Discussion Projet:Biologie/Le café des biologistes/Archives/Janvier 2015

Bonne année

Hello aux biologistes !

Je passe en coup de vent pour vous souhaiter une bonne année et pour vous donner quelques nouvelles : oui je suis toujours en vie . Mais je ne viens plus sur WP depuis un moment. Disons qu'il y a eu conjonction entre une certaine démotivation (liée à de la gestion, pas spécialement à la biologie) et des activités IRL qui nécessitent plus de mon temps (enfants qui grandissent, changement de boulot, activités qui prennent de l'ampleur (en vrac : gestion d'une association de forge, brassage de bière, fabrication de tables tactiles… )).

Je compte bien revenir dans quelques temps, mais je préfère laisser l'envie revenir en plein plutôt que d'avoir une présence en pointillé comme je l'ai eu ces quelques années.

Bises (ou poignée de main virile selon les cas ) à tous et à bientôt.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 3 janvier 2015 à 20:53 (CET)

Y a pas de lézard ! Meilleurs vœux à toi aussi et bises féminines ! - Cymbella (discuter chez moi) - 3 janvier 2015 à 21:32 (CET)

Salut Hexasoft, sympa de venir nous faire un coucou ! Je reviens de mon premier vrai wikibreak (de quelques mois seulement), et je confirme que ça redonne de l'enthousiasme à contribuer. Profite bien du jus de carotte fait maison et du reste ! Et heu... bises viriles

Au passage, bonne année à tous les filous du café ! Totodu74 (devesar…) 3 janvier 2015 à 22:59 (CET)

Ravie d'avoir de tes bonnes nouvelles Hexasoft. On te souhaite une excellente année wikisabbatique (même si tu nous manques cruellement) à réaliser des tas d'associations de bières, de brassages de tables et autres forges tactiles - ou m'emberlificoterais-je  ? Biz biz féminines. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 3 janvier 2015 à 23:35 (CET)

bonne année a toi Hexa ! ++ Poleta33 (discuter) 6 janvier 2015 à 16:25 (CET)

Salix est une femme ?? Je débarque après toutes ces années... Joie et mystère de l'avatar informatique épicène ! En tous cas meilleurs vœux à toi Hexasoft, tu manques au projet et à l'encyclopédie ! Bon courage pour tous tes projets, et à bientôt j'espère. (et bises gender-épicènes !) FredD (discuter) 6 janvier 2015 à 16:31 (CET)

 FredD : En latin, les noms d'arbres sont toujours féminins ! Cymbella (discuter chez moi) - 6 janvier 2015 à 20:42 (CET)

 FredD On est des wikipédiens avant tout. Que tu sois un homme, une femme ou autre, ne changera pas mon attitude envers toi et j'attends la même choses des autres wikipédiens. Dans un contexte où la masse musculaire et les organes reproducteurs sont sans usage, et où la faculté de marcher sur des talons hauts tout en rajustant son chignon sans renverser une seule goutte de champ jus de carotte n'offre aucun avantage, on s'en fiche, non ? S'il n'y avait pas ces histoires d'accords grammaticaux et de bises annuelles, nul ne s'en préoccuperait ! Ce qui ne m'empêche pas d'être fière d'appartenir avec Cymbella aux quelques 13% de femmes impliquées dans le projet . -- Amicalement, Salix ^[Converser] 6 janvier 2015 à 22:59 (CET)

C'est justement ça que je soulignais maladroitement : les réseaux sociaux (dans la mesure ou les projets Wiki en sont plus ou moins) sont l'occasion d'interactions parfois durables et intense, mais complètement désincarnées. Du coup, je ne m'étais jamais posé la question du sexe des contributeurs que je "fréquente" et qui ont un pseudonyme non genré. Et peut-être qu'inconsciemment on attribue quand même des genres pour une raison ou pour une autre, et du coup pour moi Salix était masculin, je ne sais pourquoi... (pourtant la 3e déclinaison latine est bel et bien épicène, et comme le rappelle Cymbella les noms d'arbres sont féminins !). Me voilà bouleversé dans ma pratique wikipédienne. FredD (discuter) 7 janvier 2015 à 00:11 (CET)

 FredD C'est parce que je t'ai fait des bises féminines que tu es tout bouleversé  ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 7 janvier 2015 à 23:51 (CET)

Sondage sur les taxobox suivant la classification selon MSW

Bonjour à tous et bonne année 2015 !

Suite à la création par  TED et  Totodu74 de la Catégorie:Article avec taxobox par classification, nous aimerions uniformiser au maximum les taxobox des articles liés à la mammalogie. Il existe un certain consensus pour suivre la base de donnée Mammal Species of the World qui est la plus à jour dans le domaine. Le problème est que ces auteurs ne statuent pas sur la classification au dessus de l'ordre : les 29 ordres reconnus par l'ouvrage sont rangés en vrac dans la classe des Mammalia et la place de cette dernière n'est pas abordée. Ceci pose un problème pour l'écriture des taxobox, car le mélange de sources nous est interdit (WP:TI).

La question est donc : quels rangs inclure dans les taxobox au dessus de la classe. Une solution souvent choisie est de ne mentionner que les rangs principaux : règne (Animalia) et embranchement (Chordata), comme on peut le voir par exemple sur l'article Gorille.  Salix suggère néanmoins que l'ajout du sous-embranchement des Vertebrata est une information importante pour nos lecteurs. C'est le cas actuellement sur l'article Eulemur.

Des avis complémentaires sont donc les bienvenus, ce qui nous permettrait de faire un choix à rédiger en bonne et due place et d'envoyer un gentil bot mettre tout le monde au même niveau .

Merci d'avance pour vos suggestions et remarques. --Nandoo (discuter) 7 janvier 2015 à 14:37 (CET)

J'essaie un début de réponse, mais j'avoue que c'est encore flou pour moi dans ma petit tête, mais je sors le carnet à petits carreaux et j'essaie d'expliquer mes idées sur le sujet

1. Pourquoi les classifications hybrides s'imposent

Tu dis : « le mélange de sources nous est interdit (WP:TI) ». Je crois que je ne suis pas d'accord avec cette phrase. Mais ce n'est pas grave : je crois que toi non plus. En effet, tu enchaînes en demandant « quels rangs inclure dans les taxobox au dessus de la classe », alors que tu viens de dire que MSW ne les gère pas. Tu proposes bien de faire une classification hybride. Si l'on veut vraiment se refuser à toute classification hybride, ça ne peut que signifier que l'on ne traite que le bas de la classification pour les espèces (à partir de l'ordre dans ton exemple mammalien). Je crois que personne ne souhaite ça, aucune Wikipédia n'a fait ce choix (pour ce que vaut cet argument), certaines classifications de références peuvent concerner des niveaux taxonomiques bas (famille, par exemple)… bref, une seule possibilité semble s'imposer : différentes références pour différents niveaux de classification.

2. Pourquoi notre façon de faire actuelle doit être revue

2.a. On ment !

Actuellement, nous disposons dans le modèle {{Taxobox début}} de l'excellent paramètre | classification =, qui permet de renvoyer vers une classification dite « de référence ». Il faut en premier lieu saluer son existence (je n'ai pas vu d'autres Wikipédia qui « sourçaient » leur classification de taxobox), mais il faut bien reconnaître qu'il est systématiquement mensonger. Sur Sittelle torchepot par exemple (et voilà, ça le reprend !), de quoi atteste réellement la prétendue Classification (COI) ? La moitié des rangs (ordre Passeriformes, famille Sittidae et genre Sitta. Le reste (règne Animalia, embranchement Chordata et classe Aves) n'est attestée par rien et je serais même bien en peine de trouver une base de donnée pertinente ou plutôt une vraie bonne classification de référence pour les sourcer (je ne serais pas surpris que ça vienne de la « classification classique », concept étrange mais qui semble avoir fait son trou dans nos catégories, les hauts rangs des classifications, et peut-être finalement, un peu dans nos têtes aussi).

2.b. C'est mal fait

Deuxième souci, expliquant en partie le premier (2.a., essayez de suivre, quoi), l'actuel mode de sourçage est rigide. Ne se faisant que par l'intermédiaire du bandeau         Classification (COI)        , on ne peut pas attribuer les trois premiers rangs à une classification et les trois suivants à une autre. De plus, cela rend l'utilisation de liens externes malaisée, puisqu'il est streng verboten de placer des liens externes dans le corps des articles. Je sais, on a déjà Classification selon Pseudoscorpions of the World, Classification selon solpugid.com, Classification selon The Scorpion Files, Classification selon The World Spider Catalog et Classification de Hallan, mais justement ça m'interpelle régulièrement et je me dis que ce n'est qu'une question de temps avant qu'on nous demande de les changer (j'avais eu un cas similaire sur {{Chants d'oiseaux}}). Or toutes les sources de classifications n'ont pas de quoi faire un article interne… Dans certains cas, il ne s'agit que d'une publication, par exemple, où une base de données bien faite.

3. Bilan

Le cahier de charges est donc simple : pouvoir faire des classifications hybrides en indiquant quels rangs sont sourcés par quelles classifications, et en permettant l'usage de liens externes.

 

C'était la première partie. Sérieusement, la suite de mon intervention devrait consister dans des propositions concrètes, mais ce serait bien que tout le monde soit préalablement d'accord sur cet état des lieux, voire que certains donnent des idées car pour l'instant je n'ai rien de joli, propre, bref sexy à proposer. Totodu74 (devesar…) 11 janvier 2015 à 21:09 (CET)

Merci  Totodu74 pour ta réponse ! J'appuie totalement ta longue analyse. Je m'exprime rapidement pour ne pas briser l'effet de ta tirade magistrale : je sais que personne ne souhaite ça (pourquoi d'ailleurs?), mais il ne me semble pas inimaginable de se contenter de remonter jusqu'à Aves pour ta sitelle et Mammalia pour mon gorille... C'est complètement mégalo de vouloir se prononcer sur tous les rangs dans un seul article dédié à une espèce... Aucun auteur n'a jamais et ne s'exprimera jamais sur l'appartenance ou pas de Sitta europaea à l'infra-embranchement des Gnathostomata. Donc oui, les classifications hybrides sont bel et bien TI puisqu'elles voudraient nous montrer de la cohérence là où il n'y en a pas... Voilà, je ressors... --Nandoo (discuter) 12 janvier 2015 à 08:44 (CET)

Le sourçage de la taxobox n'est peut-être pas parfait, mais il a le mérite de donner une piste de réponse au lecteur surpris par des incohérences d'un article à l'autre, dans notre foutoir en perpétuelle construction. Je ne sais pas trop ce qui se pratique ailleurs en zoologie, mais pour les mammifères on a la chance d'avoir une base dédiée, vérifiable et régulièrement mise à jour (MSW). A nous donc de la compléter avec des niveaux supérieurs assez stables (pour simplifier la tâche des robots) tout donnant quelques repères suffisamment évocateurs et cohérents aux lecteurs. Vertébrés me semble répondre à tous ces critères en mammalogie, puisque nous ne sommes pas concernés par les hésitations à propos des Myxine. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 12 janvier 2015 à 10:17 (CET)

Un peu à coté de la discussion mais pour mémoire : tous les mammifères vivants de WP:fr ne sont pas référencés par MSW ex : Tapirus kabomani Cozzuol et al. (2013) et Tapirus sur MSW Cordialement - Goudron92 (discuter) 13 janvier 2015 à 20:44 (CET)

Oui  Goudron92, bien évidemment, ça arrive, quand il s'agit de taxons récents ou controversés. Dans ce cas, il est d'autant plus important d'expliquer les controverses dans l'article (ce que font correctement en.Wp et de.Wp pour notre tapir, mais pas l'actuelle version française) et de sourcer la taxobox. Tandis que laisser croire au lecteur non averti qu'il s'agit d'un taxon consensuel et sortir une taxobox d'un chapeau, n'est àmha pas digne de Wp. Sans compter que, côté maintenance et mise à jour, c'est pas top du tout. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 13 janvier 2015 à 21:49 (CET)

Mes quelques centimes…

Sur les « extraterrestres » : il est normal que WP se fasse l'écho des taxons récents, même s'ils sont controversés (du moment qu'il y a des sources correctes). Il est bien sûr important (voire essentiel) que l'article reflète le fait que c'est récent / en discussion / en révision / en engueulage . Le fait que ça puisse « casser » la cohérence par rapport à d'autres taxons ne me semble pas critique du moment que les tenants et aboutissants sont clairement expliqués.

Je pense qu'il est très important que WP source ses taxobox : la taxobox n'est pas en dehors de WP, elle doit donc se référer à des sources connues. Par ailleurs les divergences ne sont pas le plus important (pour la taxobox). Le nommage de certains articles fait débat, il faut trancher et relater le conflit, c'est plus important à mon sens que le choix précis du titre (c'est un exemple, c'est valable aussi pour le contenu).

Après il est vrai que nos taxobox sont hybrides, puisque rares sont les classifications de référence qui détaillent tout du sol au plafond.

Peut-on sourcer nos taxobox de façon multiple ? Je ne sais pas mais j'en doute (en tout cas en se positionnant à la fois dans la clareté, dans les règles de WP et dans la précision technique des choses).

Après étant un tenant du « tout robot » j'aime pour ma part que tout soit aligné sur des sources précises et clairement identifiables. Mais étant (malgré tout) aussi un humain il me semble qu'il faut savoir faire preuve d'un peu de souplesse et aussi ne pas aller au delà du sujet de l'article : si l'article porte sur une espèce de gecko est-ce que le lecteur se pose vraiment des questions sur l'ordre ou l'embranchement ? Et si ce lecteur est un minimum consciencieux il va remonter les taxons « importants » (les Sauria, les Squamata, les Reptilia…) pour avoir une vue d'ensemble.

Donc personnellement pas choqué qu'en « bas » on fasse un choix sur la classification « haute » (choisir de mettre tel ou tel rang parce que jugé pertinent) du moment que quand on remonte ces niveaux on ait une vision des doutes, conflits ou alternatives existants.

Après tout il me semble qu'un article de WP se comprend avec ses hyperliens (il est dit qu'on ne doit pas dupliquer l'information d'un article général dans les articles spécialisés) et que si la question porte sur les rangs de haut niveau c'est à ce niveau que ça doit se régler − sauf s'il s'agit d'un réel conflit de classification bien sûr.

Cordialement, Hexasoft (discuter) 17 janvier 2015 à 22:15 (CET) − absent mais visiblement sur le retour

Salut Hexasoft , tu n'as pas d'avis précis pour nos mammifères ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 18 janvier 2015 à 01:06 (CET)

Stud-book, registre généalogique, registre d'élevage, pedigree...

J'ai regardé les interwikis, il semble y avoir du ménage à faire entre :

• Registre généalogique
• Registre d'élevage
• Pedigree

Plus ou moins synonymes... cela étant en dehors du cheval je ne m'y connais pas des masses. Des avis ? -- Tsaag Valren (✉) 13 janvier 2015 à 12:15 (CET)

Nommage des taxons supérieurs au genre

Bonjour à tous,

Pour info, cette requête de renommage pourrait vous intéresser. Bibi Saint-Pol (sprechen) 14 janvier 2015 à 12:29 (CET)

J'ajoute que la PDD concernant ces taxons est encore une fois remise en cause à cette occasion (Wikipédia:Prise de décision/Nommage des taxons supérieurs au genre). Qu'en pensez-vous ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 16 janvier 2015 à 20:21 (CET)

La Réunion - Tela Botanica

Bonjour les botanistes. En parcourant divers fichiers sur les végétaux, je ne trouve plus la référence de Tela Botanica vers La Réunion : j'obtiens le message d'erreur : "Papyrus : application impossible � charger." Les gestionnaires de ce site veulent-ils changer l'adresse, veulent-ils la supprimer, ont-ils commis une erreur ou ??? Voulez-vous vérifier ?
Si l'incohérence ne provient pas de ma machine, quand la situation sera éclaircie et si la volonté de suppression existe bien, un administrateur wiki pourrait-il supprimer (ou éventuellement remplacer) à l'aide d'un bot toute référence devenue inutile ? De la plus frêle petite plante au gros baobab, tous les végétaux en seraient gré... (et moi aussi), --— ZorglubAB ^[discuter] 17 janvier 2015 à 08:39 (CET)

Oui toutes les pages (1114) liées au modèle {{Tela-réunion}} génère des liens HS. Je n'ai pas trouvé d'annonce d'arrêt de la base mais le fait qu'il n'y ait pas de lien vers la base de la réunion dans le bandeau gauche de la page eflore : http://www.tela-botanica.org/page:eflore?langue=fr n'augure rien de bon. Cordialement - Goudron92 (discuter) 25 janvier 2015 à 15:30 (CET)

Bacteria et Eubacteria

Bonjour à tous,

Je me permets en ce début d'année 2015, de remarquer de nouveau que nous avons deux articles redondants traitant des bactéries, Bacteria et Eubacteria, dont les contenus sont très largement recouvrants. Bien que les deux termes existent pour des raisons historiques, aujourd'hui les Eubacteria sont le plus souvent appelées Bacteria, et inversement le terme Bacteria désigne presque toujours les Eubacteria.

Plusieurs courtes discussions ont eu lieu par le passé mais n'ont abouti à rien de concret. Selon moi, il serait tout à fait possible de discuter les raisons nomenclaturelles et historiques ayant abouti à l'existence de deux termes dans un seul article. (Je précise, à propos de nomenclature, que le code bactériologique laisse libre les appellations des taxons au delà du rang classe, d'où mon accentuation des usages en vigueur dans la communauté scientifique.)

Bonne année,

Tinm, le 21 janvier 2015 à 22:25 (CET)

Le terme Bacteria est devenu ambigu à cause de Woese, il ne l'était pas avant. Quoi qu'il en soit l'égalité Bacteria = Eubacteria n'est tout simplement pas un consensus admis. En revanche les deux notions auxquelles renvoient le terme Bacteria peuvent être désignés par deux termes non ambigus : Prokaryota et Eubacteria. Ce que je propose c'est que l'article Bacteria soit transformé en une page de redirection vers Bacteria (homonymie) et que son contenu soit transféré au cas par cas vers les articles Prokaryota et Eubacteria qui conserveraient leurs noms. Tu as raison à mon avis de dire qu'il faudrait intégrer une discussion sur les raisons historiques ayant abouti à l'existence d'une ambigüité pour Bacteria (par exemple un paragraphe intitulé "Controverse terminologique"). Iossif63 (discuter) 26 janvier 2015 à 08:27 (CET)

Bonjour. Attention pour l'utilisation rédactionnelle de l'article Bacteria (homonymie). En zoologie, Bacteria est aussi un genre de phasmes. - 46.20.163.142 (discuter) 26 janvier 2015 à 12:43 (CET)

Ca me fait penser que dans la même veine Archaea (Koch et Baerendt 1854) est aussi un genre d'araignée. On peut vraiment dire que l'initiative de Woese de renommer Eubacteria en Bacteria et Archebacteria en Archaea n'est pas très heureuse... Et encore moins cette tendance à suivre cette modification insensée parce qu'elle est à la mode. Iossif63 (discuter) 26 janvier 2015 à 20:02 (CET)

Je suis d'accord avec tes modifications Iossif. Dans l'immédiat l'important me semble être de clarifier les objets des différents articles, la terminologie peut attendre (ou être traitée sur une des pages).

Cette solution implique tout de même de supprimer, après sauvegarde du contenu non-redondant, un article de 80 000 signes... Y a-t-il d'autres avis ? Tinm, le 27 janvier 2015 à 01:28 (CET)

Bonjour, je ne suis pas spécialiste, mais il apparait toutefois que Bactérie un terme très connu qui renvoie sur l'actuel Bacteria. Le rediriger froidement sur Bacteria (homonymie), mélange peu digeste de querelles nomenclaturales et de phasmes, me semble un peu cavalier. Supprimer radicalement l'article Bactérie/Bacteria pour rediriger vers Eubacteria aussi. Je vous proposerais plutôt de renommer Bacteria en Bactérie et d'en faire une biohomonymie d'orientation, et aussi pour y expliquer clairement ce que recouvre cette notion à travers les âges et selon les auteurs. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 27 janvier 2015 à 10:09 (CET)

Si je comprends bien, il s'agirait de faire de Bacteria un article encyclopédique court ?

p.s. Pardon, j'ai répondu trop rapidement. Je ne crois pas qu'on pourra s'en sortir avec un article Bactérie. Le terme est encore plus ambigu que Bacteria du fait de son usage dans différents niveaux de langage. En outre cette question est totalement absente du débat scientifique puisque, en anglais, personne ne va jusqu'à faire une distinction entre bacteria (bactérie) et Bacteria (Bacteria).

Tinm, le 27 janvier 2015 à 11:44 (CET)

 Tim Les biohomonymies sont justement faites exprès pour expliquer qu'un terme est ambigu, comme une homonymie, mais avec en plus un concept culturel attesté, bien que flou [1], [2], [3]. On ne se contente pas d'y mettre des liens vers les différents taxons qui traitent du sujet, on y met aussi ce qui relève de l'art ou de la littérature, sans lien explicite avec un taxon précis. Voir Catégorie:Nom vernaculaire ou nom normalisé ambigu qui peut aller d'un simple Spiruline ou Limace de mer à un plus complet Baleine ou Ours. Bactérie mérite àmha mieux qu'une redirection, pour être en accord à la fois avec le principe de moindre surprise pour le grand public et l'exactitude encyclopédique pour les scientifiques. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 27 janvier 2015 à 13:57 (CET)

Je ne crois pas qu'on puisse décrire le problème de cette manière. C'est même un peu l'inverse : pour les contenus connus du grand public, il n'y a aucun souci car il se réfèrent dans leur immense majorité aux Eubacteria, tandis que l'exactitude scientifique pose problème car il y a un désaccord de fond sur la nomenclature à utiliser.

La situation actuelle est la suivante : la majorité des scientifiques désignent les Eubacteria «Bacteria» et les Archaebacteria «Archaea», et considèrent les termes Eubacteria et Archaebacteria comme obsolètes (nomenclature Woese 1990; Archaebacteria en particulier a presque totalement disparu), mais cet obsolescence est contestée par certains auteurs, notamment Thomas Cavalier-Smith, qui souhaitent conserver le sens historique Bacteria=Prokaryota (et regroupant les Eubacteria et les Archaebacteria; nomenclature Woese 1977). Tinm, le 27 janvier 2015 à 16:46 (CET)

 Tim Là, je te parle du terme français bien connu « Bactérie ». Que veux-tu en faire alors ? Sans doute le rediriger, mais sur quoi ? Dans un ouvrage ancien ou dans un document moderne, a-t-il toujours désigné, sans ambiguïté possible, un seul et unique taxon ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 27 janvier 2015 à 17:12 (CET)

 Salix Avant tout j'aimerais avoir l'avis et les suggestions éventuelles de  Iossif63 quant au problème de la redirection de «bactérie» (ni vers une page d'homonymie, ni vers Eubacteria, par cohérence). ;)

Mais sinon, je continue à penser qu'on pourrait traiter dans l'article Bacteria à la fois les aspects historiques et nomenclaturaux (dont la question des sens du terme et de la relation aux Archaea) et tout ce qui concerne les eubactéries. C'est assez facile à faire car il n'y a aucun contenu relatif aux Archaea sur la page Bacteria actuelle ; il suffirait donc d'ajouter une section historique et nomenclature, et de voir comment on peut couvrir les deux sens acceptés du terme dans l'introduction de façon simple (peut-être quelque chose comme « selon les définitions, les Bacteria peuvent ou non inclure les Archaebacteria/Archaea » ?). Tinm, le 27 janvier 2015 à 17:48 (CET)

Je pense que c'est une bonne idée d'avoir un article "Bactérie" comme biohomonymie (comme Limace de mer, Vautour, etc.), on pourrait pour cela renommer l'article Bacteria en Bactérie et expliquer à l'intérieur tous ces problèmes de nomenclature. On garderait deux pages nommées Prokaryota et eubacteria. L'article Bactérie contiendrait les informations médicales, écologiques, culturelles, etc. qui sont globalement vraies pour les eubactéries et les archébactéries alors que les articles Prokaryota et eubacteria seraient davantage consacrés aux questions de génétique, de structure, de phylogénie, d'histoire de l'évolution, etc. On pourrait aussi avoir l'article Bacteria (phasme) alors que Bacteria redirigerait vers Bactérie. Je ne pense pas qu'il y ait besoin de supprimer l'article Bacteria (homonymie) car il peut rester utile pour un utilisateur averti, et on ne tombe pas dessus facilement s'il ne correspond à aucune redirection sèche. Iossif63 (discuter) 27 janvier 2015 à 21:07 (CET)

Je suis prêt à approuver cette idée parce que je trouve la situation actuelle vraiment intenable, mais pour être honnête je reste assez sceptique et je n'arrive pas à visualiser le résultat auquel vous souhaitez arriver. À mon avis il y aura au moins deux problèmes importants. Le premier est que, si l'on traite des archées et des bactéries dans l'article, on va se retrouver avec un article redondant avec procaryote. Le second est qu'il va être très difficile de distinguer clairement les contenus qui ont leur place sur l'article bactérie de ceux qui doivent apparaître dans l'article Eubacteria. Comme je l'ai dit déjà, le problème n'est pas celui de la biohomonymie, et les questions médicales, écologiques ou culturelles à portée encyclopédiques ont en réalité toutes trait aux eubactéries à l'exclusion des archées. Les archées ne sont pas connues du grand public, même à son insu. Aucune archée pathogène n'est connue (pas d'intérêt médical) ; elles sont peu présentes historiquement dans l'écologie microbienne (jusqu'à il y a une dizaine d'années, même les scientifiques les plus pointus les voyaient comme des curiosités confinées à quelques environnements extrêmes) en outre cet aspect est actuellement peu développé sur wikipédia (peu de contenu dans Bacteria et Eubacteria, l'article écologie microbienne est une ébauche) ; enfin les archées sont presque totalement absentes de la culture populaire puisque non pathogènes et supposément rares (c'est ce qu'on a cru jusqu'aux années 2000). Et au final à défaut de distinction claire on va se retrouver à terme dans à peu près la même situation qu'aujourd'hui : soit tout sera dans Eubacteria (quasi-page d'homonymie), soit les deux articles parleront tous les deux un peu de tout.

Maintenant... Si je délire et que vous avez une vision claire et solide de ce que vous voulez faire, donnez-vous en à cœur joie, je serai avec vous. ;)

Tinm, le 27 janvier 2015 à 23:30 (CET)

 Tim Dans le cas d'une biohomonymie, on ne s'attarde pas sur les points qui concernent seulement un taxon, on donne des pistes pour savoir vers lequel aller et quelques caractéristiques communes et confusions possibles. On s'adresse aux débutants et à ceux qui ne s'intéressent pas vraiment à la biologie détaillée, mais qui tomberont là à partir d'un roman, d'une biographie, d'un timbre ou que sais-je encore, avec le mot bactérie dedans. Il n'y a pas de taxobox, on n'y explique pas l'évolution d'un taxon précis. Juste ce qu'il faut pour clarifier les idées du lecteur et aussi donner des indices pour savoir à quel moment le mot s'est mis à correspondre à un ou plusieurs taxons. « Bactérie » était-elle la même chose pour Pasteur que dans un ouvrage de vulgarisation du XXI siècle ? Introduire ce qu'est une Bactérie multirésistante, en quelques mots, pourquoi on parle parfois de bacilles, etc. Tout le reste est à réserver aux articles avec taxobox. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 27 janvier 2015 à 23:52 (CET)

 Salix Ce qui m'inquiète dans ta réponse c'est qu'elle confirme mes craintes : la multirésistance est typiquement un sujet qui n'a trait qu'aux eubactéries, et une discussion sur les formes a sa place sur la page procaryotes. Pour ce qui est d'expliquer l'état de la microbiologie du temps de pasteur, ce n'est pas du tout évident, quoi qu'il en soit j'ai dit que j'étais favorable à une section historique et nomenclature sur la page Bacteria. C'est un point sur lequel nous sommes d'accord, il me semble. (Et en vrai il faudrait carrément un article Histoire de la systématique microbienne, parce qu'on touche à beaucoup de questions d'un coup, virus et eucaryotes compris !) — Tinm, le 28 janvier 2015 à 02:04 (CET)

Tu as vraiment envie de voir les archébactéries et les eubactéries comme des trucs complètement différents on dirait. Tu dis par exemple que la multirésistance aux antibiotiques ne concerne que les eubactéries. Certes. Mais ça ne concerne pas toutes les eubactéries ! Il faut éliminer par exemple les cyanobactéries ! Suivant ton raisonnement il serait donc faux de parler de la multirésistance dans un article nommé eubacteria étant donné qu'elles ne sont pas toutes concernées... Tu parles d'environnements extrêmes, mais il n'est pas du tout vrai que les archébactéries soient les seules à y vivre. D'une part il y a plein d'espèces d'archébactéries qui vivent dans un environnement pas du tout extrême (ni en température, ni en salinité, etc.) et d'autre part il y a plein d'espèces d'eubactéries qui vivent dans des environnements très chauds (Thermotogae ou Thermus par exemple), très salés, voire très irradié (Deinococcus radiodurans). Ce qui est pertinent c'est d'avoir un article de biohomonymie destiné aux débutants qui contiendrait notamment un historique sur le sens de ce mot (Bactérie) et deux articles détaillés pour les spécialistes (eubacteria et Prokaryota). Iossif63 (discuter) 28 janvier 2015 à 07:07 (CET)

Je constate que les arguments de Tinm (d · c · b) ne sont pas contestés sur le fond et sur : « pour les contenus connus du grand public, il n'y a aucun souci car il se réfèrent dans leur immense majorité aux Eubacteria ». On a donc un taxon précis, et un « concept culturel » qui s'y inclut complètement. Donc je pense qu'il n'y a pas lieu de faire une page de biohomonymie, qui normalement s'appuie sur un concept culturel notable et à cheval sur des taxons qu'on ne peut pas regrouper du point de vue biologique, mais pas être déclenché automatiquement dès que l'on trouve la moindre occurrence historique du terme dans une utilisation qu'on juge ambiguë. Si l'article est trop compliqué pour les débutants et à ceux qui « tomberont là à partir d'un roman, d'une biographie, d'un timbre ou que sais-je encore », il reste à veiller qu'il soit clair et pas démesurément long, on peut créer des articles détaillés pour développer tel sous-sujet (ou bien qu'ils aillent sur Vikidia héhé !) mais même en venant de la lecture d'un roman, si on cherche "bactérie" sur Wikipédia, c'est pour y trouver des informations biologiques, pas un article de magazine qui survolerait un peu tout avec un encart sur les bactéries multirésistantes sans souci de fournir des connaissances biologiques valides. Il y a d'autres médias pour ça en fait. Astirmays (discuter) 28 janvier 2015 à 07:52 (CET)

Désolé mais je n'ai peut-être été assez clair. Je conteste sur le fond que pour « pour les contenus connus du grand public, il n'y a aucun souci car il se réfèrent dans leur immense majorité aux Eubacteria ». Pour le grand public une bactérie ce n'est ni une eubactérie ni un procaryote. Et la majorité des choses que les gens ont envie de savoir sur les "bactéries" est également valide pour les archébactéries. Iossif63 (discuter) 28 janvier 2015 à 09:42 (CET)

Quand le grand public pense aux bactéries, il pense bien à des eubactéries (E. coli, Staphylocoques, Lactobacillus, cyanobactéries pour les plus initiés...). Tous les microbiologistes s'accordent aussi, indépendamment des questions de nomenclature, sur la différence fondamentale entre les bactéries/eubactéries et les archées/archébactéries. Et dernièrement, on a déjà un article prokaryote/Prokaryota, ce qui d'ailleurs tombe bien puisque le terme est celui utilisé par la majorité des opposants à la nouvelle nomenclature de Woese (Mayr jusqu'à sa mort, William Martin, Cavalier-Smith également, comme synonyme de Bacteria) aussi bien que par tout le reste de la communauté dès qu'il s'agit d'exclure les eucaryotes de leur propos.

Pour aller au fond de ma pensée, puisqu'on est revenu au point mort habituel, je pense que tant qu'on essaiera de ne pas choisir entre les deux nomenclatures (Bacteria/Eubacteria/Archaea et procaryotes/Bacteria/Archaea) on sera dans une impasse, puisqu'on sera voués à avoir quatre articles pour trois concepts. Et je ne vois pas en quoi accepter alors l'usage majoritaire, tout en faisant comme il se doit honneur à l'usage minoritaire, irait à l'encontre du principe de neutralité de Wikipédia. — Tinm, le 28 janvier 2015 à 16:26 (CET)

Comme tu le dis si bien, on n'est pas d'accord donc au point mort. Je ne vois pas où tu veux en venir, la seule solution neutre (qui ne va ni dans un sens ni dans l'autre) c'est de faire de Bactérie un biohomonymie. Et encore une fois je ne suis pas d'accord avec toi, quand le grand public pense à bactérie il ne pense pas E. coli ou à Lactobacillus, il ne connait pas ces mots. Tu projettes ta vision du monde sur des gens qui n'y connaissent rien et donc ne sont ni dans ta vision du monde ni dans la mienne d'ailleurs. Et encore une fois NON, tous les microbiologistes ne s'accordent pas sur la différence fondamentale entre les eubactéries et les archébactéries. Certains pensent que ces différences ont été grandement exagérées pour des raisons idéologiques. Certains pense que la différence entre bactéries à deux membranes et bactéries à une membrane est bien plus fondamentale par exemple (cf. Gupta par exemple) : cette "petite" différence change complètement le fonctionnement de la cellule et son rapport à l'environnement. Les eubactéries sont très hétérogènes en terme de génétique, de structure, de physiologie, etc. et au milieu de cette hétérogénéité les spécificités des archébactéries ne me semblent pas justifier un traitement à part. Comme je l'ai dit, si tu prends l'embranchement Hadobacteria, là aussi il y a environnement extrême, absence de pathogénicité pour l'homme, pas d'histoire de résistance aux antibio, etc. Quand le grand public pense à "bactérie" il ne pense aux hadobactéries, il ne pense à rien du tout. Tant qu'on n'y est on pourrait carrément proposer de rediriger directement sur E. coli quand le grand public tape "bactérie" dans le moteur de recherche de Wikipédia... Encore une fois, on ne pourra tomber d'accord que sur un article neutre, donc une biohomonymie. Choisir de prendre position pour le point de vue majoritaire n'est pas toujours la meilleure décision, surtout s'il n'y a pas consensus. La science n'est pas une démocratie, il ne suffit pas d'avoir 51% des voix, il en faut 99%. Iossif63 (discuter) 28 janvier 2015 à 19:40 (CET)

J'ai horreur de ces pages de biohomonymie qui ne respectent pas la définition qu'on en faisait originellement et qui servent d'écran, de cloison entre d'une part les représentations, les définitions du vocabulaire, et l'approche biologique. Les « gens qui n'y connaissent rien » viennent pour en savoir plus, pas pour qu'on leur reflète le flou des représentations communes. Astirmays (discuter) 28 janvier 2015 à 21:37 (CET)

Chacun a le droit d'avoir des aversions, mais est-ce une raison pour priver les autres de ce qu'on n'aime pas ? Plusieurs votes à propos de fusions ou de renommages ont montré qu'ils sont plus nombreux à estimer que les biohomonymies sont utiles et qu'il serait péremptoire de décider à la place du lecteur ce qu'il veut en le redirigeant arbitrairement sur un rang taxinomique partiel. On encourage vivement le lecteur de la biohomonymie à aller voir - par de nombreux liens et mais en toute connaissance de cause - les taxons qui l'intéressent. Les biohomonymies ne sont pas des cloisons, mais des passerelles. Rien n'empêche de parler étymologie, art ou littérature sur un article traitant d'un taxon, bien au contraire, si cela concerne exclusivement ce taxon. Je n'ai jamais dit qu'il fallait faire un paragraphe sur les bactéries multirésistantes, mais qu'il était utile de les évoquer en quelques mots et donner le lien vers l'article détaillé, à l'intention du lecteur intéressé par cet aspect des bactéries. Le 1er PF dit que WP « incorpore des éléments d’encyclopédie généraliste, d’encyclopédie spécialisée et d’almanach ». Les biohomonymies, généralistes, n'empêchent pas de faire de beaux articles spécialisés. Y compris une Histoire de la systématique microbienne.-- Amicalement, Salix ^[Converser] 28 janvier 2015 à 22:26 (CET)

 Iossif63 «Encore une fois non, tous les microbiologistes ne s'accordent pas sur la différence fondamentale entre les eubactéries et les archébactéries» Ce qu'il faut pas lire ! Par exemple : « Archaea are widely regarded as one of the three main domains of life » (Gao and Gupta, 2007) ; « Although the differences in organization of the replication, transcription and translation machinery of are well known, the full extent of other major differences between Archaebacteria and Eubacteria in cell organization is still insufficiently widely appreciated, some having only become apparent recently » (Cavalier-Smith, 2002). J'hallucine en arriver à avoir à me justifier ! S'il y a quelqu'un ici qui s'est unilatéralement persuadé de détenir la vérité, c'est toi ! « les spécificités des archébactéries ne me semblent pas justifier un traitement à part » ; je ne crois pas que ton avis sur la question ait la moindre importance, il me semble que ce dont il est question ici est ce qui se passe dans la communauté scientifique, la vraie.

Je ne suis pas par principe opposé à une page de biohomonymie, par contre c'est une solution dont je n'arrive pas à comprendre les objectifs, et à l'efficacité de laquelle je ne crois pas, pour les raisons que j'ai exposées plus haut, et donc clairement je serais incapable de la mettre en œuvre. Alors qu'une solution à trois articles procaryotes, Bactéries, Archées, serait simple, claire, cohérente, et ne s'opposerait pas du tout à ce que ce débat sur la nomenclature soit traité de façon appropriée. — Tinm, le 29 janvier 2015 à 00:20 (CET)

Des citations tirées de leur contexte, c'est de la pure mauvaise foi ou bien tu ne comprends pas ce que tu lis. En voici une sans aucune ambiguïté : « Therefore archaebacterial cell structure, growth, division, and genetics remained fundamentally bacterial or prokaryotic. Early claims that archaebacteria are a “third form of life” in addition to eukaryotes and prokaryotes/bacteria are thus falsified, despite misleading, confusing, purely propagandistic name changes that some of us never accepted » (Cavalier-Smith, 2014). Et encore : « It is important to point out that the taxon Archaea has been defined only by biochemical and sequence characteristics and that its members show no unique morphological features by which they could be distinguished from gram-positive eubacteria (99, 258). Since the phylogenetic distinctness of Archaea is now highly questionable, and in view of the concerns raised that “It is not appropriate to separate kingdoms on any basis but a major, reasonably easily determined difference in organization” (175), I conclude that the basic premise of the three-domain proposal, i.e., that the primary division within prokaryotes is between Archaea and Bacteria, is not justified. » (Gupta, 1998) C'est moi qui hallucine de devoir me justifier ! Ce que tu n'as pas l'air de comprendre c'est que justement que si certains scientifiques ne sont pas d'accord sur la classification à adopter c'est parce qu'ils ne sont pas d'accord sur le fait que les archébactéries constituent effectivement un groupe de procaryotes si différents que ça des autres !!! Et en ce qui concerne l'importance de mon opinion ici je ne vois pas pourquoi elle serait moins importante que la tienne. Iossif63 (discuter) 29 janvier 2015 à 07:45 (CET)

Tu remarqueras que Gupta utilise les termes Archaea et Bacteria... Et j'ai jamais nié que Cavalier-Smith (comme Mayr, 1998) donnait à la divergence eucaryote-procaryote la primauté sur la divergence bactéries-archées (bien qu'au fond tout le monde soit d'accord pour dire que la divergence la plus grande au sein des procaryotes est entre les archées et les bactéries). Quant à mon avis, c'est simple, je n'en ai pas. Ces questions de nomenclature me sont pénibles, au fond je ne crois pas que les connaissances actuelles permettent de les trancher et je ne prendrai donc pas parti, et tout ce que je souhaite c'est que Wikipédia soit bien foutu, donc clair et cohérent tout en restant exhaustif. — Tinm, le 29 janvier 2015 à 10:04 (CET)

Et justement le meilleur moyen que Wikipédia soit bien foutu c'est d'avoir d'un côté un article d'approche grand public avec un nom vernaculaire "bactérie" construit comme une biohomonymie (que du coup il est de facto à cause de Woese), et de l'autre autant d'articles détaillés que nécessaires eubacteria, Prokaryota, etc. pour ceux qui cherchent des informations biologiques et phylogénétiques précises. Un avis, tu en as un, comme l'on montré tes interventions, même si le sujet ne t'intéresse pas ou t'es pénible. Même ta dernière parenthèse semble révélé à quel point tu en es imprégné : « bien qu'au fond tout le monde soit d'accord pour dire que la divergence la plus grande au sein des procaryotes est entre les archées et les bactéries » ; ce qui est faux car justement en 1998 Gupta a consacré 3 articles à démonter cette idée en montrant que la principale différence au sein des procaryotes est entre les bactéries unimembranées d'une part (essentiellement Gram-positive + archébactéries) et bimembranées d'autre part (essentiellement les Gram-négative). Sans compter également la démonstration dans de très nombreux articles par Cavalier-Smith bien sûr, mais aussi Valas et Bourne, Gupta, Lake et d'autres que les eubactéries elles-mêmes sont de toute manière paraphylétiques, et au sein même des eubactéries ce sont les bactéries Gram-positives qui sont paraphylétiques et qui ont donné naissance aux Gram-négatives d'une part et aux néomures (archébactéries + eucaryotes) d'autre part. Selon ce point de vue, la division principale du monde vivant est bien entre procaryotes et eucaryotes, la deuxième division au sein des procaryotes est entre unimembranées et bimembranées, et les archébactéries n'apparaissent enfin que comme une division de 3e ordre au sein des unibactéries (séparées alors entre les Gram+ et les archébactéries). Bon je me suis un peu étalé et ce n'était pas vraiment le sujet, mais je crois que ça peut aider à faire comprendre qu'on ne peut pas rompre la neutralité de Wikipédia en adoptant un titre comme Bacteria pour un article où on ne parlerait que des eubactéries, même si la question de la controverse est abordée en son sein. Les termes eubacteria et Prokaryota ont l'avantage d'être non ambigus, qu'on soit d'un bord ou du l'autre on sait de quoi on parle, alors que le terme Bacteria est au centre d'une vaste bataille de propagande. Iossif63 (discuter) 29 janvier 2015 à 10:56 (CET)

Tu es pétri de certitudes mais bref. J'ai dit que j'étais ouvert à une page de biohomonymie, quoique personnellement je ne voyais pas comment ça allait être « bien foutu ». Mais je ne demande qu'à ce qu'on me prouve le contraire, si cette page est bien je serai le premier à le dire. — Tinm, le 29 janvier 2015 à 13:33 (CET)

Merci pour ce fair play Tinm . Je veux bien contribuer à rédiger cette biohomonymie, en tant qu'habituée de ces passerelles et aussi comme "naïf" en ce qui concerne les bactéries. Je suis capable de poser des questions, mais pas d'y répondre de façon argumentée comme vous le faites si bien ci-dessus. En gros, si on pouvait résumer vos différents points de vue sur les "bactéries" dans la biohomonymie, sans rentrer trop dans le détail (cf les articles spécialisés), ce serait àmha déjà une approche intéressante pour nos lecteurs, sauf que l'article ne devra « pas promouvoir de point de vue particulier. [...] cela suppose de décrire plusieurs points de vue ; de représenter chacun de ces points de vue aussi fidèlement que possible, en tenant compte de leur importance respective dans le champ des savoirs ; de fournir le contexte nécessaire à la compréhension de ces points de vue au travers de ceux qui les tiennent ; et de ne représenter aucun point de vue comme étant la vérité ou le meilleur point de vue. ». L'idéal, avant de renommer Bacteria serait peut-être de travailler collectivement sur une sous-page de brouillon (Projet:Microbiologie/Bactérie) afin de voir où cela nous conduit . Iossif63 es-tu partant ? Tinm es-tu prêt à donner éventuellement un coup de main ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 29 janvier 2015 à 14:27 (CET)

Je suis partant, oui. Il quand même que j'assume les exigences que j'ai défendues, ce ne serait pas correct de partir comme ça . Concrètement voilà comment on peut procéder point par point. Dans l'article actuel Bacteria qui doit être transformé en biohomonymie bactérie, on peut étoffer la 1ère partie "Histoire" en rajoutant quelque chose sur la controverse étymologique et en profiter pour rediriger vers les articles détaillés eubacteria et Prokaryota, les parties biologiques peuvent être simplifiées et fusionnées, par exemple "Structure cellulaire" avec "Morphologie et association des bactéries" et "Mobilité des bactéries", "Croissance et reproduction" avec "Génétique" et "Métabolisme". Les informations retirées seront développées dans les articles eubacteria et Prokaryota. Les paragraphes suivants m'ont l'air de correspondre globalement à ce qu'on attend d'un article grand public (lien avec l'homme, l'environnement, l'industrie, etc.). La partie classification à la fin devrait être entièrement transférée vers Prokaryota je pense. La dernière partie "Vie dans des conditions extrêmes" a un aspect très culturel et mérite entièrement sa place dans cet article de biohomonymie.

 Iossif63 De mon côté, je peux me charger de la partie étymologie, évolution éventuelle du sens dans les dictionnaires, noms vernaculaires, etc. On fait ça où ? Sur le brouillon ou bien on demande le renommage d'abord pour faciliter la continuité des historiques sans devoir faire une fusion ensuite ? -- Amicalement, Salix ^[Converser] 29 janvier 2015 à 14:53 (CET)

C'est peut-être mieux de faire ça directement sur l'article non ? Comme ça pour traquer la continuité historique si on transfère qqch vers un autre article ça sera plus simple à voir. Iossif63 (discuter) 29 janvier 2015 à 15:15 (CET)

 Iossif63 OK. Je te laisse faire pour le tri des infos et le renommage. En cas de transfert important, n'oublie pas de piocher dans la Catégorie:Modèle de crédit aux auteurs . Fais-moi signe dès que tu as besoin de mon aide. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 29 janvier 2015 à 15:32 (CET)

Salix (d · c · b) Iossif63 (d · c · b) Je peux aider oui, bien entendu. Je pense que je pourrai surtout être utile pour la partie historique puisque c'est là que je comprends le mieux ce que vous souhaitez faire. ;-) — Tinm, le 30 janvier 2015 à 11:43 (CET)

Bon je n'aurai pas le temps de m'y mettre avant la semaine prochaine, mais j'imagine qu'il n'y a rien d'urgent, depuis le temps que ces articles sont dans cet état... Iossif63 (discuter) 30 janvier 2015 à 15:36 (CET)

 Iossif63 Pas de problème. Passe un bon week-end . -- Amicalement, Salix ^[Converser] 30 janvier 2015 à 21:52 (CET)

J'ai commencé à remanier en profondeur les 3 articles, mais c'est loin d'être fini, il faut réécrire complètement pas mal de choses. J'ai posté une demande de renommage pour Bacteria vers Bactérie : Spécial:LienPermanent/111552114#Bacteria. Iossif63 (discuter) 4 février 2015 à 15:01 (CET)

D'ailleurs n'hésitez pas à faire des réécritures vous-mêmes, je crois avoir plus ou moins fini de modifier les plans des articles. L'article Bactérie devrait se focaliser sur les généralités accessibles au grand public (histoire, aspect général, détails écologiques et technologiques) ; l'article Prokaryota se focalise sur les procaryotes en tant que "concept", c'est-à-dire par opposition aux eucaryotes, donc on aborde en détail le plan d'organisation, les techniques d'identification en microbiologie et l'importance de tel ou tel paramètre sur la croissance et la reproduction en laboratoire ; enfin l'article Eubacteria se focalise sur les concepts de domaine et de grade pour mettre en perspective les spécificités des eubactéries par rapport aux archébactéries (un grosse partie sur les "particularités"). J'espère que vous y voyez plus clair comme ça et surtout que ça vous va. On aurait pu argüer longtemps de manière abstraite, mais (grâce au fair play de  Tinm ) la mise en pratique permet souvent de révéler objectivement les mérites et les défauts d'une proposition. Le résultat n'est bien sûr pas définitif, je vais continuer le travail de réécriture et je suis ouvert aux critiques. Iossif63 (discuter) 4 février 2015 à 21:21 (CET)

Harmonisation des taxobox

Bonjour à tous.

Je voulais justement poster une proposition pour harmoniser les taxobox et je vois que le sujet était justement un peu de retour, suite à la discussion de Salix et Nandoo (coucou...). Je devrais surement venir faire un tour ici plus souvent . En effet, je suis en pleine rechute de wikipediholisme et comme d'habitude, la cohérence des classifications et des taxobox m'obnubile. Alors plutôt que de faire mes modifications dans mon coin, voici donc mes propositions pour relancer le débat et essayer de changer tout ça ( attention Salix, ça va faire mal... ):

D'abord, voila ce à quoi pour moi doit servir une taxobox. Elle doit servir autant au profane qu'au spécialiste. Situer le taxon ou le clade dans l'arbre du vivant, mais aussi et surtout permettre de NAVIGUER dans l'arbre du vivant, notamment sur les taxons directement supérieur afin de voir quels sont les branches et espèces frères. Elle doit donc être harmoniseé avec les taxons de même rang proche. Elle ne doit pas être inutilement longue. Et enfin, sujet à controverse apparemment, pour moi elle ne doit pas être un copié-collé d'une référence...

• Wikipedia n'est pas ITIS, NCBI, RDB (salut Poleta33) ou MSW. Il y a bien assez de référence dans l'article et en bas de page pour aller voir la classification de ces sites, classification bien souvent très en retard sur les dernières découvertes, sans parler de MSW qui n'est d'aucun intérêt au dessus des ordres. Pour les taxobox, wikipedia peut être au fait des dernières classifications et ce n'est pas du travail inédit à partir du moment ou cela est sourcé et expliqué dans le texte si il y a contradiction avec les références de bases, ou dans le texte des taxons supérieurs concernés. Donc pour moi, pas besoin de références en taxobox. Autre argument, Wikipedia n'est pas une encyclopédie du vivant! C'est une encyclopédie totale et elle se doit de pouvoir naviguer autant dans les espèces vivantes que fossiles, dans la limite du raisonnable. Ce que ne font pas du tout toutes ces classifications.
• Pour ce qui est de l'utilité au profane comme au spécialiste et de la faciliter de navigation, voici les idées que je commence déjà à appliquer sur mes modifications (je sais, c'est pas bien... ) Je propose de diviser plus ou moins la box en deux parties et de limiter le nombre de rang à 10 par exemple.
  • La partie supèrieur devrait pouvoir situer facilement le taxon dans le monde du vivant pour un profane en utilisant les taxons classiques utiles et qui parlent au grand public. Par exemple pour les vertebrés, je préfère mettre le sous-embranchment Vertebrata plutot que l'embranchement Chordata qui n'évoque rien pour le profane et dont la page n'est pas du tout détaillée par rapport à celle des vertébrés. Je vais prendre l'exemple des mammifères sur lesquels je fais le plus de modifs. Je ne vois pas l'intérêt (dans les classifications ITIS...) de préciser que les primates sont des deuterostomiens ou des gnatostomes par exemple. Ni celui pour les taxons plus bas de mettre le rang Eutheria ou Metatheria qui n'ont plus trop d'intêret maintenant qu'il ne servent qu'en paléontologie et que Placentalia et Marsupialia parlent plus au grand public. En fait il faudrait que ces taxons de partie haute soit fixés une fois pour toute dans chaque spécialité. Par exemple pour tout les mammifères, cela commencerait par 1-Animal, 2-Vertebrata, 3-Tetrapoda, 4-Mammalia et 5-Placentalia/Marsupialia/Prototheria. (j'hésite pour Tetrapoda, mais ça permet de faire la différence avec les taxobox de "poissons"). Pour les autres animaux, il faudrait également situer les 4 ou 5 taxons importants qui permettrait d'amener à la classe ou au grand groupe de cette classe comme pour les mammifères. Elle pourrait néanmoins être compléter de bas en haut pour les taxons qui sont situer juste sous la classe, j'y reviendrais en exemple.
  • La partie inférieur elle se devrait d'être des plus détaillée, surtout tout en bas, pour permettre de naviguer directement avec les espèces proches. Elle devrait donc se remplir de bas en haut et pourrait intégrer les genre, tribu, sous-famille, famille, super-famille, sous-ordre, ordre obligatoirement et super-ordres en se limitant à 5 ou 6 rangs maximum (suivant le nombre de taxon dans la partie haute si l'on veut limiter le nombre total de rang à 10 par exemple) en supprimant si besoin les rangs le plus haut qui ne sont pas parlant pour la classification classique et le grand public (ne jamais supprimer le super-ordre des xénartres par exemple, et jamais l'ordre bien sur).
  • Pour une espèce, voici ce que ca donne pour le Blaireau-furet indien. Si il y avait eu une super-famille, j'aurais supprimé le rang de sous-ordre par exemple. Et si il n'y avait pas eu de sous-ordre, j'aurai eu la place de rajouter le super-ordre. On a donc une partie supérieur reprenant les grands taxons qui parlent au grand public, et une partie inférieur détaillée qui permet la navigation avec les espèces très proches et de découvrir des groupes plus scientifiques. Pour des taxons plus haut comme les ordres, voiçi ce que ça donne pour les Rongeurs. On peut détailler en partie basse des rangs comme le super-ordre ou encore Boreoeutheria. Et il me reste de la place pour insérer Eutheria et Theria au dessus de Placentalia dans le bas de la partie haute. Pour les taxons plus haut dans l'arbre de la vie, on procède de la même façon à savoir détailler la partie basse toujours de bas en haut, puis compléter la partie haute de bas en haut avec les grandes divisions les plus parlantes.

Donc pour résumer:

- des taxobox hybrides qui servent autant au grand public qu'aux spécialistes et qui permettent de naviguer facilement entre les espèces proches.

- pas de références à quelque site que ce soit. Les détails sont dans l'article si il y a débat ou que les références sont contradictoires.

- des taxobox harmonisé dans chaque classe pour les taxons de même rang grâce aux règles fixés pour la partie haute. Ainsi par exemples, toutes les sous-familles de carnivores posséderaient exactement les même niveaux de taxons.

- des taxobox qui se limitent à 10 rangs (c'est ce que j'ai trouvé de mieux, à voir).

- une méthode de remplissage par le bas pour la partie basse, et également pour la partie haute si il reste de la place.

Ah oui, j'oubliai. Je supprimerai bien toutes ces pseudo "position phylogenetique" à rallonge parfois situé en bas de taxobox qui sont redondante avec la classification. Il suffit simplement de lister les taxons importants de rangs inférieurs comme c'est souvent le cas non?

Voila, je ne pensais pas être aussi long mais au moins c'est dit et j'espère relancer le débat. Je vais essayer de me calmer au niveau des modifications et de faire une pause, mais je surveillerai ce débat et j'espère que ces idées pourront aider à harmoniser ce "foutoir en perpétuelle construction".

Bonne année à tous. Boogie Boy (discuter) 27 janvier 2015 à 22:45 (CET)

 Boogie Boy Une première réaction immédiate me vient à ces propositions, que je ne critique pas sur le fond. Tu oublies apparemment un facteur essentiel : Wikipédia s'écrit à plusieurs mains, les articles sont ajoutés de façon aléatoire et le texte n'est rapidement plus en adéquation avec le reste. D'autre part, les contributeurs ont des connaissances très disparates, voire des POV ou des conflits d'intérêt qui rendent toute classification non sourcée, ou non validée par consensus (cf. questions plus haut pour les mammifères) infiniment trollesque. Tout ce que tu proposes aurait un sens dans un ouvrage figé, mais ici, on doit aussi bien tenir compte du spécialiste qui veut imposer SA classification (les anciens comprendront) que des fondus de nouveauté qui changent les classifications au gré des publications, sans soucis d'harmonisation, ni d'attendre d'avoir le recul nécessaire pour vérifier qu'il ne s'agit pas d'« une « révolution » non encore connue ou débattue dans le domaine, une opinion « excessivement » minoritaire ou que l'on ne peut associer qu'à des sources jugées confidentielles et/ou peu fiables » (WP:TI). A l'inverse, on a aussi des débutants en taxinomie, incapables dévaluer l'importance d'un taxon comme tu le fais. Sans oublier tous ceux qui utilisent le logiciel bien pratique de Liné1 sans se poser de questions. Par ailleurs, limiter à 10 rangs me semble tout à fait arbitraire. Reste que moi aussi « je supprimerai bien toutes ces pseudo "position phylogenetique" à rallonge parfois situé en bas de taxobox », je le fais d'ailleurs régulièrement quand une taxobox de botanique passe en APG III. Amha, même si les bases que nous utilisons en source sont d'une actualité discutable, elles ont le mérite de permettre à la fois la vérifiabilité et la mise en cohérence progressive des taxobox au sein d'un groupe taxinomique, et surtout une maintenance collective, même si l'un de nous rend son tablier en cours de travail, ou que la convention du projet s'est perdue dans les strates d'archives. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 27 janvier 2015 à 23:53 (CET)

Très rapidement car je me suis peut-être fait mal comprendre sur un point. J'y suis peut être aller un peu fort au niveau des références car je voulais jeter un pavé dans la mare. Je ne dis pas qu'il ne faut avoir aucune de ces références et qu'il faut tout changer dès qu'une nouvelle étude vient proposer autre chose, mais qu'il ne faut pas avoir une seule référence et que la classification soit un copié-collé d'ITIS ou de MSW. Quand il y a plusieurs études qui concordent sur une nouvelle classification et que celle-ci est reprise par une référence, ca devrait suffir a validé celle-ci (je pense aux Lutridés par exemple... ). En tout cas, toutes ces idées d'harmonisation sont surtout proposées pour tout les articles existant déjà et pour celles et ceux qui veulent éditer des règles pour essayer d'harmoniser tout ça. Et si un débutant veut éditer une taxobox (pas si débutant que ça), on pourrait mettre un texte caché expliquant qu'il y a des conventions et qu'il peut venir les voir sur la page du projet. En tout cas ce ne sont que des idées parmis d'autres pour essayer de relancer un projet d'harmonisation. A vos idées! Boogie Boy (discuter) 28 janvier 2015 à 02:38 (CET)

salut BB

le principal problème c'est que souvent les classifications ne sont pas d'accord et avec une taxobox on est limité à une classification donc on est obligé d'en choisir une si justement on veut une harmonisation... et si tu detailles beaucoup le bas de la Taxobox, comme c'est ce qui est le plus sujet sujet à des modifications dans les classifications, ça va vite être le bazar... ++ Poleta33 (discuter) 28 janvier 2015 à 09:37 (CET)

C'est avec grand intérêt que j'ai pris connaissance des réflexions de Boogie Boy. L'idée de vouloir obligatoirement mettre une source de classification dans la boite de taxonomie finit par être stérilisante. Cela empêche de suivre raisonnablement l’état actuel des connaissances et cela interdit toute démarche propre aux projets wikipédia pour le choix des niveaux pertinent à présenter. Je ne propose pas d'interdire le champ classification. Cela peut être bien utile pour un utilisateur intéressé par un taxon mais étranger aux problèmes de systématiques et par ailleurs l’outil de Linée1 est bien pratique mais il s'agit de surtout de ne pas vouloir l'imposer et de laisser des marges de manœuvre aux sous-projets de biologie donc par exemple de ne pas avoir d'attitudes rigides refusant toute suppression de ce champ ce qui conduit à empêcher toutes latitudes quand au choix des niveaux utiles à la navigation et qui sont en cohérence avec le sous-projet et les articles qui y sont développés et par ailleurs cela peut parfois amener à des situations absurdes comme recopier des erreurs qui sont totalement incohérentes avec les articles développés dans le sous-projet. Une boite de taxonomie doit pouvoir ne pas être uniquement un copié-collé d'une référence. Je remarque aussi que la référence unique et quasi-obligée à l'intérieur de la boite de taxonomie n'est à ma connaissance pas retenue par d'autres projets frères de wikipédia, on peut bien sûr penser que c'est parce que l'on est plus rigoureux et en avance sur les autres mais on peut aussi se demander si la boite de taxinomie est toujours l'endroit le plus approprié pour placer des sources.--Pinof (discuter) 28 janvier 2015 à 16:43 (CET)

WP.fr était aussi en avance quand nous avons créé le projet sources. Si on relit les premiers PF, c'est incontournable. Si on veut pouvoir travailler correctement en équipe, dans l'esprit wikipédien, la vérifiabilité et la référence à des bases de données suffisamment stables est indispensable pour assurer un suivi à long terme. La mention de la source dans la taxobox n'est pas obligatoire, mais c'est une aide précieuse quand on débarque dans un projet ou quand on n'est pas d'accord avec le contenu affiché. C'est aussi une aide précieuse pour harmoniser progressivement les taxobox sans faire passer un robot dénué de discernement. C'est enfin bien pratique pour alimenter des catégories de maintenance des taxobox. L'avenir de Wikipédia, ce n'est pas de bricoler seul dans un petit coin de projet. Nous ne sommes pas éternels, nous ne sommes pas non plus assez nombreux pour imaginer tout faire nous-mêmes et avoir l'oeil sur tout ensuite. Il est indispensable de semer des cailloux blancs sur nos pas pour guider ceux qui ne sont pas des habitués et qui prendront peut-être notre suite. Une taxobox sans indication de source, ce n'est pas toujours un TI, ce n'est pas forcément "mal", mais c'est à coup sûr des recherches chronophages et un casse-tête pour les contributeurs à venir. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 28 janvier 2015 à 20:22 (CET)

On est globalement d'accord. Le point qui me posait le plus de problème c'était l'impossibilité de fait de blanchir, dans une boite de taxonomie, le champ classification et ce pour des positions de principe même lorsque la classification présentée se révélait inadaptée et qu'il ne se présentait pas d'autres alternatives adéquates. --Pinof (discuter) 29 janvier 2015 à 17:20 (CET)

Pour moi, la référence dans la taxobox devrait être obligatoire (cf. principe fondateur rappelé par Salix ci-dessus) et il faudrait creuser la possibilité d’indiquer à quelle date la base de données a été consultée (cf. encore ce que dit Salix sur la possibilité de retrouver facilement l’origine de l’information, sans que cela soit chronophage), et s’il y a des débats ou des classifications alternatives ou autre, cela devrait faire l’objet d’une section dans l’article, avec des sources bien évidemment, et en donnant à chaque théorie la place qui lui revient (c’est-à-dire : pas de logorrhée sur une classification qui a fait l’objet d’une obscure publication ignorée par tous les spécialistes du domaine). Et surtout, il existe de nombreuses bases de données spécialisées qui font un remarquable travail de synthèse : pourquoi ne pas en profiter ? (c’est-à-dire : ni ITIS, ni NCBI par exemple) Pour ce qui est de « choisir » tel ou tel niveau, et tel ou tel taxon : c’est du TI et du POV. Je trouve pour ma part Chordata bien plus parlant et important que Vertebrata, et je ne partage pas du tout le point de vue de Boogie Boy qui supprime le premier au profit du second. 88.165.98.34 (discuter) 18 février 2015 à 23:11 (CET)

De retour sur wikipedia, ravi de voir que le sujet n'est pas tombé à l'abandon, même si je pensais qu'il allait susciter plus d’intérêt. Le fait qu'il y a des désaccords montre qu'il est nécessaire d'établir des règles pour harmoniser ces taxobox. Ceci pourrait être fait sur une page de chaque projet (mammifères, reptiles,...) où l'on pourrait établir un arbre de tout les taxons au dessus du genre à utiliser dans les taxobox, et fixer une fois pour toute les premiers taxons à citer. Pour moi les taxobox en tant qu'infobox sont quelque chose de propre à wikipedia et cela ne constitue pas un TI d'omettre tel ou tel niveau dans un souci de simplicité et d'éviter des taxobox à rallonge, sinon autant choisir de copier-coller ITIS et d'avoir des box à 12 000 taxons.

L'idée de créer une page dans chaque projet pour fixer un arbre et en discuter séduit-elle quelqu'un, au moins chez les mammifères où il y a vraiment une absence totale d'harmonisation? Boogie Boy (discuter) 21 février 2015 à 16:30 (CET)

Je précise qu'au projet Herpétologie (mais il y en a sans doute d'autres) c'est globalement ce qu'on fait, même si ce n'est pas forcément explicité. Il faut dire aussi que la base de classification ReptileDB présente aussi des classifications hautes. Hexasoft (discuter) 26 février 2015 à 21:30 (CET)

 Boogie Boy Si tu vas voir la page d'accueil du projet biologie, il y est indiqué ceci : Projet:Biologie/Bases de données suivies. Les projets de la biologie y indiquent de façon informelle, mais consensuelle, la base choisie dans la taxobox et autres références à privilégier dans nos articles en cas de divergence entre les sources. -- Amicalement, Salix ^[Converser] 26 février 2015 à 22:47 (CET)

Bio lib en référence

Bonjour, une référence a ce site a été ajoutée par exemple sur Chrysomelini. Or, si on se réfère à la présentation du site, or cette base ne semble pas plus fiable que notre wikispecies du fait que « Project BioLib allows anyone who wants to help to insert data into its databases. ». Qu'en pensez-vous ? Et notamment  ZorglubAB et Liné1 -- Amicalement, Salix ^[Converser] 28 janvier 2015 à 22:38 (CET)