Haplogroupe C1

Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.
Haplogroupe C1
Caractéristiques
Date d'origine vers 50 000 ans AP[1]
Place d'origine Moyen-Orient[2],[3]
Ancêtre Haplogroupe C
Descendants C1a CTS11043 (C1a1 M8 ; C1a2 (anciennement C6) V20) ;
C1b1a B66/Z16458 ; C1b1a1 M356 (anciennement C5) ;
C1b1a2 B65 ; C1b1a3 Z16582 ; C1b2 C-B477 (C1b2a M38 (anciennement C2) ; C1b2a1a P33 ; C1b2b (anciennement C4) M347)
Mutations définies F3393

modifier Consultez la documentation du modèle

En génétique humaine, l'haplogroupe C1 (aussi appelé C-F3393) est un haplogroupe du chromosome Y. L'haplogroupe C1 et son groupe-frère l'haplogroupe C2 (ou C-M217) constituent les deux branches majeures de l'haplogroupe C.

Migrations de l'haplogroupe C du chromosome Y

Présentation[modifier | modifier le code]

L'haplogroupe C1 regroupe les haplogroupes C1 à C6 de l'ancienne notation, excepté C3 qui est désormais noté C2.

À ce jour, on n'a pas encore trouvé d'individu (vivant ou mort) possédant le paragroupe basal C1*.

L'haplogroupe C1 se subdivise en deux branches principales : C1a et C1b. La première est particulièrement rare et a été trouvée principalement chez des populations japonaises et européennes, avec des cas isolés au Népal[4] et dans la province de Jeju (Corée)[5], découverts lors de recherches universitaires, ainsi que sur un individu arménien, un kabyle et un individu du groupe ethnique des Han dans la région de Liaoning, dans le Nord de la Chine, lors d'analyses généalogiques commerciales. Quant au groupe C1b, il est commun en Océanie et en Asie.

Les sous-clades de C1 sont les haplogroupes du chromosome Y majoritaires chez certaines tribus indigènes d'Australie, certaines populations insulaires du Pacifique ainsi que quelques groupes ethniques des Petites îles de la Sonde, en Indonésie. On trouve aussi certains sous-clades dans certains lieux isolés d'Eurasie.

Les migrations du groupe C1 proviennent principalement du lieu d'implantation du groupe C en Iran, qui fut à l'époque un foyer majeur de migrations.

C1a (CTS11043)[modifier | modifier le code]

Le paragroupe basal C1a* (CTS11043) a été trouvé sur un ancien individu du Paléolithique supérieur d'Europe de culture aurignacienne, vieux de 35 000 ans, provenant des grottes de Goyet, en Belgique (noté Goyet Q116-1)[6]. Il serait issu d'une deuxième ou d'une troisième vague d'Homo sapiens arrivés en Europe. Cette époque correspond aux plus anciennes peintures pariétales de la Grotte Chauvet (France), datées d'environ 36 000 ans AP.

D'après les études de génétique récentes, les membres actuels des sous-clades de C1a sont relativement rares et très dispersés, notamment en Europe et en Asie, principalement au Japon, en Corée et en Chine. Cela concorderait avec le fait que les membres du groupe C1a feraient partie des premiers colonisateurs de l'Eurasie, à une époque où l'Homme de Néandertal en Europe et l'Homme de Denisova en Asie étaient encore présents.

On peut diviser le sous-clade C1a en C1a1 et C1a2.

C1a1[modifier | modifier le code]

C1a1, ou C-M8, est trouvé dans une assez faible proportion au Japon[7] (environ 5 à 6 %). Il a été également trouvé de façon plus sporadique parmi des milliers d'individus masculins en Corée et parmi des centaines de milliers d'individus masculins en Chine ayant fait des tests d'analyses généalogiques commerciales[8],[9],[10],[11],[5]. Il correspondrait donc à la branche ayant migré en Asie de l'Est.

C1a2[modifier | modifier le code]

C1a2 (anciennement C6), ou C-V20, n'apparait quasiment que chez les populations d'Europe, auxquelles s'ajouteraient certains individus masculins d'Algérie, de Turquie et d'Arménie, mais également du Népal[12],[4]. C1a2 était présent dans des vestiges du Paléolithique supérieur d'Europe. Il a notamment été trouvé dans le site archéologique de Dolní Věstonice, vieux d'environ 30 000 ans (individu Vestonice 16), situé en Tchéquie[13], dans celui de Sungir en Russie, vieux de 34 000 ans (individus Sunghir 1/2/3/4)[14], dans des vestiges mésolithiques de chasseurs-cueilleurs occidentaux vieux de 7 000 ans, plus précisément dans la province de León en Espagne (individu La Braña 1)[15], ainsi que sur un individu masculin vivant à la même époque trouvé dans l'Alföld, une plaine au Sud de la Hongrie[7],[16].

C1b (F1370)[modifier | modifier le code]

Le paragroupe basal C1b* (F1370) a été trouvé sur un ancien individu (Kostenki-14) du Paléolithique supérieur sur le site archéologique de Kostenki, dans l'ouest de la Russie, vieux d'environ 37 000 ans. Il a également été trouvé sur un petit nombre d'individus du Moyen-Orient[17].

Les principaux sous-clades du groupe C1b sont le C1b1a (C-B66/Z16458), lui-même divisé en trois principaux sous-clades : C1b1a1a-M356 (anciennement C5), C1b1a1b-Z16582 et C1b1a2-B65 ; ainsi que le C1b2, ou C-B477/Z31885, qui est l'ancêtre commun du C1b2a (anciennement C2), ou C-M38, et du C1b2b (anciennement C4), ou C-M347. À noter également la présence de quelques individus du C1b1b-B68 dans les peuples Dusun, à Bornéo[18].

C1b1[modifier | modifier le code]

Les membres des sous-clades C1b1 (C-K281) ont été trouvés dans plusieurs populations d'Asie. C1b1 complète donc avec C1a1 la colonisation du continent asiatique.

C1b1a1a-M356, anciennement C5, est le plus répandu et a été trouvé dans de nombreux pays en Asie du Sud, Asie centrale et Asie de l'Ouest[19],[20],[21],[22],[23],[24].

C1b1a2-B65, que l'on peut encore diviser en C1b1a2a-B67 et C1b1a2b-Z33070, est plus présent en Asie du Sud-Est. Plus précisément, il aurait été trouvé chez deux individus du peuple Lebbo vivant à Bornéo, en Indonésie[18] pour le clade B67, et chez les peuples chinois Han (Guangdong, Hunan, Shaanxi) et Dai (Yunnan), les peuples Murut (Bornéo)[18], les peuples Malais (Singapour)[18], ainsi que les peuples Aeta (Philippines)[18], pour le clade Z33070.

Pour finir, le dernier sous-clade C1b1a1b-Z16582 ne semble pas avoir beaucoup migré depuis l'Iran, car il a été trouvé chez des individus d'Arabie saoudite et d'Irak.

C1b2[modifier | modifier le code]

Le groupe C1b2 se trouve surtout dans les îles d'Océanie. Ce serait donc la branche du C1 qui se serait aventurée le plus loin au Sud-Est.

C1b2a (C-M38), anciennement C2, se limite aux îles de l'Asie du Sud-Est, la Nouvelle-Guinée, la Mélanésie et la Polynésie. En particulier, son sous-clade C1b2a1a (P33) est trouvé avec une grande occurrence parmi les Polynésiens[25],[26].

C1b2b (C-M347), anciennement C4, est présent essentiellement en Australie. Il est probable que plus de 40 % de la population indigène australienne ait appartenu à ce sous-clade avant l'installation des colons européens[27]. Au moins deux sous-clades ont été identifiés : C1b2b1 (DYS390.1del, M210) et une branche encore non caractérisée avec certitude mais se différenciant de la précédente.

Arbre phylogénétique[modifier | modifier le code]

  • C1 F3393
    • C1a CTS11043
      • C1a1 M8 Japon, Chine, Corée du Sud, Corée du Nord
        • C1a1a P121
          • C1a1a1 CTS9336
            • C1a1a1a Z7180 Japon, Corée du Sud
            • C1a1a1b Z1356 Japon
          • C1a1a2 Z45460 Chine (Liaoning), en cours d'investigation
      • C1a2 (anciennement C6) V20
        • C1a2a V182
          • C1a2a1 V222 Royaume-Uni, Italie (Calabre), Grèce, Hongrie, Ukraine
            • C1a2a1a Y12152/Z28813 Écosse
              • C1a2a1a1 BY1117/Z31808 Hongrie, Angleterre
              • C1a2a1a2 Y12157/Z30466 Italie, Grèce, Ukraine
            • C1a2a1b BY67541 Italie, Allemagne
          • C1a2a2 Y11325/Z29329 Espagne, Pologne
        • C1a2b Z38888 Lituanie, Irlande, Angleterre, Algérie, Arménie
          • C1a2b1a Z44576 Algérie
          • C1a2b1b Z44526 Angleterre, Arménie
    • C1b F1370
      • C1b1 K281
        • C1b1a B66/Z16458
          • C1b1a1 SK991/Z16459
            • C1b1a1a (anciennement C5) M356 Inde, Sri Lanka, Bangladesh, Népal, Pakistan, Afghanistan[28], Iran, Émirats arabes unis, Koweït, Arabie Saoudite, Chine (Xinjiang & Shanxi), Myanmar[29], Thaïlande[30]
            • C1b1a1b Z16582 Arabie Saoudite, Iraq
          • C1b1a2 B65 Singapour, Chine (Yunnan, Guangdong, Hunan, Shaanxi), Bornéo, Philippines
            • C1b1a2a B67
            • C1b1a2b Z33070
        • C1b1b B68 Bornéo, en cours d'investigation
      • C1b2 B477/Z31885
        • C1b2a (anciennement C2) M38
          • C1b2a1 M208
            • C1b2a1a P33 Polynésie
            • C1b2a1b1 P54
            • C1b2a1c F21693 Papouasie-Nouvelle-Guinée, Indonésie, Nouvelle-Zélande, Samoa, Îles Cook, Hawaï
          • C1b2a2 FT71404 Indonésie : Moluques, Philippines, Fidji
        • C1b2b (anciennement C4) M347/P309 Australie
          • C1b2b1 M210

Références[modifier | modifier le code]

  1. ↑ (en) C-F3393 tree, Yfull
  2. ↑ (ja) 崎谷満『DNA・考古・言語の学際研究が示す新・日本列島史』（勉誠出版　2009年
  3. ↑ (en) Pille Hallast, Anastasia Agdzhoyan, Oleg Balanovsky, Yali Xue et Chris Tyler-Smith, « A Southeast Asian origin for present-day non-African human y chromosomes », Human Genetics, vol. 140, no 2,‎ , p. 299–307 (PMID 32666166, PMCID 7864842, DOI 10.1007/s00439-020-02204-9)
  4. ↑ a et b (en) Hallast P, Batini C, Zadik D, Maisano Delser P, Wetton JH, Arroyo-Pardo E, Cavalleri GL, de Knijff P, Destro Bisol G, Dupuy BM, Eriksen HA, Jorde LB, King TE, Larmuseau MH, López de Munain A, López-Parra AM, Loutradis A, Milasin J, Novelletto A, Pamjav H, Sajantila A, Schempp W, Sears M, Tolun A, Tyler-Smith C, Van Geystelen A, Watkins S, Winney B, Jobling MA, « The Y-chromosome tree bursts into leaf: 13,000 high-confidence SNPs covering the majority of known clades », Molecular Biology and Evolution, vol. 32, no 3,‎ , p. 661–73 (PMID 25468874, PMCID 4327154, DOI 10.1093/molbev/msu327)
  5. ↑ a et b (en) Soon-Hee Kim, Ki-Cheol Kim, Dong-Jik Shin, Han-Jun Jin, Kyoung-Don Kwak, Myun-Soo Han, Joon-Myong Song, Won Kim, and Wook Kim (2011), "High frequencies of Y-chromosome haplogroup O2b-SRY465 lineages in Korea: a genetic perspective on the peopling of Korea." Investigative Genetics 2011, 2:10, http://www.investigativegenetics.com/content/2/1/10
  6. ↑ (en) Q. Fu, C. Posth, M. Hajdinjak, M. Petr, S. Mallick, D. Fernandes, A. Furtwängler, W. Haak, M. Meyer, A. Mittnik, B. Nickel, A. Peltzer, N. Rohland, V. Slon, S. Talamo, I. Lazaridis, M. Lipson, I. Mathieson, S. Schiffels, P. Skoglund, A. P. Derevianko, N. Drozdov, V. Slavinsky, A. Tsybankov, R. G. Cremonesi, F. Mallegni, B. Gély, E. Vacca, M. R. González Morales et L. G. Straus, « The genetic history of Ice Age Europe », Nature, vol. 534, no 7606,‎ , p. 200–205 (PMID 27135931, PMCID 4943878, DOI 10.1038/nature17993, Bibcode 2016Natur.534..200F)
  7. ↑ a et b (en) ISOGG, 2015 "Y-DNA Haplogroup C and its Subclades – 2015" (15 septembre 2015)
  8. ↑ Phylogenetic tree of haplogroup C-M8/C-M105 according to FamilyTreeDNA
  9. ↑ Phylogenetic tree of haplogroup C-M8 according to YFull
  10. ↑ Phylogenetic tree of haplogroup C-M8 according to 23mofang
  11. ↑ Phylogenetic tree of haplogroup C-M8 according to TheYtree
  12. ↑ (en) Scozzari R, Massaia A, D'Atanasio E, Myres NM, Perego UA, Trombetta B, Cruciani F, « Molecular dissection of the basal clades in the human Y chromosome phylogenetic tree », PLOS ONE, vol. 7, no 11,‎ , e49170 (PMID 23145109, PMCID 3492319, DOI 10.1371/journal.pone.0049170 Accès libre, Bibcode 2012PLoSO...749170S)
  13. ↑ (en) Fu Qiaomei, Posth Cosimo, Hajdinjak M, Petr M, Mallick S, Fernandes D, Furtwängler A, Haak W, Meyer M, Mittnik A, Nickel B, Peltzer A, Rohland N, Slon V, Talamo S, Lazaridis I, Lipson M, Mathieson I, Schiffels S, Skoglund P, Derevianko AP, Drozdov N, Slavinsky V, Tsybankov A, Cremonesi RG, Mallegni F, Gély B, Vacca E, Morales MR, Straus LG, Neugebauer-Maresch C, Teschler-Nicola M, Constantin S, Moldovan OT, Benazzi S, Peresani M, Coppola D, Lari M, Ricci S, Ronchitelli A, Valentin F, Thevenet C, Wehrberger K, Grigorescu D, Rougier H, Crevecoeur I, Flas D, Semal P, Mannino MA, Cupillard C, Bocherens H, Conard NJ, Harvati K, Moiseyev V, Drucker DG, Svoboda J, Richards MP, Caramelli D, Pinhasi R, Kelso J, Patterson N, Krause J, Pääbo S, Reich D, « The genetic history of Ice Age Europe », Nature, vol. 534, no 7606,‎ , p. 200–5 (PMID 27135931, PMCID 4943878, DOI 10.1038/nature17993, Bibcode 2016Natur.534..200F)
  14. ↑ Sikora M, Seguin-Orlando A, Sousa VC, Albrechtsen A, Korneliussen T, Ko A, Rasmussen S, Dupanloup I, Nigst PR, Bosch MD, Renaud G, Allentoft ME, Margaryan A, Vasilyev SV, Veselovskaya EV, Borutskaya SB, Deviese T, Comeskey D, Higham T, Manica A, Foley R, Meltzer DJ, Nielsen R, Excoffier L, Mirazon Lahr M, Orlando L, Willerslev E, « Ancient genomes show social and reproductive behavior of early Upper Paleolithic foragers », Science, vol. 358, no 6363,‎ , p. 659–662 (PMID 28982795, DOI 10.1126/science.aao1807 Accès libre, Bibcode 2017Sci...358..659S)
  15. ↑ (en) « Dienekes' Anthropology Blog: Brown-skinned, blue-eyed, Y-haplogroup C-bearing European hunter-gatherer from Spain (Olalde et al. 2014) »,
  16. ↑ Haak W, Lazaridis I, Patterson N, Rohland N, Mallick S, Llamas B, Brandt G, Nordenfelt S, Harney E, Stewardson K, Fu Q, Mittnik A, Bánffy E, Economou C, Francken M, Friederich S, Pena RG, Hallgren F, Khartanovich V, Khokhlov A, Kunst M, Kuznetsov P, Meller H, Mochalov O, Moiseyev V, Nicklisch N, Pichler SL, Risch R, Rojo Guerra MA, Roth C, Szécsényi-Nagy A, Wahl J, Meyer M, Krause J, Brown D, Anthony D, Cooper A, Alt KW, Reich D, « Massive migration from the steppe was a source for Indo-European languages in Europe », Nature, vol. 522, no 7555,‎ , p. 207–11 (PMID 25731166, PMCID 5048219, DOI 10.1038/nature14317, Bibcode 2015Natur.522..207H, arXiv 1502.02783)
  17. ↑ (en) « Haplogroup C Project »
  18. ↑ a b c d et e (en) Karmin M, Saag L, Vicente M, Wilson Sayres MA, Järve M, Talas UG, Rootsi S, Ilumäe AM, Mägi R, Mitt M, Pagani L, Puurand T, Faltyskova Z, Clemente F, Cardona A, Metspalu E, Sahakyan H, Yunusbayev B, Hudjashov G, DeGiorgio M, Loogväli EL, Eichstaedt C, Eelmets M, Chaubey G, Tambets K, Litvinov S, Mormina M, Xue Y, Ayub Q, Zoraqi G, Korneliussen TS, Akhatova F, Lachance J, Tishkoff S, Momynaliev K, Ricaut FX, Kusuma P, Razafindrazaka H, Pierron D, Cox MP, Sultana GN, Willerslev R, Muller C, Westaway M, Lambert D, Skaro V, Kovačevic L, Turdikulova S, Dalimova D, Khusainova R, Trofimova N, Akhmetova V, Khidiyatova I, Lichman DV, Isakova J, Pocheshkhova E, Sabitov Z, Barashkov NA, Nymadawa P, Mihailov E, Seng JW, Evseeva I, Migliano AB, Abdullah S, Andriadze G, Primorac D, Atramentova L, Utevska O, Yepiskoposyan L, Marjanovic D, Kushniarevich A, Behar DM, Gilissen C, Vissers L, Veltman JA, Balanovska E, Derenko M, Malyarchuk B, Metspalu A, Fedorova S, Eriksson A, Manica A, Mendez FL, Karafet TM, Veeramah KR, Bradman N, Hammer MF, Osipova LP, Balanovsky O, Khusnutdinova EK, Johnsen K, Remm M, Thomas MG, Tyler-Smith C, Underhill PA, Willerslev E, Nielsen R, Metspalu M, Villems R, Kivisild T, « A recent bottleneck of Y chromosome diversity coincides with a global change in culture », Genome Research, vol. 25, no 4,‎ , p. 459–66 (PMID 25770088, PMCID 4381518, DOI 10.1101/gr.186684.114)
  19. ↑ (en) Gayden T, Cadenas AM, Regueiro M, Singh NB, Zhivotovsky LA, Underhill PA, Cavalli-Sforza LL, Herrera RJ, « The Himalayas as a directional barrier to gene flow », American Journal of Human Genetics, vol. 80, no 5,‎ , p. 884–94 (PMID 17436243, PMCID 1852741, DOI 10.1086/516757)
  20. ↑ Fornarino S, Pala M, Battaglia V, Maranta R, Achilli A, Modiano G, Torroni A, Semino O, Santachiara-Benerecetti SA, « Mitochondrial and Y-chromosome diversity of the Tharus (Nepal): a reservoir of genetic variation », BMC Evolutionary Biology, vol. 9,‎ , p. 154 (PMID 19573232, PMCID 2720951, DOI 10.1186/1471-2148-9-154)
  21. ↑ Cadenas AM, Zhivotovsky LA, Cavalli-Sforza LL, Underhill PA, Herrera RJ, « Y-chromosome diversity characterizes the Gulf of Oman », European Journal of Human Genetics, vol. 16, no 3,‎ , p. 374–86 (PMID 17928816, DOI 10.1038/sj.ejhg.5201934 Accès libre)
  22. ↑ Abu-Amero KK, Hellani A, González AM, Larruga JM, Cabrera VM, Underhill PA, « Saudi Arabian Y-Chromosome diversity and its relationship with nearby regions », BMC Genetics, vol. 10,‎ , p. 59 (PMID 19772609, PMCID 2759955, DOI 10.1186/1471-2156-10-59)
  23. ↑ Sengupta S, Zhivotovsky LA, King R, Mehdi SQ, Edmonds CA, Chow CE, Lin AA, Mitra M, Sil SK, Ramesh A, Usha Rani MV, Thakur CM, Cavalli-Sforza LL, Majumder PP, Underhill PA, « Polarity and temporality of high-resolution y-chromosome distributions in India identify both indigenous and exogenous expansions and reveal minor genetic influence of Central Asian pastoralists », American Journal of Human Genetics, vol. 78, no 2,‎ , p. 202–21 (PMID 16400607, PMCID 1380230, DOI 10.1086/499411)
  24. ↑ Karafet TM, Mendez FL, Meilerman MB, Underhill PA, Zegura SL, Hammer MF, « New binary polymorphisms reshape and increase resolution of the human Y chromosomal haplogroup tree », Genome Research, vol. 18, no 5,‎ , p. 830–8 (PMID 18385274, PMCID 2336805, DOI 10.1101/gr.7172008)
  25. ↑ Hammer MF, Karafet TM, Park H, Omoto K, Harihara S, Stoneking M, Horai S, « Dual origins of the Japanese: common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes », Journal of Human Genetics, vol. 51, no 1,‎ , p. 47–58 (PMID 16328082, DOI 10.1007/s10038-005-0322-0 Accès libre)
  26. ↑ Cox MP, Redd AJ, Karafet TM, Ponder CA, Lansing S, Sudoyo H, Hammer MF, « A Polynesian motif on the Y chromosome: population structure in remote Oceania », Human Biology, vol. 79, no 5,‎ , p. 525–35 (PMID 18478968, DOI 10.1353/hub.2008.0004, hdl 1808/13585 Accès libre, S2CID 4834817)
  27. ↑ Hudjashov G, Kivisild T, Underhill PA, Endicott P, Sanchez JJ, Lin AA, Shen P, Oefner P, Renfrew C, Villems R, Forster P, « Revealing the prehistoric settlement of Australia by Y chromosome and mtDNA analysis », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 104, no 21,‎ , p. 8726–30 (PMID 17496137, PMCID 1885570, DOI 10.1073/pnas.0702928104 Accès libre, Bibcode 2007PNAS..104.8726H)
  28. ↑ Lacau H, Gayden T, Regueiro M, Chennakrishnaiah S, Bukhari A, Underhill PA, Garcia-Bertrand RL, Herrera RJ, « Afghanistan from a Y-chromosome perspective », European Journal of Human Genetics, vol. 20, no 10,‎ , p. 1063–1070 (PMID 22510847, PMCID 3449065, DOI 10.1038/ejhg.2012.59 Accès libre)
  29. ↑ Peng MS, He JD, Fan L, Liu J, Adeola AC, Wu SF, Murphy RW, Yao YG, Zhang YP, « Retrieving Y chromosomal haplogroup trees using GWAS data », European Journal of Human Genetics, vol. 22, no 8,‎ , p. 1046–1050 (PMID 24281365, PMCID 4350590, DOI 10.1038/ejhg.2013.272)
  30. ↑ Brunelli A, Kampuansai J, Seielstad M, Lomthaisong K, Kangwanpong D, Ghirotto S et al., « Y chromosomal evidence on the origin of northern Thai people », PLOS ONE, vol. 12, no 7,‎ , e0181935 (PMID 28742125, PMCID 5524406, DOI 10.1371/journal.pone.0181935 Accès libre, Bibcode 2017PLoSO..1281935B)

Schéma général[modifier | modifier le code]

Haplogroupes du chromosome Y (Y-ADN)

Plus récent ancêtre patrilinéaire commun
A
BT
 B CT
DE CF
 D E C F
 G H IJK
IJ K
I J LT K2
I1 L T  MS  P  NO
M S Q R N O
R1 R2
R1a R1b
Ce document provient de « https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=Haplogroupe_C1&oldid=212957742 ».