Projet:Biologie/Bases de données suivies
Cette page se propose d'indiquer les classifications et les bases de données suivies de préférence par les différents sous-projets liés au Projet:Biologie, en fonction des ensembles de taxons traités. Pour faciliter d'une part le choix du titre et des noms redirigés, d'autre part la rédaction de la taxobox et enfin le choix des listes de sous-taxons indiquées dans l'article. On en profitera pour préciser les modèles de Catégorie:Modèle de biologie créant un lien externe utilisables pour référencer ces bases de données.
Ces choix sont généralement fait en cohérence avec le Taxobot (cf. Projet:Biologie/Taxobot) qui sert à générer les ébauches d'articles, y compris la taxobox (le logiciel WikipediaBioReferences (WBR) n'est plus actualisé).
Le but est aussi de compléter la page d'aide Projet:Biologie/Comment trouver et traiter les noms français ou scientifiques.
Idéalement, la Catégorie:Taxobox utilisant une classification non précisée devrait être vide. Pour les taxons non listés ci-dessous, choisir une base de données la plus adaptée, au cas par cas. Quelques bases généralistes assez complètes :
- Catalogue of Life (la plus cohérente, construite par un groupe de spécialistes, mais certains taxons très incomplets) ;
- GBIF (compilation automatique d'un grand nombre de bases, donc base la plus complète, mais sans chercher de cohérence taxinomique) ;
- IRMNG (s'arrête souvent au rang du genre, mis à jour par un seul auteur principalement) ;
- Taxonomicon (mis à jour par un seul auteur principalement) ;
- BioLib (site collaboratif) ;
- TAXREF (taxons de France (outre-mer compris) uniquement) ;
- etc.
Botanique
[modifier | modifier le code]Algues
[modifier | modifier le code]- AlgaeBase : {{AlgaeBASE espèce}}, {{AlgaeBASE genre}}, {{AlgaeBASE}}.
- WoRMS : plusieurs algues y sont, mais c'est habituellement une copie du site AlgaeBase (modèles {{WRMS}} et {{WRMS espèce}}).
- {{INAlgarum}}
- Taxobox algue ne suivant pas AlgaeBase
Champignons
[modifier | modifier le code]- MycoBank : {{MycoBank}} (les identifiants de MycoBank et Fungorum sont les mêmes sur les deux bases de données)
- Index Fungorum : {{Fungorum espèce}}, {{Fungorum genre}}, {{Fungorum famille}}, {{Fungorum suprafamille}}.
À signaler : le modèle {{Mycodoc}} permet d'ajouter une référence vers la page de bibliographie d'une espèce de champignon sur le site de la Société mycologique de France (base de données Mycodoc).
Plantes
[modifier | modifier le code]Pour vérifier la validité d'un taxon de plante vasculaire (Note : le taxon peut être valide, mais plus en usage actuellement), consulter l'International Plant Names Index (IPNI). {{IPNI}}
- Titre : en français si nom unique et sourcé pour l'espèce, sinon nom scientifique et redirections des noms français
Bases suivies :
- POWO, {{POWO}} (Jardins botaniques royaux de Kew)
- GRIN, {{GRIN espèce}}, {{GRIN genre}}, etc. en particulier pour les taxons de rangs intermédiaires entre la famille et le genre (sous-familles, tribus, etc.)
- Global Compositae Database pour les Astéracées ; modèle {{GCD}}
et à défaut :
- World Flora Online {{WFO}} (remplace The Plant List : {{ThePlantList espèce}} qui combinait jusqu'en 2013 la liste de Kew avec d'autres bases)
- Tropicos : {{Tropicos}}
- NCBI : {{NCBI}} (Cf. remarque ci-dessous)
Zoologie
[modifier | modifier le code]- Pour vérifier la validité des taxons de zoologie : The Official Registry of Zoological Nomenclature sur zoobank.org.
Vertébrés
[modifier | modifier le code]Mammifères
[modifier | modifier le code]- Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
- Classifications dans l'article : En cas de divergence, priorité accordée à la Mammal Diversity Database de l'American Society of Mammalogists (ASM) car Mammal Species of the World n'est pas actualisée.
- Modèle(s): {{MDD}}, {{MSW}}
- Taxobox mammifère ne suivant pas MDD
Oiseaux
[modifier | modifier le code]Taxons modernes
- Titre : Nomenclature normalisée CINFO : une liste existe dans le projet (Projet:Ornithologie/Liste des noms normalisés-1), sauf exception à discuter au cas par cas avec le Projet Ornithologie[1]
- Classifications : Congrès ornithologique international (pour taxobox et catégories)
- Modèle(s): {{COI}} et {{Avibase}}
- Taxobox oiseau ne suivant pas COI
Reptiles
[modifier | modifier le code]Taxons actuels sauf tortues
- Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
- Classification : The Reptile Database
- Modèle(s): {{ReptileDB espèce}}, {{ReptileDB genre}} et {{ReptileDB famille}}
- Taxobox reptile ne suivant pas ReptileDB
Tortues
[modifier | modifier le code]Taxons actuels
- Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
- Classification : Tortoise and Freshwater Turtle Specialist Group
- Modèle(s): {{TFTSG}}
- Taxobox tortue ne suivant pas TFTSG
Amphibiens
[modifier | modifier le code]Taxons actuels
- Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
- Classification : Amphibian Species of the World
- Modèle(s): {{ASW espèce}}, {{ASW genre}}, {{ASW sous-famille}}, {{ASW famille}} et {{ASW}}
- Taxobox amphibien ne suivant pas ASW
Poissons
[modifier | modifier le code]Taxons actuels
- Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
- Classification : WoRMS (source : FishBase)
- Modèle(s): {{WRMS}}, {{FishBase espèce}}, {{FishBase genre}}, {{FishBase famille}} et {{FishBase ordre}}
- Taxobox poisson ne suivant pas WoRMS
Arachnides
[modifier | modifier le code]Araignées
[modifier | modifier le code]- Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
- Classification : World Spider Catalog
- Modèles : {{WSC famille}}, {{WSC non-famille}}
- Taxobox araignée ne suivant pas WSC
Pseudoscorpions
[modifier | modifier le code]- Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
- Classification : Pseudoscorpions of the world
- Taxobox pseudoscorpion ne suivant pas Pseudoscorpions of the world
Scorpions
[modifier | modifier le code]- Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
- Classification : Scorpion Files
- Taxobox scorpion ne suivant pas WCO
Opilions
[modifier | modifier le code]- Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
- Classification : World Catalogue of Opiliones
- Taxobox opilion ne suivant pas WCO
Insectes
[modifier | modifier le code]Pour les ordres des Blattodea, Dermaptera, Embioptera, Mantodea, Orthoptera, Phasmida, Plecoptera, Paraneoptera, Pucerons, Coleorrhyncha, Coreoidea, Psocodea : Species Files
- Classification : speciesfile, osf, phasmidasf, psocodeasf, csf
- Modèles : {{SpeciesFile}}, {{OrthopteraSF}}, {{MantodeaSF}}
- Taxobox de ces ordres ne suivant pas SF
Crustacés
[modifier | modifier le code]- Classification : WoRMS
- Modèle : {{WRMS}}
- Taxobox crustacé ne suivant pas WoRMS
Mollusques
[modifier | modifier le code]- Titre : en français si nom unique pour le taxon, sinon nom scientifique et redirections des noms français
- Classification : World Register of Marine Species, prenant pour base Bouchet & Rocroi, mais actualisé avec les taxons nouvellement décrits, notamment. Peuvent également être utiles en:Taxonomy of the Gastropoda (Bouchet & Rocroi, 2005) ou en:Changes in the taxonomy of gastropods since 2005
- Modèles : {{SeaLifeBase espèce}}, {{WRMS espèce}} et {{SeaSlugForum}}
- Taxobox mollusque ne suivant pas WoRMS
Échinodermes
[modifier | modifier le code]- Titre : en français si nom unique pour le taxon (rare), sinon nom scientifique et redirections des noms français, avec éventuellement articles d'homonymie.
- Classification : World Register of Marine Species, prenant pour base Kroh & Smith, mais actualisé avec les taxons nouvellement décrits, notamment.
- Fossile : The Echinoid Directory puis World Register of Marine Species ou à défaut Fossilworks Paleobiology Database (TPDB) (au 8 septembre 2014)
- Modèles : {{SeaLifeBase espèce}}, {{WRMS espèce}} et {{TPDB}} (pour les nombreux clades fossiles, pas toujours recensés par WoRMS).
A signaler : les pages les plus anciennes fondent encore la phylogénie sur {{ITIS}}, mais celle-ci est obsolète de l'avis des spécialistes. Cela explique les incohérences parfois encore rencontrées entre deux pages. Dans un souci de compromis, il est possible de faire figurer dans l'article les deux phylogénies côte à côte en en précisant l'origine (comme sur l'article Oursin), et d'utiliser WoRMS dans la taxobox.
Cnidaires
[modifier | modifier le code]- Classification : WoRMS
- Modèle : {{WRMS}}
- Taxobox cnidaire ne suivant pas WoRMS
Nématodes
[modifier | modifier le code]- Classification : WoRMS
- Modèle : {{WRMS}}
- Taxobox nématode ne suivant pas WoRMS
Annélides
[modifier | modifier le code]- Classification : WoRMS
- Modèle : {{WRMS}}
- Taxobox annélide ne suivant pas WoRMS
Plathelminthes
[modifier | modifier le code]- Classification : WoRMS
- Modèle : {{WRMS}}
- Taxobox plathelminthe ne suivant pas WoRMS
Éponges
[modifier | modifier le code]- Classification : WoRMS
- Modèle : {{WRMS}}
- Taxobox éponge ne suivant pas WoRMS
Protistologie
[modifier | modifier le code]- Classification : GBIF, WoRMS, Taxonomicon, IRMNG, AlgaeBASE, Catalogue of Life... aucune base complète, choisir en fonction des groupes (sauf Foraminifères et Radiolaires, voir ci-dessous)
- Modèles : {{GBIF}}, {{WRMS}}, {{Taxonomicon}}, {{IRMNG}}, {{ION}}, {{NCBI}}, {{AlgaeBASE}}, {{CatalogueofLife}}
Foraminifères
[modifier | modifier le code]- Classification : WoRMS
- Modèle : {{WRMS}}
- Taxobox foraminifère ne suivant pas WoRMS
Radiolaires
[modifier | modifier le code]- Classification : WoRMS
- Modèle : {{WRMS}}
- Taxobox radiolaire ne suivant pas WoRMS
Bactériologie
[modifier | modifier le code]- Classification : LPSN (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature)
- Modèle : {{LPSN}}
- Taxobox bactérie ne suivant pas LPSN
- Taxobox archée ne suivant pas LPSN
Virologie
[modifier | modifier le code]- Classification : ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses)
- Modèle : {{ICTV}}
- Taxobox virus ne suivant pas ICTV
Cas de NCBI
[modifier | modifier le code]NCBI ne se déclare pas comme étant une référence en taxonomie ((en) « The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information. ») et ce n'est de toutes façons pas son but qui est de compiler les taxons.
Il est donc inapproprié de l'utiliser comme source dans de nombreux domaines. En effet, cette base de données n'est pas gérée par des spécialistes ayant une vue d'ensemble des groupes. Si ce site peut se révéler utile dans certains cas, notamment en botanique, chaque fois que c'est possible pour constituer les listes de taxons, il faut lui préférer les sites de taxonomie de référence en leur domaine, car il est loin de faire consensus parmi nos contributeurs en biologie[2],[3],[4],[5],[6].
Voir aussi
[modifier | modifier le code]Les titres en biologie
[modifier | modifier le code]- Projet:Biologie/Comment trouver et traiter les noms français ou scientifiques
- Conventions sur les titres de biologie
Aide en biologie
[modifier | modifier le code]- Projet:Biologie/Aide au contributeur avec toutes les pages d'aide en biologie : comment contribuer, choix des titres, choix des noms scientifiques et français, choix des box et plusieurs articles-guides rédactionnels, de l'ébauche à l'article complet.
Notes et références
[modifier | modifier le code]- ↑ Discussion Projet:Ornithologie#Remplacement de noms vernaculaires de plusieurs espèces
- ↑ Discussion_Projet:Biologie/Le_café_des_biologistes/Archives/Décembre_2010#NCBI_:_Quand_le_serpent_commence_.C3.A0_se_mordre_la_queue
- ↑ Discussion_Projet:Biologie/Le_café_des_biologistes/Archives/Avril_2011#Liens_vers_NCBI
- ↑ Discussion_Projet:Biologie/Le_café_des_biologistes/Archives/Avril_2011#Liens_vers_NCBI
- ↑ Discussion_utilisateur:Totodu74#NCBI_non_grata
- ↑ Janvier 2020 : Discussion Projet:Biologie/Le café des biologistes#Classification selon NCBI ?
