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La flore des Pyrénées comporte environ 4 500 espèces, dont quelque 160 espèces endémiques. La répartition végétale dans les Pyrénées est influencée par le climat océanique à l'ouest, méditerranéen à l'est, humide au nord, plus sec au sud. Sans oublier les différents étagements de la montagne qui favorisent les forêts de feuillus à basse altitude, puis au fur et à mesure qu'on monte, les forêts persistantes, les plantes et herbes grasses d'alpages, et enfin les plantes rocailleuses ou de névés à haute altitude (mousses, lichens…).
L’orientation d’ouest en est de la plupart des montagnes européennes a eu pour conséquence qu'un grand nombre d’espèces qui étaient présentes dans nos régions durant l'ère tertiaire, sont mortes de froid pendant les grandes glaciations. Elles ont en effet buté contre les chaînes de montagnes, qu’elles n’ont pas pu franchir. En Amérique du Nord et en Extrême-Orient où les chaînes de montagnes sont à orientation nord-sud, elles ont par contre, pu émigrer vers des régions plus clémentes. Un mélange avec des espèces provenant des régions arctiques et d’autres chaînes européennes a en outre eu lieu. Lors de la remontée des glaces, des espèces alpines, comme le thé des Alpes (Dryas octopetala L.), sont remontées dans le Grand Nord, tandis que des espèces arctiques, comme l’andromède bleue (Phyllodoce caerulea (L.) Bab.), sont restées dans les Pyrénées.
Originalité de la Flore des Pyrénées
À l’instar des Alpes méridionales et des montagnes des Balkans, qui sont également riches en espèces endémiques, quelques espèces ont pu subsister dans des vallées protégées des Pyrénées. Cela permet ainsi d’expliquer pourquoi la jacinthe améthyste, Brimeura amethystina (L.) Chouard, ne se rencontre que dans les Pyrénées et en Croatie. La gentiane des Pyrénées, Gentiana pyrenaica L., était vraisemblablement plus largement répandue avant la glaciation. On la trouve actuellement dans les Pyrénées orientales et depuis les Monts Rila de Bulgarie jusque dans le Nord-Est de la Turquie.
Les gesnériacées sont une grande famille tropicale, qui était aussi répandue en Europe au cours de l’ère tertiaire. Seules six espèces ont pu y survivre à la glaciation. Ainsi, la ramonde, Ramonda myconi (L.) Rchb., est présente sur les rochers calcaires ombragés des Pyrénées centrales et occidentales. Dans les Balkans, on rencontre localement deux autres ramondes : Ramonda nathaliae Pančić & Petr. à fleurs à 4 pétales, et Ramonda serbica Pančić à corolle légèrement campanulée.
Le Lis des Pyrénées, Lilium pyrenaicum Gouan, est une belle plante à fleurs en turban jaunes piquetées de noir, qui répandent malheureusement une odeur assez désagréable. Dans le nord-est de l’Espagne on trouve la var. rubrum à fleurs orangées. Dans les Alpes orientales et les Balkans on rencontre le lis de la Carniole, Lilium carniolicum Bernh. ex W. D. J. Koch, qui y est présent sous quatre variétés : albanicum et jankae à fleurs jaunes, et bosniacum et carniolicum à fleurs orangées à rouges. D’aucuns considèrent que le lis de la Carniole est une sous-espèce du Lis des Pyrénées. Lilium pyrenaicum et Lilium carniolicum proviennent vraisemblablement d’un ancêtre commun qui a été décimé lors de la grande glaciation.