Domaine (biologie)
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| Règnes (Eukaryotes)[1] | |||||||||||
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En biologie, selon la classification de Carl Woese[2], le domaine (ou empire) est le premier niveau de rang au-dessus des règnes.
La classification de Woese distingue trois domaines :
- le domaine des Bactéries (monophylétique)
- le domaine des Archées (monophylétique)
- et le domaine des Eucaryotes (monophylétique)
Ces taxons reflètent des différences évolutives fondamentales du génome des organismes vivants.
Les unikontes et bikontes sont des sous-domaines des Eukaryotes[3].
D'autres modèles ont été proposés, parmi lesquels :
- modèle à deux domaines (ou empires) : Prokaryota (ou Monera) et Eukaryota[4],[5].
- modèle à six règnes : Archaebacteria, Eubacteria, Protista, Fungi, Animalia et Plantae[6].
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Terminologie [modifier]
Historiquement c'est le terme empire qui a été proposé en premier, par analogie avec la domination d'un empire sur des royaumes vassaux (les « règnes » de la classification). Ce terme a d'abord été employé pour désigner la structure radicalement différente des procaryotes et des eucaryotes (voir aussi Plan d'organisation). Le terme domaine a été introduit pour discuter de la division du vivant dans un système à trois domaines comprenant Archaea, Bacteria et Eukarya. Bien qu'étant de fait synonymes, l'emploi des termes domaine ou empire n'est pas tout à fait neutre. Le mot domaine est généralement rejeté par les taxonomistes qui rejettent le système à trois domaines de Woese. Ce terme est également parfois rejeté par des taxonomistes qui acceptent ce système, simplement au nom de l'antériorité du terme empire.
Variantes [modifier]
Pour la plupart des taxonomistes, le domaine est équivalent au superrègne. On trouve cependant parfois des classifications où le choix a été fait d'intercaler les rangs de sous-domaine et de superrègne entre le domaine et le règne. Des variantes de classification sont élaborées par glissement de rang des taxons supérieurs[7].
Les biologistes Margulis et Chapman (2009)[8] proposent une classification taxonomique du vivant où le domaine est une division du règne et dont l'articulation entre taxons se résume ainsi :
- Superrègne Prokarya
- Règne Bacteria
- Domaine Archaea
- Domaine Eubacteria
- Règne Bacteria
- Superrègne Eukarya
- Règne Protoctista (Hogg 1860)
- Règne Animalia
- Règne Fungi
- Règne Plantae
Notes et références [modifier]
- d'après (en) Sina M. Adl et al., « The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists », Journal of Eukaryotic Microbiology, International Society of Protistologists, vol. 52, no 5, octobre 2005, p. 399-451 [lien PMID, lien DOI], en développant les opisthokontes pour maintenir les animaux et champignons au rang de règne (en négligeant les Apusozoa de positionnement encore incertain).
- (en) C. R. Woese, W. E. Balch, L. J. Magrum, G. E. Fox and R. S. Wolfe, « An ancient divergence among the bacteria », dans Journal of Molecular Evolution, vol. 9, 1977, p. 305–311
- (en) Alexandra Stechmann et Thomas Cavalier-Smith, « The root of the eukaryote tree pinpointed », Current Biology, vol. 13, no 17, 2 septembre 2003, p. R665-R666 [texte intégral, lien PMID, lien DOI]
- (en) E. Mayr, « Two empires or three? », Proc. Natl. Acad. Sci USA., vol. 95, no 17, 1998, p. 9720–9723 [texte intégral, lien PMCID, lien DOI]
- (en) T. Cavalier-Smith, « Only six kingdoms of life », Proc. R. Soc. Lond. B, vol. 271, 2004, p. 1251–62 [texte intégral, lien PMID, lien PMCID, lien DOI]
- Michael L. Cain, Hans Damman, Robert A. Lue, Carol Kaeseuk Yoon, Découvrir la biologie, De Boeck Supérieur, Bruxelles, 2006, p.26-27. ISBN 2-8041-4627-8
- (en) Will H. Blackwell, « Is It Kingdoms or Domains ? Confusion & Solutions », The American Biology Teacher, National Association of Biology Teachers, vol. 66, no 4, avril 2004, p. 268-276 [texte intégral, lien DOI]
- (en) Lynn Margulis & Michael J. Chapman, Kingdoms & Domains : An Illustrated Guide to the Phyla of Life on Earth, Academic Press, Boston, 2009, 731 p. ISBN 978-0-12-373621-5
À lire [modifier]
- Classification phylogénétique du vivant / Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader. -Paris : Belin, 2001. - ISBN 2-7011-2137-X.
