Rosetta@home

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Rosetta@home est un projet de calcul distribué. Son objectif est déterminer la structure de protéines, afin de pouvoir élaborer des traitements contre les principales pathologies humaines. Ce projet est mené par le laboratoire du professeur Baker (en) de l'université de Washington. Le projet a en novembre 2008 une puissance de calcul d'environ 76 téra-FLOPS[1].

Logiciel et ordinateurs[modifier | modifier le code]

Rosetta@home est un projet informatique de calcul distribué qui utilise le système BOINC dsponible sur les plates formes Windows, Linux, et Mac OS X. La participation au projet nécessite un ordinateur doté au minimum d'un processeur ayant une fréquence d'horloge de 500 MHz, de 200 Mo d'espace disque disponible, de 512 Mo de mémoire vive et d'une connexion internet[2].

Le protocole HTTP (port 80) est utilisé pour les communications entre le client BIONIC et les serveurs de Rosetta@home à l'Université de Washington. Les échanges de mots de passe se font via le protocole sécurisé HTTPS (port 443). Le contrôle du client BIONIC se fait par les ports 31416 et 1043. Les workunits (vocabulaire de BOINC désignant une unité de travail confiée à un client) contenant les données des protéines assignées sont distribués au clients depuis un serveur situé dans le laboratoire Baker d'Université de Washigton. Les clients calculent ensuite séparement les prédictions des protéines qui leurs sont assignées. Afin d'éviter que la même protéine soit assignée à plusieurs clients différents, chaque workunit possède un identifiant généré aléatoirement.

La recherche liée aux maladies[modifier | modifier le code]

Outre la recherche dans le calcul de méthodes fondamentales, Rosetta@home est directement liée à la recherche contre certaines maladies[3] :

et d'autres virus.

Résultats[modifier | modifier le code]

Le , des chercheurs publient un article s'appuyant sur les calculs de Rosetta@home dans Journal of Molecular Biology. Ils indiquent avoir découvert un état fonctionnel pertinent[4].

Foldit[modifier | modifier le code]

Article détaillé : Foldit.

En mai 2008 les utilisateurs de Rosetta@home suggèrent une version interactive du programme de calcul distribué, le laboratoire Baker propose le jeu vidéo expérimental Foldit, basé sur le programme Rosetta@home. Foldit utilise les algorithmes de ce dernier, notamment pour le calcul d'énergie des protéines. De nombreux puzzles proposés aux joueurs de Foldit sont issus de prévisions calculées par Rosetta@home.

Références[modifier | modifier le code]

  1. What is Rosetta@home?
  2. (en) Rosetta@home : Recommended System Requirements Rosetta@home, Université de Washington. 2011. Consulté le 5 octobre 2013
  3. Rosetta@home : La recherche liée aux maladies Rosetta@home, Université de Washington. 2007. Consulté le 5 octobre 2013
  4. (en) Michael D. Tyka, « Alternate States of Proteins Revealed by Detailed Energy Landscape Mapping », Journal of Molecular Biology,‎ (ISSN 0022-2836, DOI 10.1016/j.jmb.2010.11.008, lire en ligne)

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Liens internes[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]