Discussion Projet:Biologie/Taxobot/Traités

Liste des demandes (bugs, modifications, fonctionnalités) traitées (fait ou refusé / impossible).
Note : ils ne sont déplacés ici que si :

• « un certain temps » s'est écoulé depuis sa résolution ou son refus (sauf si le problème et sa correction sont triviales)
• la modification est effective sur la page WEB d'accès à Taxobot

Demande 1

• Type : bug
• Description : le lien externe ReptileDB apparaît sur des articles qui ne sont pas des reptiles
• Signature : 74laprune (discuter) 22 avril 2021 à 12:02 (CEST)
  • Corrigé Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 16:26 (CEST)

Demande 2

• Type : fonctionnalité
• Description : mettre les {{auteur}} sur les auteurs, ainsi qu'un lien [[XXXX en science|XXXX]] sur les dates
• Signature : 74laprune (discuter) 22 avril 2021 à 12:02 (CEST)
  • traitement partiel : devrait fonctionner pour les dates. Auteurs encore à faire. Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 13:01 (CEST)
  • Traité. Par ex. "Z.Wang & C.F.Fang, 1984 (K.S.Hao)" devient "{{auteur|[[Z.Wang]]}} & {{auteur|[[C.F.Fang]]}}, [[1984 en science|1984]] ({{auteur|[[K.S.Hao]]}})".
  • Par contre : si le nom de l'auteur contient un espace ça déconne. Exemple : "Le Maout" donnera "{{auteur|[[Le]]}} {{auteur|[[Maout]]}}".
  • Je vais essayer d'inclure une liste de noms-contenants-des-espaces (à partir des listes de zoologistes et de botanistes) mais ces listes étant incomplètes ça ne peut résoudre tous les problèmes. Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 17:22 (CEST)

Demande 3

• Type : fonctionnalité
• Description : mettre un wikilien sur le rang dans la phrase d'introduction
• Signature : 74laprune (discuter) 21 avril 2021 à 18:49 (CEST)
  • Traité. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 10:07 (CEST)

Demande 4

• Type : bug
• Description : il manque des "|" dans le modèle {{Autres projets}}
• Signature : 74laprune (discuter) 21 avril 2021 à 18:49 (CEST)
  • Corrigé Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 12:55 (CEST)

Demande 5

• Type : bug
• Description : le portail apparaît après les catégories
• Signature : 74laprune (discuter) 21 avril 2021 à 18:49 (CEST)
  • Corrigé. Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 12:55 (CEST)

Demande 6

• Type : fonctionnalité
• Description : colonnes pour les listes de sous-taxons et synonymes
• Signature : 74laprune (discuter) 22 avril 2021 à 14:33 (CEST)
  • Fait. La limite actuelle est 25 éléments pour l'insertion du modèle Colonnes. Cette valeur sera peut-être rendue réglable à l'avenir. Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 16:58 (CEST)

Demande 7

• Type : fonctionnalité
• Description : wikiliens pour les synonymes de genres
• Signature : 74laprune (discuter) 22 avril 2021 à 14:33 (CEST)
  • @74laprune : tu peux préciser ? Je mets des wikiliens sur les synonymes (d'ailleurs je vais mettre une option pour ne pas les avoir : souvent ces wikiliens n'ont pas grand sens. Par ex. avoir un lien vers Stelio fimbriatus qui est un (très) vieux synonyme, lié à un genre qui n'existe pas/plus, ça ne semble pas très utile). Peut-être ta demande vient d'avant que je mette ça en place. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 12:04 (CEST)

@Hexasoft pour les synonymes d'espèce je trouve que ça n'a en effet aucun intérêt puisque ils sont fait pour être redirigés vers le nom préféré/correct. Par contre, pour les genres uniquement, je trouve ça intéressant. Contrairement aux synonymes d'espèces, les synonymes de genres se rattachent souvent à des réalités assez différentes du genre préféré : genres monotypiques, genres qui contiennent parfois des espèces d'un tout autre genre. De plus la fusion/séparation de genres ne font très souvent pas l'unanimité . Ex : Daucus#Synonymes. Bien à toi--74laprune (discuter) 24 avril 2021 à 12:11 (CEST)

@74laprune : dans ce cas c'est déjà fait. Par défaut le programme met des wikiliens sur tous les synonymes (sans se préoccuper de leur rang). Par contre j'ai donc ajouté une option pour désactiver la présence de liens si on n'en veut pas (comme ça chacun peut adapter ce comportement).

Ça répond à la demande ? A+ Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 12:41 (CEST)

Parfaitement @Hexasoft, même un peu trop  ! Car je pense que pour les synonymes d'espèce, ça n'a aucun intérêt. Ton bot peut-il ajouter les wikiliens uniquement pour les synonymes de taxons supérieurs à l'espèce ? Amicalement--74laprune (discuter) 24 avril 2021 à 12:46 (CEST)

@74laprune : j'en ai fait une option. On a donc deux options. Une qui active les wikiliens sur les synonymes au dessus de l'espèce (actif par défaut), et une qui active les wikiliens sur les synonymes en dessous (qui ne fonctionne bien sûr que si la première est restée cochée). Comme ça il y en a pour tous les goûts. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 13:10 (CEST)

• • • Traité. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 13:10 (CEST)

Demande 8

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter la date pour {{Bioref|GBIF|(date)|ref}} ? par ailleurs le afficher= est inutile
• Signature : 74laprune (discuter) 22 avril 2021 à 14:33 (CEST)
  • Corrigé (date ajoutée, "ref" → ceci dit la documentation parle de 'afficher=ref', pas de 'ref' Hexasoft (discuter) 22 avril 2021 à 16:26 (CEST)

Demande 9

• Type : bug
• Description : ordre des auteurs = il y a une inversion des auteurs sur Utilisateur:TED/Test Taxobot#Ipomoea batatas : (L.) Lam. est devenu Lam. (L.) + bug dans l’affichage qui se fait sur plusieurs lignes dans la taxobox (je n’ai pas compris d’où vient ce problème).
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:37 (CEST)
  • @TED : j'ai l'impression que ça a été traité par d'autres corrections. Tu confirmes ? Hexasoft (discuter) 25 avril 2021 à 12:12 (CEST)
  • @Hexasoft : c’est réglé ! Merci ! TED 25 avril 2021 à 23:19 (CEST)
  • @Hexasoft : mais il y a toujours le bug de l’affichage sur plusieurs lignes et je ne comprends pas d’où cela vient. Cf. Utilisateur:TED/Test Taxobot#Ipomoea batatas. TED 25 avril 2021 à 23:21 (CEST)
    • @TED : je ne comprends pas non plus le problème d'affichage. Si je prends ce même code, que je crée une page avec (en utilisant juste la pré-visualisation pour par créer pour rien) ça marche très bien. Et surtout je ne vois rien de "faux" dans la ligne taxobox taxon ! Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 09:10 (CEST)

      Après vérification, il n'y a pas de « caractères à la con » dans la sortie du programme (ce qui aurait pu éventuellement expliquer la présence de ces sauts de ligne). Mais ça le fait là : Utilisateur:Hexasoft/Test, donc je vais creuser un peu pour voir. Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 10:13 (CEST)

      Il semble que ce soit lié à la présence de {{date à préciser}}. Je creuse. Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 10:32 (CEST)

      Encore plus étrange : j'ai remplacé la ligne Taxobox taxon sur Ipomoea batatas par celle générée par Taxobot et ça ne pose pas de problème d'affichage (j'ai seulement utilisé la pré-visualisation). La vérité est ailleurs. Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 10:54 (CEST)

      Visiblement ça vient d'une conjonction avec le modèle "auteur". Je ne comprends pas trop pourquoi (le modèle est très simple !) mais dès qu'il y a plus d'un seul modèle auteur dans la zone il fait ça ! Je vais tester sur des articles existant, pour voir si ça le fait aussi (m'enfin, on l'aurait remarqué, quand même !). Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 12:33 (CEST)

      • Résolu ! Pas facile à trouver : dans le modèle {{auteur}} il y avait un retour à la ligne qui semblait être interprété par WP comme s'il y avait plusieurs paragraphes dans la zone. C'est maintenant bon (et ça n'avait rien à voir avec le code généré par Taxobot, ça a juste permis de constater un problème existant (tant mieux !)). Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 12:47 (CEST)
      • @Hexasoft : c’est étrange, car cela ne faisait pas cela avant, et il y avait pourtant parfois plusieurs {{auteur}} dans la taxobox… Peut-être un autre changement récent qui a affecté le modèle ? TED 26 avril 2021 à 23:24 (CEST)
        • @TED : pas de changement en ce sens dans le modèle. Par contre des changements dans wikimedia et/ou dans les feuilles de style peuvent avoir déclenché ce problème. Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 20:51 (CEST)

Demande 10

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{date à préciser}} après les auteurs incomplets.
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:37 (CEST)
  • Fait. Si pas de date détectée, inséré à la fin. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 14:12 (CEST)

Demande 11

• Type : bug
• Description : il manque la date dans le modèle bioref de la section « Information sur le taxon » : remplacer {{Bioref|GBIF||ref}} par {{Bioref|GBIF|<date>|ref}} (comme il y a aussi le modèle avec la date dans l’article, cela fait artificiellement 2 références dans la section « Notes et références »).
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:37 (CEST)
  • C'est normalement corrigé. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 12:14 (CEST)

Demande 12

• Type : bug
• Description : dans « liste des variété » : ajouter le « s » à « variété ».
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:37 (CEST)
  • Traité. Par contre la phrase « Listes des XXX … » est toujours au pluriel, même s'il n'y a qu'un taxon de rang inférieur. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 19:49 (CEST)

Demande 13

• Type : bug
• Description : dans la liste des variétés : ne pas supprimer var. dans le nom : ''[[Ipomoea batatas apiculata]]'' à transformer en [[Ipomoea batatas var. apiculata|''Ipomoea batatas'' var. ''apiculata'']] (je suppose que ce sera aussi le cas pour subsp., f., f.sp., etc. et je sais que tu as déjà la liste pour la gestion des italiques dans {{Taxobox taxon}}).
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:37 (CEST)
  • Problème lié à certaines demandes plus loin : ce n'est pas enlevé, c'est juste que la forme qu'ils présentent est la forme "simplifiée". Traitement en cours, mais ça demande de petites modifs un peu partout. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 16:02 (CEST)
  • Corrigé. Sauf oubli toutes les insertions de noms scientifiques passent par la fonction de mise en forme, qui gère correctement les italiques (si besoin) et le wikilien (si besoin). Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 19:46 (CEST)

Demande 14

• Type : bug
• Description : nom en français : seul le premier nom est indiqué alors que GBIF en donne plusieurs (ici : Batate et Patate douce). Serait-il possible de les avoir tous ?
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:37 (CEST)
  • @TED : hmmm… Visiblement GBIF ne retourne qu'un seul nom "de base" (quand je suis sur Ipomoea batatas (L.) Lam. il ne présente qu'un nom : « Batate In French », visible en haut, juste sous le nom du taxon). Je vais voir pour trouver la recherche des noms. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 13:50 (CEST)
  • Corrigé. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 14:00 (CEST)

Demande 16

• Type : modification
• Description : en botanique, lien vers Synonyme (botanique) plutôt que Synonyme (taxinomie) (il faudrait rescinder l’article et traduire l’article allemand pour compléter sur la botanique) (et en zoologie, lien vers Synonyme (zoologie).
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:37 (CEST)
  • @TED : l'idéal serait une "carte" selon la charte. Charte "animal" = Synonyme (zoologie) ; "végétal" = Synonyme (botanique) → mais pour les autres chartes ? Histoire de traiter tous les domaines d'un coup. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 12:10 (CEST)
  • @TED : j'ai mis ça en place. Mais pour le moment tous les "règnes" (charte) ont "Synonyme (taxinomie)" sauf animal (zoologie) et végétal (botanique). Si d'autres chartes doivent s'aligner sur l'un ou l'autre dis-le moi et je mettrai à jour. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 21:01 (CEST)
  • @Hexasoft :
    • chartes « animal » et « protiste » = Code international de nomenclature zoologique => Synonyme (zoologie) ;
    • chartes « algue », « champignon » et « plante » (ou « végétal » qu’il conviendrait de remplacer par « plante ») = Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes => Synonyme (botanique) ;
    • chartes « procaryote », « bactérie » et « Archaea » = Code international de nomenclature des procaryotes (en) (cf. Nomenclature bactérienne qu’il faudrait renommer et compléter) => pas encore d’article spécifique… (à créer en même temps que le renommage et refonte de l’article sur le Code ?) ;
    • charte « virus » = cf. International Committee on Taxonomy of Viruses => pas encore d’article spécifique…
    • il reste la charte « eucaryote » qui ne concerne qu’une poignée d’articles transversaux sur des taxons de très haut rang.
    • TED 23 avril 2021 à 23:39 (CEST)
      • Ok. Je vais mettre ce qui existe. Pour les autres je laisse "Synonyme (taxinomie)" (qui a l'avantage d'exister). Dès que les articles plus précis existent il suffira de me le dire pour que je mette à jour les cibles. En attendant je mets en "résolu" → le lien s'adapte au contenu, dans la mesure de l'existant. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 00:23 (CEST)

Demande 17

• Type : modification
• Description : remplacer « Liens externes » par « Références biologiques » pour éviter d’avoir des {{Trop de liens externes}} dans les articles.
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:37 (CEST)
  • Fait Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 16:01 (CEST)

Demande 19

• Type : bug / modification / fonctionnalité
• Description : inversion des auteurs dans le basionyme : encore « Lam. (L.) » au lieu de « (L.) Lam. » et je me demande si c’est lié à l’inversion de la demande 18 ?
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:42 (CEST)
  • @TED : c'est assez curieux. Dans les données retournées par GBIF sur ce taxon, j'ai canonicalName="Ipomoea batatas", j'ai scientificName="Ipomoea batatas (L.) Lam.", mais j'ai authorship="Lam. (L.)". Il faudrait regarder sur d'autres taxons si c'est général (auquel cas c'est peut-être le sens des champs qui n'est pas ce que je crois) ou si c'est une erreur spécifique sur ce taxon (après tout ça peut arriver). Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 13:45 (CEST)
    • Je pense avoir trouvé. Ça m'oblige a refaire un appel pour chaque taxon pour trier les données spécifiques. Je vais voir. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 15:10 (CEST)
    • @Hexasoft : c’est bien corrigé ! Merci ! Je te laisse rayer le titre de la sous-section ? TED 23 avril 2021 à 23:44 (CEST)
      • Corrigé. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 23:55 (CEST)

Demande 21

• Type : fonctionnalité
• Description : accorder en nombre les "noms en français" et "synonymes" selon le nombre d'éléments (plutôt que de mettre un "(s)").
• Signature : Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 12:09 (CEST)
  • Fait. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 12:09 (CEST)

Demande 22

• Type : fonctionnalité
• Description : CoL : trier les noms corrects des synonymes (problème des homonymes) ex : Ferula persica#Homonymes le bot pour ce taxon prend le premier résultat sur CoL et on se retrouve donc ici (Ferula gummosa Boiss. = Ferula persica Sims = au lieu de là (Ferula persica Willd.)
• Signature : 74laprune (discuter) 23 avril 2021 à 14:46 (CEST)
  • Je vais regarder ça. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 12:00 (CEST)
    • @74laprune : c'est normalement corrigé pour CoL. Je te laisse valider. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 17:03 (CEST)

@Hexasoft c'est corrigé mais pas dans le bon sens. C'est toujours le même lien mais qui est titré avec le nom correct Ferula gummosa Boiss. Le bot redirige donc toujours vers ici (Ferula gummosa Boiss. = Ferula persica Sims = au lieu de là (Ferula persica Willd.). Tu as ici en fait plutôt répondu à cette demande de TED. Merci, amicalement,--74laprune (discuter) 24 avril 2021 à 17:43 (CEST)

@74laprune : là je suis perdu… Qui est synonyme, et de qui ? Qui est "valide" dans tout ce bordel ? Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 18:00 (CEST)

 Hexasoft : tout est là : Ferula persica#Homonymes. NB: tous les noms sont valides, tu voulais sûrement dire « correct ».--74laprune (discuter) 24 avril 2021 à 18:46 (CEST)

• • Ok, corrigé. Après est-ce que ça serait intéressant de retourner les synonymes en tant qu'entrée CoL ? C'est-à-dire de fournir les liens externes CoL également pour les synonymes ? Ou plus généralement les liens pour les synonymes pour tous (enfin, la plupart, ceux qui gèrent ces données) les liens externes ?
  • Ça risque de faire lourd (3 liens CoL, 3 liens GBIF, sans doute d'autres) donc ce n'est peut-être pas très pertinent. Hexasoft (discuter) 25 avril 2021 à 12:10 (CEST)

 Hexasoft : je viens de retester : c'est bon pour moi ! Pour les liens vers les synonymes, je pense que ce n'est effectivement pas pertinent (d'autant plus qu'il y a parfois des centaines de synonymes !), sauf lorsqu'il y a un profond désaccord sur le nom correct du taxon, et dans ce cas c'est à faire manuellement--74laprune (discuter) 25 avril 2021 à 13:05 (CEST)

Demande 23

• Type : modification
• Description : pas de ref dans le RI mais plutôt après auteur et date dans la taxobox
• Signature : 74laprune (discuter) 23 avril 2021 à 16:59 (CEST)
  • @74laprune : ben, personnellement je suis pas pour (même si c'est ce que fait WBR) → les infobox sont supposées ne contenir qu'un résumé de ce qui est dans l'article, et c'est dans l'article qu'on est supposé sourcer. Après dans l'absolu le résumé introductif n'est pas le lieu idéal non plus (ça aurait plutôt sa place dans la partie Taxonomie ou similaire). Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 17:49 (CEST)

 Hexasoft : disons que l'auteur et la date sont bien plus sujets à caution que d'affirmer blibi blubu est une espèce de la famille des bubluceae - ce qui est déjà renseigné dans la taxobox, et sourcé (« selon GBIF »). Mais si l'on suit ton raisonnement il faudrait donc mettre auteur(s) et date dans le texte en plus de la taxobox. Bien à toi--74laprune (discuter) 24 avril 2021 à 11:37 (CEST)

Ben dans cette phrase on donne le nom scientifique accepté, son rang et une partie de la classification . Et comme tu dis la taxobox est "sourcée" par la classification utilisée.

Par ailleurs d'un point de vue sémantique le champ taxobox "auteur" est supposé contenir l'auteur, pas des considérations éditoriales. Mais plus généralement aucune infobox à ma connaissance n'utilise de sources.

Après effectivement le découvreur pourrait être dans la phrase d'intro (c'est d'ailleurs le cas sur certains articles biologiques). Ou plus simplement ça pourrait être repris dans la section Taxonomie. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 11:57 (CEST)

J'ai effectivement déplacé le problème : j'ai supprimé la ref dans l'intro, mais j'ai ajouté le nom scientifique complet dans "Taxonomie", avec la ref. Hexasoft (discuter) 25 avril 2021 à 20:08 (CEST)

Demande 24

• Type : modification
• Description : renommer la section « Informations sur le taxon » en « Taxonomie »
• Motif : donner des « Informations sur le taxon » est l'objectif de tout l'article, pas d'une seule section
• Signature : 74laprune (discuter) 24 avril 2021 à 11:37 (CEST)
  • Traité. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 11:41 (CEST)

Demande 25

• Type : modification
• Description : mettre le nom scientifique dans l'introduction en gras
• Motif : titre de l'article, convention sur le RI
• Signature : Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 11:58 (CEST)
  • Traité. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 11:58 (CEST)

Demande 26

• Type : bug
• Description : le bot n'a pas trouvé Listronotus oregonensis sur ITIS alors qu'il y est
• Signature : 74laprune (discuter) 24 avril 2021 à 16:19 (CEST)
  • @74laprune : hmmm… ça marche en local, chez moi. Tu peux re-tester ? Je soupçonne que ça prenne trop de temps. Il y a une limite à la durée d'exécution à travers le serveur WEB. En tout cas le code me retourne bien un contenu sur ce taxon, donc le bug n'est pas là . Je vais creuser la conf web pour voir. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 17:09 (CEST)

    J'ai monté les limites. Re-teste pour voir si ça suffit. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 17:19 (CEST)

@Hexasoft bizarre bizarre, je viens de re-tester : non seulement il n'y a pas de lien vers ITIS, mais aussi il n'est pas signalé « Taxon non trouvé chez ITIS »--74laprune (discuter) 24 avril 2021 à 17:38 (CEST)

AH ! J'avais mal compris. Je croyais que tu disais qu'il ne générait pas de résultat pour cette espèce !

Effectivement le lien n'apparaît pas, alors qu'en choisissant ITIS comme classification il trouve bien des infos. Je vais regarder (peut-être un bug introduit par certaines modifs récentes comme la gestion des synonymes). Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 17:42 (CEST)

• • Corrigé. J'avais effectivement introduit un bug en refactorisant un bout de code lié à ITIS. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 17:58 (CEST)

 Hexasoft : je viens de retester : c'est bon pour moi !--74laprune (discuter) 25 avril 2021 à 13:01 (CEST)

Demande 27

• Type : modification
• Description : italique pour les sous-espèces : [[Listronotus oregonensis subsp. oregonensis|''Listronotus oregonensis'' subsp. ''oregonensis'']] au lieu de [[Listronotus oregonensis subsp. oregonensis]]
• Signature : 74laprune (discuter) 25 avril 2021 à 13:01 (CEST)
  • Hmmm… Curieux : le terme "subsp." est bien dans ma liste de substitutions à traiter. Je regarde. Hexasoft (discuter) 25 avril 2021 à 16:40 (CEST)
    • Corrigé. Bug à la con : j'utilise le rang (et le règne) pour déterminer s'il faut des italiques. Sauf que j'utilisais je rang « conjugué », donc ici au pluriel (sous-espèces), ce qui n'est pas reconnu pour le sélecteur d'italiques . Bref, ça marche. Hexasoft (discuter) 25 avril 2021 à 17:20 (CEST)

Demande 28

• Type : fonctionnalité
• Description : Faire des phrases :
  • remplacer Nom en français ([[nom vernaculaire]] ou [[nom normalisé]]){{Bioref|GBIF|25 avril 2021|ref}} : par Ce taxon se nomme en français{{Bioref|GBIF|25 avril 2021|ref}} :
  • [[Synonyme (botanique)|Synonymes]]{{Bioref|GBIF|25 avril 2021|ref}} : par ''blublu'' a pour [[Synonyme (botanique)|synonymes]]{{Bioref|GBIF|25 avril 2021|ref}} :
• Signature : 74laprune (discuter) 25 avril 2021 à 17:46 (CEST)
  • Hmmm… Pourquoi pas. Mais je trouve intéressant de caser les liens vers "nom vernaculaire" et "nom normalisé" pour les lecteurs. Pour la seconde partie je ne pense pas que le lecteur sache ce que veut dire "nom correct" (après tout il lit un article sur un taxon, il ne s'attend pas à ce qu'on lui présente un article sur un "nom incorrect" !) Hexasoft (discuter) 25 avril 2021 à 17:54 (CEST)

Mince @Hexasoft, ce n'est pas ce que je voulais dire : simplement que ce que met le bot à la place de blulu doit être le nom correct. Pour garder les liens, on pourrait mettre Ce taxon reçoit en français les [[nom vernaculaire|noms vernaculaires]] ou [[nom normalisé|nomalisés]] suivants{{Bioref|GBIF|25 avril 2021|ref}} : ?--74laprune (discuter) 25 avril 2021 à 18:13 (CEST)

Oui, pourquoi pas. Mon propos était de conserver ces wikiliens qui à mon sens expliquent ce qu'on entend par « nom en français ». Et oui, pour la deuxième partie je vais voir aussi pour faire une phrase, sur l'idée. Hexasoft (discuter) 25 avril 2021 à 18:39 (CEST)

• • Fait. Pour les noms en français la phrase devient « Ce taxon reçoit en français le [[nom vernaculaire|noms vernaculaire]] ou [[nom normalisé|nomalisé]] suivant : » (ou la même au pluriel si plusieurs noms). Et pour les synonymes ça devient « ''blibli'' a pour [[$target|synonyme]]{{Bioref|…}} : » (ou la même au pluriel si plusieurs synonymes. Hexasoft (discuter) 25 avril 2021 à 19:10 (CEST)

Demande 29

• Type : modification
• Description : typo : il faut remplacer « Taxonomie » par « Taxinomie », ou remplacer par « Nomenclature » pour éviter le problème.
• Signature : TED 26 avril 2021 à 00:29 (CEST)
  • @TED : sauf erreur l'article s'appelle toujours Taxonomie (avec sous-titre Taxinomie). Il n'y a pas de problème à éviter . Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 09:39 (CEST)
  • @Hexasoft : si j’ai bonne mémoire, c’est toi qui as fait le renommage alors qu’il n’y avait pas de consensus pour ce renommage… TED 26 avril 2021 à 23:21 (CEST)
  • Quel troll ce TED ! Je propose Systématique (qui inclut la taxanomie, mais aussi la classification, la phylogénie, etc.). Totodu74 (devesar…) 27 avril 2021 à 22:45 (CEST)
  • @Totodu74 : mais au moins, je suis un troll propre et pas tout poilu, moi ! Et je ne laisse pas des miettes de pépitotos partout ! Sinon, je suis entièrement d’accord pour « Systématique ». TED 27 avril 2021 à 22:52 (CEST)
  • Tu parles bien du renommage technique qui faisait suite à un « brain-storm » des biologistes, que tu as ensuite voulu annulé à l'encontre de ça, ce en quoi tu as été réverté ? Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 10:06 (CEST)
    • Opté pour « Systématique ». Traité. Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 20:41 (CEST)
    • « un « brain-storm » des biologistes »^{[réf. nécessaire]} ? Il y a eu 3 avis dans la discussion (faite sans avertir sur la page de discussion de l’article)… et bien plus ensuite… TED 29 avril 2021 à 01:46 (CEST)
      • Eh bien rouvre la discussion, au lieu de grogner . Perso je me contrefous de savoir si c'est taxo ou taxi, les deux ayant des arguments pour ou contre, et surtout tout le monde comprenant les deux termes. Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 13:09 (CEST)

Demande 30

• Type : modification
• Description : remplacer le lien vers Auteur#Dans les sciences et techniques en fonction de la charte :
  • chartes « animal » et « protiste » : Citation d'auteurs en zoologie ;
  • chartes « algue », « champignon » et « plante » (ou « végétal » qu’il conviendrait de remplacer par « plante ») : Citation d'auteurs en botanique ;
  • chartes « procaryote », « bactérie » et « Archaea » : Citation d'auteurs en bactériologie.
• Signature : TED 26 avril 2021 à 00:29 (CEST)
  • @TED : fait. Il reste "virus" et "eucaroyote" (6 articles) (ou j'ai laissé "Auteur#Dans les sciences et techniques"), ainsi que "neutre" (qui je pense n'est pas supposé servir : d'ailleurs la catégorie associée n'existe pas et ne contient aucun article). Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 15:06 (CEST)
  • @Hexasoft : je ne savais même pas qu’il existait un « neutre » ! Très bien comme cela ! Comme déjà dit, « eucaryote » est censé rester avec très peu d’articles, et « virus » est un peu à part, avec un Code tout récent, et un système de règles d’approbation des changements de nomenclature par tous les virologues. TED 26 avril 2021 à 23:20 (CEST)
    • Traité. Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 20:42 (CEST)

Demande 31

• Type : modification
• Description : la formulation « Ce taxon reçoit en français les noms vernaculaires ou nomalisés suivants » est bancale en français, et je propose plus simplement : « Ce taxon porte en français les noms vernaculaires ou nomalisés suivants ».
• Signature : TED 26 avril 2021 à 00:29 (CEST)
  • Traité. C'est effectivement plus propre. Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 10:00 (CEST)

Demande 32

• Type : bug
• Description : Essai ici : Mise en italique inutile pour le modèle Bioref Tropicos (ce qui aboutit à annuler l'italique). Mais peut-être faudrait-il surtout harmoniser les modèles pour ce problème ? Désolé si ce micro-détail est déjà signalé.
• Signature : — Tricholome ^{et par saint Georges !} 26 avril 2021 à 11:39 (CEST)
  • @Tricholome : effectivement. Je n'avais pas vu que le modèle Tropicos ajoutait les italiques de lui-même. J'ai corrigé (mais c'est pas en prod sur le site). Ceci dit je ne sais pas si le modèle Tropicos sait s'adapter aux italiques "complexes" (avec des "var." et autres "subsp." dedans), ce qui pourrait conduire à des affichages pas tout à fait corrects dans ces cas-là (mais bon, c'était déjà le cas avant ). Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 12:15 (CEST)
    • Super, Merci Hexasoft . Tropicos n'est pas le seul modèle à faire ça (POWO aussi, entre autres), mais j'imagine que tu le sais — Tricholome ^{et par saint Georges !} 26 avril 2021 à 12:20 (CEST)

@Hexasoft : juste pour signaler que quasiment tous les modèles de botaniques ont la même structure avec un paramètre pour le nom avec italiques automatiques et un paramètre séparé pour les auteures et date sans italiques : {{ThePlantList espèce}}, {{ThePlantList taxon}}, {{WFO}}, {{Tropicos}}, {{IPNI}}, {{POWO}}, {{WCSP}}, {{WCVP}} (et {{Kew liste}} qui devrait être remplacé par {{WCSP}}), et aucun de ces modèles ne gère les non-italiques de var., subsp., etc. dans le modèle, mais les non-italiques sont jusqu’à maintenant gérées « à la main ». TED 30 avril 2021 à 02:39 (CEST)

@TED : je pense qu'il faudra reprendre nos modèles. Dans mon idée soit le modèle fait la mise en forme (totalement) soit c'est le rédacteur (totalement), mais un truc entre les deux ne me semble pas top. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 09:56 (CEST)

Demande 33

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter WCVP/IPNI/POWO (ajouté ici pour l'historique)
• Signature : Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 14:18 (CEST)
  • Fait. Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 14:18 (CEST)

Demande 35

• Type : fonctionnalité
• Description : GBIF : trier les noms Doubtful des noms Accepted. Ex : Hemicycliophora. Il y a deux résultats sur GBIF : un Doubtful [1] (qui n'a aucun taxon inférieur, ni auteur, ni date), et l'autre Accepted [2], qui fournit auteur, date, liste des espèces. Actuellement le bot prend le premier résultat. Il faudrait, lorsqu'il y a plusieurs résultat, choisir le nom accepté.
• Signature : 74laprune (discuter) 27 avril 2021 à 08:51 (CEST)
  • @74laprune : je regarderai ça. Et par ailleurs ça ajoute un autre bug : s'il n'y a pas d'auteur ça génère {{auteur|[[]]}} {{date à préciser}} . S'il n'y a pas d'auteur (en dehors du fait que c'est problématique pour traiter un taxon…) il ne faut pas que je tente de mettre des {{auteur}}, et s'il n'y a pas d'auteur que je n'inserts pas le {{date à préciser}} (ça le fait tout seul quand c'est vide). Hexasoft (discuter) 27 avril 2021 à 18:04 (CEST)
    • Traité. Maintenant s'il y a plusieurs réponses chez GBIF il prend le taxon noté "ACCEPTED" (et fait une erreur s'il n'en trouve aucun). J'ai aussi corrigé dans la foulée le problème de 'auteur' et 'date à préciser' dans le cas où le champ est vide. Hexasoft (discuter) 27 avril 2021 à 18:29 (CEST)
      • Un grand Merci Hexasoft  !--74laprune (discuter) 27 avril 2021 à 19:07 (CEST)

Demande 37

• Type : bug / modification
• Description : Si on fait des erreurs typographiques dans la barre de recherches (ou qu'on tape simplement en minuscule), celles-ci sont reportées telles quelles dans la taxobox et dans les textes. Exemple, si je cherche « ferula Ammoniacum », j'obtiens des phrases comme « ferula Ammoniacum est une espèce de la famille des Apiaceae », « Le nom scientifique complet (avec auteur) de ce taxon est ferula Ammoniacum », etc.
• Signature : — Tricholome ^{et par saint Georges !} 29 avril 2021 à 21:38 (CEST)

  @Tricholome : bonne remarque. Comme le nom entré est la base des données, je ne le touche plus. Je vais regarder pour voir si je peux le mettre à jour à partir de ce que retourne la classification. Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 22:36 (CEST)

  Note : je suis même surpris que leurs moteurs de recherche soit tolérant à ce type de problème ! Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 22:49 (CEST)

  • Fait, mais seulement pour GBIF pour le moment. Je ne raye pas, en attendant de faire pareil pour ITIS (la seule autre source de classification implémentée pour le moment). Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 22:53 (CEST)
    •  Hexasoft : désormais ITIS est devenu sensible à la casse. Ainsi, les recherches dorema ammoniacum ou uroplatus fimbriatus échouent (mais fonctionnent si on met une capitale au genre). Cordialement, — Tricholome ^{et par saint Georges !} 30 avril 2021 à 08:33 (CEST)

      Ok, je mets donc en « traité » puisque le cas ne peut se produire avec ITIS et que GBIF est corrigé. J'y penserai pour les futurs modules gérant de la classification. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 09:57 (CEST)

      Mais c'est un peu gênant de forcer à faire la recherche avec la bonne typo, non ? Ou ce sont les limites du système ? — Tricholome ^{et par saint Georges !} 30 avril 2021 à 10:03 (CEST)

      @Tricholome : je ne modifie pas les paramètres de recherche en entrée. Si ITIS est tatillon sur les majuscules je n'y peux rien . Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 10:12 (CEST) Note : tu peux regarder pour le n°39 si ça fonctionne, que je le passe en « traité » le cas échéant ?

      OK, pas de soucis alors . — Tricholome ^{et par saint Georges !} 30 avril 2021 à 10:22 (CEST)

Demande 39

• Type : bug
• Description : (désolé de spammer, c'est la dernière, promis) Toujours avec le même taxon, l'outil retourne des liens externes POWO et WCVP Non valide avec l'ancien nom Dorema ammoniacum, mais ne donne aucun lien pour ces bases de données avec le nouveau nom (valide chez eux) Ferula ammoniacum.
• Signature : — Tricholome ^{et par saint Georges !} 29 avril 2021 à 21:54 (CEST)

  Tu peux spammer, c'est fait pour. Je suis libre d'ignorer le spam si je veux .

  Il faut que je regarde ce que retourne CWVP pour voir sur quoi je peux travailler. Après dans certains cas il y a pléthore de synonymes variés, il ne faudrait pas que ça génère des listes interminables de liens externes. Je vais voir ce que ça donne. Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 22:40 (CEST)

  Pour être sûr d'être bien compris : le lien n'est PAS créé avec le nom valide (mais l'est avec un synonyme invalidé) — Tricholome ^{et par saint Georges !} 29 avril 2021 à 23:09 (CEST)

  @Tricholome : je pense avoir compris . En tout cas j'ai fait une modif en ce sens. Je te laisse regarder sur Dorema ammoniacum / ITIS ce que ça donne (parce que GBIF rejette toujours pour le moment ce taxon). Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 23:24 (CEST)

  Toujours pas sûr qu'on se soit compris (mais c'est moi, hein ). Mon problème était que POWO et compagnie n'apparaissaient pas avec la recherche Ferula ammoniacum. Maintenant ça marche. Donc tout baigne . — Tricholome ^{et par saint Georges !} 30 avril 2021 à 10:25 (CEST)

  @Tricholome : Pas sûr, effectivement . Ce que j'ai ajouté c'est que maintenant, dans le wikicode généré, si le taxon est invalide selon POWO (et ses copains), le lien externe POWO apparaît avec NV, et en plus est ajouté le lien POWO valide (selon eux). Sur Dorema ammoniacum / ITIS on a ainsi dans la sortie {{POWO | | Dorema ammoniacum | D.Don | nv | consulté le=30 avril 2021 }} et {{POWO | | Ferula ammoniacum | (D.Don) Spalik, M.Panahi, Piwczynski & Puchalka | consulté le=30 avril 2021 }}. Mais, en parallèle, j'avais cassé la génération de liens POWO et al. dans la zone de droite, ce qui est corrigé et de nouveau fonctionnel. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 10:33 (CEST)

  Ah oui en effet . Sur le principe, je trouve ça pratique (WBR faisait ça, j'aimais bien, même si ça demande de faire le tri ensuite). En revanche, aucun de ces liens ne fonctionnent, tu as vu ? Pas d'identifiant. — Tricholome ^{et par saint Georges !} 30 avril 2021 à 10:44 (CEST)

  * {{IPNI | | Dorema ammoniacum | D.Don | consulté le=30 avril 2021 }} * {{IPNI | | Ferula ammoniacum | (D.Don) Spalik, M.Panahi, Piwczynski & Puchalka | consulté le=30 avril 2021 }} * {{ITIS | 505942 | ''Dorema ammoniacum'' D. Don | consulté le=30 avril 2021 }} * {{POWO | | Dorema ammoniacum | D.Don | nv | consulté le=30 avril 2021 }} * {{POWO | | Ferula ammoniacum | (D.Don) Spalik, M.Panahi, Piwczynski & Puchalka | consulté le=30 avril 2021 }} * {{Tropicos | 50066425 | Dorema ammoniacum | D. Don | consulté le=30 avril 2021 }} * {{WCVP | | Dorema ammoniacum | D.Don | nv | consulté le=30 avril 2021 }} * {{WCVP | | Ferula ammoniacum | (D.Don) Spalik, M.Panahi, Piwczynski & Puchalka | consulté le=30 avril 2021 }}

  @Tricholome : Oulà oui, tu as raison ! Une typo dans le code modifié ! J'ai corrigé, les identifiants sont de retour . Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 10:57 (CEST)

Demande 40

• Type : bug
• Description : problème sur les synonymes avec GBIF → une partie du nom scientifique est répété avant le nom de l'auteur
• Signature : Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 18:02 (CEST)

  Note : ça se produit uniquement pour les synonymes qui sont "spéciaux" (type cultivar, variété, etc.). Il faut que je modifie la méthode de récupération des infos (nom scientifique et auteur) pour les synonymes. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 18:29 (CEST)

  • Normalement c'est corrigé. Il me manque l'information de rang, ce qui n'est pas super important pour les synonymes (mais pourrait impacter l'affichage des italiques dans certains cas). Il faut que j'ajoute ça. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 18:55 (CEST)

    Gestion des rangs pour les synonymes (et d'ailleurs pour les taxons inférieurs) ajouté. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 19:23 (CEST)

Demande 15

• Type : modification
• Description : ajouter la source du GBIF pour les noms en français ? (ici : source = UICN)
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:37 (CEST)
  • @TED : difficile. Enfin, l'info existe, mais c'est juste une chaîne de caractère (« The IUCN Red List of Threatened Species » ; « Dyntaxa. Svensk taxonomisk databas » ; « The National Checklist of Taiwan (Catalogue of Life in Taiwan, TaiCoL) »…). Ça risque d'être lourd à l'affichage (et sur le fond est-ce pertinent de citer la source de la source ? ). Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 14:07 (CEST)
    • @TED : je ne sais trop que faire. Comme je te disais c'est techniquement possible, mais j'ai le sentiment que ça ferait très lourd en terme de rédaction. Si tu as un exemple de présentation qui serait rédactionnellement acceptable je suis preneur. En dehors de la question de savoir s'il est pertinent de citer les sources de nos sources : si GBIF donne des noms en français, c'est bien lui qui a fait le travail de collecte (et on peut supposer de vérification), même s'il utilise les données issus d'autres sources. Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 20:47 (CEST)
    • @Hexasoft : sinon, est-il possible de récupérer les noms directement sur UICN ? TED 29 avril 2021 à 01:40 (CEST)
      • @TED : je compte étendre les fonctionnalités du module UICN (et CITES) pour récupérer plus d'infos. Donc sans doute que j'aurai à terme les noms de UICN. Après il faudra voir ce que ça donne : voir s'il y a des noms différents selon les sources (pour éviter d'afficher des doublons), mettre ça en forme, etc. Ça attendra que j'ai d'autres modules/sources à même de générer des listes de noms, pour voir comment organiser l'info. Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 11:39 (CEST)

        @TED tu aurais sous la main des noms de taxon avec des noms en français chez plusieurs sources (GBIF et/ou UICN et/ou CITES). Je remonte les noms en français de GBIF, CITES et UICN actuellement. J'ai besoin de voir comment il est possible de gérer (en terme de rédaction) des données venant de plusieurs sources avec éventuels recoupements. À noter aussi qu'il y a des données pas forcément propres (par ex. Anguis fragilis à selon GBIF les noms "Orvet fragile" et… "orvet fragile". Oui, le même sans la majuscule…). Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 13:13 (CEST)

• Autre exemple : il me retourne « Requin chat arlequin, Requin-chat arlequin, Requin Chat Arlequin »… Ça va être le bordel pour trier ce genre de choses. Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 16:41 (CEST)

  J'ai bricolé un truc : il parcourt tous les noms de chaque source. Pour chaque, si le nom est déjà présent j'ajoute la source, sinon j'ajoute le nom. La comparaison ne tient pas compte des tirets et des majuscules.

  En gros si pour la source S1 il y a les noms A, a, B et pour la source S2 les noms B, C il va produire un truc du genre : A^S1, B^S1,S2, C^S2 (ici "^" symbolise une ref Bioref). Avis ? Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 18:11 (CEST)

@Hexasoft : pour un exemple sous la main, Ipomoea batatas déjà cité précédemment, avec comme noms en français : Batate ou Patate douce, tous les deux référencés par UICN et GBIF. Ça a l’air tout bon sur cet exemple. TED 30 avril 2021 à 02:28 (CEST)

Ok, je clos le point. Actuellement je récupère des noms en français de CITES, ITIS, GBIF, UICN. La source utilisée pour la classification est toujours citée en premier (si présente). Et tout module que j'ajouterai en gestion des noms s'ajoutera à la liste. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 09:52 (CEST)

Demande 18

• Type : bug
• Description : le basionyme est inversé ! La requête sur le nom recombiné n’indique rien, et la requête sur le basionyme indique que le basionyme est le nom recombiné, alors que c’est l’inverse !
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:42 (CEST)
  • @TED : tu peux préciser l'exemple (le ns que tu as utilisé) ? Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 12:13 (CEST)
  • @Hexasoft : comme expliqué ci-dessus : Ipomoea batatas et Convolvulus batatas. Cf. Utilisateur:TED/Test Taxobot. TED 23 avril 2021 à 23:26 (CEST)
    • @TED : qu'en est-il maintenant ? J'ai accumulé pas mal de corrections, mais comme certains problèmes étaient liés c'est complexe. Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 23:39 (CEST)
    • @Hexasoft : toujours pareil… Rien sur le basionyme avec une recherche sur Ipomoea batatas, mais « Le basionyme de ce taxon est : Ipomoea batatas Lam. (L.) » avec une recherche sur Convolvulus batatas. Alors que c’est Convolvulus batatas qui est le basionyme d’Ipomoea batatas. TED 23 avril 2021 à 23:42 (CEST)

      @TED : Hmmm… J'ai du mal à comprendre le soucis. Qu'est-ce qui devrait être indiqué et qui ne l'est pas, et/ou qui est indiqué et qui ne devrait pas l'être, et/ou qui est indiqué mais qui est faux ? Moi, je bosse en zoologie ou il y a moins de prises de tête avec toutes ces conneries Hexasoft (discuter) 23 avril 2021 à 23:58 (CEST)

      @Hexasoft : la question des basionymes est la même en zoologie ! Ce qui devrait être indiqué :

      • sur Ipomoea batatas : « Le basionyme de ce taxon est : Convolvulus batatas L. » et pour le moment il n’y a rien ;
      • sur Convolvulus batatas : il ne devrait y avoir rien ou « Ce taxon est le basionyme de : Ipomoea batatas Lam. (L.) », et pour le moment il y a une information fausse : « Le basionyme de ce taxon est : Ipomoea batatas Lam. (L.) ».

      Je viens de faire le test avec Uroplatus fimbriatus et Stellio fimbriatus pour te donner un exemple zoologique, mais les infos sont bonnes pour le coup ! TED 24 avril 2021 à 00:08 (CEST)

      C'est ce que je disais : en zoologie les choses fonctionnent  ! Je vais regarder. Après si GBIF (en l'occurrence) n'a pas l'info du basionyme le bot peut pas le deviner. Je verrai demain si les infos sont présentes ou pas dans les données retournées. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 00:20 (CEST)

• (marée basse) @Hexasoft : il est possible qu’il y ait un problème dans les données du GBIF… Dis-moi ce que tu trouves comme info, et il faudra peut-être leur envoyer un feedback. Je viens de faire le test avec un autre cas : Ipomoea aegyptia/Merremia aegyptia/Distimake aegyptius et ça marche ! Comme quoi, ce n’est pas qu’en zoologie ! TED 24 avril 2021 à 00:39 (CEST)

  @TED : je note en traité. Sur Ipomoea batatas GBIF ne donne pas de basionyme (contrairement à d'autres taxons) donc c'est bien le contenu de GBIF qui est en cause (le cas échéant, je ne connais pas ce secteur) et pas un bug du programme. Rouvrir ultérieurement s'il apparaissait une différence de traitement entre Taxobot et les infos disponibles sur la source concernée. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 23:13 (CEST)

  @Hexasoft : peux-tu m’indiquer ce qu’il en est pour Convolvulus batatas ? Est-ce que GBIF donne un basionyme ? TED 1 mai 2021 à 00:30 (CEST)

Demande 20

• Type : fonctionnalité
• Description : quand on fait une recherche sur un synonyme, serait-il possible que le résultat qui s’affiche soit celui du nom valide ? (ex : Convolvulus batatas => Ipomoea batatas)
• Signature : TED 23 avril 2021 à 03:42 (CEST)
  • @TED : je vais sans doute mettre une option pour ça. Je pense que ça peut intéresser certains d'avoir les données d'un synonyme. Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 12:13 (CEST)
    • @TED : j'ai ajouté une case à cocher « Si le taxon est un synonyme traiter le nom valide » qui fait ça. À tester (fonctionne sur Convolvulus batatas. Non implémenté pour ITIS pour le moment, ne fonctionne qu'avec GBIF actuellement). Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 13:42 (CEST)

      Implémenté pour ITIS. Idem, à tester. J'ai ajouté le support de "non vérifié" pour les liens externes GBIF et ITIS.

      Remarque : en l'état rien ne permet de savoir qu'on a été redirigé vers un taxon valide. Faut-il faire quelque chose de spécifique ? Et faut-il insérer un lien externe vers le taxon invalide qui a conduit à la redirection ? Hexasoft (discuter) 24 avril 2021 à 16:05 (CEST)

      • Je note traité. Rouvrir si problème constaté. Hexasoft (discuter) 25 avril 2021 à 12:11 (CEST)

Demande 34

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{WFO}}
• Signature : 74laprune (discuter) 26 avril 2021 à 16:43 (CEST)
  • J'ai jeté un œil : ça va être compliqué. Leur site est dans les « je connais pas les API et mon moteur de recherche est pourri » . Je vais voir. Hexasoft (discuter) 26 avril 2021 à 17:20 (CEST)

    @74laprune : j'ai ajouté le support de WFO. J'ai peu testé, je te laisse voir si ça te semble ok. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 17:59 (CEST)

    Génial @Hexasoft  ! je viens de tester pour Ferula gabrielii : ça fonctionne  !--74laprune (discuter) 30 avril 2021 à 18:03 (CEST)

    • Je note traité. Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 19:43 (CEST)

@Hexasoft coquille * {{WFO | 0000686564 | ''Ferula gabrielii'' | Rech.f. | consulté le={{1er}} mai 2021 }} il n'y a pas besoin des ''.--74laprune (discuter) 1 mai 2021 à 10:39 (CEST)

Demande 36

• Type : bug
• Description : GBIF : ordre des noms d'auteurs inversé dans les synonymes de Ferula moschata
• Signature : 74laprune (discuter) 29 avril 2021 à 11:04 (CEST)
  • Effectivement. C'est corrigé. C'est un peu pénible : GBIF donne le nom du synonyme, il donne la forme complète (nom scientifique + auteur), et il donne le "authorship" à part, à l'envers (je suppose que ça correspond à la combinaison initiale). Ça m'oblige à découper la forme complète pour récupérer la partie auteur, mais bon, tant que ça marche. Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 11:34 (CEST)

Demande 38

• Type : fonctionnalité
• Description : Pardon si j'ai raté une conversation, mais si je rentre Dorema ammoniacum qui était le nom valide jusqu'en 2018, j'obtiens « Echec de récupération de la classification : Taxon trouvé chez GBIF mais non 'ACCEPTED' ». C'est un peu gênant pour le nom présent partout dans la littérature, est par ailleurs basionyme. C'est voulu ? Souhaitable ?
• Signature : — Tricholome ^{et par saint Georges !} 29 avril 2021 à 21:48 (CEST)

  Je peux mettre une option "accepter les synonymes/non valides". Après, sur le fond, il semble difficile de demander une « classification selon XXX » si XXX ne reconnaît pas le taxon considéré. À discuter. Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 22:38 (CEST)

  Précision : « accepter » si, bien sûr, rien de valide n'est trouvé ! Sur le fond, la discussion reste ouverte. Le but de l'outil est de rendre service. Donc si on considère qu'une option (il me semble que par défaut ça devrait être "strict") peut rendre service, pourquoi pas. Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 22:48 (CEST)

  Re-précision : je ne suis pas sûr que toutes les classifications fournissent des données complètes lorsqu'on interroge un nom « non accepté ». Donc pas certain que passer outre ce statut permette de retourner des infos complètes. Hexasoft (discuter) 29 avril 2021 à 22:57 (CEST)

  J'avoue que j'avais perdu le fil rouge qui est de construire une taxobox « selon » et je ne considérais que les Bioref (qui, en l'occurence, sont encore souvent sous l'ancien nom). Donc je comprends la logique du message « Vérifie d'abord tes sources, et viens construire l'article après » . — Tricholome ^{et par saint Georges !} 29 avril 2021 à 23:07 (CEST)

  @Tricholome : il est vrai qu'il peut être utile d'obtenir simplement la liste des liens externes. J'ajouterai sans doute une option pour ne rechercher que ça (auquel cas il ne teste pas que c'est un taxon reconnu : ce test n'a lieu que pour les classifications). Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 19:45 (CEST)

  @Hexasoft, en mode enfant gâté : pourrait-on imaginer (à terme) une deuxième fenêtre de saisie qui permettrait des bidules complexes comme « cherche Ferula ammoniacum, et si inexistant dans une base, alors vérifie Dorema ammoniacum » ? Je suggère, hein, pas de panique — Tricholome ^{et par saint Georges !} 30 avril 2021 à 19:55 (CEST)

  @Tricholome : pas certain . On verra (il y a plus urgent). En attendant j'ai ajouté une option « Seulement les liens externes ». Je te laisse voir si ça peut t'aider. Note : c'est encore expérimental, il y a des choses à améliorer (je n'ai pour le moment ni le règne ni le rang − actuellement déterminés uniquement par l'appel à classification − ce qui fait que la gestion des italiques dans les liens externes peut dysfonctionner). Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 21:03 (CEST)

  Je note en « traité ». Je ne vais pas mettre ce type de chose en route, je pense que cette option permet de répondre partiellement à la demande. J'ai assez d'autres choses à mettre en place pour le moment : ajouter d'autres classifications, ajouter des liens externes, améliorer certains points liés à la récupération des données, augmenter le nombre de sources pour certaines données (noms en français, multiples listes de taxons inférieurs, multiples listes de synonymes, pourquoi pas récupération des répartitions…).

  Quand on sera dans un fonctionnement plus stable il sera toujours temps de demander des choses « d'enfant gâté » . Hexasoft (discuter) 30 avril 2021 à 23:07 (CEST)

  Mais oui, bien entendu . — Tricholome ^{et par saint Georges !} 1 mai 2021 à 01:13 (CEST)

Demande 39

• Type : bug
• Description : retirer les '' de * {{WFO | 0000686564 | ''Ferula gabrielii'' | Rech.f. | consulté le={{1er}} mai 2021 }}
• Motif : l'italique est automatique
• Signature : 74laprune (discuter) 1 mai 2021 à 17:35 (CEST)
  • fait. À noter que comme pour les autres modèles qui mettent tout seuls les italiques il n'y a pas de gestion "propre" des sous parties spécifiques (var., ssp. et autres f.) puisque je ne passe plus par la mise en forme "élaborée". Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 17:56 (CEST)
    • @74laprune Hmmm… En fait j'ai étendu la fonction qui fait les mises en italiques propres pour pouvoir retourner la mise en italiques sans les italiques externes (par ex. xxx au lieu de ''xxx'' mais surtout xxx ''var.'' yyy au lieu de ''xxx ''var.'' yyy''). Ainsi je peux passer un nom qui sera compatible avec un modèle mettant des italiques tout seul, tout en conservant la typo à l'intérieur (ça ne concerne bien sûr que les taxons "compliqués", type forme, variété…). Je l'ai appliqué à WFO, il faudra que je l'applique aux autres modèles botaniques (ce sont eux qui mettent les italiques tout seuls). Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 18:33 (CEST)

Demande 40

• Type : modification
• Description : remplacer Le [[basionyme]] de ce taxon est : ''Phyllocoptes eurynotus'' Nalepa, 1894{{Bioref|GBIF|{{1er}} mai 2021|ref}} par L'espèce est d'abord classée dans le genre ''[[Phyllocoptes]]'' sous le [[basionyme]] ''Phyllocoptes eurynotus'' Nalepa, 1894{{Bioref|GBIF|{{1er}} mai 2021|ref}}.
• motif : plus naturel et plus pédagogue
• Signature : 74laprune (discuter) 1 mai 2021 à 17:46 (CEST)

• @74laprune : ça me fait penser qu'il faudrait sans doute que j'adapte le terme utilisé selon le domaine. Il semble que ce soit basionyme (plantes & champignons), basonyme (virus, etc.) ou protonyme (zoologie).

  Après ça semble compliqué à faire car ça nécessite de faire du découpage. Est-il certain que la notion de basionyme ne s'applique qu'à des espèces (et pas des sous-espèces, des variétés, etc.) ? Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 18:20 (CEST)

• @Hexasoft la notion de basionyme s'applique effectivement également aux sous-espèces et variétés. Cependant, la plupart du temps le bot sera utilisé pour les espèces, et ça pourra toujours être corrigé à la main pour les rares cas de taxon infra-spécifiques--74laprune (discuter) 1 mai 2021 à 18:27 (CEST)

  J'ai déjà ajouté un sélecteur pour basionyme/basonyme/protonyme selon le "règne". C'est déjà ça. Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 18:46 (CEST)

  @74laprune : j'ai commencé un truc → si le basionyme contient 2 "mots" je récupère le premier pour construire la phrase que tu indiques, sinon (autre rang plus complexe) je laisse comme actuellement.

  Toutefois ta phrase me semble bancale. Le « d'abord » laisse attendre un « ensuite » qui ne vient pas, la phrase reste incomplète. Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 21:29 (CEST)

  Par exemple sur U. fimbriatus ça donne « L'espèce est d'abord classée dans le genre Stellio sous le protonyme Stellio fimbriatus Schneider, 1797¹ », qui moi me laisse l'impression d'une phrase non terminée. Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 22:37 (CEST)

  Peut-être quelque chose comme « L'espèce a été initialement classée dans le genre Stellio sous le protonyme Stellio fimbriatus Schneider, 1797¹. ». Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 22:40 (CEST)

 Hexasoft : je pense que c'est parfait ainsi, merci !--74laprune (discuter) 2 mai 2021 à 15:07 (CEST)

Traité, donc. Hexasoft (discuter) 2 mai 2021 à 18:50 (CEST)

Demande 41

• Type : bug
• Description remplacer [[Nom scientifique|nom scientifique]] par [[nom scientifique]]
• Motif : lien interne avec cible identique au texte
• Signature : 74laprune (discuter) 1 mai 2021 à 18:27 (CEST)
  • Fait. Je ne sais effectivement pas pourquoi j'avais fait ça ! Sans doute que la phrase était différente et que suite à un changement je n'ai pas vu que c'était pareil. Hexasoft (discuter) 1 mai 2021 à 18:35 (CEST)

Demande 42

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter les interwikis (si trouvés) dans la liste des liens relatifs au taxon
• Signature : Hexasoft (discuter) 3 mai 2021 à 16:24 (CEST)
  • Fait. Si wikidata est trouvé la liste des interwikis est affichée, chacun suivi de la mention "(wd)" (pour indiquer qu'ils proviennent de wikidata). Si wikidata n'est pas trouvé le programme teste quelques "grands" wikipédias (en, de, nl, etc.) et regarde si un article existe sous le nom scientifique, et il affiche la liste de ces liens (le cas échéant). La liste est actuellement réduite, je vais l'agrandir. Hexasoft (discuter) 3 mai 2021 à 16:24 (CEST)

Demande 45

• Type : bug
• Description : supprimer le caractère de contrôle ajouté à la fin des catégories (cf. ici ou là).
• Signature : TED 3 mai 2021 à 21:56 (CEST)
  • Corrigé. Je ne sais pas d'où sort ce caractère totalement invisible ! Hexasoft (discuter) 3 mai 2021 à 22:29 (CEST)

Demande 46

• Type : bug
• Description : remplacer Synonyme (taxinomie) par Synonyme (botanique) pour les champignons : exemple avec Auricularia mesenterica (botanique, c’est « les algues, les champignons et les plantes »).
• Signature : TED 3 mai 2021 à 21:58 (CEST)
  • Corrigé. J'ai dû me planter de copier/coller. Hexasoft (discuter) 3 mai 2021 à 22:27 (CEST)

    @Hexasoft : ce n’est pas grave ! Seuls ceux qui ne font rien en font pas d’erreurs ! C’est à cela que servent les tests et les remontées de problèmes éventuels, et les relectures à plusieurs paires d’yeux sur différents essais. Et j’en profite pour te remercier pour toutes les corrections ! Je ne vais pas t’embêter à te notifier dans toutes les sections pour te remercier pour éviter de te surcharger inutilement. Donc un grand merci global ! (et j’en remettrai encore après !) TED 4 mai 2021 à 22:39 (CEST)

Demande 47

• Type : modification
• Description : Désolé @Hexasoft je reviens vers toi sur ce sujet, mais je pense vraiment que tout le monde s'accorde sur l'inutilité des LI sur les synonymes d'espèces. Ma demande est donc que les LI ne soient ajoutés par défaut uniquement pour les synonymes de taxons de rang strictement supérieur à l'espèce. Amicalement,
• Signature : 74laprune (discuter) 3 mai 2021 à 21:59 (CEST)

  @74laprune : hmmm… C'est bien ce qui était prévu, et la fonction qui teste ça inclue bien le rang d'espèce. Tu peux me donner un exemple de taxon pour que je regarde ce qui se passe ? Hexasoft (discuter) 3 mai 2021 à 22:33 (CEST)

  Ah ! Trouvé. Dans certains cas le programme ne trouve pas le rang associé à chaque synonyme. Et dans ce cas − forcément − il ne peut pas tester si c'est inférieur ou égal à l'espèce ! En l'absence de rang il utilise le rang du taxon (ce qui me semble une approximation globalement valide). Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 12:17 (CEST)

@Hexasoft le bot jusque là ajoute par défaut des LI sur les synonymes d'espèce, comme ici. Or ça n'a aucun intérêt puisque chaque synonyme est destiné a être redirigé vers le nom correct. Par contre, lorsqu'il s'agit d'un article sur le genre, il est intéressant de mettre un lien aux synonymes du genre. Je reprends l'exemple de Daucus#Synonymes. Selon POWO, Pseudorlaya est synonyme de Daucus, mais selon d'autres, ce sont deux genres différents. Les LI sur les synonymes sont donc utiles uniquement sur les articles portant sur un taxon supérieur à l'espèce.--74laprune (discuter) 4 mai 2021 à 18:27 (CEST)

Ok, mais aucun rapport avec mon dernier message . J'expliquais juste le soucis technique que j'ai parfois (à savoir que certaines classifications ne fournissent pas toujours le rang des synonymes, ce qui rend donc difficile de savoir si on est "espèce ou en dessous" ou bien "au dessus"). Et la solution que j'ai apporté. Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 18:31 (CEST) Et, au passage, il va vraiment falloir que tu apprennes à gérer les indentations !

 Hexasoft : je ne comprends pas pourquoi il y a besoin de connaître le rang des synonymes ? Il suffit de connaître le rang du nom correct/préféré non ?--74laprune (discuter) 4 mai 2021 à 18:43 (CEST) C'est quoi les indentations ?

Parce qu'il arrive que les synonymes n'aient pas le même rang que le taxon ! Et aussi que pour la mise en italiques il faut connaître le rang. Ceci dit, et c'est ce que je dis plus haut, si je n'ai pas cette info j'utilise le rang du nom correct par défaut, ce qui ne devrait pas poser de problème (je n'ai pas connaissance de synonymes d'espèces qui soit au genre ou au dessus. Ça n'aurait pas beaucoup de sens). Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 18:51 (CEST)Les indentations, c'est utiliser les décalages pour que les réponses soient − visuellement − des réponses

Ah d'accord @Hexasoft, je vois de quoi tu parles. Je fais ça de manière délibérée, car on se retrouve ensuite avec des colonnes illisibles parce que trop étroites. Et puis, revenir à la ligne, je trouve que c'est tout autant − visuellement − une réponse. Bien à toi,--74laprune (discuter) 4 mai 2021 à 21:18 (CEST)

Sauf qu'en toutes choses il faut raison garder ! Même si on fait régulièrement « marée basse » ça marche bien Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 21:43 (CEST)

Demande 48

• Type : bug
• Description : dans certain cas la mise en forme de la zone auteur ne semble pas détecter la présence d'une date (et ajoute donc {{date à préciser}} alors qu'il ne faudrait pas. Exemple : Xenosaurus fractus (testé avec classification GBIF).
• Signature : Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 11:50 (CEST)
  • Corrigé. Je testais la présence d'un nombre à 4 chiffres commençant par "1" ! Je retarde d'un millénaire . Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 12:10 (CEST)

Demande 49

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter un bouton « Copier le wikitexte » qui copie le contenu généré dans le clipboard de l'ordinateur.
• Signature : Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 17:42 (CEST)
  • Fait. Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 17:42 (CEST)

Demande 50

• Type : bug
• Description : caractères de contrôle modif
• Signature : 74laprune (discuter) 5 mai 2021 à 12:23 (CEST)
  • Encore ! Je comprends pas d'où ils sortent (enfin, si, et je les ai enlevés, mais je comprends pas comment ils se sont retrouvés là). Résolu. Hexasoft (discuter) 5 mai 2021 à 12:41 (CEST)

Demande 43

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{MycoBank}} et {{Fungorum espèce}} (mêmes id)
• Signature : 74laprune (discuter) 3 mai 2021 à 18:58 (CEST)
  • Rah… Encore un site avec des réponses imbitables… Hexasoft (discuter) 3 mai 2021 à 19:36 (CEST)

    @74laprune : j'aurai besoin d'exemples de champis (nom scientifique) qui seraient des synonymes, ou non valides, ou autres particularités gérées par MycoBank. Pour pouvoir tester les différents cas. Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 14:18 (CEST)

    Encore une question : faut-il traiter les "non valides" ? Si je prends l'exemple de Boletus reticulatus, MycoBank me retourne 5 entrées portant ce nom. Une est "Legitimate", trois sont "Illegitimate", une est "Unavailable". Je peux bien sûr tout lister (avec l'option "nv" du modèle MycoBank quand nécessaire) mais ça ne risque-t-il pas de faire des listes trop longues ? (avoir 5 MycoBank et − donc − 5 Fungorum espèce dans les liens externes ça fait un peu lourd). Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 14:36 (CEST)

    Question subsidiaire : si aucune entrée valide n'est trouvée, faut-il mettre la (ou les) entrées non valides ? (c-à-d avec le nom scientifique demandé mais pas classé "Legitimate"). @TED : tu auras peut-être aussi un avis là-dessus. Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 14:47 (CEST)

@Hexasoft pour répondre à ta 1ère question : Alternaria carotae est un exemple de synonyme (de Alternaria dauci) (en) Référence MycoBank : Alternaria carotae (Ellis & Langl.) J.A. Stev. & Wellman.--74laprune (discuter) 4 mai 2021 à 18:57 (CEST)

@Hexasoft : je pense qu’il pourrait être utile d’avoir tous les liens (peut-être avec des ancres différentes ?) et qu’il pourrait être utile dans ce cas d’ajouter dans la section systématique, après le nom complet avec citation d’auteur, que les autres noms avec d’autres auteurs désignent autre chose (ou non).

Attention ! Ce ne sont pas des noms non valides = noms qui ne sont pas publiés en validité avec le Code, mais des noms illégitimes = des noms valides (c’est-à-dire des noms publiés en validité avec le Code), mais illégitimes car le nom est déjà utilisé auparavant pour un autre taxon (ce sont des homonymes postérieurs). Il faudrait revoir les possibilités des modèles, et changer ce paramètre nv qui induit en erreur.

Le cas du nom « unavailable » est particulier : c’est le problème des noms sanctionnés en mycologie (cf. Article F3 du Code et sa version modifiée actuellement en vigueur : Chapter F of the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants as approved by the 11th International Mycological Congress, San Juan, Puerto Rico, July 2018).

Pour le cas où aucune entrée « Legitimate » (encore une fois : ce n’est pas une question de valide ou non valide) n’est trouvée : est-ce que tu peux récupérer le nom courant (Current name) en cas de synonymie ? TED 4 mai 2021 à 22:35 (CEST)

@TED : oui, mycobank classe "legitimate/illegitimate/unavailable" (peut-être d'autres, mais il faudrait me l'indiquer). Le modèle ne possède que "nv".

Pour la première proposition, donne une indication de formulation / exemple, pour voir.

Et, les « noms sanctionnés », on en fait quoi en pratique ?

Si tu as un exemple de nom chez mycobank qui n'a aucun « legitimate » avec un « current name » je veux bien, histoire de voir à quoi ressemble les données.

Ceci dit encore une fois j'ai peur que ça fasse « masse » de liens invalides (ou non légitimes, ou tout ce qu'on veut : ça fait des tonnes de liens sur certains taxons). Est-ce qu'il ne vaut mieux pas laisser le lien mycobank en lien latéral (sur l'interface) et laisser le rédacteur faire le tri avec les données collectées ? Hexasoft (discuter) 4 mai 2021 à 22:51 (CEST)

@Hexasoft : je ne sais pas quelles sont les différentes possibilités pour MycoBank et s’il y en a d’autres que legitimate/illegitimate/unavailable. Je peux essayer de les contacter s’il est intéressant d’avoir l’info. Mais je pensais de façon plus générale : pour les plantes aussi, il y a une confusion dans les modèles avec les nv pour des noms parfaitement valides au regard du Code mais qui sont parfois seulement des homonymes postérieurs, et très souvent simplement des synonymes…

Pour un exemple : j’essayerai d’en retrouver ou d’en faire un demain… rappelle-le moi si j’oublie.

Le « nom sanctionné », c’est le « nom légitime » donc on le garde ! C’est le nom « unavailable » qui est un nom non-sanctionné.

Je pense plus simple de mettre les liens dans le wikicode à copier, et faire le tri à ce niveau-là, car dans le cas où les liens sont seulement sur le côté mais qu’on en a besoin dans l’article, il faudra créer tout le code pour les biorefs, et c’est plus simple si le code y est déjà ! TED 5 mai 2021 à 01:17 (CEST)

@TED : en fait les ancres sont déjà un problème (pour WCVP et autres) car par défaut on ne peut pas avoir plusieurs fois le même modèle (justement parce que ça fait plusieurs ancres de même nom). Hexasoft (discuter) 5 mai 2021 à 10:02 (CEST)

Au final j'ai ajouté une option « Inclure les biorefs additionnels ». Par défaut on a les liens "valides" (ceux acceptés/non synonymes/etc. qui correspondent au taxon demandé) et eux seuls, et si quelqu'un veut avoir tous les liens possibles il peut utiliser l'option en question, et voir ensuite comment faire le tri (et s'il est nécessaire d'ajouter des ancres spécifiques, ce qui n'est normalement le cas que pour faire une réf via Bioref, si c'est juste pour des liens externes pas besoin). Hexasoft (discuter) 5 mai 2021 à 19:08 (CEST)

Je note en traité. C'est pas parfait, mais ça répond à la plupart des cas (et derrière le rédacteur est libre d'ajuster). Hexasoft (discuter) 18 mai 2021 à 23:45 (CEST)

Demande 44

• Type : bug
• Description : un lien vers commons est présenté même dans certains cas où il n'y a rien sur commons.
• Signature : Hexasoft (discuter) 3 mai 2021 à 19:03 (CEST)
  • Corrigé. Hexasoft (discuter) 3 mai 2021 à 19:03 (CEST)

Demande 51

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter le genre dans le RI : « une espèce de le famille des bloblo et du genre blibli. »
• Signature : 74laprune (discuter) 5 mai 2021 à 12:23 (CEST)
  • C'est plus complexe que ça. Il faut adapter en fonction du rang du taxon (si par exemple le taxon est un genre). Hexasoft (discuter) 5 mai 2021 à 12:42 (CEST)

    En fait je vais refuser cette demande. Ça nécessite de faire plein de cas et de tests (selon le rang, le format du nom scientifique), pour un résultat que je ne trouve pas nécessaire : personnellement je ne rédige pas comme ça, par exemple. À chacun de retoucher selon ses préférences rédactionnelles. Hexasoft (discuter) 5 mai 2021 à 14:54 (CEST)

    OK, pas de problème. C'est juste que le genre d'une espèce n'est pas une évidence pour la majorité des mortels--74laprune (discuter) 5 mai 2021 à 15:42 (CEST)

    Refusé. Comme dit plus haut c'est complexe (selon le rang, etc.) et ça correspond à une préférence éditoriale, que chacun peut mettre en œuvre en répercutant le résultat sur WP. Hexasoft (discuter) 18 mai 2021 à 23:43 (CEST)

Demande 52

• Type : bug
• Description : « nomalisés » --> « normalisés »
• Signature : 74laprune (discuter) 5 mai 2021 à 15:42 (CEST)
  • Corrigé. Hexasoft (discuter) 5 mai 2021 à 15:58 (CEST)

Demande 53

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter le support de Faunaeur2
• Signature : Hexasoft (discuter) 7 mai 2021 à 13:17 (CEST)
  • Fait. Hexasoft (discuter) 7 mai 2021 à 13:17 (CEST)

Demande 54

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter le support de MSW
• Signature : Hexasoft (discuter) 8 mai 2021 à 21:14 (CEST)
  • Fait. Hexasoft (discuter) 8 mai 2021 à 21:14 (CEST)

Demande 56

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{IRMNG}}
• Signature : 74laprune (discuter) 10 mai 2021 à 11:41 (CEST)

  @74laprune : je peux assez facilement trouver l'identifiant associé à un taxon (si présent). Par contre ça va être plus pénible d'identifier les taxons invalides (ex. https://www.irmng.org/aphia.php?p=taxdetails&id=10692154). La question : faut-il dans un cas comme celui-là se contenter d'un lien vers le taxon "invalide", ou mettre seulement le taxon valide (sur l'exemple https://www.irmng.org/aphia.php?p=taxdetails&id=10364048), ou encore mettre les deux ? Hexasoft (discuter) 10 mai 2021 à 19:04 (CEST)

  @Hexasoft je pense que le mieux est de se contenter d'un lien vers le taxon "invalide", pour ne pas avoir des liens externes qui partent dans tous les sens, avec des noms différents, à n'y rien comprendre. Mais de toute façon, si le nom est invalide selon IRMNG, il est fort possible qu'il le soit aussi selon GBIF, et on y retrouve son compte ?--74laprune (discuter) 10 mai 2021 à 20:26 (CEST)

  Ok. Je bosse dessus.En fait celui-là et le précédent sont très similaires, donc une fois l'un fait l'autre sera rapide.

  Il semble que ces modèles (celui-ci et le précédent) n'aient de toute façon pas l'option "nv" (non valide), donc on va effectivement faire simple.

  Il va ceci-dit falloir que j'extrais les infos cibles, ne serait-ce que pour avoir l'auteur (selon eux) donc je vais en profiter pour extraire l'info du statut (accepté ou pas) même si je ne l'exploite pas pour le moment. Hexasoft (discuter) 10 mai 2021 à 22:34 (CEST)

  Support partiel ajouté (identifiant+lien externe). Il me reste à exploiter les infos spécifiques (auteur selon eux, synonyme ou pas − même si actuellement le modèle IRMNG ne supporte pas "nv"). Hexasoft (discuter) 10 mai 2021 à 23:39 (CEST)

  • fait. Il gère théoriquement aussi les synonymes (mais sans les suivre, juste mention). Hexasoft (discuter) 11 mai 2021 à 10:36 (CEST)

Demande 57

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{INPN}}
• Signature : 74laprune (discuter) 10 mai 2021 à 11:41 (CEST)
  • Fait (lien externe + source de noms vernaculaires) Hexasoft (discuter) 10 mai 2021 à 15:05 (CEST)

Demande 58

• Type : bug
• Description : italique en trop dans le modèle CITES
• Signature : 74laprune (discuter) 11 mai 2021 à 18:56 (CEST)

  @74laprune : tu peux me donner un exemple ? J'ai lancé un test et je ne vois pas d'italique en trop ! Hexasoft (discuter) 11 mai 2021 à 23:07 (CEST)

  Oh ! Je comprends : le modèle met systématiquement en italique (car espèce) donc il ne faut pas mettre d'italiques. J'ai corrigé (mais ce n'est pas encore en prod). Hexasoft (discuter) 11 mai 2021 à 23:09 (CEST)

  @Hexasoft par exemple Echinopsis ancistrophora. Je viens de réessayer pour ce nom qui est toujours mis en italique. Mais si c'est corrigé alors Merci , et patientons que ce soit en prod.--74laprune (discuter) 12 mai 2021 à 10:10 (CEST)

  Euh @Hexasoft je viens de réessayer le bot mets toujours {{CITES species+ | 20624 | ''Echinopsis ancistrophora'' | Spegazzini | consulté le=13 mai 2021 }} alors que les '' sont en trop.--74laprune (discuter) 13 mai 2021 à 16:35 (CEST)

  Oui, comme je disais c'est pas en prod . Quand je suis sur un développement qui « casse » temporairement le fonctionnement je ne pousse plus les modifs sur la prod. Et comme là je suis en week-end prolongé ça attendra la semaine prochaine . Hexasoft (discuter) 14 mai 2021 à 16:59 (CEST)

  En prod. Hexasoft (discuter) 17 mai 2021 à 21:21 (CEST)

Demande 60

• Type : bug
• Description : Fishbase espèce -> FishBase espèce (Merci Hexasoft au passage pour l'ajout de ce modèle !)
• Signature : 74laprune (discuter) 16 mai 2021 à 17:15 (CEST)

  Corrigé (mais pas en prod). Hexasoft (discuter) 16 mai 2021 à 19:15 (CEST)

J’allais signaler la même chose ! Merci pour la correction ! TED 17 mai 2021 à 02:43 (CEST)

En prod. Hexasoft (discuter) 17 mai 2021 à 21:21 (CEST)

Demande 61

• Type : bug
• Description : pas de « subsp. » en zoologie ! Cf. Hyperopisus bebe : ajout dans la liste des synonymes de « subsp. » incognrus (alors qu’il reconnaît bien que c’est Synonyme (zoologie) et le portail:Zoologie et une catégorie animal…).
• Signature : TED 17 mai 2021 à 02:43 (CEST)

   TED : le problème c'est que c'est GBIF qui ajoute les « subsp. »--74laprune (discuter) 17 mai 2021 à 11:03 (CEST)

   TED et 74laprune : oui, je ne transforme pas les noms retournés par les sources. Si − ici − GBIF décide de l'appeler « subsp. » ça les regarde. De même certaines classifications utilisent juste le trinôme et d'autres insèrent ssp./subsp., etc. De la même façon dans les liens externes j'utilise le nom d'auteur tel que donné par la source (alors même que certaines sources par ex. omettent les parenthèses quand il devrait y en avoir).

  Donc en l'état je ne vais pas corriger (d'autant plus qu'il n'y a rien à corriger, ce n'est pas moi qui génère la donnée). Hexasoft (discuter) 17 mai 2021 à 21:19 (CEST)

  Refusé : ce n'est pas Taxobot qui génère ces données mais la source elle-même (et on ne modifie pas les données retournées par une source). Hexasoft (discuter) 18 mai 2021 à 23:41 (CEST)

Demande 62

• Type : modification
• Description : {{Bioref|UICN|afficher=ref|18 mai 2021}} => {{Bioref|UICN|18 mai 2021|ref}} et il me semblait que ce problème était déjà résolu (cf. Discussion utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Traités#Demande 8) à moins qu’il n’y ait une raison qui m’échappe à ce retour au afficher=ref ? (exemple : avec Drimia maritima).
• Signature : TED 18 mai 2021 à 00:12 (CEST)

  Je vais regarder. J'ai peut-être oublié des corrections dans certains sous-modules. Hexasoft (discuter) 18 mai 2021 à 23:39 (CEST)

  Je note en traité. Normalement c'est corrigé partout où j'ai pu voir. Hexasoft (discuter) 7 juillet 2021 à 17:29 (CEST)

Demande 55

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{WRMS espèce}} et {{WRMS}}
• Signature : 74laprune (discuter) 10 mai 2021 à 11:41 (CEST)

  Support WRMS : par contre pas de distinction WRMS/WRMS espèce. D'ailleurs je trouve les différents usages de ces modèles un peu compliqués. Ne faudrait-il pas simplifier un peu tout ça ? Hexasoft (discuter) 16 juillet 2021 à 19:05 (CEST)

Demande 59

• Type : bug
• Description : le bot n'a pas trouvé Rumex sur l'INPN ; idem pour Paratylenchus
• Signature : 74laprune (discuter) 13 mai 2021 à 16:31 (CEST)

  @74laprune : corrigé (dans la version sur github). On tombait sur la limite du nombre de réponses, et "Rumex" ou "Paratylenchus" étaient présents, mais "trop loin". Hexasoft (discuter) 7 décembre 2021 à 16:30 (CET)

Demande 63

• Type : fonctionnalité
• Description : lorsque le bot récupère les noms français sur l'INPN, est-il possible qu'il récupère aussi les noms français d'outre-mer (ex : Fraxinus excelsior Frêne commun, Frêne, Frêne d'Europe, Frêne élevé (Français, Réunion))
• Signature : 74laprune (discuter) 18 mai 2021 à 21:09 (CEST)

  Je vais voir ce que je peux récupérer. Hexasoft (discuter) 18 mai 2021 à 23:39 (CEST)

  @74laprune : je suis en train de regarder ça. En fait l'API que j'utilise pour l'INPN ne retourne qu'une partie des données, c'est le pourquoi du comment (je n'ai pas ces infos).

  J'ai trouvé une autre API chez eux qui permet d'avoir des infos plus complètes, je suis en train de faire évoluer le code en ce sens. Par contre là l'INPN est partiellement dans les choux : par exemple ton lien plus haut ne donne plus les noms en français… Bref, je devrais pouvoir traiter cette demande, dès que ça remarchera chez eux pour faire mes tests. Hexasoft (discuter) 28 février 2022 à 20:57 (CET)

  Remarque : il me reste un peu de boulot. En dehors de tester le bousin, l'INPN fait une distinction entre chercher une espèce, chercher un genre, et peut-être d'autres distinctions. Il faudra sans doute que j'analyse ça pour répondre à tous les cas de figure. Hexasoft (discuter) 28 février 2022 à 20:58 (CET)

  Leur site est reviendu. J'ai pu tester et ça fonctionne. Voici ce que ça donne sur Fraxinus excelsior : Ce taxon porte en français les [[nom vernaculaire|noms vernaculaires]] ou [[nom normalisé|normalisés]] suivants : Frêne{{Bioref|GBIF|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}{{,}}{{Bioref|INPN|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}, frêne commun{{Bioref|GBIF|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}{{,}}{{Bioref|INPN|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}{{,}}{{Bioref|OEPP|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}{{,}}{{Bioref|Tela-métro|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}, frêne d'Europe{{Bioref|GBIF|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}{{,}}{{Bioref|INPN|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}, Frêne élevé{{Bioref|INPN|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}{{,}}{{Bioref|OEPP|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}{{,}}{{Bioref|Tela-métro|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}, frêne à feuilles aiguës{{Bioref|OEPP|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}, gaïac des Allemands{{Bioref|OEPP|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}, grand frêne{{Bioref|OEPP|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}, langue d'oiseau{{Bioref|OEPP|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}, quinquina d'Europe{{Bioref|OEPP|afficher=ref|{{1er}} mars 2022}}.. Je vais pousser ça sur github d'ici la fin de semaine.

  Note à moi-même : convertir les code HTML (') qui traînent.

  Amélioration future (?) : indiquer d'où vient le nom (France / Réunion ici). J'ai l'info mais il semble difficile d'intégrer ça sans alourdir considérablement la phrase (et ça ne concerne a priori que les données INPN). Hexasoft (discuter) 1 mars 2022 à 12:50 (CET)

Demande 64

• Type : fonctionnalité
• Description : classification selon WoRMS (une fois la #Demande 55 traitée bien entendu)
• Signature : 74laprune (discuter) 19 mai 2021 à 13:47 (CEST)

  Support partiel ajouté. Uniquement liens externes (+ il manque d'extraire l'auteur selon eux). Hexasoft (discuter) 16 juillet 2021 à 17:12 (CEST)

  Support lien externe ok. Début support classification : taxon+rangs supérieurs (taxobox). Hexasoft (discuter) 16 juillet 2021 à 19:04 (CEST)

  @74laprune : question pratique → quand on regarde Decapoda dans les "direct children", on a du tout et n'importe quoi : du accepted, du pas accepted avec un autre taxon cible, du pas accepted avec des commentaires et des listes d'autres taxons.

  On fait quoi de tout ce bordel ? Hexasoft (discuter) 16 juillet 2021 à 19:20 (CEST)

  Autre trucs : visiblement WRMS n'a pas de zone auteur pour pas mal de taxons dès qu'on dépasse les rangs de bas niveau. Pas terrible pour faire de la classification. Il a aussi des rangs qui sont inconnus sur WP (comme par exemple "Megaclass"). Par ailleurs les données sont pourries au possible (des sauts de lignes en plein milieu, des formats de lignes qui changent, des indications textuelles assez compliquées à suivre…). Bref, je ne sais pas si ça permettra de faire un module pour la classification qui soit un minimum fiable et utile. Hexasoft (discuter) 16 juillet 2021 à 21:45 (CEST)

Bonjour Hexasoft , désolé pour cette réponse tardive après des vacances sans ordinateur. Pour la liste des taxons inférieurs, je suis d'avis de tout mettre en traduisant en français ce qui est possible. Pour la classification, s'il est trop difficile de faire un truc correct avec le bot, eh bien tant pis, on peut toujours le faire à la main ;). Amicalement,--74laprune (discuter) 27 août 2021 à 10:28 (CEST)

Je passe en traité : les liens externes sont gérés, et faire une classification à partir des infos retournées semble trop compliqué.

Lorsque le reste des fonctionnalités sera terminé il sera toujours temps de se re-pencher sur d'autres classifications possibles. Hexasoft (discuter) 23 mars 2022 à 13:57 (CET)

Demande 66

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{Tela-métro}}
• Signature : 74laprune (discuter) 7 juin 2021 à 16:17 (CEST)

  Fait. Récupère également les noms en français. Hexasoft (discuter) 4 octobre 2021 à 15:20 (CEST)

Demande 68

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{eFloras}}
• Signature : 74laprune (discuter) 7 juin 2021 à 16:17 (CEST)

  @74laprune : tu connais leur site ? Tu l'utilises ? Par exemple sur leur page de recherche si j'entre Limnocharitaceae j'obtiens 5 réponses. Chacune pour le même taxon (10509) mais chacune avec un "countryId" différent (1200, 1210, 1, 30, 40). Je n'ai aucune idée de celui qu'il faut choisir. Visiblement sur la page de l'article c'est 1 (flora of north america) mais quel est le critère de choix ? Idem pour Buxaceae où j'ai 13 réponses et je ne vois pas pourquoi c'est le 201 et pas le 900 ou le 1030 qui est choisi. Hexasoft (discuter) 1 mars 2022 à 13:47 (CET)

  Bonjour Hexasoft , formidable que tu soit de retour pour traiter les requêtes . Alors oui, efloras est un site très sérieux (tenu par le Jardin botanique du Missouri) qui compile plusieurs flores (notamment la Flora of China et la Flora of North America) et check-lists régionales (Dinghushan Plant Checklist, Flora of Taiwan Checklist, etc.). Le principal intérêt (si j'en juge l'usage que je fais du site et les liens les plus ajoutés sur l'encyclopédie) est d'avoir un accès facile à des descriptions (en anglais) de taxons très complètes et précises. Maintenant, pour les critères de sélection, prenons l'exemple pour Buxaceae :

  • le premier choix est une page vide ;
  • les deux suivants offrent des clés de détermination, moins intéressantes et moins complètes pour les besoins de l'encyclopédie qu'une description complète (à mon goût) ;
  • les deux suivants reprennent la Flora of China ;
  •  Bien la Flora of Pakistan est intéressante (id=5) ;
  • les deux suivants reprennent la Flora of China ;
  • la suivante est quasi vide ;
  • la suivante reprend la Flora of China ;
  • la Flora of Taiwan Checklist a des pages quasi vides ;
  •  Bien la Flora of China est intéressante (id=2) ;
  • la Bolivia checklist a des pages quasi vides.

  La Flora of North America (id=1) n'apparaît pas dans la liste des résultats Buxaceae, mais vaut aussi le coup d'être ajoutée (ex : Limnocharitaceae). Récapitulatif : les liens les plus pertinents (àmha) sont Flora of North America (id=1), Flora of China (id=2), Flora of Pakistan (id=5), les trois flores fournissant des descriptions différentes pour un même taxon.

  Après, si tu le souhaites, je pense qu'il faudrait traiter en priorité les #Demande 86 (l'IRMNG sert de source à Biolib, CoL, GBIF, autant donc mettre un lien vers la source initiale) et #Demande 92 et suivantes car Gerardgiraud est en plein dans les algues et l'outil lui sera d'une grande aide. Merci beaucoup pour le boulot que tu fais, amicalement,--74laprune (discuter) 5 mars 2022 à 07:51 (CET)

  @74laprune : je comprends bien ce que tu me décris. Toutefois mets-toi à la place d'un programme qui obtient une liste de 15 pages : comment tu lui expliques que cette page reprend telle autre page, ou que cette autre est quasi-vide, ou encore que cette autre ne contient que des clés de détermination et que c'est moins intéressant ? Sans critère formel de tri/sélection un programme ne peut que retourner tout (ou rien) du résultat de sa recherche. Hexasoft (discuter) 5 mars 2022 à 10:25 (CET)

   Hexasoft : oui bien-sûr , je propose donc de regarder uniquement si le taxon est présent dans les Flora of North America (id=1), Flora of China (id=2) et Flora of Pakistan (id=5). Amicalement,--74laprune (discuter) 5 mars 2022 à 10:32 (CET)

• . Retourne les éventuels id=1,2,5 (sous forme de 1, 2 ou 3 appels au modèle eFlora). Hexasoft (discuter) 23 mars 2022 à 13:07 (CET)

Demande 71

• Type : bug
• Description : classification selon ITIS : la traduction exacte de Superphylum n'est pas « super-division » mais « super-embranchement », et surtout par cohérence avec les taxons inférieurs qui sont bien traduits « embranchement », « sous-embranchement », etc.
• Signature : 74laprune (discuter) 19 juin 2021 à 21:15 (CEST)

  Corrigé dans ma version. Hexasoft (discuter) 14 juillet 2021 à 19:02 (CEST)

Demande 72

• Type : bug
• Description : [[nom vernaculaire|nom vernaculaire]] --> [[nom vernaculaire]] (lien interne avec cible identique au texte)
• Signature : 74laprune (discuter) 19 juin 2021 à 21:15 (CEST)

  Bug en double (cf #76). Traité (cf #76). Hexasoft (discuter) 7 juillet 2021 à 17:19 (CEST)

Demande 73

• Type : bug
• Description : mise en italique en trop dans {{MSW}}, qui le fait par défaut (même problème que #Demande 58)
• Signature : 74laprune (discuter) 22 juin 2021 à 10:40 (CEST)

  Corrigé, dans la nouvelle version. Il faudra attendre la bascule sur la nouvelle version pour le voir en prod. Hexasoft (discuter) 7 juillet 2021 à 17:34 (CEST)

Demande 74

• Type : bug
• Description : espace manquante entre le nom scientifique et le nom d'auteur dans {{UICN}}
• Signature : 74laprune (discuter) 22 juin 2021 à 10:40 (CEST)

  Corrigé dans la nouvelle version. Sera reporté sur la "prod" lorsque je ferai la bascule. Hexasoft (discuter) 7 juillet 2021 à 17:18 (CEST)

Demande 76

• Type : bug
• Description : [[nom vernaculaire|noms vernaculaire]] --> [[nom vernaculaire]] (orthographe)
• Signature : 74laprune (discuter) 28 juin 2021 à 12:15 (CEST)

  Corrigé dans la nouvelle version. Sera reporté sur la "prod" lorsque je ferai la bascule. Hexasoft (discuter) 7 juillet 2021 à 17:15 (CEST)

Demande 77

• Type : fonctionnalité
• Description : gérer COI
• Signature : Hexasoft (discuter) 14 juillet 2021 à 18:39 (CEST)

  En cours (uniquement liens externes) Hexasoft (discuter) 14 juillet 2021 à 18:39 (CEST)

  . N'utilise pas le découpage en famille (lien vers l'ensemble des taxons), mais donne le numéro de ligne dans le document. À noter que ça semble en train de changer (format du fichier) : des modifications seront sans doute nécessaires.

  Remarque : les données étant trop énormes à récupérer et analyser, le programme utilise une copie locale épurée pour travailler. Il sera nécessaire de surveiller les mises à jour du contenu. Hexasoft (discuter) 15 juillet 2021 à 19:26 (CEST)

Demande 78

• Type : fonctionnalité
• Description : gérer {{eBird}}
• Signature : Hexasoft (discuter) 14 juillet 2021 à 18:40 (CEST)

  (lien externe + nom vernaculaire si présent) Hexasoft (discuter) 14 juillet 2021 à 18:40 (CEST)

Demande 76

• Type : modification
• Description : Dans rendu.php : "== [[Systématique]] ==\n"; -> "== Systématique ==\n";
• Justification : Pour des raisons d'accessibilité, il me semble que les liens internes doivent être évitées dans les titres de section, à l'instar des autres balises (gras, ref, etc.).
• Signature : LD ^{• m'écrire •} 29 août 2021 à 18:12 (CEST)

Re, effectivement, le P:CS suggère de corriger cette erreur via la correction n^o 503 (Projet:Correction syntaxique/Liste d'erreurs syntaxiques). Merci d'avance. — LD ^{• m'écrire •} 29 août 2021 à 18:16 (CEST)

Fait (dans les sources github). Il faudra que je pousse ça sur mon interface web. Hexasoft (discuter) 28 septembre 2021 à 21:48 (CEST)

Demande 77

• Type : bug
• Description : la fonction « Ne traiter que les liens externes » ne fournit pas GBIF
• Signature : 74laprune (discuter) 4 septembre 2021 à 16:34 (CEST)

  Ah oui ! C'est "logique" puisque c'est la partie classification (elle génère aussi des liens externes, mais comme je ne l'appelle pas ). Je vais regarder. Hexasoft (discuter) 28 septembre 2021 à 13:43 (CEST)

  Corrigé. Pas encore disponible sur l'URL de production. Hexasoft (discuter) 28 septembre 2021 à 16:05 (CEST)

Demande 81

Bonjour Hexasoft, je m'intéresse tardivement à ton logiciel alors qu'il m'aurait rendu bien des services. Enfin, pour l'instant j'imagine car je ne parviens pas à l'utiliser. Désolé par avance si c'est un problème connu, je n'ai pas lu l'ensemble de cette page. Je suis sous Ubuntu 18.04 xfce 32b avec php 7.2 d'installé (oui, je sais c'est une vieille bécane, mais elle en a encore dans le ventre...). Voici le rapport du terminal :

adrien@adrien-TW8-SW8-DW8:~/Bureau/Taxobot$ php ./taxobot.php -taxon "Uroplatus fimbriatus"
PHP Fatal error:  Uncaught Error: Call to undefined function curl_init() in /home/adrien/Bureau/Taxobot/outils.php:34
Stack trace:
#0 /home/adrien/Bureau/Taxobot/modules/mod_gbif.php(246): get_data('https://api.gbi...')
#1 /home/adrien/Bureau/Taxobot/taxobot.php(267): m_gbif_infos(Array, true)
#2 {main}
thrown in /home/adrien/Bureau/Taxobot/outils.php on line 34

Bien à toi et merci pour ton boulot. — Abalg ^Bzzzzzz 9 octobre 2021 à 11:39 (CEST)

Hello Abalg,

cette erreur a pour origine l'absence de l'extension "curl" pour ton PHP.

Pour ma part je suis en xUbuntu 21.04, mais je pense que le package est le même : php-curl (ou php7.4-curl, je pense que le premier est le package générique qui installe le bon : pour ma part j'ai les deux d'installés).

Il faut que le PHP que tu utilises ait son extension (un php --version te diras ta version), et ensuite ça devrait marcher !

Cordialement, Hexasoft (discuter) 9 octobre 2021 à 13:44 (CEST)

Merci Hexasoft, le paquet php-curl était bien manquant et ma version PHP est PHP 7.2.24-0ubuntu0.18.04.9. Mais une autre erreur est arrivée. Voici le rapport du terminal :

adrien@adrien-TW8-SW8-DW8:~/Bureau/Taxobot$ php ./taxobot.php -taxon "Uroplatus fimbriatus"

PHP Fatal error: Uncaught Error: Class 'SimpleXMLElement' not found in /home/adrien/Bureau/Taxobot/outils.php:123

Stack trace:

#0 /home/adrien/Bureau/Taxobot/modules/mod_itis.php(173): get_xml('<ns:searchBySci...')

#1 /home/adrien/Bureau/Taxobot/taxobot.php(302): m_itis_infos(Array, false)

#2 {main}

thrown in /home/adrien/Bureau/Taxobot/outils.php on line 123

J'espère ne pas trop t'embêter. — Abalg ^Bzzzzzz 9 octobre 2021 à 15:14 (CEST)

Pas de soucis Abalg. Pour cette erreur je pense que c'est php-xml qu'il manque . Quand on a plein de modules PHP déjà installés on a tendance à oublier que c'est pas le cas par défaut . Hexasoft (discuter) 9 octobre 2021 à 15:27 (CEST)

Note : j'avais noté qu'il fallait les extensions curl, cli, json, mbstring et xml pour PHP. Pas certain que cli soit nécessaire, mais tu peux vérifier que tu as bien les autres (en général c'est toujours php-NOM pour les extensions). Hexasoft (discuter) 9 octobre 2021 à 15:36 (CEST)

Effectivement, les autres modules manquaient également. Le module php-cli n'est pas nécessaire. Et ça à l'air de fonctionner parfaitement. Peut-être faudrait-il rajouter la liste des modules complémentaires à l'installation sur le Read-me, non?

Et bé mon coco, tu as fait du très bon boulot. Je ne sais pas si je vais créer plus d'articles, mais je vais sûrement passer plus de temps à lire des papiers qu'à faire du copier-collé et à poser des guillemets et des crochets. Chapeau bas,l'artiste!

Bien à toi. — Abalg ^Bzzzzzz 9 octobre 2021 à 16:05 (CEST)

Abalg : cool que ça fonctionne. J'ai mis à jour la doc ici sur WP pour les packages. Tu as raison je vais l'ajouter dans le README. A+ Hexasoft (discuter) 9 octobre 2021 à 16:19 (CEST)

Demande 65

• Type : modification
• Description : mettre la phrase sur le basionyme/protonyme en premier dans le section systématique (par logique chronologique)
• Signature : 74laprune (discuter) 21 mai 2021 à 17:55 (CEST)

  @74laprune : hmmm… Je ne sais pas . Je comprends l'ordre chronologique, mais ne doit-on pas commencer par « l'état de l'art » actuel (c-à-d définir ce qu'est actuellement le taxon) ? Ça ce discute en tout cas . Hexasoft (discuter) 7 juillet 2021 à 17:31 (CEST)

   Hexasoft : ce point de vue est tout aussi valable ; attendons donc l'avis d'autres contributeurs, et à toi de décider au final ce que tu préfères. Pour ma part, ce n'est pas ma première préoccupation et ce n'est pas grave si cette demande est rejetée. Amicalement,--74laprune (discuter) 7 juillet 2021 à 18:32 (CEST)

  Oui, on n'est pas dans du vital, mais bien plus dans de la préférence rédactionnelle . Si d'autres veulent donner leur avis c'est bien (j'ai une préférence − qui correspond à l'existant − mais pas au point de ne pas vouloir le changer . Hexasoft (discuter) 7 juillet 2021 à 18:36 (CEST)

  Je comprends les deux logiques, mais pour ma part je considère que le « nom valide du moment » est donné dans l'intro et la taxobox, aussi je commence systématiquement la section sur la systématique ( aussi d'abord !) en expliquant quand et par qui est produite la première description du taxon. Les éventuels changements de genre, changements de concepts taxinomiques (splits, lumps) et autres actes nomenclaturaux sont mentionnés ensuite dans l'ordre chronologique pour arriver jusqu'à la situation en cours. Les parcours des noms sont parfois tellement compliqué qu'il vaut mieux refaire l'histoire pour être sûr d'être le plus clair possible, je trouve. Mais ce n'est aussi que mon avis ! Cordialement, Totodu74 (devesar…) 28 septembre 2021 à 14:02 (CEST)

Bon finalement ça me va très bien comme ça --74laprune (discuter) 8 avril 2022 à 15:07 (CEST)

Demande 69

• Type : bug
• Description : le bot n'a pas trouvé Batrachoides sur l'IRMNG
• Signature : 74laprune (discuter) 8 juin 2021 à 15:56 (CEST)

  Corrigé. Je n'avais pas pensé aux cas où il y a des taxons invalides retournés (donc plusieurs réponses). Le module demande uniquement les taxons valides, maintenant. Hexasoft (discuter) 8 avril 2022 à 10:49 (CEST)

Demande 70

• Type : bug
• Description : le bot n'a pas trouvé Oomorphus sur ITIS
• Signature : 74laprune (discuter) 18 juin 2021 à 17:38 (CEST)

  C'est corrigé. Il manquait visiblement la récupération d'un cookie de session, difficile de me rappeler si c'est moi qui ait cassé quelque chose ou si c'est ITIS qui a changé son site. Bref, ça semble ok. Hexasoft (discuter) 8 avril 2022 à 11:22 (CEST)

Demande 75

• Type : bug
• Description : le bot s'arrête à 20 synonymes alors qu'il y en a souvent plus
• Signature : 74laprune (discuter) 22 juin 2021 à 12:21 (CEST)

  Hello 74laprune : je prends note de tout ça . Juste pour expliquer que la fin d'année c'est lourd (jurys, corrections, finalisation des budgets, etc.) et que j'ai pas mal de charge annexes. Je compte reprendre le développement durant l'été : en particulier finir la refonte du code que j'ai commencé. Ensuite je m'attaquerai aux demandes en cours . Pour ce bug particulier je crois que c'est « by design » . Les synonymes sont envoyés par paquets de 20, et j'étais sur l'idée que plus de 20 c'était déjà trop ! Mais effectivement autant laisser au rédacteur le choix de « tailler dans le gras » . Hexasoft (discuter) 22 juin 2021 à 22:09 (CEST)

  Pas de soucis @Hexasoft, et merci encore !--74laprune (discuter) 23 juin 2021 à 09:36 (CEST)

  @74laprune : je vois cette vieille demande. Il me semble avoir corriger ça par ailleurs. Peux-tu re-tester ou m'indiquer un taxon concerné histoire de voir si je peux clore ce point ? Hexasoft (discuter) 8 avril 2022 à 09:26 (CEST)

   Hexasoft : j'ai retesté pour Lindernia dubia : le bot s'arrête encore à 20 synonymes. Autre problème rapide à résoudre il me semble : ce n'est pas {{EFlora}} mais {{EFloras}} ! Par ailleurs pourquoi ce lien n'est-il pas placé après {{EOL}}, dans l'ordre alphabétique ? (Flora of ...). Mais merci pour l'IRMNG, TPDB et toutes les autres demandes traitées !--74laprune (discuter) 8 avril 2022 à 15:07 (CEST)

  Ah ok ! Je vais jeter un œil alors (j'ai corrigé tellement de trucs que je sais plus où j'en suis ).

  Pour eFloras c'est simplement parce que je génère "eFlora" et pas "EFlora", et que dans les lettres minuscules ne sont pas rangées au même endroit que les majuscules, en informatique . Je remplace eFlora par EFloras et tout devrait rentrer dans l'ordre. Hexasoft (discuter) 8 avril 2022 à 15:21 (CEST)

  @74laprune : c'est corrigé. J'obtiens (de mémoire) 63 synonymes pour Lindernia dubia. En fait j'avais déjà corrigé ce problème de "lot de 20" de GBIF pour d'autres entrées, mais j'avais zappé les ynonymes. Hexasoft (discuter) 8 avril 2022 à 17:47 (CEST)

Demande 79

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{BioLib}}
• Signature : 74laprune (discuter) 25 septembre 2021 à 13:01 (CEST)

  Début de code (détection d'un résultat unique). Support partiel (uniquement un nom de taxon retournant un résultat unique chez Biolib). En cours. Hexasoft (discuter) 23 mars 2022 à 14:19 (CET)

  Fait. Support des liens externes pour Biolib. Hexasoft (discuter) 24 mars 2022 à 10:50 (CET)

Demande 83

• Type : bug
• Description : italique en trop dans le modèle {{WRMS}}
• Signature : 74laprune (discuter) 24 octobre 2021 à 11:40 (CEST)

  Corrigé (dans la version sur github). Ceci dit le "vrai" problème est que le modèle WRMS met tout en italique, y compris des taxons qui ne devraient pas l'être.

  L'idéal à terme serait donc de corriger le modèle, et de réactiver la gestion des italiques dans Taxobot. Sauf que ça changera l'affichage de tous les articles existant qui utilisent ce modèle… Compliqué… Hexasoft (discuter) 7 décembre 2021 à 16:40 (CET)

Demande 84

• Type : bug
• Description : le bot fournit bien {{Tela-métro}} mais il manque l'id !
• Signature : 74laprune (discuter) 24 octobre 2021 à 11:40 (CEST)

  @74laprune : effectivement ! J'avais bien l'Id, mais je ne le mettait pas dans le modèle… C'est corrigé, ça sera propagé sur github d'ici quelques jours. Hexasoft (discuter) 28 février 2022 à 21:10 (CET)

Demande 85

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{TPDB}}
• Signature : 74laprune (discuter) 24 octobre 2021 à 11:40 (CEST)

  Partiellement fait : récupération de l'ID et création du lien externe. À faire : récupérer le nom+auteur selon TPDB. Hexasoft (discuter) 8 avril 2022 à 14:17 (CEST)

  En fait . Données trop mal formatées pour pouvoir récupérer le nom+auteur correctement. On reste sur l'ID + nom scientifique issu de la classification. Hexasoft (discuter) 8 avril 2022 à 15:05 (CEST)

Demande 86

• Type : bug
• Description : le bot ne fournit plus {{IRMNG}}
• Signature : 74laprune (discuter) 5 novembre 2021 à 11:25 (CET)

  Effectivement j'avais cassé du code en faisant du nettoyage. C'est corrigé. Hexasoft (discuter) 8 avril 2022 à 10:26 (CEST)

Demande 87

• Type : bug
• Description : le bot ne fournit plus {{MycoBank}}/{{Fungorum espèce}}
• Signature : 74laprune (discuter) 5 novembre 2021 à 11:25 (CET)

  Corrigé par effet de bord de l'ajout (et donc de l'amélioration) du module MycoBank. Hexasoft (discuter) 8 avril 2022 à 10:31 (CEST)

Demande 89

Bonjour Hexasoft, j'ai voulu lancer une requête à propos du genre d'abeilles Megachile car il y a quelques articles d'espèces qui ne sont pas liés à la page principale (et orphelins) dû au fait de la très imposante liste d'espèces que personne n'a eu le courage de mettre en place. Mais Oh! Stupeur! Taxobot ne donne qu'une partie de la liste (de INT à Z) et en oublie le début... Est-ce dû à une limitation du nombre de réponse ou à une bizarrerie de programmation? (toujours pareil, c'est pas à la minute, prends ton temps) Bien à toi. — Abalg ^Bzzzzzz 20 novembre 2021 à 19:35 (CET) P.S. : je ne viens sur cette page que pour répertorier les trucs qui clochent, mais la plupart du temps, ça fonctionne nickel.

@Abalg : je dépile un peu . Oui, il y a une limitation du nombre de réponses (pour les taxons inférieurs mais aussi pour les synonymes).

Je vais voir pour corriger ça car autant pour les synonymes on ne souhaite sans doute pas en mettre quelques 100aines dans les articles autant pour les taxons inférieurs ça n'a normalement pas de sens de ne pas tous les mettre. Hexasoft (discuter) 7 décembre 2021 à 16:44 (CET)

Super. — Abalg ^Bzzzzzz 7 décembre 2021 à 17:46 (CET)

@Abalg : quelques questions :

• est-ce que tu utilises la version en ligne de commande ? (ou la version web ?)
• as-tu lancé plusieurs fois sur ce taxon ? Il s'agit de voir si c'est à chaque fois les mêmes qui manquent
• si c'est en ligne de commande as-tu vu des messages « GBIF: erreur réseau » ?

Comme ça de loin j'ai l'impression que GBIF n'aime pas se faire interroger en boucle (sachant que je récupère par paquet de 20, ça fait beaucoup de requêtes…). Ça peut m'orienter pour chercher la cause du problème. Hexasoft (discuter) 7 décembre 2021 à 18:31 (CET)

Hexasoft, Bon, je t'avais fait une longue réponse quand j'ai eu une illumination : c'était dû à une limitation du nombre de lignes conservées dans l'historique (1000) de mon terminal. J'ai augmenté à 2000 et ai re-re-re-lancé la commande et le résultat est sortit correctement. Franchement désolé du dérangement. — Abalg ^Bzzzzzz 7 décembre 2021 à 19:17 (CET)

@Abalg : Ça arrive ! Rien de grave

Bon de mon coté j'ai quand même des "erreur réseau". Mais après vérification c'est lorsque je n'obtiens pas d'info détaillée sur un taxon précis (en gros quand je demande les sous-taxons j'obtiens une liste basique type nom scientifique et 1 ou 2 autres trucs, et je demande des infos plus précises pour vérifier le rang, et d'autres choses). Je vais mettre du debug pour voir quels sous-taxons me font ça : c'est peut-être simplement que GBIF n'a pas d'info détaillée pour eux. Donc si tout va bien je raye cette demande.

Et n'hésite-pas à en faire quand tu vois des problèmes ! C'est fait pour. Après tout rien ne m'oblige à les traiter Ou en tout cas pas forcément rapidement . Hexasoft (discuter) 7 décembre 2021 à 19:34 (CET)

@Abalg : pour info j'ai ajouté un "si problème réseau attendre un peu et retenter, et abandonner seulement si plusieurs échecs". Ça a corrigé mes problèmes de "erreur réseau" sur GBIF.

C'est sur la version courant github. Je pense que ça doit permettre de mieux gérer les problèmes sur de très gros taxons (en termes de sous-taxons, je vais faire de même pour les synonymes). Hexasoft (discuter) 7 décembre 2021 à 23:11 (CET)

Hexasoft, il ne me semble pas avoir encore eu ce problème, mais est-ce que je dois mettre à jour le logiciel en téléchargeant les paquets depuis Github? — Abalg ^Bzzzzzz 7 décembre 2021 à 23:18 (CET)

@Abalg : tant mieux si tu n'as pas ce problème. Mais chaque fois que je fais une mise à jour il vaut mieux re-télécharger le code, oui. Par exemple j'ai depuis ajouté quelques corrections pour l'INPN, ainsi qu'ajouté la gestion de la distribution selon UICN (si trouvé), sans compter des améliorations liées à la robustesse de GBIF (même si tu n'es pas tombé sur le problème). Hexasoft (discuter) 8 décembre 2021 à 00:49 (CET)

Demande 90

• Type : fonctionnalité
• Demande : ajouté la distribution des taxons
• Signature : Hexasoft (discuter) 7 décembre 2021 à 16:42 (CET)

  C'est fait ! Uniquement à partir des données UICN pour le moment (donc seulement pour les taxons ayant une entrée chez UICN). Hexasoft (discuter) 7 décembre 2021 à 16:42 (CET)

Demande 78

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{EOL}}
• Signature : 74laprune (discuter) 25 septembre 2021 à 13:01 (CEST)

  Support basique en place : détection, lien vers la page EoL. Reste à extraire les infos de la page cible (nom de l'auteur typiquement, validité du taxon, aussi). Hexasoft (discuter) 28 septembre 2021 à 16:39 (CEST)

  A priori ok : récupération du lien, nom auteur et rang. Clos. Si des bugs étaient trouvés ne pas hésiter à ouvrir une section pour ça Hexasoft (discuter) 29 septembre 2021 à 11:05 (CEST)

   74laprune : pour info j'ai poussé la nouvelle version en prod. Le code (interne) est très différent. Ne pas hésiter à me dire si des choses déconnent (je n'ai remis l'interface web que récemment, et de plus je ne l'utilise pas, personnellement, donc j'ai pu rater des choses). Hexasoft (discuter) 4 octobre 2021 à 18:10 (CEST)

Bonsoir Hexasoft , j'utilise désormais pour ma part le code en local, mais j'ai testé l'url, et ça ne fonctionne plus : une fois que le nom scientifique est entré dans le barre de commande, "Not Found" est affiché.--74laprune (discuter) 8 octobre 2021 à 19:46 (CEST)

 74laprune : Hmmm… Tu parles de mon URL (chez moi) ? Je viens de tester et pour moi ça marche. Il faut utiliser index.php qui formate l'appel. Ou alors tu parles d'autre chose ? Au pire fais-moi un mail qu'on en discute tranquille.

Note : je suis pas très présent, vu que je sors d'une opération du pouce (je me suis connement ouvert le pouce sur un tuyau cassé, et seuls les cachets − avec de l'opium dedans ! trop la classe − me tiennent concentré ! ). Hexasoft (discuter) 8 octobre 2021 à 20:00 (CEST)

 Hexasoft : aïe pas de chance, je te souhaite une guérison rapide. En tout cas ça fonctionne effectivement avec index.php. Par contre j'ai l'impression que le bot ne fonctionne plus pour IRMNG, en local comme sur l'url. Mais prends soin de toi avant tout !--74laprune (discuter) 9 octobre 2021 à 11:10 (CEST)

 74laprune : tu peux m'indiquer un taxon sur lequel ça devrait marcher et ça ne marche plus ? (pour IRMNG) Hexasoft (discuter) 9 octobre 2021 à 17:33 (CEST)

 Hexasoft : typiquement mes deux derniers essais : Aulacodes et Africalpe--74laprune (discuter) 9 octobre 2021 à 17:45 (CEST)

 74laprune : je viens de regarder. Il semble que IRMNG ait changé son interface (enfin, plutôt le format de ses réponses). Je vais creuser. Hexasoft (discuter) 9 octobre 2021 à 18:19 (CEST)

Demande 82

Bonjour Hexasoft, ton logiciel est décidément bien pratique et fait gagner un temps fou. Mais comme on s'habitue vite au luxe, j'aurais bien aimé une petite amélioration : en mycologie, les bases de références sont MycoBank et Index Fungorum (surtout la première). Serait-il possible de les rajouter? Merci d'avance. (c'est pas à la minute non plus, hein... prends ton temps) — Abalg ^Bzzzzzz 13 octobre 2021 à 07:51 (CEST)

Hello Abalg : tu parles de liens externes ou de classification ? Parce qu'actuellement il y a mycobank pour les liens externes (mais peut-être ne marche-t-il pas/plus ?).

Si c'est pour la classification, est-ce que mycobank est considéré comme une classification de référence ? En pratique faire un module de classification est nettement plus compliqué, et dépend du nombre et de la qualité des infos retournées par la source. Mycobank est pas trop mal fait mais − par exemple − ne retourne pas directement le rang des taxons (sous-taxons ou sur-taxons pour la classification) ce qui complique l'extraction. Ça veut pas dire que ça soit infaisable, mais c'est le genre de chose que je ne fais que si ça en vaut la peine (c-à-d que la classification est utilisable en pratique. Par exemple pour les reptiles jamais je n'utiliserai ITIS ). Hexasoft (discuter) 13 octobre 2021 à 10:16 (CEST)

Salut Hexasoft, les 2 liens externes n'ont pas fonctionné la dizaine de fois où je m'en suis servi. Je viens de le refaire sur 2 espèces au pif : voilà le résultat :

MycoBank: taxons trouvés mais non concordants. Échec de récupération d'informations du module 'mycobank' (non classification)

Index Fungorum n'apparaît pas alors que GBIF, CoL et INPN sont OK.

Ensuite, concernant leur qualité, Index Fungorum est la référence en champignon pour Catalogue of Life, et GBIF a fortiori puisqu'il se base sur CoL. Du coup, on cite celui qui à entendu parlé du loup de la part de quelqu'un qui a entendu parlé du loup de la part de quelqu'un qui en a vu la queue. Vaudrait mieux prendre la première source à mon avis. Par contre, lorsque je lis des papiers sur des espèces décrites depuis disons 2010, ils citent MycoBank, pas Index fungorum, mais c'est peut-être une statistique biaisée. Quant à la classification : Mycobank est une source sûre et à jour reconnue (mais c'est également le cas de CoL et GBIF avec un délai). Après, pour mon usage, les listes de sous-taxons de MycoBank sont brutes et il faut aller chercher chaque espèce ou variété pour connaître son nom actuel (current name). Mais l'usage en informatique est peut-être plus précis. Enfin, ces deux bases sont souvent en contradiction avec l'INPN. De ma propre analyse, ils ne prennent pas parti à propos des nombreux renommages et variétés de Marcel Bon, qui a fait la pluie et le beau temps à son époque sur la mycologie européenne et dont le boulot est en ce moment (un peu) remis en question. Je ne sais pas si je t'ai aidé ou plutôt embrouillé. Tu as de toutes façon plus de connaissances que moi sur les bases de références en général. À toi de voir si ça vaut le coup que tu y passes du temps. Bien à toi. — Abalg ^Bzzzzzz 13 octobre 2021 à 19:24 (CEST)

@Abalg : ok. Je vais déjà regarder pour le problème des liens externes chez mycoBank. MycoBank a l'avantage d'être à peu près bien organisé coté API (en gros on peut faire une recherche et obtenir des informations structurées, utilisables par un programme, et non une page web brute dans laquelle il faut extraire les infos en espérant qu'ils ne changent pas le format d'affichage…). Fungorum − même si je n'ai pas creusé autant − semble un peu bordélique sur ses réponses.

Je vais voir ce que je peux extraire. À noter que chez mycoBank je suis tombé sur des rangs dont je n'ai jamais entendu parlé… Comme "subvarF." ou d'autres trucs étranges. Hexasoft (discuter) 13 octobre 2021 à 19:34 (CEST)

Merci Hexasoft. subvarF. = sous variété + forme?, je ne sais pas non-plus. — Abalg ^Bzzzzzz 13 octobre 2021 à 21:00 (CEST)

Je confirme que le bot, comme pour IRMNG, ne fournit plus MycoBank et IndexFungorum, et que ce serait vraiment génial si le bot fournissait une classification selon MycoBank par défaut pour les champignons !--74laprune (discuter) 14 octobre 2021 à 22:00 (CEST)

@74laprune et Abalg : j'ai un peu plus de temps, je me remets dans le code. Je vais reprendre les demandes en cours. Ça veut pas forcément dire que tout va être réglé mais ça va ré-avancer . Hexasoft (discuter) 28 février 2022 à 21:17 (CET)

@74laprune et Abalg : je bosse sur taxobot en ce moment (j'ai ajouté quelques fonctionnalités).

J'en ai profité pour regarder le code du module mycobank : effectivement ils ont changé ce qui est retourné par l'API de recherche. J'ai a priori les infos pour corriger ça. Je vais tout d'abord faire remarcher le code pour les liens externes.

Ensuite je vais tenter de trouver du temps pour faire une partie "classification" (c'est nettement plus compliqué, il y a beaucoup plus d'informations à utiliser et de choses à vérifier). Hexasoft (discuter) 24 mars 2022 à 15:42 (CET)

Bon, déjà j'ai réparé la partie lien externe de MycoBank (c'est sur le github).

Je vais voir pour l'extraction d'autres données : dans un premier temps sans parler de classification (basionyme, synonymes). Dans un second temps pour la classification : j'ai trouvé les rangs supérieurs, il faut que je trouve comment extraire et convertir leurs rangs, et il faut que je trouve les rangs inférieurs. Hexasoft (discuter) 24 mars 2022 à 16:58 (CET)

 Hexasoft : formidable, merci ! --74laprune (discuter) 24 mars 2022 à 17:51 (CET)

@74laprune, Abalg et TED : d'ailleurs si vous pouviez m'indiquer un nom scientifique qui soit un synonyme à suivre (pour une classification) ça m'éviterait de chercher dans tous les coins.

Par ailleurs les "statuts" pour les taxons chez mycobank sont : "Legitimate", "Illegitimate", "Invalid", "Orthographic variant", "Unavailable", "Uncertain", "Deleted". Avez-vous une idée de comment les traiter ? En tant que lien externe et que pour une classification, je veux dire. Il semble évident que Legitimate implique qu'il est valide selon MycoBank et utilisable. Par contre je ne sais pas trop lesquels autres statuts sont à prendre pour synonyme (afin de réorienter vers le bon taxon pour la classification), et lesquels devraient plutôt conduire à "pas trouvé" (par ex. je présume qu'une entrée "Deleted" ne doit pas être prise en compte). Hexasoft (discuter) 24 mars 2022 à 18:11 (CET)

Oh, et par la même occasion si vous connaissez d'autres types d'infos que retourne MycoBank dites-le moi, avec un taxon exemple pour que je puisse voir le format des données. Je sais qu'il y a le basionyme et les synonymes. Mais Taxobot gère d'autres types d'infos (publication originale, noms en français, répartition, etc.) mais il n'y a pas de liste exhaustive de tout ce qu'il peut retourner donc pour ceux qui ont l'habitude de leurs données n'hésitez-pas à me l'indiquer, que je puisse l'intégrer. Hexasoft (discuter) 24 mars 2022 à 18:56 (CET)

@Hexasoft : je regarde cela et je te réponds dans la journée de vendredi ou samedi. Si tu n’as pas eu de réponse de ma part samedi à 20h, relance-moi !! TED 25 mars 2022 à 03:45 (CET)

@TED ! Remarque générale : ça va être plus long que prévu. Ils ont une API mais zéro documentation, et la structure de leurs données est… bien bordélique. Ça rend les choses un peu complexes. Actuellement j'arrive à avoir les données du taxon, les sous-taxons et la classification, mais il faut que je fasse des requêtes pour chaque sous/sur taxon pour avoir les détails (rang et auteur…). Hexasoft (discuter) 28 mars 2022 à 21:20 (CEST)

Hop,

donc je résume, pour les infos dont j'ai besoin pour affiner les choses :

• comment traiter les statuts. Lesquels conduisent à accepter le taxon, lesquels à refuser le taxon, lesquels à "rediriger" le taxon (c-à-d le traiter comme synonyme). Pour mémoire la liste est "Legitimate", "Illegitimate", "Invalid", "Orthographic variant", "Unavailable", "Uncertain", "Deleted".
• est-ce que quelqu'un connaît la liste des rangs que peut retourner MycoBank (regn., sp., gen., subfam. …) ? J'en ai pas mal mais impossible de trouver une liste complète. Et (je sais plus sur quel taxon) j'étais tombé sur "subvarF." qui ne doit pas avoir d'équivalent sur WP.
• il me faudrait savoir si MycoBank retourne uniquement des taxobox "champignon" ou pas ? Et si il retourne d'autres types de taxobox il me faudrait leur liste et la clé d'identification (par ex. (Règne=Fungi)⇒champignon).
• si vous connaissez la liste des infos qui sont pertinentes à remonter, en dehors de celles évidentes (le taxon, sous-taxons, classification au dessus) ça m'intéresse (de préférence avec un exemple de taxon où l'info est présente). Comme je disais plus haut par ex. Taxobot est capable d'utiliser les noms en français. Je n'en ai pas vu mais ça existe peut-être, c'est bien pourquoi j'ai besoin d'un retour « d'habitués ».

Hexasoft (discuter) 29 mars 2022 à 18:43 (CEST)

@TED, @74laprune et @Abalg Hexasoft (discuter) 29 mars 2022 à 22:28 (CEST)

Un exemple : Utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Exemple-MycoBank. C'est pas encore parfait (des "[#XXXXX]" dans les noms d'auteurs) et sans doute pas super robuste, mais ça avance. Note : j'ai quand même besoin des réponses à mes questions plus haut . Hexasoft (discuter) 30 mars 2022 à 16:12 (CEST)

Bonsoir Hexasoft , le résultat est formidable, merci beaucoup ! Pour répondre à tes questions :

• si je ne me trompe pas, sur chaque page d'un nom de la base est indiqué un unique Current name. C'est vers ce nom qu'il faut rediriger (par ex pour Phytophthora parasitica var. colocasiae, le Current name est Phytophthora colocasiae) ;
• la liste des rangs est disponible ici en bas de page ;
• MycoBank recense aussi des taxons classés dans le règne des Chromista, historiquement considérés comme des champignons. Ex : Phytophthora colocasiae. Seulement, il n'y a manifestement pas de consensus sur la charte de taxobox à ajouter pour ces taxons (champignon, algue ou protiste ? je suis pour champignon, mais voir la discussion plus bas avec @Tricholome)
• infos pertinentes à remonter à ma connaissance : nom correct, auteur, date, publication originale, classification, synonymes, basionyme

Bonne soirée et merci pour tout,--74laprune (discuter) 30 mars 2022 à 22:05 (CEST)

Merci pour ta réponse. Alors déjà je suis pas d'accord avec ton lien sur la liste des rangs. J'ai des subsp., subfam. subgen., etc. qui ne sont pas sur cette page.

Je vais regarder pour le current name.

Pour la charte, j'ai besoin de réponses absolues . Un programme ne peut se contenter de « peut-être » ou de « pas sûr » . Il ne peut décider qu'à partir de données ! Pour le moment j'ai limité MycoBank à "champignon" (au sens wikipédien), mais si c'est trop restrictif il me faut des données factuelles.

Pour les infos à remonter :

• pub originale : je vais regarder
• synonymes : pareil je crois que les données sont présentes
• basionyme : idem
• nom correct : il me faut la lecture des "types" : "Legitimate", "Illegitimate", "Invalid", "Orthographic variant", "Unavailable", "Uncertain", "Deleted"

Hexasoft (discuter) 30 mars 2022 à 23:50 (CEST)

 Hexasoft : la liste est bien complète mais il faut cliquer sur les flèches à droite pour avoir le détail des rangs intermédiaires... Ma réponse « absolue » est : si le taxon est recensé par MycoBank, alors la charte de la taxobox est champignon. Enfin le nom correct=Current name. Ou alors je ne comprends pas ce que tu entends par « il me faut la lecture des "types" ». Bonne journée,--74laprune (discuter) 31 mars 2022 à 13:35 (CEST)

Ah ! Je vais regarder en cliquant sur les flèches, alors . C'est histoire d'être complet et ne pas retourner du NOTFOUND comme rang. Ok, on reste sur champignon. Pour les types, c'est parce que j'ai plein de réponses pour plein de champs, et il faut que je sache lesquels garder ou pas.

J'ai corrigé quelques trucs et je suis en train d'ajouter les synonymes. Hexasoft (discuter) 31 mars 2022 à 13:46 (CEST)

Encore des questions : dans la partie synonymes on trouve : "Current name", "Basionym", "Obligate synonyms" et "Taxon synonyms". "Basionyme" pas de soucis (c'est géré). "Current name" est-ce utile ? C'est celui du taxon (si on sélectionne un taxon valide, mais c'est normalement le cas quand on utilise le module pour la classification, puisqu'on suit les synonymes le cas échéant). Et quelle est la différence entre "Obligate synonyms" et "Taxon synonyms" ? Peut-on regrouper les deux dans une même liste de synonymes ? (à l'heure actuelle Taxobot ne gère qu'une seule liste de synonymes). Hexasoft (discuter) 31 mars 2022 à 22:03 (CEST) @TED, @74laprune et @Abalg Hexasoft (discuter) 31 mars 2022 à 22:03 (CEST)

Voir ce que le programme produit sur Boletus edulis actuellement : synonymes (seulement les "Obligate"), basionyme, sous-taxons, classification (+ les choses habituelles). Hexasoft (discuter) 1 avril 2022 à 10:01 (CEST)

 Hexasoft : ben le Current name c'est celui dans la phrase « Le nom scientifique complet (avec auteur) de ce taxon est Boletus edulis Bull., 1782 » que je propose justement de modifier légèrement (voir #Demande 95). Pour la différence entre Obligate synonyms (synonymes obligatoires ou nomenclaturaux) et Taxon synonyms (synonymes taxinomiques), voir Synonyme (taxinomie)#Synonymes en botanique et mycologie : grosso-modo les synonymes nomenclaturaux sont ceux qui dérivent du basionyme et les synonymes taxinomiques sont les autres. Il peut être intéressant de faire explicitement la différence entre les deux sur nos articles, mais à vrai dire je n'ai rien vu de tel jusqu'alors sur WPfr, et on peut plus simplement tous les regrouper en une seule liste.--74laprune (discuter) 1 avril 2022 à 14:51 (CEST)

Pour les synonymes je vais regrouper les deux, donc . Surtout que la structure de Taxobot n'est pas prévu pour différencier des "types" de synonymes.

Pour le "Current name" je le récupère dans la description du taxon, donc il ne me sert à rien dans la zone "Synonymes".

Pour le reste les fonctionnalités sont globalement toutes là, il faudra pas mal de tests.

Remarque : je ne garde de les entrées qui sont "Legitimate". Si d'autres peuvent/doivent être gardées il faudra me le dire. Hexasoft (discuter) 1 avril 2022 à 15:10 (CEST)

 Hexasoft : super ! Alors j'ai essayé avec Alternaria tenuissima qui est bien un Current name : le bot m'a retourné le résultat pour Helminthosporium tenuissimum qui est le basionyme mais pas le nom correct...--74laprune (discuter) 1 avril 2022 à 15:46 (CEST)

 Hexasoft : j'ai essayé pour Alternaria radicina. Là ça fonctionne car le basionyme est le nom correct. Par contre on se retrouve du coup avec deux phrases sur le même nom dans la section systématique. Autre problème détecté : les synonymes ne sont pas donnés avec la citation complète des noms, et seulement le premier nom d'auteur est renseigné dans la taxobox (voir ma modif pour mieux comprendre). Autre problème qui n'a rien à voir : le bot n'a pas trouvé ce nom sur WoRMS alors qu'il y est bien. Le résultat est en tout cas déjà super !--74laprune (discuter) 1 avril 2022 à 16:33 (CEST)

 74laprune : ok, je vais regarder ça. Merci d'avoir testé. Hexasoft (discuter) 1 avril 2022 à 16:40 (CEST)

 74laprune : pour le problème de Alternaria tenuissima c'est corrigé. Il y avait une grosse bêtise dans le code : à force de bouffer du champignon il y a des risques d'effets non légaux .

Pour le problème du basionyme c'est lié à une différence dans les réponses de MycoBank (par rapport aux autres classifications que je gère), à savoir qu'ils donnent tout le temps le basionyme (et pas seulement quand il y en a "besoin"). J'ai ajouté de n'inscrire le basionyme (et donc la phrase associée) que lorsque qu'il est différent du taxon traité.

Pour les auteurs tronqués effectivement. Il va falloir que je cherche une autre méthode… MycoBank est très débile coté auteurs. Il donne la version "full" (taxon + auteurs), il donne le nom du taxon seul, il donne les auteurs seuls (mais sans l'abréviation, seulement la forme longue). Et aucun moyen (que j'ai pu trouver) pour avoir la version abrégée des auteurs. Je suis donc obligé de "reconstruire" ça, et visiblement ça ne marche pas dans tous les cas… Je vais creuser ça.

En attendant j'ai poussé les deux corrections ci-dessus sur le github. Hexasoft (discuter) 4 avril 2022 à 17:36 (CEST)

 74laprune et TED : bon, c'est bien problématique. Les données contiennent bien un champ "Authors" mais celui-ci ne contient pas de forme abrégé. Sur Boletus edulis il contient « Bulliard » au lieu de « Bull. ». Sur Lactarius deliciosus il contient « (Linnaeus) Gray » au lieu de « (L.) Gray ».

On a la forme correcte dans l'intitulé initial : « Lactarius deliciosus (L.) Gray, A natural arrangement of British plants 1: 624 (1821) [MB#224737] », le problème c'est que c'est un texte sans balise. Je peux enlever le nom du taxon ce qui nous laisse « (L.) Gray, A natural arrangement of British plants 1: 624 (1821) [MB#224737] » mais comment savoir où couper ? Sans chercher plus loin j'avais décidé de couper à la virgule. Sur cet exemple ça fonctionne, mais sur « Alternaria radicina Meier, Drechsler & E.D. Eddy, Phytopathology 12: 164 (1922) [MB#276047] » non (à cause des virgules dans la partie auteur).

Bref, je n'ai pas trouvé de moyen propre d'extraction. Donc si vous connaissez un moyen pour extraire la partie auteurs correctement (pour un programme, hein !) ou pour obtenir de MycoBank cette valeur je suis preneur, parce que là je vois pas trop… Hexasoft (discuter) 4 avril 2022 à 18:25 (CEST) Note : et sur certains taxons le taxon+auteur(s) est séparé par ":" au lieu de ",", en plus… (exemple « Boletus edulis f. aereus (Bull.) Vassilkov: 19 (1966) [MB#486799] ». Bref ça ressemble à de la saisie manuelle plutôt qu'à de la donnée construite. Pas glop. Hexasoft (discuter) 4 avril 2022 à 18:30 (CEST)

Hmmm… J'ai peut-être trouvé une approche. Ça m'oblige à faire une énième requête en plus pour extraire une information via une autre table de données. Je creuse ça ce soir… Hexasoft (discuter) 4 avril 2022 à 19:53 (CEST)

Bon, j'ai adapté le code à cette table de données. Ça rend l'extraction plus lente (une requête + une analyse en plus pour chaque nom scientifique, c-à-d le taxon, les rangs supérieurs, les sous-taxons, le basionyme, etc.) mais au moins ça semble marcher. Vivement que les bases de données du vivant se payent de vrais informaticiens pour faire leurs APIs…

J'ai aussi intégré les "TaxonSynonyms" aux "ObligateSynonyms". Il me semble que tout est là maintenant.

J'attends des tests variés par des humains (j'ose vous qualifier de cette façon ) pour valider les choses avant de classer en "traité" cette demande. Hexasoft (discuter) 4 avril 2022 à 21:37 (CEST)  Abalg : je te notifie aussi (typo nom) Hexasoft (discuter) 4 avril 2022 à 21:40 (CEST)

Bonjour Hexasoft , alors j'ai retesté avec Alternaria tenuissima : ça marche du tonnerre ! Seul problème détecté : il manque le basionyme dans la liste des synonymes ! Par ailleurs, est-il possible de lister les synonymes par ordre alphabétique ? Merci aussi au passage pour l'ajout de la classification selon WoRMS : est-il possible aussi de prélever sur mycobank la publication originale ? Merci et bonne journée,--74laprune (discuter) 7 avril 2022 à 13:44 (CEST)

Hello 74laprune,

je vais regarder pour le basionyme. Pour l'ordre ne devrait-on pas conserver l'ordre donné par la source ? Je veux dire : il me semble (encore que je n'ai pas regardé partout) que la plupart des bases donnent les synonymes par ordre chronologique, ce qui a aussi du sens (ça retrace en quelque sorte l'histoire du taxon).

Pour la publi originale c'est par exemple « Herbier de la France 2: t. 60 (1782) » pour Boletus edulis ? Si oui je vais regarder ça, je dois pouvoir l'extraire, oui. Hexasoft (discuter) 7 avril 2022 à 16:06 (CEST)

En attendant j'ai ajouté le basionyme (si différent du nom courant, car dans ce cas je vois pas l'intérêt et on peut pas vraiment parler de synonyme) ainsi que la publication originale. Hexasoft (discuter) 7 avril 2022 à 17:15 (CEST)

 Hexasoft : alors à ma connaissance aucune base de données, au contraire, ne liste ses synonymes par ordre chronologique (mais je veux bien par curiosité que tu m'en indiques une). Il me semble que la majorité le font par ordre alphabétique, ou par ordre mystérieux pour CoL et ... MycoBank . Je maintiens donc que l'ordre alphabétique me paraît le plus satisfaisant.

Pour la publi originale, il y a encore mieux : pour reprendre l'exemple de Boletus edulis, si on descend un peu sur la page du taxon, il y a une section Bibliography, puis une sous-section Literature, ou est présente la publi plus détaillée : « Bulliard, J.B.F. 1782. Herbier de la France. 2:49-96 ». Et en cliquant là-dessus, on obtient la liste structurée des infos sur la publi (Title : Herbier de la France, Authors : Bulliard, J.B.F., Year : 1782 ... Document type : Book), telle qu'il n'y aurait-il pas moyen de la transposer directement sur wp avec les modèle {{Ouvrage}} et {{Lien web}} ? Quel luxe ce serait ! --74laprune (discuter) 8 avril 2022 à 15:23 (CEST)

ReptileDB fait ça .

Pour la publi originale tu es sûr qu'elle est toujours là et qu'il n'y a qu'elle ? Si oui ça doit être possible. Toutefois il faudrait que tu m'indiques la liste des champs possibles ici (Year/Authors/…) et leur nom correspondanht dans le modèle {{Ouvrage}} (pourquoi {{lien web}} ?). Hexasoft (discuter) 8 avril 2022 à 15:37 (CEST)

Ok pour ReptileDB, je me coucherai moins bête . Super si c'est possible ! Je ne suis pas sûr qu'elle est toujours là, mais si elle n'est pas là, on ne la met pas non ? Et si il y a d'autres publis, la première est la publi originale si mes souvenirs sont bons. Euh je voulais dire {{Article}}. Alors les champs possibles et paramètres correspondants : Title=|titre= ; Authors=|auteurs= ; Year=|année= ; Volume=|volume= ; Journal=|périodique= ; First page et Last page=à regrouper dans le paramètre |passage= et à séparer par un tiret ; Document type : Book -> modèle {{Ouvrage}} ou Article -> modèle {{Article}}. À noter que quand le Document type est Book, il ne faut pas ajouter le paramètre |périodique=.--74laprune (discuter) 8 avril 2022 à 16:03 (CEST)

@74laprune : pour les synonymes j'ai ajouté une option "trier-synonymes" qui par défaut est "oui". Cette option est globale (elle s'applique à toutes les classifications). Comme ça chacun peut trier (par défaut) ou pas (si pas voulu). Hexasoft (discuter) 8 avril 2022 à 18:13 (CEST)

J'ai trouvé la requête pour la "formule détaillée" de la publi. Il faut que je vois comment l'identifier dans le bazar des données initiales et faire l'extraction des champs.

Je vais procéder comme suit : 1. chercher la forme détaillée et l'extraire. 2. Si ça échoue "calculer" la forme détaillée à partir du "summary" de départ 3. si ça échoue retomber sur le truc par défaut (pas très efficace mais mieux que rien). Hexasoft (discuter) 10 avril 2022 à 19:19 (CEST)

@74laprune : sur Boletus edulis ça retourne {{Ouvrage|titre=Herbier de la France|auteurs=Bulliard, J.B.F.|année=1782|volume=2|passage=49-96}} comme publication (avec des retours à la ligne, là c'est juste pour montrer le contenu. Si taxobot ne trouve pas la publication il se rabat sur "l'ancienne" méthode.

À surveiller et me faire remonter les bugs, il y aura sans doute des configurations non prévues. Je vais close cette demande (qui est déjà très longue) → ouvrir une nouvelle section pour traiter les éventuels bugs ou demandes de fonctionnalités. Hexasoft (discuter) 12 avril 2022 à 10:40 (CEST)

Demande 88

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter {{Taxonomicon}}
• Signature : 74laprune (discuter) 20 novembre 2021 à 17:19 (CET)

  Fait (liens externes). Il ne me semble pas voir d'informations connexes à récupérer. Hexasoft (discuter) 13 avril 2022 à 11:53 (CEST)

Demande 91

• Type : bug
• Description : Bonjour Hexasoft  ! Actuellement le bot retourne une taxobox algue lorsque le règne retourné par GBIF est les Chromista. Or ce taxon regroupe également des organismes traditionalement champignons ou protistes. Lorsque le règne est Chromista, je vois donc deux possibilités pour trancher entre taxobox algue, champignon ou protiste :
  • le bot regarde l'embranchement retourné par GBIF (il faut donc faire la liste desquels correspondent à quelle charte de taxobox)
  • ou : si le taxon est recensé par MycoBank, alors taxobox champignon ; s'il n'est pas recensé par MycoBank mais par AlgaeBase, alors taxobox algue ; s'il n'est recensé par aucune de ces deux bases de données mais que le règne de GBIF est Chromista, alors taxobox protiste

Merci et bonne journée, amicalement,

• Signature : 74laprune (discuter) 22 décembre 2021 à 12:53 (CET)

Salut 74laprune . Désolé de m'immiscer, mais il reste mon intervention malheureusement restée sans réponses : Discussion Projet:Biologie/Le café des biologistes#Taxobox et protistes : propositions concrètes. Tous les Chromistes sont des protistes, autant historiquement que dans les redéfinitions récentes (groupe fourre-tout paraphylétique). Certains sont effectivement gérés par le code des algues et des champignons, d'autres (comme les Rhizaires) par le code de zoologie (protozoaires). Ça ne change rien à ta proposition sur le fond (à condition de remplacer protiste par protozoaire), mais je trouve gênant de continuer cette confusion des termes jusque dans les discussions techniques de nos outils taxonomiques. Bien à toi, — Tricholome ^{et par saint Georges !} 22 décembre 2021 à 15:14 (CET)

Bonjour Tricholome , je ne comprends pas : les protozoaires sont des chromistes ?! Ce sont au contraire deux règnes différents. Amicalement,--74laprune (discuter) 22 décembre 2021 à 15:42 (CET)

Non, 74laprune, c'est le contraire, certains chromistes sont d'anciens protozoaires. Le règne a été créé par Cavalier-Smith pour réunir plusieurs lignées de protistes fongiques (« champignons »), végétaux (« algues ») et animaux (« protozoaires »). Dans tous les cas, tous ces noms sont hautement polyphylétiques et n'ont plus réellement de sens. Pour des définitions simples et claires (je trouve) les articles (en anglais) de Britannica sont bien fichus : protist et protozoan. — Tricholome ^{et par saint Georges !} 22 décembre 2021 à 17:27 (CET)

 Tricholome : je vois maintenant ce que tu voulais dire. Mais que fais-tu des algues brunes qui sont bien classées dans le règne des Chromista : doivent-elles aussi selon toi avoir une taxobox protiste ? Dans ce cas que nous reste-t-il pour les taxobox algue ? Si je te comprends bien, la taxobox algue devrait disparaître. Amicalement,--74laprune (discuter) 22 décembre 2021 à 17:45 (CET)

 74laprune :, les algues brunes ont été initialement décrites comme partie du règne végétal, puis rattachées aux protistes (comme protophytes, protistes ayant développé indépendamment des traits « végétaux », comme le montre bien le diagramme de Whittaker), puis dans le règne des Chromistes, qui était une tentative pas trop mauvaise de Cavalier-Smith de reformer le système des règnes, mais qui n'a pas vraiment de valeur au point de vue moléculaire. Le terme « protiste » désignait historiquement et continue de désigner tout ce qui n'est pas strictement partie des Plantes, des Animaux et des Champignons (ou en termes cladistiques, des groupes monophylétiques des Plantae, Metazoa et Fungi), et dans ce sens, la lignée TSAR (l'une des 19 actuellement reconnue parmi les Eucaryotes) à laquelle appartiennent les algues brunes est traitée aujourd'hui encore, par convention, comme un groupe de protistes. En parallèle, le code de nomenclature, qui se fiche totalement des classifications, considèrent comme des « algues » et donc applique la nomenclature botanique à tout ce qui a historiquement, à un point donné, été décrit comme une algue.

C'est bien complexe, je te l'accorde. Hexasoft disait ailleurs, avec sagesse, que tout est question de conventions. On peut garder une taxobox « algue », pour suivre la nomenclature et AlgaeBase. Mais alors il faudrait suivre la même logique pour, par exemple, les Rhizaria, et utiliser une taxobox « animal », puisqu'ils respectent le code de nomenclature zoologique. Très personnellement, j'opterais pour une solution mixte (tout protiste, mais avec indication d'une manière ou d'une autre du code de nomenclature suivi : algues, champignons ou zoologie). Mais dans tous les cas, cette taxobox « protiste » qui ne suit ni les classifications classiques, ni les définitions historiques, ni la phylogénie, ni les codes de nomenclature, est à bannir. Bonne nuit,— Tricholome ^{et par saint Georges !} 22 décembre 2021 à 21:10 (CET)

Désolé @Tricholome mais je n'y comprends plus rien : tu voudrais opter pour une solution [...] tout protiste alors que cette taxobox « protiste » [...] est à bannir mais à condition de remplacer protiste par protozoaire . En clair, quelle est la charte à adopter pour les taxons classés par GBIF dans le règne des Chromista selon toi ? Jusque là le bot choisissait la charte algue. Amicalement,--74laprune (discuter) 22 décembre 2021 à 22:15 (CET)

Bonjour 74laprune . Désolé pour mon manque de clarté. Je n'ai pas de solution toute faite, et même si j'en avais une, ce ne serait pas à moi de l'imposer d'un coup de cuillère à pot à toute la communauté. On est des « nouveaux » toi et moi, pas vrai ? Il faudrait que les membres historiques du projet, qui ont mis en place ce système de chartes de taxobox, acceptent de se pencher sur le sujet. Ce qui est clair pour moi (et je l'espère désormais pour toi) c'est qu'il n'y a aucun moyen de classer logiquement les Chromistes avec les outils disponibles actuellement. Dans les pages, c'est le foutoir et chacun fait ce qu'il veut en fonction de ses sensibilités du moment. Et ce n'est pas le taxobot qui va régler ça, en l'état... Donc cette discussion n'intervient pas au meilleur endroit . Bonne journée, — Tricholome ^{et par saint Georges !} 23 décembre 2021 à 06:27 (CET)

 74laprune et Tricholome : ce n'est effectivement pas le meilleur endroit pour en parler .

À noter que taxobot ne fait aucune supposition : il utilise les données retournées par GBIF. Taxobot remonte la classification fournie et utilise le rang "KINGDOM" pour déterminer quel "règne/charte" appliquer à la taxobox. Taxobot reconnaît les KINGDOM suivant (avec le correspondance WP) : Animalia' => 'animal', 'Archaea' => 'archaea', 'Bacteria' => 'bactérie', 'Fungi' => 'champignon', 'Plantae' => 'végétal', 'Viruses' => 'virus', 'Incertae sedis' => 'neutre', 'Protozoa' => 'protiste', 'Chromista' => 'algue'.

Je ne suis pas responsable des règnes reconnus (et affectés) par GBIF . Il est bien sûr possible si besoin de changer la charte WP associée à ces règnes. Mais s'il faut des associations plus "fines" ça implique de déterminer la charte à partir de plus d'informations − règne + sous-règne ; autres rangs inférieurs ; etc. − mais ça implique donc de créer une carte plus détaillée (en gros il faut tous les cas de figure des combinaisons de N rangs+noms strictement nécessaires pour décider d'une charte).

Pour l'idée de faire dépendre la charte de la présence du taxon chez MycoBank c'est un peu délicat : la structure de taxobot fait que c'est d'abord la classification qu'on appelle (logique, c'est là que se décide si le nom existe, est valide ou synonyme, etc.), et le choix d'un domaine permet ensuite de sélectionner les modules à utiliser (inutile d'appeler MycoBank pour un animal, par exemple) et peut permettre de trancher certains cas de taxons ayant le même nom (entre végétal et animal on trouve un certain nombre de genres ayant le même nom). Donc au moment où se décide la charte MycoBank n'a pas été appelé (d'ailleurs ça rendrait les choses complexes : que faire si MycoBank ne répond pas ?). Hexasoft (discuter) 23 décembre 2021 à 12:48 (CET)

Bonjour Tricholome , actuellement le taxobot fournit une taxobox algue pour les Oomycota alors que je ne crois pas qu'ils aient un jour été considérés comme des algues. Le problème vient que lorsque le règne retourné par GBIF est Chromista, le taxobot fournit par défaut une taxobot algue. Or nous sommes d'accord que les membres des Chromista ont aussi été des champignons et/ou des protistes (et seraient encore des protistes). Je proposais simplement une solution pour faire le tri, que je ne cherche nullement à imposer, et je ne cherche pas non plus à régler le problème sur tout Wikipédia avec le taxobot, je m'intéresse uniquement au rendu de l'outil quand on créée une page ou qu'on en met une à jour. Bonne journée,--74laprune (discuter) 23 décembre 2021 à 12:56 (CET)

 Hexasoft et 74laprune : je ne vous reproche absolument rien, et encore moins à l'algorithme génial du taxobot . Je mets le doigt sur les incongruités de notre système de chartes de taxobox, qui mélange plusieurs notions sans liens entre elles. Le système expliqué plus haut, basé sur le paramètre KINGDOM de GBIF est tout à fait défendable (et il sertait à mon avis bien plus simple à suivre), sauf que dans la réalité, l'usage fait dans les articles est bien différent. En ce qui concerne les Eucaryotes (je ne me prononce pas sur le reste, je n'y connais rien) :

• Animalia' => 'animal' : a priori OK ;
• 'Fungi' => 'champignon' : presque OK, sauf les Microsporidia qui sont des protozoaires (et obéissent au code de nomenclature zoologique) ;
• 'Plantae' => 'végétal' : et les algues vertes ? Exemple Prasinophyceae, qui ont une taxo « algues » ?
• 'Protozoa' => 'protiste' : pourquoi cette charte est-elle appelée « protiste » si elle ne couvre que les protozoaires ? Il y a des protistes dans tous les autres règnes. Et que faire des « champignons » historiques (exemple Fuligo septica) ?
• 'Chromista' => 'algue' : le règne englobe des algues, des champignons et des protozoaires historiques, donc algue ne fait pas l'affaire.

N'est-ce pas le signe qu'il est temps de déclarer que la charte des taxobox suit les règnes, et pas les codes de nomenclatures ou les regroupements historiques périmés ? C'est ce que font les anglophones et ça semble tout-de-même bien plus digeste. Ou alors il faut accepter que des humains repassent systématiquement derrière le bot pour reclasser (selon des critères peu clairs et subjectifs) tout ce bazar ? Et avec quelle valeur ajoutée ? Bien à vous, — Tricholome ^{et par saint Georges !} 23 décembre 2021 à 13:28 (CET)

@Tricholome : je n'ai pas pris ton message comme un reproche, hein . Juste j'indiquais la méthodologie suivie par taxobot, et que si on veut qu'il s'aligne sur les « conventions compliquées des chartes » il faudra fournir une cartographie détaillée des éléments permettant de choisir (et ce à partir de ce que GBIF − en l'occurrence − retourne comme infos). N'ayant que peu de connaissances dans les domaines concernés ce n'est pas moi qui peut fournir ça. Sinon une refonte des chartes est tout à fait possible, mais relève du café des biologistes. Hexasoft (discuter) 23 décembre 2021 à 14:23 (CET)

@Hexasoft et @Tricholome ma proposition se voulait conservatrice du fonctionnement actuel, mais je suis pour que la charte de la taxobox suive les règnes (toutes les bases de données généralistes se basent sur les huit règnes Animalia, Archaea, Bacteria, Chromista, Fungi, Plantae, Protozoa, Viruses). Le seul problème est que ces règnes ne collent pas aux codes (notamment pour la mise en italique). Amicalement,--74laprune (discuter) 23 décembre 2021 à 15:56 (CET)

 74laprune : je te promets que je suis de nature plutôt conservatrice. Mais en l'occurrence, il n'y a aucun vrai système en place :

• Comment devrait-on classer Developayella elegans ? L'espèce est enregistrée sur Algae Base et sur MycoBank. D'après toutes ces bonnes gens et GBIF, elle fait partie des Oomycètes. En fait, c'est un plancton marin - ça en fait quoi, une algue ? un champignon ? Si on veut en commander une souche ATCC, c'est dans la rubrique protistes...
• Comment devrait-on classer Tintinnopsis baltica ? L'espèce est enregistrée sur Algae Base, comme membre des Ciliophora, c'est-à-dire les Ciliés, des protozoaires qui ont été historiquement étudiés par les zoologistes...
• Pour la typographie des codes, n'en fait-on pas un peu trop ? Les deux bases susnommées ne mettent aucun italique, alors qu'elles sont censé s'appuyer sur le code de botanique. Et dans notre article actuel Fuligo septica, tous les rangs au-dessus de la famille obéissent au code de nomenclature zoologique et devraient a priori être affichés sans italiques.

J'aime la formulation d'Hexasoft : il faudra fournir une cartographie détaillée de ce système pour le débarrasser de ses multiples incohérences et permettre à tout le monde (les humains en tous cas, à défaut des bots) de l'utiliser. Ou le réformer…

Je vous laisse tranquilles. D'avance Joyeux Noël et bonnes fêtes — Tricholome ^{et par saint Georges !} 23 décembre 2021 à 17:18 (CET)

Je clos : c'est avant tout un problème à discuter coté café des biologistes. Modifier le choix de la charte taxobox n'est pas forcément compliqué, mais il faudra auparavant qu'une cartographie précise me soit donnée. Hexasoft (discuter) 13 avril 2022 à 10:52 (CEST)

Demande 96

• Type : bug
• Description : le bot n'a pas trouvé Brookesia tedi sur CoL
• Signature : 74laprune (discuter) 1 avril 2022 à 15:49 (CEST)

  Effectivement. Le module CoL est "vieux". J'ai l'impression qu'il y a eu quelques modifications. Je vais jeter un œil. Hexasoft (discuter) 12 avril 2022 à 15:38 (CEST)

  C'est normalement corrigé. CoL a déplacé son API à une autre URL (c'est transparent pour les humains), j'ai modifié le code en ce sens. Hexasoft (discuter) 13 avril 2022 à 10:21 (CEST)

Demande 97

• Type : bug
• Description : le bot n'a pas trouvé Alternaria radicina sur WoRMS
• Signature : 74laprune (discuter) 1 avril 2022 à 16:37 (CEST)

  74laprune : je viens de tester et ça retourne bien ce taxon en lien externe. En mode classification aussi ça marche (note : un bug sur des rangs non reconnus, je vais corriger).

  Il est tout à fait possible que diverses corrections apportées par ailleurs aient corrigé le problème. Toutefois en cas de problème de ce type bien penser à re-tester la même requête plus tard : il peut se produire qu'un problème réseau ou sur le site cible conduise à un absence de réponse.

  Donc je clos. Hexasoft (discuter) 12 avril 2022 à 15:18 (CEST)

Demande 95

• Type : modification
• Description : la phrase Le [[nom scientifique]] de ce taxon est a un petit goût de tautologie. Je propose de remplacer par [[nom valide]] en zoologie et [[nom correct]] en botanique
• Signature : 74laprune (discuter) 31 mars 2022 à 13:44 (CEST)

  @74laprune : tu peux me rappeler qui on classe dans "zoologie" et dans "botanique" (en regard du paramètre "charte" des taxobox, puisque c'est lui que j'ai lors du rendu) ? Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 15:22 (CEST)

   Hexasoft : chartes botanique=végétal, champignon, algue, bactérie, archaea ; chartes zoologie=animal, protiste.--74laprune (discuter) 24 avril 2022 à 17:48 (CEST)

  C'est fait. Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 18:11 (CEST)

  Euh @Hexasoft ? J'ai testé pour Cytisus villosus : le bot m'a retourné « nom valide » alors qu'on avait dit « nom correct » en botanique ...--74laprune (discuter) 25 avril 2022 à 21:28 (CEST)

  Hmmm… Je vais jeter un œil. Hexasoft (discuter) 25 avril 2022 à 21:52 (CEST)

  @74laprune : corrigé. J'avais inversé le test (je mettais "valide" en bota et "correct" en zoologie ) ! Hexasoft (discuter) 26 avril 2022 à 10:50 (CEST)

Demande 98

• Type : bug
• Description : le bot fournit bien un lien externe WoRMS vers Tylenchorhynchus claytoni mais ne parvient pas à fournir la classification selon WorMS
• Signature : 74laprune (discuter) 17 avril 2022 à 15:54 (CEST)

  corrigé. Effectivement je faisais une recherche sans désactiver le "seulement les espèces marines" (ou un truc du genre). Au passage j'ai corrigé IRMNG (détail : il fournissait bien le modèle IRMNG mais dans les liens à la fin (les <a href=…>) il pointait sur le site de WoRMS − un copier-coller malheureux ). Hexasoft (discuter) 20 avril 2022 à 12:25 (CEST)

Demande 99

• Type : modification
• Description : remplacer

== Voir aussi ==
{{Autres projets
| commons=Category:Blublu
| species=Blublu
}}
=== Références biologiques ===

par

== Liens externes ==
{{Autres projets
| commons=Category:Blublu
| species=Blublu
}}

• Motif :
  • pas de section avec une seule sous-section ;
  • pas de doublon « références » dans les titres de sections (actuellement Notes et références et Références biologiques) ;
  • les références sur un article de biologie sont, pour l'essentiel, nécessairement des « Références biologiques » ;
  • par soucis de conformité/homogénéité avec la majorité des articles existants (et les nouveaux articles sont créés aussi de cette façon par la plupart des contributeurs) ;
  • « références biologiques », à part pour nous les habitués, n'est pas très parlant ;
  • les liens externes dans cette section ne sont pas véritablement des références : ils ne servent pas tous à sourcer des passages de l'article ; quand c'est le cas, on utilise à juste titre le modèle {{Bioref}} qui liste les (véritables) références dans la section Notes et références
• Signature : 74laprune (discuter) 23 avril 2022 à 12:28 (CEST)

  Remarque : les références peuvent ne pas être des références biologiques. Si je référence une utilisation du taxon (le vers à soie par ex.), des textes de loi, son utilisation dans la culture, etc. Mais d'accord sur le principe, je vais modifier ça. Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 19:35 (CEST)

  Oui c'est vrai, j'ai reformulé donc. Merci !--74laprune (discuter) 27 avril 2022 à 15:51 (CEST)

Demande 100

• Type : modification
• Description : dans le sourçage des noms communs, remplacer {{Bioref|blublu|afficher=ref|25 avril 2022}} par {{Bioref|blublu|25 avril 2022|ref}}
• Motif : pourquoi faire compliqué quand on peut faire simple
• Signature : 74laprune (discuter) 25 avril 2022 à 21:34 (CEST)

  Je vais regarder pour simplifier les différents appels à "ref". Là je pars au vert quelques jours ! Hexasoft (discuter) 26 avril 2022 à 10:52 (CEST)

  J'ai remplacé à divers endroits. Hexasoft (discuter) 6 mai 2022 à 12:19 (CEST)

Demande 101

• Type : modification
• Description : remplacer == Liste des taxons de rang inférieur == Liste des espèces/genres/etc. selon {{Bioref|blublu|25 avril 2022}} : par == Liste des espèces/genres/etc. == Selon {{Bioref|blublu|25 avril 2022}} :
• Motif : pourquoi faire compliqué quand on peut faire simple
• Signature : 74laprune (discuter) 25 avril 2022 à 21:34 (CEST)
  • Traité. Hexasoft (discuter) 8 septembre 2022 à 12:41 (CEST)

Demande 102

• Type : bug
• Description : Cytisus villosus : le bot m'a retourné un lien TPDB vers le genre Cytisus et pas vers l'espèce
• Signature : 74laprune (discuter) 25 avril 2022 à 21:40 (CEST)

  Corrigé. J'ai changé la façon de chercher, pour une méthode qui n'a pas le problème de faux-positif (normalement). Hexasoft (discuter) 6 mai 2022 à 15:02 (CEST)

Demande 103

• Type : bug
• Description : Cytisus villosus (encore lui !): le bot ne fournit plus les auteurs dans la liste de synonymes selon GBIF
• Signature : 74laprune (discuter) 25 avril 2022 à 21:57 (CEST)

  Corrigé. En fait le bug était général : il n'y avait plus d'auteurs pour tous les synonymes (peu importe le taxon). Une amélioration qui comportait un bug. Corrigé. Hexasoft (discuter) 8 mai 2022 à 21:26 (CEST)

Demande 104

• Type : bug
• Description : pour n'importe quelle requête, j'obtiens PHP Parse error: syntax error, unexpected '->' (T_OBJECT_OPERATOR), expecting ',' or ')' in /home/74laprune/taxobot/modules/mod_algaebase.php on line 206
• Signature : 74laprune (discuter) 7 mai 2022 à 11:01 (CEST)

  Ah mince. En fait ça fonctionnait chez moi, mais j'avais oublié de pusher la dernière modification ! C'est corrigé. Hexasoft (discuter) 7 mai 2022 à 13:58 (CEST)

  @Hexasoft, non résolu semble-t-il, je viens de git pull (donc bien à jour), même erreur : ne serait-ce pas un $ manquant dont la solution serait :

  if (!isset($res->result) or !isset($_pagination->_total_number_of_results))
  

  ? — LD (d) 19 mai 2022 à 18:06 (CEST)

  Hmm… En l'occurrence c'est

  if (!isset($res->result) or !isset($res->_pagination->_total_number_of_results))
  

  qu'il faut normalement. J'ai changé en ce sens. Le truc c'est que chez moi ça le déclenche pas : tu peux me dire sur quel taxon tu avais testé ? Selon les cas ça passe pas toujours au même endroit ! Hexasoft (discuter) 19 mai 2022 à 18:36 (CEST)

  @LD : oublié de notifier ! Hexasoft (discuter) 19 mai 2022 à 18:36 (CEST)

  @Hexasoft En essayant :

  • php taxobot.php -taxon "Uroplatus fimbriatus"
  • php ./taxobot.php -taxon Uroplatus
  • php taxobot.php -taxon "apis mellifera"
  • php taxobot.php -taxon Fenestellidium

  Tu veux que j'en teste d'autres (si oui, lesquels ?) ? LD (d) 19 mai 2022 à 18:42 (CEST)

  Ok ! C'est en testant des taxons qui ne sont pas connus de AlgaeBase ! En général quand je travaille sur un module de classification je teste avec la classification sélectionnée, et sur des taxons connus (forcément ). Ici dans tes exemples ce ne sont pas des algues, et ce n'est pas la classification AlgaeBase qui est utilisée (par défaut c'est GBIF).

  Je viens de faire tourner sur php taxobot.php -taxon "Uroplatus fimbriatus" -off itis,faunaeur et je n'ai plus d'erreur, ce qui correspond à la version que j'ai poussé sur GitHub. Note : oui, je mets -off itis,faunaeur parce que (en tout cas chez moi) ces deux là mettent des plombes à répondre et que ça me gave . Hexasoft (discuter) 19 mai 2022 à 18:59 (CEST)

  @Hexasoft, j'ai testé avec les mêmes commandes, la seconde correction d'AB fonctionne. La patience n'est pas un problème pour un néophyte, tant que le résultat apporte au moins ce qu'il cherchait . LD (d) 19 mai 2022 à 19:10 (CEST)

  Conflit d’édition — Cool que ça fonctionne.

  @LD : fact → j'ai relancé sans exclure de modules : 334 secondes pour répondre, dont 301 pour le module ITIS ! (moins d'une seconde pour Faunaeur, donc on peut arrêter de l'exclure). Donc on passe de 334 à 33 secondes − soit passer de presque 6 minutes à une 1/2 minute − en excluant ITIS… Ce site est vraiment à la ramasse… Hexasoft (discuter) 19 mai 2022 à 19:12 (CEST)

  @Hexasoft, je confirme que ce n'est pas que chez toi : dès que j'exclue ITIS & Fauna eu, j'ai un résultat rapide (28 s), mais dès lors que j'inclue l'un ou l'autre, je dois attendre >330 secondes. Que ce soit Uroplatus fimbriatus ou Cichorium intybus. LD (d) 19 mai 2022 à 19:21 (CEST)

  @LD : il faut que je me penche sur le multi-thread ou multi-process pour lancer en parallèle les modules hors classification. Ça peut permettre de gagner du temps (encore que avec max 4-5 secondes vs plus de 300 secondes le gain serait marginal) mais c'est compliqué quand le code est pas prévu pour : typiquement chaque module peut ajouter à la structure globale potentiellement les mêmes choses (noms en français, répartition, etc.). Ça peut conduire à des incohérences en modification (le bon vieux problème de l'accès partagé en écriture…). Bref, on verra plus tard, et peut-être qu'entre-temps je vais ajouter une notion de timeout histoire d'éviter les trucs qui durent trop longtemps. Hexasoft (discuter) 19 mai 2022 à 20:21 (CEST)

  @Hexasoft Ou alors, par défaut, tu retires ces bases et ajoutes un -exhaustif ou dans le genre. LD (d) 19 mai 2022 à 21:01 (CEST)

  C'est plus compliqué que ça : ITIS est l'un des 5 modules de classifications actuel. Si je le retire par défaut il faut que je le sorte des classifications, sinon ça n'a pas trop de sens.

  Bon après sur le fond vu comme ils ont des années de retard sur toutes les autres classifications de référence ça ne me chagrinerai pas plus que ça… Il faudrait peut-être que je fasse un truc intermédiaire : classification oui, mais seulement si tu le demandes, et sinon lien externe seulement si tu le demandes, etc. Hexasoft (discuter) 19 mai 2022 à 21:34 (CEST)

Demande 105

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter un lien {{MDD}}
• Signature : 74laprune (discuter) 18 juin 2022 à 10:53 (CEST)

  Fait. Pour le moment ça ne fait que l'insertion de {{MDD}} dans les liens externes. À regarder : est-ce qu'il y a des infos intéressantes sur la page elle même (noms en français, distribution, etc.). Hexasoft (discuter) 20 juin 2022 à 14:17 (CEST)

Demande 106

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter un lien {{NCBI}}
• Signature : 74laprune (discuter) 18 juin 2022 à 10:53 (CEST)
  • Ajouté Hexasoft (discuter) 12 septembre 2022 à 12:31 (CEST)

Demande 107

• Type : bug
• Description : n'a pas trouvé Amphimedon sur le WoRMS
• Signature : 74laprune (discuter) 22 juin 2022 à 12:30 (CEST)

  @74laprune : corrigé. Il manquait un cas de figure lorsqu'il y a plusieurs réponses à la recherche. En tout cas maintenant ça fonctionne sur Decapoda (cas simple) et Amphimedon. Hexasoft (discuter) 28 septembre 2022 à 16:02 (CEST)

Demande 108

• Type : bug
• Description : Centrospora acerina : la classification selon mycobank retourne pour ce nom alors que le current name est Mycocentrospora acerina
• Signature : 74laprune (discuter) 22 juin 2022 à 12:40 (CEST)

Ah mince, j'ai re-testé en pensant que ça avait été corrigé via d'autres corrections, mais ce n'est pas le cas. Je vais regarder ça. Hexasoft (discuter) 7 février 2023 à 16:07 (CET)

@74laprune : alors normalement c'est bon. Je ne sais pas s'ils ont changé leur structure entre-temps ou si j'avais trop bu de jus de carotte mais ça ne récupérait pas l'info au bon endroit. Hexasoft (discuter) 19 février 2023 à 23:40 (CET)

Demande 109

• Type : bug
• Description : le bot n'a pas trouvé les Dryopidae sur l'INPN
• Signature : 74laprune (discuter) 28 juin 2022 à 21:25 (CEST)

  @74laprune : corrigé. Suite à un bug ça ne marchait que pour les espèces. C'est normalement corrigé. Hexasoft (discuter) 30 septembre 2022 à 16:21 (CEST)

Demande 110

• Type : bug
• Description : la fonction « ne fournir que les liens externes » fournit uniquement les url mais pas le code
• Signature : 74laprune (discuter) 1 juillet 2022 à 09:50 (CEST)
  • Oui, c'est à ça qu'elle sert . C'est juste pour obtenir les URL et pouvoir aller voir les données. Dans tous les cas il y a des limites (typiquement sur des taxons ayant le même nom : sans le passage par la case "classification" il peut y avoir des résultats curieux). Hexasoft (discuter) 12 septembre 2022 à 12:38 (CEST)

@74laprune : Fait. Il y a "un peu plus" que les liens externes, mais c'est compliqué à changer, pour pas grand chose.
Il faut par contre bien comprendre que ça pose des problèmes :

• s'il y a des homonymes, des synonymes, ça n'est pas pris en compte car c'est le module de classification qui gère ça
• il peut y avoir des erreurs de graphie coté italiques car c'est le module de classification qui détermine le rang du taxon et le "règne" concerné (ce qui conditionne bien sûr la mise en italique)
• en pratique c'est peu utile : sur Uroplatus fimbriatus avec GBIF le temps total de traitement ici est 33.7s, et en mode -juste-ext le temps est de 30.2s ! Bon certes GBIF est un site très réactif, donc qui n'ajoute pas des masses de temps. Mais en général c'est de passer tous les modules "externes" qui prend la majorité du temps (par ailleurs la classification fixe le "règne", ce qui élimine l'appel à des modules inutiles − comme par exemple ne pas appeler mycoBank pour un animal − donc en général on grignote un peu de temps grâce à ça). A+ Hexasoft (discuter) 7 février 2023 à 16:19 (CET)

 Hexasoft : merci beaucoup ! J'avais fait cette demande car je me souvenais que sur ton url d'accès au bot, il y avait cette fonctionnalité. Le gros avantage est d'avoir quand même un rendu même quand le taxon recherché est absent des bases gérant les classification (c'est souvent le cas des rangs intermédiaires en botaniques, par ex sous-famille, tribu, inconnus de gbif).--74laprune (discuter) 7 février 2023 à 17:10 (CET)

Ah oui, je n'avais pas pensé à cet usage Hexasoft (discuter) 7 février 2023 à 17:32 (CET)

Demande 112

• Type : fonctionnalité
• Description : ajouter un lien {{LPSN}} (nouveau modèle, procaryotes)
• Signature : 74laprune (discuter) 9 juillet 2022 à 14:27 (CEST)

voir demande 113. Hexasoft (discuter) 19 février 2023 à 19:01 (CET)

Demande 113

• Type : fonctionnalité
• Description : classification+liste des taxons inférieurs selon la LPSN (nouveau modèle, procaryotes)
• Signature : 74laprune (discuter) 9 juillet 2022 à 14:27 (CEST)

@74laprune : pour les liens externes je vais regarder (ça a l'air "correct" ce qu'ils retournent).
Par contre classification ?! Sauf si je n'ai pas trouvé les bonnes pages ils ne semble pas faire de classification. Si je vais sur Bacillus par exemple on ne trouve que le taxon de rang immédiatement supérieur. Alors je pourrai remonter en boucle les rangs (même si c'est chiant ) mais est-ce que ça en vaut la peine ? Je veux dire : est-ce que ce site est considéré comme une référence taxo ? (c'est histoire de pas se casser la paillasse si en pratique il ne sera pas utilisé comme référence (=taxobox) dans les articles). Hexasoft (discuter) 7 février 2023 à 16:52 (CET)

 Hexasoft : effectivement la classification se retrouve en remontant les taxons supérieurs. Bon ça ne risque pas personnellement de m'être directement utile dans les prochains mois, mais sûrement @GF38storic et @Gaspy42 (bonjour à vous !) qui contribuent pas mal en bactériologie seront intéressés (et te confirmeront que la classification de référence pour les bactéries est la LPSN). Amicalement,--74laprune (discuter) 7 février 2023 à 17:20 (CET)

Bonjour @74laprune et @Hexasoft, comme dit dans le message précédent, LPSN est LA base de référence pour les bactéries. C'est elle qui retransmet les décisions officielles de l'ICSP et qui doivent d'abord être publiées dans les listes de validations (en général dans la revue IJSEM) avant d'être affichées sur LPSN. Pour la classification, c'est sûr que c'est un peu pénible de devoir tout remonter mais en même temps cela permet de vérifier les sources et d'éviter les confusions car de nombreux homonymes existent. Les autres bases (ITIS, CoL, etc) ne sont pas reconnues en bactério car très, trop souvent mélangent plusieurs classifications souvent contradictoires en une seule... Cordialement GF38storic (discuter) 7 février 2023 à 17:43 (CET)

 GF38storic : serais-tu justement intéressé par une nouvelle fonctionnalité du bot qui permettrait d'obtenir automatiquement une taxobox avec classification LPSN, sans avoir à remonter à la main, + une liste de taxons inférieurs, sans avoir à tout copier-coller à la main ? - et vois-tu peut-être d'autres intéressés/contributeurs connaisseurs en bactériologie qui pourraient aussi profiter de l'outil ? afin que le travail d'@Hexasoft soit utile à un maximum de monde. Amicalement,--74laprune (discuter) 7 février 2023 à 18:06 (CET)

 GF38storic et 74laprune : je vais de toute façon commencer par la partie lien externe. Ça me permet de voir comment est « gaulé » le site et avoir des éléments concrets sur la difficulté de truc.

Après j'aurai sans doute besoin d'infos au fil de l'eau pour traiter les données présentes, si j'attaque la partie classification. Déjà, directement, j'aurai besoin de connaître les différents « Taxonomic status » pour déterminer comment interpréter les résultats : il y a « correct name » (ça, ça va ), mais il me faut les autres, avec − de préférence − un exemple de nom et comment les interpréter pour que je puisse regarder ce qu'il en est, savoir s'il faut simplement ignorer le nom, suivre le nom synonyme, autre… Hexasoft (discuter) 7 février 2023 à 18:25 (CET)

@74laprune, Bien sûr, ça pourrait être utile. le hic, c'est que je n'ai pas réussi à faire fonctionner le bot (bon, j'ai tenté qu'une fois et pas insisté). Après, à la main, ça me permet de bien séparer les taxons valides des non-valides, des candidatus, des synonymes, des déplacés vers un autre genre, etc. Par mi les autres utilisateurs, je dirai Gaspy42 (cité au-dessus), plus un ou deux autres pour la partie taxonomie en tout cas en bactério. Faut que je vérifie sur le projet. GF38storic (discuter) 7 février 2023 à 18:34 (CET)

@GF38storic : j'ai un premier jet du module, qui génère un lien externe ({{LPSN | famille | Bacillaceae | consulté le=7 février 2023}}. Pour le moment il ne récupère pas l'auteur (pas retourné dans la recherche, il faut que je mette une requête en plus).

Questions :

• est-ce que si je me base sur une "Avanced search" avec comme options "Nomenclatural type: All ; Validly published: Yes ; Candidatus: No ; Correct name: Yes" ça colle ? C'est quoi "nomenclatural type" ? Je résume qu'avec ce type de recherche je ne vais pas trouver les synonymes, non ? (je peux ajouter ça ensuite, mais il me faudrait un exemple de synonyme pour que je vois sur un cas concret)
• est-ce qu'il y a des cas où il faut utiliser l'option "règne=cacher" ? Si ça retourne un champignon oui (c'est possible ?) mais il y a peut-être d'autres cas.

A+ Hexasoft (discuter) 7 février 2023 à 19:47 (CET)

Remarque : si tu veux de l'aide pour l'installation du logiciel juste demande . Il nous faut l'information de ton système d'exploitation (MacOS / Linux / Windows) et de la version si possible. Hexasoft (discuter) 7 février 2023 à 19:48 (CET)

C'est bon, j'ai réussi à l'installer mais j'y ai passé ma soirée, plusieurs codes erreurs les classiques que tu as déjà signalé (8x80080701bc et 8x80080702...). Je me demande si je n'aurai pas mieux fait de le tester sous un wampserver ou similaire. Bref, je viens de tester sur Turbo cornutus (qui existe sur WP:en pour vérifier) pour résoudre un lien rouge d'un de mes articles et ça me donne le squelette à compléter. Cool, je pense que c'est très utile à partir des espèces n'ayant pas leurs équivalents sur les autres wiki sinon, très utiles à partir du genre (pour récupérer la taxobox et les taxons inférieurs) y compris pour les articles présents dans les autres wiki (bon à voir à l'usage/tout à la main) Merci.

Concernant les fiches LPSN, plusieurs difficultés d'identifications (exemples "Pseudomonas") :

• "Nomenclatural type": All ; Validly published ; Not validly published ; inaccurate spelling
  • Attention, ce n'est pas parce que c'est "validly published" que le nom est le bon car il faut voir son statut taxonomique
• "Taxonomic status" : All ; Correct name ; Synonym ; Misspelling ; (vide)
  • Le soucis, c'est que un taxon peut être validly published et synonym. quand cette catégorie est vide, c'est généralmeent que le taxon est "not validly published"
• "Synonyms" : dans un tableau en général la liste des synonymes du taxon recherché
• "Child taxa" : la liste des taxons inférieurs immédiats (valides ou non, corrects ou non, etc) dans un tableau
• "parent taxon" : le taxon immédiatement supérieur

Cordialement GF38storic (discuter) 8 février 2023 à 01:50 (CET)

Merci GF38storic pour ces précisions. Je suis en train de préparer du code pour extraire un maximum d'infos à partir de leurs fiches, je reviendrai ensuite sans doute vers toi (et/ou d'autres) pour valider/affiner la façon d'utiliser ces infos.

Petite question annexe : visiblement LPSN utilise les italiques systématiquement. Pourtant il me semble avoir lu quelque part sur leur site qu'ils utilisaient le code de l'ICZN. Erreur de ma part ? Incohérence ? Choix rédactionnel ? A+ Hexasoft (discuter) 8 février 2023 à 12:57 (CET)

En Bacteriologie, on utilise le code ICNP (ex ICNB) mais on tend avec les autres instances (Zoologie, Botanique, Virologie...) d'harmoniser les codes petit à petit mais chacun utilise son propre code. Donc, à retenir, en Bactériologie, c'est le code de nomenclature ICNP. A plus GF38storic (discuter) 8 février 2023 à 16:08 (CET)

Encore quelques questions GF38storic

• Pour les taxons de rang inférieur (« Child taxa ») ne conserver que ceux qui ont « accepted name » ?
• Pour le taxon lui-même (celui sur lequel taxobot est lancé) il y a toujours 3 cas : 1. le taxon est OK et on l'utilise 2. le taxon est un synonyme et (par défaut) on traite la cible de la synonymie 3. le taxon n'est pas reconnu dans ce cas on ne traite pas. Il faut que je puisse détecter ces trois situations. Je présume que c'est à partir des champs « Taxonomic status » et « Nomenclatural status » que ça se détermine. J'aurai tendance à partir sur le principe suivant (mais, donc, justement, j'espère que tu pourras valider/corriger ça si besoin) :
  • cas synonyme : la présence de « Correct name » dans « Nomenclatural status » m'indique que c'est un synonyme et le nom correct à utiliser
  • cas OK : pas de « Correct name », « accepted name » dans « Taxonomic status ». De ce que je comprends il faut aussi que « Nomenclatural status » soit OK, mais je n'ai pas trouvé la liste des termes qui désignent que c'est OK (ou que c'est pas OK)
  • pas OK : si on n'est pas dans les deux cas précédents.

Merci. A+ Hexasoft (discuter) 10 février 2023 à 10:55 (CET)

Au passage si tu peux me dire quelle est la différence entre "Original publication" et "Effective publication" ? Visiblement on a l'une ou l'autre, pas les deux. Hexasoft (discuter) 10 février 2023 à 15:11 (CET)

 GF38storic et 74laprune : amusant → j'ai implémenté l'extraction de la classification, je travaille sur Bacillus pour mes tests. Ça remonte la famille, l'ordre, le phylum et le domaine Bacteria qui est « not validly published » .

Voilà, c'était juste une anecdote qui m'a amusé, avant une absence quasi-totale pour une semaine : ça capte très mal là où je vais faire du ski . A+ Hexasoft (discuter) 10 février 2023 à 16:12 (CET)

Hop. Donc, pour finir, j'ai un code qui a tout ce qu'il faut pour faire la partie classification (en plus de la partie lien externe, bien sûr).

J'ai la classification, les synonymes, les taxons inférieurs, la publication originale, les auteurs.

Il me manquera les quelques réponses à mes interrogations plus haut, afin de pouvoir gérer les suivis de synonymes et autres détails. Un truc qui est dommage : LPSN ne cite les auteurs que sous la forme "1 auteur + et al.". Même s'il n'y a pas de raison de ne pas les suivre dans la taxobox ça empêche de fournir une citation complète (et d'ailleurs taxobot est assez grand pour ajouter un et al. tout seul si on le souhaite, mais là où on le souhaite !). A+ Hexasoft (discuter) 10 février 2023 à 17:33 (CET)

Salut @Hexasoft, alors merci de tout ce que tu fais. Quelques réponses:

• « Taxonomic status » est le plus important pour le statut. 3 cas que tu as bien identifié :
  • "correct name" noté juste derrière les ":" alors c'est le bon nom à utiliser et on peut récupérer les synonymes dans le tableau « Synonyms » s'il y en a. Un "correct name" sera toujours "validly published"
  • "synonyme" noté juste derrière les ":" alors dans ce cas il faut voir juste en desous le "correct name" où le nom correct et valide est noté derrière les ":"
  • 3e cas, « Taxonomic status » est absent. Dans ce cas on est en présence d'un taxon non valide (basonyme, misspelling, inaccurate spelling...)

Sinon, oui je pense qu'il est préférable de ne mettre comme « Child taxa » que les "correct name". Charge au contributeur de bien vérifier les autres. ça fait partie des choses que je corrige en maintenance de la bactério car de nombreux contributeurs ne connaissant pas le domaine ajoutent des espèces comme si elles étaient valides alors que non.

• Auteurs. En fait pour la citation des auteurs, dans « Name », effectivement LPSN utilise auteur et al. + date. On peut retrouver tous les auteurs dans « Original publication » ou « Effective publication » pas de grosse différence entre les deux. Par contre, la date choisie au niveau du « Name » peut ne pas correspondre à la date de publication de l'article original car la date retenue correspond à celle de la publication du nom dans la revue IJSEM (ex IJSB) voir exemple.

Sinon pour "Bacteria", oui c'est toujours amusant, ce qui nous amuse moins, c'est le maintien de "Eubacteria" dans la classification dans les taxobox alors que c'est "Bacteria" qu'il faut mettre. En effet, la WP francophone est la seule (ou quasi, avec la polonaise, la hollandaise, l'occitane et l'interlingua) à l'utiliser. Ce taxon Eubacteria n'est pas reconnu par l'ICSP et même en dehors de l'ICSP, reconnue que par son créateur, Cavalier-Smith dans sa classification et jamais utilisée par les bactériologistes qu'ils soient taxonomistes ou pas. Il faudrait donc remplacer "Eubacteria" par "Bacteria".

Amicalement GF38storic (discuter) 11 février 2023 à 17:58 (CET)

(marée basse )

@GF38storic : merci pour ces précisions.

J'ai maintenant un module capable de générer une bonne partie des informations nécessaires. Voir Utilisateur:Hexasoft/Bacillus pour un exemple (ici sur Bacillus). Il reste divers détails, améliorations et informations secondaires non exploitées mais ça me semble une bonne base. On remarque par exemple une espèce remontée comme « [[Bacillus amyloliquefaciens (ex|''Bacillus amyloliquefaciens ''(''ex'']] Fukomoto 1943) Priest {{et al.}} 1987 » : le programme a mal interprété le contenu, il faut que j'améliore ça. De même je ne récupère pas encore les infos de sous-taxon type, d'étymologie (taxobot sait le gérer quand c'est présent, même s'il n'est pas capable de faire la traduction depuis l'anglais ).

J'aurai une demande additionnelle : il me faudrait la liste des règnes/chartes (au sens du premier paramètre de {{taxobox début}}) associés à ce que retourne LPSN. Typiquement − je présume − en se basant sur la classification. Par exemple pour le moment je retourne le règne "bactérie" si "domaine=Bacteria". Mais il me faudrait le reste (car je présume que LPSN ne retourne pas que des bactéries, mais j'ignore les détails, ou même si d'autres domaines sont à classer sous "bactérie" par exemple).

Là je termine ma semaine de ski donc ce sera de toute façon la semaine prochaine. Mais on devrait avoir un module LPSN largement fonctionnel d'ici une ou deux semaines max.

A+ Hexasoft (discuter) 14 février 2023 à 17:03 (CET)

Truc annexe : j'ai vu des "corrig." dans la zone auteur (exemple : « corrig. Sarr et al. 2021 »). Je l'ajoute aux "séparateurs autorisés dans les zones auteurs" ? Il s'affiche en écriture droite ou italique ? A+ Hexasoft (discuter) 14 février 2023 à 17:14 (CET)

Merci @Hexasoft,

• Pour corrig. c'est corrigendum donc italique.
• Pour Bacillus amyloliquefaciens, je suppose que ça vient du ex qu'il interprête.
• Pour les domaines, LPSN (ou plutôt l'ICSP) gère les domaines "Bacteria" et "Archaea" (qui, comme Bacteria, est entre guillemets car publié de manière non valide. Il n'y a pas d'autres domaines que ces deux, ce qui nous fait déjà bcp de boulot.

Cordialement GF38storic (discuter) 14 février 2023 à 17:29 (CET)

@GF38storic : merci pour la réponse.

J'ai corrigé quelques bugs pendant que le repas chauffe . Ça prend en compte les "ex", "corrig." et autres mises en formes, les </p> qui traînaient ont été corrigés, la date (dans la taxobox) est correctement gérée. C'est aussi géré dans les listes secondaires (synonymes, taxons inférieurs).

J'ai aussi ajouté la sélection du "règne" taxobox à partir de la classification retournée.

Une remarque sur "corrig." : LPSN ne le met pas en italique, contrairement par exemple à "ex". Exemple : bacillus-aneurinilyticus. Une erreur de leur part ? Je suis d'accord avec toi qu'une abréviation d'un mot latin devrait être en italiques, ce qu'ils font bien d'ailleurs pour "ex" ou pour "et al.".

Pour la liste complète des auteurs (et al. systématique) c'est dommage quand même leur choix : certes ils sont tous présents dans la publication originale (par ex. « Shida O, Takagi H, Kadowaki K, Yano H, Abe M, Udaka S, Komagata K. Bacillus aneurinolyticus sp. nov., nom. rev. Int. J. Syst. Bacteriol. 1994; 44:143-150. ») mais il est très difficile d'extraire une liste d'auteurs proprement à partir de ça, et donc taxobot ne peut pas proposer ses services de mise en forme automatique voire de suggestion d'auteurs possibles à partir des listes connues. Tant pis. A+ Hexasoft (discuter) 15 février 2023 à 13:05 (CET)

Salut @Hexasoft, en effet pour corrig., je ne sais pas pourquoi. Pour les auteurs, en fait, il y a un double problème (du moins pour moi) qui est que les prénoms des auteurs sont mis en initiales même si dans la publi originale ils sont peut-être (pas tout le temps, ça dépend de la revue) en entier. Mais bon, en ce qui me concerne, ça me permet d'aller sur la publi pour la vérifier et récupérer ce qui est important. Cordialement GF38storic (discuter) 15 février 2023 à 15:50 (CET)

Hello @GF38storic : pour info j'ai déployé une première version du module LPSN.

Il gère la classification, à savoir : détection + suivi des synonymes ; création de la taxobox ; synonymes ; taxons de rang inférieur ; publication originale ; sous-taxon type (même si à l'heure actuelle ça n'est pas affiché dans le résultat). Et bien sûr le lien externe via le modèle {{LPSN}}.

N'hésite-pas à tester et à me faire remonter les éventuels problèmes, erreurs ou choses à corriger/modifier/ajouter. A+ Hexasoft (discuter) 19 février 2023 à 13:23 (CET)

Note : penser à mettre -classification lpsn pour l'utiliser, sinon c'est toujours GBIF par défaut. Hexasoft (discuter) 19 février 2023 à 13:25 (CET)

Merci @Hexasoft, j'ai testé pour voir depuis hier soir et ce matin encore. Hier soir, j'ai réussi à avoir une réponse ok pour LPSN, depuis ce matin par contre non. J'ai testé sur "sphingobacterium" et sur "sphingobacterium spiritivorum". J'ai deux erreurs différentes :

• commande lancée : php taxobot.php -taxon "Sphingobacterium spiritivorum" -classification lpsn
  • (réponse:) Taxon non récupéré pour la classification.
  • Logs :
  • Initial: taxon=Sphingobacterium spiritivorum ; classification=lpsn ; **domaine=*
  • Appel via ligne de commande
  • Modules possibles (pour domaine '*') : gbif, itis, mycobank, wrms, algaebase, coi, adw, biolib, cites, col, ebird, eflora, eol, externe, faunaeur, fin, fishbase, gisd, grin, ifpni, inpn, irmng, lpsn, mdd, msw, ncbi, oepp, photoark, reptiledb, taxonomicon, telametro, tpdb, tropicos, uicn, wcvp, wfo
  • Classification sélectionnée : lpsn
  • LPSN: échec de connexion au site (2)
  • Temps d'exécution du module (classification) lpsn : 0.46s
  • Taxon non récupéré pour la classification
• commande lancée : php taxobot.php -taxon "Sphingobacterium" -classification lpsn
  • (réponse 2 fois celle-ci:) PHP Warning: Undefined array key "nom" in /home/gf38storic/taxobot/modules/mod_lpsn.php on line 379
  • PHP Warning: Undefined array key "nom" in /home/gf38storic/taxobot/modules/mod_lpsn.php on line 379
• Par contre pour cette dernière, maintenant, ça remarche pour "genre" mais pas "genre espèce" (testé avec "Bacillus subtilis", "Coxiella", "Coxiella burnetii", "Sphingobacterium", "Sphingobacterium spiritivorum", "Sphingobacterium lactis".

Cordialement GF38storic (discuter) 19 février 2023 à 15:05 (CET)

@GF38storic : merci pour le retour. Je vais regarder ça cette après-midi (retour du ski, j'ai une croziflette au four ). Hexasoft (discuter) 19 février 2023 à 15:13 (CET)

Trop de chances, je ne prends pas vacances, trop de taff au labo... GF38storic (discuter) 19 février 2023 à 15:42 (CET)

@GF38storic : pour le premier exemple quand tu as « échec de connexion au site » c'est qu'il y a eu un problème de connexion () soit de ton coté soit que le site n'a pas répondu. Dans tous les cas il faut re-tester un peu plus tard. Pour ma part j'ai testé sur ce taxon et ça a fonctionné correctement.

Pour le deuxième exemple effectivement je n'avais pas pris en compte l'encodage de l'espace (dans le NS) et ça ne retournait donc rien. C'est corrigé et en prod.

Par la même occasion j'en ai profité pour ajouter le rang type. Sur Sphingobacterium par exemple ça ajoute « L'espèce [[Type (biologie)|type]] est : ''Sphingobacterium spiritivorum'' (Holmes {{et al.}} 1982) Yabuuchi {{et al.}} 1983{{Bioref|LPSN|19 février 2023|ref}}.  » dans la section « Systématique ».

Au CNRS on est obligé de prendre nos vacances sinon on se fait engueuler

A+ Hexasoft (discuter) 19 février 2023 à 17:23 (CET)

Me dire si c'est bon, que je puisse fermer cette partie. Hexasoft (discuter) 20 février 2023 à 00:13 (CET)

Je clos. Ouvrir une nouvelle demande s'il y a des bugs ou fonctionnalités manquantes. Hexasoft (discuter) 8 mars 2023 à 12:13 (CET)

Demande 114

• Type : fonctionnalité
• Description : classification Worms : entre homonymes, choisir le nom « accepted » (ex : Edwardsia) @Laszlo pour info
• Signature : 74laprune (discuter) 14 janvier 2023 à 15:07 (CET)

@74laprune : peux-tu préciser ? Si je lance taxobot sur Edwardsia (php ./taxobot.php -classification wrms -taxon Edwardsia il me retourne bien un modèle d'article sur le genre Sapphirina. Ou alors c'est dans un autre cas ? Hexasoft (discuter) 14 janvier 2023 à 18:40 (CET)

@Hexasoft, Worms recence trois genres portant le même nom Edwardsia Costa O.G., 1838 accepted as Sapphirina Thompson J., 1829, Edwardsia Endl. (uncertain > unassessed), Edwardsia Quatrefages, 1842, seul ce dernier est « accepted » et il faudrait que le bot le choisisse lui. Amicalement,--74laprune (discuter)

Ah ok, je n'avais pas vu cette subtilité. Je vais regarder. Hexasoft (discuter) 14 janvier 2023 à 19:55 (CET)

@74laprune : donc pour résumer → si le nom est trouvé sans aucune indication on l'utilise ; sinon si on le trouve avec un "accepted as" on utilise la cible ; sinon on ne trouve pas (je présume qu'il ne faut pas prendre les "uncertain" et les "unassessed"). J'ai bon ? Hexasoft (discuter) 14 janvier 2023 à 20:08 (CET)

 Hexasoft : tout bon --74laprune (discuter) 14 janvier 2023 à 20:11 (CET)

Ok. Je regarde ça ! A+ Hexasoft (discuter) 14 janvier 2023 à 20:22 (CET)

@74laprune : j'ai fait une version pour ça que je viens de pousser sur le github. Ça marche sur Edwardsia, mais est-ce que tu pourrais tester sur d'autres cas (que des synonymes, que des non acceptés) histoire de valider que je n'ai rien cassé ? A+ Hexasoft (discuter) 14 janvier 2023 à 20:56 (CET)

 Hexasoft : merci beaucoup ! ça a l'air de marcher (bien que je n'arrive pas à faire bcp de tests, je suis dans un lieu où le wifi est super lent). Est-ce que, dans la liste des espèces de Edwardsia, le bot pourrait ne retourner que les accepted name et pas les uncertain ?--74laprune (discuter) 14 janvier 2023 à 21:38 (CET)

@Hexasoft j'ai retesté avec Edwardsioides synonyme de Edwardsia. Au bout d'une demi-heure je n'ai aucun résultat. Ça marche chez toi, et ma connexion est vraiment toute pourrie, ou c'est un bug ? Parce que quand je teste pour un nom accepted, ça fonctionne quand même.--74laprune (discuter) 15 janvier 2023 à 20:10 (CET)

Hmmm, j'avais raté ton message. Je regarde ce que ça donne chez moi avec Edwardsioides. Hexasoft (discuter) 21 janvier 2023 à 15:39 (CET)

 74laprune : il y avait effectivement un bug. Lorsque c'est un synonyme (et qu'on a demandé à suivre les synonymes, ce qui est le cas par défaut) le programme ré-appelle la fonction de classification. Sauf que là j'avais oublié de changer le nom du taxon cible, donc il passait son temps à trouver un synonyme et se relancer sur le même nom de départ !

C'est corrigé et poussé sur le github. A+ Hexasoft (discuter) 21 janvier 2023 à 16:00 (CET)

Demande 115

• Type : bug
• Description : classification Mycobank : que les noms scientifiques dans la taxobox (voir Discussion_utilisateur:Givet#Belemnites_paxillosus)
• Signature : 74laprune (discuter) 15 janvier 2023 à 09:35 (CET)

En fait il était traité, celui-là Hexasoft (discuter) 21 janvier 2023 à 15:36 (CET)

Demande 116

• Type : modification
• Description : liste de taxons inférieurs selon worms : ne lister que les « accepted » et pas les « uncertain » et autres statuts chelous
• Signature : 74laprune (discuter) 15 janvier 2023 à 20:14 (CET)

@74laprune : tu peux m'indiquer un taxon en exemple ? Hexasoft (discuter) 7 février 2023 à 16:40 (CET)

 Hexasoft : par ex sur la page d'Edwardsia, à la fin des Direct children, il y a une liste d'espèces (uncertain > nomen dubium).--74laprune (discuter) 7 février 2023 à 17:14 (CET)

Ok. Il y en a 63 "accepted" et j'en retourne 70, effectivement. Je vais regarder ça. Hexasoft (discuter) 7 février 2023 à 17:51 (CET)

@74laprune : corrigé. Je n'avais pas pris en compte toutes les catégories (uncertain, unaccepted, nomen dubium, nomen nudum).

Maintenant taxobot me retourne effectivement 63 sous-taxons, ce qui correspond à la page de worms. A+ Hexasoft (discuter) 7 février 2023 à 18:18 (CET)

Demande 117

• Type : fonctionnalité
• Description : classification mycobank : quand la base retourne un règne différent des Fungi, ajouter en taxobox le paramètre |règne=cacher et ajouter le règne en question (par exemple : mycobank classe Hyaloperonospora parasitica dans le règne des Chromista)
• Signature : 74laprune (discuter) 20 janvier 2023 à 20:09 (CET)

 74laprune et Givet : je regarde ça ce week-end, ça ne devrait pas être trop compliqué à faire. Là je me remets de ma répèt (et pour être honnête des bières qu'on a sifflé durant . A+ Hexasoft (discuter) 20 janvier 2023 à 21:59 (CET)

Givet (discuter) 21 janvier 2023 à 10:24 (CET)

 74laprune et Givet : c'est fait. N'hésitez-pas à tester. Si règne=Fungi ça se comporte comme avant. Pour tout autre règne le règne n'est pas supprimé de la liste et l'option "règne=cacher" est ajoutée (au passage j'ai ajouté donc le support de l'option "règne=cacher" dans le module de rendu de la taxobox, ce qui pourra potentiellement servir pour d'autres classifications).

Sur Amanita friabilis ça me retourne le sous-règne en premier. Sur Hyaloperonospora parasitica ça me retourne le règne Chromista en première ligne, et l'option "règne=cacher" est présente dans taxobox début. A+ Hexasoft (discuter) 21 janvier 2023 à 14:53 (CET)

J'avais oublié de "pousser" tout ça sur github, c'est maintenant fait ! Hexasoft (discuter) 21 janvier 2023 à 15:14 (CET)

@Hexasoft et @74laprune, je viens de tester avec Hyaloperonospora parasitica (à l'origine de la demande) et ça marche : Taxobot retourne {{Taxobox début | champignon | ''Hyaloperonospora parasitica'' | <!-- insérez une image --> | <!-- légende si image --> | règne=cacher | classification=mycobank }}. J'avais peur d'oublier, désormais je peux totalement oublier et ça, ça fait une sacrée différence. Encore merci Givet (discuter) 21 janvier 2023 à 16:06 (CET)

Demande 119

• Type : bug
• Description : les données ADW sont incorrectes au niveau des auteurs/autrices. En effet, sont restituées les personnes qui ont créé la page ADW et non celles qui ont créé le taxon concerné. Ainsi, avec le genre Oniscus, nous avons :
  « (en) Myers, P., R. Espinosa, C. S. Parr, T. Jones, G. S. Hammond, and T. A. Dewey. 2023, Animal Diversity Web : Oniscus (consulté le 26 février 2023) »
  alors que les toutes les autres sources donnent « Linnaeus, 1758 ».
• Signature : Givet (discuter) 26 février 2023 à 17:57 (CET)

@Givet Cette information correspond aux rédacteurs de la page (To cite this page:), ce que j'ai précisé après l'ajout du paramètre dans la documentation d'ADW. Aurais-tu une mise en forme à suggérer pour lever l'ambiguïté ?

Le but est bel et bien de citer les auteurs de la page, tel qu'il est demandé par le site (pour respecter sa licence donc). LD (d) 26 février 2023 à 18:02 (CET)

Oui, c'est bien ce que je disais même si je l'ai mal formulé. C'est vraiment embrouillant, il faudrait idéalement avoir la "bonne" information quitte à devoir (en tout petit) noter les auteurs de la page mais ceux-ci sont nombreux ce qui risque d'alourdir l'ensemble. Je vais être dur mais faut-il dès lors mentionner ADW comme source ? Givet (discuter) 26 février 2023 à 18:26 (CET)

 Givet et LD : à noter que ADW ne donne jamais les auteurs (descripteurs) dans ses pages (ce que je trouve dommage, surtout dans la mesure où eux-même demandent à ce que les auteurs de la fiche-description soient cités).

Peut-être faut-il mettre cette partie en small, avec un préfixe du type « auteurs ADW : … » ?

A+ Hexasoft (discuter) 26 février 2023 à 20:23 (CET)

Je suggère de modifier {{ADW}} par la présentation donnée dans Modèle:ADW/Test (Modèle:ADW/Bac à sable) : cela rejoint la mise en forme de {{Lien web}}, avec l'apparition du paramètre date. Dans un même temps, Taxobot peut récupérer la date. Pour le détail typographique (. avant , dans le cas n^o 2), ça peut aussi se gérer en amont par un sous-module dans Taxobot, par une fonction sur Wikipédia, la retouche manuelle des éditeurs ou bien on retire la virgule. Mais, à l'inverse, cela serait étrange d'avoir un point après une abréviation (cas n°1) puis une espace, sans virgule donc.

Sinon pour rejoindre la suggestion d'Hexasoft, on peut recourir à <abbr> : Aut. : blabla (ou {{abr}}), sinon {{Abrd}} : Aut. : blabla.

Une autre idée : Taxobot pourrait, s'il y a :

1. 3 auteurs ou + : s'arrêter après le 1^er auteur et fournir un {{et al.}} : John Doe et al.
2. 1 à 2 : John Doe, Bla Bla

Je trouve AWD assez utile quand ils réalisent une synthèse, ce qui est le cas pour Elmidae par exemple. On est rarement loin de le déplacer dans une section « Sitographie » et de permettre l'utilisation de {{plume}} ; s'éloignant d'une simple bioréf.

Si on prend Agkistrodon contortrix, l'auteur de la fiche n'est pas cité mais les auteurs d'AWD le sont (via {{Bioref}}, ce qui est étrange.

LD (d) 26 février 2023 à 22:14 (CET)

Très intéressant ce nouveau modèle ADW (Modèle:ADW/Test) qui commence par citer les auteurs "ADW" et ne les mets plus juste après le taxon. Cela lève toute ambiguïté, c'est parfait. Intéressant aussi l'utilisation de et al. au-delà d'un certain nombre. Pour ma part je me limite à 3 en taxobox, 2 me semble un peu léger. Et désolé pour ma proposition de tout envoyer balader, elle n'était vraiment pas digne. Givet (discuter) 27 février 2023 à 07:46 (CET)

Salut @Givet,

J'ai modifié Modèle:ADW et le module ADW. Il y aura principalement 4 formats possibles selon le nombre d'auteurs récupérés sur le site ADW :

1. 0 auteur 0 date = « (en) Référence Animal Diversity Web : Exemple (consulté le 6 mars 2023) »
2. 1 auteur = « (en) Doe, J., Animal Diversity Web : Exemple, 2023 (consulté le 6 mars 2023) »
3. 2 auteurs = « (en) Doe, J. et Doe A., Animal Diversity Web : Exemple, 2023 (consulté le 6 mars 2023) »
4. 3 auteurs ou + = « (en) Doe, J. et al., Animal Diversity Web : Exemple, 2023 (consulté le 6 mars 2023) »

Les formats additionnels sont anecdotiques, ça dépend si l'auteur a un second prénom ou pas.

Je dois toutefois confirmer le formatage en consultant plus de taxons. Par exemple, je viens de voir que sur Felidae le premier auteur était séparé du reste par un point-virgule et non par une virgule comme ceux que j'avais parcouru (par exemple Felinae...) ; taxobot adopte donc le format 2 et non le 4. Mais c'est du détail. Dans tous les cas, si le module ne trouve rien, il ne suggère pas de folies LD (d) 6 mars 2023 à 16:25 (CET)

@LD, c'est parfait tout ça . Je reviens vers toi si je trouve quelque chose d'inattendu. Et, encore une fois, cette présentation est bien meilleure que l'ancienne. Encore merci Givet (discuter) 6 mars 2023 à 16:49 (CET)

 LD et Givet : merci à LD que j'ai ajouté aux développeurs de Taxobot sur GitHub et qui a poussé une nouvelle version de ce module. C'est bien d'être à plusieurs : plus de réactivité, des approches différentes, se forcer à faire des choses mieux documentées

Et puis ça motive plus, aussi .

LD : quand je vois ce que tu dis plus haut tu rentres de plein fouet dans le plaie de ce type de programme : l'incapacité des (de la plupart des) sources à fournir un formatage cohérent des données . Mes codes sont plein d'exceptions à tous les étages !

A+ Hexasoft (discuter) 6 mars 2023 à 21:23 (CET)

Non, @Hexasoft, merci à toi de me permettre de collaborer à tes côtés sur ce projet prometteur ! LD (d) 7 mars 2023 à 03:15 (CET)

┌─────────────────────────────────────────────────┘
Je viens de corriger le module :

• un "nouveau" format (inclure "and" car dans « Etnyre, E.; J. Lande and A. Mckenna » il n'était pas identifié)
• erreur logique (« > » vers « >= ») qui faisait que, de toute façon, lorsqu'il y avait exactement 3 auteurs, le module renvoyait comme s'il y en avait qu'un seul — fatigue d'inattention ?

J'ai dû parcourir une centaine de taxons au total, mais je n'ai pas vu d'autres correctifs à apporter. D'autres formats pourront pris en charge au fil de l'eau. . LD (d) 8 mars 2023 à 02:10 (CET)

Demande 120

• Type : bug (?)
• Description : depuis hier il me semble, le lien vers Commons est désormais du style « commons=Taxon » alors qu'auparavant nous avions « commons=Category:Taxon » ce qui donnait accès à davantage d'images.
• Signature : Givet (discuter) 27 février 2023 à 17:55 (CET)

@Givet : hmmm… je n'ai pourtant fait aucune modification dans ce qui touche à ça !
Tu as un exemple où les deux existent ? (la page taxon et la page catégorie)
Histoire que je teste et que je regarde ce qu'il en est. A+ Hexasoft (discuter) 27 février 2023 à 20:08 (CET)

Oui, tu peux essayer avec « php taxobot.php -taxon "Lexias dirtea" » qui retourne :
== Liens externes ==
{{Autres projets
| commons=Lexias dirtea
| species=Lexias dirtea
}}
Bon courage et merci pour tout . Givet (discuter) 28 février 2023 à 07:23 (CET)

@Givet : j'ai regardé le code, et en fait c'est "fait exprès". Actuellement le comportement est de récupérer la catégorie et la page commons : si page afficher page sinon si catégorie afficher catégorie sinon rien.

Donc le code privilégie volontairement la page. Je peux inverser la préférence, si c'est souhaitable. Sinon il n'y a pas un moyen pour mettre les deux, dans ce modèle ? Hexasoft (discuter) 28 février 2023 à 09:01 (CET)

Aie ! Tu me poses une colle (ça m'apprendra à remonter de petits soucis ). Mon avis perso c'est que toute page doit se référer à une catégorie alors j'aurais tendance à dire qu'il faut privilégier celle-ci avant de prendre, à défaut, la page. Et pour le modèle je ne pense pas qu'il faille le modifier car utilisé non seulement "chez nous" mais ailleurs. Givet (discuter) 28 février 2023 à 09:12 (CET)

@Givet : nan mais il me semblait que le modèle prévoyait déjà plusieurs entrées. Visiblement on peut faire : |commons=Lexias dirtea |commons2=Category:Lexias dirtea | commons titre2=Catégorie Lexias dirtea

Ce qui permet d'avoir un lien sur les deux, avec un nom explicite. Ça te va ? Hexasoft (discuter) 28 février 2023 à 10:15 (CET)

Qui peut le plus, peut le moins, alors vas-y. Encore merci Givet (discuter) 28 février 2023 à 10:31 (CET)

C'est donc fait et pushé sur la version en prod. Hexasoft (discuter) 28 février 2023 à 10:48 (CET)

Et je vois que tu as déjà fait le test... et que ça marche . Bonne journée Givet (discuter) 1 mars 2023 à 07:24 (CET)

Demande 121

• Type : cosmétique
• Description : un tout petit truc, lorsque Taxobot remonte la répartition d'un taxon à partir des données de l'UICN, la ref est {{Bioref|UICN|ref}} ce qui est incorrect, il faut alors modifier en {{Bioref|UICN|16 avril 2023|ref}}. Alors, pour tous les mous du genoux que nous sommes , pourrais-tu STP changer ça ? D'avance merci. Amicalement - PS : Taxobot semble bien rodé désormais
• Signature : Givet (discuter) 16 avril 2023 à 08:40 (CEST)

Voici ce que retourne par exemple Taxobot en lançant « php taxobot.php -taxon "Hyla arborea" » :

== Distribution ==

Ce taxon se rencontre dans les pays suivants{{Bioref|UICN|ref}} : [[Albanie]], [[Allemagne]], [[Autriche]], [[Belgique]]...

alors qu'il serait préférable d'avoir :

Ce taxon se rencontre dans les pays suivants{{Bioref|UICN|29 avril 2023|ref}} : [[Albanie]], [[Allemagne]], [[Autriche]], [[Belgique]]...

Fait. Je l'ai aussi ajouté pour l'étymologie. Si le cas échéant il manquait aussi la date pour d'autres parties ne pas hésiter à me le dire. A+ Hexasoft (discuter) 29 avril 2023 à 23:07 (CEST)

Demande 123

• Type : bug
• Description : avec l'espèce Cercopithecus petaurista la liste des noms vernaculaires fait référence (entre autres) à CITES avec le texte suivant :
  

...ou normalisés suivants : ..., Hocheur du Ghana{{Bioref|CITES|30 mai 2023|ref}}...
Sauf que le système remonte l'erreur suivante : « paramètre de Bioref « CITES » non reconnu ». Et mettre "CITES species+" comme ce qui est indiqué en liens externes ne change rien à l'affaire. Bref, il faut sans doute "ruser" en créant soi-même une référence spécifique.

• Signature : Givet (discuter) 30 mai 2023 à 18:19 (CEST)

@Givet : après test il semble qu'il faille mettre {{Bioref|CITES espèce|…}}. Je vais regarder dans le code pour faire évoluer ça. A+ Hexasoft (discuter) 30 mai 2023 à 19:27 (CEST)

@Givet : c'est corrigé et à jour. Tu peux voir dans l'historique de Cercopithecus petaurista le résultat issu de Taxobot pour la partie vernaculaire (que j'ai annulé ensuite). A+ Hexasoft (discuter) 31 mai 2023 à 09:43 (CEST)

C'est parfait . Tu sais, tu aurais pu laisser ta version, j'avais préféré mettre en colonne mais ça aurait été bien en ligne aussi. Encore merci Givet (discuter) 31 mai 2023 à 17:08 (CEST)

Demande 124

• Type : bug
• Description : Taxobot n'a pas aimé que je le lance avec comme paramètres « php taxobot.php -taxon "Coeliopsis" -domaine "botanique" » ; à sa décharge j'ai sans doute fait n'importe quoi. Pour autant, après avoir retourné de nombreuses fois les deux lignes suivantes, j'ai eu la réponse désirée. Autant te dire que ce n'est vraiment pas bloquant, c'est juste pour ta gouverne, mais reste que l'on a les... bool - désolé, j'ai honte
  

PHP Warning: Trying to access array offset on value of type bool in /root/taxobot/modules.php on line 351

PHP Warning: Trying to access array offset on value of type bool in /root/taxobot/modules.php on line 354

• Signature : Givet (discuter) 15 juin 2023 à 18:04 (CEST)

@Givet : effectivement ! En fait ici le problème vient du fait que "domaine" attend au domaine au sens "charte taxobox", donc dans ton cas "végétal" il me semble .
Mais le programme devrait vérifier que le domaine est un terme connu et générer une erreur sinon. Je verrai pour ajouter cette vérification. A+ Hexasoft (discuter) 15 juin 2023 à 18:33 (CEST)

Bonjour Hexasoft j'avais donc bien fait n'importe quoi désolé de t'embêter avec ça. Tant qu'à faire il faudrait ajouter un rapport de bugs... d'utilisateurs mais là il y aurait trop à dire. Encore merci pour cet excellent outil Givet (discuter) 16 juin 2023 à 07:55 (CEST)

@Givet : hehe. De mon coté j'ai modifié le code pour vérifier le domaine indiqué et générer une erreur s'il n'existe pas. A+ Hexasoft (discuter) 16 juin 2023 à 09:55 (CEST)

C'est parfait Givet (discuter) 16 juin 2023 à 16:29 (CEST)

Demande 92

• Type : fonctionnalité
• Demande : ajouter {{AlgaeBASE}}, {{AlgaeBASE genre}} et {{AlgaeBASE espèce}}
• Signature : 74laprune (discuter) 22 décembre 2021 à 12:53 (CET)

   74laprune et TED : j'ai commencé AlgaeBase (actuellement uniquement liens externes, et uniquement espèces). Quelques questions / remarques :

  • d'abord dans la doc des modèles il est question d'un « Nouveau code string long ». Or le site donne des liens avec des identifiants numériques (le « Ancien code numérique entier » dans la doc). Par ailleurs ça ne semble pas fonctionner (les liens avec le code string long). Il faudrait valider et nettoyer.
  • il me faudrait un état des lieux de "taxonomicStatus" (et éventuellement de "nomenclaturalStatus"). Par ex. "currently accepted taxonomically" mais je n'ai pas trouvé la liste complète (nécessaire pour savoir quand ignorer, suivre comme synonyme ou accepter).
  • est-il intéressant de fournir un lien pour au dessus du genre ? La fiche est très pauvre (Chlorophyceae) et ne peut servir pour une classification quoi qu'il en soit.
  • en bas de cette page il y a le format des objets que retourne AlgaeBase. Mais bon ça doit pas être à jour car j'ai plein d'infos en plus. Ça serait bien d'avoir une liste des infos qui sont intéressantes (dans la mesure de ce que Taxobot est capable de gérer) afin que je m'y retrouve.

  Hexasoft (discuter) 20 avril 2022 à 16:20 (CEST)

  Note : en pratique des exemples de taxons pour les différentes choses est le mieux (un ex. de synonyme à suivre, de taxon invalide, de taxon avec telle ou telle information, etc.). Hexasoft (discuter) 20 avril 2022 à 17:16 (CEST)

  Note bis : dans un premier temps je me concentre sur les espèces (et en dessous). Donc pour commencer un exemple d'espèce invalide et un de synonyme (et sa cible) serait utile (afin de savoir quand refuser / suivre un taxon ; et aussi ajouter le paramètre "nv" à la suite du modèle AlgaeBase). Éventuellement un (ou plusieurs) exemple d'espèce valide avec des données exploitable. J'ai vu par ex. qu'il y a des "noms courants" mais je n'ai pas trouvé pour le moment d'espèce avec ce champ non vide (et il en faudrait en français, sauf si ils n'en n'ont jamais). Et dans les données il y a aussi "dwc:isFossil", "dwc:isFreshwater", "dwc:isMarine", "dwc:isTerrestrial", "isBrackish" → est-ce que ça vaut le coup d'extraire ça et tenter de formuler des choses avec ça ? (note : Taxobot ne permet pas encore ce type de choses, mais autant que le module fasse l'extraction de ces infos si ça peut avoir un intérêt pour l'aide à la rédaction, histoire d'avoir "juste" à ajouter le traitement au niveau du rendu plus tard − et d'avoir l'API interne pour d'autres modules le cas échéant). Et tout ce que j'ai pu oublier qui serait à récupérer.

  Remarque d'informaticien : encore une base de données qui « protège » ses données avec une clé qu'il faut demander pour y accéder librement… et qu'on peut trouer en 5 minutes d'analyse… Quand est-ce que les biologistes comprendront qu'on ne s'improvise pas informaticien Hexasoft (discuter) 20 avril 2022 à 18:32 (CEST)

  Bonjour Hexasoft , pour être honnête je ne connais pas bien ce site. @Gerardgiraud crée en ce moment une série d'articles sur les familles d'algues. Gerardgiraud, saurais-tu répondre aux questions d'Hexasoft ? Bonne journée,--74laprune (discuter) 21 avril 2022 à 09:55 (CEST)

Hello @74laprune et @Hexasoft. Content de cet intérêt pour AlgaeBase. Pour répondre directement à la question il serait bien de pouvoir déduire à minima une taxobox à partir des informations accédées dans la base : pour répondre sur les Chlorophyceae, Hexasoft a dû accéder à l'URL détail :

• https://www.algaebase.org/browse/taxonomy/detail/?taxonid=4355

or il faudrait pourvoir accéder à la classification elle-même, cad à l'URL "taxonomy":

• https://www.algaebase.org/browse/taxonomy/#4355

Pour en "déduire", en fonction du niveau de classification (embranchement, classe, ordre, famille). le squelette de taxobox. Pour l'instant je fais ça par coupé/collé d'une page existante, puis j'adapte. La taxobox souhaitée (pour la classe) est la suivante: {{Taxobox début | algue | ''Chlorophyceae'' | | | classification=AlgaeBASE }}
{{Taxobox | règne | Plantae }}
{{Taxobox | embranchement | Chlorophyta }}
{{Taxobox taxon | algue | classe | Chlorophyceae | {{auteur|auteurIncomplet}}, {{date à préciser}} }}{{Bioref|AlgaeBASE|21 avril 2022|ref}}
{{Taxobox fin}}

Qui donne un fois "dénowikifié" :

Chlorophyceae

Classification AlgaeBase

Empire	Eukaryota
Règne	Plantae
Embranchement	Chlorophyta

Classe

Chlorophyceae
?auteurIncomplet, date à préciser

Avec WikipediaBioReferencesGUI nous avions un squellete bien plus riche. Par exemple, pour la famille des Zosteraceae, qui n'est pas une algue, ce squelette de page comprend :

1. La taxobox, jusqu'au niveau de la famille
2. La liste des genres et des espèces : bon je ne mets que les genres (sans le mot-clé "genre"). Les genres suffisent amplement de mon point de vue.
3. La section "Notes et références"
4. La section "Liens externes" avec des liens sur les diverses bases pertinente. Pour les algues nous aurions Selon {{Bioref|AlgaeBASE|21 avril 2022}}

Zosteraceae

>

Classification Tropicos

Règne	Plantae
Classe	Equisetopsida
Sous-classe	Magnoliidae
Super-ordre	Lilianae
Ordre	Alismatales

Famille

Zosteraceae
?Dumort., date à préciser

@@Gerardgiraud : merci pour ta réponse. Pour le moment je me concentre sur le rang "espèce" (je regarderai plus tard les autres rangs). Tu peux voir le modèle d'article tel que généré par le programme sur cet exemple : Trachelomonas aculeata.

Les questions qui restent pour moi sont : quelles infos sont disponibles pour que je vois comment les extraire et surtout avec des exemples (par ex. Taxobot gère les noms en français mais je n'ai trouvé aucun exemple avec ces données présentes) ; comment traiter les statuts taxo : d'un coté il y a "C=accepted", "S=synonyme", mais que faire des "U=uncertain" ou pire des "P=preliminary" ?

Par ailleurs il y a la question de la charte de la taxobox. Pour le moment je mets "algue" pour tout ce qui vient de algaebase mais je sais que ce n'est pas si simple. Est-ce qu'il y a une "cartographie" qui permettrait de définir une équivalence entre un (ou des rangs) chez algaebase et nos chartes ? Hexasoft (discuter) 22 avril 2022 à 10:41 (CEST)

Précision sur ce dernier point : sur ton exemple Zosteraceae on le trouve bien sur AlgaeBase, mais tu le considères comme une plante. Comment déterminer qu'il faut le traiter comme plante et pas comme algue ? Je veux dire, à partir des données disponibles (on parle d'un programme, il lui faut du factuel ). Hexasoft (discuter) 22 avril 2022 à 10:51 (CEST)

Hop : sur Utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Exemple-algaeBase j'ai ajouté en dessous un exemple de sortie de Taxobot sur un ordre. Remarque : le lien externe AlgaeBase n'est pas bon, je dois adapter ça au rang. Ça progresse. Il me manque la gestion des genres (franchement, la structuration des données chez AlgaeBase c'est n'importe quoi…), mais ça marchouille ou les taxons au dessus du genre et pour les espèces.

On devrait arriver à quelque chose d'utilisable rapidement. Hexasoft (discuter) 22 avril 2022 à 19:56 (CEST)

 TED, Gerardgiraud et 74laprune : pour info et réponses à mes questions Hexasoft (discuter) 22 avril 2022 à 19:56 (CEST)

 Hexasoft et 74laprune : pour Trachelomonas aculeata ça me parait bon. Tu as même su trouver l'auteur et la date. En ce qui concerne la charte il faut se fier au règne (Kingdom)

• Pour Zostera le règne est Plantae et la charte est "végétal" {{Taxobox début|'''végétal''', mais les "algues macroscopiques" (les "grandes" algues quoi) ont la même charte : exemple les Corallinacés (algues rouges).
• Pour les (autres) "algues", terme générique qui n'a aucune signification, biologique tout dépend encore une fois du Règne :
  • Algues bleues, exemple Microcoleaceae, règne Eubacteria = Bacteria charte = {{Taxobox début|'''bactérie'''
  • Pour "algues microscopiques" : les règnes Chromalveolata, Chromista et même Protozoa ont une charte un peu "poubelle" de "{{Taxobox début|'''algue'''|.
    

Ceci dit, en regardant cela de plus près, je ne remarque pas beaucoup de différences visuelles (voire aucune) entre les chartes "végétal" et "algue" (du vert). Les "bactéries" sortent du lot avec du gris.
Je sais, c'est une peu "confus", mais cela est dû à l'évolution de la classification (et la meilleures connaissance) du groupe "poubelle" des "algues", qui n'a plus de signification biologique. Un peu comme le terme "légume" qui, biologiquement, est parfois une racine (carotte, pomme de terre), parfois un fruit (tomate, courgette, haricot). Gerardgiraud (discuter) 23 avril 2022 à 09:11 (CEST)

Bonjour Gerardgiraud et Hexasoft . Super Hexasoft, ça en jette  ! J'ajoute quelques détails rapides à corriger à première vue :

• ni Royaume ni Sous-royaume, mais Règne et Sous-règne ;
• pas besoin d'ajouter Empire : Eucaryota qui est automatique sur toutes les taxobox algue ;
• au-dessus du genre, tous les taxons sont au pluriel : Les Suessiales sont un ordre et non pas Suessiales est un Ordre ;
• la section Description ne décrit ici pas vraiment le taxon... Le milieu de vie (eau douce/salée) aurait plus sa place dans une section Habitat ; je placerais l'étymologie dans la section systématique, où on place déjà les noms français.

Merci et bonne journée,--74laprune (discuter) 23 avril 2022 à 10:26 (CEST)

 Hexasoft et 74laprune : d'accord avec tout ce qui précède. Mais en dehors de la taxobox et de la section "Références biologiques" il y aura toujours, de toute façon, des retouches et ajouts à faire, par exemple dans la section description. Comment Hexasoft as-tu pu accéder à l'étymologie? ça alors ça m'épate, même si elle est en anglais et qu'il faille ensuite la traduire dans la page finale. Peut-on déjà essayer la nouvelle version de Taxobox ou es-tu en phase de développement et de tests? Gerardgiraud (discuter) 23 avril 2022 à 14:27 (CEST)

== Liste des genres == Selon BioLib (21 avril 2022) :

• Phyllospadix Hook.
• Zostera L.

Selon ITIS (21 avril 2022) :

• Phyllospadix Hook.
• Zostera L.

Selon NCBI (21 avril 2022) :

• Heterozostera (Setch.) Hartog, 1970
• Phyllospadix Hook., 1838
• Zostera L.

Selon Tropicos (21 avril 2022) (Attention liste brute contenant possiblement des synonymes) :

• Alga Tourn. ex Lam.
• Heterozostera (Setch.) Hartog
• Phyllospadix Hook.
• Zostera L.

== Notes et références ==

== Liens externes == {{Autres projets
|commons=Category:Zosteraceae
|wikispecies=Zosteraceae
}}

• (en) Référence BioLib : Zosteraceae Dumortier (consulté le 21 avril 2022)
• (en) Référence Flora of North America : Zosteraceae (consulté le 21 avril 2022)
• (en) Référence Flora of China : Zosteraceae (consulté le 21 avril 2022)
• (en) Référence Monocot Families (USDA) : Zosteraceae (consulté le 21 avril 2022)
• (fr + en) Référence ITIS : Zosteraceae (consulté le 21 avril 2022)
• (en) Référence World Checklist of Selected Plant Families (WCSP) : Zosteraceae (consulté le 21 avril 2022)
• (en) Référence NCBI : Zosteraceae Dumort., 1829 (taxons inclus) (consulté le 21 avril 2022)
• (en) Référence Tropicos : Zosteraceae Dumort. (+ liste sous-taxons) (consulté le 21 avril 2022)

------------------------------------------------------------------------------

Bon j'ai peut-être été un peu trop riche dans ma réponse, non? J'ai aussi conscience (en tant qu'ancien informaticien) de la difficulté à réaliser la chose. Et désolé mais, oups, j'avais répondu sur la mauvaise demande. Gerardgiraud (discuter) 21 avril 2022 à 19:12 (CEST)

@Gerardgiraud : j'ai poussé la version actuelle sur github donc oui, tu peux l'utiliser. Mais il faut bien voir que le module AlgaeBase (en classification, donc en lançant avec l'option -classification algaebase) est largement expérimental, donc à considérer comme tel. Entre autre ça ne marche pas sur les genres actuellement, ça ne doit sans doute pas gérer les taxons en dessous de l'espèce, et c'est encore très partiel sur les taxons au dessus du genre. Hexasoft (discuter) 23 avril 2022 à 21:42 (CEST)

@Hexasoft, je regarderais volontiers. Comment fait-on pour installer et/ou lancer? Je ne connais pas github Gerardgiraud (discuter) 24 avril 2022 à 06:59 (CEST)

@Gerardgiraud : tu as une section Code et installation avec des explications pour Ubuntu et Windows. Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 10:21 (CEST)

Formidable... je m'y colle et te fais un retour. Gerardgiraud (discuter) 24 avril 2022 à 11:05 (CEST)

Si tu rencontres des problèmes dis-le moi : ça permet d'améliorer la documentation ! Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 11:33 (CEST)

Découpage, car trop long

@Hexasoft voilà j'ai essayé avec la famille d'algues des Tribonemataceae, la dernière que j'ai créée "à la main". Et ma fois le résultat est globalement bon et m'a fait découvrir un tas de bases biologiques que je vais pouvoir ajouter à la page existante. J'ai découvert qu'il y avait deux Brachynema (dont une algue bleue) le "mien" avait une date erronée que j'ai pu corriger. Bravo l'artiste! Deux remarques :

1. Plutôt que le terme "royaume" mettre "règne" (remarque déjà faite par @74laprune
2. Corriger {{AlgaeBASE espèce | 5070 | ''Tribonemataceae'' G.S.West, 1904 | consulté le=24 avril 2022}} en supprimant le mot-clé "espèce" sinon on aboutit curieusement à Pilinella californica Hollenberg 1971
   Idéalement le code est * {{AlgaeBASE | 5070 | ''Tribonemataceae'' G.S.West, 1904 |famille| consulté le=24 avril 2022}}
   Mais on peut se contenter aussi de * {{AlgaeBASE|5070|''Tribonemataceae''|famille|consulté le=20 avril 2022}}.
   Je vais tester sur une famille encore à créer. Bonne journée. Gerardgiraud (discuter) 24 avril 2022 à 11:59 (CEST)

Cool que tu puisses t'en servir. Oui pour royaume je vais regarder. Normalement le problème #2 est déjà corrigé (depuis 10 minutes, normalement ).

Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 12:22 (CEST)

@74laprune : j'ai remplacé royaume par règne. Pour l'empire à ne pas mettre je peux. Actuellement le module met systématiquement "algue" comme charte donc ça ne pose pas de problème.

Mais il me faudrait une règle (au sens informatique du terme) pour déterminer la charte à choisir à partir de la classification haute (il semble que ça puisse être "végétal", "algue" et même des trucs louches comme "protiste" ou "bactérie", il me semble). Car dans d'autres chartes il faut mettre l'empire le cas échéant : je dois donc connaître "correctement" la charte pour pouvoir enlever (ou pas) ce rang dans la classification affichée.

Remarque : j'ai déplacé l'étymologie quand elle est présente dans une section "Étymologie". À voir. Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 15:31 (CEST)

J'ai aussi pris en compte le cas > genre pour la formulation de l'intro. Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 15:42 (CEST)

J'ai ajouté pour les taxons au dessus du genre la récupération de la publi originale ainsi que la description (si présent, bien sûr). On peut voir le changement ici (avec également le passage de royaume à règne et la modification de l'intro). Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 16:51 (CEST)

Merci Hexasoft . Pour l'empire, c'est par ce que dans la taxobox des Suessiales, il y a doublon. Pour les chartes de taxobox, je dirais donc :

• si Kingdom=Eubacteria, alors charte=bactérie (il faudra alors cacher le règne par défaut et ajouter empire : Prokaryota)
• si Phylum=Tracheophyta, alors charte=plante (il faudra alors cacher le règne par défaut et ajouter empire : Eucaryota)
• si Kingdom=Protozoa, alors charte=protiste (il faudra alors cacher le règne par défaut et ajouter empire : Eucaryota)
• tout le reste : charte=algue, et donc pas besoin d'ajouter l'empire qui y est par défaut.

Amicalement,--74laprune (discuter) 24 avril 2022 à 17:44 (CEST)

@74laprune : déjà j'ai mis en place la sélection de la charte selon les consignes indiquées ci-dessus. Tu aurais un exemple de chacun de ces cas de figure pour que je vérifie ?

Par « cacher le règne par défaut et ajouter empire » tu veux dire utiliser l'option "règne=cacher" de taxobox début je présume ? Pour « pas besoin d'ajouter l'empire » ça signifie le supprimer de la liste de classification, donc ? Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 18:36 (CEST)

Question annexe : pour toutes les taxobox 'algue' il faut virer l'empire, je présume ? Ça modifie l'endroit où je fais le traitement : soit au niveau du module de classification (en ne mettant pas l'empire) soit au niveau du module de rendu (en n'affichant pas l'empire si 'algue'). Autant faire le plus générique possible lorsque c'est possible. Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 19:29 (CEST)

Super @Hexasoft ! Exemples pris au pif :

• Chroococcales devrait avoir la charte bactérie ;
• Choanozoa devrait avoir la charte protiste ;
• Posidoniaceae devrait avoir la charte végétal ;
• Prasinophyceae devrait avoir la charte algue.

Pour les trois questions : oui, oui et oui, exactement.--74laprune (discuter) 24 avril 2022 à 19:36 (CEST)

@74laprune : je viens de tester → on a bien les bonnes chartes pour ces 4 taxons, et l'empire est bien absent des éléments retournés dans le cas 'algue'. C'est donc en production, avec les autres modifications (normalement le "liens externes", le pluriel dans l'intro au dessus du genre, le nom correct/valide).

Me restera à bosser sur le rang 'genre' (pas géré actuellement). Je retourne voir où en est ma pizza Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 20:45 (CEST)

 Gerardgiraud : note → j'ai aussi ajouté la section "Description" de AlgaeBase pour les taxons supérieurs au genre (qui se retrouve dans la section "Description" fort logiquement). Alors comme pour l'étymologie c'est en anglais (je la mets en italique). Pensez-vous que lorsque j'introduis des données en anglais il faut que j'ajoute un commentaire à l'utilisateur du genre « Attention : données brutes en anglais, ne pas insérer tel quel dans les articles mais à retravailler/traduire » ? Ou bien les utilisateurs sont-ils suffisamment aguerris pour comprendre  ? Je vais avoir le même problème avec la répartition selon AlgaeBase qui est, pour le moins, totalement débile (des noms de lieux qui ne sont pas traduisibles automatiquement, avec des indications entre parenthèses, des commentaires, etc.). Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 22:04 (CEST)

Bonne initiative d'avoir coupé car ça devenait difficile de savoir où continuer.
Pour les avertissements, des gens maniaques comme moi-même n'en n'ont pas besoin. Mais ce n'est pas inutile sinon de mettre un court message de mise en garde voire une icone qui se voit bien ou un truc flashy ... qu'on ne peut louper, du genre :

« Données brutes à traduire »

ou plus simple Données brutes à traduire. Pour les codes couleur voir ici >> Aide:Couleurs
Idem pour la répartition qu'en général on met dans le texte d'entête. Mais les contributeurs qui vont utiliser Taxobot sont par définition "aguerris", pour la simple raison que Taxobot n'est pas un outil qu'on peut utiliser par hasard d'un simple clic. Gerardgiraud (discuter) 25 avril 2022 à 09:57 (CEST)

Petits ajouts  Hexasoft :

1. Bien noté corrections, notamment de Modèle:AlgaeBASE mais manque argument 3 lequel est variable selon "Rangdutaxon" : embranchement, classe, famille, genre, espèce sinon on a ce truc moche
   (en) Référence AlgaeBase : {{{3}}} Achnanthaceae Kützing, 1844 [archive] (consulté le 25 avril 2022) ; non bloquant cependant car on accède bien à la bonne page d'AlgaeBASE.
2. Ne devrais-tu pas faire évoluer le numéro de version, qui dans le log est toujours v1.0.19 dans les deux installations successives que j'ai utilisées ? Oh, c'est une simple question d'ex-informaticien. Gerardgiraud (discuter) 25 avril 2022 à 10:35 (CEST)

Argument ajouté ! Pour la version il faudrait que je prenne l'habitude de passer en "-dev" durant la mise en place des nouvelles fonctionnalités, oui. Hexasoft (discuter) 25 avril 2022 à 11:19 (CEST)

J'ai testé pour la création des Achnanthidiaceae c'est (presque) parfait. Taxobox OK ; les 22 genres y sont avec auteurs et année (c'était très long de faire cette liste à la mimine). J'ai juste :

1. complété l'entête "Les Achnanthidiaceae forment une famille..."
2. créé une section "étymologie" que je vais compléter ensuite,
3. renommé la section "Liste des taxons de rang inférieur" par "Liste des genres".

Bravo l'artiste Gerardgiraud (discuter) 25 avril 2022 à 18:15 (CEST)

Parfait si ça commence à prendre tournure. Il me faut travailler sur les genres (pas gérés) et compléter la récupération d'autres infos.

Pour la phrase d'intro à la base c'est prévu pour les espèces (« Xxx yyy est une espèce de la famille des Yyyy. »), c'est la raison du "vide" derrière cette phrase ! Il faudrait que je retouche ça. Pour l'étymologie normalement je la récupère mais là visiblement l'info n'est pas présente chez AlgaeBase, dommage. Pour le titre de la section j'avais préféré rester générique. À noter que le programme adapte sa phrase ensuite (par exemple parfois il va écrire « Liste des sous-espèces, formes et variétés selon XXX : ». A+ Hexasoft (discuter) 25 avril 2022 à 19:16 (CEST)

@Hexasoft, petites remarques mineures. J'ai tenté de lancer Taxobot sur un famille d'animaux les Beroidae (pour voir). Pas de problème, seules remarques :

1. pas de références sur les bases ITIS et NCBI (elles existaient sur la page et j'ai complété avec les (nombreuses) lignes de Taxobot. Plein de bases que j'ignorais, merci au passage de me les faire découvrir.
2. dans les Modèles le taxon devrait être à priori en italique (sauf pour WORMS), mais cette "anomalie" est très marginale et non vraiment indispensable (sauf pour les puristes).

Gerardgiraud (discuter) 26 avril 2022 à 19:28 (CEST)

 Gerardgiraud : en zoologie, les taxons au-dessus du genre ne s'écrivent pas en italique, contrairement à la botanique .--74laprune (discuter) 27 avril 2022 à 14:33 (CEST)

Ça j’ignorais ! Bon cette histoire d’italique de toute façon ne me parait pas essentielle dans le paramétrage des modèles des diverses bases. Ce qui compte c'est la 1/ Taxobox, 2/ La liste des taxons de niveau en dessous, 3/ Les liens sur les diverses bases biologiques. C'était le plus gros travail et le plus fastidieux à faire à la main. Sans compter le coupé /collé des id des taxons dans les bases. Gerardgiraud (discuter) 27 avril 2022 à 15:24 (CEST)

Questions diverses

Sur les Fragilariales

Hello @Hexasoft. Très satisfait de Taxobot, les créations sont très rapides et fiables maintenant. Une petite question au sujet d'une nouvelle manip. de ma part. Lors de la création de l'ordre des Fragilariales, je "tombe", dans la section "Description", sur ce texte énigmatique Emend. Round (Siver, 2019) (avec en référence AlgaeBASE), dont je ne sais que faire. Peux-tu me dire où Taxobot a récupéré ce texte pour que je puis éventuellement l'enrichir en écrivant une phrase compréhensible? Gerardgiraud (discuter) 2 mai 2022 à 08:48 (CEST)

Hello Gerardgiraud : je vais regarder. Je récupère normalement le champ "description" de la fiche associée. Il est possible 1. que AlgaeBase contienne n'importe quoi dans ce champ (j'ai déjà vu des champs avec des contenus "bidons") 2. que j'ai raté une subtilité dans les données retournées et que je récupère un champ ayant une autre destination 3. autre cas de figure que je n'aurai pas rencontré en analysant leurs données.

Je jetterai un œil sur ce taxon pour voir ce qu'il en est et tenté (si possible) de corriger les choses. Hexasoft (discuter) 2 mai 2022 à 21:36 (CEST)

@Hexasoft : on peut aussi demander directement à Michael Guiry, le responsable d'AlgaeBase. Je suis régulièrement en lien avec lui pour lui soumettre les anomalies que je remarque ici ou là ; généralement il répond et corrige très vite. Le tout est de lui poser une question précise. Gerardgiraud (discuter) 3 mai 2022 à 09:20 (CEST)

@Gerardgiraud : si tu regardes la page dédiée à ce taxon ici tu vois qu'il y a bien une section « Description », qui contient effectivement « Emend. Round (Siver, 2019). ». Comme Taxobot ne sait pas lire il ne se rend pas compte que ce n'est pas vraiment une description. Par comparaison sur la classe Chlorophyceae la section description est vraiment descriptive. Donc ici il ne semble pas y avoir de problème coté Taxobot, juste un champ curieusement rempli coté AlgaeBase. Hexasoft (discuter) 3 mai 2022 à 10:08 (CEST)

@Hexasoft Tu as raison. il s'agit d'une référence qui renvoie à un article descriptif. Suis-je bête pas la peine de remuer ciel et terre pour si peu. Désolé du dérangement. Gerardgiraud (discuter) 3 mai 2022 à 11:42 (CEST)

Sur les Rapazida

@Hexasoft. J'ai essayé Taxobot sur un ordre tout à fait étranger aux « algues » (même si ce terme est ambigu), mais que référence AlgaeBase voir ici. Cette fois le résultat diverge entre Taxobot et AlgaeBase. J'ai tout de même créé la page sans la modifier : Rapazida. Oh ce n'est pas de ta faute : car « l'anomalie » (qui n'en est pas vraiment une en fait) vient du simple fait que, puisque ce n'est pas une algue, Taxobot interroge GBIF et non AlgaeBase. Pour l'instant j'avoue humblement ne pas avoir d'avis sur le choix entre GBIF et AlgaeBase pour ce qui est des protistes. A moins que ce cas ait déjà été tranché, il me manque quelques référents plus calés que moi en protistes, @TED et @Salix par exemple, mais ils ont l'air "en sommeil". Gerardgiraud (discuter) 5 mai 2022 à 16:07 (CEST)

@Gerardgiraud : alors ici en pratique Taxobot tombe sur une situation que j'avais envisagé mais pas rencontré → la recherche me retourne plusieurs taxons, et Taxobot ne choisi pas et laisse tomber.

Je vais regarder à quoi ressemblent les données retournées pour voir comment je peux gérer ce cas de figure. Hexasoft (discuter) 5 mai 2022 à 16:22 (CEST)

@Gerardgiraud : ok, j'ai trouvé le problème. C'est corrigé dans la version GitHub.

Il est possible que d'autres types de cas apparaissent, mais en tout cas celui-là est géré (dans mon test ça me donne bien une page sur l'ordre des Rapazida générée via AlgaeBase. Hexasoft (discuter) 5 mai 2022 à 16:33 (CEST)

+ correction d'une typo : le lien vers "ordre" conservait la majuscule même quand il ne la faut pas (dans l'intro « XXX est un [[Ordre (biologie)|Ordre]]). Hexasoft (discuter) 5 mai 2022 à 16:52 (CEST)

OK @Hexasoft ça fonctionne bien mieux ainsi, enfin plus proche des data d'AlgaeBase. Merci. Gerardgiraud (discuter) 5 mai 2022 à 18:07 (CEST)

@Gerardgiraud : comment ça « enfin plus proche des data d'AlgaeBase » ? Je ne vois pas d'info qui n'ai été reportée dans le résultat ! Mais si j'ai raté un truc n'hésite-pas à me le dire. Le seul « problème » c'est le « Infra-règne → Infrakingdom Euglenozoa » mais là c'est comme ça qu'ils le donnent. Au départ j'avais fait en sorte de virer les indications de rang (donc supprimer le « Infrakingdom » dans le résultat) mais on abouti à deux rangs successifs (ici infra-règne et embranchement) qui portent le même nom ce qui est problématique. J'ai donc choisi de laisser le terme utilisé par AlgaeBase afin que le rédacteur humain puisse faire son tri et corriger comme il pense que ça doit l'être (un programme étant rarement le plus adapté pour ce type de décision, sauf à fournir des règles précises que je peux intégré, au besoin). Hexasoft (discuter) 5 mai 2022 à 19:31 (CEST)

@Gerardgiraud : je ne suis pas en sommeil, mais je manque de temps en ce moment, et je suis tout de même tout ton admirable travail sur les algues et les étymologies des noms des familles ! Pour ce qui est de Taxobot, tant que je ne peux pas l’utiliser, je ne peux pas faire de retour sur son utilisation. TED 6 mai 2022 à 02:25 (CEST)

@TED merci pour les encouragements Je peux te dire que Taxobot qui maintenant fonctionne bien avec AlgaeBase, me laisse plus de temps pour me consacrer aux étymologies, descriptions (parfois) et surtout à trouver des illustrations hors copyright (elles sont beaucoup plus nombreuses pour les diatomées que pour les Ochrophytes que j'ai terminés récemment) ; les deux derniers éléments étant les vrais valeurs ajoutées aux pages. Pour Taxobot, ton retour (dans tous les sens du terme) serait le bienvenu. Gerardgiraud (discuter) 6 mai 2022 à 08:45 (CEST)

@TED : Utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Installation_Mac_OS. À tester. Pour ma part je n'ai pas testé, n'ayant pas de Mac, c'est une doc faite à partir de ce que m'en a dit une connaissance et de quelques trucs trouvés sur le WEB. Hexasoft (discuter) 6 mai 2022 à 12:48 (CEST)

@Gerardgiraud : je t’en prie ! Merci à toi surtout pour tout le beau travail que tu fais.

@Hexasoft : merci ! je vais tester… quand j’aurai dormi. TED 8 mai 2022 à 02:35 (CEST)

Sur les Euglenophyceae

@Hexasoft : maintenant j'ai un problème avec la classe des Euglenophyceae (dont font partie les Rapazida) qui anciennement étaient vus comme des algues mais maintenant comme des protistes. Taxobot suit GBIF et affiche, en fin d'exécution, cette série de warning :

PHP Warning: Attempt to read property "result" on string in C:\taxobot-main\modules\mod_algaebase.php on line 391

PHP Warning: foreach() argument must be of type array|object, null given in C:\taxobot-main\modules\mod_algaebase.php on line 391

PHP Warning: Attempt to read property "result" on string in C:\taxobot-main\modules\mod_algaebase.php on line 407

PHP Warning: foreach() argument must be of type array|object, null given in C:\taxobot-main\modules\mod_algaebase.php on line 407

Gerardgiraud (discuter) 5 mai 2022 à 19:10 (CEST)

@Gerardgiraud : ok merci, je vais regarder. Tu peux me dire quelle ligne de commande tu utilises ? (avec les options que tu mets, donc).. Ça sent le résultat vide ou incomplet, ce qui peut vouloir dire soit que je foire une de mes requêtes, ou que je prends mal en compte le résultat. Hexasoft (discuter) 5 mai 2022 à 19:34 (CEST)

Hmmm… Est-ce que tu utilises l'option -classification algaebase quand tu lances le programme ? Parce que quand je fais ça pour moi ça fonctionne sans erreur.

Il faut savoir que Taxobot suit sa classification par défaut (GBIF) si tu n'indiques pas de classification à suivre. L'autre option est d'utiliser -domaine CHARTE-DOMAINE (ici CHARTE-DOMAINE est l'une des chartes de nos taxobox (animal, végétal, champignon, algue…) auquel cas Taxobot « réduit » la liste des classifications pour utiliser celles qui collent le plus précisément au domaine (par ex. si le domaine est "animal" il garde GBIF, ITIS et WRMS et écarte MycoBank et AlgaeBase, puis il sélectionne celle avec la plus haute priorité, dans ce cas précis GBIF).

Mais quand tu sélectionnes une classification Taxobot la suit quoi qu'il arrive : si le taxon n'est pas trouvé dans la classification sélectionné il ne te retourne rien (« Taxon non trouvé »).

Sur ton exemple j'ai fait : php ./taxobot.php -classification algaebase -taxon Euglenophyceae

Mais sans indication de classification (donc avec GBIF par défaut) j'ai effectivement les erreurs que tu indiques, je vais pouvoir regarder d'où ça vient. Hexasoft (discuter) 5 mai 2022 à 20:06 (CEST)

A bé non alors que je n'utilisais pas l'option -classification, pour la simple raison que j'ignorais totalement l'existence de ladite option . Mais, cette option ajoutée à ma ligne de commande et ça passe comme une lettre à la poste. Oups, il y en a encore beaucoup des options magiques comme ça? Car jusqu'à maintenant je m'en été passé. Gerardgiraud (discuter) 5 mai 2022 à 20:33 (CEST)

@Gerardgiraud : tu peux lancer la commande avec l'option -help et tu auras toutes les options disponibles ! Mais en gros -taxon NOM est celle de base, et -classification NOM est celle qui te permet de choisir quelle classification utiliser. -liste te permet de voir les les modules existants, la première valeur (oui/non) te permettant de voir lesquelles peuvent être utilisées comme classification (actuellement gbif, itis, mycobank, wrms et algaebase). Les autres options sont « optionnelles » et utiles pour des cas particuliers en général.

En gros la base c'est que tu dois toujours mettre -taxon et que si tu veux une classification précise tu l'indiques avec -classification.

A+ Hexasoft (discuter) 5 mai 2022 à 21:54 (CEST)

Merci @Hexasoft je vais regarder tout ça pour augmenter ma compétence en Taxobotologie ⁺ Gerardgiraud (discuter) 6 mai 2022 à 08:48 (CEST)

@Gerardgiraud : j'ai trouvé la raison des erreurs « Attempt to read property "result" on string » → je ne vérifiais pas l'absence de résultat. C'est corrigé.

Dans le cas présent ça ne fait ça que lorsque la classification utilisée est GBIF. En effet pour GBIF Euglenophyceae est un synonyme de Euglenoidea : c'est donc ce taxon qui est traité quand c'est GBIF qui est aux commandes. Et ce taxon n'est pas trouvé chez AlgaeBase (ce qui déclenchait l'erreur car je ne vérifiais pas l'absence de résultat). Simple, non Hexasoft (discuter) 6 mai 2022 à 10:52 (CEST)

Demande 126

• Type : amélioration
• Description : désolé de te harceler mais en utilisant désormais « -off » je me demandais si, à l'inverse, il serait possible d'avoir un « -on » qui ciblerait telle ou telle source.
• Signature : Givet (discuter) 2 juillet 2023 à 09:23 (CEST)

@Givet : Hmmm… Tu veux dire de n'avoir qu'un seul (ou quelque uns) module qui tourne ? Il faut garder en tête qu'il faut toujours au moins un module qui puisse gérer la classification (celui par défaut ou celui passé via -classification). Et que selon le domaine taxobot repasse de toute façon par dessus pour éliminer les modules qui ne gèrent pas le domaine associé au taxon (par ex. si GBIF trouve que le taxon est un animal et désactivera automatiquement mycobank par exemple, même s'il est dans la liste des modules actifs).

Ça doit pouvoir se faire, mais pas certain que ce soit très utile : à part ITIS qui fout régulièrement le souk à ne pas répondre la plupart des autres modules mettent quelques secondes à répondre. Hexasoft (discuter) 2 juillet 2023 à 15:19 (CEST)

Oui, tu as raison (et bien sûr parce que c'est toi le concepteur !). Tu peux donc oublier. Affaire classée. Merci pour ta réponse. Givet (discuter) 2 juillet 2023 à 16:40 (CEST)

Demande 127

• Type : mise à jour
• Description : mettre à jour la syntaxe du lien {{MDD}} (ajouter au début le nom scientifique séparé en deux par un | )
• Signature : 74laprune (discuter) 17 juillet 2023 à 15:40 (CEST)

@74laprune : fait. Maintenant ça génère (exemple sur Ornithorhynchus anatinus) {{MDD | Ornithorhynchus | anatinus | 1000001 | ''Ornithorhynchus anatinus'' | consulté le=17 juillet 2023 }} au lieu de {{MDD | 1000001 | ''Ornithorhynchus anatinus'' | consulté le=17 juillet 2023 }}. A+ Hexasoft (discuter) 17 juillet 2023 à 16:39 (CEST)

Demande 129

• Type : bug
• Description : besoin de mettre en italique le nom scientifique dans le lien {{TPDB}} (sauf bien-sûr pour les taxons de rang supérieur au genre en zoologie)
• Signature : 74laprune (discuter) 17 juillet 2023 à 16:00 (CEST)

@74laprune : fait. J'ai testé sur Uroplatus (italiques mis) et sur Coelacanthiformes (pas d'italiques). Hexasoft (discuter) 17 juillet 2023 à 18:10 (CEST)

Demande 133

• Type : bug
• Description : classification WRMS : pas « sous-royaume » mais « sous-règne »
• Signature : 74laprune (discuter) 24 juillet 2023 à 12:53 (CEST)

@74laprune : simple, celui-là. Ça devrait être bon, tu peux tester et confirmer ? Hexasoft (discuter) 24 juillet 2023 à 13:51 (CEST)

Merci Hexasoft alors j'ai testé pour Erigeron et ça me renvoie « Taxon non récupéré pour la classification. ». Pourtant j'ai essayé avant de faire git pull et ça marchait bien ?--74laprune (discuter) 24 juillet 2023 à 17:06 (CEST)

Hmmm 74laprune : effectivement. J'ai corrigé ça.

Question subsidiaire : pour WRMS c'est donc toujours règne/sous-règne/etc. ? Ce qu'il retourne c'est « Kingdom » (et dérivés).

Donc normalement c'est bon. Sur Erigeron (qui est très long à répondre à cause du très grand nombre de sous-taxons) il me retourne {{Taxobox début | végétal | ''Erigeron'' | <!-- insérez une image --> | <!-- légende si image --> | classification=WoRMS }} + {{Taxobox | sous-règne | Viridiplantae }} + {{Taxobox | infra-règne | Streptophyta }} (et le reste aussi, bien sûr ).

Je note traité. A+ Hexasoft (discuter) 24 juillet 2023 à 18:51 (CEST)

Merci Hexasoft  ! Oui, pour WRMS, et comme partout, le rang kingdom en anglais correspond au règne en français. Il n'y a pas de « royaume » en taxinomie, à part peut-être en virologie, mais là, c'est @TED (bonjour !) qui a choisi (je n'ai pas réussi à obtenir de meilleures explications pour l'instant) de traduire l'anglais realm (la taxinomie actuelle des virus est très récente, et la langue officielle qui a été choisie pour le noms scientifiques n'est pas le latin mais l'anglais ) par « royaume », d'autres sources (rares en français) optant pour « domaine » et même « règne ». Mais rassurons-nous, « règne » (du latin regnum) est parfaitement consensuel pour tout ce qui n'est pas du virus --74laprune (discuter) 24 juillet 2023 à 19:45 (CEST)

Demande 125

• Type : amélioration
• Description : Il arrive que Taxobot mette beaucoup de temps à répondre, peut-être tout simplement parce que l'information n'est pas disponible sur tel ou tel site de référence. Serait-il possible que la main soit rendue au bout d'un temps à définir afin qu'une nouvelle recherche puisse avoir lieu. Question subsidiaire : lorsque l'on lance une requête, est-ce que celle-ci "disparait" lorsque l'on coupe brutalement (il y a des fous ) PowerShell (pour ceux qui travaillent sur Windows et dont je fais partie - honte à moi, oui, je sais). À titre d'illustration, la requête que je viens de lancer est : « php taxobot.php -taxon "Boninthemis insularis" ». D'avance merci pour tes commentaires .
• Signature : Givet (discuter) 29 juin 2023 à 18:16 (CEST)

Hello Givet. Alors d'abord quand tu kill la commande il n'y a rien qui traîne derrière, pas de danger de ce coté.

Sinon en premier « truc » tu peux relancer la commande avec l'option -debug : ça affiche ce qui est en train d'être fait, ainsi que le temps écoulé par les différents modules, au fur et à mesure.

Par exemple sur la commande que tu indiques je vois (via le mode debug) que GBIF a mis 1.07s à répondre, et là ça fait déjà plus d'une minute qu'il est coincé sur ITIS. Une première solution est donc de relancer la commande en excluant ITIS avec l'option : -off itis

Je viens de relancer avec ça, et j'ai obtenu le résultat final en ~62s. Je présume que le site de ITIS a − encore − des problèmes.

Je peux réfléchir à la possibilité de définir un timeout sur les appels (en pratique il doit bien y en avoir sur les connexions aux sites, mais je ne sais pas quelle durée). Si timeout ça pourrait afficher un message du type : « Erreur : le module XXXX a mis trop de temps pour répondre. Arrêt. ».

Je verrai pour y réfléchir, mais là ça va être chaud (je rentre de Grèce, demain je suis en concert − en tant que musicien et chanteur − et je dois gérer ensuite le logement de ma plus petite qui part faire un master à l'autre bout de la France ).

A+ Hexasoft (discuter) 29 juin 2023 à 19:36 (CEST)

Déjà merci beaucoup de cette réponse , je m'endormirai moins bête ce soir. Prends ton temps, je sais désormais voir ce qui coince. Allez, éclate toi à ton concert, classe des photos de Grèce et surtout pense à tes enfants. Bref, un sacré programme . Amicalement Givet (discuter) 30 juin 2023 à 09:16 (CEST)

Trop génial le mode debug . Et pour info j'ai eu une réponse très rapide aujourd'hui. Givet (discuter) 30 juin 2023 à 09:20 (CEST)

Remarque à la c..., si c'est possible peux-tu ajouter un paramètre permettant de régler le temps d'attente. Si rien n'est indiqué alors un temps prédéfini, sinon le temps que demande l'utilisateur par exemple « -timeout 25 » (soit 25 secondes). Eh oui, on a sans doute pas tous la même patience . Mais si pas possible, oublie. Givet (discuter) 1 juillet 2023 à 18:16 (CEST)

@Givet : j'ai trouvé un truc qui pourrait faire ça, faudra que je teste. Hexasoft (discuter) 2 juillet 2023 à 15:14 (CEST)

Mais en y repensant et avec ta réponse à la demande 126, je me dis que si ce n'est au final que pour Itis qui nous met des bâtons dans les roues, c'est peut-être s'embêter pour rien. À toi de voir. Givet (discuter) 2 juillet 2023 à 16:43 (CEST)

@Givet : j'ai ajouté une option -timeout, qui prend un entier (le nombre de secondes du timeout). Par défaut il vaut 0 ce qui correspond à pas de timeout.

Le timeout ne s'applique pas sur le module de classification (sinon ça revient à tout arrêter) mais sur tous les autres ensuite. Un module qui est arrêté par timeout est toujours considéré comme n'ayant rien retourné (mais il peut y avoir quelques infos du module qui sont retournées).

Dans le log de sortie les modules qui ont été arrêtés sont indiqués.

À noter qu'il semble que le timeout soit « peu précis » (certaines sous-commandes ne vérifient semble-t-il les signaux que de temps en temps).

À tester, c'est poussé dans le git. A+ Hexasoft (discuter) 2 juillet 2023 à 16:48 (CEST)

Pour ta remarque : pas grave, c'est fait. Par défaut ça n'est pas actif donc ça ne change rien, et ceux qui veulent l'utiliser peuvent . Hexasoft (discuter) 2 juillet 2023 à 16:48 (CEST)

Parfait ! Je vais tester et revenir vers toi. Bonne continuation et encore merci Givet (discuter) 2 juillet 2023 à 17:07 (CEST)

Après un mois d'utilisation, l'option « -timeout 10 » donne d'excellents résultats. Je l'utilise systématiquement et n'ai plus besoin de "retirer" ITIS par exemple. Encore merci Givet (discuter) 31 juillet 2023 à 09:06 (CEST)

Demande 128

• Type : bug
• Description : pas besoin de mettre en italique le nom scientifique dans le lien {{MSW}}, le modèle le fait déjà
• Signature : 74laprune (discuter) 17 juillet 2023 à 15:40 (CEST)

@74laprune : hmmm… effectivement le modèle met les italiques. Sauf que il ne devrait pas ! Ça pointe sur des animaux, y compris au dessus du genre, donc a priori sans italiques. Et c'est bien la convention qu'utilise MSW chez eux : Chinchilla est bien en italiques sur leur site, mais Chinchillidae est droit.
À mon sens il faudrait donc plutôt virer la mise en italiques du modèle et laisser les gens (et taxobot ) gérer la mise en italiques (en l'absence d'indication de rang impossible de décider automatiquement). Hexasoft (discuter) 17 juillet 2023 à 16:06 (CEST)

 Hexasoft : je suis bien d'accord, mais si on modifie le modèle en ce sens, il y aura plus de 3000 articles à retoucher...--74laprune (discuter) 17 juillet 2023 à 16:15 (CEST)

@74laprune : d'un autre coté combien d'entre eux ont actuellement des italiques alors qu'il n'en faudrait pas ? Exemple : Carnivora

Je peux prévoir un bot dédié au modèle MSW qui regarde le rang dans la taxobox et corrige le paramètre au besoin. Hexasoft (discuter) 17 juillet 2023 à 16:30 (CEST)

 Hexasoft : (merci beaucoup pour la màj de MDD) ça je ne sais pas . Très probablement toutes les pages utilisant {{MSW}} portant sur un taxon de rang supérieur au genre. Si tu es motivé pour construire ce bot, je ne peux que t'encourager !--74laprune (discuter) 17 juillet 2023 à 17:57 (CEST)

@74laprune : j'ai un bot qui devrait normalement ajouter les italiques dans le modèle MSW si nécessaire (en partant du principe que personne ne mettait d'italiques jusqu'à présent). Il ne touche pas aux articles où il n'y a pas besoin des italiques.

Je ferai quelques tests dans la semaine, ensuite je vais virer les italiques dans le modèle et lancer le bot sur tout les articles concernés. Je te tiens au courant. A+ Hexasoft (discuter) 18 juillet 2023 à 11:25 (CEST)

 Hexasoft : super merci !--74laprune (discuter) 18 juillet 2023 à 14:06 (CEST)

@74laprune : Bon, petit bilan préparatoire. J'ai environ 3200 articles ayant un modèle {{MSW}}. J'ai fait tourner "à vide" mon bot dessus pour voir (ça me permet d'identifier les cas, les problèmes…). Afin de savoir s'il faut des italiques le bot n'a que deux possibilités : 1. regarder la taxobox 2. trouver le nom scientifique dans le modèle et regarder sur MSW.

Problème du 1 : il peut y avoir des modèles MSW qui concernent d'autres taxons que celui abordé en taxobox (synonymes, section qui parle d'un prédateur, etc.), et en plus il peut y avoir plusieurs taxons (taxobox gigogne). Et il y a aussi des articles sans taxobox qui utilisent le modèle (Faune du XXXX par ex.).

Problème du 2 : il y a plein de modèles mal écrits donc difficile d'extraire un nom scientifique de façon fiable (nom tout en majuscule, présence du nom de l'auteur dans le champ nom scientifique, présence de bidules du genre {{langue}} ou d'autres éléments qui n'ont rien à y foutre, etc.).

Coté bilan : j'ai donc ~3200 articles concernés (note : certains articles peuvent avoir plusieurs modèles MSW). Sur ces articles mon bot peut traiter ~2000 articles (note : comme certains articles ont plusieurs modèles MSW ça ne correspond pas à ~2000 articles complètement corrigés). Environ 400 ont plusieurs {{taxobox taxon}} donc sont laissés de coté. 14 n'ont pas de taxobox. Environ 800 ont des paramètres de MSW mal formés (= soit vraiment mal formé soit correspond à un autre taxon que celui décrit dans la taxobox).

Ce que je propose en l'état : sachant qu'un bon nombre de modèles sont de toute façon mal mis en forme (soit qu'ils ont automatiquement les italiques alors qu'il ne faudrait pas, soit que le rédacteur a mis une mise en forme qui fait conflit avec celle ajoutée par le modèle), je fais tourner le bot et je vire la mise en italiques automatique.

Au bilan on aura ~2/3 des articles concernés corrects de façon sure, et sans doute une partie des autres aussi (tous ceux parlant d'un taxon supérieur au genre).

La situation ne sera pas pire qu'avant, certainement même nettement mieux. Le reste sera éventuellement traitable à la main (ou semi-automatiquement : si on fait une liste d'articles pour un traitement spécifique ça peut se faire).

Qu'en pense-tu ? Hexasoft (discuter) 26 juillet 2023 à 10:18 (CEST)

 Hexasoft : super ! je ne vois rien à ajouter et suis d'accord de faire comme tu dis--74laprune (discuter) 26 juillet 2023 à 16:07 (CEST)

Demande 122

• Type : bug
• Description : avec l'espèce Polymixia japonica le paragraphe Distribution donne ceci :
  

Ce taxon se rencontre... [[mw-redirect|République de Chine (Taïwan)]]...

Et les données sur UICN sont les suivantes : ...Northern Mariana Islands; Taiwan, Province of China; United States (Hawaiian Is.)...
Sans doute un :problème de "traduction". Merci pour ton aide

• Signature : Givet (discuter) 4 mai 2023 à 07:44 (CEST)

  Salut @Givet. Théoriquement corrigé, je t'invite à réessayer après avoir mis à jour Taxobot LD (d) 8 octobre 2023 à 11:53 (CEST)

  • Bonjour LD , tu as raison, c'est OK maintenant, Taxobot retourne désormais « [[République de Chine (Taïwan)|Taïwan]] ». Je me suis permis de clore cette demande. Bonne continuation Givet (discuter) 8 octobre 2023 à 17:28 (CEST)

Demande 135

• Type : bug
• Description : on dirait qu'il ne trouve plus les taxons sur NCBI (ex : Conyza)
• Signature : 74laprune (discuter) 31 juillet 2023 à 10:38 (CEST)

  Heu… @74laprune : le module NCBI est configuré pour ne traiter que "animal". Vu que Conyza est classé dans "végétal" il n'est même pas appelé dans cet exemple. Faut-il élargir le champ de traitement de NCBI ? Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 13:38 (CEST)

   Hexasoft : curieux... NCBI recense tous les groupes, y compris bactéries et virus. Oui stp !--74laprune (discuter) 9 octobre 2023 à 15:08 (CEST)

  C'est basculé en "tous". On retrouve bien des infos pour Conyza. A+ Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 15:36 (CEST)

  Remarque en passant : les « domaines » associés à chaque module ne sont là que pour réduire le temps de traitement (inutile de lancer un module d'une source qui ne fait que des animaux sur une plante). Après ça permet techniquement aussi d'éviter de trouver une plante ayant le même nom scientifique qu'un animal (ça arrive pour quelques genres). Hexasoft (discuter) 10 octobre 2023 à 22:21 (CEST)

Demande 138

• Type : bug... mais uniquement pour le fun
• Description : avec la commande « php taxobot.php -taxon "Ophiomyia phaseoli" », chaque occurrence de « phaseoli » se retrouve notée « ''phase''oli » (par exemple {{GBIF | 1553148 | ''Ophiomyia ''phase''oli'' (Tryon, 1895) | consulté le=22 août 2023 }}). Plus marrant qu'autre chose, car en deux clics c'est réglé. J'imaginais que rares seraient les taxons concernés mais BHL en remonte 140 (avec, bien sûr des synonymes, des sous-espèces, etc.). Pour autant je pense que tu peux oublier, c'était plus pour un gag de retour de congés . Encore merci à toi pour cet excellent outil .
• Signature : Givet (discuter) 22 août 2023 à 18:28 (CEST)

  Salut @Givet,

  On a exactement la même exclusion d'italiques que dans Module:Italiques_biologiques#L-91 <=> wikipedia.php L370. La correction est facile mais je préfère attendre de voir si je me suis trompé sur Module:Italiques biologiques#L-91. LD (d) 22 août 2023 à 21:10 (CEST)

  Idem state (je l'inscris pour qu'on y pense). LD (d) 4 septembre 2023 à 03:16 (CEST)

  Hello  LD et Givet : effectivement un cas de figure qui n'avait pas été pris en compte ! Il faudrait ajouter que le caractère suivant ne doit pas être une lettre, mais pour ça il faut la « garder » dans la regex pour la remettre derrière. Je vais regarder ça quand je trouve un moment : c'est effectivement dommage de devoir corriger ce genre de chose ! A+ Hexasoft (discuter) 7 octobre 2023 à 20:14 (CEST)

  Salut @Hexasoft, je pensais à ce genre de corrections. Mais je ne sais pas si ça change quelque chose ailleurs (mais ça fonctionne). LD (d) 8 octobre 2023 à 12:05 (CEST)

  Ça m'a l'air très bien LD. J'avais oublié ce bon vieux \b Hexasoft (discuter) 8 octobre 2023 à 19:50 (CEST)

Demande 141

• Type : fonctionnalité
• Description : gérer les italiques en fonction du rang et de la charte pour la fonction -juste-ext (à l'aide de wikidata ? pour ce genre de données, on devrait pouvoir lui faire confiance, d'autant que le rang est souvent évident grâce à la terminaison du nom)
• Signature : 74laprune (discuter) 24 août 2023 à 18:59 (CEST)

  @74laprune : c'est au module de classification de fournir les informations de charte+rang, normalement (même si plusieurs modules non-classification extraient aussi le rang, mais aucun la charte qui est nécessaire également pour le choix des italiques). Ce que tu proposes ce n'est rien d'autre que de faire un module classification basé sur WD . On peut trouver le rang sur WD, oui, encore qu'il faudrait se plonger dans les sources, parce qu'un même taxon peut avoir des rangs différents selon les classifications (encore que je ne pense pas avoir vu le cas autour de la "bascule" sup.-genre / inf.genre), mais ensuite il faut remonter les "parent taxon" jusqu'en haut (parfois ça bifurque) pour trouver la charte.

  Cette option est bancale depuis sa création (au départ je voulais juste un truc pour avoir que les liens externes quand on met à jour un article, mais au final ça pose plein de contraintes vis-à-vis du fonctionnement interne de Taxobot). A+ Hexasoft (discuter) 8 octobre 2023 à 21:08 (CEST)

  @74laprune : en fait j'avais zappé mais il existe l'option "force-regne" qui permet d'indiquer manuellement la "charte" à utiliser. L'option n'a d'intérêt qu'avec "juste-ext" car sinon le module de classification écrase la valeur. J'ai également ajouté l'option "force-rang", avec la même logique.

  Donc en gros si tu cherches les liens externes pour un Uroplatus il faut faire php ./taxobot.php -taxon Uroplatus -juste-ext -force-regne animal -force-rang genre et ça devrait le faire. Alors oui ça nécessite de connaître le taxon avant, mais c'est à mon sens le plus courant. Tu me diras. A+ Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 11:29 (CEST)

   Hexasoft : super merci ! J'ai testé et ça fonctionne. J'utilise régulièrement cette option indispensable lorsque le taxon est absent des bases de données gérant les classifications mais qu'on souhaite quand même avoir une liste de liens externes.--74laprune (discuter) 9 octobre 2023 à 15:22 (CEST)

Demande 143

• Type : bug
• Description : Hantkeninidae pas trouvé sur le wrms (parce que c'est un taxon fossile ? )
• Signature : 74laprune (discuter) 30 août 2023 à 12:08 (CEST)

  Oui, non, peut-être. J'ai laissé des notes à Hexasoft (sans doute peu claires).

  Précisions : en faisant varier "fossil" ($post), on finit bien par trouver l'ID du taxon. Mais on se retrouve avec l'erreur "WRMS: charte/règne non trouvé" même s'il y a bien 'Chromista' sur la page. Donc il y a un problème de récupération. Je n'ai pas trouvé la cause. LD (d) 8 octobre 2023 à 00:55 (CEST)

  @LD : tu peux me rappeler où sont ces notes ? Après cette absence je pense que j'ai raté des choses Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 22:06 (CEST)

  @Hexasoft : pendant ton absence je n'ai rien fait . [3] <=> L371. LD (d) 9 octobre 2023 à 22:41 (CEST)

  @LD : j'ai trouvé quelque chose. Donc oui il faut changer le "fossil", mais ensuite je récupère la page d'information (pour accéder à toutes les infos) et quelque chose a changé chez eux : il faut un cookie qui précise qu'on ne se limite pas aux espèces marines et qu'on veut aussi les fossiles ! Par défaut ces deux critères sont actifs… Pas pratique (et quand on regarde via le web notre navigateur se rappelle…, je m'en suis rendu compte en ouvrant une navigation privée et en allant sur la page https://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=720943 où j'obtiens un « The taxon you have searched for is fossil. Please turn off the relevant filter (at the top right of this page) to view the taxon. ». Pas super ergonomique).

  Bref je regarde pour ajouter à la main ces cookies dans ceux de la session pour prendre ça en charge. À suivre. Hexasoft (discuter) 11 octobre 2023 à 16:20 (CEST)

  @LD : j'ai pushé une version qui intègre les bons cookies et ça fonctionne pour Hantkeninidae. J'ai aussi dû ajouter du nettoyage dans les NS récupérés car WRMS incruste  † à la fin de chaque nom quand c'est un fossile.

  @74laprune : si tu pouvais tester sur un panel de taxons (fossiles ou pas, rangs variés) histoire de vérifier que ça n'a rien cassé ? A+ Hexasoft (discuter) 11 octobre 2023 à 18:00 (CEST)

  Merci @Hexasoft les cookies sont à la limite du charabia pour moi, j'avais ouvert le script aphia et j'ai vite déchanté en voyant des objets de la variable e={marine:aphia_marine_only,extant:aphia_nonfossil_only}, ne sachant pas comment manipuler ça LD (d) 11 octobre 2023 à 18:06 (CEST)

  @LD : si ça peut t'aider toutes les fonctions CURL sont dans outils.php et gèrent les cookies. Tu as des fonctions dédiées dont get_cookies() qui te permet de voir les cookies actuellement présents et − maintenant − add_cookies($txt) qui te permets d'ajouter manuellement des entrées dans les cookies qui seront utilisés dans les commandes suivantes. Pour trouver quels cookies utiliser j'utilise les outils de Firefox (Web Developper Tools) en mode "Network" pour regarder les dialogues entre mon navigateur et le site. On peut voir à la fois les requêtes, les réponses mais aussi les cookies. C'est là que j'ai vu qu'en touchant les boutons de filtre en haut à droite ça changeait ces valeurs (cf L520 et L521). A+ Hexasoft (discuter) 11 octobre 2023 à 18:26 (CEST)

  @Hexasoft J'ai sensiblement fait pareil : un curl -I pour connaître le nom du cookie, puis j'ai cherché les deux valeurs dans Firefox et j'ai ensuite essayé de comprendre avec le script mais c'en était trop pour moi. J'apprendrais peut-être à manier cURL, qui sait

  
  

  Je me dis qu'on pourrait utiliser wrms_nettoie_dagger pour renseigner le paramètre éteint de Modèle:Taxobox dans rendu.php. Pour le faire simplement, je pensais à ajouter un paramètre bool "daggerfound" qui serait retourné en array. Par exemple, un truc comme :

  function wrms_nettoie_dagger($txt) {
    $daggerfound = false;
    $tmp = str_replace(" †", "", $txt);
    $tmp = str_replace(" ", "", $tmp);
    $tmp = str_replace("†", "", $tmp);
   
    if ($tmp !== $txt) {
      $daggerfound = true;
    }
    
    return array('tmp' => $tmp, 'daggerfound' => $daggerfound);
  }
  (...)
  $result = wrms_nettoie_dagger($ns);
  $blob['nom'] = $result['tmp'];
  $blob['nom']['éteint'] = $result['daggerfound']
  (...)
  $out['nom'] = $tmp['nom'];
  $out['nom']['éteint'] = $tmp['nom']['éteint']
  

  Ensuite dans rendu.php on vérifierait que ['nom']['éteint'] est vrai pour afficher ou non le paramètre éteint.

  Mais je ne suis pas (encore) sûr que ce soit la bonne piste. Tu as des idées ? LD (d) 11 octobre 2023 à 18:56 (CEST)

  @LD : ah oui je n'ai pas pensé à ce paramètre ! C'est une bonne idée. Je regarderai ça pour voir si j'ai une autre approche. Mais oui, c'est important puisqu'on a ce paramètre. Là je termine mes vidéos, je travaille mes compos et je vais me coucher parce que je commence tôt demain ! (ya rien de mieux que d'être sur-occupé pour faire plein de choses ). Hexasoft (discuter) 11 octobre 2023 à 21:44 (CEST)

Merci Hexasoft , ça a l'air de fonctionner ! avant que j'oublie : serait-il possible de signaler par {{éteint}} les taxons fossiles dans les listes de sous-taxons ? et de décocher par défaut via le lien du modèle:WRMS les paramètres « marine only » et « extant only » ? Rien d'urgent, bonne nuit,--74laprune (discuter) 11 octobre 2023 à 22:00 (CEST)

 74laprune et LD : j'ai intégré ta suggestion, LD. J'ai aussi ajouté le report de cette info dans le $struct, elle est répercutée pour : les taxons de la classification ; le taxon décrit ; les taxons de rang inférieur ; le modèle de lien externe.

À tester sur Hantkeninidae, on voit le paramètre « éteint=oui » pour l'un des {{Taxobox}} et le {{Taxobox taxon}}, l'ajout d'une obèle devant les taxons de rang inférieur et l'ajout de « éteint=oui » dans {{WRMS}} (note : WRMS ne gère pas ce paramètre actuellement donc ça ne fait rien, mais il suffira de modifier le code du modèle pour le prendre en compte).

Dans les autres trucs on pourrait changer la phrase d'intro quand le taxon est éteint (du style « XXX est un genre éteint de […] »). Il faudrait un outil pour l'accord en genre (famille éteinte / genre éteint).

Comme la prise en compte est dans rendu.php il sera aussi possible d'ajouter cette fonctionnalité dans d'autres modules de classification quand la source supporte l'information "éteint".

A+ Hexasoft (discuter) 12 octobre 2023 à 16:21 (CEST)

J'ai ajouté l'ajout de [[Extinction des espèce|éteint]] (ou au féminin le cas échéant) dans l'intro. Hexasoft (discuter) 12 octobre 2023 à 16:43 (CEST)

J'ai également modifié le module GBIF pour qu'il détermine le statut de "éteint" ou pas. S'applique aux mêmes infos que pour WRMS (taxon, classification, taxons inférieurs, lien externe et intro). À noter que comme pour WRMS le modèle {{GBIF}} ne gère le paramètre "éteint=oui", mais au moins il est là et ça pourra s'ajouter ensuite. Hexasoft (discuter) 12 octobre 2023 à 19:00 (CEST)

Je note traité, il y a même plus que le point initial Hexasoft (discuter) 12 octobre 2023 à 22:16 (CEST)

Note en passant : j'ai ajouté le paramètre "éteint=oui" aux modèles GBIF et WRMS. Hexasoft (discuter) 12 octobre 2023 à 22:30 (CEST)

Merci Hexasoft  ! comment fais-tu pour gérer le paramètre éteint sur {{GBIF}} ? à ma connaissance cette base ne précise jamais si les taxons sont fossiles. C'est par contre le cas de TPDB, IRMNG, BioLib, CoL et Taxonomicon. Bonne journée,--74laprune (discuter) 13 octobre 2023 à 07:51 (CEST)

@74laprune : c'est magique ! Plus sérieusement l'info est présente mais oui ils ne la montrent pas… Pour avoir l'info il faut accéder à l'URL http://api.gbif.org/v1/species/ID/speciesProfiles ou tu remplaces ID par l'identifiant du taxon chez GBIF (le nombre qu'on met dans le modèle GBIF). Tu obtiens un JSON avec une liste d'entrées dont certaines contiennent "extinct: true" (ou false). Exemple : http://api.gbif.org/v1/species/7499919/speciesProfiles

Super pratique, hein ? A+ Hexasoft (discuter) 13 octobre 2023 à 09:25 (CEST)

 Hexasoft : magique ! --74laprune (discuter) 13 octobre 2023 à 16:26 (CEST)

Demande 147

• Type : modification
• Description : Distribution (anglicisme) -> Répartition
• Signature : 74laprune (discuter) 1 octobre 2023 à 23:30 (CEST)

Techniquement ça me semble fait mais je n'ai trouvé aucun taxon pour lequel je pouvais tester. Probablement quand le « noeud » IUCN sera démêlé. Facepalm. LD (d) 7 octobre 2023 à 23:28 (CEST)

Super Merci LD  ! Testé et validé pour Polymixia japonica !--74laprune (discuter) 8 octobre 2023 à 10:19 (CEST)

Tu as testé avec quelle commande, @74laprune ? LD (d) 8 octobre 2023 à 11:24 (CEST)

 LD : « php ./taxobot.php -taxon "Polymixia japonica" -classification wrms »--74laprune (discuter) 8 octobre 2023 à 11:30 (CEST)

Merci. Moi aussi mais je n'ai pas de résultat IUCN (pour être précis j'ai "UICN: erreur de décodage des informations UICN"). C'est peut-être un problème de cookie, pas mon dada LD (d) 8 octobre 2023 à 11:44 (CEST)

@LD : je viens de lancer cette commande (php ./taxobot.php -taxon "Polymixia japonica" -classification wrms) et chez moi ça fonctionne normalement → "Temps d'exécution du module (externe) uicn : 1.64s + Données non classification ajoutées (possiblement) via le module 'uicn'". Hexasoft (discuter) 8 octobre 2023 à 19:57 (CEST)

Toujours pareil. Après je n'ai pas fait les mises à jour de cURL & PHP (je suis en PHP 8.2.4 & curl 8.0.1). Donc si vous êtes tous à jour, ça peut venir de là. Sinon, je ne sais pas. ^^ LD (d) 8 octobre 2023 à 20:09 (CEST)

Demande 149

• Type : fonctionnalité
• Description : gérer italiques sur le modèle {{WRMS}} (j'ai retiré la mise en italique automatique sur le modèle, même problème qu'autrefois {{MSW}})
• Signature : 74laprune (discuter) 9 octobre 2023 à 22:18 (CEST)

  @74laprune : j'ai réactivé la gestion des italiques dans le modèle. Je marque en traité, n'hésite-pas à tester et à rouvrir au besoin. A+ Hexasoft (discuter) 12 octobre 2023 à 23:20 (CEST)

  Bonjour Hexasoft , je rouvre donc , car il m'a mis des italiques uniquement dans le modèle {{WRMS}} et pas pour les autres (ce qui est bien) pour Vestibuliferida.--74laprune (discuter) 3 décembre 2023 à 11:08 (CET)

  Bonjour 74laprune & Hexasoft. C'est corrigé. Une petite erreur de 2022 (l. 395) est (longtemps) restée inaperçue, pour nous deux , d'où la mise en forme variable. LD (d) 12 décembre 2023 à 00:26 (CET)

Demande 150

• Type : bug
• Description : classification wrms : disparition de la mention wrms et manque la précision du règne dans le cas des taxobox algue et protiste (j'obtiens | <!-- insérez légende descriptive de l'image --> | classification= }} {{Taxobox | sous-règne | Harosa }})
• Signature : 74laprune (discuter) 13 octobre 2023 à 18:32 (CEST)

  @74laprune : tu peux me donner un exemple ? Pour ma part quand je lance php ./taxobot.php -taxon Hantkeninidae -off itis,wfo -classification wrms (oui quand je fais des tests je vire ITIS et WFO qui sont très lents à répondre) j'obtiens {{Taxobox début | algue | ''Hantkeninidae'' | <!-- insérez une image --> | <!-- insérez légende descriptive de l'image --> | classification=WoRMS }} (je suis à jour coté github).

  Pour le règne c'est quoi la règle ? Actuellement le module supprime systématiquement les rangs "règne" et "royaume" de la partie classification. Je peux adapter, pas de problème, me faut juste la règle . Si je comprends bien c'est à supprimer sauf si "algue" et "protiste" ? Hexasoft (discuter) 14 octobre 2023 à 15:14 (CEST)

  Bonjour Hexasoft , ah bah je viens de réessayer, j'obtiens cette fois | <!-- insérez légende descriptive de l'image --> | classification=WoRMS }} {{Taxobox | sous-règne | Harosa }} la mention WoRMS est réapparue . Par contre il y a des doubles espaces avant les }} qu'il n'y avait pas avant et qui me semblent inutiles. Oui exactement pour le règne, comme les algues et les protistes sont des taxons abandonnés, leur plus petit taxon supérieur commun est les Eucaryotes (domaine ou empire), il y a donc besoin de préciser le règne. NB : le rang « royaume » n'existe pas. Amicalement,--74laprune (discuter) 14 octobre 2023 à 15:24 (CEST)

  @74laprune : ok, je vais ajouter l'exception. Pour le double espace oui je vois, je vais regarder (détail, mais le diable se cache dans les détails . Pour « Royaume » il est dans des listes de rangs de certaines classifications. Donc il n'existe pas, pour une certaine valeur de « existe » . C'est peut-être pas chez WRMS mais j'ai dû l'ajouter en m'inspirant d'un autre module où on tombe dessus ! A+ Hexasoft (discuter) 14 octobre 2023 à 16:19 (CEST)

  Hello @74laprune, j'ai fait quelques grosses retouches hier. C'est possible que tu aies eu l'erreur sur une version de taxobot (celle-ci) que j'ai ensuite corrigée. Il est probable qu'il y ait d'autres retouches à faire

  En tout cas, il y avait bien une nouvelle espace double, je l'ai retirée. LD (d) 14 octobre 2023 à 17:09 (CEST)

  Pour ma part je viens d'intégrer la prise en compte du cas algue/protiste pour le règne. Ça fonctionne pour Hantkeninidae mais il faudrait tester sur un taxon non algue/protiste (et qui soit connu de WRMS : Uroplatus ne l'est pas, donc je laisse tomber ). Dis-moi.

  Note : j'ai aussi corrigé quelques cas où la double espace restait encore . Hexasoft (discuter) 14 octobre 2023 à 17:40 (CEST)

  Merci LD et Hexasoft , testé et validé pour taxons algues et non-algues !--74laprune (discuter) 16 octobre 2023 à 18:11 (CEST)

Demande 134

• Type : bug
• Description : classification wrms : NOTFOUND-Parvphylum --> parv-embranchement et NOTFOUND-Gigaclass --> giga-classe
• Signature : 74laprune (discuter) 31 juillet 2023 à 10:38 (CEST)

Fait, fonctionnel en testant avec Thunnus South, 1845.

Avec la MàJ de Modèle:Taxoboxoutils rang, il faudrait vérifier que tout est en ordre. Je laisse donc ouvert. LD (d) 7 octobre 2023 à 23:26 (CEST)

Merci LD , j'ai testé pour Polymixia japonica. Un détail : il faudrait choisir entre traduire phylum par « embranchement » ou par « phylum » mais on ne peut pas avoir les deux dans une même taxobox. Amicalement,--74laprune (discuter) 8 octobre 2023 à 10:21 (CEST)

Vu que Worms n'a que "Chondrichthyes" & "Osteichthyes" en parvphylum (pas de botanique), j'ai modifié vers parv-embranchement. LD (d) 8 octobre 2023 à 11:36 (CEST)

n.b. les équivalences sont de L21 à L83. LD (d) 8 octobre 2023 à 11:38 (CEST)

On peut clore non ? Hexasoft (discuter) 12 octobre 2023 à 23:15 (CEST)

Demande 151

• Type : bug
• Description : la classification=wrms ne fournit plus la liste d'espèces (je crois qu'ils ont mis à jour leur présentation)
• Signature : 74laprune (discuter) 29 octobre 2023 à 07:06 (CET) et Givet (discuter) 27 novembre 2023 à 17:39 (CET)

  bug probablement connexe : pour Pentaceraster horridus le bot renvoie le modèle {{WRMS}} et non {{WRMS espèce}} (peut-être que ce n'est pas un cas unique, mais c'est la première fois que j'y fais attention) — Pharma ^💬 14 novembre 2023 à 19:09 (CET)

  1. J'essayerai de corriger dans les jours à venir. (@74laprune)
  2. {{WRMS espèce}} n'était pas une fonctionnalité existante ; désormais, Taxobot gère la distinction entre {{WRMS}} & {{WRMS espèce}} pour les espèces et les sous-espèces (@Pharma).
  3. J'ai ajouté une conversion d'italiques obtenues en HTML brut (ex. <i>Oreaster</i> <=> Pentaceraster), cela est désormais rendu avec des wiki-italiques ('').

  LD (d) 21 novembre 2023 à 04:10 (CET)

  À propos du modèle {{WRMS espèce}}, la mise en italique est déjà prévu dans le modèle, il faudrait donc changer le code du bot pour qu'il n'en mette pas dans la valeur du paramètre (ou éventuellement changer le code du modèle pour l'harmoniser avec les autres ?). Sinon on se retrouve par exemple avec « 'Homo sapiens' ». Merci — Pharma ^💬 22 novembre 2023 à 19:56 (CET)

  Bonjour @Pharma,

  Pour {{WRMS espèce}}, la modification du taxobot est préférable, car ça ne nécessitera pas de reprendre toutes les articles qui ont bien été retraités en italique. Et merci, de l'information, car je n'avais pas fait attention à ce détail : j'ai inséré plusieurs {{WRMS espèce}} issus du taxobot sans corriger l'italique. Je vais de ce pas les corriger.Yv91 (discuter) 23 novembre 2023 à 09:56 (CET)

  Bon pour les italiques. Pour la liste des espèces, je n'ai pas encore eu le temps de m'y plonger, probablement dimanche ou ultérieurement (désolé). LD (d) 24 novembre 2023 à 22:39 (CET)

  Bonjour @74laprune, @Pharma, @Yv91 & @Givet. Le module WoRMS vient d'être mis à jour pour fournir à nouveau la liste des sous-taxons.

  Je vous recommande de tester sur plusieurs taxons (je n'ai pas été exhaustif sur mes tests) et nous signaler les erreurs qui pourraient subvenir.

  Pour Pentaceraster, et quelques autres, le résultat me semble correct mais c'est une des Biorefs que j'utilise le moins (mes bêtes préférées ne sont pas marines ). LD (d) 27 novembre 2023 à 22:23 (CET)

  Bonjour @LD Merci pour cette correction très attendue . Pas de bug à signaler pour le moment. Yv91 (discuter) 28 novembre 2023 à 08:52 (CET)

  Bonjour @LD Idem, c'est parfait. Merci beaucoup Givet (discuter) 28 novembre 2023 à 17:43 (CET)

Demande 152

• Type : modification
• Description : phrases sur le nom valide/correct et sur le protonyme/basionyme sur une seule ligne (pas de raison de sauter une ligne à chaque phrase)
• Signature : 74laprune (discuter) 29 octobre 2023 à 07:06 (CET)

@74laprune : tu peux indiquer un exemple où tu as les deux ? Ça aide pour voir ce qu'il en est et tester quand on corrige A+ Hexasoft (discuter) 25 novembre 2023 à 17:08 (CET)

 Hexasoft : pour Daucus junceus nous avons :

Le [[nom correct]] complet (avec [[Citation d'auteurs en botanique|auteur]]) de ce taxon est ''Daucus junceus'' (Willk.) Mart.Flores & M.B.Crespo{{Bioref|GBIF|26 novembre 2023|ref}}.

L'espèce a été initialement classée dans le genre ''[[Durieua]]'' sous le [[basionyme]] ''Durieua juncea'' Willk.{{Bioref|GBIF|26 novembre 2023|ref}}.

Alors que nous pourrions avoir :

Le [[nom correct]] complet (avec [[Citation d'auteurs en botanique|auteur]]) de ce taxon est ''Daucus junceus'' (Willk.) Mart.Flores & M.B.Crespo{{Bioref|GBIF|26 novembre 2023|ref}}. L'espèce a été initialement classée dans le genre ''[[Durieua]]'' sous le [[basionyme]] ''Durieua juncea'' Willk.{{Bioref|GBIF|26 novembre 2023|ref}}.

Amicalement,--74laprune (discuter) 26 novembre 2023 à 12:53 (CET)

@74laprune : c'est modifié en ce sens.

Par contre j'ai laissé un retour à la ligne : coté rendu ça change rien et en mode édition ça sépare visuellement les deux parties A+ Hexasoft (discuter) 26 novembre 2023 à 16:53 (CET)

Demande 153

• Type : modification
• Description : « Les Trucs forment une famille/un ordre/etc. » --> « Les Trucs sont une famille/un ordre/etc. » le bot utilise bien le verbe être pour genre et espèce, pas de raison de changer pour les taxons de rang supérieur (voir aussi Wikipédia:Résumé_introductif#Verbe)
• Signature : 74laprune (discuter) 29 octobre 2023 à 07:06 (CET)

— LD (d) 4 novembre 2023 à 19:25 (CET)

Demande 154

• Type : bug
• Description : fournit un lien {{ADW}} pour un taxon absent d'ADW (ex : Lagynus)
• Signature : 74laprune (discuter) 29 octobre 2023 à 12:51 (CET)

@74laprune : hmmm… c'est toujours le cas ? Je viens de lancer php ./taxobot.php -taxon Lagynus et je n'ai pas d'entrée pour ADW.

À moins que @LD ait corrigé quelque chose ailleurs qui a eu un effet sur ce bug ? A+ Hexasoft (discuter) 25 novembre 2023 à 17:03 (CET)

Je n'ai jamais réussi à reproduire le bug, @Hexasoft, sous Windows ou Ubuntu.

Le plus probable est qu'ADW ait renvoyé une donnée null, donc existante, d'où cette erreur. En effet, on ne vérifie pas les données null (L130).

Je pense qu'il suffirait de mettre à jour tous les modules afin de vérifier cela ; exemple : if (!isset($struct['liens']['adw']['id']) || $struct['liens']['adw']['id'] === null) { return false; } ; idem avec m_wrms_liens(), etc.

Ou bien, on doit spécifier l'identifiant attendu (L540). Personnellement je préfère cette seconde solution, avec une fonction utilitaire, afin de pouvoir renseigner des formats (vu le bug récent de COL, cf. #Demande 160). C'est juste long à mettre en place, il faut vérifier chaque format au préalable, même si par défaut on peut dire existante et non null et ainsi gagner du temps. LD (d) 25 novembre 2023 à 20:21 (CET)

@LD : ah ok ! Je vois ce que tu veux dire. On peut effectivement commencer de façon « bête et méchante » en vérifiant le null pour parer au plus pressé puis au fil de l'eau (quand on travaille sur tel ou tel module) mettre en place la vérification de format.

Au fait, grand merci à toi d'avoir fait vivre ce programme en mon absence ! Tu as géré plein de choses, fait plein de modifications, etc. C'est plus mon programme mais notre programme .

Ces derniers temps ma disponibilité est à géométrie variable. <mode histoire-personnelle>Beaucoup de changements : mes filles ont quitté le nid, je gère pas mal de projets coté boulot − oui les cadres sup' n'ont pas d'horaire, mais ça me plaît − et je travaille pas mal sur la composition de chansons pour mon groupe de rock </mode>. Comme d'habitude je suis hyperactif pendant un certain temps mais je peux « disparaître » sans préavis !

A+ Hexasoft (discuter) 25 novembre 2023 à 22:02 (CET)

Bonjour Hexasoft et LD , ah bah ça ne me le fait plus .--74laprune (discuter) 26 novembre 2023 à 12:49 (CET)

J'ai mélangé mes pinceaux @Hexasoft (pas taper) :

isset vérifie que la donnée existe et est différent de null ; en revanche, elle ne vérifie pas qu'elle est false (ce que empty() ferait), ou ne vérifierait pas un string "null" (nous ne sommes pas à l'abri de ce genre de choses non plus).

Je suis heureux de participer, même si on part de loin car je n'ai pas eu (beaucoup) de biberons de PHP dans mon enfance. J'ai l'impression de progresser rapidement, donc ça me motive — même si je continue à confondre des choses ou à faire des erreurs bêtes.

Ne t'en fais pas, c'est le pendant du bénévolat. Il faut savoir profiter d'autres choses . LD (d) 26 novembre 2023 à 19:55 (CET)

Demande 155

• Type : bug
• Description : fournit un lien wikispecies pour un taxon absent de wikispecies
• Signature : 74laprune (discuter) 29 octobre 2023 à 12:51 (CET)

  /!\ attention spoiler /!\ : j'ai commencé à retravailler le module des projets frères (wikispecies, commons). En théorie, le bug devrait être résolu dans la foulée (ou de moins en moins fréquent). LD (d) 16 novembre 2023 à 05:36 (CET)

  Bug toujours présent chez moi, je ne sais pas si c'est censé être résolu. Testé avec Ampedus quercicola. — Pharma ^💬 27 novembre 2023 à 21:40 (CET)

  Salut @Pharma, ce n'est pas résolu et je ne pense pas que ce sera traîté en l'état.

  Comme annoncé, un nouveau module « Projets frères » est à l'écriture : wikispecies, commons, wikidata, ... Il remplacera le fonctionnement actuel et apportera des nouveautés.

  Ainsi, le problème devrait être résolu lors de son lancement expérimental, mais pas avant. Malheureusement, je ne pense pas avoir le temps de produire une version testable avant un petit moment. Cela dit, vu que la plupart des demandes récentes ont été traîtées, il est possible que cela avance un peu plus ^^. LD (d) 27 novembre 2023 à 22:29 (CET)

  Pas de souci, je me demandais simplement quelle échéance signifiait « dans la foulée » mais rien ne presse ! Merci encore pour cet outil et votre suivi — Pharma ^💬 27 novembre 2023 à 22:36 (CET)

  Bon, j'étais gêné de classer la demande en refus (ou la laisser ouverte), en vous faisant languir des semaines ; j'ai donc corrigé le bug et introduit une [Nouveauté]. C'est un petit bout de chemin en moins pour l'avenir  !

  Désormais, Taxobot ajoute un lien Wiktionary (s'il existe) dans {{Autres projets}}. Testé avec notre ami le Coleoptera (très long sur gbif au passage) et notre ennemi Felis catus.

  Évidemment, cela laisse à présager qu'on aura (parfois) un lien Wiktionnaire pour les noms vernaculaires (si récupérés) ; mais le reste viendra progressivement. LD (d) 28 novembre 2023 à 00:39 (CET)

Demande 156

• Type : bug
• Description : désolé de te déranger mais désormais l'utilisation du commutateur « timeout » retourne « Alarm clock » sans absolument rien de plus. Tu peux tester si tu le veux avec « php taxobot.php -taxon "Peucetia lucasi" -timeout 10 ». Bon on peut s'en passer, ce que je vais faire en attendant. D'avance merci Givet (discuter) 5 novembre 2023 à 18:10 (CET)
• Signature : Givet (discuter) 5 novembre 2023 à 18:10 (CET)

  Salut @Givet,

  Peux-tu me rappeler quel système d'exploitation tu utilises (Windows, Linux, Mac) et préciser si tu utilises Windows WSL ou Mac Wine ? Cela m'aiderait à comprendre le problème car il n'est pas bien documenté

  J'ai annulé ma modification d'hier mais je ne suis pas sûr que ça fera disparaître le problème à court et long terme (car je ne le comprends pas ^^) !

  
  

  Concrètement (côté dev) :

  J'ai modifié timeout hier, seule les valeurs supérieures à 30 étaient autorisées. Mais il y a quelque chose d'un peu étrange : Windows n'est pas compatible avec l'extension pcntl (qui charge les fonctions pcntl_* qui servent à $timeout) sauf si tu actives Linux subsystem (WSL) (news-web.php.net résume le problème dev).

  
  

  Sauf que les fonctions ont été introduites par @Hexasoft, et les erreurs ont commencé à pleuvoir qu'après ma modification et pas tout le temps. Autrement dit, les systèmes que j'ai testés parvenaient parfois à faire fonctionner le code (pourquoi... je l'ignore).

  
  

  Le plus étrange : j'ai annulé ma modification (sur mon ordi puis sur github) mais je continue à recevoir certaines erreurs (alors que le code n'est plus le même et que je teste sous Windows WSL & Windows PHP). Bref, ta réponse pourrait peut-être m'aider à cerner le problème & dans tous les cas tu peux pull et retenter . LD (d) 5 novembre 2023 à 19:50 (CET)

  Bonjour LD , je suis sur Windows 11 et j'utilise le commutateur timeout depuis juin et ce avec la valeur 10, bien en deçà des 30 que tu annonces comme limite basse (voir ici, tout à la fin) et ce sans aucun problème jusqu'à il y a quelques jours seulement. Au lancement le système m'indique « Welcome to Ubuntu 22.04.1 LTS (GNU/Linux 5.15.90.1-microsoft-standard-WSL2 x86_64) », j'utilise donc WSL. Comme indiqué ce "bug" n'est pas bloquant dans la mesure où l'on peut fort bien ce passer de timeout. Hexasoft l'avait mis en place suite à ma demande avec des soucis sur ITIS. Alors, bien sûr, on pouvait demander à exclure ITIS des extractions mais timeout est plus "généraliste". Enfin, à chaque lancement je lance un "git pull" pour avoir une version toujours à jour... En tout cas merci pour ton aide mais que ça ne te prenne pas trop la tête. Amicalement Givet (discuter) 6 novembre 2023 à 08:17 (CET)

  Bonjour LD , machinalement j'ai relancé avec timeout 10 et... ça remarche ! On peut peut-être clore cette demande. Je te laisse faire. D'avance merci. Amicalement Givet (discuter) 9 novembre 2023 à 17:46 (CET)

  Je classe, tout en gardant à l'esprit que j'aimerai modifier le comportement de « timeout » (pour réparer d'autres bugs). LD (d) 14 novembre 2023 à 21:07 (CET)

Demande 157

• Type : bug
• Description : Depuis un pull fait le 16/11/2023 le taxobot ne fonctionne plus pour la classification WoRMS. Cela ne provient pas de WorMS car cela fonctionne avec une sauvegarde du taxobot que j'ai faite.

"php taxobot.php -taxon "Latocestidae" -classification "wrms" retourne

taxon non récupéré pour la classification. Logs : Initial: taxon=Latocestidae ; classification=wrms ; domaine=* Appel via ligne de commande Modules possibles (pour domaine '*') : gbif, itis, mycobank, wrms, algaebase, coi, adw, biolib, cites, col, ebird, eflora, eol, externe, faunaeur, fin, fishbase, gisd, grin, ifpni, inpn, irmng, lpsn, mdd, msw, ncbi, oepp, photoark, reptiledb, taxonomicon, telametro, tpdb, tropicos, uicn, wcvp, wfo Classification sélectionnée : wrms WRMS: taxon non trouvé Temps d'exécution du module (classification) wrms : 0.35s Taxon non récupéré pour la classification

• Signature : Yv91 (discuter) 16 novembre 2023 à 16:29 (CET)

C'est corrigé. LD (d) 16 novembre 2023 à 19:47 (CET)

Demande 158

• Type : warning
• Description : pour info je viens d'avoir le warning suivant : « Undefined array key "tsn" in /root/taxobot/modules/mod_itis.php on line 208 » après avoir lancé « php taxobot.php -taxon "Goniobranchus gleniei" -timeout 10 -classification wrms ». Pour autant ça n'a rien bloqué du tout. Plus pour info qu'autre chose.
• Signature : Givet (discuter) 18 novembre 2023 à 08:39 (CET)

Bonjour Givet C'est corrigé, merci. LD (d) 18 novembre 2023 à 14:55 (CET)

Bonjour LD Parfait . Merci. Givet (discuter) 18 novembre 2023 à 16:57 (CET)

@LD : en lançant php ./taxobot.php -taxon "Daucus junceus" j'ai obtenu cette même erreur : PHP Warning: Undefined array key "tsn" in /home/hexasoft/Code/Taxobot-git/taxobot/modules/mod_itis.php on line 208.

Sur ce taxon le programme arrive avec $r contenant array(1) { ["@attributes"]=> array(1) { ["nil"]=> string(4) "true" } }. Ça semble curieux comme réponse… J'ai ajouté la vérification de la présence de "tsn" dans la structure (vu que c'est l'identifiant, sans lui c'est → taxon non trouvé). A+ Hexasoft (discuter) 26 novembre 2023 à 17:06 (CET)

@Hexasoft L'erreur peut aussi se produire en amont à cause de :

• get_data() que j'ai modifiée récemment : on est passé de curl_timeout à 5 / 30 / etc. à 5 partout : ça peut être insuffisant pour itis ; je songeais à modifier : en prenant en compte -timeout; -curl_timeout (nouveau) ou les deux. Cela n'a, chez moi, jamais posé problème mais j'imagine que la latence du serveur d'ITIS peut jouer.
• get_xml() que j'ai modifié hier : peut-être que le format XML est parfois étrange, mais ça a marché avec quelques taxons que j'ai testés (Elmidae, ...).

Je referais quelques tests pour voir ; sinon ta modif semble répondre au problème : plus qu'à regrouper L213 & L186 LD (d) 26 novembre 2023 à 17:50 (CET)

@LD : je ne pense pas que ce soit lié aux timeouts sur ce cas précis, car le taxon n'existe pas chez ITIS. Par ailleurs je reçois bien une "vraie" réponse de ITIS : l'URL sous-jacente où on voit bien une réponse "normale" (searchByScientificNameResponse + return) mais le contenu du return contient 'nil=true' !

C'est visiblement ce que ITIS retourne pour tout taxon non connu (j'ai testé avec divers noms inexistants) : soit ça a changé soit une modif dans le code fait qu'on arrive maintenant ici alors qu'avant on sortait plus tôt.

De toute façon ça ne peut pas faire de mal de vérifier la présence du 'tsn' puisque sans ça on ne peut rien faire A+ Hexasoft (discuter) 26 novembre 2023 à 18:41 (CET)

@Hexasoft, j'avais oublié avoir rajouté la recherche multi-taxons ^^ : on ne peut pas donc mutualiser L213 & L186 (plusieurs $tsn existent) mais j'ai rajouté une sortie sur ["@attributes"]["nil"], histoire de prévoir large et constater un changement de la structure de la part d'ITIS. LD (d) 27 novembre 2023 à 17:25 (CET)

Demande 159

• Type : faux bug
• Description :
  php taxobot.php -taxon "Stylochus" -classification "wrms"
  retourne
  Taxon non récupéré pour la classification.

Cela fonctionne pour d'autres genres. Donc peut être un fonctionnement particulier de WoRMS pour cette requête.

• Signature : Yv91 (discuter) 18 novembre 2023 à 13:24 (CET)

  A priori, ça ne vient pas de Taxobot ; j'ai obtenu le résultat Stylochus Ehrenberg, 1831. Peut-être une erreur momentanée de WoRMS (serveur surchagée ?). LD (d) 18 novembre 2023 à 14:22 (CET)

  Je viens de faire plusieurs nouveaux essais avec "Stylochus", cela ressort toujours en erreur. Par contre j'ai essayé avec "stylochus" et là ça marche ! Au moins, ça me permet de l'utiliser. Yv91 (discuter) 18 novembre 2023 à 15:57 (CET)

  Je n'exclus pas une question de casse même s'il semble que WoRMS accepte les deux (stylochus & Stylochus). Cependant, j'essayerai de voir si en modifiant le module (forcer le bas de casse), ça change quelque chose. LD (d) 18 novembre 2023 à 18:05 (CET)

  Bonjour @LD, Je te prie de m'excuser de t'avoir fait travailler sur ce bug qui ne dépend sans doute pas de taxobox, mais de moi même et peut-être de WoRMS. J'utilise un script de lancement et celui-ci mettait des " supplémentaires autour du nom du taxon. En les enlevant ça marche bien dans tous les cas. Il se trouve que ce problème ne survenait que pour "Stylochus", ce qui reste un mystere.Yv91 (discuter) 19 novembre 2023 à 09:48 (CET)

  Bonjour @Yv91, pas d'inquiétudes. LD (d) 19 novembre 2023 à 12:01 (CET)

Demande 160

• Type : modification
• Description :

Salut,

Lorsqu'il trouve le taxon dans le Catalogue of Life, le bot retourne un identifiant à 36 caractères. Or, ceux-ci semblent temporaires et amenés à disparaître prochainement [4]. Idéalement, il faudrait retrouver directement l'identifiant permanent (entre 3 et 6 caractères) associé au taxon ; sinon, je pense qu'il faudrait suspendre temporairement l'appel au modèle {{CatalogueofLife}} pour ne pas insérer des liens qui seront morts dans quelques mois.

• Signature : Pharma ^💬 19 novembre 2023 à 22:54 (CET)

Bonjour Pharma et merci,

Récupérer un identifiant mal renseigné par COL est fastidieux (ou une quête du Graal), voire impossible (vu que c'est un problème de synchronisation avec les catalogues/index, on ne peut pas inventer les ID et certains pourraient être déplacés )

Je n'ai pas non plus désactivé l'appel à {{CatalogueofLife}} car certains taxons sont bien traîtés (ex. Potamanthidae).

En revanche, j'ai ajouté une vérification : si l’ID dépasse 6 caractères, alors il est traîté comme inexistant (idem avec les liens externes de debug) : le modèle ne sera plus ajouté systématiquement.

N'hésite pas à nous tenir au courant. LD (d) 21 novembre 2023 à 03:05 (CET)

C'est super, merci ! — Pharma ^💬 21 novembre 2023 à 18:52 (CET)

Demande 161

• Type : bug et fonctionnalité (Au passage, on peut préciser exactement ce type dans le début de section)
• Description : Echec si un taxon a plusieurs listes d'auteurs possibles.

Exemple: php taxobot.php -taxon "Euryleptidae" -classification "wrms", alors WoRMS retourne WRMS: taxon non trouvé.
Traitements possibles : Indiquer que la requete a envoyé plusieurs résultats + Traiter les différents taxons possibles, ou Traiter les seuls taxons valides, ou Préciser par un nouveau paramètre l'auteur désiré.

• Signature : Yv91 (discuter) 22 novembre 2023 à 14:53 (CET)

  @Yv91 : j'ai normalement corrigé le problème. Je te laisse vérifier (et éventuellement tester sur d'autres taxons .

  @LD : pour la petite histoire ça ne fonctionnait pas à cause d'un traitement erroné du contenu, où je supposais la présence d'italiques pour me repérer, ce qui n'est bien sûr pas le cas pour des taxons supérieurs au genre ! Ceci dit ça n'impactait que les cas avec plusieurs réponses donc c'est passé inaperçu. A+ Hexasoft (discuter) 26 novembre 2023 à 19:55 (CET)

  @Hexasoft. J'ai essayé avec Euryleptidae et Cestoplanoidea. Ca marche bien. Merci. Yv91 (discuter) 26 novembre 2023 à 20:09 (CET)

Demande 162

• Type : bug
• Description : bonjour, avec la commande « php taxobot.php -taxon "Euploea leucostictos" -timeout 10 », le système retourne les données telles que "vues" par le système. Exemple « " string(30) server: Apache/2.4.57 (Win64) [3]=> string(215) "content-security-policy: upgrade-insecure-requests; script-src * 'unsafe-inline' 'unsafe-eval' blob:; obj"ct-src *; frame-ancestors 'self' www.vliz.be vliz.be form.vliz.be www.omes-monitoring.be omes-monitoring.be; » ou encore « string(13422) "
  <img src="data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAAMkAAABkCAYAAAFbQySjAAAAAXNSR0IArs4c6QAAAARnQU1BAACxjwv8YQUAAAAJcEhZcwAAIdUAACHVAQSctJ0AACZSSURBVHhe7Z0LnBxFnfg7vJLsPELIPpKY7OxE... » (suivi de centaines voire milliers de caractères).
  Pour autant, juste après j'ai lancé « php taxobot.php -taxon "Hyla arborea" -timeout 10 » et le résultat est bien celui attendu (!!!). Peu bloquant donc... D'avance merci
• Signature : Givet (discuter) 27 novembre 2023 à 09:04 (CET)

  @Givet : argl ! My fault ! J'ai oublié un bout de code de debug dans l'un des modules . J'ai corrigé. Hexasoft (discuter) 27 novembre 2023 à 10:00 (CET)

  @Hexasoft, Je me disais bien aussi qu'il y avait quelque chose d'anormal . Merci beaucoup. Toujours autant de plaisir à utiliser ton bel outil Amicalement Givet (discuter) 27 novembre 2023 à 16:08 (CET) PS : et ça marche !!!

Demande 164

• Type : bug
• Description : Maintenant, une ligne "| wiktionary=..." est générée dans la section Liens externes alors qu'il n'y a aucun article correspondant. Ce problème est survenu sur des genres et des familles, mais pas sur les espèces.
• Signature : Yv91 (discuter) 28 novembre 2023 à 13:09 (CET)

  As-tu un exemple, @Yv91 ? LD (d) 28 novembre 2023 à 13:15 (CET)

  C'est un problème tout nouveau et qui me semblait général. En voici un : php taxobot.php -taxon "Cestoplanoidea" -classification "wrms" Yv91 (discuter) 28 novembre 2023 à 13:18 (CET)

  Wiktionary est [Nouveau] . C'est corrigé. LD (d) 28 novembre 2023 à 13:54 (CET)

Demande 166

• Type : (semi)bug
• Description : avec la commande « php taxobot.php -taxon "Cheirodontops geayi" -timeout 10 -classification wrms », Taxobot retourne tout d'abord les deux lignes qui suivent puis restitue le résultat attendu.
  

PHP Warning: Undefined array key "return" in /root/taxobot/modules/mod_itis.php on line 184

PHP Warning: Trying to access array offset on value of type null in /root/taxobot/modules/mod_itis.php on line 184

• Signature : Givet (discuter) 29 novembre 2023 à 17:08 (CET)

  Même problème avec php taxobot.php -liens-synonymes non -taxon "Eleutherodactylus neiba". — Pharma ^💬 29 novembre 2023 à 18:57 (CET)

  ITIS est en maintenance (HTTP 500), d'où l'erreur. On ne l'a jamais gérée.

  J'ai corrigé pour faire disparaître l'erreur mais on peut encore faire mieux (éviter cette erreur pour tous les modules). Je laisse ouvert pour le faire plus tard. LD (d) 29 novembre 2023 à 21:13 (CET)

  Si jamais : il ne sert à rien de faire appel à la classification ITIS pendant cette maintenance. On n'a pas prévu de « message d'avertissement » pour l'annoncer automatiquement ; je l'intégrerais en même temps plus tard ^^ LD (d) 29 novembre 2023 à 21:15 (CET)

  Bonjour LD et Pharma , si « i' tissent », ce ne sont pas des bugs mais des spiders , désolé . Ce n'est pas la première fois qu'ITIS donne du fil à retordre (et là sans jeu de mots). Bonne journée à tous les deux. Amicalement Givet (discuter) 30 novembre 2023 à 07:58 (CET)

Demande 173

• Type : question
• Description : Interrogation pour un taxon sans autorité.

php taxobot.php -taxon "Plagiostomidae" -classification "wrms"

Est-il normal que la référence ADW générée soit :

* {{ADW | Plagiostomidae | Plagiostomidae | consulté le=14 décembre 2023 | auteur=Myers, P. {{et al.}} | date=2023 }} ?

Les autres références sont comme attendu, donc sans auteur ni date.

• Signature : Yv91 (discuter) 14 décembre 2023 à 10:53 (CET)

  @Yv91 : il ne s'agit pas des auteurs associés au taxon mais des auteurs associés à la page chez ADW (qui oblige de les citer, cf la doc du modèle ADW). A+ Hexasoft (discuter) 14 décembre 2023 à 11:16 (CET)

  ok. Merci @Hexasoft Yv91 (discuter) 14 décembre 2023 à 11:20 (CET)

Demande 174

• Type : homonymie
• Description : Columba devrait diriger vers Columba (oiseau). Merci
• Signature : Pharma ^💬 22 décembre 2023 à 17:28 (CET)

Fait. LD (d) 22 décembre 2023 à 17:42 (CET)

Demande 175

• Type : bug
• Description : crée des doublons de liens vers la catégorie Commons, exemple
• Signature : Pharma ^💬 22 décembre 2023 à 17:28 (CET)

C'est corrigé, LD (d) 22 décembre 2023 à 23:44 (CET)

Merci @LD. Désormais un autre bug fait son apparition pour les catégories Commons. Par exemple pour Cyclopes j'obtiens :

{{Autres projets

| commons titre=Catégorie Category:Cyclopes

| commons=Category:Category:Cyclopes

| species=Cyclopes

}}

Joyeuses fêtes, Pharma ^💬 26 décembre 2023 à 16:42 (CET)

Bonnes fêtes @Pharma, c'est corrigé. LD (d) 26 décembre 2023 à 18:13 (CET)

Demande 176

• Type : fonctionnalité
• Description : Le niveau Parvorder (micro-ordre) est inconnu.

Exemple: php taxobot.php -taxon "Dalyelliidae" -classification "wrms"

• Signature : Yv91 (discuter) 23 décembre 2023 à 20:39 (CET)

  Salut @Yv91.

  J'ai ajouté Parvorder pour Wrms mais, vu Modèle:Taxoboxoutils rangs & cette note (WP-en), celui-ci ne sera pas équivalent à micro-ordre — assigné à Microorder par Wrms.

  Cela ne change rien en pratique sauf si WRMS assigne le même taxon pour les deux rangs (parvorder / microorder), auquel cas on rendra le même doublon (ce qui n'est pas supposé se produire).

  A priori, aucun autre module n'a besoin de cette information ; COL semble être le seul à aussi avoir parvorder mais il ne gère pas la classification. LD (d) 23 décembre 2023 à 21:33 (CET)

  Bonjour @LD, Je n'ai pas compris ton choix de générer "Taxobox | parv-ordre" , qui est inconnu du français et du modèle Taxobox, et non "Taxobox | micro-ordre" traité par le modèle Taxobox.

  L'usage de Parvorder par WoRMS est bien l'usage standard (dans les Platheminthes, en tout cas), sous le infraorder, et je n'ai pas d'exemple où WoRMS utiliserait "microorder". Comme tu le dis, si WoRMS utilisait aussi "microorder" cela ne changerait rien. Amicalement. Yv91 (discuter) 24 décembre 2023 à 10:54 (CET)

  Re @Yv91, je voulais dire Modèle:Taxoboxoutils rang : le paramètre est connu. Si « parv-ordre » doit être rendu différement, c'est plutôt ce modèle qu'il faudrait modifier. En soi le modèle considère que c'est une redirection vers micro-ordre, donc ça ne change rien.

  En vérifiant, WRMS n'a pas de rang microorder (mais le module oui ; par calque j'imagine) et compte 30 taxons "parvorder" répartis dans Amphipoda, Nudibranchia, Rhabdocoela & Ingolfiellida. Je ne suis pas sûr que ce soit une bonne idée de rendre parvorder comme microorder, si l'usage est aussi attesté en français et qu'il y a des débats.

  Au moins eaufrance tend à l'attester en français comme synonyme de micro-ordre, bien que son statut soit « gelé ». J'imagine que le gel est lié aux débats mentionnés par la note sur WP-en mais je n'en ai pas particulièrement connaissance puisqu'ils semblent à des animaux marins ou mammifères que je documente peu. LD (d) 24 décembre 2023 à 11:37 (CET)

  Bonjour @LD

  Je suis désolé d'insister, tu as raison que parv-ordre est bien reconnu par le modèle Taxobox, mais le texte généré par ce modèle est "Parv-ordre", ce qui est un mot inconnu du français (à moins que tu aies des sources qui disent le contraire; si c'est le cas nous complèterions la doc WP). Le lien dirige bien vers micro-ordre, mais "Parv-ordre" est affiché et reste un néologisme inconnu du lecteur moyen. Cela serait beaucoup plus clair si "micro-ordre" était généré directement par le taxobot (pour WoRMS). Il me semble moins logique de modifier le modèle. (A propos du débat que tu cites, il me semblerait aussi raisonnable de suivre le cas standard ; de toute façon ce débat n'empêche pas de traduire Parvordre par micro-ordre pour WORMS). A te lire. Yv91 (discuter) 24 décembre 2023 à 14:03 (CET)

┌─────────────────────────────────────────────────┘
@Yv91 En recherchant rapidement, j'ai vu que Eaufrance & INPN l'utilisent en français (exemple avec Troglodyte mignon).

Cela dit, cela l'air assez isolé et moins grand public.

Solutions possibles :

1. Toujours traduire parvorder comme micro-ordre, supprimer parv-ordre (ou mettre en synonyme) dans Modèle:Taxoboxoutils rang ;
2. Comme pour Realm, choisir de ne pas traduire (différentes traductions, aucun terme universel, etc.) : renommer micro-ordre en parvorder ;
3. Traduire parvorder selon la classification adoptée : si elle est anglaise, que faire ? ; si français, soit micro-ordre (quelle base l'atteste en français ?), soit parv-ordre.

Statistiquement, micro-ordre est préféré par nos taxobox : micro-ordre (ou ici) > parv-ordre (pas encore utilisé !). Toutefois, les traductions semblent "libres" et ne semblent pas motivées par une classification en français. De la même manière, Termitidae mentionne Neoisoptera comme un micro-ordre mais je n'ai vu qu'une classification qui mentionne Neoisoptera et c'est PB qui le considère en "non classé" ; donc les choix ne semblent pas nécessairement justifiés par une classification.

Dans tous les cas, il me semble avisé que le lecteur sache que certaines classifications utilisent les termes de manière interchangeable, préfère l'un à l'autre ou que le terme est donné en anglais.

Ouvrir une discussion sur le projet pour avoir des avis, arguments et/ou des documents peut s'avérer utile ; non seulement car il s'agit de Taxobot mais aussi car cela concerne le modèle Modèle:Taxoboxoutils rang & l'article micro-ordre.

Qu'en dis-tu ? LD (d) 24 décembre 2023 à 15:07 (CET)

Pour traduire parvorder par « parv-ordre » comme le fait l'INPN et comme nous le faisons pour « parv-classe », « parv-embranchement », etc.--74laprune (discuter) 24 décembre 2023 à 15:30 (CET)

Malgré le fait que que micro-ordre soit plus utilisé que parv-ordre,

Vu que toutes les bases (qui recensent Limnotyphloplanida par exemple) utilisent le terme dérivé de parvorder :

• WkSpecies : Parvordo
• COL,WRMS,  : Parvorder
• INPN en français : Parv-Ordre

je suis enclin aussi à utiliser un dérivé de Parvordo

Ma réticence venait de :

- sous Wikidata c'est "micro-ordre" qui est affecté à Limnotyphloplanida

- sous Wikidata "Parv-ordre" est inconnu et "Parvorder" ou "Parvordre" renvoie à "micro-ordre"

- ce nom Parv-Ordre n'est pas documenté dans Wikipédia

- ce nom Parv-Ordre est inconnu de Google.

Maintenant il faut choisir entre parvordre et Parv-Ordre.

- parvordre est choisi dans wikidata (avec le lien évoqué ci-dessus)

- la traduction de "parvorder" est "parvordre" dans Google translate

- Eaufrance et d'autres : Parvordre

- Parvordre a 727 résultats sous google contre 0 pour Parv-Ordre

- Meme des pages de WP utilisent Parvordre

Seul INPN utiliserait Parv-Ordre ?

C'est pour cela que si on veut entériner Parv-Ordre , il nous faudrait une source (autre que les bases citées) qui dit que c'est la bonne traduction en français. (Sinon on reste en latin ). Vu ce petit aperçu, c'est Parvordre qui a ma préférence (maintenant).

Puis, quand nous serons d'accord, il faudra modifier la doc Wikipédia (qui ne parle ni de parv-ordre ni de parvordre) et wikidata. Yv91 (discuter) 24 décembre 2023 à 17:34 (CET)

Bonjour Yv91 (et joyeux Noël !) la Wikipédia francophone a choisi d'utiliser les tirets pour tous les taxons intermédiaires (sous-classe, sous-ordre, infra-embranchement, super-tribu, etc. dont parv-embranchement, etc.) donc je recommande de garder cette cohérence avec « parv-ordre ». Nous avons notre source : TAXREF (INPN). Amicalement,--74laprune (discuter) 25 décembre 2023 à 18:35 (CET)

Bonjour @74laprune, Un peu tard pour te souhaiter aussi un joyeux Noël, mais le cœur y est..

Tes dernières précisions sur TAXREF suffisent à me convaincre, mais je suis triste que ces choix de l'INPN ne soient pas unanimement partagés en France. Par exemple Eaufrance utilise Parv-classe et Parvordre!

Nous avons donc beaucoup de travail de documentation et de ménage à faire, comme indiqué ci-dessus, en commençant par Wikidata, puis les pages du Projet Biologie, la documentation des modèles, les pages de taxons utilisant Parvordre, les pages de taxons utilisant injustement Micro-ordre.... Amicalement Yv91 (discuter) 25 décembre 2023 à 20:43 (CET)

Bonjour @LD

Peut-on avoir une idée (par échantillonnage ?), sur les 490 utilisations de micro-ordre dans les taxobox, combien sont erronées (c.a.d. combien sont en fait des parv-ordres) ?

Et dans les bases peut-on savoir la proportion de micro-ordres et de parv-ordres ?

Je pense à la difficulté de séparer dans Wikidata les 51 taxons associés à Q6311258 si l'on crée deux éléments différents (micro-ordre et parv-ordre). Amicalement. Yv91 (discuter) 25 décembre 2023 à 21:02 (CET)

Bonjour & joyeuses fêtes, @Yv91.

C'est difficile de te répondre précisément et te répondre tout court car la quesiton est mal posée (entre guillemets) car cela suppose que les cas utilisent une classification francophone favorable à micro-order ou parv[-]order.

Voici trois exemples pour lesquels j'ai fait une comparaison manuelle (une Intersection) :

• Coelurosauria : 253 fois en taxobox (lien) et si je compare avec micro-ordres, j'obtiens 83 fois où Coelurosauria = micro-ordre alors que pour PB ou NCBI c'est un clade. A lui seul, c'est 83/477, soit ~17 % d'erreurs.
• Mysticeti (13/477), NCBI dit parvorder, dit ITIS et MSW disent suborder, WoRMS dit superfamily. Mais vu que c'est PD (fossilworks) qui est utilisée dans Balaenoptera siberi et d'autres, on devrait avoir l'équivalent de suborder et non l'équivalent de parvorder. ~2.7% d'erreurs.
• Catarrhini est utilisé 191 fois sur 477, et pareil, ce n'est pas un "parvorder" unanime donc tout dépend de la classification. ~40% d'erreurs.

Par erreur, j'entends que la classification ne dit pas "micro-ordre" (elle ne dit pas plus "parv[-]ordre" en soi).

Ces exemples cumulés représentent 287 cas sur 477, soit ~60% des taxobox avec "micro-ordre". Or, les classifications utilisées sont anglophones et non francophones. Conclusion : ce sont majoritairement des traductions libres, micro-ordre a été préféré à parv-ordre (ou parvordre, ou parvorder, etc.) mais sans source extérieure.

Donc quite à choisir une traduction « librement », autant suivre TAXREF (idem @74laprune au moins pour des questions de cohérence et parce que c'est sourcé).

n.b. Eaufrance utilise Parv-Ordre & Parvordre dans le même document, j'imagine qu'ils n'ont pas statué sur leur préférence orthographique (réforme de l'orthographe) mais aucune des deux n'est fautive, en soi LD (d) 25 décembre 2023 à 23:15 (CET)

p.s. pour d:Q6311258 il suffit de renommer le libellé vers parv-order et donner l'alias "micro-ordre" et ainsi la question est réglée pour Wikidata. C'est d'ailleurs équivalent au choix anglais : parvorder en libellé avec pour alias microorder. LD (d) 25 décembre 2023 à 23:17 (CET)

Bonjour @LD et Bonnes fêtes .

J'ai un peu de mal à assimiler toutes ces informations, je vais essayer de synthétiser. Il me semble que la première question est "Peut-on fusionner les notions sémantiques de parvorder et de micro-order ? ". Je vais déplacer le débat dans le Café des biologistes pour élargir la diffusion et car il n'est plus question maintenant de taxobot. Amicalement. Yves Yv91 (discuter) 26 décembre 2023 à 09:42 (CET)

Bonjour à tous,

Pour le fun, voici un petit extrait de Roger Bour, "Nomenclature ordinale et familiale des Tortues (Reptilia)",1986:

Ordo Chelonii Brongniart, 1800

• Subordo Casichelydia Gaffney, 1975
  • Infraordo Cryptodira Cope, 1868
    • Pavordo Daiocryptodira Gaffney, 1984
      • Miniordo Eucryptodira Gaffney, 1975
        • Micrordo Polycryptodira Gaffney, 1984
          • Nanordo Procoelocryptodira Gaffney, 1984
            • Hyperfamilia Chelonioides Oppel, 1811
              • Superfamilia Chelonioidea Oppel, 1811
                • Epifamilia Dermochelyoidea Fitzinger, 1843 (1825) 4
                  • Familia Protostegidae Cope, 1872

Bon courage à tous ! Yv91 (discuter) 25 décembre 2023 à 21:31 (CET)

Bonjour à tous, et je vous souhaite à tous d'excellentes fêtes de fin d'année et de nouvelle année, en espérant que le père-noël ait été généreux avec vous tous.

En ce qui concerne mon opinion sur les Parv-ordre et micro-ordre, je suis contre la fusion pour un raison simple, ce sont des notions différentes (souvent issues de classifications de type différentes) et la plupart du temps micro-ordre inférieur en niveau à Parv-ordre (bref micro-xxxx < parv-xxxx). La difficulté avec ces classifications est qu'elles sont souvent utilisées que par une minorité de scientifiques qui veulent "imposer" créer de nouvelles subdivisions à partir de caractéristiques phénotypiques (souvent différentes les unes des autres d'où des classifications qui diffèrent). Il sera très difficile d'harmoniser ces notions car ces (j'ai bien écrit "ces") taxonomistes ne s'entendent pas encore entre eux déjà pour commencer.

Ensuite, pour l'aspect nomenclature, je rejoint @74laprune et l'écriture Parv-xxxx donc avec un tiret idem pour une raison toute simple, l'INPN et le TAXREF sont gérés par de vrais taxonomistes et sont une référence reconnue, tandis qu'EauFrance n'a aucune compétence (dans le sens règlementaire) en taxonomie.

Cordialement GF38storic (discuter) 26 décembre 2023 à 17:45 (CET)

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Références

Demande 180

• Type : modification
• Description :

Bonne année à tous ! Bravo pour le travail accompli tout au long de l'année 2023, Taxobot se démocratise de plus en plus et on ne peut que s'en réjouir !

En ce 1^er janvier, j'ai remarqué que le Taxobot utilise le modèle {{1er}} pour les dates de consultation. Mais ce n'est pas utile car les modèles — {{Bioref}} et tous les modèles gérés par celui-ci — transforment déjà « 1er janvier » ou même « 1 janvier » en « 1^er janvier ». Je pense donc qu'utiliser {{1er}} dans ces cas est superflu, car c'est de toute façon traité par le modèle global. Limiter les appels à des modèles permet d'optimiser l'affichage des pages, même si je pense que ce cas-ci est assez négligeable.

• Signature : Pharma ^💬 1 janvier 2024 à 19:47 (CET)

Bonjour et bonne année @Pharma. Bien vu, corrigé.

J'en profite pour soulever cette autre montagne : Discussion modèle:Bioref#Féminin (ne concerne pas Taxobot directement). LD (d) 1 janvier 2024 à 21:51 (CET)