Écologie microbienne

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L'écologie microbienne aborde la place et le rôle des micro-organismes dans un habitat (environnement, écosystème) ainsi que les interactions des micro-organismes entre eux et avec leur milieu.

L'écologie microbienne consiste à caractériser la biodiversité microbienne d'un écosystème, à caractériser les interactions entre micro-organismes (chaînes trophiques), à identifier le rôle des micro-organismes dans l'écosystème, à étudier les interactions hôtes-microorganismes (symbiose, commensalisme, parasitisme, agent pathogène…).

Les micro-organismes étant très nombreux, ubiquistes (présents partout dans le monde), très diversifiés, très adaptatifs, ont une importance primordiale dans de nombreux domaines. L'écologie microbienne couvre donc des domaines très variés.

  • Cycle biogéochimique de la matière : importance de la biodiversité microbienne dans les cycle du carbone, cycle de l'azote, cycle du soufre, cycle du phosphate…
  • Dépollution : dépollution naturelle des milieux grâce aux micro-organismes et utilisation des micro-organismes dans le traitement des eaux usées ou des sols pollués.
  • Agriculture : interaction des micro-organismes avec les plantes (symbiose ou pathogène).
  • Médecine humaine et vétérinaire : importance des parasites, des bactéries et virus pathogènes.
  • Agroalimentaire : importance de la biodiversité microbienne dans des processus de transformation ou de fermentation de produits alimentaires (fromage, yaourt, vin, choucroute, saucisson…) ; rôle de certains micro-organismes dans l'altération de produits alimentaires. Maîtrise des contaminations via la maîtrise des flores en place soit une stratégie du type occupation de la place
  • Biotechnologie : connaissance de la biodiversité microbienne pour caractériser des nouvelles molécules ayant des propriétés intéressantes pour les milieux pharmaceutiques et/ou industriels.
  • Évolution : l'organisme ancestral ayant entraîné l'apparition de la vie était probablement proche des bactéries actuelles.
  • Maîtrise des flores pathogènes via un ensemencement contrôlé.

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