« Variants du SARS-CoV-2 » : différence entre les versions

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Ces clades GISAID peuvent alors être affinés par la définition de lignées, comme celles de ''PANGO lineages''.


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Version du 7 mai 2021 à 00:37

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Wikipédia ne donne pas de conseils médicaux ou sanitaires. Cet article est susceptible de contenir des informations obsolètes ou inexactes. Seul un professionnel de la santé est apte à vous fournir un avis médical, et seules les autorités sanitaires de votre pays sont compétentes pour donner des consignes de santé publique relatives à la pandémie de Covid-19.

Le SARS-CoV-2 (coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère), virus qui cause la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19), a de nombreux variants ; certains sont ou ont été considérés comme d'une importance particulière.

En comparaison avec les virus à ADN, les virus à ARN (comme le virus de la grippe ou le VIH) ont tendance à muter plus rapidement et plus fréquemment. Les coronavirus, qui sont également des virus à ARN, sont néanmoins plutôt stables car ils produisent une enzyme correctrice d’erreurs, appelée « exoribonucléase ». Le SARS-CoV-2 muterait ainsi environ deux fois moins rapidement que les virus grippaux d'après Inserm[1].

La séquence WIV04 / 2019 serait la séquence d'origine infectant les humains[2].

Prélèvement nasopharyngé par écouvillon, pour test PCR (test d'amplification des acides nucléiques) de dépistage du SARS-CoV-2, ici à Strasbourg, le 21 août 2020.

Cependant entre la fin 2020 et début janvier 2021, de nombreuses mutations problématiques, dans le sens où elles ont un effet négatif pour l'humain, ont été identifiées, comme le variant britannique VOC-202012/01, le variant sud-africain 501.V2, et les variants brésiliens B1.1.248 et P.1, le premier étant 50 % à 75 % plus contagieux. Ces variants peuvent présenter une résistance accrue aux anticorps neutralisants, notamment ceux qui présentent 3 mutations dans le domaine de liaison (RBD) de la protéine spiculaire (variants P.1 brésilien et B.1.351 sud-africain). De même les souches qui renferment la mutation E484K (les variants précédents et le P.2)[3] pourraient compromettre l'efficacité des vaccins[4].

Nomenclature

Aucune nomenclature pour les lignées évolutives du SARS-CoV-2 n'est universellement acceptée[5], cependant en janvier 2021, l’Organisation mondiale de la santé travaille sur une « nomenclature standard pour les variantes du SARS-CoV-2 qui ne fait pas référence à une localisation géographique »[6].

Bien qu'il existe plusieurs milliers de variantes du SARS-CoV-2[7], les sous-types du virus peuvent être placés dans des groupes beaucoup plus larges tels que les lignées ou les clades . Plusieurs nomenclatures différentes pour ces sous-types ont été proposées.

Catégorisation des variants

  • variant préoccupant[8], VOC (variant of concern)
  • variant d'intérêt[8], ou variant à suivre[8], VOI (variant of interest) ; également VUI (variant under investigation)[9]
  • variant en cours d’évaluation[8], VUM (variant under monitoring)

Différentes nomenclatures

Entités réalisant un nommage

Nextstrain
Relations entre les clades nommés par Nextstrain (années 2019-2020)

Nextstrain nomme les clades majeurs par le numéro de l'année et une lettre (les lettres sont successives, depuis « A » chaque nouvelle année)[10], par exemple : 19A, 19B, 20A. Pour un clade émergent, la notation comporte alors le nom du clade parent, et la mutation de nucléotide qui le définit[10] (attention, numérotation par nucléotide, pas par codon), par exemple : 19A/28688C. Une fois que le clade émergent a atteint les critères nécessaires, il est renommé comme clade majeur[10], par exemple : 19A/28688C devient 20D.

Les règles de nommage on été révisées début [11] pour éviter les nommages géographiques tel 20A.EU1 (variant émergent en Europe). Une la notation mixte 20H/501Y.V2 ou 20I/501Y.V1 est maintenant utilisée avec un numéro d'ordre : V1, V2, etc.

Lors de cette révision des règles, les noms des clades ont été conservés (rétrocompatibilité), sauf pour trois noms :

  • 20A.EU1 devient « 20E (EU1) » – 20A.EU1 ayant été élevé au rang de clade (il devrait alors se nommer « 2E » uniquement) ; les parenthèses « (EU1) » établissent le lien entre l'ancien et le nouveau nom[11] ;
  • 20B/501Y.V1 devient 20I/501Y.V1 – nommage plus complexe : 20B/501Y.V1 ayant été élevé au rang de clade (nommé « 20I » uniquement), mais ayant été précédemment défini avec le nom « 501Y.V1 » seul[12], cette même terminaison a été conservée, sans provoquer de confusion[11],[13] ;
  • 20C/501Y.V2 devient 20H/501Y.V2 – idem,.

Le nom d'un clade émergeant s'effectue avec le nom du clade parent et, selon le numéro de nucléotide, la mutation qui le définit[10], par exemple : 20G/1927C signifie un changement de nucléotide (ici en cytosine – C) à la position 1927, dans le clade 20G. Cependant, afin de pouvoir nommer des mutations au niveau des codons, une règle a été définie pour attribuer des noms par mutation dans chaque Open Reading Frame (ORF) codant chaque protéine[11], par exemple 20B/S.484K signifie une mutation du codon (ici codage de la lysine – K) à la position 484 dans la protéine S (ici notation « S. ») du virus. Les numéros de codons sont relatifs à chaque ORF.

Début , les clades alors en usage sont : 20A, 20B, 20C, 20D, 20E, 20F, 20G, 20H/501Y.V2 et 20I/501Y.V1 (voir leurs relations dans le diagramme ci-contre)

GISAID

En mars 2021, GISAID avait défini huit clades[14]. Les clades sont nommés d'après leur mutation essentielle. Depuis les deux clades initiaux, « S » et « L » (ces noms proviennent d'une étude préalable à celle de GISAID[14],[15]), les autres clades sont :

    • S
    • L
    • V (pour NS3-G251V)
    • G (pour S-D614G)
      • GR (pour N-G204R)
        • GRY (pour S-N501Y)
      • GH (pour NS3-Q57H)
      • GV (pour S-A222V)

Ces clades GISAID peuvent alors être affinés par la définition de lignées, comme celles de PANGO lineages.

Lignées PANGO

Le projet PANGO Lineages (en)[16] (pangolin) définit une nomenclature[17] des lignées de variants du virus SARS-CoV-2.

Lignées remarquables[18] :

  • A [2019-12-30] (second haplotype découvert – après « B » – ; la racine de la pandémie se situe dans cette lignée A).
    • B [2019-12-24] (premier haplotype découvert).
      • B.1 [2020-01-24]
        • B.1.1 [2020-02-16]
        • B.1.177 [2020-02-14]
        • B.1.7
B.1.1.7 [2020-02-07]
B.1.351 [2020-05-09]
P.1 [2020-11-03], alias de B.1.1.28.1
A.23.1 [2020-10-21]
B.1.525 [2020-12-11], lignée mondiale, avec les mutations Δ69-70 et E484K, parmi d'autres.
Public Health England

Noms et équivalences

Variants préoccupants (VOC)
Variants préoccupants (VOC, variant of concern)
Nom officiel
de l'OMS		 Nextstrain PANGO Lineage (en)
lignée PANGOlin[16]		 GISAID Public Health England
(PHE)		 Date et lieu
de première
détection		 Mutations clés[VOC 1] Autre nom
– non défini –[VOC 2] 20I/501Y.V1 B.1.1.7 GR VOC-20DEC-01
précédemment :[19]
VOC-202012/01[VOC 3]
(first VOC of december 2020)
Royaume-Uni		 L18F • Δ69/70 • Δ144Y • N501Y • A570D • P681H • H655Y
– non défini – 20H/501Y.V2[VOC 3] B.1.351 GH VOC-20DEC-02
précédemment :
VOC-202012/02
(second VOC of december 2020)
Afrique du Sud		 L18F • K417N • E484K • N501Y
– non défini – 20J/501Y.V3 P.1[VOC 3](alias B.1.1.28.1) GR VOC-21JAN-02
précédemment :
VOC-202101/02
Brésil / Japon		 L18F • K417N/T • E484K • N501Y • H655Y
– non défini – B.1.1.7
+ mutation E484K		 VOC-21FEB-02
précédemment :
VOC-202102/02
Royaume-Uni		 Δ69/70 • Δ144Y • E484K • N501Y • A570D • P681H • H655Y

Sources : OMS[20], PANGOlin[17], Public Health England[21], Santé Publique France[22].

Notes VOC du tableau :

  1. ↑ Dénomination des mutations :
    • Δ indique une délétion, par exemple Δ69/70 indique la délétion des codons aux positions 69 et 70 (sens 5' vers 3') ;
    • αnnβ signifie que le codon en position nn a subi une modification de l'un, ou de plusieurs, de ses trois nucléotides. Ainsi, au lieu de coder, précédemment, l'acide aminé α, il code maintenant l'acide aminé β. Les vingt-deux acides aminés sont représentés par un code : une lettre capitale (voir la liste des codes). Par exemple N501Y signifie : en position 501, le codon de l'asparagine (N) est remplacé par l'un des codons de la tyrosine (Y).
  2. ↑ En , l'OMS n'a pas défini de noms officiels de variants.
  3. ↑ a b et c Les noms en gras (ou les portions de nom) sont les noms d'usage de l'OMS (en , les noms des variants ne sont pas officiellement définis par l'OMS).
Variants d'intérêt (VOI)
Variants d'intérêt (VOI, variant of interest)
Nom officiel
de l'OMS		 Nextstrain PANGO Lineage (en)
lignée PANGOlin[16]		 GISAID Public Health England
(PHE)		 Date et lieu
de première
détection		 Mutations clés[VOI 1] Autre
– non défini –[VOI 2] 20C B.1.525 G/484K.V3 VUI-21FEB-03
Royaume-Uni / Nigéria		 Δ69H/70V • Δ144Y • Q52R • E484K • Q677H • D614G • F888L
– non défini – 20C/S:452R B.1.427/B.1.429 GH/452R.V1
Étas-Unis		 L452R • W152C • S13I • D614G CAL.20C/L452R
– non défini – 20J B.1.1.28.2, alias P.2 VUI-21JAN-01
Brésil		 L18F • T20N • P26S • F157L • E484K • D614G • S929I • V1176F

Sources : OMS[20], PANGOlin[17], Public Health England[21], Santé Publique France[22].

Notes VOI du tableau :

  1. ↑ Dénomination des mutations :
    • Δ indique une délétion, par exemple Δ69/70 indique la délétion des codons aux positions 69 et 70 (sens 5' vers 3');
    • αnnβ signifie que le codon en position nn a subi une modification de l'un, ou de plusieurs, de ses trois nucléotides. Ainsi, au lieu de coder, précédemment, l'acide aminé α, il code maintenant l'acide aminé β. Les vingt-deux acides aminés sont représentés par un code : une lettre capitale (voir la liste des codes). Par exemple N501Y signifie : en position 501, le codon de l'asparagine (N) est remplacé par l'un des codons de la tyrosine (Y).
  2. ↑ En , l'OMS n'a pas défini de noms officiels de variants.
Variants en cours d’évaluation (VUM)
Variants en cours d’évaluation (VUM, variant under monitoring)
Nom officiel
de l'OMS		 Nextstrain PANGO Lineage (en)
lignée PANGOlin[16]		 GISAID Public Health England
(PHE)		 Date et lieu
de première
détection		 Mutations clés[VUM 1] Autre

Sources : OMS[20], PANGOlin[17], Public Health England[21], Santé Publique France[22].

Notes VUM du tableau :

  1. ↑ Dénomination des mutations :
    • Δ indique une délétion, par exemple Δ69/70 indique la délétion des codons aux positions 69 et 70 (sens 5' vers 3');
    • αnnβ signifie que le codon en position nn a subi une modification de l'un, ou de plusieurs, de ses trois nucléotides. Ainsi, au lieu de coder, précédemment, l'acide aminé α, il code maintenant l'acide aminé β. Les vingt-deux acides aminés sont représentés par un code : une lettre capitale (voir la liste des codes). Par exemple N501Y signifie : en position 501, le codon de l'asparagine (N) est remplacé par l'un des codons de la tyrosine (Y).

Références croisées variants/mutations

Variants notables

Variant 20A/EU2 ou B.1.160

Dominant à 65% en novembre 2020 en France lors de la seconde vague, initialement détecté en France en Juillet, sa fréquence diminue rapidement début 2021 au profit de B.1.1.7.

Variant « nigérian » B.1.1.207

Article connexe : Pandémie de Covid-19 en Afrique.

Initialement séquencé en août 2020 au Nigéria[23], les implications pour la transmission et la virulence ne sont pas claires, mais il a été répertorié comme une variante émergente par les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies des États-Unis[24]. Séquencée par le Centre africain d'excellence pour la génomique des maladies infectieuses (ACEGID – African Centre of Excellence for Genomics of Infectious Diseases), cette variante a une mutation P681H, partagée en commun avec le VOC-202012/01 du Royaume-Uni, avec lequel il ne partage aucune autre mutation. À la fin , cette variante représente environ 1 % des génomes viraux séquencés au Nigeria.

Variant « britannique » VOC-202012/01

Article connexe : Pandémie de Covid-19 au Royaume-Uni.
Micrographie électronique à transmission en fausses couleurs d'un coronavirus variant B.1.1.7. La transmissibilité accrue du variant est vraisemblablement due à des changements de structure de la protéine spike, illustrées ici en vert.
Article détaillé : VOC-202012/01.

Détecté pour la première fois en octobre 2020 lors de la pandémie de Covid-19 au Royaume-Uni à partir d'un échantillon prélevé le mois précédent[25], le variant VOC-202012/01 (first Variant Of Concern in December 2020), auparavant connu sous le nom « VUI – 202012/01 » (first Variant Under Investigation in December 2020)[26] est également nommé « B.1.1.7 » (souche, ou lignée, B.1.1.7) ou « 20B/501Y.V1 »[27],[28]. Depuis lors, sa probabilité de prévalence a doublé tous les 6,5 jours[réf. nécessaire], l'intervalle générationnel présumé[29],[30]. Elle est corrélée à une augmentation significative du taux d'infection au Covid-19 au Royaume-Uni, associée en partie à la mutation N501Y, qui modifie la façon dont le virus s'attache aux cellules par la glycoprotéine S.

Il a connu une croissance exponentielle à partir de début décembre pour devenir largement majoritaire. Elle serait de 50 à 75 % plus contagieuse que les souches habituelles, y compris chez les enfants, mais n'entraînerait pas plus de formes graves. Ce variant se propage dans le monde[31].

Variant « danois » B1.1.298

Article connexe : Pandémie de Covid-19 au Danemark.

Début novembre 2020, le variant danois, également appelé ΔFVI-spike par le State Serum Institute (SSI)[32], été découvert dans le Jutland du Nord, au Danemark, et aurait été propagé des visons aux humains via des fermes de visons. Le , il est annoncé que la population de visons au Danemark serait abattue pour empêcher la propagation possible de cette mutation et ainsi réduire le risque de nouvelles mutations. Il a entraîné l'abattage de 15 millions de visons, soit l'intégralité de la population d'élevage du Danemark[33]. Des restrictions de voyage ont été introduits dans sept municipalités du nord du Jutland pour empêcher la propagation de la mutation. Au 5 novembre 2020, quelque 214 cas humains liés au vison avaient été détectés[34].

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré que le variant danois a une « sensibilité modérément diminuée aux anticorps neutralisants. » Le State Serum Institute avertit que la mutation pourrait réduire l'effet des vaccins contre la Covid-19 en cours de développement, même s'il était peu probable qu'il les rende inutiles. Il est annoncé le 19 novembre 2020 que le foyer de contagion était probablement éteint[35].

Variant « sud-africain » 501.V2

Article connexe : Pandémie de Covid-19 en Afrique du Sud.
Article détaillé : Variant 501.V2.

Le 18 décembre 2020, le variant appelé 501.V2, 20C/501Y.V2 ou lignée B.1.351[28] est détecté pour la première fois en Afrique du Sud et signalé par le département de la santé du pays[36]. Les chercheurs ont signalé que la prévalence du variant était plus élevée chez les jeunes sans problèmes de santé sous-jacents et que, par comparaison avec d'autres variants, il entraînait plus fréquemment une maladie grave dans ces cas[37]. Le département de la santé sud-africain a également indiqué que le variant pourrait être à l'origine de la deuxième vague de l'épidémie de COVID-19 dans le pays en raison de sa propagation à un rythme plus soutenu que les autres variants du virus.

Les scientifiques ont également noté que le variant contenait plusieurs mutations lui permettant de se fixer plus facilement aux cellules humaines en raison des trois mutations suivantes dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) dans la glycoprotéine de pointe du virus : N501Y[36],[38], K417N et E484K[39],[40]. La mutation E484K pourrait altérer l'efficacité des vaccins en réduisant le pouvoir neutralisant des anticorps. Il entraînerait alors aussi des risques de réinfection[41].

Variant « brésilien » ou « japonais » B.1.1.248

Articles connexes : Pandémie de Covid-19 au Brésil et Pandémie de Covid-19 au Japon.
Article détaillé : Variant B1.1.248 du SARS-CoV-2.

Le variant B.1.1.248 du SARS-CoV-2 a été détecté à Tokyo le 6 janvier 2021 par l'Institut national des maladies infectieuses (NIID). Ce nouveau variant a été trouvé chez quatre personnes arrivées le 2 janvier 2021 à Tokyo depuis l'État d'Amazonas au Brésil[42]. L'Institut Oswaldo-Cruz indique sa conviction que le variant aurait circulé dans la forêt amazonienne[43]. Ce variant a 12 mutations dans sa protéine de pointe, y compris N501Y et E484K[44].

Une prépublication d'un article de Carolina M Voloch et al. a identifié la nouvelle lignée B.1.1.248 en circulation au Brésil et provenant de B.1.1.28. Il est décrit comme étant apparu pour la première fois en juillet 2020, détecté par eux-mêmes en octobre 2020 et, bien que sa fréquence ait considérablement augmenté, restant largement confiné, à la publication du journal en décembre 2020, à la capitale de l'État de Rio de Janeiro[45]. Pour rappel, en mai 2020 la majorité de leurs échantillons étaient de la lignée B.1.1.33. Cependant, en septembre 2020, il y avait une propagation significative de B.1.1.28 et, en octobre et novembre 2020, la nouvelle lignée de variant B.1.1.248 prédominait déjà sur 3 et 4 autres classifications utilisant l'outil Pangolin[46]. Le document identifie le changement E484K (présent à la fois dans B.1.1.28 et B.1.1.248) comme « largement répandu » à travers les échantillons (par exemple, 36 des 38 échantillons dans un ensemble).

Variant P.1 (détecté à Manaus)

Article connexe : Pandémie de Covid-19 au Brésil.
Article détaillé : Variant P.1 du SARS-CoV-2.

Il s'agit d'un variant détecté en décembre 2020 dans la région de Manaus au Brésil. Il est responsable d'une seconde vague extrêmement intense dans l'État de l'Amazonas et plus particulièrement dans la ville de Manaus, alors même que la ville avait atteint le seuil d'immunité collective en octobre 2020 avec 76 % de la population déjà exposée au Covid-19[47]. Cela montrerait l'inefficacité des anticorps issus du contact avec d'anciennes souches du virus face à ce variant. Il est porteur de 21 mutations, dont E484K (remettant en cause l'efficacité des vaccins) et N501Y (le rendant plus contagieux).

Il circule au côté du variant P.2 détecté à Rio de Janeiro. Les deux variants sont issus du variant B.1.128 qui aurait circulé au Brésil depuis [48].

Variant 20A/EU1 (Espagne)

Article connexe : Pandémie de Covid-19 en Espagne.

Le , des scientifiques suisses, américains et espagnols publient l'étude d’un variant du SARS-CoV-2, appelé 20A EU.1[49]. Ce variant semble avoir émergé parmi des travailleurs agricoles en Aragon, dans le nord-est de l’Espagne, « C’est du moins les traces les plus anciennes de sa présence que nous avons pu détecter », précise Emma Hodcroft, l’auteure principale de l’étude et spécialiste de la génétique évolutive humaine à l’université de Bâle, d'après France 24[50].

Après son développement en Espagne, cette mutation s'est étendue à de nombreux pays européens. Avant le , de très faibles valeurs ont été trouvées en dehors de la Péninsule Ibérique. Mais après cela, la mutation s’est propagée en Europe et elle s'est également étendue à la Norvège, à la Lettonie, aux Pays-Bas et à la France. Cette variante s'est même répandue sur d'autres continents, par exemple, la Nouvelle-Zélande ou Hong Kong[51].

Le variant 20A EU.1 s'est mélangé à la population locale et a ensuite migré vers d'autres régions du pays, représentant alors () plus de 70 % de toutes les séquences analysées par les chercheurs. À partir de la mi-juillet, cette mutation a rapidement balayé le reste du continent européen, cité plus haut, à commencer par le Royaume-Uni (80 % de toutes les séquences analysées), la Suisse et les Pays-Bas. Emma Hodcroft a souligné qu'en France, « elle représente seulement 40 % des cas analysés, et c’est une autre souche qui est dominante »[50].

Les mutations génétiques d’un virus sont fréquentes ; elles se produisent lorsque le virus se multiplie dans l'organisme infecté et la plupart du temps elles n’affectent pas son comportement. Mais il n'est pas exclu qu'un nouveau variant s'avère plus virulent.

Le nouveau variant SARS-CoV-2 20A EU.1 s'avère plutôt contagieux, ce qui pourrait expliquer le développement rapide de la deuxième vague. Mais, à ce stade des recherches, rien n’indique qu’il soit plus dangereux que les autres. La chercheuse suisse explique qu'elle n'a jamais étudié une variante de la sorte : « Je n’ai observé aucune variante avec ce type de dynamique depuis que j’ai commencé à étudier les séquences génomiques du coronavirus en Europe ».

Variant « californien » CAL.20C

Article connexe : Pandémie de Covid-19 aux États-Unis.

Le variant CAL.20C ou B1.1.429 a été observé pour la première fois par des chercheurs du Cedars-Sinai Medical Center en juillet 2020 dans l'un des 1 230 échantillons de virus recueillis dans le comté de Los Angeles. Le variant a été détecté à nouveau dans le sud de la Californie en octobre 2020. En novembre 2020, le variant CAL.20C représentait 36 % des échantillons collectés au Cedars-Sinai Medical Center et, en janvier 2021, le variant CAL.20C représentait 50 % des échantillons[52].

CAL.20C est le variant présentant une contagiosité plus importante. Il pourrait être à l'origine du nombre exponentiel de cas de Covid-19: à Los Angeles, plus de 400 000 contaminations supplémentaires ont été enregistrées en un mois du 30 novembre au 2 janvier 2021, alors qu’il avait fallu auparavant dix mois pour atteindre ce seuil. Ce variant comporte trois mutations, dont la mutation L425R située dans le RBD de la protéine spike et qui a été associée à une résistance de certains anticorps neutralisants[53],[54]. Ce variant possède des ressemblances avec celui observé au Danemark (Cluster 5).

Variant « new-yorkais » B.1.526

Article connexe : Pandémie de Covid-19 aux États-Unis.

Le variant B.1.526 dit "new-yorkais" a été observé pour la première fois en novembre 2020 sur l’île de Manhattan. En janvier 2021 3 % des contaminations à New York sont des cas du variant B.1.526, fin février 2021, une augmentation jusqu'à 27% des séquences virales au moins est observée[55],[56]. Des cas à Westchester, dans le Bronx et le Queens, le sud de Manhattan et à Brooklyn sont détectés[57].

Deux études non-vérifiées par des pairs, mettent en évidence la mutations E484K, déjà observée sur le variant B.1.351 « sud-africain » et B.1.1.248 « brésilien », et la mutations S477N, qui pourrait modifier la façon dont le virus s'attache aux cellules humaines.

Variant « breton » 20C

Articles connexes : Pandémie de Covid-19 en Bretagne et Pandémie de Covid-19 en France.

Le variant 20C dit « breton » est détecté en Bretagne fin février 2021. Plusieurs malades rattachés à un cluster au centre hospitalier de Lannion (Côtes d'Armor) présentent les symptômes de la Covid-19, mais avec des tests PCR négatifs. L'Institut Pasteur met en évidence neuf mutations dans la région codant pour la protéine S mais également dans d'autres régions virales[58],[59],[60]. La Direction générale de la santé (DGS) le classe comme "variant à suivre".

La diffusion de ce variant semble limitée. Le bulletin épidémiologique de Santé Publique France du 22 avril 2021 confirme trente-sept cas d'infection par le variant 20C/655Y (trente-quatre en Bretagne et trois dans d'autres régions). La majorité des cas reste liée au cluster du centre hospitalier de Lannion. Les 16 décès dus au variant concernent des patients âgés ou avec des comorbidités. Selon le bulletin épidémiologique, la difficulté à détecter le variant entraine un manque de données concernant sa sévérité et sa transmissibilité[61].

Variant P.3 dit « philippin »

Article connexe : Pandémie de Covid-19 aux Philippines.

Le variant P.3 dit ''philippin'' a été découvert dans la région des visayas centrales aux Philippines à la mi-mars 2021[62]. C'est un variant dit de troisième génération, qui aurait muté à partir du variant B.1.1.248, qui est de seconde génération. B.1.1.248 a lui-même muté de P.1, qui constitue la première génération de cette lignée. Il serait présent depuis au moins début février 2021. En plus des mutations vues sur les variants B.1.1.248 et P.1, il présente entre autres les mutations E1092K et H1101Y sur la protéine S, dont la signification clinique est incertaine[63].

Variant « Henri-Mondor »

Article connexe : Pandémie de Covid-19 en France.

L'équipe du laboratoire de virologie de l'hôpital Henri-Mondor AP-HP et l'équipe de la plateforme « génomique » ont récemment découvert un nouveau variant appelé « variant Henri-Mondor », annonce l’Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)[64],[65]. Ce variant a été découvert à Créteil, dans un cluster de trois professionnels hospitaliers et du conjoint de l'un d'entre eux. « Elle se caractérise par la présence de deux délétions et 18 mutations d'acides aminés, dont 7 à 8 sont localisées dans des positions clés de la protéine « spike », impliquée dans l’entrée du virus dans les cellules »[64]. Dans l'enquête Flash 4, le variant « Henri-Mondor » représentait 1,8 % des souches séquencées sur le territoire national, on retrouve également les mutations N501Y et L452R que l'on peut observer dans d'autres variants. Les chercheurs ne sont pas en mesure d'affirmer, pour l'instant, si le variant est plus contagieux ou plus létal[65].

Variant « indien » B.1.617

Article connexe : Pandémie de Covid-19 en Inde.

Détecté le près de Nagpur en Inde, le variant B.1.617 présente 15 mutations dont deux dans le domaine de liaison de la protéine spiculaire :

  • L452R, détectée chez les variants B.1.427/B.1.429 (Californie)[66] ;
  • E484Q, affectant le même acide aminé que la mutation E484K des variants sud-africains et brésiliens[67].

Ces deux dernières mutations sont préoccupantes car elle pourraient lui permettre d'échapper aux anticorps (post-infection ou vaccinaux). Elles lui valent le qualificatif (abusif) de « double mutant »[68].

En avril 2021, il s'était propagé à au moins huit pays. Des rapports de terrain le décrivent comme plus contagieux[69]. Ses symptômes seraient différents (on parle de saignements de nez)[70].

Santé publique France écrit le  : « Ce variant a été détecté sporadiquement en Angleterre, Allemagne, au Canada et à Singapour. Deux cas ont été détectés en Guadeloupe. »[66]

Fin avril, il s'avère que ce variant circule aux Fidji. Il y a été apporté par deux patients rapatriés d'Inde. Un soldat en centre de quarantaine a alors été contaminé en touchant leurs bagages. Il a ensuite contaminé une femme de ménage, qui n'a pas informé les autorités de signes cliniques de sa maladie et s'est déplacée librement en-dehors du centre de quarantaine, contaminant de nombreuses autres personnes[71],[72].

Le 29 avril 2021, l'agence régionale de santé de Nouvelle-Aquitaine annonce que le variant indien a été détecté pour la première fois en France, dans le département de Lot-et-Garonne, sur un patient revenu d'Inde. Le lendemain, la Direction générale de la Santé révèle que deux nouveaux cas ont été détectés dans les Bouches-du-Rhône et que d'autres cas suspects sont en cours d'investigation dans d'autres régions, concernant toujours des personnes venues d'Inde.

Mutations notables

Les mutations indiquées ci-dessous utilisent la notation : αnnβ.

Cela signifie que le codon en position nn (dans le sens 5' vers 3') a subi une modification de l'un, ou de plusieurs, de ses trois nucléotides. Ainsi, au lieu de coder précédemment l'acide aminé α, il code maintenant l'acide aminéβ. Pour une écriture, une lecture, plus synthétique, les vingt-deux acides aminés sont représentés par une lettre capitale. Ces lettres, ces abréviations, représentent par exemple : l'asparagine par la capitale « N », la tyrosine par la capitale « Y ».

Mutations de la protéine S (spike)

La protéine spiculaire (S) est formée de deux sous-unités : la sous-unité S1, qui contient le domaine de liaison au récepteur cellulaire de l'hôte (en l’occurrence l'ACE2), et la sous-unité S2, qui participe à la fusion de la particule virale avec la membrane cellulaire de l'hôte.

69-70delHV

Cette mutation (également notée ΔH69/V70, ou Δ69-70) est une délétion de deux codons spécifiant des acides aminés : l'histidine en position 69 et la valine en position 70 de la région N-terminale de la sous-unité S1. Elle a été identifiée au Danemark, chez les visons. Dans un isolat cette mutation était associée à trois autres (Y453F, I692V et M1229I), l'ensemble des quatre mutations étant identifié comme ΔFVI-spike[32].

Y453F

Y453F est une mutation qui affecte un acide aminé impliqué dans l'interaction de la protéine spiculaire avec le récepteur cellulaire du virus, la protéine ACE2. Elle a été identifiée au Danemark, chez les visons. La tyrosine 453 interagit avec l'histidine 34 de la protéine ACE2 ; cette position correspond à une tyrosine chez le vison et les autres mustélidés. Cette mutation est considérée comme une mutation adaptative à l'ACE du vison[32].

E484K

E484K est une « mutation d'échappement » à au moins une forme d'anticorps monoclonal contre le SARS-CoV-2, indiquant qu'il peut y avoir un « changement possible de l'antigénicité ». Les variants B.1.1.248 (Brésil / Japon) et 501.V2 (Afrique du Sud) présentent tous deux cette mutation. Le nom de la mutation, E484K, fait référence à un échange par lequel l'acide glutamique (E) est remplacé par la lysine (K) en position 484[73].

N501Y

N501Y indique un changement d'asparagine (N) à tyrosine (Y) en position d'acide aminé 501. Ce dernier est devenu la forme dominante du virus à Columbus fin et et semble avoir évolué indépendamment des autres variants[74],[75].

D614G

D614G est une mutation qui affecte la protéine de pointe du SARS-CoV-2. La fréquence de cette mutation dans la population virale a augmenté au cours de la pandémie. L'acide aspartique (D) est remplacé par la glycine (G) dans de nombreux variants, en particulier en Europe, mais plus lentement en Chine et dans le reste de l'Asie de l'Est. Cela confirme l'hypothèse que la glycine augmente le taux de transmission, ce qui est cohérent avec des titres viraux et une infectiosité plus élevés vitro[2]. En , il a été signalé que les variants du SARS-CoV-2 dotés de la mutation D614G, plus infectieux, étaient devenu la forme dominante de la pandémie[76],[77],[78],[79].

La prévalence globale du D614G est en corrélation avec la prévalence de la perte d'odorat (anosmie) en tant que symptôme de la Covid-19[80].

Les variants contenant la mutation D614G sont considérés comme faisant partie du clade G par Gisaid[2] et du clade B.1 par l'outil Pangolin[81].

P681H

Cette mutation a été identifiée initialement dans le variant nigérian B.1.1.207[23]. La mutation P681H est la seule mutation partagée avec le VOC-202012/01 du Royaume-Uni. À la fin , cette variante représente environ 1 % des génomes viraux séquencés au Nigeria.

Mutagénèse in vitro

Publiée en janvier 2021[82], l'étude en prépublication d'une équipe de chercheurs de GSK Vaccines met en évidence "la capacité incroyable du virus à muter pour échapper aux anticorps" présents dans le plasma d'un patient convalescent, réduisant leur efficacité "à zéro en moins de 80 jours".

En outre, l'efficacité des vaccins à ARN, induisant "une réponse contre un nombre limité d'épitopes reconnus par les CD8+", serait affaiblie en quelques mutations du virus[83].

Notes et références

Notes

Références

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Bibliographie supplémentaire

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Voir aussi

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