Variant Bêta du SARS-CoV-2

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État de la propagation mondiale du variant 501.V2 au .
  • Entre 5 et 9 cas confirmés.
  • Entre 2 et 4 cas confirmés.
  • Un cas confirmé.
  • Cas confirmé(s) mais données indisponibles.
  • Cas suspecté(s).
  • Absence de cas ou données indisponibles.

Le variant Bêta[1] du SARS-CoV-2, aussi appelé variant 501.V2 ou B.1.351 et surnommé « variant sud-africain », est un variant considéré comme hautement transmissible du SARS-CoV-2, coronavirus responsable de la Covid-19. Ce variant a été détecté en Afrique du Sud et son existence rendue publique par le département de la Santé (en) de ce pays le 18 décembre 2020[2]. Il a par la suite été observé également en Europe, dont le Royaume-Uni[3],[4] et la France[5].

On a observé que la prévalence de ce variant est plus élevée chez les personnes jeunes sans comorbidité et qu'elle conduit chez ces patients à des formes plus graves de la maladie que les autres variants[6],[7]. Le département de la Santé d'Afrique du Sud indique également que ce variant pourrait être responsable de la seconde vague de la pandémie de Covid-19 dans ce pays en raison de sa plus grande vitesse de diffusion[2],[6].

Mutations[modifier | modifier le code]

Ce variant contient plusieurs mutations qui lui permettent de se lier plus facilement aux cellules humaines, notamment en raison des trois mutations suivantes[8] du péplomère S du virus affectant le domaine de liaison au récepteur, ou RBD (pour receptor-binding domain), susceptible de se lier à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) : une mutation N501Y[9] (un résidu d'asparagine est remplacé par une tyrosine en position 501), une mutation K417N[10] (un résidu de lysine est remplacé par une asparagine en position 417) et une mutation faux sens E484K[10] (un résidu de glutamate est remplacé par une lysine en position 484).

La mutation N501Y est également présente dans le variant VOC-202012/01 observé fin 2020 au Royaume-Uni[8],[11],[12].

Le variant 501.V2 a plus muté que le VOC-202012/01 anglais, ce qui le rend plus inquiétant.

Contagiosité[modifier | modifier le code]

Le variant sud-africain serait une souche plus contagieuse du SARS-CoV-2, ce qui le rendrait plus difficile à contrôler et pourrait causer, arithmétiquement, plus d'hospitalisations et de décès. Le variant sud-africain 501.V2 semblerait être plus contagieux que le variant anglais VOC-202012/01, ce dernier étant déjà entre 50 % et 70 % plus contagieux que la souche commune[13]. Cette contagiosité supérieure serait due principalement à la mutation N501Y, mais aussi aux mutations K417N et E484K, présentes sur la protéine Spike.

Résistance aux vaccins[modifier | modifier le code]

L'inquiétude quant à la résistance au vaccin du variant 501.V2 est plus grande que pour le VOC-202012/01, qui a été confirmé sensible aux vaccins occidentaux, notamment à ARN. La modification de la protéine S détectée par le système immunitaire est problématique. Il existe en effet, selon le professeur John Bell de l'université d'Oxford, une grande inconnue quant à l'efficacité des vaccins, qui, a minima, pourrait être réduite[13]. Des analyses de plasma de personnes précédemment infectées avaient montré que le virus déjouait l'immunité en étant « moins bien neutralisé » par les lymphocytes[14]. On note également le cas en d'une Brésilienne réinfectée par un variant porteur de la E484K, qui avait alors eu une forme plus sévère. Pfizer et Moderna ont assuré que leur vaccin neutralisait un virus porteur de la mutation N501Y, mais aucune étude n'a été faite pour la E484K[15]. Ce variant augmenterait également le risque de réinfection.

Les scientifiques s'inquiètent de l'éventuelle accumulation de mutations dans le futur, réduisant progressivement l'efficacité des vaccins et nécessitant leur reformulation, même si à l'heure actuelle, une moitié d'entre eux reste optimiste concernant 501.V2, alors que l'autre est dubitative[16].

Une étude provenant du Qatar publiée le 5 mai 2021 dans la revue The New Journal of Medecine portant sur 37 674 participants a démontré l'efficacité du vaccin BNT162b2 (Pfizer-BioNTech) sur les variants B.1.1.7 (anglais) et B.1.351 (sud-africain). Pour un intervalle de confiance de 95%, l'étude indique que pour un minimum de 14 jours après la seconde dose, l'efficacité était de 89,5% contre les contaminations repérées par test PCR (symptomatiques ou non) pour le variant anglais contre 75% pour le variant sud africain. Le vaccin a été efficace à 100% contre les formes graves et mortelles pour les deux variants. L'étude suggère donc une réduction de l'efficacité du vaccin contre le variant sud-africain sur les formes légères et modérées qui ne remet cependant pas en question l'efficacité contre les formes graves et mortelles sur l'échantillon de population étudiée.[17],[18]

Origine[modifier | modifier le code]

Ce variant accumule un nombre de mutations plus important que d'habitude. Les mutations pourraient être apparues chez un sujet immunodéprimé, ayant de moins bonnes défenses et favorisant la multiplication du virus. D'autant que l'Afrique du Sud a un taux de prévalence au SIDA de plus de 20 % (pour les personnes âgées de 15 à 49 ans), particulièrement dans l'Est du pays[13].

Statistiques[modifier | modifier le code]

Cas par pays (mis à jour le 4 août 2021) GISAID[19]
De campagne Cas confirmés Date de collecte
Drapeau d'Algérie Algérie 2 25 avril 2021
Drapeau d'Angola Angola 401 22 avril 2021
Drapeau d'Anguilla Anguilla 2 4 juin 2021
Drapeau d'Argentine Argentine 35 24 avril 2021
Drapeau d'Arménie Arménie 1 25 juin 2021
Drapeau d'Aruba Aruba 4 10 avril 2021
Auckland 3 30 janvier 2021
Drapeau d'Australie Australie 73 28 juin 2021
Drapeau d'Autriche Autriche 260 8 juin 2021
Drapeau d'Azerbaïdjan Azerbaïdjan 1 6 février 2021
Drapeau de Bahreïn Bahreïn 1 9 avril 2021
Drapeau du Bangladesh Bangladesh 56 16 juin 2021
Drapeau de Belgique Belgique 1 075 14 juin 2021
Drapeau du Bhoutan Bhoutan 1 9 avril 2021
Drapeau de Bosnie-Herzégovine Bosnie-Herzégovine 1 11 février 2021
Drapeau du Botswana Botswana 342 27 juin 2021
Drapeau du Brésil Brésil 6 5 avril 2021
Drapeau de Brunei Brunei 1 20 janvier 2021
Drapeau de Bulgarie Bulgarie 2 9 juin 2021
Drapeau du Burkina Faso Burkina Faso 2 30 mai 2021
Drapeau du Burundi Burundi 2 14 mai 2021
Drapeau du Cambodge Cambodge 1 31 mai 2021
Drapeau du Cameroun Cameroun 9 1er mars 2021
Drapeau du Canada Canada 860 21 juin 2021
Drapeau de République centrafricaine République centrafricaine 2 29 avril 2021
Drapeau du Chili Chili 4 22 mai 2021
Drapeau de Chine Chine 89 4 juin 2021
Drapeau de Colombie Colombie 1 13 avril 2021
Drapeau du Costa Rica Costa Rica 12 4 mai 2021
Drapeau de Côte d'Ivoire Côte d'Ivoire 1 6 mars 2021
Drapeau de Croatie Croatie 41
Drapeau de République tchèque République tchèque 71 10 juin 2021
DR Congo 30 20 avril 2021
Drapeau du Danemark Danemark 121 29 juin 2021
Drapeau de Djibouti Djibouti 22 9 avril 2021
Drapeau de République dominicaine République dominicaine 2 21 mai 2021
Drapeau de Guinée équatoriale Guinée équatoriale 43 1 avril 2021
Drapeau d'Estonie Estonie 37 23 avril 2021
Drapeau Eswatini 26 23 mars 2021
Îles Falkland 1 2 mars 2021
Îles Féroé 1 6 mai 2021
Drapeau de Finlande Finlande 1,123 21 mai 2021
Drapeau de France France 2,149 23 juin 2021
Guyane française 2 7 avril 2021
Drapeau du Gabon Gabon 4 21 février 2021
Drapeau de Géorgie Géorgie 1 23 mai 2021
Drapeau d'Allemagne Allemagne 2 231 19 juin 2021
Drapeau du Ghana Ghana 17 8 avril 2021
Drapeau de Gibraltar Gibraltar 1 14 mai 2021
Drapeau de Grenade Grenade 2 24 février 2021
Drapeau de Grèce Grèce 19 29 avril 2021
Drapeau de Guadeloupe Guadeloupe 4 25 mai 2021
Drapeau de Guam Guam 3 28 avril 2021
Guinée-Bissau 1 1 février 2021
Haiti 40 16 janvier 2021
Drapeau du Honduras Honduras 2 7 mars 2021
Drapeau d'Inde Inde 208 14 juin 2021
Drapeau d'Indonésie Indonésie 10 2 juin 2021
Drapeau d'Iran Iran 2 3 avril 2021
Drapeau d'Irak Irak 1 26 février 2021
Drapeau d'Irlande Irlande 69 19 avril 2021
Drapeau d'Israël Israël 240 28 mai 2021
Drapeau d'Italie Italie 69 1 juin 2021
Drapeau de Jamaïque Jamaïque 1 7 juin 2021
Drapeau du Japon Japon 89 13 juin 2021
Drapeau de Jordanie Jordanie 2 18 avril 2021
Kansas 22 26 mars 2021
Drapeau du Kenya Kenya 178 31 mai 2021
Drapeau du Koweït Koweït 1 21 juin 2021
Drapeau du Kosovo Kosovo 2 6 juillet 2021
Drapeau de Lettonie Lettonie 9 13 mai 2021
Drapeau du Lesotho Lesotho 14 18 janvier 2021
Libéria 2 10 juillet 2021
Drapeau de Lituanie Lituanie 11 9 avril 2021
Drapeau du Luxembourg Luxembourg 744 22 mai 2021
Drapeau du Malawi Malawi 312 16 avril 2021
Drapeau de Malaisie Malaisie 161 10 juin 2021
Drapeau de Malte Malte 3 1 juin 2021
Manila 18 7 juillet 2021
Drapeau de Martinique Martinique 2 28 avril 2021
Drapeau de Mauritanie Mauritanie 2 5 juin 2021
Drapeau de Maurice Maurice 7 12 mars 2021
Drapeau de Mayotte Mayotte 32 31 janvier 2021
Drapeau du Mexique Mexique 20 16 mai 2021
Drapeau du Mozambique Mozambique 328 22 avril 2021
Drapeau de Namibie Namibie 9
Drapeau des Pays-Bas Pays-Bas 693 27 mai 2021
Drapeau de Nouvelle-Zélande Nouvelle-Zélande 31 25 juin 2021
Drapeau de Macédoine du Nord Macédoine du Nord 1 10 mars 2021
Îles Mariannes du Nord 1 27 avril 2021
Drapeau de Norvège Norvège 362 11 juin 2021
Drapeau du Pakistan Pakistan 35 5 juin 2021
Drapeau du Panamá Panama 2 12 janvier 2021
Drapeau des Philippines Philippines 1.213 8 avril 2021
Drapeau de Pologne Pologne 45 7 juin 2021
Drapeau du Portugal Portugal 99 2 juin 2021
Drapeau du Qatar Qatar 650 18 mai 2021
La Réunion 400 19 juin 2021
Drapeau de Roumanie Roumanie 7 26 mai 2021
Drapeau de Russie Russie 23 12 juin 2021
Drapeau du Rwanda Rwanda 39 15 juin 2021
Drapeau d'Arabie saoudite Arabie saoudite 3 15 avril 2021
Drapeau de Saint-Christophe-et-Niévès Saint-Christophe-et-Niévès 1 28 février 2021
Les Seychelles 2 14 mars 2021
Drapeau de Singapour Singapour 100 25 juin 2021
Drapeau de Saint-Martin Saint-Martin 1 24 mars 2021
Drapeau de Slovaquie Slovaquie 31 27 mai 2021
Drapeau de Slovénie Slovénie 31 6 avril 2021
Drapeau de Somalie Somalie 1
Drapeau d'Afrique du Sud Afrique du Sud 6 154 21 juin 2021
Drapeau de Corée du Sud Corée du Sud 19 17 avril 2021
Drapeau du Soudan du Sud Soudan du Sud 3 24 avril 2021
Drapeau d'Espagne Espagne 588 18 juin 2021
Drapeau du Sri Lanka Sri Lanka 4 26 mars 2021
Surinam 5 31 mars 2021
Drapeau de Suède Suède 2.322 17 juin 2021
Drapeau de Suisse Suisse 225 22 juin 2021
Drapeau de Taïwan Taïwan 3 26 avril 2021
Drapeau de Thaïlande Thaïlande 40 25 mai 2021
Drapeau du Togo Togo 2 5 février 2021
Drapeau de Trinité-et-Tobago Trinité-et-Tobago 2 8 juin 2021
Drapeau de Tunisie Tunisie 1 24 avril 2021
Drapeau de Turquie Turquie 912 24 mai 2021
Drapeau d'Ouganda Ouganda 13 2 avril 2021
Émirats Arabes Unis 6 27 avril 2021
Drapeau de Grande-Bretagne Royaume-Uni 812 24 juin 2021
Drapeau des États-Unis États-Unis 2 454 28 juin 2021
Drapeau du Venezuela Venezuela 1 6 janvier 2021
Wallis et Futuna 1 22 février 2021
Drapeau de Zambie Zambie 161 28 avril 2021
Drapeau du Zimbabwe Zimbabwe 331 26 février 2021
Monde (131 pays) Total : 28 537 Total au 4 août 2021

Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. « Alpha, Bêta, Gamma… L’OMS rebaptise les variants du Covid-19 », sur liberation.fr, .
  2. a et b (en) Sheri Fink, « South Africa announces a new coronavirus variant. », sur https://www.nytimes.com/, The New York Times, (consulté le ).
  3. (en) Sarah Newey, Tom Collins et Will Brown, « Two cases of 'highly concerning' South Africa virus variant detected in UK », sur https://www.telegraph.co.uk/, The Daily Telegraph, (consulté le ).
  4. (en) Clive Cookson, David Pilling et Joseph Cotterill, « Coronavirus variant first detected in South Africa identified in Britain », sur https://www.ft.com/, Financial Times, (consulté le ).
  5. Audrey Le Guellec, « Les variants du coronavirus progressent en France : à partir de quand faut-il s'inquiéter ? », sur LCI,
  6. a et b (en) Lesley Wroughton et Max Bearak, « South Africa’s second coronavirus wave is fueled by a new strain, teen ‘rage festivals’ », sur https://www.washingtonpost.com/, The Washington Post, (consulté le ).
  7. (en) Zwelini Mkhize, « Update on Covid-19 (18th December 2020) », sur https://sacoronavirus.co.za/, Département de la Santé d'Afrique du Sud (en), (consulté le ).
  8. a et b (en) Derek Lowe, « The New Mutations », sur https://blogs.sciencemag.org/, Science, (consulté le ) : « I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role. You’ll note the N501Y is also in the UK strain, but the E484K is one that people are particularly watching, because that’s in a region that a number of antibodies seem to recognize. ».
  9. (en) Salim S. Abdool Karim, « The 2nd Covid-19 wave in South Africa: Transmissibility & a 501.V2 variant », sur https://www.scribd.com/, Scribd, (consulté le ).
  10. a et b (en) « Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants. » [PDF], sur https://www.who.int/, Organisation mondiale de la santé, (consulté le ).
  11. (en) « Novel mutation combination in spike receptor binding site », sur https://www.gisaid.org/, GISAID, (consulté le ).
  12. (en) « Implications of the Emerging SARS-CoV-2 Variant VOC 202012/01 », sur https://www.cdc.gov/, CDC, (consulté le ).
  13. a b et c « Covid-19 : le variant sud-africain plus "toxique" que le britannique ? », sur LCI (consulté le )
  14. « Covid-19 : ces nouvelles mutations qui inquiètent les scientifiques », sur www.franceinter.fr, (consulté le )
  15. RMC, « Nom de code: « E484K »: pourquoi la mutation du Covid-19 pose question pour les vaccins », sur RMC (consulté le )
  16. « Sur les traces du variant sud-africain qui pourrait remettre en cause l'efficacité du vaccin », sur www.msn.com (consulté le )
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  19. « GISAID - hCov19 Variants », sur www.gisaid.org (consulté le )

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]