SARS-CoV-2

SARS-CoV-2

SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 vu au microscope électronique.

Classification

Domaine	Riboviria
Ordre	Nidovirales
Sous-ordre	Cornidovirineae
Famille	Coronaviridae
Sous-famille	Orthocoronavirinae
Genre	Betacoronavirus
Sous-genre	Sarbecovirus
Espèce	SARSr-CoV

forme

SARS-CoV-2
ICTV

Classification phylogénétique

Position :
Modèle:Arbre début

• Modèle:Arbre/Branche finale Espèce : SARSr-CoV
  • SARS-CoV (humain ; SRAS)
  • SARSr-CoV WIV1SARSr-CoV WIV1 (chauve-souris)
  • SARSr-CoV HKU3 (chauve-souris)
  • SARSr-CoV RP3 (chauve-souris)
  • Modèle:Arbre/Branche finale SARS-CoV-2 (humain ; COVID-19)

Modèle:Arbre fin

Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère, désigné officiellement par le sigle SARS-CoV-2 (acronyme anglais de severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) et parfois partiellement francisé en SRAS-CoV-2, est une nouvelle souche de l'espèce de coronavirus SARSr-CoV, découverte en décembre 2019 dans la ville de Wuhan (province de Hubei, en Chine).

C'est l'agent pathogène à l'origine d'une pneumonie atypique émergente, la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19). La progression de cette maladie a conduit l'Organisation mondiale de la santé (OMS) à la déclarer urgence de santé publique de portée internationale le 30 janvier 2020, puis pandémie le 11 mars 2020.

Vue au microscopie électronique à balayage d’un groupe de SARS-CoV-2 (en jaune), le virus qui cause la maladie Covid-19 - ici isolé d'un patient aux États-Unis, émergeant de la surface de cellules (bleues / roses) cultivées en laboratoire.

Coronavirus SARS-CoV-2 isolé d'un patient aux États-Unis (en jaune, vue au microscope électronique à balayage, émergeant de la surface des cellules infectées cultivées en laboratoire).

Vue au microscope du coronavirus SARS-CoV-2.

Le SARS-CoV-2 est apparenté au coronavirus responsable du SRAS, le SARS-CoV, et appartient comme celui-ci à l'espèce virale SARSr-CoV, dans le sous-genre SarbecovirusSarbecovirus du genre Betacoronavirus. Avec ses 125 nanomètres de diamètre et un ARN très long (30 kb), c'est le plus grand des virus à ARN (« légèrement plus grand que les virus de la grippe, du SRAS et du MERS »). Son ancêtre est probablement un virus de chauve-souris, qui pourrait avoir muté chez le pangolin.

Nom du virus et de la maladie

D'abord dénommé « coronavirus de Wuhan » puis « nouveau coronavirus 2019 » (2019-nCoV), son nom officiel SARS-CoV-2 a été choisi le 11 février 2020 par l'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), conformément à ses recommandations générales en cas d'émergence épidémiologique. La forme longue en français de l’acronyme SARS-CoV-2 est désignée par l’OMS « coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère », tandis que l’Office québécois de la langue française la désigne « coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 ».

Le groupe d'étude Nidovirales de l'ICTV a proposé le nom SARS-CoV-2 au terme d'une analyse taxonomique poussée. Ce travail montre notamment que le nouveau coronavirus appartient à la même espèce biologique que SARS-CoV qui avait causé l'épidémie de SRAS en 2003, même si le syndrome observé en 2019 diffère de celui-ci.

Simultanément, l'OMS donne à la maladie liée au virus le nom officiel de « maladie à coronavirus 2019 » (Covid-19, de l'anglais coronavirus disease 2019) qui avant était informellement dénommée « pneumonie de Wuhan ». À noter que Covid-19 désigne la maladie et non le coronavirus, et s'emploie donc au féminin.

On trouve aussi parfois, même dans un contexte scientifique, l'appellation hCoV-19, pour « Human Coronavirus 2019 ».

Même si nommer différemment la maladie et l'agent qui la cause est habituel (exemple : le VIH cause le sida), et si la définition des espèces biologiques dépend d'autres éléments que ceux purement conjoncturels (exemple : Botrytis cinerea cause la pourriture grise mais aussi la pourriture noble recherchée pour la vinification des sauternes), l'apparition des deux noms le même jour a d'abord suscité quelques incompréhensions tant chez un public peu averti mais sensibilisé par une situation de crise, que dans la communauté scientifique.

Selon l'historien Frédéric Vagneron, « c’est sans doute la première fois dans l’histoire que l’on a détecté un virus avant même de donner un nom à la maladie qu’il provoque ».

Ressources scientifiques

Les archives de prépublications, notamment bioRxiv et medRxiv, et divers forums de chercheurs, permettent une diffusion rapide – mais non formellement validée par les pairs – de l'information scientifique concernant SARS-CoV-2. BioRxiv a publié le premier preprint sur SARS-CoV-2 (alors nommé 2019-nCoV) le 19 janvier et medRxiv le 24 janvier.

Les premières publications scientifiques validées par les pairs datent du 24 janvier 2020. Plusieurs grandes revues et grands éditeurs scientifiques, devant l'urgence de la situation, ont décidé de rendre disponibles hors abonnement un certain nombre de publications scientifiques sur le nouveau coronavirus et la pneumonie associée : c'est notamment le cas de Elsevier, The Lancet, The New England Journal of Medicine, Science, Springer-Nature ou encore Wiley.

Symptômes chez l'humain

Symptômes de la maladie à coronavirus 2019, causée par le SARS-CoV-2.

Les maladies que provoquent les coronavirus peuvent aller du rhume (ils en sont la seconde cause aux États-Unis) à des maladies plus graves telles que le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS, épidémie en 2003) et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV, épidémie en 2012).

La première description scientifique de la pathologie et de l'épidémiologie de SARS-CoV-2 date du 24 janvier 2020, faite par un consortium de médecins de Wuhan et de Pékin, et basée sur la petite cohorte des 41 premiers cas étudiés à Wuhan en décembre 2019. L'âge médian des patients était de 49 ans ; aucun n'avait moins de 18 ans. Le délai médian entre l'infection et l'hospitalisation était de 7 jours (4-8 jours) ; la dyspnée s'est déclarée à 8 jours (5-13 jours) pour 51 % d'entre eux, et s'est aggravée à 9 jours (8-14 jours) pour 27 % d'entre eux ; l'admission en unité de soins intensifs est devenue nécessaire à 10,5 jours (8-17 jours) pour 39 % d'entre eux. Quelques semaines plus tard, 28 (68 %) des 41 patients étaient sortis de l'hôpital tandis que 6 (15 %) étaient décédés.

Les symptômes rapportés évoquent grossièrement ceux de la grippe saisonnière : fièvre, fatigue, toux sèche, manque de souffle, difficultés à respirer, pneumonie, insuffisance rénale se concluant par la mort dans les cas sévères.

On observe que 75% des premiers hospitalisés présentent une lymphopénie (manque de lymphocytes) mais des signes vitaux stables à leur admission. Par ailleurs, 25% des diagnostiqués ont des symptômes sévères. Parmi les 41 premiers patients hospitalisés et diagnostiqués positifs au coronavirus 2019, la majorité étaient en bonne santé avant leur infection, un tiers étant concerné par des problèmes de santé préalables. Les trois quarts des patients toussaient, un peu plus de la moitié ressentait une gêne respiratoire, et un tiers avait des difficultés respiratoires sévères nécessitant des soins intensifs. Le 23 janvier 2020, l'OMS déclare que la plupart des patients décédés avaient un système immunitaire affaibli par des problèmes de santé tels que l'hypertension, un diabète ou une maladie cardiovasculaire.

Taux de létalité

Il reste incertain car estimer le nombre réel de cas et le nombre de décès attribuables à SARS-CoV-2 est difficile. En outre, il peut évoluer avec des mutations du virus.

La première évaluation de létalité a été communiquée le 14 février par le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC chinois) d'après les 44 672 premiers cas confirmés :

• il était alors estimé à 2,3 % ; la COVID-19 étant bénigne pour 81 % des patients et souvent plus dure pour les personnes âgées ou porteuses d'une autre maladie (seuls 2,2 % des cas déclarés avaient moins de 20 ans), mais d'autres cas étaient symptomatiques ou non identifiés ; puisque 1,2 % des cas confirmés étaient asymptomatiques ;
• l'OMS, se basant sur les chiffres fournis par les pays (infections avérées, décès...) a confirmé un taux de létalité d'environ 2 % (426 décès sur 20 588 infections), taux semblant faible comparé à celui d'autres coronavirus comme le SARS-CoV ou le MERS-COV (9,8 % et 34 % respectivement), mais bien plus élevée par exemple que pour la plupart des virus grippaux chez l'humain^{[réf. nécessaire]} ;
• mais fin février, le CDC chinois a réévalué à la hausse ce taux de létalité (passé de 2,3 % à 3,46 %) ;
• le taux de létalité est différent en fonction du pays et fonction de la possibilité d'accès aux services hospitaliers. Au 11 mars 2020, la létalité était de 9,26 % en Italie (5 476 décès pour 59 138 infectés) contre 0,8 % en Corée du Sud (66 décès pour 7 869 infectés) ;
• le taux de létalité des cas confirmés à l'échelle mondiale, communiqué par l'OMS le 3 mars, est de 3,4 %.

Le taux de létalité est toutefois un chiffre qu'il faut interpréter avec beaucoup de précaution, dans la mesure où beaucoup de pays ont des taux de tests de dépistage par habitant très différents (ex. : le taux chinois est nettement plus élevé que le taux français). La proportion de contaminés asymptomatiques (et donc non décelés) est probablement supérieure à 40%, ce qui diminue beaucoup la létalité réelle par rapport à celle qui est constatée à partir du chiffre des contaminés.

Taxonomie et phylogénie (origine du virus)

Classification

Vue d'artiste d'un virion de SARS-CoV-2. (taille : 125 nm.)

Le virus SARS-CoV-2 appartient, comme le virus du SRAS, à l'espèce SARSr-CoV (Severe acute respiratory syndrom-related Coronavirus), dans le genre Betacoronavirus et la famille Coronaviridae. La morphologie des virions est typique de celle des coronavirus, avec notamment le halo de protubérances protéiques ("Spike") qui leur a donné leur nom ("virus à couronne").

Le nombre de génomes isolés et séquencés croît rapidement ainsi que leurs origines géographiques : ils sont 2 090 au 30 mars 2020 (les premiers génomes séquencés, originaires de Wuhan, l'ont été par le CDC chinois, l'Institut de biologie des agents pathogènes et l'hôpital Wuhan Jinyintan). Ceci a permis de rapidement montrer que SARS-CoV-2 a des similitudes avec les Betacoronavirus trouvés chez les chauves-souris. Il forme une souche virale génétiquement distincte des autres coronavirus humains MERS ou d'autres espèces plus bénignes, mais appartenant à la même espèce biologique que le SARS-CoV, dans le sous-genre Sarbecovirus.

Origine

Le marché de gros de fruits de mer de Huanan, à Wuhan, a été désigné comme source initiale de l'épidémie par les autorités locales le 31 décembre 2019. Il a été fermé le lendemain même, le 1^er janvier 2020. Les premiers symptômes attribuables a posteriori à SARS-CoV-2 seraient toutefois apparus dès le 1^er décembre 2019 chez un patient n'ayant pas fréquenté ce marché, de même qu'un tiers des 41 cas signalés à Wuhan en décembre 2019 ; des experts en ont déduit que l'origine de l'épidémie pourrait être antérieure à décembre 2019, et ne pas se trouver sur le marché de Wuhan. De même, des scientifiques chinois ont affirmé, le 24 février 2020, que l’origine de l’épidémie n’était pas à chercher dans le marché aux animaux de Huanan, sans toutefois fournir une alternative démontrée.

Une analyse phylogénétique et génomique précoce excluait quasiment une descendance directe de SARS-CoV-2 à partir de SARS-CoV. Une origine ultime « chauve-souris » fait consensus. Même si le marché de Huanan vendait une grande diversité de faune sauvage avant sa fermeture, les chauves-souris ne semblent pas en avoir fait partie, et leur consommation n'est d'ailleurs pas traditionnelle dans la région malgré des affirmations de vidéos devenues virales sur Internet, contribuant à une forme de xénophobie anti-asiatique développée à cette occasion. SARS-CoV-2 peut être passé d'une chauve-souris à l'humain par l'entremise d'un hôte intermédiaire de la même façon que le SARS-CoV (dont l'hôte intermédiaire aurait été la civette) ou le MERS-CoV (d'hôte intermédiaire le dromadaire). Ces voies de passage du virus vers l'espèce humaine continuent de faire débat. Une première hypothèse « serpent » (bien qu'aucun coronavirus ne soit déjà connu chez les animaux à sang froid^{[réf. nécessaire]}) a été reprise par la presse mais rapidement écartée. Certains experts avancent l'hypothèse du pangolin, un mammifère en danger qui fait l'objet d'une consommation illégale en Chine et qui était en vente sur le marché de Wuhan : en effet, on trouve chez le pangolin des coronavirus quasiment identiques au SARS-CoV-2 ; cette hypothèse ne semble toutefois pas pouvoir être retenue telle quelle puisque des virus de chauve-souris apparaissent plus proches encore, laissant certains observateurs supposer l'existence d'un réarrangement génétique préalable au passage chez l'humain.

Sur la base des séquences complètes disponibles, l'initiative Gisaid commence dès fin janvier 2020 à distinguer une histoire évolutive de SARS-CoV-2 : des mutations groupées dans le temps et dans l'espace de l'épidémie, ainsi que le long du génome, si bien que fin mars 2020, avec de l'ordre de 1 500 génomes comparés entre eux, on distingue assez nettement des branches asiatiques, européennes et américaines dans l'arbre de diversité du virus.

Génome

Son génome, d'abord réputé stable est constitué d'un ARN simple-brin de 29 903 nucléotides. Il a été séquencé le 5 janvier 2020 à l'université Fudan de Shanghai en Chine.

En termes d'homologie, le SARS-CoV-2 est :

• à 50 % identique à celui du MERS-CoV ;
• à 79,5 % identique à celui du SARS-CoV ;
• à 90 % identique (99 % localement au niveau du site qui assure la fixation au récepteur cellulaire ACE2, déterminant pour la spécificité d'hôte) à un coronavirus présent chez les pangolins ;
• à 96 % identique à celui de BetaCoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013, un coronavirus d'une chauve-souris chinoise du genre Rhinolophe : Rhinolophus affinis.

Cela laisse supposer que l'origine du virus serait chez une chauve-souris ou peut-être un pangolin.

Hypothèses liant l'émergence du virus aux activités humaines

Si les conditions d'émergence du SARS-CoV-2 n'ont pas été mises en évidence à ce jour, l’hypothèse d’une origine synthétique du SARS-CoV-2 est écartée. Le Monde indique que « s’il est bien possible de créer de toutes pièces des virus, tous les indices convergent ici vers une origine naturelle de ce nouvel agent infectieux. Pour acquérir cette certitude, les scientifiques ont étudié son histoire, dont une grande partie est inscrite dans ses gènes ».

Certains scientifiques déclarent dans les médias que l'émergence du SARS-CoV-2, comme les virus de zoonoses d'une manière générale, est probablement liée à l'anthropisation ou aux marchés d’animaux sauvages.

Hypothèse du lien avec l'anthropisation

Bruno Canard, directeur de recherche CNRS, relève que « les coronavirus responsables des épidémies de SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère), du MERS (Middle East Respiratory Syndrom) et du SARS-CoV-2 proviennent de virus issus du monde animal qui ont franchi la barrière inter-espèces ». Il estime ainsi que « l’anthropisation globale du monde favorise l’émergence de virus qui étaient jusqu’à présent cachés chez les animaux et étaient maintenus dans leurs habitats naturels par une biodiversité importante ». Il souligne que « plusieurs études ont d’ailleurs démontré que la biodiversité est le meilleur rempart contre les émergences virales ».

Selon le microbiologiste Philippe Sansonetti, le SARS-CoV-2 appartient aux « maladies d’anthropocène : pour l’essentiel voire exclusivement, elles sont liées à la prise en main de la planète et à l’empreinte que l’homme y laisse. Ce qui est valable pour le climat, pour l’environnement, est tout aussi valable pour les maladies infectieuses, en particulier émergentes, et les trois sont liés ».

Selon Jean-François Guégan, chercheur en microbiologie et spécialiste de la transmission des agents infectieux, le SARS-CoV-2 est « un boomerang qui nous revient dans la figure », dont les origines de la propagation sont liées au modèle économique, à « la destruction des habitats naturels » et au « non-respect de leur biodiversité », et « n’ont rien à voir avec des causes strictement sanitaires ».

Serge Morand, écologiste de la santé, estime que la circulation de nouveaux pathogènes est favorisée à la fois par une grande biodiversité, une plus grande proximité entre les humains et une faune sauvage en recul, par l’augmentation du nombre d'animaux d’élevage, et plus largement par « la libéralisation complète de nos économies » et le développement des « cultures destinées au commerce international, et qui sont complètement sorties de leur aire écologique ». Selon lui, « la Chine du Sud et l’Asie du Sud-Est présentent toutes [les] caractéristiques de biodiversité, d’intensification agronomique et d’élevage (qui entraîne une crise de la biodiversité) et d’intégration dans le marché international et touristique », favorables à « l’émergence d’une nouvelle maladie infectieuse à potentiel pandémique ». .

Hypothèse du lien avec l'exploitation d'animaux sauvages

Pour Étienne Simon-Lorière, responsable du laboratoire de génomique évolutive des virus à ARN à l'Institut Pasteur, le scénario du passage du virus à l'humain est simple ; « des animaux porteurs du virus l'ont excrété par les voies aériennes (nez, bouche), des personnes ont manipulé ces animaux les mains nues, puis se sont porté les mains au visage. On ne sait pas si cela a eu lieu une, deux ou cent fois ; mais pour que l'infection ait fonctionné, le virus a dû franchir au moins une fois l'étape de se lier de manière efficace aux cellules humaines. […] Une fois cette étape franchie, le virus avait atteint l'espèce humaine ».

Didier Sicard, spécialiste des maladies infectieuses, déplore « l’indifférence aux marchés d’animaux sauvages dans le monde », qui constituent selon lui le « point de départ » de la pandémie, et appelle à la constitution d'« une sorte de tribunal sanitaire international » chargé de faire respecter l'interdiction du trafic d'animaux sauvages. Il appelle également à renforcer les recherches sur les chauves-souris et à « reconstituer le parcours épidémiologique qui fait que la chauve-souris tolère des coronavirus depuis des millions d’années, mais aussi qu’elle les disperse ».

L'écologue Florian Kirchner, de l'UICN-France, préconise à court terme, de renforcer la lutte contre le braconnage et le trafic illégal d'animaux sauvages, notamment dans les marchés d'Asie du Sud-Est, de Chine ou d'Afrique subsaharienne, estimant que « la présence de chauves-souris sur ces marchés est une bombe à retardement ».

Selon Alexandre Hassanin, chercheur en biologie de l'évolution, tout porte à croire que « l’épidémie est la conséquence directe du trafic illégal de faune sauvage » car « les nombreux virus de la lignée SARS-CoV-2 identifiés chez des pangolins destinés à la vente prouvent que ces virus circulent depuis plusieurs années déjà dans les marchés des provinces du sud de la Chine et très probablement aussi dans les provinces du Nord, comme celle de Hubei ». Il juge « urgent d’interdire non pas temporairement mais définitivement le commerce de vertébrés sauvages potentiellement responsables de zoonoses ».

Vincent Racaniello, professeur de microbiologie et immunologie, émet l'hypothèse que l'émergence du virus pourrait être due à des agriculteurs qui récoltent les déjections de chauves-souris dans des grottes pour les utiliser en tant qu'engrais.

Hypothèse de l'accident de laboratoire

Selon Fox News, le virus aurait pu s'être échappé par accident de l'Institut de virologie de Wuhan. L'hypothèse est évoquée par Mike Pompeo, secrétaire d'État des États-Unis citant une enquête en cours de leur administration, ce que confirme le président Donald Trump. Richard Ebright (en), expert américain en biosécurité, estime que « les preuves laissent une base pour exclure que le Covid-19 soit une construction de laboratoire, mais aucune base pour exclure un accident ».

Luc Montagnier, co-découvreur du VIH, émet l'hypothèse selon laquelle le SARS-CoV-2 serait issu d'une manipulation génétique ayant adjoint des morceaux de génome du VIH. Il reprend ainsi à son compte une étude indienne déjugée. Cette hypothèse est hautement improbable et marginale au sein de la communauté scientifique.

Selon une analyse publiée, le 17 mars 2020, dans la revue Nature, par un groupe de cinq chercheurs de nationalités diverses (USA, UK, Australie), le SRAS-CoV-2 ne serait pas une construction de laboratoire ni un virus délibérément manipulé : « Bien que les preuves montrent que le SRAS-CoV-2 n'est pas un virus délibérément manipulé, il est actuellement impossible de prouver ou de réfuter les autres théories de son origine décrites ici. Cependant, puisque nous avons observé toutes les caractéristiques notables du SRAS-CoV-2, […] dans les coronavirus apparentés dans la nature, nous ne pensons pas qu'un type de scénario en laboratoire soit plausible ».

Description moléculaire, structurelle et fonctionnelle du virus

Structure schématique d'un virion de SARSr-CoV.

Schéma 3D de coronavirus, dérivé d'une image du CDC. La section montre les composants internes du virion dont un ARN simple-brin de 29 903 nucléotides.

Chaque virion SARS-CoV-2 mesure de 50 à 200 nanomètres de diamètre, ce qui le fait classer parmi les gros virus.

Le premier génome entièrement séquencé est celui de la souche Wuhan-Hu-1, diffusé le 23 janvier 2020, deux semaines après la découverte de la maladie.

Le génome viral est un ARN monocaténaire de 29903 nucléotides, ce qui est typique d'un Betacoronavirus.

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Structure protéique du virus

« Glycoprotéine de pointe » du SARS-CoV-2. PDB: 6VSB. La protéine entière est un homotrimère, dont seul monomère est ici mis en évidence, le reste du trimère étant représenté en gris.
Certaines parties de la structure réelle ne sont pas représentées.
Sont représentés les domaines protéiques N-terminal (lettre N) à C-terminal (C) :
Domaine N-terminal (bleu) ; domaine de liaison au récepteur ACE2 (magenta) ; structure générale (cyan), hélice centrale (orange) ; le domaine du connecteur qui ancre la protéine de pointe à l'enveloppe lipidique du virus (violet). Les liaisons disulfure sont en Jaune, et les glucides en Rouge. Le gris présente la membrane lipidique du virus

Comme d'autres coronavirus, le SARS-CoV-2 possède quatre protéines structurales :

1. protéines S (dites protéine spike ou protéine de pointe) : elles forment les protubérances de la « couronne », présumée essentielles pour lier le virus à un (ou plusieurs) récepteurs(s) en surface d'une cellule (après activation par une autre protéine de la membrane cellulaire).
   Ces protéines semblent être l'un des principaux déterminants du tropisme viral (« le tropisme d’un virus se définit comme l’ensemble des cellules cibles et permissives à ce virus. Le connaître permet de déterminer le ou les organes cibles, ainsi que la ou les espèces animales pouvant être infectées » ; les virus à ARN mutent facilement ; quand une mutation permet au virus de changer son tropisme, il peut, soit franchir la barrière des espèces et infecter un nouvel hôte (humain, porc par exemple), soit cibler un autre organe (péritonite infectieuse fatale du chat et du furet par exemple, avec un autre coronavirus). La publication du génome viral a permis de la modéliser (voir ci-contre).
   Elle a aussi été décrite au niveau atomique par la microscopie électronique cryogénique.
   Elle semble plus efficace que celle du SARS-CoV (affinité plus élevée pour l'ACE2 humain, un homologue de l'ACE), ce qui expliquerait pourquoi la Covid-19 se répand beaucoup plus vite que le SRAS Un segment de cette protéine spike semble caractéristique du SARS-CoV-2.
2. protéine E (enveloppe) ;
3. protéine M (membrane) ;
4. protéine N (nucléocapside) ; c'est elle qui enveloppe et protège l'ARN viral (le code génétique du virus).

Les protéines S, E et M constituent, ensemble, l'enveloppe virale.

Outre un segment de la protéine S (spike), un court gène supplémentaire semble également spécifique à ce virus (segment dont la réalité biologique et le rôle éventuel étaient fin janvier encore à démontrer).

Mécanisme infectieux

Organisation du génome de SARS-CoV-2 souche Wuhan-Hu-1. (GenBank MN908947, 29903 nts)

Il est encore incomplètement compris, mais:

• des expériences de modélisation de la structure protéique des protéines des « pointes » du virus SARS-CoV-2 ont rapidement suggéré que ces pointes ont une affinité pour l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) des cellules humaines. Le virus semble les utiliser pour se fixer sur la cellule et y entrer.
  - Au 22 janvier 2020, un groupe chinois travaillant avec le génome complet du virus, et un groupe aux États-Unis utilisant des méthodes de génétique inverse, confirment, de manière indépendante et expérimentale, que l'ACE2 peut effectivement être récepteur du SARS-CoV-2.
  - Au 23 janvier 2020, deux groupes chinois pensent que la protéine S a une affinité suffisante avec le récepteur du SARS-CoV (enzyme de conversion de l'angiotensine 2, ACE2) pour l'utiliser comme mécanisme d'entrée cellulaire. Trois autres groupes de chercheurs arrivent à la même conclusion. Le récepteur cellulaire de MERS-CoV, DPP4, ne semble pas reconnaître la protéine Spike de SARS-CoV-2, ce qui est en accord avec la plus grande proximité moléculaire de SARS-CoV-2 avec SARS-CoV qu'avec MERS-CoV.

Micrographies électroniques (colorées numériquement en fausses couleurs) de particules virales du SARS-CoV-2 isolées d'un patient malade.

virions de SARS-CoV-2 (objets magenta ronds), isolé d'un patient aux États-Unis, puis cultivées en laboratoire. Cette image au microscope électronique à balayage montre un groupe le SARS-CoV-2 émergeant de la surface de cellules infectées. (source : NIAID-RML)

• pour permettre au virus d'entrer dans la cellule, la protéine de pointe (S) du SARS-CoV-2 doit cependant d'abord être activée (maturée). Elle l'est par une protéase transmembranaire de la surface de la cellule-hôte ; une protéase cellulaire à sérine dite TMPRSS2 ou sérine2.
  Après qu'un virion SARS-CoV-2 s'est fixé à une cellule cible, cette protéase TMPRSS2 de la cellule va couper (cliver disent les biologistes) l'extrémité de la protéine de pointe du virus, exposant alors un « peptide de fusion » (Membrane fusion protein). La TMPRSS2 jouait un rôle identique pour le SARS-CoV précédent, ce qui pourrait aider à trouver des pistes de traitements antiviraux :

• après que le virus a fusionné avec la cellule, son ARN y est libéré, utilisant le matériel intracellulaire pour produire des copies du virus. Ces copies (virions) sortent ensuite de la cellule pour se disséminer et pour infecter d'autres cellules ;

• la protéine S, semble pouvoir aussi être activée par la furine de l'hôte ;

• la protéine S aurait une autre voie d'activation possible et donc un autre moyen d'entrer dans ses cellules-cibles. Le 14 mars 2020, une équipe de 30 chercheurs chinois dont six membres de l'Institut de Biotechnologies de Pékin et 24 de la Quatrième université de médecine militaire de Xi'an) a prépublié un article montrant que le SARS-CoV-2 disposerait d'une autre voie d'entrée dans ses cellules-cibles : la basigine (BSG, ou CD147, ou EMMPRIN qui a aussi d'autres synonymes). Il s'agit d'une protéine transmembranaire de la Superfamille des immunoglobulines. La basigine est une protéine inductrice de métalloprotéinase, à matrice extracellulaire, aussi dénommée « cluster de différenciation 147 » (CD147), codée par le gène BSG chez l'homme. Elle est connue comme déterminante du système de groupe sanguin Ok et impliquée dans la croissance tumorale et joue un rôle dans certaines infections virales ; on a notamment montré en 2011 qu'elle est un récepteur essentiel de la surface des globules rouges, récepteur ciblé par Plasmodium falciparum, le parasite qui cause le paludisme humain. Outre sa capacité d'induction de métalloprotéinases, la basigine régule des fonctions essentielle, telles que la spermatogenèse, l'expression du transporteur de monocarboxylate (un transporteur transmembranaire) et la réactivité des lymphocytes.
  En mars 2020, son rôle dans la COVID-19 est encore mal cerné, mais il avait déjà été repéré 15 ans plus tôt pour le SRAS. Le méplazumab (anticorps anti-CD147 humanisé) a été testé in vitro contre des virus SARS-CoV-2 infectant des cultures cellulaires. (cultures de cellules Vero E6) et le méplazumab a significativement inhibé l'infection des cellules hôtes par le virus (avec une CE50 de 24,86 μg/mL et une CI50 de 15,16 μg/mL) ; la microscopie immunoélectronique, et plusieurs tests (co-immunoprécipitation, test Elisa) ont confirmé que les deux protéines se lient, avec une constante d'affinité évaluée à 1,85 × 10-7M. Selon les auteurs, empêcher cette liaison pourrait être une cible pour des antiviraux spécifiques.

• Le SARS-CoV-2 produit au moins trois facteurs de virulence favorisant l'excrétion de nouveaux virions à partir des cellules hôtes, et inhibant la réponse immunitaire.

Ces caractéristiques virales causent notamment :

• une réponse inflammatoire excessive du système immunitaire inné ;
• des effets neurologiques, sources de maux de tête, nausées et vomissements ; un nombre croissant de preuves indique que les coronavirus ne colonisent pas que les voies respiratoires, mais aussi le système nerveux central en y faisant des dégâts neurologiques. Ainsi, le SARS-CoV a déjà été associé à des atteintes cérébrales et notamment du tronc cérébral chez des humains, comme dans le modèle animal en laboratoire. Et d'autres coronavirus peuvent se propager par des voies synaptiques vers le centre cardiorespiratoire situé dans le tronc cérébral, à partir de mécanorécepteurs et de chimiorécepteurs présent dans les poumons et reliés au cerveau et à la moelle épinière.

Épidémiologie

Incubation

La période d'incubation de SARS-CoV-2 est estimée entre deux et quatorze jours, parfois plus longue (jusqu'à 24 jours).

Selon une étude publiée le 10 mars, après relecture par les pairs, et portant sur 181 cas documentés (avec une surreprésentation possible des cas les plus sévères d’après les auteurs), la période d'incubation médiane est estimée à 5,1 jours, tandis que 97,5 % de ceux qui développent des symptômes le font en moins de 11,5 jours ; cette étude suggère que sur 10 000 cas, 101 développent des symptômes au-delà des 14 jours de suivi actif et de confinement.

Plus de la moitié des contaminations serait le fait de porteurs asymptomatiques.

Durée de survie du virus hors de l'organisme

Un coronavirus — hors organisme — reste infectieux environ deux à trois heures dans l'air (en milieu sec) et peut-être jusqu'à trois jours en milieu humide, ce qui exclut tout risque de contamination par colis voyageant entre continents autrement que directement en avion : les trajets les plus rapides entre la Chine et les États-Unis s'effectuent en quatre jours.

Sur des surfaces lisses non poreuses (acier inoxydable, plastique, céramiques, verre...), des travaux antérieurs ont montré que SARS-CoV, très proche, peut rester infectieux jusqu'à neuf jours, sauf s'il s'agit de cuivre, laiton, bronze qui sont naturellement biocides pour de nombreux organismes ou microbes.

Pour SARS-CoV-2, la durée de demi-vie (temps nécessaire pour que la moitié des virus soient inactivés) est dans un environnement moyen d'environ treize heures sur de l'inox et seize heures sur du polypropylène.

Le papier/carton (non plastifié) ou la plupart des textiles de vêtements non-imperméables ne sont pas considérés comme « lisses », et de manière générale les virus de ce type y survivent bien moins longtemps que sur une surface lisse de métal ou plastique.

Au 12 mars 2020, selon les CDC américains, rien n'indique que le virus se propage par l'eau potable, les piscines ou les bains à remous.

Vulnérabilité du virus au savon et aux désinfectants

À la différence des norovirus ou d'autres virus courants protégés par une enveloppe protéique plus ou moins solide, tous les coronavirus (dont le SARS-CoV-2) sont très vulnérables au savon, aux solutions hydro-alcooliques et aux désinfectants ménagers courants, ainsi qu'aux désinfectants industriels et hospitaliers adaptés ; les coronavirus déposés (via des gouttelettes ou des aérosols) sur les surfaces intérieures sont immédiatement détruits car leur enveloppe protectrice n'est qu'une simple couche de lipides.

Pour le SRAS, un temps de contact d'une minute avec de l'eau de Javel diluée à 0,1 % ou avec une solution à 62–71 % d’éthanol réduisait aussi significativement l'infectivité des virus déposés sur des surfaces lisses ; mi-mars 2020, on espère qu'il en va de même pour le SARS-CoV-2.

Historique (dispersion du virus)

Dans les premières semaines de l'épidémie de 2019-2020, le virus s'est propagé via des voyageurs vers différents pays d'Asie, le 21 janvier en Amérique du Nord, le 24 janvier, en Australie, en Europe, le 16 février en Afrique et le 26 février en Amérique du Sud. Il s'agit là des premiers cas recensés: en réalité le virus est probablement arrivé plus tôt sur chacun de ces territoires, en y passant inaperçu: peut-être dès début janvier en Europe (Italie) par exemple. Le quotidien new-yorkais The New York Times a proposé une infographie montrant comment la dispersion du virus a pu précéder les mesures de restriction des transports pourtant les plus drastiques et les plus rapides jamais mises en œuvre pour stopper une épidémie.

À la date du 27 mars 2020, on compte 24 110 décès et 123 268 guérisons pour 537 042 cas confirmés (le cap des 100 000 cas est franchi le 6 mars), le tout principalement dans la province du Hubei. Ces chiffres constituent probablement une large sous-estimation de l'ampleur de l'épidémie, la maladie restant souvent discrète, notamment chez les sujets jeunes, et les tests de dépistage n'étant pas appliqués systématiquement à tous les cas suspects.

Le 20 janvier 2020, la transmission interhumaine a été confirmée dans le Guangdong, en Chine, selon Zhong NanshanZhong Nanshan, chef de l'équipe de la commission de la santé enquêtant sur l'épidémie. La première description scientifiquement détaillée d'une transmission interhumaine au sein d'une famille a été publiée par une équipe de médecins de Hong Kong et de Shenzhen le 24 janvier 2020. Le taux de reproduction (Ro) préliminaire de SARS-CoV-2, c’est-à-dire le nombre moyen de personnes infectées par un patient, a été estimé entre 1,4 et 2,5 par l'OMS le 23 janvier 2020. Il serait comparable à celui de SARS-CoV et de la grippe de 1918, compris entre 1,4 et 3,8.

Situation épidémique

En décembre 2019 et janvier 2020, l'épidémie est encore principalement concentrée sur la Chine et touche surtout la province du Hubei. Le premier cas exporté hors de la Chine continentale est découvert le 13 janvier en Thaïlande. La situation évoluant rapidement au niveau mondial, elle est déclarée urgence de santé publique de portée internationale par l'OMS le 30 janvier 2020. C'est la sixième fois seulement que l'OMS déclenchait ce niveau d'alerte dans son histoire^{[réf. nécessaire]}.

Mi-février 2020, le plus important foyer hors de Chine était le paquebot de croisière Diamond Princess, en quarantaine dans le port de Yokohama. Dans la troisième semaine de février toutefois, des foyers secondaires d'importance ont émergé en Corée du Sud, en Italie et en Iran, faisant craindre une installation durable de l'épidémie au niveau mondial. Cette crainte se confirme début mars : le 11 mars, le directeur général de l'OMS déclare que « la COVID-19 peut être qualifiée de pandémie » et le 15 mars, le nombre de cas hors de Chine dépasse celui dénombré en Chine continentale.

Malgré la difficulté à tenir un décompte précis dans une situation chaotique, l'Université Johns Hopkins (Baltimore, MD) rend compte quasiment en temps réel de l'évolution de l'épidémie. Quelques dates marquantes :

• Le 1^er février, un premier décès hors de Chine est déclaré aux Philippines : c'est un touriste venu de Wuhan où il a probablement été contaminé.
• Le 15 février, le premier décès hors d'Asie, survenu en France, est également un cas importé de Chine.
• Le 6 mars, l'Italie devenait le second pays en nombre de décès après la Chine et le 19 mars, elle comptait plus de décès que la Chine.
• Le 26 mars, les États-Unis devenaient le premier foyer en nombre de cas.

Traitement et vaccins

L'essentiel de la lutte contre la Covid-19 repose sur des mesures épidémiologiques : diagnostic fiable et rapide de la maladie en période d'incubation, mesures de confinement (qui peuvent aussi être un facteur de diffusion intragroupe).

Traitements antiviraux

Le SARS-CoV-2 étant de nature virale, les antibiotiques et les bactériophages sont inadaptés, étant donné qu'ils ne traitent que les pathologies bactériennes. Toutefois, les bactéries étant plus susceptibles d'adhérer aux cellules infectées par un virus tel le coronavirus, on observe une surinfection bactérienne, en particulier par le Streptococcus pneumoniae dans 10 % des cas d'infection virale. Dans cette situation, la prescription d'un antibiotique adapté à la sensibilité de la bactérie se justifie donc.

À l'image des recommandations de Santé publique France qui recommande "un traitement précoce par antiviral pour réduire la sévérité de la grippe", on peut envisager l'utilisation d'antiviraux pour Sars-CoV-2, ou comme pour le Vih d'une association d'entre eux.

Aucun traitement antiviral spécifique n'a cependant été validé par des études largement reconnues, mais des antiviraux existants pourraient être repositionnés, y compris des inhibiteurs de protéase comme l'indinavir, le saquinavir et le lopinavir/ritonavir, ou encore le nelfinavir. L'efficacité de l'inhibiteur de polymérase sofosbuvir, utilisé contre l'hépatite C, est également en cours d'évaluation en janvier 2020. Le 2 février, des médecins thaïlandais ont annoncé avoir traité un patient avec succès en utilisant une combinaison des anti-HIV lopinavir et ritonavir ainsi que l'anti-grippal oseltamivir. Un analogue de nucléoside comme le remdésivir fait également l'objet de recherches à la suite d'un résultat positif. Les traitements reçus par les patients concernent donc essentiellement l'atténuation des symptômes de fièvre, toux et dyspnée, afin de favoriser leur guérison spontanée. Le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies a démarré dès janvier l'évaluation de l'efficacité de traitements existants contre les pneumonies, l'efficacité ayant été montrée in vitro. Les médicaments présentant des essais thérapeutiques en phase IV (la plus avancée) sont l'umifénovirumifénovir (Arbidol) et le lopinavir. Le mésylate de camostatcamostat aurait une action inhibitrice de l'entrée du virus, en particulier s'il est utilisé avec la protéase E-64d. En effet, une enzyme nécessaire à la réplication virale, la protéase à sérine TMPRSS2, est inactivée par l'utilisation d'une thérapie contre l'inflammation chronique du pancréas.

Le 22 mars l'Inserm lance l'étude « Discovery » portant sur 3 200 patients pour tester l'efficacité du remdésivir, lopinavir, ritonavir et de l'hydroxychloroquine, dans le cadre du consortium REACTing piloté par l'alliance Aviesan. On peut s'interroger sur la démarche consistant à lancer des études cliniques, qui ne soient pas précédées par des études pilotes, ou ne s'appuyant pas sur analyses moléculaires préalables. Ces dernières, en effet recommandaient de tester en priorité le pemirolast (en) ou l'anisotine, tandis qu'une étude, clinique cette fois, avait déjà donné le 23 mars des résultats décevants pour l'association "lopinavir-ritonavir". Le même jour l'OMS annonce le lancement d'une étude sur l'efficacité de quatre molécules dont la chloroquine et son dérivé hydroxy. Le 25 mars, l'Agence nationale de la recherche annonce le résultat de l'appel à projets "Flash" sur la Covid-19 dont un des axes est le traitement antiviral, et le financement immédiat de 44 projets dans ce cadre. Un tel déploiement de moyens de recherche focalisés dans un délai aussi court (moins de trois mois après la première mention de la maladie, le 31 décembre 2019 à Wuhan) est inédit.

Chloroquine et hydroxychloroquine

Un repositionnement constituant une première piste est celui d'une molécule initialement antipaludique, la chloroquine, dont l'effet anticoronaviral in vitro avait déjà été démontré sur le SRAS, et sa variante, l'hydroxychloroquine. Le mode d'action du traitement s'expliquerait par une modification d'une protéine d'attachement sur la tête du virus, ce qui limiterait sa réplication tout en contrôlant les lymphocytes NK (Natural Killer).

Le 19 février, une lettre parue dans la revue BioScience Trends indique qu'à l'issue des premières études cliniques la commission nationale Chinoise de la Santé recommande l'utilisation du phosphate de chloroquine dans le traitement du virus. Ces données sont cependant encore limitées notamment en raison de la petite taille de l'échantillon statistique (100 patients). Un consensus d'experts chinois recommande le 20 février d'inclure le phosphate de chloroquine dans les recommandations de prise en charge des patients sans contre-indication à la chloroquine, à raison de 500 mg deux fois par jour pendant 10 jours pour les patients diagnostiqués comme des cas légers, modérés et sévères de maladie. Il est cependant à noter que la prise de chloroquine à haute dose peut provoquer des effets secondaires potentiellement sérieux, en particulier celui d'une intoxication aiguë susceptible de déclencher des problèmes cardiaques ou respiratoires, et que la dose recommandée par les chercheurs chinois se rapproche de cette zone de risque. Une méta-analyse des études en cours souligne quant à elle l'absence d'effet secondaire notable.

Le 25 février, le professeur Didier Raoult recommande l'utilisation de l'hydroxychloroquine pour les patients porteurs du virus, prédisant même une « fin de partie » pour le virus. Sa déclaration est vivement critiquée par des médecins et scientifiques français sur les réseaux sociaux pour son manque de pondération vis-à-vis de la limitation des données cliniques et des risques liés à la prise de chloroquine. L'Inserm tempère également et rappelle qu'aucune prise de médicament quel qu'il soit n'est anodine, et qu'il ne faut pas se faire prescrire la molécule pour l’utiliser en automédication. Un premier mort suite à une automédication hasardeuse est d'ailleurs rapidement signalé.

Le 6 mars, une étude pilote réalisée en Chine dans le cadre d'un essai randomisé ne détecte pas d'effet d'un traitement à l'hydroxychloroquine sur la durée d'hospitalisation, la baisse de fièvre ou l'état radiologique des poumons.

Le 17 mars, quelques jours avant la parution d'une pré-publication de l'équipe du P^r Raoult et de la publication finale, le journal Les Échos titre : « Exclusif - Coronavirus : On sait guérir la maladie », faisant état des résultats d'une étude préliminaire qui semble montrer un potentiel thérapeutique très important. Ce travail suscite naturellement un grand espoir, repris jusqu'à la tête de l'exécutif américain : le président Trump déclare contre l'avis de ses conseils « I'm a smart guy; I feel good about it » (« je suis un malin; je le sens bien »). Cet emballement médiatique ne doit pas faire oublier que l'essai clinique du professeur Raoult se base sur un échantillon de 24 personnes (selon l'annonce des Échos ; en réalité seulement vingt alors que six patients initialement sous traitement sont sortis de l'étude en cours de route, dont certains suite à une aggravation de leur état allant pour l'un d'entre eux jusqu'au décès). La communauté scientifique exprime très rapidement de fortes réserves sur la qualité de ce travail, au-delà même de son faible effectif imposé par l'urgence: étude non randomisée (les cas contrôles et les cas traités ne sont pas dans le même état initial), sans double aveugle ni groupe placebo, sans description de l'état clinique des patients, processus de validation éditoriale raccourci et potentiellement biaisé par un conflit d'intérêts.Le recrutement de patients sur la base d'un test Pcr, compte tenu des spécificité et sensibilité du test, donne un taux de faux positifs de 50%, ce qui introduit un biais de sélection, si on compare sans précaution la mortalité à celle obtenue dans d'autres études. Il faut toutefois souligner que l'étude a été réalisée dans l'urgence, plus avec le caractère d'une étude pilote, et qu'il est éthiquement difficile de mener une étude en double aveugle quand la vie de patients est en jeu. Fin mars, l'IHU-Méditérannée indique que le taux de létalité des 2600 patients détectés positivement à l'infection Covid-19 et traités par l'Institut s'élève à 0,38 % (la mortalité dans les hôpitaux en Ile-de-France est de 2 %) et met en ligne la prépublication d'une étude portant sur 80 patients. La comparaison des résultats de cette étude avec l'étude Discovery de l'Inserm, devra être faite avec prudence dans la mesure où cette dernière n'utilise pas par exemple de traitements antibiotiques associés (azithromycine, ceftriaxone). En effet, l'azithromycin est connue par ailleurs pour avoir un effet antiviral en particulier dans le champ pulmonaire et par sa capacité à éviter un choc cytokinique, (inflammation caractérisée par une augmentation de l'interleukine-6, l'interleukine-8, l'interleukine-1ß et TNF-a). L'étude Hycovid dirigée par le Chu d'Angers, dont les résultats seront connus mi-mai, permettra cependant une comparaison de ses résultats à ceux de l'IHU-Méditérannée car ils seront basés sur un protocole médical analogue. En effet, à ce jour seul un médecin de la ville de New-York aurait communiqué les résultats d'un traitement semblable à celui pratiqué par l'IHU-Méditérannée.

Vaccins à l'étude

À plus long terme, plusieurs équipes internationales travaillent à la mise au point ou à l'adaptation d'un vaccin. Même si l'épidémie de SRAS a finalement été maîtrisée sans vaccin, la proximité moléculaire de SARS-CoV-2 avec SARS-CoV est un atout puisqu'au-delà d'indéniables différences entre ces deux virus, elle permet de capitaliser sur les connaissances acquises alors (faisant au passage regretter que les recherches sur la mise au point d'un vaccin anti-SARS-CoV aient été interrompues lorsque ce premier virus a été considéré éradiqué).

En janvier 2020, un vaccin est en cours d'élaboration en Russie, et un autre est préparé par la firme pharmaceutique Johnson & Johnson, mais ne serait pas disponible avant un an. Début février 2020, une équipe de recherche de l'Imperial College de Londres a fait une percée significative en réduisant une partie du temps de développement normal du vaccin « de deux à trois ans à seulement quatorze jours ». L'équipe de l'Imperial College était alors au stade de test du vaccin sur les animaux.

À la même période, en France, dans le cadre d'une recherche vaccinale concernant le MERS-CoV en cours depuis 2012, l'institut Pasteur pourrait utiliser et adapter ces vaccins pour SARS-CoV-2. Plusieurs équipes de l'Institut Pasteur travaillent sur son adaptation et seraient en mesure de produire ce vaccin en cas d'épidémie.

À la date du 8 avril, pas moins de 115 vaccins différents étaient en projet sur l'ensemble du globe, dont 78 activement; 16 projets étaient entrés en phase pré-clinique et 5 en Phase I. Au moins 9 approches tecxhnologiques différentes sont suivies dans l'ensemble de ces projets, mais les plus suivies dans les 16+5 projets engagés dans des essais cliniques sont les protéines recombinantes (6+1 projets), l'ARN (4+1 projets) et le vecteur viral non réplicatif (2+2 projets).

L'institut Robert-Koch préconise en outre, comme protection indirecte, la vaccination contre le pneumocoque des personnes âgées, en particulier autour des foyers d'infection. Plusieurs études sont démarrées pour vérifier si le BCG ne pourrait pas diminuer la gravité de la maladie.

Action sur l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2

Les récepteurs ACE2 sont à la fois le point d'entrée du virus et dans les cellules pulmonaires le lieu de la conversion de l'Angiotensine 2 en Angiotensine 1-7. L'entrée du virus diminue le nombre de récepteurs Ace2 à la surface des cellules ce qui empêche la conversion de l'Angiotensine 2, et provoque l'inflammation locale. Cette inflammation est provoquées par la capture de l'Angiotensine 2, par les récepteurs AGTR1 des poumons qui provoquent le déclenchement des cytokines. Un étude teste donc un traitement sur l'effet d'un antagoniste des récepteurs AT1 . Un niveau élevé d'homocystéine pourrait donc être un marqueur défavorable de la réponse à l'infection, dans la mesure où il est implique un niveau d'expression élevé des récepteurs AT1. Il a par ailleurs plutôt moins de récepteurs Ace2 dans les poumons que dans les intestins, et pas en moyenne moins de récepteurs dans les poumons suivant l'âge . Ceci montre que c'est au niveau pulmonaire que la réaction du virus est surtout pathologique. La fibrose pulmonaire dépendrait de l'équilibre en récepteur AT1, et AT2: les récepteurs AT1 seraient 5 fois plus présents en cas de fibrose, qu'à la normale , tandis que l'effet anti-fibrotique des recepteurs AT2 pourrait difficement s'exprimer en cas d'age avancé . Les inhibiteurs de l'enzyme de conversion ont plus ou moins d'affinité avec les récepteurs AT1, ou AT2 et un essai clinique testant ces inhibiteurs devrait plutôt porter sur ceux qui ont plus d'effet sur les récepteurs AT1 (ex:Valsartan ). En effet les récepteurs AT1 ont une action pro fibrotique et AT2 anti fibrotique.

D'après certaines études, l'injection d'ACE2, point d'attache du virus aux cellules eucaryotes, ralentirait la pénétration du virus et protégerait les poumons. Le traitement a été essayé avec succès sur des souris dans le cas d'une fibrose pulmonaire. En effet, l'enzyme Ace2, ralentit l'inflammation. Le virus semble diminuer l'activité des récepteurs ACe2, ce qui accroîtrait l'action de l'ace2 circulante.APN01 est le non d'un médicament dont les essais débutent en avril, basé sur l'augmentation de l'Ace2 circulante. Pour d'autres, au contraire, l'ACE2 circulant contribuerait à augmenter le nombre de récepteurs ACE2 dans les cellules, ce qui renforcerait l'action du virus. Ainsi, un risque accru d'infection par SARS-CoV-2 des patients souffrant d'hypertension ou de diabète en général a été suggéré, et en particulier traités par les inhibiteurs de l'enzyme de conversion, qui présentent un nombre accru de récepteurs de l'enzyme ACE2. Néanmoins les approches basées sur une diminution des récepteurs ACE2 cellulaires paraissent risquées car elles pourraient altérer la fonction pulmonaire. Des approches thérapeutiques basées sur l'antigène CD147, s'il est confirmé qu'il est l'autre point d'entrée du virus, pourraient présenter des effets indésirables moindres.

Anticorps monoclonaux et transfert adoptif de cellules

Le développement d'anticorps monoclonaux spécifiques est une autre piste de traitement qui a par ailleurs déjà montré son efficacité dans le cas du MERS-CoV. Il doit être possible, en effet, de trouver des anticorps, par la technique phage display, ou résultant de la simulation informatique, neutralisant ou freinant l'action du virus. Ceci, d'autant que les anticorps produits naturellement n’empêcheraient pas les infections récidivantes chez certains patients. Plusieurs études sont en cours pour le tocilizumab, le sarilumab, et le léronlimab. Un traitement conçu à partir du plasma des patients immunisés diminuerait la mortalité par deux. Il est envisageable par biomimétisme d'analyser le plasma des patients immunisés, en complément des anticorps déjà détectés pour la mise au point des tests sérologiques, pour la production d'un cocktail thérapeutique d'anticorps à administrer.

Il doit être possible comme cela a été tenté pour le virus HIV, de produire des lymphocytes B modifiés par CRISPr-Cas9 contre le virus SARS-CoV-2, dans des thérapies de type Transfert adoptif de cellules. Cette approche permet en particulier de s'affranchir du phénomène d'immunosénescence, phénomène justifiant que les vaccins contre la grippe soient moins efficaces chez les plus de 65 ans, que dans le reste de la population, tout en étant plus utiles. Le recours aux thérapies basées sur l'utilisation de cellules T CAR est freiné par leurs coûts élevés, en particulier du fait des brevets déposés par les laboratoires pharmaceutiques. Un faible niveau de lymphocytes T, qui pourrait aussi résulter de l'action du virus, est ainsi un facteur prédictif d'une mauvaise réponse à l'infection.

Azithromycine & zinc

Trois médecins (Jean-Jacques Erbstein, Denis Gastaldi et Olivia Van Steen Berghe) proposent un traitement basé sur l'Azithromycine, un antibiotique de la famille des macrolides, donc l'action est renforcé par un apport de zinc pour prévenir les formes graves de la maladie. Ce traitement a été développé, par ces trois médecins, sur la base de leurs connaissances et d'observations empiriques. Ce type de traitement est important pour soigner les malades en attendant que le résultats des études complètes (Étude_randomisée_en_double_aveugle) qui demandent beaucoup de temps et s'inscit dans l'éthique de la médecine. Ce type de traitements utilisent des médicaments éprouvés.

Voir aussi

Bibliographie

• Wang Y, Wang Y, Chen Y & Qin Q (2020) Unique epidemiological and clinical features of the emerging 2019 novel coronavirus pneumonia (COVID-19) implicate special control measures ; J Med Virol. 5 mars 2020 ; Epub 2020 Mar 5 (résumé).

Articles connexes

• Virologie
• Pandémie de maladie à coronavirus de 2019-2020
• Maladie à coronavirus 2019
• SARSr-CoV (espèce)
• SARS-CoV (coronavirus du SRAS)
• Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)
• Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient
• Enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2), porte d'entrée du virus
• Test diagnostique du SARS-CoV-2

Liens externes

• CDC chinois (Chinese Center for Disease Control and Prevention)
• Institut de Biologie des Agents pathogènes (Institute of Pathogen Biology)
• Carte de l'épidémie actualisée en temps réel par le Center for Systems Science and Engineering de la Johns Hopkins University de Baltimore
• (en-US) Gardner L., « Mapping the Wuhan Coronavirus (2019-nCoV) », sur systems.jhu.edu, 23 janvier 2020 (consulté le 27 janvier 2020)
• Questions fréquentes sur les nouveaux coronavirus et Rapports quotidiens de situation sur le nouveau Coronavirus (2019-nCoV) [en anglais] par l'Organisation Mondiale de la Santé
• Fiche-maladie régulièrement actualisée par l'Institut Pasteur
• « Coronavirus 2019-nCoV : le point sur la situation en France et dans le monde », sur le site du Dictionnaire Vidal (consulté le 30 janvier 2020).
• "Analyses bioinformatiques du coronavirus 2019-nCoV : pourquoi et comment ?", article rédigé par deux bioinformaticiens sur bioinfo-fr.net, 05 février 2020
• "Conseil scientifique COVID-19", Avis du Conseil scientifique COVID-19 (.fr)
• "Infection au nouveau Coronavirus (SARS-CoV-2), COVID-19, France et Monde", Chiffres officiels français, des derniers jours.
• Notices d'autorité :

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