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Variant Omicron du SARS-CoV-2

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Image d'un spécimen de SARS-CoV-2. Le variant Omicron présente plusieurs mutations sur le péplomère (spicules en vert sur l'image).

Le variant Omicron ([ɔmikʀɔn][1],[2]) du SARS-CoV-2, aussi appelé B.1.1.529 (synonyme BA.1) selon les lignées Pango, du clade GISAID GR/484A[3], est un variant du coronavirus responsable de la Covid-19. Nommé d'après la lettre grecque Omicron, le premier cas de ce variant est détecté le au Botswana. Le , il est classé comme variant préoccupant par l'Organisation mondiale de la santé (OMS)[4],[5],[6].

Le , l'OMS publie la lignée Pango BA.2 comme étant une sous-lignée de Omicron, définissant alors BA.1 comme alias de B.1.1.529.

Le , l'OMS publie les lignées Pango BA.3, BA.4 et BA.5 comme étant des sous-lignées de Omicron.

Le variant B.1.1.529 a d’abord été détecté en Afrique australe durant le mois de novembre, puis s’est propagé jusqu’à représenter 96,3 % des nouveaux cas dans trois États du nord-ouest des États-Unis ; il est devenu majoritaire dans ce pays depuis le [7].

Un nombre inhabituel de mutations, dont plusieurs inédites ou affectant le péplomère l'ont rendu plus transmissible et actif face au système immunitaire ou aux vaccins. Plusieurs restrictions d'entrées de voyageurs venant des pays où il a été détecté ont donc été mises en place au niveau international pour limiter sa propagation. Mi-décembre, il s'était cependant propagé, à une vitesse inédite selon l'OMS[8] ; « plus vite que n'importe lequel des variants précédents du coronavirus SARS-CoV-2, infectant facilement même ceux qui avaient été vaccinés ou qui avaient déjà eu le COVID-19 »[9].

Les virologues rappellent que l'apparition de variants en supplantant d'autres est un phénomène classique dans les épidémies ; un variant pouvant avoir une meilleure valeur sélective pour de nombreuses raisons autres qu'une meilleure transmissibilité, notamment à cause de changements dans les habitudes de son hôte humain[10],[11]. Début 2022, une étude n'a pas trouvé de différence significative entre la charge virale d'Omicron et Delta[12]. Quelques jours plus tard, une étude danoise non revue par les pairs suggère que la transmissibilité des variants d'Omicron et Delta ne semble pas différente, les personnes non vaccinées étant aussi susceptibles de contracter l'un ou l'autre variant, mais qu'Omicron semble échapper un peu plus à la vaccination que Delta[13].

Origine

Selon une étude chinoise[14], le variant Omicron, atypique avec ses multiples mutations, résulterait d'une double transmission zoonotique :

  1. de l'humain vers la souris, mi-2020 (transmission d'un virus SARS-CoV-2 de la lignée B.1.1) ;
  2. du rongeur vers l'humain, fin 2021, après s'être adapté aux récepteurs cellulaires de l'animal.

Classification

Nomenclature

L'Organisation mondiale de la santé réserve une désignation en lettres grecques pour les « variants préoccupants »[15],[6].

Le , le groupe consultatif technique de l'OMS sur l'évolution du virus du SRAS-CoV-2 a déclaré que la lignée PANGO B.1.1.529 était un variant préoccupant et l'a désigné par la lettre grecque omicron[4],[5],[6].

L'OMS a sauté les lettres précédentes nu et xi dans l'alphabet grec pour éviter toute confusion avec les similitudes du mot anglais « nouveau » et du nom de famille chinois Xi[5],[6],[16],[17].

Le projet GISAID lui a attribué l'identifiant de clade GR/484A[18] et le projet Nextstrain lui a attribué l'identifiant de clade 21K[19].

Mutations

Arbre phylogénétique du SARS-CoV-2
comportant le variant Omicron.
  • Cartographie des mutations de codons du génome de SARS-CoV-2, pour le variant Omicron (B.1.1.529).
    Cartographie des mutations de codons du génome de SARS-CoV-2, pour le variant Omicron (B.1.1.529).
Définition des mutations dans le
variant Omicron SARS-CoV-2
Gène Acide aminé
Cadre de lecture ORF1ab nsp3 : K38R
nsp3 : V1069I
nsp3 : Δ1265
nsp3 : L1266I
nsp3 : A1892T
nsp4 : T492I
nsp5 : P132H
nsp6 : Δ105-107
nsp6 : A189V
nsp12 : P323L
nsp14 : I42V
Protéine Spike A67V
Δ69-70
T95I
G142D
Δ143-145
Δ211
L212I
ins214EPE
G339D
S371L
S373P
S375F
K417N
N440K
G446S
S477N
T478K
E484A
Q493R
G496S
Q498R
N501Y
Y505H
T547K
D614G
H655Y
N679K
P681H
N764K
D796Y
N856K
Q954H
N969K
L981F
Protéine enveloppe T9I
Protéine Membrane (en) D3G
Q19E
A63T
Protéine Nucleocapside (en) P13L
Δ31-33
R203K
G204R
Sources : EDCD Threat Assessment Brief[20] CoVariants[19]

Le variant présente une grande quantité de mutations, dont certaines sont préoccupantes[21] ou non répertoriées dans les autres variants.

Ainsi, 32 mutations affectent le péplomère, principale cible des anticorps et vaccins[22],[23].

Chronologie

Carte des pays concernés par des cas de variant Omicron confirmés le [24].

Le premier spécimen du variant Omicron est recueilli le au Botswana[23]. Il est également détecté en Afrique du Sud[25] et à Hong Kong chez un voyageur de retour d'Afrique du Sud[26],[27]. Un autre cas est identifié en Israël chez un voyageur de retour du Malawi[28] en compagnie de deux autres provenant d'Afrique du Sud et de Madagascar[29][réf. non conforme]. Un cas est également détecté en Belgique chez un voyageur qui l'aurait éventuellement attrapé en Égypte avant le [30].

Les quatre premiers cas rapportés au Botswana, ainsi que les trois confirmés et suspectés en Israël, proviennent de personnes entièrement vaccinées[31],[28].

Fin , plusieurs États ont pris des mesures envers les voyageurs provenant de pays d'Afrique australe où le variant a été détecté. Certains interdisent les vols en provenance de ces pays, alors que d'autres demandent aux voyageurs de respecter un certain temps de quarantaine[32],[33].

Des inquiétudes à propos du possible impact économique du variant entraînent, en , une chute globale des marchés boursiers, dont le plus important recul de l'année pour le Dow Jones Industrial Average. Le prix des pétroles de type Brent Crude et West Texas Intermediate chute respectivement de 10 % et 11,7 %[34].

Épidémiologie

Une augmentation exponentielle du nombre de cas partout en Afrique du Sud, constatée à partir du , et principalement dans le Gauteng, serait attribuable à la lignée B.1.1.529[35],[21],[36].

Le , le variant est également détecté dans quelques pays d'Europe : Royaume-Uni, Allemagne, Italie, Belgique, Tchéquie[37] ou encore Pays-Bas[38][réf. non conforme]. Il est également détecté à l'entrée de l'Australie[38].

Le même jour, l'Institut national des maladies transmissibles de l'Afrique du Sud publie que 30 904 tests COVID effectués ont révélé 2 828 nouvelles infections (un quota de 9,2 %) pour un seul jour[39]. Une semaine plus tard, 65 990 tests révèlent 16 055 nouvelles infections (un quota de 24,3 % et une croissance de 470 %)[40],[41].

Mi-, le variant Omicron est à l'origine de 40 % des cas de contamination à Londres[42], ce qui est qualifié de « raz-de-marée » par Boris Johnson[43].

À la date du , le variant Omicron ne représente que 0,7 % des cas de Covid-19 aux États-Unis et le variant Delta 99,3 %. À peine deux semaines plus tard, le , il compte pour 73,2 % des cas, le variant Delta ne représentant plus que 26,6 %[44]. Selon une étude préliminaire de l'université de Hong Kong, le variant Omicron se répliquerait 70 fois plus vite dans les bronches mais 10 fois moins dans les poumons que le virus originel. Ce résultat indiquerait un virus nettement plus contagieux mais potentiellement moins dangereux : en fait, ce résultat ne dit pas grand chose autre que le taux de réplication du virus mesuré dans les bronches ou poumons[45].

Le , un communiqué officiel informe du premier mort aux États-Unis, au Texas, en relation avec le variant Omicron. Il s'agit d'un homme de la cinquantaine, non vacciné et qui avait déjà été affecté par la Covid-19[46].

Caractéristiques

Selon l'OMS, le risque de contracter une forme grave est moins important qu'avec les autres formes du Covid-19, mais sa propagation est plus rapide[47]. Une étude de sur des pseudovirus estime qu'il est quatre fois plus infectieux (et non pas contagieux) que le type naturel et deux fois plus que le variant Delta[48].

Les études initiales en Afrique du Sud publiées en , sur un nombre réduit de patients, mettent en évidence que l'échappement immunitaire est « bien plus important » que celui observé pour les précédents variants. L'action des anticorps produits par les personnes vaccinées (après deux doses du vaccin de Pfizer[49]) est quarante fois moins bonne contre le variant omicron que contre la souche historique. Selon les premières études européennes, le même schéma vaccinal entraînerait une perte d'efficacité totale ou seulement sept fois inférieure. Toutefois, une troisième dose de vaccin rétablirait une protection partielle. Christian Drosten, directeur du département de virologie de l’hôpital universitaire berlinois de la Charité, nuance ces premiers résultats, en soulignant qu'« une réduction de 40 fois l’activité de neutralisation ne signifie pas que la vaccination protégera 40 fois moins. La perte réelle de l’immunité est bien moindre » et la protection contre les formes graves pourrait être conservée[50].

Une étude prépubliée en menée sur neuf anticorps monoclonaux utilisés en clinique ou en phase de développement préclinique montre que six d'entre eux sont totalement inefficaces face au variant Omicron, tandis que les trois autres voient leur efficacité diminuée de 3 à 80 fois par rapport à leur action sur le variant Delta. Les tests menés sur des sujets un mois après une troisième dose du vaccin Pfizer montrent son efficacité contre le variant Omicron, mais également que ce variant nécessite une quantité d'anticorps de 5 à 31 fois supérieure à celle nécessaire pour le variant Delta pour être neutralisé. La durée de cette efficacité n'est toujours pas connue. La même étude montre par contre que des patients ayant été symptomatiques il y a plus de 12 mois ou ayant reçu les deux doses du vaccin Pfizer il y a plus de cinq mois ne sont quasiment pas protégés contre le variant Omicron[51],[52].

Une prépublication de l'Imperial College parue le suggère un plus faible risque d'hospitalisation avec le variant Omicron qu'avec le variant Delta, en notant toutefois une population plus jeune touchée par le variant Omicron donc moins à risque[53].

La structure moléculaire d'Omicron, comparée avec celle du SRAS-CoV-2 originel et de ses autres variantes, montre des caractéristiques lui permettant d'échapper à nos défenses immunitaires, tout en maintenant sa capacité infectieuse, mais avec une maladie plus bénigne que pour les variants précédents, peut être parce qu'il semble moins adapté aux poumons qu'à la zone nez-gorge[54]. Plus de 30 des mutations concernent la protéine de pointe qui permet au virus de s'ancrer sur ses cellules hôtes, alors que les variants précédents ne présentaient chacun qu'une dizaine de mutations sur leurs protéines de pointe. Et 15 de ces mutations concernent le domaine de liaison au récepteur de la protéine (RBD), qui permet la liaison avec la protéine ACE2 de l'hôte[54]. Ce nombre de mutations est plus élevé que pour les variants précédents (les variants Delta et Alpha, antérieurs) ; chez les personnes guéries d'une Covid et/ou vaccinées, ces mutations ont remodelé les zones de la protéine reconnues par des anticorps « neutralisants », permettant de nouvelles infections[54]. L'effet net est qu'Omicron se lie à ACE2 plus fortement que la version originale du SRAS-CoV-2, et aussi fortement que le variant Delta. Par sélection naturelle, Omicron a adopté une « solution moléculaire très élégante, où les mutations médient l'évasion immunitaire tout en améliorant la liaison aux récepteurs »[55] (ses interactions entre le RBD d'Omicron et l'ACE2 sont améliorées par rapport aux variants précédents)[54]. Omicron utilise une voie de pénétration de la cellule plus lente, via des bulles (endosomes)[54].

À la différence d'autres souches du Covid-19, le variant Omicron garde, depuis son apparition, une longue et large domination. Les chercheurs expliquent ses raisons. D'une part, il s'agit de sa haute transmissibilité qui permet de contaminer ceux qui étaient capables d'échapper des autres variants. D'autre part, sa capacité d'échappement immunitaire. Ainsi, le sous-lignage BA.2.75.2[56], qui avait été récemment identifié, a échappé à douze des treize anticorps, dans le laboratoire de l'institut Karolinska. Benjamin Davido, infectiologue de l'hôpital Raymond-Poincaré, résume que le variant Omicron est celui qui sait se réinventer pour rester[57].

Efficacité des vaccins avec le variant Omicron

Une étude publiée en ayant testé l'efficacité de six vaccins face au variant Omicron observe que seuls trois patients sur 13 ayant reçu deux doses du BBIBP-CorV de Sinopharm, un patient sur 12 ayant reçu le vaccin Janssen et aucun des 11 patients complètement vaccinés avec le Spoutnik V généraient des anticorps neutralisants contre le variant Omicron. Les trois autres vaccins testés, d'AstraZeneca, Moderna et Pfizer–BioNTech, étaient également moins efficaces avec seulement deux doses[58].

Le , le Conseil scientifique émet un avis annonçant : « La dose de rappel de Moderna est actuellement de 50 µg. Elle pourrait être augmentée dans les semaines qui viennent à 100 µg pour induire une meilleure réponse immunologique vis-à-vis du variant Omicron »[59]. Un communiqué de presse de Moderna du affirme que la dose de 50 µg augmente le niveau des anticorps neutralisants contre le variant Omicron d'un facteur 37, celle à 100 µg d'un facteur 83[60].

Sous-variants d'Omicron

Les virus mutent et produisent différentes lignées. Ainsi, au côté du variant Omicron BA.1, sont apparus les variants BA.2 et BA.3 qui lui sont apparentés. Ces trois variants partagent vingt-et-une mêmes mutations dans leur protéine spiculaire mais huit autres mutations sont spécifiques à BA.2 et six à BA.1. Celui-ci partage par ailleurs dix autres mutations avec BA.3. Enfin BA.2 et BA.3 partagent deux autres mutations[61].

En au Danemark, le sous-variant BA.2 a déjà remplacé BA.1, un phénomène également constaté au Royaume-Uni, aux États-Unis et en Norvège, selon l'Institut Statens Serum (da) à Copenhague[62]. Ce dernier confirma encore, le , que le variant BA.2 est plus transmissible que le BA.1, à la suite des études effectuées au Danemark. En ce qui concerne les Danois vaccinés, la transmission de BA.2 demeure moins agressive qu'auprès de ceux qui ne sont pas vaccinés[63].

Comme les autres variants, le variant Omicron (BA.1), au cours de sa propagation, finit par muter et produire à son tour des sous-variants comme BA.1.1 qui se distingue de BA.1 par la mutation R346K[61].

Le virus de la Covid-19 évolue sans arrêt. Un nouveau variant Omicron BA.2.12.1, qui avait été détecté à New York en , devint rapidement majoritaire dans cette ville et alentour. Ce sous-variant conserve les deux mutations S704L et L452Q héritées du BA.2 classique. Il a été supplanté par le BA.5 à l'été 2022[64].

Les variants BA.4 et BA.5, détectés en Afrique, ont acquis la mutation L452R qui contribuait à la propagation du variant Delta[65]. Par ailleurs, le variant BA.4 est une recombinaison de BA.1 et de BA.3[66].

En juillet 2022, les spécialistes sont attentifs à deux nouveaux variants : BA.5.3.1 et BA.2.75, dit Centaurus (Centaure), détecté pour la première fois en Inde puis en Australie, au Japon, au Canada, aux États-Unis, en Allemagne, au Royaume-Uni et aux Pays-Bas. Ce dernier présente de 8 nouvelles mutations par rapport à la souche de BA.2, dont la mutation G446S affectant une zone a priori « très antigénique » (le domaine de liaison au récepteur) et qui pourrait permettre d'échapper aux anticorps neutralisants ou d'affecter sa sévérité[67],[68]. C'est la raison pour laquelle le BA.2.75 est particulièrement surveillé par les chercheurs aux États-Unis. Quant au BA.5.3.1, lui aussi possède une mutation inédite, N:E136D, qui lui vaut le surnom de « Bad NED » (mauvais NED). En Allemagne, ce sous-variant représenterait 80 % des cas de BA.5[69].

Selon Daniel Robert Kuritzkes (Harvard Medical School) le Covid-19 n'évolue plus à grands pas (avec des variants très différents) mais aurait trouvé dans le variant Omicron une « niche évolutive » à laquelle il reste attaché, préférant se perfectionner en « bricolant » des améliorations à la marge[69].

Quant au dernier avis du Conseil scientifique Covid-19 de France, le conseil envisage en juillet 2022 trois possibilités sur le sujet des variants, soit plusieurs vagues des variants qui s'évolueraient successivement (scénario 1), soit reprise d'un variant existant en automne et en hiver (scénario 2), soit émergence d'un nouveau variant X qui serait capable d'échapper l'immunité actuellement établie dans la population humaine (scénario 3). Quel que soit le scénario, "l’épidémie n’est pas terminée avec actuellement une recrudescence importante des cas liée au sous-variant Omicron BA.4/BA.5[70].

Depuis le mois de septembre 2022, les scientifiques restent très attentifs, car le variant BA.2.75 évolua rapidement en tant que BA.2.75.2. Ce dernier est à ce jour un variant le plus résistant à tous les anticorps disponibles. Sa capacité d'échapper à l'action neutralisante des anticorps est estimée cinq fois supérieure à celle du BA.5, actuellement dominant[56].

Notes et références

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « SARS-CoV-2 Omicron variant » (voir la liste des auteurs).
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  70. ↑ L'Indépendant, Covid - Omicron : " Vivre avec les variants ", les 3 scénarios pour les prochains mois ... le Conseil scientifique donne son dernier avis sur la pandémie, le 20 juillet 2022 [4] avec le texte intégral du Conseil scientifique Covid-19, intitulé Vivre avec les variants, le 19 juillet 2022

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