Realm (virologie)
En virologie, le realm (terme anglais officiel) est le rang taxinomique le plus élevé d'une nouvelle classification établie en 2020 par l'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV, « Comité international de taxinomie des virus »), qui supervise la taxinomie des virus[1].
En français, ce terme peut être traduit par domaine[2],[3] (bien que l'ICTV ait cherché explicitement à faire la distinction avec le domaine en biologie[4]) ou règne[5] (différent du règne en biologie dont l'équivalent en anglais est « kingdom »).
Fin 2022, le terme de sphère a été proposé comme nom français de ce nouveau rang, se rapprochant de la notion de « virosphère » souvent utilisée pour décrire l'ensemble des virus[6].
Liste des realms[modifier | modifier le code]
Six realms viraux sont reconnus et caractérisés par des traits spécifiques hautement conservés[7] :
- Adnaviria, qui contient tous les virus archéens filamenteux avec des génomes linéaires d'ADN double brin (ADNdb) ;
- Duplodnaviria, qui contient tous les virus à ADN bicaténaire (ADNbc) codant la protéine de capside HK97 ;
- Monodnaviria, qui contient tous les virus à ADN monocaténaire (ADNmc) codant une superfamille d'endonucléases HUH et leurs descendants ;
- Riboviria, qui contient tous les virus à ARN qui codent l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp) et tous les virus qui codent la transcriptase inverse (RT) ;
- Ribozyviria, qui contient le virus de l'hépatite D (VHD), qui possède un génome d'ARN circulaire simple brin à sens négatif contenant un ribozyme, qui rappelle ceux des viroïdes, mais code une protéine qui se lie à l'ARN génomique en formant un complexe ribonucléoprotéique ;
- Varidnaviria, qui contient tous les virus à ADNbc qui codent une protéine de capside à repliement jelly roll vertical.
Histoire[modifier | modifier le code]
Avant le XXIe siècle, on croyait que les relations évolutives profondes entre les virus ne pourraient pas être découvertes en raison de leur taux de mutation élevé et du petit nombre de gènes impliqués rendant plus difficile la découverte de ces relations. Pour cette raison, de 1991 à 2017, le rang taxinomique le plus élevé dans la classification des virus était l'ordre. Au XXIe siècle, cependant, diverses méthodes ont été développées qui ont permis d'étudier ces relations évolutives plus profondes, y compris la métagénomique, qui a identifié de nombreux virus non identifiés auparavant, et la comparaison de traits hautement conservés, conduisant au désir d'établir une taxinomie des virus à un niveau supérieur[4].
Lors de deux votes en 2018 et 2019, l'ICTV a décidé d'adopter un système de classification des virus à 15 rangs, allant du realm à l'espèce[4]. Quatre realms ont été établis : Riboviria en 2018 sur la base d'une analyse phylogénétique des polymérases dépendant de l'ARN (RdRp) qui sont monophylétiques[8],[9], Duplodnaviria en 2019 sur la base de preuves croissantes que les bactériophages à queue et les Herpesviridae partagent de nombreux traits[10],[11], Monodnaviria en 2019 après la résolution de la relation et de l'origine des virus à ADN CRESS[12],[13] et Varidnaviria en 2019 sur la base des caractéristiques communes des virus membres[14],[15].
La nouvelle hiérarchie taxinomique et la nomenclature associée proposées en 2020 par l'ICTV, y compris les suffixes définis pour les taxons, suivent celles utilisées par la classification linnéenne (règne, phylum, classe, ordre, famille, genre, espèce) à une seule exception près : le rang le plus haut est appelé « realm », plutôt que « domaine » (en anglais : domain) comme dans la taxinomie classique des êtres vivants, ce qui reflète une interrelation complexe entre la taxinomie des virus et ses homologues pour les organismes cellulaires[4].
Notes et références[modifier | modifier le code]
- (en) Alexander E. Gorbalenya, Mart Krupovic, Arcady Mushegian et Andrew M. Kropinski, « The new scope of virus taxonomy: partitioning the virosphere into 15 hierarchical ranks », Nature Microbiology, vol. 5, no 5, , p. 668–674 (ISSN 2058-5276, DOI 10.1038/s41564-020-0709-x, lire en ligne, consulté le )
- María-Carla Saleh et Félix Augusto Rey, Virologie, ISTE Editions, coll. « Encyclopédie SCIENCES », , 350 p. (ISBN 9781789480238, lire en ligne)
- Clément Droillard, Origine de la pathogénicité des lagovirus : avancées sur la diversité génétique virale et le développement d’un système de génétique inverse (thèse), Université de Rennes, (lire en ligne
), p. 7
- (en) International Committee on Taxonomy of Viruses Executive Committee, « The New Scope of Virus Taxonomy: Partitioning the Virosphere Into 15 Hierarchical Ranks », Nat Microbiol, vol. 5, no 5, , p. 668–674 (DOI 10.1038/s41564-020-0709-x, lire en ligne).
- Daniel Parrochia, Les problèmes de classification de SARS-CoV-2, Université de Lyon, (lire en ligne )
- Patrick Forterre et Morgan Gaïa, « Les virus et l’émergence des cellules eucaryotes modernes », médecine/sciences, vol. 38, no 12, , p. 990–998 (ISSN 0767-0974 et 1958-5381, DOI 10.1051/medsci/2022164, lire en ligne, consulté le )
- (en) « Current ICTV Taxonomy Release - ICTV », sur ictv.global (consulté le )
- (en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for realm Riboviria » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), .
- (en) « ICTV Taxonomy history: Riboviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, (consulté le ).
- (en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal/primary taxonomic ranks, for dsDNA viruses encoding HK97-type major capsid proteins » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, .
- (en) « ICTV Taxonomy history: Duplodnaviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, (consulté le ).
- (en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for ssDNA viruses » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, .
- (en) « ICTV Taxonomy history: Monodnaviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, (consulté le ).
- (en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, .
- (en) « ICTV Taxonomy history: Varidnaviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, (consulté le ).
Voir aussi[modifier | modifier le code]
Articles connexes[modifier | modifier le code]
Liens externes[modifier | modifier le code]
- (en) « The International Code of Virus Classification and Nomenclature (Code international de classification et de nomenclature des virus) », sur talk.ictvonline.org, (consulté le ).
