Le jeu se déroule un temps après les évènements de Lego Batman 3 : Au-delà de Gotham. La police capture un méta-humain, son transfert à la prison de Stryker's à Metropolis supervisée par Jim Gordon. Le détenu étant liée à l'absorption de pouvoirs, Jim fait appel à Lex Luthor pour sa connaissance du sujet en échange d'une réduction de peine. Lex attaque Gordon et la police à l'aide de son acolyte Mercy Grave, ils libèrent dans le sous-sol de la prison Métallo. La Justice League arrive pour les stopper. Ils réussirent à s'enfuir de la prison et embauche le détenu dans leur groupe. Pendant ce temps, le Joker et Harley Quinn ont volé un objet à Wayne Tech. Batman les poursuivants. Le groupe de Vilain arrivent à semer les héros, jusqu'à l'apparition d'un mystérieux groupe de héros : le Syndicat de Justice stoppant les Vilains. Mais Harley Quinn arrive à voir et à filmer ce groupe faisant disparaitre la Justice League.
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Le jeu reprend le principe des jeux Lego à monde ouvert :
Des grandes zones a exploré ici on retrouve Gotham City, Metropolis, l'Asile d'Arkham, la prison Belle Reve et la planète Apokolypse.
Des niveaux à compléter avec la possibilité de revenir en jeu libre pour faire le 100%.
Ici la grande particularité comparé aux anciens est que le jeu met bien plus en avant la personnalisation de nos personnages en jouant dans le mode histoire notre personnage crée au début du jeu. La ou les autres jeux Lego ne laisser qu'en mode libre et n'étant pas un élément central.
Notre personnage récolte divers pouvoirs au fils des niveaux via des batteries.
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