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« Variants Kappa et Delta du SARS-CoV-2 » : différence entre les versions

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* [[Variants du SARS-CoV-2|E484Q]], affectant le même [[acide aminé]] que la mutation E484K des variants sud-africains et brésiliens<ref>[https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/covid-19-ce-que-l-on-sait-du-variant-b-1-617-alors-que-l-inde-affronte-une-flambee-epidemique_4379227.html Covid-19 : ce que l'on sait du variant B.1.617 identifié en Inde, dont les premiers cas sont signalés en France] ; date=20 avril 2021 ; site=www.francetvinfo.fr.</ref>.
Ces deux dernières mutations sont préoccupantes car elles pourraient lui permettre d'échapper aux [[anticorps]] (post-infection ou vaccinaux)<ref name="Pango">{{Lien web |titre=PANGO lineages Lineage B.1.617 |url=https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.617.html |série=cov-lineages.org |consulté le=3 mai 2021}}</ref>{{,}}<ref name="SGDB">{{Article |auteur1=Starr |prénom1=Tyler N. |auteur2=Greaney |prénom2=Allison J. |auteur3=Dingens |prénom3=Adam S. |auteur4=Bloom |prénom4=Jesse D. |titre=Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016 |langue=en |périodique=Cell Reports Medicine |date=April 2021 |doi=10.1016/j.xcrm.2021.100255 |consulté le= |accessdate=free |pages=100255 }}</ref>. Elles lui valent le qualificatif (abusif) de « double mutant »<ref>https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/covid-19-que-sait-on-du-variant-indien-ce-double-mutant-qui-inquiete-315ce14e-a0f0-11eb-b31f-1a909c47a137</ref>.
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Version du 16 mai 2021 à 13:07

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Le Variant B.1.617, également connu sous le nom de G / 452R. V3, [1] est l'un des variants connues du SARS-CoV-2. Il est identifié pour la première fois dans le Maharashtra, en Inde[2] le 5 octobre 2020[3]. Il est identifié dans le clade 20A sous le système de classification phylogénétique Nextstrain[4].

« Double-mutant »

Détecté le près de Nagpur en Inde, le variant B.1.617 présente 15 mutations dont deux affectent le domaine de liaison de la protéine spiculaire :

  • L452R, détectée chez les variants B.1.427/B.1.429 (Californie)[5] ;
  • E484Q, affectant le même acide aminé que la mutation E484K des variants sud-africains et brésiliens[6].

Ces deux dernières mutations sont préoccupantes car elles pourraient lui permettre d'échapper aux anticorps (post-infection ou vaccinaux)[7],[8]. Elles lui valent le qualificatif — impropre[9] — de « double mutant »[10].

Le 10 mai 2021, ce variant a été classé comme « préoccupant » par l'OMS[11]. Des cas de mucormycose (champignon noir) sont signalés en Inde chez des patients guéris de la Covid-19[12]. Il semblerait toutefois que ce soit la conjonction d'un diabète de type 2[13] et d'un traitement à base de corticoïdes affaiblissant le système immunitaire qui favorise l'infection mucorale et non le virus SARS-CoV-2 lui-même[14].

Propagation

En avril 2021, il s'était propagé à au moins huit pays. Des rapports de terrain le décrivent comme plus contagieux[15]. Ses symptômes seraient différents (on parle de saignements de nez)[16].

Santé publique France écrit le  : « Ce variant a été détecté sporadiquement en Angleterre, Allemagne, au Canada et à Singapour. Deux cas ont été détectés en Guadeloupe. »[5]

Fin avril, il s'avère que ce variant circule aux Fidji. Il y a été apporté par deux patients rapatriés d'Inde. Un soldat en centre de quarantaine a alors été contaminé en touchant leurs bagages. Il a ensuite contaminé une femme de ménage, qui n'a pas informé les autorités de signes cliniques de sa maladie et s'est déplacée librement en dehors du centre de quarantaine, contaminant de nombreuses autres personnes[17],[18].

Le 29 avril 2021, l'agence régionale de santé de Nouvelle-Aquitaine annonce que le variant indien a été détecté pour la première fois en France, dans le département de Lot-et-Garonne, sur un patient revenu d'Inde. Le lendemain, la Direction générale de la Santé révèle que deux nouveaux cas ont été détectés dans les Bouches-du-Rhône et que d'autres cas suspects sont en cours d'investigation dans d'autres régions, concernant toujours des personnes venues d'Inde.

Facteur de propagation

En mai 2021, certains médias considèrent que le variant dit indien est plus contagieux que le variant dit britannique. En Angleterre, la variant dit britannique ne présente plus que 90% du virus qui se propage contre 10% pour le variant dit indien[19].

Notes et références

  1. ↑ (en) « COVID-19 Weekly Epidemiological Update (2 May 2021) », reliefweb.int, World Health Organization (consulté le )
  2. ↑ (en) « Tracking of Variants », gisaid.org, GISAID, (consulté le )
  3. ↑ (en) « Expert reaction to cases of variant B.1.617 (the ‘Indian variant’) being investigated in the UK », Science Media Centre, Science Media Centre (consulté le )
  4. ↑ (en) « Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling (Filtered to B.1.617) », nextstrain.org (consulté le )
  5. ↑ a et b Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France ; date=8 avril 2021 ; site=www.santepubliquefrance.fr.
  6. ↑ Covid-19 : ce que l'on sait du variant B.1.617 identifié en Inde, dont les premiers cas sont signalés en France ; date=20 avril 2021 ; site=www.francetvinfo.fr.
  7. ↑ « PANGO lineages Lineage B.1.617 », cov-lineages.org (consulté le )
  8. ↑ (en) Starr, Greaney, Dingens et Bloom, « Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016 », Cell Reports Medicine,‎ , p. 100255 (DOI 10.1016/j.xcrm.2021.100255)
  9. ↑ Le nombre de mutation n'est pas limité à deux et le virus n'a pas muté deux fois.
  10. ↑ https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/covid-19-que-sait-on-du-variant-indien-ce-double-mutant-qui-inquiete-315ce14e-a0f0-11eb-b31f-1a909c47a137
  11. ↑ Covid-19 : jugé "plus contagieux", le variant indien classé comme "préoccupant" par l'OMS. France 24
  12. ↑ Covid en Inde : le mystère du « champignon noir », Pourquoi Docteur.
  13. ↑ DOI 10.1051/medsci/201329s106
  14. ↑ Cyrielle Cabot, « Inde : un "champignon noir", touchant des patients atteints du Covid-19, provoque l'inquiétude », sur france24.com, (consulté le )
  15. ↑ Par Libération à 20h59, « Covid : l’Inde, de l’insouciance à la catastrophe », sur liberation.fr, (consulté le )
  16. ↑ France Info à 10h07, « Covid-19 : pourquoi l’Inde devient le deuxième pays le plus touché au monde », sur francetvinfo.fr, (consulté le )
  17. ↑ (en) "Fiji announces more COVID-19 local infections", Fiji Broadcasting Corporation, 27 avril 2021
  18. ↑ (en) "Fiji needs to stop COVID-19 tsunami", Fiji Broadcasting Corporation, 27 avril 2021
  19. ↑ https://www.lexpress.fr/actualite/monde/infographies-l-inquietude-autour-du-variant-indien-gagne-le-royaume-uni_2150893.html
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