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- Physique de l’État (examen du Corps politique de Hobbes), Paris, Vrin, 1979, 72 p.
- Sciences humaines et philosophie en Afrique (avec P. Désalmand), Paris, Hatier, 1979, 399 p. (épuisé. Disponible à l’ICDI).
- L’Origine du Paradoxe sur le comédien. La partition intérieure, Paris, Vrin, 1980, 76 p.
- Évolutionnisme et linguistique, Paris, Vrin, 1980, 121 p.
- Maupertuis, Vénus physique. Lettre sur le progrès des sciences, précédé de « L’ordre du corps », par P. Tort, Paris, Aubier, 1980, 171 p.
- La Constellation de Thot (hiéroglyphe et histoire), Paris, Aubier, 1981, 156 p.
- A. et A. Schott, Contes roumains, traduits de l’allemand par D. Modigliani, et précédés de « La patience du désir. Programme d’une autre analyse des contes », par P. Tort, Paris, Maisonneuve et Larose, 1982, 324 p.
- La Querelle des analogues (Cuvier / Geoffroy Saint-Hilaire), Plan de la Tour, Éditions d’Aujourd’hui, 1983, 301 p. (épuisé).
- La Pensée hiérarchique et l’évolution, Paris, Aubier, 1983, 556 p.
- Être marxiste aujourd’hui, précédé de « Lukács 1955 », par Henri Lefebvre, Paris, Aubier, 1986, 156 p.
- Herbert Spencer, Autobiographie (naissance de l’évolutionnisme libéral), précédé de « Spencer et le système des sciences », Paris, PUF, 1987, 550 p. (épuisé).
- Marx et le problème de l’idéologie, Paris, PUF, 1988, 147 p. (épuisé. Réédition à venir).
- La Raison classificatoire, Paris, Aubier, 1989, 572 p.
- L’Homme, cet inconnu ? Alexis Carrel, Jean-Marie Le Pen et les chambres à gaz, Paris, Syllepse, 1992, 56 p. (avec L. Bonnafé).
- L’Animal écran (avec P. Lacoste et J.-A. Fieschi), Paris, Éditions du Centre Georges Pompidou, 1996, 96 p.
- Spencer et l’évolutionnisme philosophique, Paris, PUF, « Que sais-je ? », novembre 1996, 128 p. Épuisé. Disponible sur demande à l’ICDI.
- L’Ordre et les monstres (Le débat sur l’origine des déviations anatomiques au XVIIIe siècle), Paris, Syllepse, 1998, 250 p. (2e édition).
- Darwin e il darwinismo, Rome, Editori riuniti, 1998, 142 p.
- Charles Darwin, La Filiation de l’Homme et la sélection liée au sexe, Paris, éditions Syllepse, 1999, 826 p. (direction scientifique de la traduction). Précédé de P. Tort, « L’anthropologie inattendue de Charles Darwin ».
- Darwin et la science de l’évolution, Gallimard, « Découvertes », 2000, 160 p.
- Charles Darwin, The Scholar who changed Human History, Londres, Thames & Hudson, 2001, 160 p.
- Darwin and the Science of Evolution, New York, Abrams, 2001, 160 p.
- Darwin e a ciência da evolução, Rio de Janeiro, Objetiva, 2004, 160 p.
- Para leer a Darwin, Madrid, Alianza, 2001, 128 p.
- L'antropologia di Darwin, Rome, Il Manifesto, 2001, 176 p.
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- Charles Darwin, La Formation de la terre végétale par l’action des vers de terre, avec des réflexions sur leurs habitudes, Paris, Syllepse, 2001, 300 p. (direction scientifique de la traduction). Précédé de P. Tort, « Un regard vers la terre ».
- Fabre. Le miroir aux insectes, Paris, Vuibert / Adapt, 2002, 352 p.
- La Seconde Révolution darwinienne (Biologie évolutive et théorie de la civilisation), Paris, Kimé, 2002, 140 p.
- Darwin et la philosophie, Paris, Kimé, 2004, 78 p.
- Darwin et le darwinisme, Paris, PUF, « Que sais-je ? », 2005, 128 p.
- Charles Darwin, Esquisse au crayon de ma théorie des espèces (Essai de 1842), Genève, éditions Slatkine, 2007, 160 p. (direction scientifique de la traduction). Précédé de P. Tort, « Un manuscrit oublié ». Premier volume paru (tome 10) aux Éditions Slatkine de l’intégrale des Œuvres de Darwin.
- Charles Darwin, La Variation des animaux et des plantes à l'état domestique, Genève, éditions Slatkine, 2008, 956 p. (direction scientifique de la traduction). Précédé de P. Tort, « L'épistémologie implicite de Charles Darwin ». Deuxième volume paru (tomes 21-22) aux Éditions Slatkine de l’intégrale des Œuvres de Darwin.
- L'Effet Darwin. Sélection naturelle et naissance de la civilisation, Paris, Seuil, « Science ouverte », 2008, 234 p.
- Darwin n'est pas celui qu'on croit, Paris, Le Cavalier bleu, 2010, 192 p.
- Charles Darwin, L'Origine des espèces par le moyen de la sélection naturelle, Genève, éditions Slatkine, 2009, 694 p. (direction scientifique de la traduction). Troisième volume paru (tome 17) aux Éditions Slatkine de l’intégrale des Œuvres de Darwin. Et Paris, éditions Honoré Champion, 2009, 918 p. pour l'édition de poche.
- Darwin et la Religion (La conversion matérialiste), Paris, Ellipses, 2011, 552 p.
- Charles Darwin, Journal de bord [Diary] du voyage du Beagle [1831-1836], Genève, éditions Slatkine, 2011, 623 p. (direction scientifique de la traduction). Première traduction française. Précédé de P. Tort, avec la collaboration de Claude Rouquette, « Un voilier nommé Désir ». Quatrième volume paru (tome 1) aux Éditions Slatkine de l’intégrale des Œuvres de Darwin. Et Paris, éditions Honoré Champion, 2012, 832 p. pour l'édition de poche.
- Darwinisme et marxisme, Paris, Les éditions arkhê, 2011, 552 p.
- Charles Darwin, La Filiation de l’Homme et la sélection liée au sexe, Genève, éditions Slatkine, 2012, 820 p. (direction scientifique de la traduction). Précédé de P. Tort, « L’anthropologie inattendue de Charles Darwin ». Cinquième volume paru (tomes 23-24) aux Éditions Slatkine de l’intégrale des Œuvres de Darwin.
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