italie 551 29 juin 2021
Pays-Bas 518 17 juin 2021
Colombie 316 1 juin 2021
Allemagne 312 22 juin 2021
France 289 23 juin 2021
Trinité-et-Tobago 375 15 juin 2021
Argentine 236 12 mai 2021
Guyane française 225 11 juin 2021
Royaume-Uni 200 23 juin 2021
Portugal 176 23 juin 2021
Uruguay 171 15 avril 2021
Suisse 162 21 juin 2021
Aruba 116 20 juin 2021
Japon 130 13 juin 2021
Surinam 108 25 mai 2021
Suède 70 14 juin 2021
Paraguay 53 4 mai 2021
Danemark 49 29 juin 2021
Haïti 47 20 mai 2021
Luxembourg 47 21 mai 2021
Équateur 36 18 juin 2021
Costa Rica 32 21 mai 2021
Irlande 27 27 mai 2021
Peru 58 22 February 2021
Austria 24 10 June 2021
Malta 24 21 June 2021
Turkey 23 29 March 2021
Bolivia 17 2 June 2021
Venezuela 17 26 May 2021
Czech Republic 13 9 June 2021
Dominican Republic 12 10 June 2021
Paraiba 12 3 mars 2021
Israel 11 16 May 2021
Singapore 10 11 June 2021
Australia 16 25 April 2021
New Zealand 7 31 May 2021
Norway 7 15 June 2021
Poland 7 19 June 2021
Koweït 6 19 janvier 2021
Afrique du Sud 6 28 décembre 2020
Curaçao 6 28 mai 2021
Roumanie 6 25 mai 2021
Jordanie 5 28 avril 2021
Slovénie 4 31 mai 2021
Taïwan 4 28 janvier 2021
Lituanie 3 31 mai 2021
Corée du Sud 3 3 avril 2021
Rio de Janiero 3 26 janvier 2021
Chine 2 17 avril 2021
Croatie 2 19 avril 2021
République Démocratique du Congo 2 12 février 2021
Finlande 2 23 mai 2021
Bangladesh 1 18 février 2021
Barbade 1 22 mai 2021
Îles Caïmans 1 17 juin 2021
Îles Féroé 1 12 janvier 2021
Guam 1 30 avril 2021
Guyane 1 18 janvier 2021
Philippines 1 21 février 2021
Porto Rico 1 9 juin 2021
Liberia 1 20 juin 2021
Ghana 1 15 avril 2021
Papouasie Nouvelle Guinée 1 5-7 avril 2021
Arabie Saoudite 1 31 janvier 2021
Amazonas 1 22 juin 2021
Espirito Santo 1 27 mai 2021
Santa Catarina 1 24 mai 2021
Parana 1 23 février 2021
Guinea-Bissau 2 22 février 2021
Comores 1 29 juin 2021
Montserrat 1 16 avril 2021
Monde (78 pays) Total : 52 228 Total au 1 août 2021

Références[modifier | modifier le code]

  1. « Alpha, Bêta, Gamma… L’OMS rebaptise les variants du Covid-19 », sur liberation.fr, .
  2. « Que sait-on du variant brésilien du Covid-19 qui sème le chaos à Manaus ? », sur www.20minutes.fr (consulté le )
  3. Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic, sur science.sciencemag.org (consulté le 22 janvier 2021)
  4. Le variant B1.1.248 a par la suite été réaffecté en B.1.1.28.
  5. a et b Marc Gozlan, « Covid-19 : le défi des nouveaux variants », sur Réalités Biomédicales, (consulté le )
  6. a et b « Le point sur les variants du Coronavirus Covid19 », sur cerballiance.fr (consulté le )
  7. https://www.theguardian.com/world/2021/apr/11/canada-ski-resort-p1-covid-variant-whistler
  8. https://www.rtl.fr/actu/bien-etre/coronavirus-la-guyane-craint-la-diffusion-du-variant-bresilien-7900020026
  9. « GISAID - hCov19 Variantes », sur www.gisaid.org (consulté le )

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]