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Elisabeth Bik

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Elisabeth Bik
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Biographie
Naissance
Nom de naissance
Elisabeth Margaretha BikVoir et modifier les données sur Wikidata
Nationalités
Formation
Activités
Microbiologiste, consultant en intégrité scientifique, blogueuse, biologiste moléculaireVoir et modifier les données sur Wikidata
Autres informations
A travaillé pour
UBiome (en) ( - ), école de médecine de l'université Stanford (en) ( - ), Sint Antonius hôpital (d) ( - ), Institut national de la santé et de l'environnement, Pays Bas ( - )Voir et modifier les données sur Wikidata
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Distinction

Elisabeth Margaretha Harbers-Bik, née en , est une microbiologiste néerlandaise spécialisée en intégrité scientifique. Bik est connue pour son travail de détection de la manipulation d'images dans les publications scientifiques et pour avoir identifié plus de 400 faux articles de recherche publiés en Chine par une usine à articles. Elle est la fondatrice de Microbiome Digest, un blog avec des mises à jour quotidiennes sur la recherche sur le microbiome, et du blog Science Integrity Digest.

Biographie[modifier | modifier le code]

Éducation[modifier | modifier le code]

Elisabeth Bik est née aux Pays-Bas. Elle étudie la biologie à l’université d’Utrecht, où elle obtient son doctorat pour ses recherches sur le développement de vaccins contre de nouvelles souches de Vibrio cholerae impliquées dans des épidémies de choléra en Inde et Bangladesh[1].

Carrière dans le secteur public[modifier | modifier le code]

Après l’obtention de son doctorat, elle travaille pour l'Institut national de la santé publique et de l'environnement à Bilthoven et l’hôpital Saint-Anonius à Nieuwegein. Elle y a organisé le développement de nouvelles techniques moléculaires pour l’identification d’agents infectieux[2].

Carrière académique[modifier | modifier le code]

En 2001, elle s'installe en Californie pour rejoindre l’équipe de David Relman (en) à l'école de médecine de l’université Stanford où elle travaillera pendant une quinzaine d'années[3], notamment sur les microbiomes humains.

En 2014, elle crée le blog Microbiome Digest, où elle rédige des comptes-rendus et commentaires des dernières publications scientifiques en microbiologie. Le blog connaît rapidement un succès, et Bik sollicite l’aide de collègues sur Twitter pour en gérer le contenu[4].

En 2015 devient membre du jury Mo Bio Microbiome Awards qui deviendra le Qiagen Microbiom award avec le rachat de Mo Bio Laboratories par Qiagen. Elle quitte ses fonctions en 2018 (cette année, la dotation du prix Qiagen fût de 100 000 $[5]).

Carrière dans le secteur privé[modifier | modifier le code]

En 2016, Elisabeth Bik quitte l’université de Stanford et travaille comme directrice scientifique[6] chez uBiome (en), une compagnie spécialisée dans le séquençage du microbiome humain[1]. Elle quitte la start-up en 2018, quelques mois avant que l'entreprise soit poursuivie pour des problèmes touchant à des surfacturations et des ventes forcées[7],[8], pour lesquels elle n'est pas mise en cause[1].

Après son départ d'uBiome, Elisabeth Bik rejoint pendant quelques mois une autre société du secteur des biotechnologies, avant de cesser ses activités rémunérées en 2019 et se consacrer entièrement à ses recherches sur les fraudes photographiques et à l’analyse de l’intégrité de papiers scientifiques[1],[9].

Intégrité scientifique[modifier | modifier le code]

Influence médiatique[modifier | modifier le code]

Elle est la fondatrice du blog Science Integrity Digest, dans lequel elle rapporte des cas d'atteinte à l'intégrité de certaines publications scientifiques[4],[10],[11],[12].

Elle est une contributrice active des plateformes Retraction Watch et PubPeer, où elle rapporte les publications présentant des images et données falsifiées, dupliquées ou discutables[13],[14],[15].

Active sur Twitter où elle est suivie par plus de 100 000 personnes, elle publie régulièrement des images scientifiques potentiellement problématiques. Ses efforts ont permis de mettre en lumière plusieurs cas de grave négligence scientifique[1].

En 2018, elle est invitée dans le podcast scientifique Everything Hertz pour discuter de ses efforts pour assurer l’intégrité des publications scientifiques[16].

Bik n'est pas rémunérée pour la plupart de ses travaux; elle est ponctuellement consultante et reçoit des sommes modestes par le biais d'un crowdfunding Patreon[9].

Travaux académiques sur les méconduites scientifiques[modifier | modifier le code]

En 2016 et 2018, Elisabeth Bik publie deux études sur les duplications d'images problématiques[17],[18]:

  • En 2016 avec Arturo Cassadevall (en) et Ferric Fang (en), elle publie dans mBio (en) un article montrant l’importance des manipulations d'images pour les cas observés d'inconduites scientifiques en recherche biomédicale[17],[19]. Les images de plus de 20 000 publications scientifiques publiées dans 40 journaux scientifiques de 1995 à 2014 sont visuellement explorées[15]. Les auteurs rapportent que 3,8 % des papiers étudiés présentent un ou plusieurs images manipulées[20]. Commentant son article dans une interview, elle déplore le manque de rigueur des reviewers (réviseurs) ainsi que le manque de réponses des auteurs à ses interrogations[21]. Elle pointe par exemple un journal scientifique spécialisé en oncologie, Oncotarget dans lequel elle identifie 14 % d'articles ayant des images problématiques[22].
  • En 2018, elle analyse 960 publications scientifiques dans le journal Molecular and Cellular Biology[18] et montre que 6,1 % des publications contiennent des images dupliquées. Parmi ces publications problématiques, seulement 10 % d'entre elles ont été rétractées.

Les causes de ces problèmes d'intégrité scientifique sont explorées dans une publication de 2019 dont elle est co-auteure[23]. Cette étude suggère que « la culture académique, le contrôle par les pairs , les incitations financières à publier, et les politiques nationales en matière d'inconduite scientifique »[trad 1] sont des facteurs qui influencent l’intégrité scientifique. Contrairement aux idées généralement admises, cette étude semble indiquer que les auteurs féminins sont tout aussi susceptibles d'inconduites scientifiques que les auteurs masculins.

En 2019, Elisabeth Bik annonce sur Twitter qu’elle compte consacrer une année à plein temps à ses recherches sur les négligences scientifiques[24]. Elle estime qu'elle a passé environ 5 000 heures à examiner des articles scientifiques au cours des cinq précédentes années. Au cours de ce processus, elle estime avoir identifié près de 2 000 articles comportant des images problématiques[25].

Découverte de l'usine à articles Tadpole Paper Mill [modifier | modifier le code]

En février 2020, la revue Science annonce qu'Elisabeth Bik a révélé[26] l'existence d'une usine à fausses publications scientifiques chinoise ayant réutilisé les mêmes images dans 400 articles différents publiés surtout en 2018-2020[27],[28]. Elle nomme cette usine à publication tadpole (têtard en anglais) en raison de la ressemblance des bandes de Western blot avec les têtards. Bik estime que le nombre de ces articles frauduleux pourrait se compter par milliers. Elle critique le peu de contrôle de la qualité éditoriale des revues appartenant à des grands groupes[29].

Suspicion de fraude scientifique envers Didier Raoult[modifier | modifier le code]

Selon Elisabeth Bik, plusieurs articles[30] publiés par Didier Raoult et ses équipes à partir de 2001 présentent des problèmes de méthodologie et de falsification ou manipulation des données[31],[32],[33].

En mars 2020, commentant la publication des résultats d'un essai clinique de Didier Raoult sur l'effet de l'hydroxychloroquine contre la Covid-19 dans l'International Journal of Antimicrobial Agents, elle pointe un conflit d'intérêts (le rédacteur en chef de ce journal Jean-Marc Rolain[34] est à la fois le coauteur de l'article et son subordonné à l'Institut hospitalo-universitaire en maladies infectieuses de Marseille) (IHU) et critique fortement la méthodologie de l'étude[35]. La société savante propriétaire du journal dans lequel les résultats ont été publiés admet que la publication n'est pas au niveau attendu par la société[36], mais réfute l'idée d'un conflit d'intérêt : pour elle, le processus d'évaluation par les pairs avant publication a été respecté, car Jean-Marc Rolain, étant un des coauteurs de l'article, n'a pas participé à l'évaluation. La société savante et son groupe éditorial Elsevier demandent en avril 2020 une relecture additionnelle par les pairs pour déterminer si les préoccupations concernant l'article sont fondées[37],[38]. Le journal publie en juillet 2020 ce rapport dont les conclusions sont incendiaires[39],[40] mais décide de ne pas rétracter l'article dont il estime qu'il doit rester disponible pour qu'un « un débat scientifique public solide sur les conclusions du document, de manière ouverte et transparente » puisse avoir lieu[41].

En mars 2021, Elizabeth Bik publie 60 signalements de problèmes concernant des articles signés par Didier Raoult[42],[43],[44]. Elle signale ainsi de possibles oublis de déclaration de conflits d'intérêts (10 articles), des anomalies avec la présentation des résultats (20 articles), et des questions d'éthique de travaux portant sur des « recherches impliquant la personne humaine » (dans la moitié des cas)[44]. En réponse, Didier Raoult explique être « traqué » par cette « fille », qu'il qualifie de « cinglée » devant le Sénat français le 15 septembre 2020[42], et publie des données personnelles de la chercheuse hollandaise sur les réseaux sociaux[45]. Raoult et un autre professeur de l'IHU Méditerranée Infection (IHU), Eric Chabrière, portent plainte le contre elle pour « harcèlement, tentative de chantage et d’extorsion »[46]. Ils appuient l'accusation de tentative de chantage sur un tweet d'Elisabeth Bik suggérant à l'IHU de la soutenir par un site de financement participatif, dont, selon Le Monde, ils n'ont pas compris l’ironie, soulignée d'un smiley. Elisabeth Bik estime que la plainte a pour objet de l'intimider[44]. Bik explique qu'elle ne veut pas être menacée: « Si j'avais enfreint la loi, j'arrêterais » dit-elle, « mais ce n'est pas le cas »[47].

Le 5 mai 2021, l’association citoyenne Ctizen4Science dénonce dans un communiqué de presse le harcèlement subi par les porteurs de l’intégrité scientifique dont Elisabeth Bik de la part des chercheurs de l’IHU Marseille[48],[49], et lance une pétition sur le site change.org[45],[50],[48][pertinence contestée] Le 18 mai 2021, une lettre ouverte co-écrite par 11 chercheurs[51] et signée par des centaines de scientifiques et des dizaines de sociétés savantes[52] prend à son tour la défense de la chercheuse qu'ils estiment être victime de harcèlement[47],[53]. Le CNRS[54], son comité d'éthique[55] et l'ENS condamnent cette stratégie d'intimidation[56]. Le 10 juin 2021, le sénateur Bernard Jomier adresse une question écrite à Olivier Véran et au Ministère de l'Enseignement Supérieur par le Sénat et qui s’appuie sur le communiqué de presse et la pétition de Citizen4Science dénonçant la plainte de Elisabeth Bik, qui demande l’intervention du gouvernement afin de faire cesser le harcèlement des scientifiques qui "émanent directement de l'institut hospitalo-universitaire Méditerranée"[57]. Le même jour, Libération confirme le dépôt d'une plainte contre Elisabeth Bik auprès du procureur de la République de Marseille en date du 29 avril 2021 pour « harcèlement moral aggravé », « tentative de chantage », « tentative d’extorsion ». Elle confie au journal ne pas avoir été contactée par la justice à ce jour[58] .

Début juin également, Elisabeth Bik analyse une nouvelle étude portant sur 10 000 patients traités par hydroxychloroquine prépubliée par Didier Raoult en dénonçant des problèmes méthodologiques variés[59].

Prix et distinctions[modifier | modifier le code]

  • En 2016, elle reçoit le Microbiome Pioneer Award, prix réservé aux scientifiques en pointe dans le domaine du microbiome, pour sa contribution à la science en éditant et publiant le blog Microbiome Digest[60],[61].
  • En 2019, elle reçoit une citation spéciale du Prix Maddox pour « l'extraordinaire contribution apportée au cours de l'année écoulée par Elisabeth Bik du Science Integrity Digest, qui a découvert qu'environ deux tiers des images dupliquées dans les articles biomédicaux semblent l'avoir été intentionnellement »[trad 2] [12].
  • En 2021, elle reçoit le prix Peter Wildy (en) de la Microbiology Society (UK) (en), un prix « décerné à celles et ceux qui apportent une contribution significative dans le domaine de la microbiologie »[62].


Références[modifier | modifier le code]

  1. a b c d et e (en) « Eye for Manipulation: A Profile of Elisabeth Bik », sur The Scientist Magazine® (consulté le 7 décembre 2019)
  2. (en) « PeerJ - Profile - Elisabeth Bik » (consulté le 7 décembre 2019)
  3. « Elisabeth Bik, la scientifique qui a identifié 11 études "problématiques" du Pr. Raoult », sur L'Express, (consulté le 19 mai 2021)
  4. a et b (en) « I have found about 2,000 problematic papers, says Dr. Elisabeth Bik », sur Editage Insights, (consulté le 7 décembre 2019)
  5. (en) « QIAGEN announces winners of 2018 Microbiome Awards competition », sur corporate.qiagen.com (consulté le 21 avril 2020)
  6. « L’interview d’Elisabeth Bik – Fondatrice du blog Microbiome Digest », sur gallinee.com
  7. (en) Christina Farr, « Insiders describe aggressive growth tactics at uBiome, the health start-up raided by the FBI last week », sur CNBC, (consulté le 15 avril 2020)
  8. « Ubiome, l’entreprise qui a arnaqué tout le monde avec des tests... d’excréments », sur ladn.eu,
  9. a et b (en) Helen Shen, « Meet this super-spotter of duplicated images in science papers », Nature, vol. 581, no 7807,‎ , p. 132–136 (DOI 10.1038/d41586-020-01363-z, lire en ligne, consulté le 1er avril 2021)
  10. (en) « Science Integrity Digest » (consulté le 7 décembre 2019)
  11. (en) « The Last Word On Nothing | The Fraud Finder: A conversation with Elisabeth Bik » (consulté le 7 décembre 2019)
  12. a et b (en) « Maddox Prize 2019 – Sense about Science » (consulté le 7 décembre 2019) : « they wanted to draw attention to the extraordinary contribution made over the past year by Elisabeth Bik of Science Integrity Digest, finding about two-thirds of duplicated images in biomedical papers appear to have been duplicated on purpose »
  13. (en-US) Ivan Oransky, « Meet Elisabeth Bik, who finds problematic images in scientific papers for free », sur Retraction Watch, (consulté le 7 décembre 2019)
  14. (en) « PubPeer - Search publications and join the conversation. » (consulté le 7 décembre 2019)
  15. a et b (en) R. Prasad, « Manipulation within a photo should always result in a retraction: Elisabeth Bik », The Hindu,‎ (ISSN 0971-751X, lire en ligne, consulté le 15 avril 2020)
  16. (en) Dan Quintana, « 74: Seeing double (with Elisabeth Bik) » [audio], sur Everything Hertz (consulté le 25 avril 2020)
  17. a et b (en) Elisabeth M. Bik, Arturo Casadevall et Ferric C. Fang, « The Prevalence of Inappropriate Image Duplication in Biomedical Research Publications », mBio, vol. 7, no 3,‎ , e00809–16, /mbio/7/3/e00809–16.atom (ISSN 2150-7511, PMID 27273827, PMCID PMC4941872, DOI 10.1128/mBio.00809-16, lire en ligne, consulté le 7 décembre 2019)
  18. a et b (en) Elisabeth M. Bik, Ferric C. Fang, Amy L. Kullas et Roger J. Davis, « Analysis and Correction of Inappropriate Image Duplication: the Molecular and Cellular Biology Experience », Molecular and Cellular Biology, vol. 38, no 20,‎ , e00309–18, /mcb/38/20/e00309–18.atom (ISSN 0270-7306 et 1098-5549, PMID 30037982, PMCID PMC6168979, DOI 10.1128/MCB.00309-18, lire en ligne, consulté le 7 décembre 2019)
  19. Michel Dubois et Catherine Guaspare, « « Is someone out to get me? » : la biologie moléculaire à l’épreuve du Post-Publication Peer Review », Zilsel, vol. N°6, no 2,‎ , p. 164 (ISSN 2551-8313 et 2553-6133, DOI 10.3917/zil.006.0164, lire en ligne, consulté le 15 avril 2020)
  20. (en) Alison Abbott, « The science institutions hiring integrity inspectors to vet their papers », Nature, vol. 575,‎ , p. 430–433 (DOI 10.1038/d41586-019-03529-w, lire en ligne, consulté le 12 avril 2020)
  21. David Larousserie, « Dans les labos, des petits arrangements avec la science », Le Monde.fr et Le Temps.ch,‎ (lire en ligne, consulté le 13 avril 2020)
  22. « La revue prédatrice Oncotarget, adulée par certains oncologues, a le plus fort taux de duplications d'images (14 % des articles) », sur Rédaction Médicale et Scientifique,
  23. (en) Daniele Fanelli, Rodrigo Costas, Ferric C. Fang et Arturo Casadevall, « Testing Hypotheses on Risk Factors for Scientific Misconduct via Matched-Control Analysis of Papers Containing Problematic Image Duplications », Science and Engineering Ethics, vol. 25, no 3,‎ , p. 771–789 (ISSN 1471-5546, PMID 29460082, PMCID PMC6591179, DOI 10.1007/s11948-018-0023-7, lire en ligne, consulté le 15 avril 2020)
  24. (en) Tom Bartlett, « Hunting for Fraud Full Time », sur chronicle.com,
  25. (en) « Eye for Manipulation: A Profile of Elisabeth Bik », sur The Scientist Magazine® (consulté le 19 avril 2020)
  26. (en) Elisabeth #StayingAtHome #StayingAlive Bik, « I am ringing the alarm. We have now found >400 papers that all share a very similar title layout, graph layout, and (most importantly) the same Western blot layout. This is a massive #PaperMill of (what we assume) fabricated data. », sur @MicrobiomDigest, 2020t02:00 (consulté le 19 avril 2020)
  27. (en) Dalmeet Singh Chawla, « A single ‘paper mill’ appears to have churned out 400 papers, sleuths find », sur Science | AAAS, (DOI 10.1126/science.abb4930, consulté le 15 avril 2020)
  28. (en-US) Mohana Basu, « Researchers flag over 400 'dubious papers' published in China in last 3 years », sur ThePrint, (consulté le 15 avril 2020)
  29. (en) Elisabeth Bik, « The Tadpole Paper Mill », sur Science Integrity Digest, (consulté le 15 avril 2020)
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  31. (en) Elisabeth Bik, « Thoughts on the Gautret et al. paper about Hydroxychloroquine and Azithromycin treatment of COVID-19 infections », Science Integrity Digest,‎ (lire en ligne, consulté le 1er avril 2020).
  32. Mathilde Goupil, « Coronavirus : qui est Didier Raoult, la "star mondiale" de la microbiologie qui assure avoir trouvé le remède contre le Covid-19 ? », sur Franceinfo, (consulté le 30 mars 2020)
  33. « Didier Raoult, l’infectiologue marseillais derrière la folie planétaire autour de l’hydroxychloroquine », Le Monde,‎ (lire en ligne, consulté le 25 mars 2020)
  34. « Nomination du Pr Jean-Marc Rolain au titre d’Editeur en chef de la revue International Journal of Antimicrobial Agents / Actualités », sur www.paca.inserm.fr (consulté le 10 avril 2020)
  35. Marcus Dupont-Besnard, « Chloroquine : les graves erreurs scientifiques de la méthode Raoult », sur Numerama,
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  37. (en) M. T. C. Media, « ISAC / Elsevier Statement | International Society of Antimicrobial Chemotherapy », sur www.isac.world (consulté le 13 avril 2020)
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  40. « Il s'agit d'un manuscrit non informatif présentant des lacunes méthodologiques flagrantes. Les résultats ne justifient pas les conclusions de grande portée sur l'efficacité de l'hydroxychloroquine dans le Covid-19 et, de l'avis de cet examinateur, ne justifient aucune conclusion. »
  41. (en) Frits R. Rosendaal, « Review of: “Hydroxychloroquine and azithromycin as a treatment of COVID-19: results of an open-label non-randomized clinical trial Gautret et al 2010, DOI:10.1016/j.ijantimicag.2020.105949 », International Journal of Antimicrobial Agents, vol. 56, no 1,‎ , p. 106063 (PMID 32674928, PMCID PMC7357515, DOI 10.1016/j.ijantimicag.2020.106063, lire en ligne, consulté le 29 mai 2021)
  42. a et b « Portrait d'Elisabeth Bik, chasseuse de fraudes des publications de Didier Raoult », sur Heidi.news (consulté le 25 mars 2021)
  43. « Pro et anti-Raoult s'écharpent sur une vieille étude du professeur marseillais pointée du doigt par une spécialiste de l'intégrité scientifique », sur lindependant.fr, (consulté le 13 mai 2021)
  44. a b et c « Bras de fer judiciaire entre Didier Raoult et une spécialiste de l'intégrité scientifique », Le Monde.fr,‎ (lire en ligne, consulté le 18 mai 2021)
  45. a et b (en) « World expert in scientific misconduct faces legal action for challenging integrity of hydroxychloroquine study », sur the Guardian, (consulté le 24 mai 2021)
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  47. a et b (en) Holly Else, « Scientific image sleuth faces legal action for criticizing research papers », Nature, vol. 594, no 7861,‎ , p. 17–18 (DOI 10.1038/d41586-021-01430-z, lire en ligne, consulté le 2 juin 2021)
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  52. Lonni Besançon, Alexander Samuel, Thibault Sana, Mathieu Rebeaud, Anthony Guihur, Marc Robinson-Rechavi, Nicolas Le Berre, Matthieu Mulot, Gideon Meyerowitz-Katz, Maisonneuve et Brian A Nosek, Supplementary materials of "Open letter: Scientists stand up to protect academic whistleblowers and post-publication peer review", (DOI 10.17605/OSF.IO/ZKX5H, lire en ligne)
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  58. Florian Gouthière, « Pourquoi Didier Raoult a-t-il porté plainte contre Elisabeth Bik, enquêtrice sur les erreurs et fraudes scientifiques ? », sur Libération (consulté le 12 juin 2021)
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  60. (en) « Stanford Microbiome Pioneer Elisabeth Bik Becomes New Science Editor at uBiome », sur PRWeb (consulté le 21 avril 2020)
  61. (en) eliesbik, « Award », sur Microbiome Digest – Bik's Picks, (consulté le 21 avril 2020) : « She was awarded Stanford’s prestigious “Microbiome Pioneer” award for her ongoing contributions to science in editing and publishing Microbiome Digest. »
  62. Microbiology Society, « Peter Wildy Prize 2021 Q&A – Dr Elisabeth Bik », sur microbiologysociety.org (consulté le 29 avril 2021)

Traductions[modifier | modifier le code]

  1. (en) « academic culture, peer control, cash-based publication incentives and national misconduct policies »
  2. (en) « The extraordinary contribution made over the past year by Elisabeth Bik of Science Integrity Digest, finding about two-thirds of duplicated images in biomedical papers appear to have been duplicated on purpose »

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]