Discussion Projet:Biologie/Taxobot

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Suggestions bienvenues !

Attention !

Le Taxobot (comme WBR d'ailleurs) fournit des squelettes d'articles tels qu'on ne saurait les publier sans un minimum les retravailler à la main. Il faut notamment rechercher une illustration pour la taxobox, ainsi que le nom complet de l'auteur et parfois la date de publication. Par ailleurs les parties rédigées doivent être étoffées, et il faut affiner les portails, catégories, ébauches. Il faut surtout vérifier la cohérence de l'ensemble, notamment pour les homonymies de genres où le bot peut se mélanger selon les sources. Tout ceci afin d'éviter de repasser systématiquement derrière et de remplir inutilement les catégories À illustrer, Auteur incomplet ou manquant, Date à préciser, etc.

Section 0b[modifier le code]

Note : je déplace aussi les discussions « dépassées » ici : Discussion utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Discussions traitées. Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 21:35 (CEST)[répondre]

Bugs / modifications[modifier le code]

Ci-dessous les remontées de bugs et les demandes de modification. Merci de respecter le format et de ne mettre qu'une chose par demande (pour simplifier le suivi).
Note : les demandes traitées (fait ou refusé) sont déplacées régulièrement ici : Discussion utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Traités.
Note : une demande « traitée » peut ne pas encore être à jour sur l'URL d'accès. 

=== Demande N ===
* Type : bug / modification / fonctionnalité
* Description :
* Signature : ~~~~

Demande 67[modifier le code]

Demande 80[modifier le code]

  • Type : fonctionnalité
  • Description : classification selon Tropicos, par défaut pour les plantes ?
  • Signature : 74laprune (discuter) 25 septembre 2021 à 13:01 (CEST)[répondre]
    @74laprune : j'ai jeté un œil (Tropicos est déjà présent, mais uniquement en liens externes). Il semble que Tropicos ne retourne pas de classification complète. Par exemple sur Poliothyrsis ça monte jusqu'à la classe et ça s'arrête… Par ailleurs les infos sont un peu pauvres non ? Pas de publi originale me semble-t-il ; je n'ai vu que des "common names" en chinois ; de loin dans le brouillard je n'ai pas trouvé comment déterminer si on avait affaire à un synonyme ou pas ; que dire des nom. nud. ? exemple ; que faire des "Type Specimens" ? (exemple). Hexasoft (discuter) 12 avril 2022 à 14:50 (CEST)[répondre]
    Bonjour Hexasoft Émoticône. Tout d'abord merci pour toutes les demandes traitées entre-temps. Pour Tropicos : oui toutes les plantes terrestres (Embryophytes) y sont classées dans la classe des Equisetopsida. Ceci n'empêche pas de fournir une classification (cf. Catégorie:Taxobox utilisant la classification selon Tropicos). Je trouve au contraire que les infos ne sont pas pauvres du tout ! Pour reprendre l'exemple de Poliothyrsis : il y a bien la publi originale (avec la date) « Published In:Hooker's Icones Plantarum 19: , pl. 1885. 1889. (Hooker's Icon. Pl.) Name publication detailView in BotanicusView in Biodiversity Heritage Library » + l'abréviation d'auteur « Oliv. » + le nom complet « Oliver, Daniel » + les taxons inférieurs + par ex pour Lindernia dubia il y a aussi les synonymes. Par contre il n'y a effectivement jamais de noms communs en français. Concernant le statut des noms, je suis en fait d'avis de compiler deux sources : Tropicos et POWO. POWO fournit le statut taxinomique des noms (synonyme ou nom correct), la liste de synonymes et la liste des taxons inférieurs acceptés. POWO ne fournit par contre pas de classification, contrairement à Tropicos. La liste des sous-taxons de Tropicos a la particularité de réunir indifféremment des noms corrects et des synonymes. On pourrait donc avoir un résultat avec : la classification dans la taxobox selon Tropicos, la liste des synonymes selon POWO, et deux listes de taxons inférieurs, selon Tropicos et selon POWO. @TED pour info et avis. Le bot devient en tout cas de plus en plus performant et polyvalent ! Merci et joyeuses Pâques Émoticône sourire,--74laprune (discuter) 17 avril 2022 à 15:51 (CEST)[répondre]

Demande 93[modifier le code]

  • Type : fonctionnalité
  • Description : ajouter les taxobox selon Algaebase (voir aussi #Demande 92 pour l’ajout des bio refs et #Demande 94 pour l’ajout des listes de sous-taxons).
  • Signature : TED 21 février 2022 à 09:47 (CET)[répondre]
    @TED : j'ai commencé à regarder Algaebase. Je devrais pouvoir faire quelque chose, leur API est (presque) utilisable facilement (bon, il va encore falloir que je "hack" leurs simili-protections à deux balles. Par contre je vais commencer par fournir des liens externes (et autres données éventuellement disponibles fournies par les "non-classification", comme les noms en français, répartition, etc.). C'est le plus simple, mais c'est un point de départ. Hexasoft (discuter) 28 février 2022 à 21:14 (CET)[répondre]

Demande 94[modifier le code]

  • Type : fonctionnalité
  • Description : ajouter les listes de sous-taxons selon Algaebase (voir aussi #Demande 92 pour l’ajout des bio refs et #Demande 93 pour l’ajout de la taxobox).
  • Signature : TED 21 février 2022 à 09:47 (CET)[répondre]
    C'est fait pour les taxons supérieurs au genre. Le reste est en cours.
    Remarque : actuellement Taxobot ne génère les sous-taxons que à partir de la classification choisie (pas de sous-taxons selon X + sous-taxons selon Y etc.). Ce n'est pas prévu dans l'immédiat, et je ne sais pas si c'est nécessaire (ce qui est certain c'est que ça peut rallonger pas mal la durée d'exécution). Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 19:31 (CEST)[répondre]

Demande 111[modifier le code]

Demande 118[modifier le code]

@74laprune : hmmm… Ça le fait encore ? Quand j'ai testé sur Centrospora acerina ⇒ Mycocentrospora acerina ça me retourne (sans les sauts de ligne) == Publication originale == * {{Article |titre=Mycocentrospora, a new name for Centrospora Neerg. |auteurs=Deighton, F.C. |année=1972 |volume=21 |passage=716-716 |périodique= }}. Ça me semble ok.
Si c'est corrigé je raye Émoticône sourire. Hexasoft (discuter) 19 février 2023 à 23:50 (CET)[répondre]
Noté traité. À rouvrir le cas échéant, mais de mon coté ça fonctionne. Hexasoft (discuter) 8 mars 2023 à 12:14 (CET)[répondre]
Notification Hexasoft : j'ai testé avec le même nom, j'obtiens Taxon 21 (5-6): 716 (1972). Pourtant j'ai bien fait « git pull ». Le problème doit venir de mon ordi ? Émoticône--74laprune (discuter) 14 juillet 2023 à 12:00 (CEST)[répondre]
Notification 74laprune : hmmm… je viens de lancer php ./taxobot.php -classification mycobank -taxon "Centrospora acerina" et j'obtiens toujours * {{Article|titre=Mycocentrospora, a new name for Centrospora Neerg.|auteurs=Deighton, F.C.|année=1972|volume=21|passage=716-716|périodique=}}. J'ai vérifié, je n'ai pas de fichier modifié en local et je suis « à jour » du git, donc là franchement je ne comprends pas Émoticône sourire A+ Hexasoft (discuter) 7 octobre 2023 à 20:24 (CEST)[répondre]
Pour info, j'ai le même résultat qu'Hexasoft, ma version est à jour également. LD (d) 7 octobre 2023 à 21:50 (CEST)[répondre]
Bonsoir LD Émoticône et Bonsoir Hexasoft Émoticône, ravi que tu sois revenu ! J'ai encore retenté, après avoir fait git pull, j'obtiens toujours « * Taxon 21 (5-6): 716 (1972) » Pleure. Tant pis pour moi, ça vient sûrement de mon ordi.--74laprune (discuter) 7 octobre 2023 à 21:52 (CEST)[répondre]
@74laprune réessaye après un pull. Cela vient peut-être des comits de Juillet qui étaient sur nos ordis mais pas dans le github Émoticône (ou alors j'ai tout cassé :D mais ça marche toujours !) LD (d) 7 octobre 2023 à 22:21 (CEST)[répondre]
Notification LD : toujours pas malheureusement.--74laprune (discuter) 7 octobre 2023 à 22:31 (CEST)[répondre]
@74laprune, pour être sûr que ta configuration soit en phase avec Taxobot (donc mycobank) :
  1. après un pull, rends toi dans le dossier "doc" qui se trouve dans le dossier "taxobot", c'est-à-dire là où tu lances taxobot.php (/home/X/taxobot/doc ou C:/X/taxobot/doc)
  2. exécute php extensions.php
Si tu obtiens une URL, c'est qu'un composant n'est pas installé (ou mal installé). Si rien ne se passe, t'es aux normes et il faut qu'on trouve le bug Émoticône LD (d) 28 novembre 2023 à 01:09 (CET)[répondre]
Merci LD Émoticône de chercher une solution à mon problème ! Gnii J'ai testé, rien ne se passe... Émoticône--74laprune (discuter) 28 novembre 2023 à 07:33 (CET)[répondre]
@74laprune :
Voyons cette commande pour tenter d'éliminer des causes :
php ./taxobot.php -classification mycobank -taxon "Centrospora acerina" -off gbif,itis,wrms,algaebase,coi,adw,biolib,cites,col,ebird,eflora,eol,externe,faunaeur,fin,fishbase,gisd,grin,ifpni,inpn,irmng,lpsn,mdd,msw,ncbi,oepp,photoark,reptiledb,taxonomicon,telametro,tpdb,tropicos,uicn,wcvp,wfo

Si l'erreur disparaît, le module Mycobank n'a pas de bug mais un autre module cause le bug ; si elle subsiste, on peut partir du principe que tous ces autres modules ne sont pas en cause. LD (d) 28 novembre 2023 à 13:12 (CET)[répondre]

Notification LD : testé, j'obtiens toujours « * Taxon 21 (5-6): 716 (1972) ». Par contre, il y a une erreur signalée que je n'avais pas remarquée jusqu'alors : « MycoBank: pas de type pour la publication originale ».--74laprune (discuter) 28 novembre 2023 à 16:22 (CET)[répondre]

Merci 74laprune Émoticône
Je viens de mettre le module Mycobank hors-service. Tu peux réessayer et copier-coller la réponse.
Exemple pour ./taxobot.php -classification mycobank -taxon "Centrospora acerina" -off gbif,itis,wrms,algaebase,coi,adw,biolib,cites,col,ebird,eflora,eol,externe,faunaeur,fin,fishbase,gisd,grin,ifpni,inpn,irmng,lpsn,mdd,msw,ncbi,oepp,photoark,reptiledb,taxonomicon,telametro,tpdb,tropicos,uicn,wcvp,wfo:
----------
Données reçues :
Titre : string(50) "Mycocentrospora, a new name for Centrospora Neerg."
Auteurs : string(14) "Deighton, F.C."
Année : float(1972)
Volume : string(2) "21"
Journal : bool(false)
Première page : string(3) "716"
Dernière page : string(3) "716"
Type : string(7) "Article"
Édition : bool(false)
DOI : bool(false)
----------
— LD (d) 28 novembre 2023 à 18:24 (CET)[répondre]

Notification LD : c'est moi qui te remercie ! J'obtiens ceci Émoticône : 

----------
Données reçues : 
Titre : bool(false)
Auteurs : bool(false)
Année : bool(false)
Volume : bool(false)
Journal : bool(false)
Première page : bool(false)
Dernière page : bool(false)
Type : bool(false)
Édition : bool(false)
DOI : bool(false)
----------

Amicalement,--74laprune (discuter) 28 novembre 2023 à 21:23 (CET)[répondre]

@74laprune, j'ai trouvé quelles données tu obtiens : celle du genre Mycocentrospora (id 9021 / int(37958)). Reste à savoir pourquoi, comment et surtout pourquoi nous autres on trouve l'espèce, mais pas toi Émoticône sourire
Je ne suis pas certain de pouvoir tout comprendre, ni de corriger, mais ça sous-entend qu'on peut probablement « forcer » à rechercher le bon taxon et ne pas renvoyer n'importe quoi. J'accepte chaque petite avancée ^^ LD (d) 28 novembre 2023 à 22:10 (CET)[répondre]
Au passage, je veux bien que tu réeesayes et m'envoie (par courriel) ou dans un brouillon, le résultat complet pour php ./taxobot.php -classification mycobank -taxon "Centrospora acerina".
Cela me permettra de voir s'il y a plusieurs données mélangées, et peut-être identifier directement la source. Là je cherche à tâton dans 1000 lignes de code Gnii LD (d) 28 novembre 2023 à 22:19 (CET)[répondre]
✔️mail envoyé, merci beaucoup @LD--74laprune (discuter) 28 novembre 2023 à 22:38 (CET)[répondre]
Merci @74laprune, j'ai bien reçu. Ne me remercie pas, c'est avec plaisir.
Une chose à ne pas exclure : MB pourrait renvoyer des données différentes selon l'utilisateur qui demande.
Tu peux toujours tenter « d'usurper une configuration d'ordi » avec -ua "Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:109.0) Gecko/20100101 Firefox/119.0" dans la commande ; je ne pense pas que ça changera grand chose (il y a peu la config par défaut était Ubuntu et tu rencontrais déjà le problème) mais si jamais ça marche, tu auras une solution Émoticône

php ./taxobot.php -classification mycobank -taxon "Centrospora acerina" -ua "Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:109.0) Gecko/20100101 Firefox/119.0"
Je te demanderai probablement de faire d'autres tests quand je m'y replongerai Émoticône (je serais un peu plus occupé les prochains jours/semaines). LD (d) 28 novembre 2023 à 22:58 (CET)[répondre]

Effectivement @LD, -ua "Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:109.0) Gecko/20100101 Firefox/119.0" ne change rien.--74laprune (discuter) 29 novembre 2023 à 23:29 (CET)[répondre]

Salut @74laprune, j'ai regardé de temps en temps mais sans avoir cerné le problème (même si on sait que c'est le module MycoBank qui pose problème).
La bonne nouvelle, c'est que Toolforge ne rencontre pas ce problème. Même s'il faudrait quand même trouver une solution globale, cela a le mérite d'être une solution accessible et pratique. LD (d) 16 décembre 2023 à 02:11 (CET)[répondre]

Notification LD : génial ! merci ! ça va beaucoup aider à démocratiser cet outil Émoticône--74laprune (discuter) 18 décembre 2023 à 07:40 (CET)[répondre]

Demande 130[modifier le code]

Demande 131[modifier le code]

Demande 132[modifier le code]

Je rejoins entierement cette demande {{POWO}} gagnerai a être ajouté , surtout pour l'exactitude des références (synonymes, auteurs, etc...) RuB (discuter) 6 janvier 2024 à 16:10 (CET)[répondre]

Demande 133[modifier le code]

Demande 136[modifier le code]

Demande 137[modifier le code]

  • Type : modification
  • Description : changer le lien de Cancer vers Cancer. Erreur constatée dans la phrase relative au protonyme et probablement ailleurs. Également Pilumnus vers Pilumnus. Merci !
  • Signature : Pharma 💬 19 août 2023 à 18:29 (CEST)[répondre]
    Hello Notification Pharma : c'est compliqué, en fait. Il faudrait à Taxobot une liste des redirections existantes (le nombre de noms de genres qui correspondent à des pages d'homonymies voire d'autres pages est en effet significatif). Et encore c'est complexe : il existe des noms de genre qui sont les mêmes en botaniques et en zoologie ! Que choisir quand on a à la fois d'autres termes et plusieurs genres ? Je vais voir si je peux préparer une table de redirection pour ce genre de choses qui sera gérée automatiquement, à charge ensuite à tout le monde à faire remonter les collisions existantes. A+ Hexasoft (discuter) 7 octobre 2023 à 20:18 (CEST)[répondre]
    Notification Pharma (et Notification LD pour info) : j'ai créé une gestion des homonymies. Pour le moment il n'y a que deux termes gérés (les deux que tu as indiqué) et ça n'est appliqué que dans la taxobox.
    Il serait intéressant de chercher l'ensemble des termes homonymes mais je ne sais pas comment on pourrait les collecter automatiquement (il faudrait trouver toutes les pages d'homonymie qui pointent sur un nom scientifique). N'hésitez-pas à m'indiquer des homonymes à intégrer. A+ Hexasoft (discuter) 10 octobre 2023 à 23:03 (CEST)[répondre]
    @Hexasoft : Catégorie:Homonymie de genre en biologie Émoticône sourire.--74laprune (discuter) 10 octobre 2023 à 23:13 (CEST)[répondre]
    Haha merci 74laprune. Des fois ce sont les « petits jeunes » qui rappellent les choses aux « vieux » Émoticône. Je vais préparer un bot pour parcourir tous les liens de ces articles pour trouver lesquels ont des taxobox, afin de créer une liste d'homonymie. Il faudra voir combien sont combinés (végétal + animal). Ceci dit je pense qu'on risque de rater les articles n'ayant pas de page d'homonymie, non ? Il me semble que certains n'ont qu'un « voir autre » (je sais plus le long). Mais ça devrait déjà débroussailler les choses. A+ Hexasoft (discuter) 10 octobre 2023 à 23:52 (CEST)[répondre]
    Cool. Merci. Je ne pense pas que ces catégories d'homonymie seront utiles pour Taxobox car il faut alors choisir entre un taxon 1 et un taxon 2. Cela pourrait éventuellement se faire mais j'imagine plutôt une maintenance du projet biologie pour déshomonymiser les taxobox : exemple.

    Je pensequ'on doit récupérer la liste des pages qui possèdent {{taxobox}} et des parenthèses dans le titre, puis vérifier qu'il y a un article du même sans nom parenthèses qui n'ait pas de taxobox (idéalement). Ex. Cancer (crustacé) => Cancer.
    @Hexasoft, ne te lance pas dans un bot. J'ai un peu de temps pour regarder avec le dump. LD (d) 11 octobre 2023 à 06:30 (CEST)[répondre]
    @LD : ok, super ! Remarque que le cas de deux taxons ayant le même nom n'est pas le plus courant (ex. Abronia), la plupart ce sont des trucs comme Cancer. Le format de la table d'homonymes n'est pas compliqué. Hexasoft (discuter) 11 octobre 2023 à 09:53 (CEST)[répondre]
    @Hexasoft Récupérer la liste m'a pris exactement 2 mns (si je ne compte pas le téléchargement du dump ^^).
    Je n'ai plus qu'à traîter Utilisateur:LD/Brouillon/2 puis à mettre dans la table Émoticône LD (d) 11 octobre 2023 à 10:01 (CEST)[répondre]
    Efficace LD ! Gaffe, il y a quelques faux-positifs. Entre autres les sous-genres qui ont des parenthèses Émoticône. Il y en a un je comprends pas le nommage : Actinotignum schaalii (Actinobaculum) ! A+ Hexasoft (discuter) 11 octobre 2023 à 10:05 (CEST)[répondre]
    Remarque : certaines homonymies sont curieuses. Par exemple Austroleptis (diptère) → pourquoi une précision entre parenthèses alors qu'il n'existe aucun terme homonyme (en tout cas via une petite recherche google et chez nos amis en anglais). Il y en a quelques 10aines comme ça à vue de nez. Hexasoft (discuter) 11 octobre 2023 à 11:19 (CEST)[répondre]
    C'est l'occasion de faire un peu de ménage. Je ne m'attendais pas vraiment à ça mais ce n'est pas grave. Je remplirais au fil de l'eau.
    J'ai retouché le code (commit), je pense que cela le rend utilisable pour la vérification des liens internes (ex. le RI), tout en introduisant Modèle:Lien vers une page d'homonymie. Ce n'est pas idéal d'y recourir (même si Catégorie:Page contenant un lien à préciser vers une page d'homonymie est utile) mais j'imagine que ce sera mieux que de retourner le nom recherché si c'est effectivement un homonyme. LD (d) 11 octobre 2023 à 14:26 (CEST)[répondre]

Demande 139[modifier le code]

Demande 140[modifier le code]

Salut @74laprune. J'ai créé le module pour la ligne de commande, il fonctionne pour l'espèce et le genre uniquement.
Puisque le nom complet n'est pas systématiquement donné (Chonetes), j'ai systématiquement opté pour le nom sans auteur.

Cela m'a donné d'autres idées (à valider avec des paléobiologistes ?) :
  • Récupérer et publier des infos sur la collection (si mentionnée), par exemple dans la section Taxonomie ;
  • Avec Paleobiology Database, remplir Modèle:Taxobox période. En particulier, le paramètre collection est intéressant.
  • Si on veut aller plus loin, créer Modèle:Taxobox collection et, à long terme, remplir exhaustivement avec plusieurs collections. Exemple :
D'après [[Paleobiology Database]], 766 collections dont :
--- début boîte déroulante ---
* 42 au [[MNHN]]<sup>bioref</sup>
* 2 au [[NMNH]]<sup>bioref ou https://collections.nmnh.si.edu/search/paleo/?ark=ark:/65665/3ce969acca45c4996abb7706f1d59534c</sup>
* etc.
--- fin boîte déroulante ---
Évidemment cela suppose du développement en plus, et je ne participe pas particulièrement en paléo mais je peux soumettre l'idée au Projet Bio. Si tu as des remarques sur la fonctionnalité ou les idées, je prends. LD (d) 13 mars 2024 à 15:57 (CET)[répondre]
Notification LD : génial, merci ! C'est une super idée. Je suis sûr que le projet:paléontologie sera preneur, en particulier @Philippe rogez. Amicalement, 74laprune (discuter) 14 mars 2024 à 10:00 (CET)[répondre]

Demande 142[modifier le code]

  • Type : bug
  • Description : changer la correspondance règne/charte par défaut « Chromista -> algue » en « Chromista -> protiste » par défaut (les foraminifères, les ciliés, les radiolaires, les héliozoaires, etc. ne sont pas des algues) et ne mettre charte algue que quand le phylum a une terminaison en -phyta (et que le règne est Chromista, car les plantes (règne Plantae) ont aussi la terminaison phyta) ou quand on appelle algebase (déjà le cas pour cette deuxième condition)
  • Signature : 74laprune (discuter) 28 août 2023 à 22:37 (CEST)[répondre]
    Il va falloir m'éclairer, @74laprune :
    Actuellement le module algae dit :
    • si Kingdom = [Ee]ubacteria => charte 'bactérie'
    • si Phylum [Tt]racheophyta => charte 'végétal'
    • si Kingom = [Pp]rotozoa => charte 'protiste'
    • sinon => algue

    Concrètement, est-ce que « taxons concernés » dans l'infobox de droite de Algue sont à jour ? Si oui, on peut utiliser ces règles pour dire quand c'est une algue.

    Par défaut, j'aurais tendance à changer le paradigme du module :
    • si X condition(s) => charte (décliné pour les 4 chartes : bact., végé., prot., algue)
    • si ces conditions ne sont pas remplies => charte neutre

    Pour « Chromista -> algue » en « Chromista -> protiste » ; ça concerne plusieurs modules de classif (itis, gbif, ...). Pour la terminaison -phyta, Tracheophyta semble un contre-exemple (je ne suis pas botaniste) ; donc veut-on vraiment conserver la charte « algue » dans d'autres modules que algaebase ? Si oui, alors mon idée de définition d'une algue, par un module ou une fonction externe aux modules spécifiques, me semble être la meilleure solution. LD (d) 29 août 2023 à 18:39 (CEST)[répondre]

@LD le but est que toutes les taxobox algue suivent la classification AlgaeBase, or quelques taxons d'algaebase ne sont pas des algues d'où les critères évoqués ci-dessus. J'ai précisé « et ne mettre charte algue que quand le phylum a une terminaison en -phyta (et que le règne est Chromista, car les plantes (règne Plantae) ont aussi la terminaison phyta) » pour être bien clair. Oui « taxons concernés » dans l'infobox de droite de Algue sont à jour car la définition des « algues » n'évolue pas, étant un regroupement polyphylétique abandonné dans les classifications. Par contre selon les sources, les noms d'un même taxon peuvent changer et on ne saura jamais si la liste donne tous les noms possibles. Je pense qu'avec la situation actuelle (mise au point avec cette demande), on devrait résoudre tous les cas de figure. Amicalement,--74laprune (discuter) 29 août 2023 à 19:07 (CEST)[répondre]

@Hexasoft et @LD pourrait-on au moins changer dans mod_gbif.php la ligne 161 'Chromista' => 'algue', en 'Chromista' => 'protiste', et idem dans mod_wrms.php à la ligne 104 ? En attendant de gérer le cas des quelques algues chromistes (il y a plus de 50 fois plus d'espèces de « non-algues » chez les Chromistes que d'espèces d'algues [2]). Cela éviterait à @Gerardgiraud qui créée des articles sur les Ciliés (des protistes et sûrement pas des algues) de devoir à chaque création repasser derrière le bot pour retirer les italiques des noms scientifiques au-dessus du genre (voir Discussion_utilisateur:Gerardgiraud#Typographie). Amicalement,--74laprune (discuter) 2 décembre 2023 à 20:27 (CET)[répondre]
Bonjour @74laprune, modifications effectuées pour GBIF & WoRMS. LD (d) 3 décembre 2023 à 10:03 (CET)[répondre]
Merci LD Émoticône ! @Gerardgiraud si tu fais git pull dans la ligne de commande avant ton prochain article, tu n'auras plus besoin de gérer les italiques Émoticône sourire--74laprune (discuter) 3 décembre 2023 à 10:24 (CET)[répondre]
Bonjour @74laprune merci pour cette précision. Mais est-elle valable pour toutes les version de TaxoBot ? Et d'abord comment sait-on dans quelle version je suis ? Ma ligne de commande serait-elle, par exemple :
php taxobot.php git pull -article -taxon Malacophryidae > C:\Users\33783\Desktop\ZTaxo\Malacophryidae.txt ?

Gerardgiraud (discuter) 4 décembre 2023 à 19:06 (CET)[répondre]
Bonjour @Gerardgiraud,
Si tu vas dans le dossier taxobot avec cd et entre uniquement la commande git pull, tu seras à jour.

Si tu veux vérifier que ta dernière mise à jour locale est en adéquation avec le répertoire, tu peux faire git log (dans le dossier taxobot).

Il existe php taxobot.php -version mais les versions correspondent à de grandes étapes de développement (qui dure des semaines à mois) ; sans compter les versions intermédiaires, les versions de correctif, etc. On devrait peut-être implémenter l'incrémentation des "versions mineures". LD (d) 4 décembre 2023 à 19:23 (CET)[répondre]
Par exemple, le log me donne « commit 4d7a253c128336a2831cb544c23849f72130f494 (...) changement de charte pour les Chromista cf. Demande 142 » ce qui correspond à [3] (formé avec https://github.com/Hexasoft/taxobot/commit/ + le numéro alphanumérique du commit, donné dans le log). Vu que [4] fait apparaître le même dernier commit, je sais que je suis à jour. LD (d) 4 décembre 2023 à 19:27 (CET)[répondre]
@LD je dois être un peu débilou mais je ne comprends pas à quel niveau je dois faire ce "git pull". Surement pas sur ma console MS/Dos car l'OS ne reconnait pas cette commande. Il y a donc un taxobox en ligne et je ne suis pas au courant ? Gerardgiraud (discuter) 4 décembre 2023 à 20:52 (CET)[répondre]
@Gerardgiraud, ne dis pas ça (Smiley: triste). C'est moi qui ai supposé que tu avais un client git.
Deux possibilités :
LD (d) 4 décembre 2023 à 21:36 (CET)[répondre]
Merci @LD pour le tuyau. Mais je vais avoir besoin d'une sérieuse formation pour m'en sortir car, une fois installé Git je me suis retrouvé devant Git for windows et quand je lance git sur ma ligne de commande Windows, je me retrouve avec une console Linux sur un joli fond noir, qui me ramène à des années-lumière en arrière. Mon taxobot étant installé (enfin copié) sur c:\taxobot-main je suis incapable de faire le lien entre Windows, Linux, taxobot-main et git Gnii2 et je me sens brusquement comme un débutant, pire un illettré, sachant que Git signifierait "connard" en argot britannique Émoticône Sceptique+. Please help. Gerardgiraud (discuter) 5 décembre 2023 à 18:23 (CET)[répondre]
@Gerardgiraud Je ne suis pas bien familier avec MS/Dos, je suis peut-être à côté de la plaque. Si tout est bien installé, tu peux utiliser Git dans l'invite de commande (terminal, cmd) : d'abord avec cd c:\taxobot-main puis git pull. Si cela ne fonctionne pas, c'est probablement qu'il faut une étape supplémentaire ou que ce n'est pas compatible ^^
  • Je crois que Windows 9x n'et pas compatible avec Git (pas sûr)
  • Sous Windows (2000, XP, 7, 8 et 10 ou 11), il faut avoir Git dans "PATH".
    • A peu près ceci : Windows + X > Système > À propos > Paramètres système avancés > Propriétés du système > Avancé > Variables d'environnement > variable Path > Modifier > Ajouter > chemin d'accès vers Git/cmd : grosso modo avoir une ligne comme C:\Program Files\Git\cmd ou ajouter ;C:\Program Files\Git\cmd (point virgule important)
    • Le plus rapide est de rechercher "Propriétés du système" > cliquer sur "variables d'environnement" > trouver "path" dans variables, sélectionner puis bouton modifier > bouton ajouter > C:\Program Files\Git\cmd
    • Une fois enregistré et avoir redémarré, tu peux utiliser les commandes Git dans l'invite de commandes.
  • Sous Linux (Ubuntu), apt-get install git suffit mais si tu utilises Linux depuis un autre OS 'natif', il peut y avoir des étapes (virtualisation notamment : cf. Windows WSL).
LD (d) 5 décembre 2023 à 21:53 (CET)[répondre]

Demande 144[modifier le code]

Demande 145[modifier le code]

Demande 146[modifier le code]

  • Type : bug
  • Description : pour le lien {{Taxonomicon}}, entre homonymes, choisir uniquement le nom d'un taxon (exemple : Saga)
  • Signature : 74laprune (discuter) 30 septembre 2023 à 19:16 (CEST)[répondre]
    Hmmm… @74laprune : un peu chiant il n'y a rien dans le code pour identifier ce que c'est. Bon, si, le « (Genus) » ça aide Émoticône sourire. Mais il faudrait avoir tous les bons termes possibles (sinon je risque de jeter une réponse valide parce que j'avais pas prévu le terme). Du style "cultivar", ou "hybrid", etc. Hexasoft (discuter) 8 octobre 2023 à 18:48 (CEST)[répondre]
    En fait c'est même plus chiant que ça : certaines entrées ont une précision (soit de nature par ex. "Minor planet", "Geographical region", soit de rang comme "Genus" ou "Clade"). Mais d'autres entrées n'ont aucune indication (par ex. Tactopoda). Je peux tenter de trouver la liste des indications de rangs et vérifier que la précision est dans la liste, mais il faudrait être sûr qu'il n'y a pas de de trucs autres que des taxons qui n'ont pas de précision ! Hexasoft (discuter) 8 octobre 2023 à 19:42 (CEST)[répondre]
    C'est triable par ?subject :
    Pour les vivants, il y a notamment High, Family, Genus, Species, Low. Cela réduit le risque de confusion.
    Cela dit, lorsque le taxon a des homonymes, il faudrait aussi regarder dans Homonym. Exemple d'Orthodon : Homonym et Genus. Le plus simple serait probablement de comparer l'auteur et la date. LD (d) 8 octobre 2023 à 19:57 (CEST)[répondre]
    Pour le moment j'ai fait la liste des rangs à partir de leurs données, et je vérifie que le résultat est dedans. Sur le cas Saga ça lui fait bien prendre le bon.
    Et oui, il faudra de toute façon améliorer tout ça : sur ton exemple on a encore le problème d'un même nom scientifique dans des domaines différents (plantes / animaux). Il faudrait déjà détecter la présence de plusieurs réponses. Ou regarder le "domaine" par rapport au module classification, mais c'est complexe. Peut-être juste trier plante/autre vu que c'est toujours entre ça qu'il peut exister des noms valides différents.
    Et aussi, oui, les synonymes. À suivre. Hexasoft (discuter) 8 octobre 2023 à 20:49 (CEST)[répondre]

Demande 148[modifier le code]

  • Type : bug AlgaeBase
  • Description : le module AlgaeBase fait un « échec de récupération d'une clé API » et ne doit (probablement) plus fonctionner. À vérifier (je le note ici pour information et suivi).
  • Signature : Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 13:51 (CEST)[répondre]
    Il semble que AlgaeBase soit passé de la version 2 à la version 3 de son API. Il va donc falloir que je reprenne ça pour adapter le code à la nouvelle API. Dans l'intervalle le module AlgaeBase est indisponible. Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 14:36 (CEST)[répondre]
    Globalement réparé (chez moi). Il faut que je me replonge dans le code, car il ne gère pas les genres par exemple. À suivre. Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 15:43 (CEST)[répondre]
    En attendant j'ai poussé ma modif sur le main. Histoire que AlgaeBase refonctionne comme avant. Mais je garde sous le coude de faire évoluer le code pour gérer tous les cas de figure. A+ Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 22:05 (CEST)[répondre]
    J'ai re-jeter un œil : leur API est super-chiante. Tu ne peux pas chercher quelque chose sans savoir si c'est une espèce, un genre ou un taxon plus haut. Pour espèce on peut le savoir parce que le nom a deux termes, mais pour le reste faut donc tester, si pas de résultat tester l'autre cas. Bref, ça va demander un peu de boulot. Hexasoft (discuter) 16 octobre 2023 à 19:07 (CEST)[répondre]

Notification LD et 74laprune : pour info je viens de pousser une grosse mise à jour du module AlgaeBase. Cette mise à jour apporte :

  • le support de − normalement − tous les rangs (avant seules les espèces fonctionnaient)
  • l'amélioration de la récupération de certaines infos
  • le support du statut "éteint" (pour les espèces et les genres. Ça ne marche pas pour les taxons supérieurs au genre, il faudra que je regarde si c'est vraiment l'info qui manque ou si j'ai raté un truc) à la fois pour la taxobox et le lien externe (il faudra ajouter le support de l'option dans le modèle algaebase)

Par contre il y aura du nettoyage de code à faire (surtout de la factorisation de code car il y a beaucoup de duplication entre le code qui gère espèce, genre et supérieur…
N'hésitez-pas à tester divers cas de figure pour me faire remonter les éventuels problèmes. A+ Hexasoft (discuter) 17 octobre 2023 à 16:12 (CEST)[répondre]
PS : LD j'ai corrigé un autre problème d'espace dans rendu.php Émoticône

Vu, merci Hexasoft. Je n'aime pas trop quand deux variables "se collent", pour la lisibilité et pour la maintenance. Je me dis que s'il y a une erreur, c'est qu'une variable doit être affectée avec " " ; mais ça peut rester comme ça jusqu'à une amélioration ; par exemple une fonction trim pour tester les variables affectées avec un seul caractère.
D'ailleurs, en catemini, je me suis plongé dans une réécriture partielle de wikipedia.php ; ce qui modifiera pas mal de fichiers ensuite. Mais je ne suis pas sûr de la finir sous peu. Je peux créer une branche si tu souhaites voir le chantier. LD (d) 17 octobre 2023 à 19:06 (CEST)[répondre]
@LD : oui, coller des variables j'aime pas trop non plus, mais quand ça peut être vide et/ou avec (ou pas) des trucs avant/après c'est un peu compliqué.
On peut effectivement envisager de s'en moquer et de passer la sortie finale à un remplacement des espaces multiples par un seul (encore que : pour des noms de fichier par ex. ça peut se produire, mais Taxobot n'en gère pas).
N'hésite-pas pour wikipedia.php : il y a pas mal de portions de code qui ont été faites « à la hache », au moins partiellement. A+ Hexasoft (discuter) 17 octobre 2023 à 19:40 (CEST)[répondre]

Merci Hexasoft et LD Émoticône ! J'ai testé Hexasoft algaebase, ça a fonctionné pour l'espèce Chrysanthemodiscus floriatus, la famille des Chrysanthemodiscaceae et l'ordre des Chrysanthemodiscales, mais pas pour le genre Chrysanthemodiscus. Et aussi curieusement, ça m'a fournit un lien {{ADW}} pour l'espèce et l'ordre alors qu'ADW ne recense que des animaux. Bonne nuit,--74laprune (discuter) 17 octobre 2023 à 22:42 (CEST)[répondre]

Demande 163[modifier le code]

  • Type : modification (Wikification)
  • Description : Je n'ai pas eu encore l'occasion de vous féliciter, créateur et mainteneurs du taxobot, pour cet outil si puissant, que je n'aurais pas imaginé avant de l'essayer, et de l'adopterÉmoticône sourire.
  • Je me permets ainsi de poser une première demande d'amélioration dans le cadre de la wikification :
    • Selon Aide:Wikification, "Les listes à puces sont à éviter, des paragraphes rédigés étant largement préférés". Aussi si une liste ne contient qu'un seul élément (liste de sous-taxons, liste de synonymes), remplacer la liste à puce par une phrase unique.
    • Le contenu doit être compréhensible par un non habitué, aussi quand l'on site une Base de données, le lecteur n'est pas sensé savoir de quoi il s'agit. Je propose de remplacer "Selon {{Bioref|... par "Selon la base de données xx" ou "Selon le site xx"
    • Faire des phrases, par exemple pour la liste des sous-taxons. Je remplace systématiquement le "Selon {{Bioref|xx" par des phrases du style: "Selon la base de données {{bioref|WRMS|consulté le=27 novembre 2023}}, le genre ''xxx'' contient les [[Espèce|espèces]] suivantes :" ou "Selon la base de données {{bioref|WRMS|consulté le=25 novembre 2023}}, la famille des XXX regroupe les [[genre (biologie)|genres]] suivants :"
  • Signature : Yv91 (discuter) 28 novembre 2023 à 09:25 (CET)[répondre]
    @Yv91 : quelques éléments de réponse / discussion :
    Pour les listes à puce : oui la partie "rendu" peut prendre en compte le nombre d'éléments pour opter pour une présentation ou une autre. Mais quel seuil utiliser ? 1 vs plus de 1 ? 2 vs plus de 2 ? etc.
    Pour la formulation de phrases il faut comprendre qu'il est compliqué pour un programme de faire des phrases fluides. En fonction du genre (féminin/masculin), du nombre, de la présence de voyelles en début de mots (apostrophe ou pas) il y a énormément de cas à gérer, parfois avec des résultats peu corrects. Sur ton exemple « Selon la base de données {{bioref|WRMS|consulté le=25 novembre 2023}}, la famille des XXX regroupe les [[genre (biologie)|genres]] suivants : » pourrait devoir devenir « … la famille des XXX contient un unique genre et une seule espèce … », pour un genre on aurait « … contient l'espèce … » etc.
    Il faut donc penser en terme de « quels sont les cas de figure possibles » et comment chacun d'entre eux doit être affiché, est-ce qu'on a pensé à tous les cas.
    Et surtout le programme génère un squelette d'article, pas un article déjà rédigé Émoticône. Il faut bien que l'humain ait encore du boulot Émoticône.
    Plus sérieusement pourquoi pas mais il faut analyser précisément les configurations pour envisager de tels changements. A+ Hexasoft (discuter) 30 novembre 2023 à 23:31 (CET)[répondre]
    Bonjour @Hexasoft, Crois bien que je comprends parfaitement tes remarques et questions, ayant été informaticien dans une autre vie Émoticône sourire : On ne peut pas en effet traiter tous les cas de manière automatique, il faut se restreindre aux cas les plus courants.
    • Pour les listes à puce, traiter le cas d'un seul élément me parait largement suffisant. Pour 2 éléments, ce n'est pas très choquant d'avoir une liste à puce et libre à chacun de les remplacer avec un "et".
    • Pour introduire la bioref, il ne doit pas y avoir de difficulté technique. Mais faut-il dire "Selon la base de données" dans tous les cas ? ou bien parfois "Selon le site" ?
    • Pour les cas d'un unique sous-sous-taxon dans un unique sous-taxon, je propose aussi que l'on laisse faire le contributeur. Si Taxobox traite l'unique sous-taxon c'est déjà pas mal.
    • Il y a effectivement beaucoup de combinaisons nb-taxons x nb-sous-taxons x (1 sous-taxon;>1sous-taxon).
    • Par contre, je ne vois pas l'irruption de l'initiale du sous-taxon.
    Cela ferait une structure du style:
    • Si un seul sous-taxon :
    "{Nom du niveau taxonomique avec son article initial} {Nom du taxon} {verbe au singulier} {indication d'unicité+Nom du sous-niveau taxonomique} {Nom du sous-taxon}."
    • Si plusieurs sous-taxons :
    "{Nom du niveau taxonomique avec son article initial} {Nom du taxon} {verbe au singulier} {Nom du sous-niveau taxonomique au pluriel+adjectif sexué} : {liste de sous-taxons}"
    Cela ferait donc
    {Nom du niveau taxonomique avec son article initial} du type "la famille des ", l'embranchement des "
    {indication d'unicité+Nom du sous-niveau taxonomique} : "l'unique famille des ","l'unique genre ", "l'unique espèce "
    ou bien "la seule famille des ","le seul genre ", "la seule espèce "...
    {Nom du sous-niveau taxonomique au pluriel+adjectif sexué} : "les genres suivants ", "les espèces suivantes "...
    Cela ferait donc 3 listes d'expressions à implémenter pour chaque taxon possible.
    Si taxon >= famille, on les construirait avec {article}+ {nom}+ " des ".
    Est-ce que cela te parait réalisable ? Sinon, on pourrait peut-être simplifier encore. Yv91 (discuter) 1 décembre 2023 à 11:44 (CET)[répondre]
    Bonjour,
    Je souscris aux interrogations d'@Hexasoft. Merci d'avoir apporté plusieurs éléments de réponse.

    Je viens d'écrire plusieurs fonctions auxiliaires (reference) qui peuvent aider à répondre à ces besoins. C'est encore une ébauche Émoticône !
    • En gros, l'idée est de se rapprocher d'un dictionnaire classique, de prévoir des règles de grammaire de base, et éviter de lier chaque adjectif à une seule entrée de dictionnaire (ex. clade + éteint). Puisque certaines bases de données renvoient d'autres adjectifs (terrestres, marins, etc.), je pense qu'en passant on peut rendre l'approche modulaire avec un « vocable » (données avec des mots, des adjectifs, des verbes, des articles, ...).

    -------
    Pour la partie technique :
    Avant de répondre à la demande, une réorganisation des données sera nécessaire. Par exemple :
    • (actuel) 'rameau' => [ 'id' => 'rameau', 'lien' => '[[Rameau (biologie)|Rameau]]', 'lienm' => '[[Rameau (biologie)|rameau]]', 'nom' => 'Rameau', 'nomm' => 'rameau', 'nomp' => 'Rameaux', 'nommp' => 'rameaux', 'un' => 'un ', 'le' => 'le ', 'inf' => false, 'ex' => '[[Extinction des espèces|éteint]]' ],
    • (nouveaux) :
      • (nom) : 'rameau' => ['genre' => 'm', 'lien interne' => ['page' => 'rameau (botanique)', 'texte' => 'rameau', 'pluriel' => 'rameaux']]
      • (adjectif) : 'éteint' => ['page' => 'extinction des espèces', 'msg' => 'éteint', 'mpl' => 'éteints', 'fsg' => 'éteinte', 'fpl' => 'éteintes', 'nsg' => 'éteint', 'npl' => 'éteints']
      • (verbe) 'être' => ['sg' => 'est', 'pl' => 'sont']
    • Dans cet exemple, on voit que 'un' => 'un ', 'le' => 'le ' est rendu obsolète par 'genre' => 'm' dès lors que l'article sera « un » ou « le », sauf élision, pour un masculin singulier.
      • Pour les élisions, c'est complexe de gérer les h aspirés et les « y » mais une approximation avec les « vraies voyelles » peut être réalisée : « le » devient généralement « l' » devant a, e, i, o, u, é.

    -------
    Bref, cela demande du travail en amont mais une partie a été réalisée (ouf). Il faudra néanmoins être patient pour qu'une mise à jour plus en profondeur soit réalisée, car si on souhaite que ce soit peaufiné et qu'on n'ait pas à revenir dessus trop régulièrement, cela prendra du temps.
    Je pense que cela implique de mutualiser pas mal de données en une seule table ; par exemple, tous les rangs devraient être traîtés ensemble, avec les équivalents en langue étrangère quand c'est pertinent, même si cela diffère des bases de données. Donc, cela demande de réécrire une partie de tous les modules. LD (d) 2 décembre 2023 à 17:08 (CET)[répondre]
    @LD : c'est vrai que cette table ne donne pas satisfaction dans son état actuel mais comme tu dis ça impacte plein de chose de la modifier.
    Elle a déjà évolué au cours du temps mais avoir un module dédié à « faire des phrases correctes » serait intéressant. Après il reste qu'une partie sera toujours liée à des choix éditoriaux (utiliser telle forme plutôt que telle autre, selon le domaine, le rang, etc.).
    A+ Hexasoft (discuter) 2 décembre 2023 à 17:52 (CET)[répondre]

Demande 165[modifier le code]

Demande 167[modifier le code]

  • Type : bug / fonctionnalité
  • Description : Si le taxon possède des sous-taxons de différents niveaux et non imbriqués, taxobot ne retourne que les sous-taxons du plus haut niveau.

Exemple php taxobot.php -taxon "Pseudoceros" -classification "wrms" ne retourne que 1 sous-genre alors qu'il a 141 espèces directes. S'il est difficile de résoudre cette question, ne pourrait on pas créer une option pour choisir le niveau de sous-taxon désiré ?

  • Signature : Yv91 (discuter) 1 décembre 2023 à 17:02 (CET)[répondre]
  • Complément : Bonjour Yv91 Émoticône, je me permets de compléter ta demande avec un problème similaire. Avec la commande php taxobot.php -taxon "Acestrorhynchidae" -timeout 10 -classification wrms, Taxobot ne retourne que le genre Acestrorhynchus alors que cette famille semble être divisée en deux sous-familles dont la première (Acestrorhynchinae) comprend effectivement cet unique genre mais dont la deuxième (Heterocharacinae) en contient quatre (trois monotypiques et l'autre avec trois espèces). Tous ces taxons sont valides et, a minima, Taxobot en se limitant aux sous-taxons du plus haut niveau aurait dû remonter les deux sous-familles au lieu du genre Acestrorhynchus. Givet (discuter) 2 décembre 2023 à 17:27 (CET) PS : Yv91, si ça t'ennuie que ma demande figure avec la tienne, tu peux la basculer sur une nouvelle, merci.[répondre]
    Bonjour Givet Émoticône Ca ne m'ennuie pas du tout, c'est un problème du même ordre. Yv91 (discuter) 2 décembre 2023 à 18:04 (CET)[répondre]

Du même ordre :

Bonjour LD Émoticône. Je comprends que le cas de WRMS soit difficile à corriger. Peut-on mettre en attendant un gros Warning indiquant que la liste des sous-taxons générés peut être fausse et qu'il faut nécessairement faire une vérification à la source ? Merci. 13 janvier 2024 à 13:47 (CET)[répondre]

Demande 168[modifier le code]

Demande 169[modifier le code]

Demande 170[modifier le code]

Demande 171[modifier le code]

  • Type : bug + questions
  • Description : php taxobot.php -taxon Heteroptera -classification itis

On se retrouve avec $struct['sous-taxons']['liste'][$key]['auteur'] (cf. rendu L217) qui équivaut à 

array(1) {
  ["@attributes"]=>
  array(1) {
    ["nil"]=>
    string(4) "true"
  }
}

Ergo preg_replace ne peut pas fonctionner (Warning: Array to string conversion) car on a du string dans des arrays imbriqués (c'est soit string, soit array).

Deux façons de corriger : soit dans rendu, soit dans les modules en empêchant d'affecter une valeur nulle imbriquée ($a = [ key => [ key => value ] ]) : préferer considérer $a comme vide immédiatement.

Question sous-jacente (donc) : ne doit-on pas associer les données (de manière générale) au module qui récupère les données pour "aisément" savoir où le problème se situe ?

C'est une déformation personnelle : dans certains languages, on a un type de nature uplet (ex. tuple en python) qui permet d'associer l'information (a) à la source (b) comme (a, b), voire à la manière de JSON avec key => value.

PHP ne semble pas trop avoir cette logique d'un type construit, par nature (sauf objet !?), mais on peut imaginer avoir $struct[$BDD]['key'], tout simplement. Cela implique, en revanche, qu'il faille loop à un moment voire donner la priorité aux infos. Bref pas sûr que ce soit une bonne ou mauvaise idée ; mais maintenant que j'y pense, je trouve ça bizarre d'avoir une base ainsi structurée (pas l'habitude).

Demande 172[modifier le code]

  • Type : Fatal error
  • Description : Taxobot plante en lançant simplement « php taxobot.php -taxon "Psocoptera" » (mais c'est pareil avec d'autres taxons). La réponse est :
    PHP Fatal error:  Uncaught ValueError: XMLReader::XML(): Argument #1 ($source) cannot be empty in /root/taxobot/outils.php:246<br>Stack trace:<br>
#0 /root/taxobot/outils.php(246): XMLReader->XML()<br>
#1 /root/taxobot/outils.php(259): est_xml_valide()<br>
#2 /root/taxobot/modules/mod_itis.php(176): get_xml()<br>
#3 /root/taxobot/taxobot.php(404): m_itis_infos()<br>
#4 {main}<br>  thrown in /root/taxobot/outils.php on line 246 }}
  • Signature : à mon avis cela vient de la dernière màj... Givet (discuter) 13 décembre 2023 à 09:17 (CET)[répondre]
    Salut @Givet, sous cette erreur, il y en a plusieurs :
    1. ITIS est en maintenance donc renvoie des données vides que Taxobot récupère (normal jusque-là)
    2. Taxobot gère mal ces données vides (je pensais avoir réglé le problème mais visiblement non)
      • Mauvaise vérification du XML (=jeu de données)
      • Force une lecture du XML alors que celui-ci n'a pas pu être vérifié (et validé)
      • Donc échoue en erreur fatale
    Si ITIS marche, le reste aussi mais idéalement il faut quand même corrigé. LD (d) 13 décembre 2023 à 15:03 (CET)[répondre]
    p.s. sur ma machine, j'ai pu corriger la problème mais ce taxon prend 190s ce qui me semble (trop) long dont 16 s d'ITIS : j'imagine qu'on peut encore réduire cette durée. Je vais pousser la correction (sans amélioration de la durée), au moins pour que ça marche. LD (d) 13 décembre 2023 à 15:06 (CET)[répondre]
    merci @LD, ça marche également chez moi Émoticône après mise à jour du module outils.php. Par contre il y a énormément de données récupérées, ce qui peut expliquer le temps de travail relativement long. Encore merci Émoticône sourire Givet (discuter) 13 décembre 2023 à 16:58 (CET) PS : je te laisse clore quand tu le voudras, pour moi c'est OK[répondre]
    Je vais laisser ouvert, histoire que je puisse regarder un peu (=ne pas oublier).
    Par nature, un module ne devrait pas tenter plusieurs récupérations d'infos (nom, classif, synonyme, etc.) si la connexion n'a pas pu pas être établie une première fois (côté utilisateur et/ou serveur).
    Bref, on peut tomber à une exécution de 2-5 s, plutôt que de laisser tourner jusqu'à 2 mns par module (ou moins si -timeout). LD (d) 13 décembre 2023 à 17:44 (CET)[répondre]

Demande 177[modifier le code]

  • Type : cosmétique
  • Description : bien plus futile que toutes les autres demandes, j'en conviens, mais voici quelques petits ajustements qui me sembleraient intéressants de mettre en place :
    1) ne pourrait-on pas avoir le disclaimer en tout premier de manière à bien rappeler que Taxobot n'est qu'un outil (très bon certes en fournissant une bonne base mais demandant un complément de travail).
    2) je verrais bien une ligne vide séparant la ligne d'intro de la taxobox (pour plus de clarté) mais, plus encore, je pense qu'il serait bien d'en modifier le contenu par quelque chose comme est « une espèce/genre de XXX de la famille... » car j'avoue être un peu perplexe de voir des intros du style e« st une espèce de la famille des Xyridaceae », ah bon mais de quoi parle-t-on ? Alors le XXX rappellerait à chacun de compléter l'info
    3) Enfin pourquoi ne pas mettre également en début de restitution la liste des auteurs potentiels plutôt qu'à la fin...
  • Signature : Givet (discuter) 28 décembre 2023 à 10:11 (CET)[répondre]

Demande 178[modifier le code]

✔️ pour Toolforge, mais pas sur le github. Je travaille sur d'autres choses, je préfère regrouper les modifs pour le dépôt. LD (d) 29 décembre 2023 à 12:53 (CET)[répondre]

Demande 179[modifier le code]

Demande 181[modifier le code]

Demande 182[modifier le code]

Demande 183[modifier le code]

NB : déjà évoqué ici : Discussion_Projet:Biologie/Taxobot/Traités#Demande_150

Bonjour Émoticône
Avec ta requête, j'ai eu : 
{{Taxobox début | protiste | ''Trihymena'' | | | classification=GBIF }}
{{Taxobox | embranchement | Ciliophora }}
{{Taxobox | classe | Colpodea }}
{{Taxobox | ordre | Bryometopida }}
{{Taxobox | famille | Trihymenidae }}
{{Taxobox taxon | protiste | genre | Trihymena | {{auteur|[[Foissner]]}}, [[1988 en science|1988]] }}
{{Taxobox fin}}
Cela dit, « kingdom » est associé à « Royaume » & « Règne » ([5] & [6]), j'imagine que ça peut occasionner une erreur de temps en temps.
Dans l'immédiat, je ne vais pas corriger (pas trop le temps) mais il me semble qu'on peut dissocier la classification biologique et virologique sans trop d'encombres, ce qui pourrait corriger ce bug (certain que c'en soit la cause mais ça vaut le coup de corriger la double association quand même). LD (d) 20 janvier 2024 à 12:16 (CET)[répondre]

Notification LD : bizarre... il n'existe pas de rang « royaume » en français (souviens-toi Discussion:Realm (virologie) Émoticône sourire). Il faudrait supprimer les deux lignes 

  'KINGDOM' => 'royaume',
  'SUBKINGDOM' => 'sous-royaume',

Pour la requête, il faudrait qu'il y ait en plus {{Taxobox | règne | Chromista }}, ce que faisait bien le bot avant. Amicalement, 74laprune (discuter) 20 janvier 2024 à 12:38 (CET)[répondre]

@74laprune, je me souviens mais c'est un vestige où « Royaume » équivaudrait bien à Realm, ça ne change pas trop le résultat espéré. On peut néanmoins supprimer si on n'utiliserait plus GBIF pour les virus.
Vu la demande 142, dès qu'on a Chromista on renvoie Protiste en charte (donc en règne).
Par conséquent, je comprends qu'il faut quand même dissocier Chromista et Protiste. LD (d) 20 janvier 2024 à 13:01 (CET)[répondre]
Oui on n'utilisera plus (en fait on n'a jamais utilisé à ma connaissance) GBIF pour les virus mais l'ICTV. De toute façon GBIF suit CoL qui suit ICTV (on ne risque pas de trouver des virus dans GBIF inconnus de l'ICTV). Et GBIF ne connait pas le rang realm et synonymise tous les règnes et realms de l'ICTV dans le « règne » Viruses [7]. Pas de « royaume » en tout cas !
On renvoie protiste en charte mais pas en règne (Discussion_modèle:Taxoboxoutils_premier_parent#Domaine_protistes), l'ancien règne Protista étant éclaté dans les règnes Protozoa et Chromista. (il faut donc bien préciser le règne pour une taxobox protiste ce qui est le sens de ma demande). Les chartes des taxobox ne correspondent plus toutes à des taxons mais à des groupes informels qui suivent chacun soit le CINB soit le CINZ, la charte détermine par ex s'il faut des italiques pour les noms de taxons supérieurs au genre. Amicalement, 74laprune (discuter) 20 janvier 2024 à 14:33 (CET)[répondre]

Demande 184[modifier le code]

Demande 185[modifier le code]

Demande 186[modifier le code]

Demande 187[modifier le code]

Devlog[modifier le code]

#3 : La version Web bientôt sur vos écrans[modifier le code]

Bonjour,

Une accroche empruntée des médias pour annoncer l'hébergement de Taxobot sur Toolforge, un service de la Wikimedia Foundation qui héberge également Wikipédia.

Ainsi, vous pouvez dorénavant faire des recherches via votre navigateur à cette adresse :

» https://letaxobot.toolforge.org/ «

Même si la version web n'est pas terminée (ipso facto cet outil non plus), les premiers résultats sont prometteurs.

— LD (d) 16 décembre 2023 à 01:36 (CET)[répondre]

Bonsoir LD Émoticône, j'ai fait un premier test pour Hydnora visseri. Le bouton copier le code fonctionne mais il y a un léger problème dans le rendu web : deux fois trop de retours à la ligne ! Merci pour ton boulot, amicalement,--74laprune (discuter) 21 décembre 2023 à 19:24 (CET)[répondre]
Bonsoir @74laprune et merci pour ce retour. J'ai fait quelques modifications et corrigé le rendu. N'hésite pas si tu as des suggestions. LD (d) 21 décembre 2023 à 22:48 (CET)[répondre]
Salut, l'option « Liens sur les synonymes » marche-t-elle ? Le taxobot web m'en met quand même (requête) — Pharma 💬 22 décembre 2023 à 17:16 (CET)[répondre]
Salut @Pharma, j'ai regardé promptement hier ; il y a bien des paramètres qui ne passent pas bien lors de la soumission du formulaire : les choix existent mais ils sont mal communiqués. Ce n'est pas ma grande spécialité mais je vais essayer de corriger cela dans les jours à venir. LD (d) 23 décembre 2023 à 11:31 (CET)[répondre]
Malheureusement, je ne vois pas de "bon moyen" de résoudre cela de manière temporaire.
Hexasoft & moi voulions travailler sur des Préférences (une configuration personnelle qui évitera la répétition de paramètres en ligne de commande). Si on veut bien gérer les choix en ligne de commande et web, il me semble qu'il est préférable de mettre en place le nouveau système.
J'ai un peu commencé aujourd'hui mais je ne peux pas encore indiquer quand cela sera disponible. LD (d) 23 décembre 2023 à 21:42 (CET)[répondre]

Bonjour à toutes et à tous Émoticône sourire, je m'étais mis à utiliser cette version web qui est parfaite. Dès lors je me suis dit que je pourrais sans doute supprimer Ubuntu de mon PC tournant sous Windows (oui, je sais, honte à moi Émoticône). Eh bien j'ai bien fait de ne rien précipiter car aujourd'hui il m'est impossible d'ouvrir https://letaxobot.toolforge.org/web/index.php, et donc je suis ravi de pouvoir continuer à bosser sur Ubuntu Émoticône sourire. Moralité : avoir une roue de secours est bien pratique. Givet (discuter) 3 avril 2024 à 17:39 (CEST)[répondre]

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