David Baker (scientifique)
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Bio-informaticien, universitaire, biologiste computationnel, professeur d'université, biochimiste, professeur de biochimie |
| Conjoint |
Hannele Ruohola-Baker (en) |
| A travaillé pour |
University of Washington School of Medicine (en) (depuis ) Université de Washington |
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| Directeur de thèse | |
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| Distinctions |
Prix Nobel de chimie () Liste détaillée Packard Fellowship for Science and Engineering (d) () Prix Overton () Feynman Prize in Nanotechnology (en) () Prix Nobel de chimie () Membre de l'Académie américaine des arts et des sciences |
David Baker est un biochimiste (et spécialiste de la biologie computationnelle) américain né le à Seattle, État de Washington. Il est un des pionniers du développement de méthodes pour concevoir des protéines et prédire leurs structures tridimensionnelles. Il est titulaire de la chaire Henrietta and Aubrey Davis en biochimie, chercheur à l'Institut médical Howard Hughes et professeur adjoint en sciences du génome, bioingénierie, génie chimique, informatique et physique à l'Université de Washington.
Baker est co-lauréat avec Demis Hassabis et John M. Jumper et du prix Nobel de chimie 2024[1],[2] pour ses travaux « pour la conception computationnelle de protéines »[3].
Les programmes d'intelligence artificielle développés par Baker et d'autres chercheurs ont désormais en grande partie résolu le problème de la prédiction des structures protéiques[4],[5]. Baker est membre de l'Académie nationale des sciences des États-Unis et directeur du Institute for Protein Design de l'Université de Washington[6]. Il a cofondé plus d'une douzaine d'entreprises en biotechnologie et a été inclus dans la liste inaugurale des 100 personnes les plus influentes en santé du magazine Time en 2024[7].
Biographie
[modifier | modifier le code]Baker est né dans une famille juive à Seattle, Washington, le 6 octobre 1962. Il est le fils du physicien Marshall Baker et de la géophysicienne Marcia (née Bourgin) Baker[8]. Il a été diplômé de la Garfield High School de Seattle[9].
Il a obtenu son diplôme de premier cycle à l'Université Harvard en 1984. Il a terminé son doctorat en biochimie à l'Université de Californie à Berkeley, en 1989, dans le laboratoire de Randy Schekman, où il a principalement travaillé sur le transport et le trafic des protéines chez la levure[10]. En 1993, il a achevé sa formation postdoctorale en biophysique avec David Agard à l'Université de Californie à San Francisco.
Baker a rejoint le département de biochimie de l'École de médecine de l'Université de Washington en tant que membre du corps professoral en 1993. Il est devenu chercheur à l'Institut médical Howard Hughes en 2000[11]. Baker a été élu membre de l'Académie américaine des arts et des sciences en 2009. Il est marié à Hannele Ruohola-Baker, une autre biochimiste à l'Université de Washington. Ils ont deux enfants.
Recherche
[modifier | modifier le code]Bien que principalement connu pour le développement de méthodes computationnelles permettant de prédire et de concevoir les structures et les fonctions des protéines, Baker maintient un groupe actif d'experts en biochimie expérimentale[12]. Il est l'auteur de plus de 600 articles scientifiques[13].
Le groupe de Baker a développé l'algorithme Rosetta pour la prédiction ab initio des structures protéiques. Le projet a été étendu en un outil de conception de protéines, un projet de calcul distribué appelé Rosetta@home[12],[14],[15], et le jeu vidéo Foldit[16],[17],[18]. Baker a été le directeur du Rosetta Commons, un consortium de laboratoires et de chercheurs qui développent des logiciels de prédiction et de conception des structures biomoléculaires. Le groupe de Baker participe régulièrement à la compétition CASP de prédiction des structures, se spécialisant dans les méthodes ab initio, incluant des variantes manuelles et automatisées du protocole Rosetta[19],[20].
Le groupe de Baker est également actif dans le domaine de la conception de protéines[12],[21] ; ils sont notamment connus pour avoir conçu Top7, la première protéine artificielle avec un repliement inédit[22](La structure en trois dimension d'une protéine étant codé par les acides aminés, le repliement consiste à produire la première à partir de la seconde)
En 2017, l'Institut de conception de protéines de Baker a reçu plus de 11 millions de dollars de la part d'Open Philanthropy[23],[24], suivi d'un don supplémentaire de 3 millions de dollars en 2021[25].
En avril 2019, Baker a donné une conférence TED intitulée « 5 défis que nous pourrions résoudre en concevant de nouvelles protéines » lors de TED2019 à Vancouver, au Canada[26].
Baker a cofondé plusieurs entreprises de biotechnologie, notamment Prospect Genomics (acquise par une filiale d'Eli Lilly en 2001)[27], Icosavax (acquise par AstraZeneca en 2023)[28], Sana Biotechnology, Lyell Immunotherapeutics et Xaira Therapeutics.
Récompenses
[modifier | modifier le code]Pour ses travaux sur le repliement des protéines, Baker a reçu de nombreuses distinctions, notamment le prix Overton (2002)[29], le prix international Sackler en biophysique (2008)[30], le prix Wiley (2022)[31] et le prix de la Fondation BBVA Frontiers of Knowledge dans la catégorie « Biologie et biomédecine » (2022)[32].
Pour ses travaux sur la conception de protéines, Baker a reçu le prix Newcomb Cleveland (2004)[33], le prix Feynman en nanotechnologie (2004)[34] et le Breakthrough Prize in Life Sciences (2021)[35]. En 2023, il a été nommé Highly Ranked Scholar par ScholarGPS pour l'ensemble de sa carrière ainsi que pour les cinq dernières années[36].
En 2024, Baker a reçu la moitié du prix Nobel de chimie pour ses travaux sur la conception de protéines, l'autre moitié étant attribuée à John M. Jumper et Demis Hassabis pour leurs prédictions sur le repliement des protéines[3],[37].
Références
[modifier | modifier le code]- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « David Baker (biochemist) » (voir la liste des auteurs).
- « Le prix Nobel de chimie décerné à trois scientifiques pour leurs recherches sur les protéines », Ouest-France, (lire en ligne, consulté le ).
- (en) Ewen Callaway, « Chemistry Nobel goes to developers of AlphaFold AI that predicts protein structures », Nature, (DOI 10.1038/d41586-024-03214-7, lire en ligne, consulté le )
- « Le prix Nobel de chimie 2024 est attribué à David Baker, Demis Hassabis et John Jumper pour leurs travaux sur les protéines », Le Monde, (lire en ligne, consulté le ).
- (en) « 2021 | Breakthrough of the year », Science, (lire en ligne)
- (en) Yasemin Saplakoglu, « How AI Revolutionized Protein Science, but Didn’t End It », sur Quanta Magazine, (consulté le )
- (en) « UW establishes the Institute for Protein Design - Institute for Protein Design », sur Institute for Protein Design, (consulté le )
- (en) Will Henshall, « David Baker », sur Time, (consulté le )
- (en) « Jewish Nobel Prize Winners in Chemistry », sur www.jinfo.org (consulté le )
- (en) « A UW professor and a ‘local kid’ from Garfield High wins a Nobel Prize », sur The Seattle Times, (consulté le )
- (en) David Baker, « Reconstitution of Intercompartmental Protein Transport in Yeast Extracts (thèse) », Université de Californie à Berkeley,
- (en) « David Baker, PhD », sur www.hhmi.org (consulté le )
- (en) « Protein wrangler, serial entrepreneur, and community builder: Inside David Baker’s brain », sur Chemical & Engineering News (consulté le )
- (en) « David Baker », sur Google Scholar (consulté le )
- (en) Oscar Castillo, Patricia Melin et Janusz Kacprzyk, Fuzzy Logic Augmentation of Neural and Optimization Algorithms: Theoretical Aspects and Real Applications, Springer, (ISBN 978-3-319-71008-2, lire en ligne)
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- (en) 5 challenges we could solve by designing new proteins, David Baker (, 610 minutes), consulté le
- (en) « Structural GenomiX to Acquire Research Firm Prospect Genomics », The Wall Street Journal, (lire en ligne)
- (en) Taylor Soper, « AstraZeneca will pay up to $1.1B to acquire Icosavax, a Univ. of Washington biotech spinout », GeekWire, (lire en ligne)
- « 2002 Overton Prize Winner - David Baker », sur www.iscb.org (consulté le )
- (en) « University of Washington biochemist David Baker to receive 2008 Sackler International Prize in Biophysics for discoveries in protein folding », sur University of Washington (consulté le )
- (en) « Biomedical Sciences | Prize », sur Wiley (consulté le )
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- (en) « Breakthrough Prize – Winners Of The 2021 Breakthrough Prizes In Life Sciences, Fundamental Physics And Mathematics Announced », sur breakthroughprize.org (consulté le )
- « David Baker | Scholar Profiles and Rankings », sur ScholarGPS (consulté le )
- (en) « The Nobel Prize in Chemistry 2024 », sur NobelPrize.org (consulté le )
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