La double titulature de l'église Saint-Paul-Saint-Louis est héritée de la Révolution française.
L'église Saint-Paul, premier édifice du Marais depuis l'antique chapelle de 632, devient une paroisse du diocèse de Paris en 1125. Reconstruite en 1431, elle est détruite à la suite de la Révolution en 1797. Grâce au concordat de 1802, la communauté chrétienne s'installe dans la chapelle Saint-Louis-des-Jésuites construite au XVIIe siècle. Le conseil de fabrique de la paroisse du demande au cardinal de Belloy-Morangle d'accoler le nom de Saint-Paul à celui de Saint-Louis pour désigner désormais la paroisse et l'église. Ces deux réalités sont désormais indissociables pour comprendre l'histoire et l'architecture de la paroisse Saint-Paul-Saint-Louis.
Le premier édifice cultuel dédié à saint Paul l'Ermite (qui avait été inhumé par saint Antoine au désert d'Égypte) fut la « chapelle Saint-Paul-des-Champs » édifiée vers 632/642 au niveau de l'actuel no 30-32, à l'angle de la rue Saint-Paul et de la rue Neuve-Saint-Pierre. C'était une chapellecimétériale élevée — selon la coutume de ne pas inhumer dans les villes, intra muros — au milieu de champs cultivés à l'est de Paris, en bordure du cimetière du monastère Saint-Éloi. Ce monastère, fondé pour des moniales par saint Éloi et Dagobert Ier, était quant à lui implanté au cœur de l'île du Palais (actuelle île de la Cité). Son emplacement correspondrait de nos jours au parvis actuel du palais de Justice. De là, on se rendait en barque au cimetière de la communauté ce qui était bien pratique lors des obsèques monastiques.
Le vocable Saint-Paul passa au cimetière et à l'église qui remplaça la chapelle et devint siège d'une paroisse en 1125. Celle-ci donna son nom au quartier Saint-Paul. L'église fut démantelée à la Révolution. La paroisse, supprimée fut rétablie au début du XIXe siècle dans l'ancienne église Saint-Louis des Jésuites (située dans le voisinage de l'ancienne église Saint-Paul), qui prit alors le double vocable Saint-Paul-Saint-Louis.
Un important cimetière était installé derrière l'église Saint Paul où furent enterrés entre autres Rabelais, Jean Nicot, Mansart.
Antoine Lavoisier fut second marguillier d'honneur et bienfaiteur de la paroisse Saint-Paul lorsqu'il fut régisseur des poudres à l'Arsenal jusqu'à la Révolution au cours de laquelle il fut guillotiné.
L'église Saint-Louis des Jésuites, par Israël Silvestre - v. 1650.
L'église s'élève en grande partie sur le terrain de l'ancien hôtel Rochepot ou de Damville qui avait appartenu à Madeleine de Savoie, veuve d'Anne de Montmorency. Cette demeure, qui s'étendait de la rue Saint-Paul avec un accès à l'emplacement de l'actuel passage Saint-Paul jusqu'à la rue Saint-Antoine, comprenait plusieurs bâtiments, cours et jardins. Cet hôtel fut donné en 1580 par le cardinal Charles de Bourbon aux Jésuites qui y firent construire une chapelle Saint-Louis .
Après leur retour en France — ils avaient été expulsés en 1595 —, les Jésuites récupèrent la chapelle qui apparaît trop petite. Pour la remplacer par un édifice plus vaste, le roi Louis XIII donne aux Jésuites en 1613 un terrain libéré par la démolition de l'enceinte de Philippe-Auguste et les Jésuites achètent également en 1629 l'hôtel de la Barre à l'emplacement du 14, rue Charlemagne et des propriétés voisines[2].
La première pierre de l'église est posée par le cardinal de Richelieu en 1627 pour la maison professe que les Jésuites occupent à proximité. Son premier nom est d'ailleurs « église Saint-Louis de la maison professe des Jésuites » ou « Saint-Louis des Jésuites ». La première messe est célébrée par le cardinal de Richelieu le , jour de l'Ascension.
L'église montre à la fois des éléments inspirés de l'Italie et des traditions françaises. Comme le note André Chastel, « l'ordre des Jésuites, tout en recommandant certaines dispositions, était attentif aux traditions locales[5] ». On peut ainsi facilement la comparer à l'église du Gesù, à Rome, mais elle est plus étirée, en hauteur et en largeur. Le plan est un compromis entre la nef unique bordée de chapelles, présente au Gesù, et la croix latine de tradition française, sensible dans le transept étiré. Celui-ci, peu saillant, ainsi que l'abside courte, les hautes fenêtres permettant une abondante lumière et la coupole au-dessus de la croisée du transept, rappellent aussi l'architecture italienne légèrement antérieure, comme celle de Carlo Maderno. Par contre, les proportions élevées (la coupole est haute de 55 m) seraient plutôt à rapprocher de l'art gothique français.
La façade, objet d'importants travaux de restauration d' à [6], est également composée comme une façade italienne, mais sa verticalité rappelle le gothique, et son caractère très orné, l'architecture des Pays-Bas. La principale source d'inspiration aurait pu être la façade de l’église Saint-Gervais-Saint-Protais de Paris, réalisée en 1618 par Salomon de Brosse : on retrouve la même organisation en trois travées sur deux niveaux pour les travées latérales et sur trois pour la travée centrale, mise en valeur par un ressaut et des colonnes accouplées. Les ordres employés sont le corinthien (sur les deux niveaux inférieurs) et le composite.
En , un important échafaudage a été mis en place afin de restaurer les verrières du lanternon au-dessus de la coupole ainsi que la croix sommitale, laquelle culmine à 56 mètres.
Depuis 2017, les vitraux baroques sont restaurés les uns après les autres grâce à du mécénat privé via la Fondation pour l'avenir du patrimoine à Paris, fondation hébergée par la Fondation Notre-Dame : les vitraux de la chapelle de la Vierge et du Calvaire en 2018, ceux du transept est en 2019 et du transept ouest en 2020.
En 2020, l'entrée est, du côté du passage Saint-Paul, a été restaurée par la Ville de Paris. La grille en fer forgéefleurdelisée et dorée a été redécouverte et restaurée à cette occasion. La rénovation de l'entrée ouest est en projet.
En 2020-2021, les baies basses 12,13,14,15 et 16 (entrée ouest, sainte Marie Madeleine, saint Jérôme, saint Louis et saint Paul) ont été restaurées par le mécénat, en 2022 les deux dernières baies basses 17 et 18 (saint Joseph et saint Jean Baptiste), en 2023 tous les petits vitraux des tribunes et en 2024 les deux baies hautes dans le choeur et en 2025 les deux baies hautes à l'est dans le choeur.
Buffet de 1867 (classé monument historique). Orgue Martin (1871) restauré par Danion-Gonzalez (1972) puis par Bernard Dargassies en deux tranches (1999 et 2005) : 3 claviers de 56 notes et pédalier de 30 notes ; transmissions électriques ; 40 jeux (33 réels).
Une inscription presque effacée « République fancaise ou la mort (sic) » sur le deuxième pilier du côté droit de la nef datant de la Commune de Paris et de l'incendie du dôme de Saint-Paul. Malgré les actions de nettoyage successives, le graffiti a traversé les siècles[10].
Inscription tracé avec son doigt par un Communard en 1871Il fut, dit-on, tracé avec son doigt, par un Communard pourchassé par les troupes versaillaises. Photo jointe
Coquilles de deux bénitiers offertes par Victor Hugo à l'occasion du mariage de sa fille Léopoldine en 1843.
Les Pèlerins d'Emmaüs par François Anguier (1604-1669), bas-relief en bronze doré sur l'autel principal face au public.
La sacristie monumentale contenant un tableau de la crucifixion du Christ autrefois dans la chapelle de la prison de la Bastille, ainsi que trois peintures au-dessus du chasublier principal attribuées à Philippe de Champaigne.
↑Ouvrage collectif, La Société des Missions Étrangères de Paris : 350 ans à la rencontre de l'Asie : 1658-2008 : colloque à l'Institut Catholique de Paris (4 et 5 avril 2008), Karthala Éditions, 2011, p. 16.
Eugène de Ménorval, Les Jésuites de la rue Saint-Antoine, l'église Saint-Paul-Saint-Louis et le lycée Charlemagne, Paris, Auguste Aubry, (lire en ligne).
Préfecture du département de la Seine. Direction des travaux, « Église Saint-Paul-Saint-Louis », dans Inventaire général des œuvres d'art appartenant à la ville de Paris. Édifices religieux, t. 1, Paris, Imprimerie centrale des chemins de fer A. Chaix et Cie, (lire en ligne), p. 441-462.