Hominidé de Denisova

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51° 23′ 51.29″ N 84° 40′ 34.34″ E / 51.3975806, 84.6762056

Touristes devant la grotte de Denisova

L'hominidé de Denisova (ou parfois Dénisovien) est le nom donné à une espèce d'hominidé (du genre Homo) identifiée par analyse génétique en mars 2010. Les scientifiques pensent que cette espèce a vécu il y a entre 1 million et 40 000 ans, dans des régions peuplées par l'homme de Néandertal et l'Homo sapiens[1],[2].

Découverte[modifier | modifier le code]

Une équipe de scientifiques coordonnée par Svante Pääbo de l'Institut Max-Planck d'anthropologie évolutionniste à Leipzig en Allemagne a séquencé l'ADN mitochondrial (ADNmt) extrait des fragments d'une phalange d'auriculaire provenant d'un enfant d'environ 7 ans retrouvée avec quelques dents dans la grotte de Denisova, dans les montagnes de l'Altaï au sud de la Sibérie[3]. Des objets trouvés dans la grotte au même niveau que les fragments osseux ont été datés par le carbone 14 entre 30 000 et 48 000 ans BP[4].

Les données disponibles pour l'ADNmt laissent penser que ce nouvel hominidé aurait un ancêtre commun avec l'homme anatomiquement moderne et avec l'homme de Néandertal, qui daterait d'il y a environ 1,0 million d'années[5]. Ses ancêtres seraient arrivés d'Afrique par une voie différente de celle des ancêtres des Néandertaliens et des hommes modernes et ils appartiendraient à une espèce distincte.

La stratigraphie de la grotte suggère que les hominidés de Denisova ont vécu aux mêmes époques que celles où les Néandertaliens ont cohabité avec l'homme moderne.

Fin 2010, une étude basée sur le séquençage de l'ADN nucléaire extrait d'une phalange provenant du même site confirme que l'hominidé de Denisova a des origines communes avec l'homme de Néandertal[6]. Il aurait également contribué à hauteur de 4 à 6 % au génome des Mélanésiens actuels et aurait été relativement répandu en Asie à la fin du Pléistocène. Une molaire exhumée dans la grotte, appartenant à un individu distinct, présente un ADNmt proche de celui de la phalange évoquée précédemment ; ses caractéristiques morphologiques, très grosse et archaïque d'aspect, indiquent selon les auteurs que l'histoire évolutive des hominidés de Denisova est distincte de celles des Néandertaliens et des Homo sapiens.

En août 2011, un article de Laurent Abi-Rached publié par Science décrit le séquençage de l'ADN de ce Dénisovien qui montre que des croisements se sont produits avec les Homo sapiens[7].

Le transfert de gènes des Dénisoviens aux hommes modernes a laissé la plus forte fréquence d'une variante des gènes HLA (HLA-B) dans les populations d'Asie occidentale, l'endroit le plus probable où des accouplements fortuits entre H. sapiens et Dénisoviens se sont produits.

À partir d'un échantillon d'ADN microscopique prélevé sur un os vieux d'environ 80 000 ans, des chercheurs sont parvenus à décoder le génome de l'hominidé de Denisova, et à le comparer avec celui de ses proches cousins, les Néandertaliens et l'humain moderne. Leurs analyses, publiées en août 2012 dans la revue américaine Science[8], révèlent notamment que la diversité génétique était assez importante chez les Dénisoviens et qu'une partie non négligeable de leurs gènes a été transmise aux habitants actuels d'Asie du Sud-Est, en particulier aux Papous[9].

Une nouvelle étude prouve qu'une partie du matériel génétique de Denisova a été positivement sélectionné pour aider Homo Sapiens à s'adapter à de nouveaux environnements, en l’occurrence à la haute altitude. Un variant du gène EPAS1 provenant de l'hominidé améliore le transport d'oxygène et est présent uniquement chez les Tibétains et les Chinois Han dans une moindre proportion[10].

Origine du taxon[modifier | modifier le code]

L'équipe de Svante Pääbo (Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology à Leipzig, Allemagne) a publié le 4 décembre 2013 dans la revue Nature[11] une analyse génétique de l'ADN mitochondrial (maternel) d'un fémur de la grotte de Sima de los Huesos, sur le site préhistorique de Atapuerca, en Espagne. Ce fémur appartient à un groupe de 28 individus de l'espèce Homo heidelbergensis, et est daté d'environs 300 000 ans. Eu égard à la ressemblance anatomique entre H. heidelbergensis et l'homme de Néandertal, l'équipe s'attendait à un fort apparentement génétique avec ces derniers. Mais « loin de révéler cet étroit lien génétique [...], l’analyse de cet ADN mitochondrial a en réalité montré que cet Homo de la grotte de Sima de los Huesos est génétiquement bien plus proche de l’homme de Denisova que de l'homme de Néandertal[12] ».

Pääbo ne remet pas en cause l'apparentement d'Homo heidelbergensis et de Néandertal. Il pense au contraire « que les Homo de la grotte de Sima de los Huesos seraient [...] les ancêtres communs de l’homme de Denisova et l’homme de Néandertal[12] ». L'éloignement génétique relatif d'avec Néandertal serait dû à un phénomène classique de dérive génétique, certaines caractéristiques génétiques se perdant quand certains groupes ou individus n'ont pas de descendance. La ressemblance plus grande avec les dénisoviens serait donc un simple hasard lié à l'analyse d'un petit nombre de séquences d'ADN mitochondrial. « Une hypothèse [...] qui ne pourra être sérieusement testée que si les généticiens parviennent à extraire de l'ADN nucléaire des ossements des Homo heidelbergensis présents de la grotte de Sima de los Huesos. En effet, contrairement à l'ADN mitochondrial, l'ADN nucléaire permet de reconstituer non seulement les lignées maternelles, mais également les lignées paternelles[12] ».

Mais si l'apparentement de Homo heidelbergensis et de Néandertal reste à préciser, celui avec les dénisoviens semble établi, même s'il doit encore être affiné.

Bibliographie[modifier | modifier le code]

Article connexe[modifier | modifier le code]

Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. (en) Johannes Krause, Qiaomei Fu, Jeffrey M. Good, Bence Viola, Michael V. Shunkov, Anatoli P. Derevianko, Svante Paabo (2010) « The complete mitochondrial DNA genome of an unknown hominin from Southern Siberia », Nature, vol. 464, pp. 894-897 (24 mars 2010) (résumé en anglais)
  2. (en) Scientists say they've identified new human ancestor ; par David Brown, 25 mars 2010.
  3. L'homme d'Altaï, une nouvelle espèce d'hominidé ?, www.hominides.com, 24 mars 2010.
  4. Un nouveau type d'hominidé découvert en Sibérie, Lemonde.fr avec AFP, 24 mars 2010.
  5. (en) New hominin found via mtDNA, The Scientist.
  6. (en) Reich et al., « Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia », Nature, vol. 468, p. 1053-1060, 23 décembre 2010.
  7. Laurent Abi-Rached, « The Shaping of Modern Human Immune Systems by Multiregional Admixture with Archaic Humans », Science, vol. 334, no 6052,‎ 2011-07-10, p. 89-94 (ISSN 0036-8075, 1095-9203, DOI 10.1126/science.1209202, lire en ligne)
  8. Matthias Meyer, « A High-Coverage Genome Sequence from an Archaic Denisovan Individual », Science,‎ 2012-08-30 (ISSN 0036-8075, 1095-9203, DOI 10.1126/science.1224344, lire en ligne)
  9. La génétique arrache ses secrets de famille à un cousin des Néandertaliens
  10. « Altitude adaptation in Tibetans caused by introgression of Denisovan-like DNA »
  11. « A mitochondrial genome sequence of a hominin from Sima de los Huesos », par Svante Pääbo & all, Nature, 505, 403–406, doi:10.1038/nature12788, publié en ligne le 4 décembre 2013.
  12. a, b et c « De l’ADN ancien jette le trouble sur les origines de l’Homme », Nicolas Revoy, jeudi 5 décembre 2013, Le Journal de la science