Discussion Projet:Biologie/Le café des biologistes/Archives/Mai 2015

"S" qui va bien :

Salut, exist-il un robot qui peut mettre un "S" derrière chaque nom d'ordre dans la sous-catégorie [Poisson (nom scientifique)] ; j'ai fini de reprendre les [Cyprinodontiformes (nom scientifique)] avec le "S" qui va bien, mais j'ai pas trop le courage de le faire pour la totalité des autres Amicalement cedricguppy. 1 mai 2015 à 21:16 (CEST)‎

Il faut créer ces catégories pour commencer, puis faire une requête claire et précise sur WP:RBOT. Il serait préférable d'avertir le projet:ichtyologie (même s'il a l'air peu actif). Cordialement. — PurpleHz, le 1 mai 2015 à 23:08 (CEST)

discussion ici: [[1]] et pour la catégorie Nothobranchiidae il semble que c'est plutôt une redirection qu'il faudrait créé Amicalement cedricguppy. 1 mai 2015 à 23:44 (CEST)

La famille Nothobranchiidae existe bien dans Nelson, Fishes of the World, 4th edition (2006) qui est suivi par Fishbase. Mais évidemment si vous suivez ITIS qui est basé sur la version précédente (1994) de cet ouvrage... — PurpleHz, le 2 mai 2015 à 13:27 (CEST)

vu Amicalement cedricguppy. 3 mai 2015 à 20:51 (CEST)

L'article Jean-Pierre Dedet est proposé à la suppression

Bonjour, L’article « Jean-Pierre Dedet » est proposé à la suppression (cf. Wikipédia:Pages à supprimer). Après avoir pris connaissance des critères généraux d’admissibilité des articles et des critères spécifiques, vous pourrez donner votre avis sur la page de discussion Discussion:Jean-Pierre Dedet/Suppression. Le meilleur moyen d’obtenir un consensus pour la conservation de l’article est de fournir des sources secondaires fiables et indépendantes. Si vous ne pouvez trouver de telles sources, c’est que l’article n’est probablement pas admissible. N’oubliez pas que les principes fondateurs de Wikipédia ne garantissent aucun droit à avoir un article sur Wikipédia. Chris a liege (discuter) 3 mai 2015 à 12:07 (CEST)

Liste de biologistes

La remarque est évidente : comment expliquer que cette liste (qui est plutôt incomplète) ne soit pas directement dans le projet:Biologie, alors que c'est le cas pour la liste des zoologistes  ? --77.198.150.92 (discuter) 4 mai 2015 à 01:18 (CEST)

Bonjour. C'est simple : la liste de biologistes n'a aucun lien rouge. Il s'agit d'une liste de biologistes qui ont leur article dans Wikipédia. Il existe également une liste des zoologistes par pays qui n'a pas de liens rouges. Ces listes sont evaluées comme des ébauches de faible importance.

Selon le Livre des records de Wikipédia, le record de liens rouges dans un article serait de 83. La liste de zoologistes fait beaucoup mieux ! Sa place est donc sur le Portail:Zoologie. - 37.58.145.72 (discuter) 1 juin 2015 à 12:59 (CEST)

En finir une bonne fois pour toutes avec les POV

Il y a quelques jours, a été publié A higher level classification of all living organisms. Cette nouvelle classification a réuni plus de 3000 taxonomistes pour sa rédaction. Sa précision va jusqu'au niveau de l'ordre. Elle va servir de base pour ITIS et d'autres bases de données comme Catalogue of Life. Cette classification n'est ni cladiste ni évolutionniste dans sa philosophie puisqu'elle a réuni des systématiciens des deux bords. Elle représente donc une bonne approximation du consensus scientifique actuel dans la classification du vivant.

Je pense que le Wikipédia francophone devrait suivre cette classification dans les taxobox. Il y a beaucoup trop souvent des débats sur les informations à afficher dans les taxobox, des points de vue complètement divergents sur certains taxons (que ce soit leur nom ou leur position). Les wikipédiens zélés mettent à jour les taxobox de leurs groupes préférés à chaque fois qu'un nouveau papier est publié, et un autre change ces informations dès qu'une autre publication vient contredire la précédente. Attention, je ne suis pas en train de dire que les articles ne doivent pas traiter de l'actualité scientifique des taxons, au contraire, mais les taxobox ne devraient pas être le lieu de ce débat. On en a vu récemment les effets par exemple avec les articles bactérie, Heterokonta, et sur la classification des mammifères à adopter. Au final la classification telle que reflétée par les taxobox de Wikipédia se fonde essentiellement sur des sources primaires et constitue davantage un travail inédit qu'autre chose. La classification que je pointe représente une source secondaire, une synthèse consensuelle rédigée pour nous, utilisateurs réguliers ou occasionnels de la classification. Ils ont pour projet de la remettre à jour dans 5 ans, d'ici là on ne devrait pas avoir besoin de remodifier en permanence les taxobox.

Ne croyez pas que je défends cette classification parce que je suis d'accord en tout point avec ce qu'elle propose, au contraire il y a de nombreuses choses qui me dérangent. Mais les lieux de débat sont les corps des articles. Les utilisateurs ont besoin de taxobox claires et surtout cohérentes entre elles pour pouvoir naviguer sans se casser le nez régulièrement sur une taxobox qui affiche un POV différent. J'ai réfléchis plusieurs jours avant de proposer ça, mais je crois que c'est la meilleure solution.

En bref, je propose ceci:

• Il faut suivre cette classification pour les taxobox, du super-règne jusqu'à l'ordre
• 7 couleurs pour les taxobox, reflétant les 7 règnes proposés
• Les clades ou les taxons d'un rang supérieur à l'ordre ne devraient pas avoir de taxobox s'ils ne font pas partis de cette classification
• Les taxons inférieurs à l'ordre possèdent une taxobox s'ils sont inclus dans l'un des 1468 ordres proposés, ils doivent être sourcés par ITIS ou à défaut une autre base de donnée
• Les taxobox doivent être simplifiées, elles ne doivent afficher qu'une seule classification et pas plusieurs différentes (par exemple classique vs phylogénétique)

Voilà, à vos clavier ^^ . Iossif63 (discuter) 4 mai 2015 à 17:22 (CEST)

PS:Attention à bien prendre en compte l'Errata. Iossif63 (discuter) 4 mai 2015 à 17:36 (CEST)

Heu… Heureusement qu'ils proposent aussi une classification de l'ordre au super-règne, parce que je vois mal faire l'impasse sur des taxons supérieurs à l'ordre qui sont très connus (du genre qu'on retrouve dans tous les ouvrages de bio).

Sinon tu as le lien sur les "vraies" données ? J'ai fouillé mais j'ai pas trouvé leur classification. J'aimerai a minima vérifier s'ils sont « en phase » avec − par exemple − ReptileDatabase. Cordialement, Hexasoft (discuter) 4 mai 2015 à 17:42 (CEST)

J'ai du mal m'exprimer qq part, mais je ne retrouve pas l'endroit en me relisant... Sinon voilà le PDF . Iossif63 (discuter) 4 mai 2015 à 17:56 (CEST)

Impressionant travail de compilation sur les taxons supérieurs. Cependant il ne semble prendre en considération que les organismes vivants. --Hibolites (discuter) 4 mai 2015 à 18:02 (CEST)

Oui malheureusement, il faudra se débrouiller « à l'ancienne » pour les fossiles. Iossif63 (discuter) 4 mai 2015 à 18:07 (CEST)

Ah pardon, c'est moi qui ait mal lu : j'avais cru que tu parlais d'une classification <= ordre et rien au dessus. J'ai lu trop vite. Hexasoft (discuter) 4 mai 2015 à 18:10 (CEST)

Pour info : cette classification et celle du Congrès ornithologique international, suivie par le projet ornitho, coincident exactement au niveau des ordres. Je n'ai pas d'avis sur la question globale pour l'instant. Cordialement. — PurpleHz, le 4 mai 2015 à 18:15 (CEST)

\o_ Salut, si vous pouviez toucher un mot de ce débat sur d:Wikidata:WikiProject Taxonomy ce serait cool, Wikidata est un dépot centralisé pour ça, avoir une bonne classification là bas réutilisable pour les infoboxes serait très utile pour tout le monde, et économiserait sans doute pas mal de débats sur les différentes Wikipédia ... — TomT0m ^[bla] 4 mai 2015 à 18:29 (CEST)

WikiData c'est bien beau mais c'est tout de même beaucoup moins simple à comprendre qu'éditer un article sur Wikipédia... De toute manière les différents Wikipédia sont indépendants, donc c'est à nous de prendre position vis-à-vis de nos taxobox. Je ne suis pas opposé à l'utilisation de WikiData mais il faut d'abord prendre une décision au sujet de ce que j'ai proposé sur le fond. La mise en place sur la forme on verra après. Iossif63 (discuter) 5 mai 2015 à 07:12 (CEST)

Tu dis ça parce que tu te souviens plus de la première fois ou t'as essayé d'insérer une infobox dans les articles sur les taxons :) C'est pas particulièrement compliqué sinon. Ligne de l'infobox = déclaration, paramètre = propriété, c'est tout ... Bon c'est juste qu'on y parle principalement en anglais, tu vois quoi d'autre comme problème ? Si on est suffisamment nombreux pour les discussions là bas il devrait y avoir du monde pour les traductions. — TomT0m ^[bla] 5 mai 2015 à 12:25 (CEST)

Tu as peut-être raison, je n'y suis pas opposé sur le principe. Ce que je voulais souligner c'est qu'il ne faut pas qu'une décision soit prise d'abord sur WikiData puis imposée sur le Wikipédia francophone. Il d'abord qu'on décide ici de la politique qu'on veut appliquer pour les taxobox, et ensuite si cette politique est la même sur WikiData on pourra décider de servir de cette base de données. Iossif63 (discuter) 5 mai 2015 à 16:57 (CEST)

Salut Iossif ! Je l'ai déjà dit, je crois fermement que les classifications cladiste et classique divergeront toujours, sans espoir de conciliation. Elles ont chacune leurs principes propres, qui sont cohérents dans leur paradigme, donc ça n'a pas de sens de chercher un consensus. L'idée même de rang est étrangère à la pensée cladiste ; un taxon Prokaryota est unanimement impossible en cladistique. Le mieux à faire pour nous wikipédiens est d'organiser la coexistence des deux systèmes.

Sur la classification elle-même, c'est évident qu'un boulot sérieux et expert a été fourni, elle a vocation a être intégrée dans ITIS, et donc à être répercutée dans Wikipédia. Mais pour autant, et je vais être franc, en ce qui concerne les taxons controversés au dessus de l'infra-règne, c'est à 80% les idées de Cavalier-Smith !!

Tinm, le 5 mai 2015 à 17:54 (CEST)

Que l'on apprécie le personnage ou non, c'est un expert incontournable de la mégaclassification . Moi aussi je crois comme toi que le cladisme et l'évolutionnisme sont inconciliables et que ce projet est fondamentalement bancal (tu remarqueras que les archébactéries sont reconnues en tant que règne à part entière et que la liste des embranchements bactériens correspond à celle des concurrents cladistes de Cavalier-Smith...). Néanmoins il a le mérite d'exister et de fournir une base stable et durable pour les non-spécialistes de la taxonomie. Si tu veux vraiment faire cohabiter jusqu'au bout de ta logique les deux classifications il faudrait deux taxobox : une phylobox et une evobox. Et aussi Dédoubler tous les articles dont la définition change selon la philosophie adoptée. Par exemple "Dinosauria (cladisme)" vs "Dinosauria (évolutionnisme)"... Iossif63 (discuter) 5 mai 2015 à 22:02 (CEST)

C'est bien parce que ce serait un bazar monstre si on en arrivait à de telles extrémités qu'il faut décider comment gérer la coexistence des deux systèmes. Sur Cavalier-Smith, bien sûr, c'est un chercheur reconnu. Sur la classification classique vs. cladiste, tout le paradoxe vient de ce que les cladistes mènent leurs recherches de leur coté, passent à autre chose dès qu'ils atteignent un consensus, et ce faisant laissent aux classicistes le soin de diffuser leurs conclusions... — Tinm, le 6 mai 2015 à 03:04 (CEST)

Usages des taxobox : préciser certaines choses

Hello,
il y a sans doute quelques morceaux de marronniers là-dedans, mais comme mon bot-biologie redémarre (avec son nouveau code tout neuf) je dois gérer les cas "particuliers" et les articles de paléo semblent assez souvent s'éloigner des usages. Note : ce n'est pas une critique contre les auteurs de ces articles hein ! Juste que lorsqu'il y a des divergences de mise en forme soit 1. on acte la « liberté » générale 2. on acte le traitement spécifique dans certains domaines 3. on aligne.

Sur cet exemple mon bot s'est contenté d'ajouté un sous-titre. Cet article présente quelques éléments non conformes que j'évoque ici :

• article nommé sur le genre, alors que le contenu décrit le genre et l'espèce (taxobox gigogne → il me semble qu'on titre sur le taxon le plus précis, surtout dans le cas où il s'agit d'une espèce). Si on suspecte la possibilité d'autres espèces il ne faudrait pas avoir un seul article pour les deux.
• présence de sources dans la partie « auteurs » : est-ce une bonne idée de mettre des références ici ? Il ne me semble pas me rappeler d'avoir vu des références dans les infobox (références qui pourraient facilement aller dans l'introduction, non ?).
• présence d'obèle dans le nom scientifique

Donc mes questions :

• est-il acté qu'un genre monotypique (déclaré comme tel dans l'article) est titré sur l'espèce ?
• accepte-t-on les références dans la taxobox (sur les auteurs en général) où doit-on les déplacer dans l'introduction (ou ailleurs) ?
• pour l'obèle/{{éteint}} mon bot gère maintenant le cas où il est dans le nom scientifique (dans {{Taxobox taxon}}) → suppression et remplacement par le paramètre "éteint=oui"

Cordialement, Hexasoft (discuter) 4 mai 2015 à 18:08 (CEST)

Bonjour, 1/ nommer d'après le genre est la norme sur WP pour les taxons fossiles. Je ne sais pas pourquoi, on doit sûrement suivre un usage externe. Peut-être les taxonomistes de ces domaines ont-ils peu de foi en la validité de leur taxon au niveau de l'espèce ? :o) 2/ plutôt dans le texte, surtout qu'on a eu de longues discussions sur l' « allégement » des taxobox il y a quelques années. Je suis sûrement coupable d'avoir commis quelques-unes de ces références en taxobox, mais comment les retrouver... Cordialement. — PurpleHz, le 4 mai 2015 à 18:26 (CEST)

Certains paléontologues ont tendance à nommer une nouvelle espèce à chaque fossile qu'ils trouvent alors que d'autres ont tendance à toujours essayer de faire coller les fossiles dans des espèces qui existent déjà. Du coup les genres sont beaucoup plus consensuels en paléontologie que les espèces. Ils sont plus "naturels" dans cette discipline. Ce ne sont que quelques éléments d'explication. Iossif63 (discuter) 4 mai 2015 à 18:34 (CEST)

Ok, donc on partirait sur une gestion "exception pour le domaine paléo" sur ce cas de figure. Je peux modifier mon bot pour qu'il prenne ça en compte (si paléo et taxobox gigogne considérer le genre comme le "nom scientifique" de l'article). Ça évitera l'ajout de sous-titres et modification titre taxobox.

 PurpleHz : pour les références dans la taxobox c'est assez facile pour mon bot. Je dois de toute façon gérer ce cas de figure (j'extrait et je "nettoie" le champs auteur+date pour la création des entrées UICN et CITES) → je vais enregistrer la liste des articles qui sont dans ce cas de figure.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 4 mai 2015 à 19:03 (CEST)

 : mon bot gère maintenant la détection des articles paléontologie, et si détecté centre les taxobox gigogne sur le genre si présent.

Au passage j'ai ajouté dans le cas des taxobox gigogne la vérification de l'existence des redirections, et leur création si elles manquent. Hexasoft (discuter) 4 mai 2015 à 22:39 (CEST)

C'est plus un bot, c'est une machine de guerre ! ;o) — PurpleHz, le 4 mai 2015 à 23:54 (CEST)

Bonsoir  Hexasoft :. J'ai ajouté les indications éteint=oui pour l'article Aardonyx. L'obèle apparait aux rangs genre et espèce, il se place systématiquement après le nom quelque soit la position de l'instruction dans la ligne d'écriture. Pour les taxons supérieurs l'obèle n'apparait pas, il n'apparait pas non plus dans la première ligne « taxobox initial ». Je n'avais pas osé la faire la dernière fois... mais pour ton obèle, tu mérites un prix !--Hibolites (discuter) 5 mai 2015 à 00:00 (CEST)

 Hibolites : pour le moment le débat sur la position de l'obèle par rapport au nom n'a pas vraiment abouti. Je l'ai mis comme ça en attendant (en suivant les habitudes des généalogistes) mais un changement centralisé permetta(it) de tout changer lorsqu'on aura décidé. Note : la position du paramètre n'a aucun impact les paramètres nommés (du type "nom=valeur") sont "immanents"

Pour les taxons supérieurs (la classification avec {{Taxobox}}) ce modèle n'a pas encore de paramètre "éteint". Ça pourrait se faire. Ceci dit je ne suis pas persuadé qu'on doive le mettre "à la main" sur tous les niveaux, et il faudrait a minima en discuter entre biologistes auparavant.

Pour le "premier", c'est je pense le titre dans {{Taxobox début}} dont tu parles ? Ce champs est lui libre, donc on peut normalement mettre ce qu'on veut. La seule convention est que le titre de la taxobox doit être le nom du taxon. Or actuellement il n'est pas tranché de savoir si on doit considérer l'obèle comme faisant partie du nom (pour ma part je ne pense pas : l'obèle est une indication additionnelle liée à une « caractéristique » du taxon, au même titre que d'autres). Cordialement, Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 00:21 (CEST)

PS : sur ces points il serait intéressant de trancher clairement. Actuellement mon bot suit nos conventions, et en l'absence de convention il suit mes préférences Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 00:21 (CEST)

 PurpleHz : oui mon bot commence à faire pas mal de choses .

N'hésitez-pas à me soumettre des idées (typiquement si vous voyez des modifications fréquentes). Tout n'est pas possible (fort heureusement un bot ne peut remplacer un humain dans tous les cas de figure) mais si ça l'est sans trop de difficulté je peux l'ajouter : il vaut toujours mieux factoriser les modifications, ça soulage les historiques, et ça rajoute pas beaucoup de temps de traitement. Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 00:32 (CEST)

Merci  Hexasoft : pour tes réponses. Il y a donc trois points en discussion :

i) la position de l'obèle avant ou après le nom du taxon. Ma préférence est avant, car cela indique tout de suite le statut.

ii) la présence d'un obèle pour les taxons supérieurs dans la classification avec {{Taxobox}}. Ma préférence est de l'indiquer, pour bien signifier ce qui est encore vivant de ce qui est éteint. Ne serait-il pas possible d'indiquer le paramètre "éteint" uniquement pour le taxon éteint le plus élevé et qu'ensuite tous les taxons inférieurs soient automatiquement signalé comme éteints ?

iii) la présence d'un obèle dans le titre ({{Taxobox début}}). Là aussi je pense qu'il serait bien de l'indiquer car c'est ce que le lecteur regarde en premier et donc il sait immédiatement si le taxon est éteint ou non.

Tout cela pour lancer le débat sauf, et je crois que ce n'est pas le cas, s'il y a des règles internationales. Bonne journée,--Hibolites (discuter) 5 mai 2015 à 11:37 (CEST)

Personne n'a semble-t-il trouvé de règle à ce sujet. Par ailleurs il serait intéressant de trouver des publications scientifiques, de préférence françaises, utilisant des obèles, afin de constater les usages en vigueur.

Pour l'indication "au début" et que ceux inférieurs soient automatique non : en l'état chaque ligne est un modèle indépendant, qui ne peut recevoir d'information externe à ses paramètres. Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 12:31 (CEST)

Avis aux biologistes !

Hello,
juste pour prévenir que j'estime pour ma part que les modifications de mon bot biologique me semble maintenant correctes.
Jusqu'à présent mon bot tournait uniquement sous ma supervision (vérification systématique de toutes ses modifications, à un rythme assez lent). Je compte maintenant le passer en "production", il va donc tourner globalement tout seul.
J'invite tous ceux que ça intéresse à valider les contributions récentes de mon bot, ainsi qu'à voir la liste des fonctionnalités du bot et ses limites.
Je compte améliorer la détection de cas suspects (dans la quasi-totalité des éditions erronées récentes de mon bot c'est l'article − et en général la taxobox − qui est fautive, pas mon bot, mais détecter ces cas serait intéressant).

Je suis encore en arrêt maladie jusqu'à demain, donc mon bot va tourner sous ma surveillance constante . Merci de signaler des problèmes, oppositions… d'ici là !

Note : je rappelle que le bot a pour vocation de "tourner" sur tous les taxons : les premiers articles qu'il a traité seront re-traités plus tard. Les améliorations récentes (ou futures) ainsi que les corrections de bugs seront appliquées aux passages suivants. Vu le nombre d'articles concernés ça prendra du temps pour faire le tour ceci dit.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 15:05 (CEST)

Salut Hexasoft (d · c), pour le paramètre éteint, on peut pas simplement le récupérer/pousser sur Wikidata et carrément ... virer le paramètre de l'infobox ? — TomT0m ^[bla] 5 mai 2015 à 16:26 (CEST)

De ce que vois, il faut récupérer la valeur de la propriété d:Property:P524, et on a en prime l'époque de l'extinction. — TomT0m ^[bla] 5 mai 2015 à 16:30 (CEST)

Non ! Il ne faut pas virer le paramètre ! On peut récupérer sur wikidata et rendre sa valeur prioritaire par rapport au paramètre (ou l'inverse). Mais il faut de toute façon conserver la possibilité de gérer en local les données absentes de wikidata, ou la possibilité de mettre nos propres choix.

Ceci dit comme ça a été évoqué plus haut : il faudrait d'abord en discuter (de l'utilisation de wikidata dans nos taxobox). Il règne une certaine opposition à ce sujet.

Tu dis plus haut : « avoir une bonne classification là bas réutilisable pour les infoboxes serait très utile pour tout le monde, et économiserait sans doute pas mal de débats sur les différentes Wikipédia ». Sur ce point je n'y crois pas trop : l'exemple de wikispecies est typique → divers wikipédias ont boycotté wikispecies à cause de divergences sur les classifications utilisées. On a la même problématique pour toute tentative de centralisation d'une classification : comment on gère quand wikidata (sa communauté) décide d'en suivre une autre que la notre ? Peut-on faire une classification "fr:" séparée au besoin ? Les problèmes se posent à divers niveaux : taxons reconnus/non reconnus ; divergence d'auteurs/dates ; sous-taxons reconnus ou pas (ce qui change les cartes de répartition par ex.)…

Cordialement, Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 16:43 (CEST)

Note : mon bot applique les conventions en cours pour nos articles.

On peut discuter entre biologistes de changer le fonctionnement de nos taxobox (par exemple) et lorsque ça se produit j'aligne le comportement de mon bot (par ex. après validation j'ai ajouté le paramètre "éteint" et modifié mon bot pour qu'il traite ce cas).

Donc si on veut discuter de wikidata on peut le faire, mais c'est sans rapport avec la mise en prod de mon bot en gros : ouvrons des discussions spécifiques entre biologistes autour de wikidata . Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 16:53 (CEST)

C'est pas comme si il n'y avait que des controverses potentielles, genre l'extinction d'un taxon c'est quand même à priori relativement consensuel, et du coup là on peut avoir une vraie classification. D'autre part sur Wikidata, tout ce qui est sourcé est accepté, donc le choix est laissé au final aux Wikipédia sur le choix du bon taxon parent sur un Wikipédia donné (genre passer manuellement la valeur à l'infobox, ou en passant l'ID de la source à afficher à l'infobox, pourquoi pas ... Il y a aussi des rangs dans Wikidata pour gérer les informations conflictuelles ou plus à jour : une décaration peut être marquée prioritaire, et c'est celle là qui sera retournée par défaut.

Pour le reste pour moi si le choix est fait d'utiliser pour Wikidata un paramètre dans l'infobox, autant le faire carrément et tout transférer sur Wikidata pour mutualiser l'effort de maintenance. Donc perso j'y crois, à condition que les communautés locales s'en emparent, tout le monde y gagnera et le travail sera mutualisé. — TomT0m ^[bla] 5 mai 2015 à 17:02 (CEST)

Je dis pas le contraire. Juste que peu de gens ici connaissent ou comprennent wikidata. Pas mal ont aussi des réticences à devoir aller en dehors de wikipédia pour éditer wikipédia, ou encore de devoir utiliser la langue anglaise pour travailler sur fr.wikipédia.

Si tu peux expliquer − sur quelques exemples typiquement − comment tout ceci fonctionne, ce qu'on peut faire pour gérer les divergences de classification (si tu as besoin c'est très facile d'en trouver ), comment on peut être facilement notifié d'une modification là-bas qui impacte nos articles, … ça serait sans doute utile pour que chacun puisse se faire une idée, voire que je puisse faire des tests dans mes sous-pages pour voir ce que ça peut donner en pratique.

Le mieux serait d'ailleurs d'ouvrir une section dédiée, et sans doute de créer une page de présentation / discussion distincte quelque part dans un premier temps.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 17:11 (CEST)

Il y a une option dans ses préférences pour que les modifications de l'élément Wikidata apparaissent dans sa liste de suivi global. Pour l'instant il n'y a pas encore de moyen de filtrer les modifications, mais ça va venir (Il y a une page sur Wikidata pour recueillir les avis des utilisateurs) (je sais, c'est loin, c'est au moins à 1 clic d'ici /o\). À part ça oui, je sais qu'il y a une réticence, c'est pour ça que j'essaye d'en parler de temps en temps et de présenter les choses. Pour le reste, j'ai pas trop envie de doublonner les pages d'aides ici, je suis déja trop occupé à faire d'autres trucs dont traduire les pages d'aides de là bas ... ce serait cool d'avoir des retours d'ici quand à ça par contre. À part ça il y a un essai de Taxobox Wikidata là bas, par exemple. — TomT0m ^[bla] 5 mai 2015 à 17:28 (CEST)

Ben disons que ça se mord la queue : ya des docs là-bas, des options dans les préférences (lesquelles, documentées où ?), des essais de taxobox là-bas… Mais on parle là d'expliquer et de convaincre des contributeurs qui bossent ici (et pas là-bas), justement .

Je suis pour ma part le principal technicien de la biologie (modèles, modules, bots) mais je suis moi aussi occupé, et je n'ai pas l'envie de me plonger dans wikidata juste pour voir ce qui pourrait en sortir − la masse de travail que va abattre mon bot est déjà bien suffisante à m'occuper en terme de suivi.

Sans éléments plus concrets que des « on peut / on pourra faire ça » je ne vais pas changer mes priorités. Attention : je ne vérouille rien hein ! chacun peut modifier nos modules/modèles (enfin, faut être admin, quand même). C'est juste que je vais pas passer moi-même du temps à tester du code pour ça en l'état actuelle de mes connaissances sur wikidata. Cordialement, Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 17:41 (CEST)

Ben je sais que Zolo (d · c) a bossé sur Module:Infobox/Fromage, il peur peut être faire un retour d'expérience déjà. Pour le reste, je suis réticent avec ce type de réactions, parce que ça sent les problèmes plus tard, genre "il y a un problème sur Wikidata, tout est de la merde, on fait un rollback global" et tout le monde repart faché, je préfère un minimum d'investissement sur Wikidata pour prendre un peu conscience des choses et se familiariser avec, ça peut éviter de se facher pour des broutilles et des coups de têtes par la suite ... donc je préfère que les gens s'investissent un peu sur Wikidata, c'est plus sain. Sinon c'est pas trop la peine. Après c'est pas pressé non plus ;) C'est juste qu'il faut garder ça dans un coin de la tête (par exemple avant de se lancer dans des efforts de maintenances conséquents genre le codage de ton bot). — TomT0m ^[bla] 5 mai 2015 à 17:54 (CEST)

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Ça se tient. Mais ça reste à mon sens dommage de devoir interagir sur un projet tiers et dans une langue autre, car ça va à mon sens à l'encontre de la philosophie des wikipédias autonomes (je dis pas ça pour moi, je lis et écris très bien l'anglais, mais ce n'est pas le cas de tout le monde, et je pense que c'est très limitatif pour les rédacteurs issus de certaines régions du monde qui sont moins « anglophonisés » que nous).

Pour le travail coté bot il ne faut pas trop s'inquiéter : la plupart des fonctions sont utiles, que l'application du changement se fasse ici (actuellement) et/ou sur wikidata (dans un futur possible). C'est typiquement le cas de toutes les mises à jours des données CITES, UICN et COI. D'autres fonctions seront toujours du ressort strict de fr.WP (par ex. l'insertion/corrections de références dans le texte). D'autres effectivement pourraient disparaitre (comme la gestion du paramètre éteint), mais bon, avec un code bien structuré ça m'a occupé à la louche 2 heures pour ajouter cette gestion et la valider . Ce qui prend surtout du temps c'est de suivre les éditions du bot pour valider son travail et − autant en profiter − pour corriger toutes les conneries qu'on trouve par la même occasion et que le bot n'est pas en mesure de traiter lui-même .

Note aux biologistes : si vous voyez mon bot dérailler vous pouvez l'arrêter vous-même. Il suffit de suivre les instructions qui sont sur sa page de discussion. Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 18:18 (CEST)

En fait, c'est surtout Poulpy qui a fait l'infobox fromage, mais j'en ai fait quelques autres, et globalement, une fois que c'est lancé, ça a l'air plutôt bien accueilli.

Wikidata est conçu pour être multilingue. Pour l'interface, les pages d'aide, et les données elles-même, ça a l'air de fonctionner plutôt bien. Pour les débats sur la structure des données, et éventuellement sur les questions scientifiques, l'anglais est en revanche privilégié, mais il me semble qu'à partir du moment où on veut discuter un point scientifique pointu, il faut de toute façon maîtriser un minimum l'anglais non ?

Des efforts ont été tentés pour faciliter la communication Wikidata/Wikipédia, et, surtout depuis que les comptes globaux sont enfin activés pour tout le monde, on peut peut-être espérer que les choses vont continuer à s'améliorer. Il me semble que quelqu'un avait écrit un script (en russe) permettant de modifier Wikidata directement depuis un article Wikipédia, mais ça pose un tas de questions, et je ne sais pas comment ça a évolué. Sinon, on a essayé de rendre la modification de Wikidata plus intuitive en ajoutant des petits rétroliens à côté de valeurs qui viennent de Wikidata dans les infobox (voir par exemple Château de Lida)

Enfin, on doit quand même souligner que le problème de l'arbitrary access subsiste, ce qui empêche, par exemple, de constituer un arbre phylogénétique à partir des données de Wikidata. --Zolo (discuter) 5 mai 2015 à 20:35 (CEST)

Taxons éteints : on tranche ?

Hop,
suite à des discussions plus haut, est-ce qu'on tranche la question des taxons éteints ? Je résume l'état actuel et les questions en attente.

État actuel

De nombreux articles de taxons éteints utilisent l'obèle ou le modèle {{éteint}} à divers endroits : titre de taxobox, nom scientifique dans {{Taxobox taxon}}, corps de l'article.
Désormais {{Taxobox taxon}} a un paramètre "éteint=oui" permettant de séparer la notion d'éteint du nom scientifique.
Actuellement ceci s'affiche avec un obèle à la suite du nom scientifique, séparé par une espace.

Questions en attente

Choix typographique pour le paramètre éteint

Actuellement obèle (via {{éteint}}) affiché après le nom scientifique, avec espace de séparation. Les possibilités :

• avant ou après le nom scientifique
• séparé ou non par une espace (resp. après/avant l'obèle)

En l'absence de règle (ICZN ou équivalent) j'ai par défaut suivi les conventions des généalogistes (qui sont probablement la source de cet usage). Il serait intéressant de trouver des exemples réels d'usage de l'obèle dans des publications, de préférences francophones.

Question du titre de la taxobox

Actuellement mon bot considère que titre taxobox = nom scientifique et que l'obèle ne fait pas partie du nom scientifique. Il faut donc trancher la question : est-ce qu'on considère que l'obèle fait partie du nom scientifique (et a sa place en titre) ou non ?

Question des éléments de classification

Les entrées de classification ({{Taxobox}}) n'ont pas d'option pour indiquer un taxon éteint. Il est assez simple de faire comme pour {{Taxobox taxon}} (ajout d'un paramètre "éteint=oui").
Est-ce qu'on ajoute ce paramètre à ce modèle pour permettre ceci ?

Avis

Choix typographique

• pour ma part sans opinion. La seule « source » à ma disposition est l'usage en généalogie (après le nom), ce que j'ai suivi, mais je peux changer le code suite à tout avis contraire. Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 23:00 (CEST)

C'est en anglais, mais dans cet article les obèles ("dagger") sont toutes placées avant le nom scientifique. Je pense que l'usage en phylogénie est inversé par rapport à la généalogie. Iossif63 (discuter) 6 mai 2015 à 08:11 (CEST)

Un autre exemple, carrément dans le titre cette fois [2]. Iossif63 (discuter) 6 mai 2015 à 08:26 (CEST)

Préférence pour placer l'obèle avant, car cela indique tout de suite le statut.--Hibolites (discuter) 6 mai 2015 à 10:10 (CEST)

Plutôt avant, mais c'est au pif. Tinm, le 6 mai 2015 à 16:59 (CEST)

Avant, parce que c'est comme ça que fait le Congrès ornithologique international en ornitho et que donc c'est possiblement la solution correcte. — PurpleHz, le 6 mai 2015 à 18:45 (CEST)

Avec une espace et plutôt avant dans les listes de taxons, sinon ça passe inaperçu après l'auteur et la date, mais plutôt après dans taxobox taxon, parce que ce n'est pas une composante indispensable du nom scientifique. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 6 mai 2015 à 19:37 (CEST)

Titre taxobox

• pour ma part plutôt contre intégrer l'obèle à ce niveau : le statut d'éteint me semble être une caractéristique parmis d'autres (statut CITES, UICN, répartition…) et n'a donc pas de prévalence particulière Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 23:00 (CEST)

Contre Moi aussi je suis contre, ça ne fait clairement pas parti du nom scientifique. Iossif63 (discuter) 6 mai 2015 à 08:12 (CEST)

Pour Le titre de la taxobox est ce que le lecteur regarde en premier sur un article. La présence de l'obèle permet de savoir immédiatement si le taxon est éteint ou non.--Hibolites (discuter) 6 mai 2015 à 10:10 (CEST)

Contre Tinm, le 6 mai 2015 à 16:59 (CEST)

Contre à cet endroit. Laisserait croire que l'obèle est indissociable du nom scientifique. De plus, le statut change parfois (taxons Lazare). -- Amicalement, Salix ^[Converser] 6 mai 2015 à 19:32 (CEST)

Éléments de classification

• pour ma part plutôt pour, mais pas vraiment à éditer par des humains : ça me semble trop complexe à maintenir. Autant maintenir ce qui relève du sujet d'un article me semble pertinent dans un article, autant le faire sur la classification (dont le contenu relève de leurs articles respectifs) me semble un risque en terme de maintenance. Par contre je serais pour centraliser l'information "ce taxon = éteint" : que ce soit dans un modèle/module ou sur wikidata, ça permettrait de gérer ça sans impact éditorial fort Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 23:00 (CEST)

 Neutre Pas d'avis sur cette question. Iossif63 (discuter) 6 mai 2015 à 08:14 (CEST)

Pour Permet de distinguer d'un coup d'oeil jusqu'à quel niveau taxonomique « monte » l'extinction.--Hibolites (discuter) 6 mai 2015 à 10:10 (CEST)

Pour des paramètres « éteint » à chaque rang, qui seraient alignés sur le paramètre « éteint » principal de la taxobox du taxon en question. (Sous réserve de faisabilité.) — Tinm, le 6 mai 2015 à 16:59 (CEST)

 Neutre +1 avec Hexasoft. Pourquoi pas, à condition que cela ne complique pas la maintenance ou la cohérence d'un article à l'autre. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 11 mai 2015 à 13:46 (CEST)

Cordialement, Hexasoft (discuter) 5 mai 2015 à 23:00 (CEST)

Bon, c'est calme, je fais donc un bilan :

• aspect typographique : clairement avant le nom scientifique. Pour le moment avec espace entre (avis de Salix et le mien, par ailleurs je trouve ça plus lisible)
• titre taxobox : majoritairement non : 1 pour 3 contre. Donc pas d'obèle dans le titre de la taxobox, qui reste réservé au strict nom scientifique
• éléments de classification (modèle {{Taxobox}}) : 2 pour, 2 neutre. Donc oui. Je vais voir à ajouter de la même façon que pour {{Taxobox taxon}} un paramètre éteint. Je reste sur ce point convaincu qu'il faut que ce soit géré autrement que par de l'édition manuelle, parce que trop compliqué (à chaque niveau intermédiaire ajouté dans une taxobox il faudrait se poser la question de si il est éteint ou pas).

En l'absence d'avis changeant ces tendances je prendrais acte de ces choix en les appliquant aux modèles (si besoin) et en ajustant mon bot biologie selon ces conventions.

Par ailleurs il faudra penser à mettre à jour en concordance les différentes documentations.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 12 mai 2015 à 19:17 (CEST)

Pour information :

• j'ai modifié {{Taxobox taxon}} pour que l'obèle soit avant le nom
• j'ai ajouté le paramètre "éteint=oui" au modèle {{Taxobox}} (même convention d'affichage), afin que ceux qui le veulent puisse l'ajouter

Cordialement, Hexasoft (discuter) 16 mai 2015 à 18:02 (CEST)

Merci Hexasoft pour la coordination et toutes les modifications que tu as réalisées dans un esprit positif. J'ai terminé ta modif de l'article Brontosaurus en utilisant le nouveau paramètre "éteint=oui" au modèle {{Taxobox}}. Bonne soirée--Hibolites (discuter) 16 mai 2015 à 18:49 (CEST)

 Hibolites : mais de rien. Note que j'ai retouché l'article : en effet le champs « auteur » ne doit contenir que l'autorité telle que définie par les autorités biologiques (nom(s) + date, éventuellement avec () si renommé entre-temps). Si tu veux expliquer l'historique il faut le faire par {{Taxobox synonymes}} ou (comme c'est actuellement le cas) dans le corps de l'article. Cordialement, Hexasoft (discuter) 16 mai 2015 à 19:01 (CEST)

Note : au fait, mon bot détecte maintenant les articles de dinosaures et ajoute "éteint=oui" automatiquement (mais seulement dans {{Taxobox taxon}}. Cordialement, Hexasoft (discuter) 16 mai 2015 à 19:19 (CEST)

L'article Gardes Nature de France est proposé à la suppression

Bonjour, L’article « Gardes Nature de France (page supprimée) » est proposé à la suppression (cf. Wikipédia:Pages à supprimer). Après avoir pris connaissance des critères généraux d’admissibilité des articles et des critères spécifiques, vous pourrez donner votre avis sur la page de discussion Discussion:Gardes Nature de France/Suppression. Le meilleur moyen d’obtenir un consensus pour la conservation de l’article est de fournir des sources secondaires fiables et indépendantes. Si vous ne pouvez trouver de telles sources, c’est que l’article n’est probablement pas admissible. N’oubliez pas que les principes fondateurs de Wikipédia ne garantissent aucun droit à avoir un article sur Wikipédia. Chris a liege (discuter) 7 mai 2015 à 00:47 (CEST)

fourmi noire et fourmi rouge

Bonjour,

Je viens de créer ces deux pages afin de guider un lecteur qui chercherait des informations sur les animaux qu’on nomme ainsi (ces deux expressions sont utilisées couramment dans ma région).

Votre aide est bienvenue pour compléter ces listes. Par exemple, j’ai trouvé via Google l’expression «fourmi noire gâte-bois» [3], que je suis incapable d’identifier avec une des espèces présentes sur Wikipédia. De fait, il me semble que beaucoup des fiches de Wikipédia sur les espèces de fourmis sont biaisées du côté français de France, et je suis mal placé pour corriger ce biais.

—C.P. 7 mai 2015 à 18:51 (CEST)

CITES, UICN et les sous-espèces

Hello,
je suis tombé sur un article de sous-espèce contenant des liens CITES et UICN. Hors ni l'un ni l'autre n'ont d'entrée correspondant aux sous-espèces (d'ailleurs dans l'article en question les liens CITES et UICN pointent sur l'espèce).
Ma question : que faire en ce cas là ? Est-ce qu'on laisse ces infos CITES/UICN qui pointent sur l'espèce (par ailleurs l'article sur l'espèce existe et contient déjà ces infos) ou est-ce qu'on supprime ces modèles ?

Cordialement, Hexasoft (discuter) 11 mai 2015 à 22:33 (CEST) l'article est Aonyx capensis hindei, mais j'en ai au moins un autre

 Hexasoft Cela laisse entendre que chaque ssp aurait un statut UICN distinct. Àmha faut virer. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 12 mai 2015 à 14:36 (CEST)

C'est également mon opinion. Comme vous vous en doutez ceci est en rapport avec mon bot. Je suis toutes ses modifications et chaque fois qu'un cas qu'il ne comprend pas se présente je tente de voir s'il est possible de dégager une règle qu'il puisse comprendre lui permettant d'agir.

Actuellement par exemple il supprime CITES/UICN pour les taxons >= au genre (puisque ces entités ne gèrent que les espèces). Je peux donc facilement étendre ça à ce genre de cas, mais je préfère valider avec les biologistes d'abord. D'une certaine façon une ssp est incluse dans son espèce et « hérite » donc de son statut UICN/CITES. Mais ça me semble redondant avec l'article d'espèce. Cordialement, Hexasoft (discuter) 12 mai 2015 à 15:44 (CEST)

D'accord avec Salix. Rien n'empêche de préciser le statut UICN de l'espèce dans le texte et d'expliquer en quoi cela affecte la sous-espèce, mais dans la taxobox ne doivent être présentes que des données vraies. Cordialement. — PurpleHz, le 12 mai 2015 à 16:12 (CEST)

je me suis souvenu de ça ; Cercocebus atys, modèle vue préalablement sur d'autre page, comment dois-je la reprendre ?? Amicalement cedricguppy. 12 mai 2015 à 16:36 (CEST)

Ah là c'est différent ! Il y a une information spécifique pour cette sous-espèce.

Ceci dit le modèle n'est pas adapté : en effet il s'agit de l'article sur l'espèce, et donc la taxobox sur l'espèce. Le modèle {{Taxobox UICN}} ne devrait donc pas être présent pour la ssp (et par ailleurs dans ce cas il faudrait utiliser le 3ème champs du modèle pour préciser qu'il s'applique à la ssp, sinon on ne comprend pas !).

Soit la ssp a un article dédié et ceci doit aller dessus soit ce n'est pas le cas et il faut 1. retirer ce modèle de la taxobox et 2. ajouter l'info spécifique à cette ssp dans la section "Sous-espèces".

Ici la ssp n'a pas d'article donc cas (2). Il semble d'ailleurs malvenu de créer un tel article puisque les sources ne sont pas d'accord sur l'existence de cette ssp. Il faudrait toutefois probablement créer une redirection depuis Cercocebus atys lunulatus vers l'article.

En apparté UICN utilise la notation « Cercocebus atys ssp. lunulatus » qui à ma connaissance n'est pas une notation valide pour une sous-espèce en zoologie… C'est quand même dommage… Cordialement, Hexasoft (discuter) 12 mai 2015 à 16:44 (CEST)

• Les zoos et aquarium du MNHN de Paris sensibilise le grand public par l'intermédiaire de descriptif précisant le statut IUCN, il est donc pas impossible qu'une seul page internet soit utilisé dans la rédaction ; l'appellation spp. est mentionné au pied de l'enclos Cercocebus atys ssp. lunulatus de la Ménagerie du Jardin des Plantes. Amicalement cedricguppy. 12 mai 2015 à 17:33 (CEST)
• Pour la création de la page, j’ai pris soins de bien stipuler le statut de l'espèce (ou ssp).

Avec tout le respect que je peux avoir pour les zoos et aquariums du MNHN (que j'ai visité il y a 2 semaines, d'ailleurs) il n'en reste pas moins que les noms scientifiques sont normalisés par l'ICZN, et qu'autant que je sache − contrairement à la botanique − une sous-espèce est notée en zoologie par son trinome, sans ajout d'un ssp..

Pour le statut de sous-espèce je parlais du modèle {{Taxobox UICN}}. Il convient de le préciser dans le 3ème paramètre, par exemple avec : {{Taxobox UICN | <statut> | <critère> | nom de la sous-espèce}}. En l'occurrence ici {{Taxobox UICN | EN | | ''Cercocebus atys'' ssp. ''lunulatus'' }} (ou Cercocebus atys lunulatus). Hexasoft (discuter) 12 mai 2015 à 17:44 (CEST)

Bilan provisoire de mon bot

Hello,
mon bot frise les 10% d'articles biologiques (avec une taxobox) traités (des fois je reviens en arrière pour valider des modifications).
10% c'est l'occasion de faire un petit bilan. Sur ces presque 9000 articles traités :

• presque 10% (de ces 10%) ont nécessité une retouche du titre taxobox (qui n'était pas le nom scientifique)
• presque 5% (de ces 10%) ont nécessité la suppression de la légende car c'était le nom scientifique (précision inutile : la légende doit

être descriptive de l'image)

• presque 2.5% (…) ont nécessité l'ajout d'un sous-titre : titré en nom vernaculaire, le sous-titre en nom scientifique n'a pas à ma connaissance d'opposition. Notez toutefois que dans le lot il y a quelques articles où il ne fallait pas de sous-titre : c'était le nom scientifique dans la taxobox qui était erroné.

Ensuite on tombe entre 1 et 2% (de ces 10%) dont les modifications sont plus importantes : ajout ou mise à jour de (Taxobox) UICN, CITES, CITES fr ou COI.
Le reste est très limité : création de redirects manquants (taxobox gigogne), ajout du paramètre "éteint=oui", nettoyage de nom scientifique (mise en forme résiduelle, formatage lang=la…), typos…

Mon bot indique également divers problèmes (potentiels) comme des incohérences rang/nom scientifique (une 30aine de cas avérés), la présence de références dans le champs "auteurs" (une 10aine de cas).

Il faut toutefois préciser que comme mon bot évolue en permanence ces statistiques sont approximatives : des cas erronés détectés ne le sont plus suite à correction, d'autres le sont maintenant suite à amélioration.

Mais le bilan de tout ça est que la grande majorité (sans doute > à 80%) de nos articles est conforme à nos règles et recommandations éditoriales !

Si je devais tirer quelques conclusions de tout ça, c'est que ce sont surtout les articles sur les taxons éteints qui posent problème : il semble ne pas y avoir une cohérence forte dans les conventions appliquées sur ces taxons (typiquement sur la structuration des taxons gigogne, très fréquents dans ce domaine).
Dans les autres domaines ce sont surtout des corrections mineures ou des mises à jours UICN/CITES/COI (importantes mais qui relèvent du suivi dans le temps plus que de la convention).

Cordialement, Hexasoft (discuter) 12 mai 2015 à 20:05 (CEST)

Merci pour ces retours Hexasoft. Somme toute, on ne fait pas si mal notre travail, simples humains que nous sommes. Mais un peu d'aide de la part d'un bot bien dressé n'est quand même pas de refus . -- Amicalement, Salix ^[Converser] 12 mai 2015 à 21:19 (CEST)

Note que je n'ai jamais douté du bon boulot effectué ici . Entre les divers contributeurs chevronés et les portails/projets actifs un grand champs de vivant est couvert de façon quotidienne !

je pense qu'à terme mon bot sera surtout utile pour le suivi des sources externes (CITES, UICN, COI) − travail ingrat s'il en est − et la gestion des créations de nouveaux, peu au courant de nos conventions.

Il sera sans doute aussi utile lors des changements (ou des adoptions) de conventions, pour répercuter celles-ci dans les articles (par ex. le "éteint=oui" que gère mon bot).

Cordialement, Hexasoft (discuter) 12 mai 2015 à 21:58 (CEST)

Wiki Loves Earth

Bonjour,

On est quasiment à la moitié du concours Wiki Loves Earth. Cela se passe plutôt bien pour le moment, on a plus de 28 000 images importées dont 1103 pour la France (on est en train de se faire rattraper par la Pologne) ; voir outils de stats pour le détails. Par contre, seul un faible pourcentage des photos est utilisés sur les Wikipédias (2 % seulement pour la France !), n'hésitez pas à utiliser et ré-utiliser ces photos voire à participer vous-même.

Cdlt, Vigneron * ^discut. 13 mai 2015 à 16:38 (CEST)

D'un autre coté c'est normal pour le taux d'utilisation des images : on ne peut pas tout mettre dans les articles . Par ex. Château de Ranrouët a 5 photos et 1 panorama (ce qui est très bien par rapport à la taille de l'article), alors qu'il y en a 67 disponibles sur WLE2015 ! Cordialement, Hexasoft (discuter) 13 mai 2015 à 16:51 (CEST)

En France, la présence de Parcs naturels régionaux dans les zones couvertes fait qu'il est possible d'importer des images qui n'ont qu'un lointain rapport avec, je cite, "des zones naturelles protégées". Je trouve que c'est un peu dommage de voir apparaître des photos d'agglomérations ou de bâtiments parmi des belles images de nature. Pmau (discuter) 13 mai 2015 à 18:36 (CEST)

@Pmau : je comprends parfaitement ton point de vue mais je serais plus nuance/optimiste. La nature, pour le meilleur et pour le pire, ce n’est pas 100 % naturel (plus depuis 3-4 dizaines de miliers d’années mais c’est un autre débat). Certains aménagements ou au contraires empiètements ont un intérêt documentaire que me semble important (c’est notamment pour cela que l’équipe a choisi File:Camargue industrielle.jpg comme coup de cœur pour montrer que la nature c’est n’est pas toujours rose vert). Après, ces photos ne répondent pas vraiment aux objectifs du concours et ne gagneront probablement pas de prix mais c’est tout de même un apport utile à la connaissance libre.

@Hexasoft : que l’on ne soit pas à 100 % de réutilisation, on est d’accord que c’est normal. Mais être à 2 % c’est quand même très bas. À la louche et très personnellement, j’espère 10 à 20 % de réutilisation. Pour l’exemple de Ranrouët, celui-ci était déjà bien fournie en illustration avant le concours (notamment grâce à WLM ). Pour d’autres zones, on avait très peu voir pas du tout de photos avant WLE. Par exemple, le commons:Category:Col de Peyruergue, on est passé de 0 à 8. Cela peut-être l’occasion de créer l’article ou d’illustrer un article annexe (comme 14e étape du Tour de France 2006 ou Saint-Auban-sur-l'Ouvèze#Relief). Bref, le concours fourni des photos, à la communauté de s’en emparer (ou pas) ensuite (voir de participer à l’élaboration et l’amélioration du concours WLE 2016 ).

Cdlt, Vigneron * ^discut. 14 mai 2015 à 14:40 (CEST)

@VIGNERON : J'étais sans doute un peu provoc dans mon propos. La nature n'est évidemment pas que verte. Je comprends parfaitement l'intérêt des images ajoutées pour WP. Pour la réutilisation, je m'y colle dès la fin du concours... Pmau (discuter) 14 mai 2015 à 19:47 (CEST)

Mes 10 ans

Hello amis biologistes,
je me suis rendu compte il y a peu qu'à la rentrée (scolaire) je vais atteindre l'âge vénérable de 10 ans de présence sur wikipédia !
Je me disais que − pour ceux qui peuvent − ça me ferait bien plaisir de rencontrer les wikibiologistes qui le peuvent à cette occasion. À part Totodu74 la seule autre wikibiologiste que j'ai rencontré (il me semble, mes excuses si je zappe quelqu'un) c'est Valérie75 (eh oui, je suis un vieux !).

Comme je sais que ce genre de chose n'est pas toujours facile à organiser je préfère m'y prendre à l'avance et voir ce qui peut se faire. Vous le savez sans doute, je suis lyonnais, mais j'ai quand même une certaine lattitude à me déplacer (et donc un métier qui me laisse de la liberté). Si on peut organiser à cette période quelque chose sur la région je suis prêt à mettre les petits plats dans les grands !

J'ai créé Utilisateur:Hexasoft/Mes 10 ans : n'hésitez-pas à y venir pour en discuter. D'ailleurs si quelqu'un a moyen de contacter Valérie75, c'est un peu ma mentor wikibiologiste….

Cordialement, Hexasoft (discuter) 16 mai 2015 à 00:17 (CEST)

Bdelloida / Bdelloidea

Hello,
on a deux articles de nom similaire : Bdelloida et Bdelloidea. Le premier « une sous-classe de l'embranchement des rotifères », le second « une super-famille d'acariens ».
Sauf que le premier bien que titré Bdelloida parle dans la taxobox et le corps de l'article des Bdelloidea. J'ai d'abord cru a une typo de titre, puis qu'il fallait une fusion (vu que les deux existent), mais c'est visiblement plus compliqué que ça…

Aide bienvenue. Cordialement, Hexasoft (discuter) 16 mai 2015 à 11:45 (CEST)

Il y a en effet homonymie de noms scientifiques. Ama : quand, en 2012, hubertpivert (d · c · b) a voulu créer 'Bdelloidea' la sous-classe de rotifères, il n'a pas pu car l'emplacement été déjà occupé par la super-famille de mites. Alors il a créé l'article Bdelloida, qui est le nom d'une classe de rotifères qui a été synonymisée avec la sous-classe 'Bdelloidea'. Il faut donc décider si l'un des 'Bdelloidea' l'emporte sur l'autre (wp-en a la sous-classe de rotifères sur l'emplacement en:Bdelloidea) et sinon déplacer les pages et créer une page d'homonymie. Cordialement. — PurpleHz, le 16 mai 2015 à 13:29 (CEST)

À mon avis le plus simple serait de déplacer les deux pages vers Bdelloidea (Rotifera) et Bdelloidea (Acari). — Tinm, le 16 mai 2015 à 21:53 (CEST)

+1 avec Tinm, sauf que je préfèrerais Bdelloidea (rotifères) et Bdelloidea (acariens) pour offrir un zeste de français comme repère pour nos lecteurs, puisque ces termes existent dans le CNRTL . -- Amicalement, Salix ^[Converser] 16 mai 2015 à 22:14 (CEST)

Pour respecter les règles sur l'utilisation des parenthèses dans les titres d'articles, il faudrait en effet aussi une page d'homonymie Bdelloidea . - Cordialement, Cymbella (discuter chez moi) - 16 mai 2015 à 23:07 (CEST)

D'accord avec Salix et Cymella. — Tinm, le 16 mai 2015 à 23:37 (CEST)

Encore des problèmes à résoudre

Encore moi ,
D'autres problèmes remontés par mon bot :

• article Blattaria mais la taxobox et l'intro parle de Blattodea, dont l'article existe déjà
• article Blastocladiomycota qui est gigogne : division+classe+ordre. Il ne pointe pas sur le plus précis. Quel est l'usage ? Comme pour le reste (renommer en Blastocladiales, à savoir l'ordre) ?

En fait je trouve la plupart des problèmes dans Utilisateur:Hexasoft/Bot UICN/logs-sst à savoir la liste des articles où mon bot a ajouté un sous-titre. Lorsqu'un sous-titre est ajouté alors que le titre de l'article semble clairement être un nom scientifique c'est généralement signe d'un problème de taxobox ou de taxon gigogne.

Note : quand la correction est évidente ou que je connais un peu le domaine je traite, mais parfois je préfère demander plutôt que de faire des bêtises.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 16 mai 2015 à 14:01 (CEST)

Taxons gigognes : après le titre, les sous-titres

Comme suite à la discussion qui a eu lieu chez les ornithos, il a été convenu de titrer l'article avec le taxon le plus bas (sauf exceptions dinosauriennes). Se pose maintenant la question de l'opportunité de placer en sous-titre le ou les taxons supérieurs (comme sur Chionis), ou pas. En effet, les sous-titres sont généralement utilisés pour mentionner les noms scientifiques et vernaculaires désignant un même rang de taxon (ex. Arvicola amphibius), or dans le cas des taxons gigognes, il de deux ou trois taxons valides, bien distincts, de rangs différents. Cela pourrait enduire d'erreur nos lecteur . Qu'en pensez-vous ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 19 mai 2015 à 11:33 (CEST)

À noter que mon bot pose effectivement des sous-titres dans ce cas, mais ce n'est pas un choix volontaire ! Pour le bot il faut ajouter un sous-titre si le titre de l'article n'est pas le nom scientifique.

Pour les taxobox gigognes se pose la question de "quel nom scientifique" choisir. En gros lorsqu'il y a plusieurs "taxobox taxon" le bot choisi le rang "officiel" pour l'article (le + bas sauf pour les dinosaures).

J'ai d'ailleurs modifié mon bot récemment : maintenant (pour les cas gigognes) si l'article n'est pas titré avec le nom scientifique il n'ajoute pas de sous-titre si le titre correspond au nom scientifique d'un des autres rangs décrits. En ce cas il crée juste un log pour cette espèce avec « probablement taxobox gigogne erronée ».

Toutefois il paraît intéressant de se poser la question des sous-titres, effectivement.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 19 mai 2015 à 11:47 (CEST)

Pour répondre à la question plus haut : lorsqu'il y a 2 rangs ça peut s'envisager, mais ne risque-t-on pas de surcharger la zone des sous-titres dans certains cas avec beaucoup de rangs (j'en ai vu avec 3 ou 4 rangs gigogne), surtout s'il y a quelques synonymes et/ou quelques noms vernaculaires ?

Au passage j'ai constaté que Sous-titre/Taxon met toujours en italique (pour un nom scientifique), ce qui pose techniquement problème pour un sous-titre scientifique au dessus du genre en zoologie . Cordialement, Hexasoft (discuter) 19 mai 2015 à 12:21 (CEST)

+1 Encore une fois ton bot n'est qu'un révélateur de cas particuliers à problèmes, pas un coupable . Peut-on mettre par exemple une division et une classe en sous-titre après avoir renommé avec le nom de l'ordre (le plus bas) dans l'article Blastocladiomycota, quel que soit le titre choisi ? Au moins, tout est en italiques en botanique, mais en zoologie on a effectivement un problème de typo, par exemple pour Dinolestes lewini. Au passage,  Hexasoft y a-t-il un moyen de catégoriser ou de lister les taxobox-gigognes parmi les cas de monotypisme (categories cachées), dans l'idéal par nombre d'empilement ? Ou alors par niveau de monotypisme, sachant qu'on a déjà par exemple une Catégorie:Genre de poisson monotypique (categorie visible). -- Amicalement, Salix ^[Converser] 19 mai 2015 à 12:42 (CEST)

C'est une bonne question ! Avant mon renommage de l'article Chionis, le sous-titre de la page était 'Chionis' (inséré par Hexabot), après le renommage j'ai mis à la place de nom de l'autre taxon gigogne, sans réfléchir au fait que ce soit opportun ou pas.

Je n'ai pas d'avis sur la question. — PurpleHz, le 19 mai 2015 à 13:52 (CEST)

La question me semble complexe.

Pour les sous-titres utilisés dans le cas d'un taxon unique, ceux-ci représentent en fait d'autres appellations de la même entité/concept.

Dans le cas d'une taxobox gigogne on a plusieurs entités (de rang et de nom différents) qu'on a choisi de représenter par un seul article dans la mesure où la quasi-totalité des informations sont identiques comme la répartition, la description… (mais pas toutes, par exemple les références externes existent en général pour chaque entité).

Dans ce dernier cas le sous-titre prend alors le sens d'une liste d'entités abordées, et non pas « simplement » d'une liste d'appellation pour une même entité. Et bien sûr ces deux cas peuvent se combiner si on a (par ex.) un genre + une espèce, cette dernière ayant un ou plusieurs noms vernaculaires.

Bref, pas simple. Cordialement, Hexasoft (discuter) 19 mai 2015 à 17:07 (CEST)

Je pencherais pour laisser un lien rouge dans l'intro/taxobox, et pas de sous-titre. — Tinm, le 19 mai 2015 à 18:26 (CEST)

p.s. Cela dit au fond le problème est qu'une entrée encyclopédique est supposée n'avoir qu'un sujet.

Choisir toujours le nom du rang le plus bas n'est pas toujours pertinent je pense. Par exemple l'embranchement Chaetognatha ne contient qu'une seule classe, Sagittoidea, dont le nom est bien moins connu que celui de l'embranchement. Il y a plein d'autres exemples du même genre... Iossif63 (discuter) 19 mai 2015 à 18:53 (CEST)

C'est la réflexion que je me faisais aussi en demandant le renommage de Dipnoi dont le terme est plus proche de dipneustes, mais la taxobox traite des Ceratodontimorpha. En fait les taxons gigogne c'est plus chi... qu'autre chose, pour un gain de place discutable au regard des complications au niveau des titres, des sous-titres, des références, de la de catégorisation, des interwikis, du manque souplesse en cas de recomposition de la classification, etc. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 19 mai 2015 à 23:58 (CEST)

@Salix : c'est vrai que par certains coté c'est pénible les gigognes. D'un autre coté il faut reconnaître qu'il n'y a quasi-rien à dire sur l'un des deux (ou plus). « XXX est un YYY du ZZZ des WWW. Il contient uniquement le taxon AAA. » (plus, avec de la chance, quelques liens externes). Par ailleurs le concept de taxon monotypique est typiquement (huhu) artificiel et ne sert qu'à éviter d'avoir une espèce directement dans une famille voire un ordre (déjà même le nommage des espèces impose d'avoir un genre !)…

@Iossif63 : hmmm… « bien moins connu » ça dépend. Moi je n'ai jamais entendu parlé ni de l'un ni de l'autre .

Je suis d'accord avec Tinm sur le fait qu'une entrée ne devrait ceci dit aborder qu'un concept. Bon, ceci dit, à la base, wikipédia n'a pas été pensé pour le fait qu'un même concept puisse avoir plusieurs noms (d'où les sous-titres, assez récents et qui sont un bricolage : on ne peut pas les voir sans javascript il me semble).

Cordialement, Hexasoft (discuter) 20 mai 2015 à 00:09 (CEST)

 Hexasoft C'est sûr qu'il n'aurait pas grand chose à dire sur Dipnoi tout seul, mais quand même : une taxobox, un ou plusieurs auteurs, un sous-taxon, peut-être un historique de la classification, une publi. originale, une palanquée de références taxinomiques... C'est déjà largement autant que pour une quelconque rue de Paris ou la nème comète, pour donner dans l'argumentation Pikachu. Ce type de sujet dont la notoriéré auprès du grand public serait très douteuse se révèle en revanche incontestable notable, dans la rubrique almanach : bien répertorié, sourcé et durable. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 20 mai 2015 à 00:56 (CEST)

 Salix : note bien que je ne suis pas opposé à la suppression des taxobox gigogne ! Et même d'un point de vue pratique ça simplifierait la vie des rédacteurs occasionnels : si une espèce apparaît (par ex.) dans un genre monotypique il n'y a qu'à ajouter une ligne au lieu de changer la redirection en article. Et personnellement ça simplifierait le code de mon bot !

C'est juste que leur existence étant (pour le moment) clairement actée je cherche à « normaliser » un minimum leur gestion, puisqu'on trouve clairement de tout, à savoir lequel des taxons gigognes doit être choisi comme titre.

Le choix « du plus connu » me paraît difficile : bien malin celui qui trouvera une source secondaire indiquant que tel taxon est plus connu que tel autre.

Il reste je pense les choix de titrer sur tel rang, sur le plus haut ou sur le plus bas (éventuellement avec une convention différente selon les domaines).

Mon idée de « toujours le plus bas » est surtout inspiré du fait que quand une gigogne contient une espèce il me semble plus logique de titrer avec le nom de l'espèce (on peut croiser une espèce, plus difficilement un genre ).

Cordialement, Hexasoft (discuter) 23 mai 2015 à 13:03 (CEST)

┌─────────────────────────────────────────────────┘
 Hexasoft, PurpleHz et Iossif63 Boujour à tous. Puisque gigognes il y a... Après avoir effectué quelques renommages d'articles vers le taxon le plus bas, et trituré l'intro en conséquence, je me demande si la meilleure solution ne consisterait pas, par défaut, à renommer toujours vers le plus haut (l'ensemble le plus vaste) sauf si la taxobox contient le rang espèce (à l'exclusion des dinos). De cette manière on aurait je pense des articles plus logiques et cela limiterait probablement le nombre de renommages pour changement de classification. Qu'en pensez-vous ? @ Hexasoft : est-ce gérable par ton bot ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 25 mai 2015 à 11:38 (CEST)

 Salix Oui ça peut être une solution. Clairement je n'ai pas vraiment d'avis quand une espèce n'est pas impliquée dans l'affaire : ce sont deux (ou plus) boîtes de rangement excessivement arbitraires. Pratiques, mais arbitraires .

Pour mon bot pas de soucis, il est adaptable, du moment qu'il existe une règle dont toutes les conditions sont extractibles de l'article (donc que le bot a toutes les billes en main pour déduire ce qu'il faut faire). Cordialement, Hexasoft (discuter) 25 mai 2015 à 20:36 (CEST)

La question du titre des articles gigognes est plus difficile à traiter qu'il n'y paraît. Par exemple, prenons un genre (non monotypique) aujourd'hui dans une famille monotypique mais qui a été baladé dans différentes familles au gré des siècles/classifications etc. Il est, àma, plus logique de nommer l'article d'après le genre que d'après la famille (qui elle peut avoir été « remise en service » il y a peu). Cordialement. — PurpleHz, le 25 mai 2015 à 22:25 (CEST)

Je suis d'accord, ce n'est pas si simple. A l'inverse, prenons l'exemple des Dermoptera évoqués un peu plus bas. Notre convention de titrer avec le plus bas conduirait à renommer en Cynocephalus, sauf que... l'une des deux espèces a été récement déplacée dans un genre distinct et son épithète varie en plus selon les bases entre variegates et variegatus. Dans ce cas, Dermoptera reste encore le meilleur titre pour ce groupe. Ou alors faut-il faire comme de.wp et en.wp et laisser tomber le latin ? Arf, ce n'est pas mieux ! Les Dermoptères, étaient aussi des poissons au début du XIXe. Bon, on a déjà un niveau de moins avec les deux bestioles qui font genre à part... sauf que ça nous fait créer deux articles gigognes avec ces genres monotypiques. On n'en sortira jamais  ! Du moins tant qu'on ne désemboîtera pas toutes ces gigognes -- Amicalement, Salix ^[Converser] 25 mai 2015 à 23:46 (CEST)

Hmmm… Je pense à une chose : si on arrêtait les gigognes ça simplifierait certains cas, mais ça en poserait d'autres : s'il existe un nom vernaculaire, qui du genre monotypique ou de l'espèce qu'il contient reçoit le "nom" et l'autre juste un titre scientifique Hexasoft (discuter) 29 mai 2015 à 16:07 (CEST)

 Hexasoft Tu as déjà vu un genre dans un champ ou dans un arbre, toi  ? Surtout s'il est monospécifique  ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 29 mai 2015 à 19:57 (CEST)

 Salix non, jamais . Disons que théoriquement (parce qu'en pratique…) seuls les taxons inf. ou égal au genre devraient être titrés vernaculaire. Donc ça ne concerne que ces cas.

Mais mon propos était un poil facécieux . Disons juste que si on abandonne les taxobox gigognes on garde quand même l'idée que le taxon le plus précis est le "porteur" de la "réalité", le seul cas pratique (en théorie, toujours, vu qu'en pratique…) étant l'espèce+1 ou N au dessus, lorsqu'il y a nom vernaculaire.

Je précise (encore une fois) que je ne suis pas du tout opposé à l'abandon des gigognes : ça évite de se poser des questions, même si le contenu peut être un peu "faible" dans pas mal de cas, et un peu artificiel aussi. Hexasoft (discuter) 29 mai 2015 à 20:07 (CEST)

 Hexasoft En botanique c'est principalement la famille qui sert de repère à peu près stable. En zoologie aussi, dans une certaine mesure, mais l'espèce conserve, me semble-t-il, plus de poids. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 29 mai 2015 à 20:23 (CEST)

┌─────────────────────────────────────────────────┘
J'aime bien les choses simples donc en principe je suis plutôt pour la suppression des gigognes, si on arrive à se mettre d'accord sur des recommandations d'écriture. Le cas où un taxon supérieur ne comprend qu'une espèce est le plus simple, pour le reste... Quels sont les exemples ? — Tinm, le 30 mai 2015 à 17:04 (CEST)

p.s. Ont déjà été mentionnés : Chionis, pour lequel traiter le genre est le plus pertinent ; Chaetognatha-Sagittoidea, pour lequel je trouve aussi le choix pertinent, et enfin Blastocladiales pour lequel il y a clairement un problème de rédaction. À mon avis ce qui est important est de traiter le sujet selon un point de vue fixe tout au long de l'article, et par conséquent il faut choisir le niveau taxonomique qui s'y prête le mieux. (En d'autres termes, c'est ce que devraient refléter les recommandations ) — Tinm, le 30 mai 2015 à 17:17 (CEST)

la difficulté est toujours la même sur WP : quel critère objectif, c'est-à-dire basé sur des sources, permet de définir ce qui est pertinent ? Lorsque − par exemple − un ordre ne contient qu'une famille qui ne contient qu'un genre comment définir la pertinence ?

Il faut reconnaître que l'intérêt de renoncer aux gigognes c'est que la question ne se pose plus : si un taxon (monotypique ou pas) est sourcé il existe et c'est tout.

Dans ce cas de figure la seule question qui peut se poser est (à mon sens) : s'il y a possibilité de nom vernaculaire lequel des taxons doit le porter ?

Après il peut y avoir des exceptions : il semble qu'en paléontologie il y ait création d'une espèce « à chaque bout d'os trouvé » (ce n'est pas de moi ) et donc que seul le genre soit « pertinent ». Comme ce n'est pas mon domaine je ne saurai faire d'analyse à ce propos. Cordialement, Hexasoft (discuter) 30 mai 2015 à 17:26 (CEST)

Note : si tu cherches des exemples il y en a des dizaines. Si tu cherches « probablement taxobox gigogne avec erreurs » sur la page Utilisateur:Hexasoft/Bot UICN/logs-err tu trouveras des articles gigognes où le titre ne correspond pas au taxon le plus bas (il y en a plein d'autres ou c'est le cas, comme par exemple Aeluroscalabotes felinus dans mon domaine). Hexasoft (discuter) 30 mai 2015 à 17:26 (CEST)

Je vais jeter un coup d'œil à tout ça. — Tinm, le 30 mai 2015 à 17:52 (CEST)

Incertae sedis

Bonjour,
suite à des discussions j'ai créé sur le modèle du paramètre "éteint=oui" le paramètre "incertae sedis=oui" pour {{Taxobox taxon}}.
Il a fort logiquement pour rôle d'indiquer que le taxon décrit a un classement taxinomique « flou » (c'est du test, dans des modèles distincts, actuellement).
À l'origine mon problème est le suivant : dans le domaine concerné au moins il semble que la notation pour un taxon incertae sedis de rang espèce soit « "Genre" espece », les guillemets étant là pour indiquer qu'il ne faut pas la considérer comme classée dans le genre en question. Ayant trouvé des taxobox avec cette notation dans "Taxobox taxon" j'ai constaté que ça avait des effets génant, en particulier l'incapacité pour le modèle à passer le titre de l'article correctement en italique.

Tel que je l'ai créé l'effet de ce paramètre est le suivant :

• il ajoute avant le nom scientifique : Incertae sedis
• il ajoute des " autour du premier mot constituant le nom scientifique, lors de l'affichage.

Mes questions :

• considérez-vous comme intéressant d'avoir un tel paramètre pour indiquer cet état ? (pour mémoire il existe actuellement "éteint" et "obsolète" (+ nouveau nom) à ce niveau)
• si oui quelle(s) information(s) afficher à ce niveau ?
  • aucune (c'est juste une information sématique)
  • l'ajout d'une information au niveau du nom scientifique (incertae sedis, autre ?) et placée où ?
  • la modification du nom scientifique lui-même (ajout de " autour du genre, autre ? selon les groupes biologiques ?)

Vous pouvez voir un exemple ici : Bufo panamensis (regarder le code de taxobox taxon)

Cordialement, Hexasoft (discuter) 19 mai 2015 à 17:16 (CEST)

Pour Oui le paramètre incertae sedis parait utile. Il peut être placé avant le nom du taxon comme fait pour l'article Bufo panamensis.  Hexasoft : Où cela se complique, c'est comme toujours avec les taxons fossiles! Voir mon essai sur Fasolasuchus. Un défi de plus pour toi! Bonne journée--Hibolites (discuter) 19 mai 2015 à 17:36 (CEST)

Pour la création de quelques tilapia entre deux chaises également, on se doit donc de créé les pages normalement et seulement dans le texte et taxobox inséré les guillemets?! Amicalement cedricguppy. 19 mai 2015 à 17:49 (CEST)

Certaines personnes risquent de penser que les guillemets font partie du nom scientifique, il vaudrait mieux les remplacer par un (?) après le nom de genre à mon avis, et donner obligatoirement les combinaisons concurrentes. Iossif63 (discuter) 19 mai 2015 à 18:45 (CEST)

Comme je l'ai dit « il me semble » que la notation est comme je l'ai fait : en tout cas c'est comme ça que ça semble se faire dans le domaine où j'ai rencontré ce cas.

Après je n'ai pas de préférence ni d'a priori n'ayant jamais croisé le cas. Quoi qu'il en soit c'est à mon sens l'usage qui doit primer (sauf existence de règles chez ICZN et autres).

Pour les combinaisons concurentes pas certain qu'il y en ait systématiquement. Cordialement, Hexasoft (discuter) 19 mai 2015 à 19:05 (CEST)

 Hibolites : hello. Tu dis que ça se complique pour les fossiles. Peux-tu me dire quel est le problème ?
À noter qu'actuellement dans mon test ça ajoute des guillemets autour du premier mot, même s'il n'y en a qu'un (comme ici). Comme je ne connais pas l'usage je ne sais pas si c'est bien. En effet écrire « "Fasolasuchus" tenax » paraît important car on voit bien qu'il ne faut pas croire que l'espèce est dans le genre, mais dans le cas d'un genre (ou au dessus) le fait de savoir qu'il est incertae sedis peut être considéré comme suffisant.
Cordialement, Hexasoft (discuter) 19 mai 2015 à 19:01 (CEST)

 Hexasoft : Ce qui se complique dans l'exemple Fasolasuchus, c'est que le code «  Taxobox taxon | animal | genre | "Fasolasuchus" | Bonaparte, 1981 | éteint=oui | incertae sedis=oui » ne fait apparaître que le paramètre « éteint » dans la taxobox et pas « incertae sedis ». Cordialement,--Hibolites (discuter) 19 mai 2015 à 20:33 (CEST)

 Hibolites : ben oui, j'ai dit que c'était dans un modèle de test . J'ai remplacé "taxobox taxon" par "User:Hexasoft/Taxobox taxon4" et ça marche (et viré les " qui sont ajoutés automatiquement). Comme les modèles taxobox sont très utilisés j'évite de faire mes tests et aussi de les modifier tant qu'on ne s'est pas mis d'accord (ça charge les serveurs pour rien). Cordialement, Hexasoft (discuter) 19 mai 2015 à 21:05 (CEST)

Merci Hexasoft--Hibolites (discuter) 19 mai 2015 à 21:10 (CEST)

Quelle est la bonne raison pour avoir un genre seul en italiques ? Autant je comprends pour une espèce temporairement placée dans Bufo tout en sachant qu'il faudra éclaircir sa position, autant pour Fasolasuchus ça ne me semble pass avoir de sens… Totodu74 (devesar…) 19 mai 2015 à 22:04 (CEST)

 Totodu74, NicolasMachiavel et Poleta33 : ajout de notification à Totodu74, ainsi qu'aux contributeurs à l'origine de la question Hexasoft (discuter) 19 mai 2015 à 22:57 (CEST)

Par « un seul genre en italiques » tu veux dire je présume « un genre seul entre guillemets » non  ?

Si c'est bien ça j'ai effectivement indiqué quelque part que la question se posait quand le nom scientifique n'a qu'un seul terme : si on sait qu'il est incertae sedis c'est bon, alors que pour une espèce on peut faussement déduire qu'elle est dans le genre.

Ne connaissant pas les usages à ce propos j'ai laissé en l'état, mais il est assez simple de ne pas faire l'ajout des guillemets s'il n'y a qu'un seul terme. Cordialement, Hexasoft (discuter) 19 mai 2015 à 22:12 (CEST)

→ j'ai modifié le module de test : maintenant il ne met pas les " si le nom scientifique n'a qu'un terme. À noter (convention dans ce cas ?) qu'en cas de sous-espèce seul encore une fois le genre serait entre ". Cordialement, Hexasoft (discuter) 19 mai 2015 à 22:48 (CEST)

┌─────────────────────────────────────────────────┘

Il y a quelque chose que je ne comprends par à propos de Fasolasuchus. Si son placement taxonomique au niveau de la famille est incertain, pourquoi voulez-vous mettre des guillemets au genre ? Ne vaudrait-il pas mieux faire comme dans Paruline aux yeux rouges ? Cordialement. — PurpleHz, le 20 mai 2015 à 01:44 (CEST)

J'ai jamais vu les guillemets, je ne sais vraiment pas quoi en penser. La wikipédia anglaise ne précise rien sur sa page Incertae sedis. Je lis via google que cette convention typographique indique que l'affiliation au genre est incertaine (comme pour Bufo panamensis, qui semble d'ailleurs avoir bougé depuis). Or ça ne correspond pas du tout à la situation des espèces incertae sedis, pour lesquelles le genre est le plus souvent créé en même temps que l'espèce et ne fait pas débat, mais qui ne sont pas placées dans une famille par exemple. Donc a priori je suis pour un paramètre incertae sedis (edit: a posteriori je suis Contre...) mais Contre l'association avec les guillemets. D'autre part la mention incertae sedis a peut être plus sa place sous le dernier rang supérieur fourni (typiquement sous l'ordre je suppose) que dans la partie « nom binomial ». — Tinm, le 20 mai 2015 à 04:35 (CEST)

P.p.s. Ah, mais il y a des cas comme Lactarius deliciosus (c'est l'exemple donné par Incertae sedis). Incertae sedis s'entend à un niveau taxonomique particulier. On pourrait avoir :

Pour Lactarius deliciosus :

...

Division Basidiomycètes

Classe Agaricomycetes i.s.

Ordre Russulales

...

Pour (en)Paradinandra (l'ordre est donné, rien en dessous) :

Règne Plantae

Division Magnoliophyta

Ordre Ericales i.s.

(fin classif)

Ou alors on rajoute systématiquement les rangs intermédiaires pour lesquels on veut préciser qu'un taxon est Incertae sedis, mais au fond ça revient presque au même, et dans tous les cas ce sera une véritable horreur à maintenir. Même à grands coups de bot. Aussi au final je pense que le mieux serait de simplement omettre les rangs incertae sedis dans la taxobox, et de donner la précision dans l'article du taxon directement concerné (Russulales dans le cas de Lactarius deliciosus).

Tinm, le 20 mai 2015 à 04:50 (CEST)

C'est ce que j'ai aussi compris, et je suis aussi contre. Par contre je suis pour indiquer qu'un rang est incertae sedis dans la taxobox. Si on l'omet, il y aura toujours quelqu'un pour en ajouter un qui sera, du coup, certainement faux. Un paramètre |IS=oui suffirait pour afficher la mention, avec éventuellement apparition dans une catégorie cachée pour la maintenance. Cordialement. — PurpleHz, le 20 mai 2015 à 13:10 (CEST)

coucou

on pourrait aussi mettre les guillemets sur le modele {{Taxobox début}} ?.... ++ Poleta33 (discuter) 20 mai 2015 à 10:04 (CEST)

Note :

je pense qu'il faut clairement différencier l'ajout sémantique « taxon de classification incertaine » de l'aspect « esthétique » de cette information et de l'aspect « classification (au dessus) d'un taxon incertain ».

Sur la classification je suis d'accord avec plus haut : la classification haute ne doit présenter que les taxons clairement attribués. Ou, dans le cas d'un genre (toute espèce ayant un genre de part son nom) avec la cible « incertae cedis ».

Pour l'aspect esthétique il me semble effectivement que ça ne doit pas avoir d'effet sur le nom scientifique sauf dans le cas spécifiques de l'espèce (toujours parce que le genre est visible dans le nom de l'espèce), puisque savoir qu'il est incertain est suffisant (mettre des " autour d'un NS si on a déjà écrit "incertae sedis" au dessus semble redondant). Pour le taxon décrit la mention « incertae sedis » me semble pertinente aussi : au même titre qu'un taxon obsolète ou éteint on indique par une notation quelconque un statut particulier.

Pour l'aspect sémantique ça me semble pertinent, surtout si on envisage qu'à terme tout ou partie de ces données sera centralisé (sur wikidata ?) → le remplissage de ces champs sera automatique.

@Poleta33 : mettre les guillemets sur "taxobox début" bof : les infos d'un taxon sont portés par "taxobox taxon". C'est une contrainte de nos modèles modulaires (pas de données globales…). Par ex. que mettre dans "taxobox début" pour une taxobox gigogne ? (sauf à décider qu'on abondonne ces constructions.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 20 mai 2015 à 19:56 (CEST)

Bonsoir à tous. @Hexasoft D'une part, on constate déjà trop souvent que nos lecteurs ne comprennent pas grand chose aux subtilités des italiques zoologie/botanique, aux parenthèses, ou pas, des auteurs ou bien encore aux guillemets simples pour désigner les cultivars, donc je pense qu'il est superfétatoire d'ajouter des guillemets doubles quand la simple mention Incertae sedis à côté, ou à la place, apparaît suffisante. D'autre part, un taxon incertain ne mérite probablement pas un article au regard des critères d'admissibilité de Wikipédia, donc pas de titre de taxobox, mais simplement une mention dans la liste des sous-taxons du rang supérieur, en attendant que des recherches confirment ou non ce choix, non ? Ou peut-être qu'en attendant, si des sources attestent la notoriété de la créature concernée, on pourrait lui substituer le dernier synonyme valide ou un nom vernaculaire utilisable en titre ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 21 mai 2015 à 22:48 (CEST)

 Salix : j'ai tendance à considérer que la taxobox est plutôt ciblée pour les « connaisseurs » (la plupart des lecteurs ne sachant même pas ce qu'est un sous-ordre ou une super-famille, ou même tout simplement un nom binomial). En ce sens je tends personnellement à lui préférer la précision.

Je ne suis pas partisan de ne pas mettre de "taxobox taxon" dans une taxobox : c'est à mon sens le cœur de la taxobox à savoir le taxon décrit (si on ne met pas de taxobox taxon, autant ne pas mettre de taxobox, non ?).

Ceci dit il me semble que la majorité des incertae sedis que j'ai rencontré correspondent à des espèces « déclassées » de leur genre sans qu'on ne sache actuellement à quel genre existant (ou à quel nouveau genre à créer) il faut l'attribuer : l'espèce est donc clairement sourcée, c'est juste qu'on ne connait pas à quel genre la rattacher − malgré le fait que son nom d'espèce contient toujours un genre, ce qui est problématique.

Pour ma part je ne suis en rien opposé à considérer que la mention incertae sedis suffit : la notation avec les " peut suffire pour le corps de l'article (après je ne connais pas les usages dans les différents domaines à ce sujet).

Le reste des incertae sedis que j'ai rencontré (en suivant mon bot) correspondent à des fossiles dont même les audacieux paléontologues n'ont pas réussi à définir une position .

Il me semble que le fond de cet usage des guillemets autour du genre est de bien indiquer que le nom d'espèce utilisé ne doit pas être considéré comme appartenant au genre qu'on lit. Si on l'indique dans la taxobox par Incertae sedis ça me semble suffisant (sans que je sois opposé à l'ajout des ", ceci dit), le reste du texte étant comme toujours à la discretion du rédacteur.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 21 mai 2015 à 23:00 (CEST)

 Hexasoft Pardon de m'être mal exprimée, je voulais dire que si un taxon est flou => pas d'article dédié ou pas de taxobox, par conséquent plus de problème de guillemets dans le titre de la taxobox. En mammalogie je n'ai rencontré que des listes où ces taxons étaient mentionnés sans distinction de typo, mais simplement dans une colonne Incertae sedis (exemple, page 299 de ce document). -- Amicalement, Salix ^[Converser] 21 mai 2015 à 23:26 (CEST)

 Hexasoft : J'ai abordé le sujet plus haut mais au milieu d'un pavé... Est-tu bien sûr du sens que tu donnes à incertae sedis ? D'après ce que je vois, le terme ne s'applique qu'au dessus du genre. Son utilisation dans le cas de Bufo panamensis par exemple, serait erronée/abusive. Je crains que le débat soit posé sur de mauvaises bases. — Tinm, le 21 mai 2015 à 23:45 (CEST)

J'ai trouvé ce document qui donne des règles de typo pour les nomenclatures incertaines : Open nomenclature, by P. Bengtson qui pourra peut-être aider. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 21 mai 2015 à 23:56 (CEST)

Le document ne parle pas de incertae sedis, je suppose pour pour la raison que j'ai donnée. Les conclusions sont en gros que aff. et les guillemets sont utilisés pour décrire un nouveau taxon d'après un nom de taxon existant plutôt qu'en lui donnant un nom, et que cf. et ? sont utilisés de façon plus ou moins interchangeable quand l'affiliation d'un spécimen est incertaine ou provisoire. L'auteur est plutôt contre l'usage des guillemets.

Par ailleurs :

Le code de nomenclature végétale dit : « Species and subdivisions of genera must be assigned to genera, and infraspecific taxa must be assigned to species, because their names are combinations (Art. 21.1, 23.1, and 24.1), but this provision does not preclude the placement of taxa as incertae sedis with regard to ranks higher than genus. » (Les espèces doivent être assignées à des genres mais peuvent être laissées incertae sedis aux rangs supérieurs)

Le code de zoologie dit seulement qu'une espèce incertae sedis ne peut être utilisée comme espèce-type d'un genre. Ce qui suggère que le code pourrait considérer qu'une espèce est incertae sedis au niveau du genre, mais je pense qu'il s'agit ici d'une expression de langage courant plutôt qu'une référence à une convention d'écriture.

Au fond je suis d'accord avec Salix, je pense qu'on coupe les cheveux en quatre parce que Wikipédia ne traite pas des espèces ou fossiles auxquels un seul spécialiste s'est intéressé (Le cas de Bufo panamensis est très significatif, cette espèce n'existe que dans un bouquin de 1801). De plus tout ça n'est pas pertinent vis à vis de l'utilisation de incertae sedis dans les taxobox.

Tinm, le 22 mai 2015 à 01:56 (CEST)

 Tinm : la seule question pour traiter un taxon est l'existence de sources reconnues. Si Bufo panamensis n'en a pas alors effectivement on peut se poser la question de son existence (en tout cas comme taxon, c-à-d avec une taxobox). Mais si un taxon est référencé incertae sedis dans une classification de référence (ex. Bufo pustulosus chez ASW) ce n'est pas à nous de faire ce choix je pense.

Comme je l'ai dit il me semble qu'il faille clairement séparer les choses :

• le concept d'incertae sedis et sa possible intégration dans nos modèles → pour moi oui car certaines classifications suivies comme référence l'utilisent
• l'effet "visuel" éventuel associé à cette information (ajout ou pas de ", ajout d'incertae sedis, autre)
• les éventuelles consignes de rédaction (choix des sources qui conditionnent la reconnaissance du taxon…)

Cordialement, Hexasoft (discuter) 22 mai 2015 à 10:08 (CEST)

Nous abordons les trois questions parce que les articles incriminés relèvent des trois. Que ce soit Bufo panamensis ou Bufo pustulosus, il s'agit d'espèces non seulement incertae sedis mais surtout décrites par les tout premiers naturalistes et pas redocumentées depuis, donc le genre est forcément obsolète, et la question d'un article se pose. ASW est considéré comme une source primaire sur Wikipédia, mais du point de vue d'un scientifique la source primaire est l'ouvrage écrit par le scientifique, et dans le cas présent la question de la valeur de la source se pose réellement. Wikipédia pourrait avoir, comme ASW, une micro-entrée, mais ce serait pas choquant de pas avoir d'article du tout.

Sur incertae sedis dans la taxobox, j'ai donné des propositions et mon avis plus haut, ça va être très dur à maintenir et c'est implicite s'il manque des rangs, donc je suis pour ne le dire que dans le corps de l'article. J'ai aussi expliqué pourquoi c'était abusif de discuter de l'utilisation d'incertae sedis au niveau du genre (et donc du nom binomial). — Tinm, le 22 mai 2015 à 16:04 (CEST)

Je comprends ton propos. D'ailleurs − et c'est déjà utilisé − {{taxobox}} accepte qu'on mettre Incertae sedis comme nom de rang. On peut donc - dans la partie classification - déjà indiquer un rang précis inconnu (par ex. indiquer que le genre de l'espèce décrite est incertain). Il me semble aussi pertinent de ne pas indiquer les rangs en dessous du 1er rang incertain. On peut aussi mettre "non classé" à la place d'un rang, mais c'est autre chose.

Je n'entre pour ma part pas dans le débat de savoir si les sources servant de support à telle ou telle espèce sont pertinentes : ce sont aux sources secondaires de trancher, et c'est un travail global, mené par chaque projet/portail et les biologistes en général (au même titre que l'existence même de certains taxons non incertae sedis ou aux classifications présentées).

Mais sauf à considérer qu'il n'existe jamais de taxon correctement sourcé au sens WP qui soit incertae sedis la question se pose, non ?

Si l'espèce Xxx yyy est incertae sedis par une source secondaire valide (peu importe la raison), comment gérer sa taxobox ?

1. ne pas faire de taxobox ?

2. noter le genre incertae sedis ?

Taxobox | genre | Incertae sedis

Taxobox taxon | espèce | Xxx yyy

3. ne pas mettre de genre ?

4. mettre IS=oui sur taxobox taxon ?

Mon propos n'est pas spécialement de pousser pour un IS=oui, mais d'avoir une ligne de conduite éditoriale commune lorsque de tels cas se posent (même si la première question à se poser est la validité des sources, mais c'est une question à se poser pour tous les articles sur des taxons, quelque soit leur statut !). Cordialement, Hexasoft (discuter) 22 mai 2015 à 16:47 (CEST)

D'abord sur l'existence des pages, tu as raison, on peut suivre ASW ou une autre base à la lettre et faire des micro-pages pour chaque entrée sourçable. Je ne voulais pas vraiment lancer le débat, j'aurais du m'abstenir. Sur incertae sedis :

1. Il faut une taxobox (d'autant plus pour une micro-entrée, vu qu'on est quasiment dans la base de données)

2. On est toujours pas d'accord sur le sens d'incertae sedis ; d'après les sources données plus haut incertae sedis ne s'applique qu'aux rangs supérieurs au genre. On peut parler de comment gérer les espèces dont le genre est incertain, mais la présence d'incertae sedis aux taxons supérieurs me semble bien plus répandue (d'après un très rapide coup d'œil aux pages liées à incertae sedis).

3. Voir deuxième item

4. Il n'est pas possible à mon sens d'arrêter la taxobox après le premier rang incertae sedis. Hemileia vastatrix par exemple est indéterminé au niveau de la famille, Colletotrichum coffeanum au niveau de l'ordre et Lactarius vinaceorufescens au niveau de la sous-classe (on coupe les cheveux en quatre). Donc pas de paramètre IS= global à la taxobox. L'ajout du paramètre au niveau des rangs serait possible, mais mettre à jour toutes les taxobox serait un boulot phénoménal et comme c'est vraiment au cas par cas l'automatisation serait irréaliste. Je pense que la convention actuelle d'un rang|incertae sedis optionnel fait l'affaire, et elle a l'avantage d'encourager à la parcimonie. Pour les cas particuliers (Bufo pustulosus...) c'est toujours possible ne ne mettre que l'ordre (Anura) dans la taxobox, et de préciser dans le texte que le taxon a été décrit au XIIIe et est un anoure incertae sedis.

Tinm, le 22 mai 2015 à 18:23 (CEST)

Vous me faites (encore) penser à Wikidata avec cette histoire de micro page. C'est toujours possible de créer un item dans Wikidata en cas de doute. Ça rend l'information accessible, ainsi que sa source, et ça rend accessoire ces histoire de présentation en italique ou je ne sais quoi. — TomT0m ^[bla] 23 mai 2015 à 10:50 (CEST)

 Tinm :

Pour le 1. ok.

Pour le 2. j'ai lu la définition (fr: et en:), mais de facto j'ai trouvé une espèce explicitement indiquée incertae sedis dans ASW (après on peut discuter de l'utilisation de ASW, bien sûr, mais comme tu le dis c'est un autre débat). C'est en ce sens que je me demande − sachant que ça semble exister − comment traiter une espèce dont le genre n'est pas connu/fiable d'après une ou des sources, puisque son genre "factice" est présent dans son nom d'espèce ? C'est je présume l'origine de la notation « "Xxx" yyy », que rien ne nous impose par ailleurs de reprendre sauf s'il s'avère qu'elle est d'un usage reconnu.

Pour le 4. oui, pardon : j'étais resté dans le cas où rien n'est sûr en dessous, ce qui n'est effectivement pas le cas (même rarement, en fait).

Pour terminer il me semble que le rôle de "incertae sedis=oui" dans {{Taxobox taxon}} est un poil différent : il indique dans le résumé taxinomique une « propriété » du taxon décrit, au même titre que le fait d'être obsolète ou éteint. Obsolète est indiqué par un texte et le nom rayé, éteint par l'ajout de † avant le nom. Est-ce pertinent, lorsque l'article et donc la taxobox décrit un taxon dont la position directe n'est pas claire (je ne parle pas d'avoir quelque part plus haut un élément de classif. incertain), d'avoir une telle indication (en sus cela va sans dire du corps de l'article), par ex. comme je l'ai testé en faisant précéder son nom de la mention Incertae sedis ?

 TomT0m : je ne comprends pas de quoi tu parles avec « ces histoires de présentation en italique » !

Ceci dit wikidata est une solution technique à la représentation de l'information. L'information peut être dans les articles, dans les modèles, dans les modules, dans des modèles/modules de données (par ex. les données de démographie chez nous)…

Wikidata n'est par contre pas une décision éditoriale ! Nous discutons ici de la pertinence d'insérer certaines informations ou pas, voire même de la pertinence de ces informations, ainsi que d'éventuellement la forme que doivent prendre ces informations. C'est sans rapport dans un premier temps avec comment ladite information peut être stockée et retrouvée.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 23 mai 2015 à 12:51 (CEST)

Pseudotropheus crabro

Salut, un truc m'échappe dans la taxobox ici ><>² Pseudotropheus crabro a moins que cela ne s'affiche pas correctement cher moi?! merci de jeter un œil Amicalement cedricguppy. 21 mai 2015 à 21:42 (CEST)

Un wikilien non fermé, et tout part en vrille . Hexasoft (discuter) 21 mai 2015 à 21:56 (CEST)

^^ copier/coller au moins trois taxo différentes et je trouvais pas ^^ misère Amicalement cedricguppy. 21 mai 2015 à 22:11 (CEST)

Taxobox : questions techniques

Bonjour,

J'ai quelques questions pour ceux qui connaissent bien les taxobox.

• Est-ce que toutes les taxobox utilisent {{Taxobox début}} ?
• Est-ce que certaines taxobox ont une icône ?
  • Si oui, comment ? Ou simplement sur quelle page, je trouverai bien comment ?
  • Si non la class .taxobox_v3 .entete.icon sert-elle à quelque chose ?

Mon but n'est pas de modifier les taxobox, mais de simplifier légèrement MediaWiki:Common.css au niveau de l'infobox V3 et par ricochet les taxobox. L'aspect ne sera pas modifié.

Zebulon84 (discuter) 23 mai 2015 à 01:50 (CEST)

 Zebulon84 : hello, j'ai quelques réponses  :

• oui, toutes utilisent taxobox taxon. C'est ce modèle qui ouvre tout (si tu trouves des taxobox sans ça c'est qu'elles sont mal faites)
• non pas d'icônes. Nous avions fait − au passage aux V3 − des essais en ce sens mais ça n'a pas été retenu
  • je présume que la classe en question devait servir à ça.

Je suis en week-end avec une connexion très minime (je passe par mon téléphone, et c'est leeeent). Si tu n'es pas pressé je peux jeter un œil plus attentif à partir de lundi soir.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 23 mai 2015 à 12:32 (CEST)

 Zebulon84 : hop. Après vérification je ne trouve bien pas d'usage d'icônes.

Tu peux voir quelques essais qui ont eu lieu à l'époque ici : Utilisateur:Hexasoft/Taxobox_code_V3#Contraintes_techniques. Je présume que cette partie du code est restée depuis, mais n'étant pas un grand spécialiste du CSS je ne sais pas dire exactement ce qui est et n'est pas utile.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 27 mai 2015 à 11:14 (CEST)

Merci. Je suis justement en train d'essayer de faire le tri à ce sujet, pour simplifier un peu Commons.css. — Zebulon84 (discuter) 27 mai 2015 à 11:24 (CEST)

{{Infobox Protéine}}

Bonjour, j'interviens de temps en temps sur des article des biologie moléculaire et je suis amené à utiliser l'infobox {{infobox Protéine}}. J'en ai donc profité pour mettre à jour sa documentation et j'ai remarqué quelques points qui semblent pouvoir être améliorés.

1. L'infobox contient les champs "chromosome", "bras" et "bande" qui permettent de définir le locus au sein de l'infobox (et de créer un lien vers la base de donnée NCBI). Néanmoins, la sous-infobox Modèle:Infobox Protéine/Caractéristiques espèces contient également le champ "chromosome et locus", fournissant la même information. Je propose de supprimer les trois champs de l'infobox principale, et pour éviter de perdre l'information contenue dans le lien généré, de le créer au sein de la sous-infobox Infobox Protéine/Caractéristiques espèces (au moins dans le cas où le champ « nom espèce » est égal à « homo sapiens ») ;
2. Les champs « HGNCid » et « hugo » décrivent la même information, mais sont utilisés pour générer deux liens différents. Je propose de mutualiser cette information.
3. Par ailleurs, je propose de séparer le champ « Synonymes » (qui permet de décrire les autres symboles et les autres noms) en deux champs : le premier décrivant les autres noms, et les deuxième décrivant les autres symboles.
4. Il me semble aussi intéressant de renommer le champ « nom approuvé » en « nom officiel ».
5. Dernièrement, il est peut être intéressant de permettre d'indiquer le RefSeq pour 1) le gène, 2) l'ARNm et 3) la protéine ?

J'ai fait une demande il y a quelques temps sur le projet infobox (ici) pour les points basiques, mais il n'y a toujours pas eu de réponse. Avant de les relancer, on peut ajouter d'autres demandes. Cordialement, Wikini (discuter) 26 mai 2015 à 14:27 (CEST)

Salut @Wikini Le modèle est vieux et je pense qu'on peut envisager une mise à jour. @STyx @Benoit Rochon Je suis d'accord avec tes propositions 1 et 2, sceptique sur la 3, pour la 4 si on change je préférerais « nom recommandé », pour la 5 il faudrait discuter. — Tinm, le 27 mai 2015 à 16:27 (CEST)

L'idée de la proposition 3 est de ne pas mélanger pèle mêle les noms et les symboles. On peut envisager de mettre tous les symboles dans le champ « symbole » et seulement les autres noms dans le champ « synonyme ». Pour la proposition 4, pas de soucis pour « nom recommandé ». Wikini (discuter) 27 mai 2015 à 16:44 (CEST)

Je suis pas sûr de bien comprendre pour la 3, aurais-tu un exemple ? Et un autre pour illustrer la 5 ? — Tinm, le 30 mai 2015 à 16:43 (CEST)

@Tinm, @STyx @Benoit Rochon : pour le point 5, l'exemple typique est SLC40A1 (alias ferroportine), il y a un refseq pour la séquence d'ADN (NG_009027.1), pour la séquence d'ARNm (NM_014585.5) et pour la protéine (NP_055400.1). Du coup, lequel indiquer ? (en bonus, la nomenclature utilisée pour les refseq : [4].) Pour le point 3, même exemple (ferroportine), je verrais :

Nom recommandé : Solute carrier family 40 member 1

Symbole : SLC40A1

Autres noms : Ferroportine-1, Iron-regulated transporter 1

Autres symboles : FPN1, HFE4, IREG1, MTP1

...

ou sinon, mettre les autres symboles entre parenthèses après le symbole principal, mais dans tous les cas séparer les autres noms des autres symboles. Wikini (discuter) 1 juin 2015 à 15:05 (CEST)

@Tinm, @STyx @Benoit Rochon : si personne n'émet d'objection, je vais relancer le projet infobox pour mettre en œuvre ces modifications. Cordialement, Wikini (discuter) 23 juin 2015 à 12:10 (CEST)

Bonjour Wikini, désolé de mon silence, surchargé avec la bibliothèque Wikipédia. Je ne vois pas d'inconvénient à améliorer une infoboite, bien au contraire ! Au plaisir, Benoit Rochon (discuter) 23 juin 2015 à 13:38 (CEST)

Ouananiche (d · h · j · ↵)

Bonjour, quelqu'un aurait une idée sur la façon de traiter cet article ? La taxobox indique que c'est une sous-espèce, mais Fishbase ne reconnaît pas et WoRMS dit que Salmo salar ouananiche est un synonyme de Salmo salar. Le texte parle à plusieurs reprises d'une espèce, mais c'est erroné. D'ailleurs, est-ce réellement un taxon ? Cela pourrait être une forme, mais je ne trouve pas de source pour l'affirmer. Votre avis ? Cordialement. — PurpleHz, le 27 mai 2015 à 23:28 (CEST)

Les 2 sources citées dans l'article en font un synonyme de Salmo salar. À mon sens et sauf autre source il faut supprimer, remplacer par une redirection vers Salmo salar et insérer dans ce dernier une référence à ce synonyme.

D'ailleurs sur les 3 références présentes dans l'article 2 pointent sur des erreurs et 1 pointe sur Salmo salar.

Qu'une population de saumon se soit habitué (de gré ou de force ?) à vivre en eaux douces est une chose, en faire un taxon avec une taxobox sans aucune source en est une autre.

À la limite si le sujet est notable (c-à-d avec de vraies sources) il peut exister, mais sans taxobox.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 27 mai 2015 à 23:48 (CEST)

Selon les dicos canadiens, au mieux une sous-espèce, bien que certains auteurs penchent pour une espèce d'après Termium, ou simple variété de Salmo salar d'après le GDT. Mérite a priori quand même un article, avec ou sans taxobox ssp. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 28 mai 2015 à 00:04 (CEST)

Comme je disais s'il y a des sources pourquoi pas un article. Mais une taxobox ? Il faudrait trouver une source notable qui atteste de son statut non ? Cordialement, Hexasoft (discuter) 28 mai 2015 à 00:26 (CEST)

 Hexasoft et PurpleHz Mieux comme ça ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 28 mai 2015 à 07:59 (CEST)

Très bien, merci beaucoup ! — PurpleHz, le 28 mai 2015 à 13:35 (CEST)

Reptile ou pas reptile

L'article Reptile, article de qualité, possède une {{taxobox}} qui ne peut rester en l'état et devrait s'accorder avec le texte ou présenter les deux classifications : traditionnelle et phylogénétique. J'ai vu les commentaires dans la PdD de l'article mais il faudrait que la taxobox soit homogénéisée et ne soit plus raturée. J'en appellle à tous les "reptologues" pour ne pas dire herpétologues ! Bonne soirée,--Hibolites (discuter) 29 mai 2015 à 21:21 (CEST)

Ben ça dépend de quoi on parle. Historiquement, les "reptiles" sont les "Reptilia", un taxon obsolète. En ce sens la taxobox reflète bien l'état actuel des connaissances.

Le problème technique ici est que l'article est titré "Reptile", qui n'a que peu de rapport de nos jours avec la classification, qu'elle soit classique ou phylogénétique… Mais le concept existe ! Pour monsieur tout le monde les reptiles sont les bêbêtes à écailles, avec les croco dedans, généralement les tortues, mais certainement pas les oiseaux. Hexasoft (discuter) 30 mai 2015 à 01:14 (CEST)

C'est un problème qu'on rencontre dans Wikidata aussi, par exemple. Si vous pouvez intervenir auprès des membres du projets pour leur dire que ce serait cool de classifier les taxons en mono ou paraphylétiques, ce serait sympa parce qu'en l'état actuel des choses ils n'en veulent pas parce que ça, je cite (bon, c'était en anglais) "mettrait le bazar dans l'arbre des classes". Ce à quoi je suis évidemment pas d'accord. Cette information à mon avis essentielle pourrait être utilisée dans la taxobox pour coder d'une manière ou d'une autre le caractère mono ou polyphylétique du taxon.

Tant que j'y suis j'en profite pour évoquer le problème suivant : sur Wikidata on a une propriété instance de qui lie un objet, par exemple, à un groupe d'objets avec des caractéristiques similaires, qu'on apelle classe. Exemple, la classe des animaux, la classe des avions, avec le porte-avion Charles de Gaulle qui est une instance de la dernière. Pour lier les classes entre elles, on a une propriété sous-classe, avec Cheval sous-classe de animal qui dit que tous les chevaux sont des animaux. À mon humble avis ça pourrait très bien être utilisé en taxonomie vu que c'est exactement ce que tente de faire la taxonomie animale. Actuellement c'est pas vraiment le cas et on a une propriété différente, le taxon parent. On note que taxon est dans ce cas un ensemble de classes, on dit une métaclasse (web sémantique). Taxon monophylétique en serait une sous-classe. J'ai essayé de faire un résumé dans d:Help:Classification. Pour moi ça tient carrément la route, on peut avoir aussi des métaclasses ordre pour tous les taxons de ce rang et tout. Avec la possibilité de marquer une affirmation obsolète, on peut garder l'historique et les vieilles classifications, et même dans un cas spécifique comme celui qui nous occupe, les reptiles, les utiliser dans la taxobox. Vous en pensez quoi ? — TomT0m ^[bla] 30 mai 2015 à 12:44 (CEST)

Merci Hexasoft et TomT0m pour vos réponses. Ma remarque était plus prosaïque. L'article explique bien la situation de "l'ex-classe" des reptiles, mais la taxobox ne parait pas appropriée. On a l'impression que quelqu'un l'a raturée ou même vandalisée ! Ce n'est ni explicite, ni de moindre surprise pour qui arrive sur l'article. Bonne soirée,--Hibolites (discuter) 30 mai 2015 à 19:30 (CEST)

@HibolitesJe pense qu'il faut faire comme pour Osteichthyes : traiter Reptilia dans son sens classique tout en redirigeant vers les amniotes. Éventuellement, on pourrait imaginer un paramètre de taxobox monophyletique=non pour indiquer que le taxon est obsolète du point de vue de la cladistique.

@TomT0m Je ne connais pas le projet de classif Wikidata, aurais-tu quelques liens stp ? Sur la question de la structure de la classification, ce qui se fait normalement en bioinformatique est une classe Taxon décrivant comment chaque instance (c'est à dire les taxons eux-mêmes) peut être liée à d'autres taxons (parents, fils...). D'expérience coder chaque taxon (par ex. Equus) comme une classe à part entière n'est pas une bonne idée. C'est éventuellement possible d'avoir une classe pour chaque rang (Ordre, Famille, etc.) mais c'est en général plus efficace de le gérer par une propriété. — Tinm, le 30 mai 2015 à 21:01 (CEST)

p.s. Selon moi mais certains trouveront peut-être ça POV, la majorité du contenu devrait se trouver dans Amniota. Reptilia devrait se contenter de donner le sens général (amniotes sauf mammifères et oiseaux), d'expliquer pourquoi le taxon est toujours défendu, et de discuter les caractéristiques courantes chez les reptiles. Ce qui impliquerait un gros boulot de réécriture. — Tinm, le 30 mai 2015 à 21:11 (CEST)

Merci @Tinm pour ta proposition. Finalement pour la taxobox de l'article reptilia on pourrait simplement enlever le barré, mais laisser un paramètre signifiant l'obsolescence en cladistique à choisir entre obsolète=oui ou monophylétique=non ?--Hibolites (discuter) 30 mai 2015 à 23:14 (CEST)

Ça me parait le plus simple. En gros la première chose à faire est de faire une copie de Modèle:Taxobox dans ta page perso et ajouter le paramètre et une typographie pour le message dans la taxobox, puis de revenir ici pour proposer le changement. Par contre je te déconseille obsolète=oui, tu vas te faire sauter dessus par les classicistes et accusé de POV . Par ex. Ce taxon est Modèle:Paraphylie ou Modèle:Polyphylétique. La classification phylogénétique le considère comme obsolète en bas de la box... — Tinm, le 31 mai 2015 à 05:43 (CEST)

@Tinm Tu pourrais développer un peu l'aspect Pas une bonne idée ? J'en ai pas mal disucuté avec Succu sur Wikidata, et je crois avoir épuisé tous ses arguments ( cf. par exemple d:User_talk:Succu#subclass_and_parent_taxon. cette discussion. Techniquement c'est un peu plus compliqué que taxon parent et rang, mais rien d'impossible. Dans le cadre d'une classification phylogénétique ça me semble carrément parfait, et gérer les rangs comme des métaclasses permet de s'affranchir des limites des classifications traditionnelles de manière élégantes. Sinon pour les liens j'ai déja tout mis, a part peut-être d:Wikidata:WikiProject Taxonomy. Ça me semble intéressant que Wikidata s base sur des concepts solides, et si Classe / métaclasse marche bien en taxonomie sans soucis théorique et qu'en plus on peux gérer correctement la classification philo et tradi avec ça c'est une sacré preuve de robustesse. En pratique on a déja éliminé des équivalents de parent taxon dans plein d'autres domaines. C'est intéressant parce que du coup on peux gérer tous les domaines de manière plus uniforme. — TomT0m ^[bla] 31 mai 2015 à 12:29 (CEST)

┌─────────────────────────────────────────────────┘
@TomT0m J'ai regardé les discussions wikidata, et je maintiens que ça ne me semble pas être une bonne idée. Le principe fondamental des langages orientés objet est de manipuler des instances membres d'une classe. Là dessus on a créé la métaclasse, pour les cas où des classes de classes sont souhaitées, mais, fondamentalement toujours, il s'agit d'un régime d'exception. La structure classe-instance est la plus simple à implémenter, à modifier et à manipuler.

J'ai l'impression que le désaccord se trouve au niveau de ce que tu veux considérer comme l'élément de base : il est pour moi et les autres contributeurs, le taxon, et pour toi, l'individu. Or, c'est bien aux taxons que la taxinomie s'intéresse. Les espèces ne sont pas, comme tu l'as écrit sur Wikidata, des clades, elles sont à toutes fins de classification le taxon unitaire, celui de la plus petite échelle. La notion de clade n'a pas de sens à l'échelle des espèces, puisqu'il faut recourir à la génétique des populations, franchement c'est une énormité, et elle est révélatrice à mon avis de l'incongruité de ta conception ; la notion de descendants en cladistique s'entend en termes de taxons descendants.

Tu dis que l'objectif est d'unifier les représentations sur Wikidata mais je ne vois pas du tout en quoi le problème se pose. Tu essaies de faire en sorte que les instances soient toujours des objets matériels (les individus, ou les atomes pour reprendre un exemple que tu donnes), mais cela n'a pas lieu d'être. Les instances sont les éléments de base du domaine que l'on veut représenter, en l'occurrence les taxons eux-même et vouloir faire de chaque individu une instance est un non-sens du point de vue de la taxinomie. Tinm, le 27 juin 2015 à 19:12 (CEST)

Mon bot : le futur

Hello,
mon bot commence à approcher de la fin de sa première passe sur la biologie. Je vous laisse regarder les stats si vous voulez voir ce qu'il a fait (par ailleurs quand il aura terminé je ferai ici un bilan).
Je commence donc à plannifier le post-première-passe. Il y aura bien sûr beaucoup moins d'activité car la plupart des problèmes auront été corrigés par le bot ou par les humains qui suivent ses différents logs de problèmes potentiels ou d'appels à l'aide.
À la fin de cette passe qui se terminera la semaine prochaine le bot va s'arrêter pour divers ajustements, ajouts, corrections et autres modifications. C'est donc bien sûr l'opportunité à la fois de faire le point (sur les choses inutiles par exemple) mais aussi sur les choses qui manquent.

Une chose que fait le bot c'est créer les redirections manquantes dans le cas de taxobox gigognes. Mais je me disais qu'il pourrait aussi le faire pour les noms scientifiques / noms vernaculaires des taxons pas gigogne. En gros si titre pas nom scientifique vérifier qu'on a NS→titre, mais aussi analyser le contenu de {{Sous-titre/Taxon}} pour valider que les noms sont bien redirigés vers l'article. Avis ?
Dans les autres fonctionnalités, pour lesquelles j'ai des idées sans savoir si elles sont pertinentes :

• valider la classification : vérifier que l'enchainement des rangs via {{Taxobox}} est cohérent
• coupler mon bot avec WBR pour gérer d'autres liens externes que UICN/CITES/COI (les seuls mis à jour par mon bot actuellement), ou alors étendre mon bot pour qu'il fasse la même chose que WBR (plus complexe)
• faire de l'analyse inter-wiki pour trouver des images ailleurs (j'avais un vieux bot qui faisait ça dans le temps : parcourir les interwikis afin de voir si ailleurs on dispose d'une image). Possibilité : insérer directement (si pas d'image) ou proposer à des humains (via une liste) de le faire

Par ailleurs j'ai mis en place des traitements spécialisés pour les oiseaux et les reptiles : de la vérification de classification. Si un projet bio peut me fournir un moyen de connaître la classification "officielle" le bot est capable de repérer les taxons qui n'existent pas dans la classification tout en ayant "classification=XXX", ceux qui à l'inverse devraient y être, et même les erreurs de classification dans la taxobox (voir Utilisateur:Hexasoft/Bot UICN/logs-oiseau-err pour un exemple sur les oiseaux). Indiquez-moi les sources et le type d'information voulue, et je vous fais un fichier de logs rien que pour vous (par contre c'est à vous de le suivre, hein ).

Toutes les suggestions sont les bienvenues, y compris en terme d'utilité sur les actions effectuées.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 30 mai 2015 à 13:44 (CEST)

Note : sauf bien sûr si c'est pour en discuter avec tous les biologistes, je préfère que les demandes se fassent sur Discussion utilisateur:Hexasoft/Hexabot. Ça me permet plus facilement de garder trace des problèmes, remarques, demandes. Hexasoft (discuter) 30 mai 2015 à 13:47 (CEST)

Je réponds ici parce que ça me parait plus approprié au vu de ce que je vais soulever.

Sur la création des redirections, d'abord : je suis totalement pour, dès lors qu'un nom est présent en sous-titre il me parait logique d'avoir la redirection.

Par contre, pour ce qui est de la gestion de l'arborescence des taxons et de WBR, j'aimerais te faire part de mes réserves. Je comprends tout à fait ton envie de t'attaquer à la question, mais je pense aussi que c'est un sujet qui a besoin d'être traité de façon plus ouverte et structurée que ce qu'un bot personnel permet.

Ton premier item suggère la création implicite d'une arborescence de référence ; je pense qu'on rejoint ici quelques marronniers dont notamment celui sur Wikidata (bien qu'une arborescence de référence pour la seule WP française serait possible).

Sur le second item le risque est, je pense, de retomber dans le même défaut que WBR et de créer un second code personnel. Quitte à remplacer WBR ce serait bien d'avoir un code au moins en partie communautaire, qui serait déposé à un endroit connu et documenté (un espace existe-t-il pour ça sur Wikipédia?), et dont le champ et le format de sortie seraient décidés ici en amont.

De même pour le troisième item j'ai peur que ça fasse doublon avec des routines potentiellement déjà existantes. La problématique me semble relever de Wikidata.

Note que je ne suis pas du tout opposé aux projets que tu envisages. Il me parait simplement utile de poser dès maintenant la question de la permanence de telles contributions.

Qu'en penses-tu ?

Tinm, le 30 mai 2015 à 20:30 (CEST)

Merci pour ta réponse.

Pour l'arborescence attention, je ne propose pas de générer une taxobox mais plutôt d'appliquer des règles de cohérence sur l'existant. En gros détecter des cas curieux/erronés. Par exemple détecter un genre qui suit un genre, ou une famille qui suit une espèce (j'en ai corrigé des dizaines, et uniquement parce qu'il y avait d'autres erreurs qui ont mis mon bot en alerte !). Je suis d'accord avec toi que les problématiques de classification doivent être abordés plus globalement (en ce sens WBR propose une structure d'article à un humain − même si certains les appliquent trop litéralement).

En fait je pensais à WBR surtout pour les liens externes, car j'ai rencontré de nombreux articles sans liens externes ou avec peu d'entre-eux, ce qui est dommage.

Pour le second et troisième item c'est effectivement un problème que j'ai envisagé. Doublonner l'existant serait dommage. Ceci dit partager les éléments est tout à fait dans ma philosophie (tous mes codes sont accessibles en GPL à qui les demande) mais je crains que leur contenu soit hors de porté du contributeur lambda (après tout je suis informaticien, développeur, et ce depuis plus de 30 ans…).

Je ne sais pas s'il est utilement possible de partager ce genre de chose. Ceci dit il me semble important − et c'est ce que j'ai fait pour les oiseaux et les reptiles − de ne faire que des règles approuvées et validées par les membres des projets concernés. Mais si tu vois une approche ouverte à cette problématique je suis preneur.

Mais, et j'espère l'avoir toujours prouvé, j'ai toujours cherché à chaque changement/nouveauté à mener une discussion préalable à ce sujet ! Je ne veux surtout pas que ce bot soit perçu comme propageant ma vision des choses (déjà, si c'était le cas, il n'y aurait que des titres en latin ).

Cordialement, Hexasoft (discuter) 30 mai 2015 à 20:52 (CEST)

Bonjour Hexasoft, je pense qu'utiliser ton bot pour repérer les incohérences d'enchaînement d'une taxobox à l'autre, et sortir une liste des douteux, serait une aide utile. Mais c'est probablement casse-gueule de lui demander de faire des modifications lui-même (actualisation ou classification en cours, incohérences avec le texte, toussa...); sauf pour répondre à une demande précise, sur un groupe restreint d'articles. Pour les photos manquantes, c'est certain qu'il a plus de probabilités que nous de les dénicher. En tout cas, ce serait dommage de laisser ce petit bolide au garage . -- Amicalement, Salix ^[Converser] 1 juin 2015 à 16:18 (CEST)