Il protège l'ensemble du lac Kenozero et sa région naturelle — région nommée Kenozerié — qui comprend de nombreux autres lacs plus petits tels que le lac Svirnoïe et le lac Liokchmozero. En particulier, le parc est caractéristique des régions du Nord russe, et de ses étendues plates couvertes de lacs et de forêts mixtes de pins et d'épicéas — la taïga. La faune et la flore sont d'une richesse exceptionnelle, qui diffère selon que l'on soit dans les marécages, les eaux ou les forêts. Nombre d'espèces figurent dans le livre rouge de Russie.
Les rives des lacs sont peuplées depuis le IVe millénaire av. J.-C. par les peuples finno-ougriens et leurs ancêtres, des peuples d'Europe du Nord et de l'Oural. Les habitants d'alors ont développé des villages de pêcheurs et pratiquaient des rituels païens. L'influence russe arrive au Moyen Âge, d'abord avec les Novgorodiens et leur république qui imposent leur domination sur la région à la fin du XIIIe siècle, puis lorsque les Pomors installent soixante-cinq villages dans la région au XVIIe siècle. Les villages se développent progressivement, avec la construction de nombreux bâtiments en bois aujourd'hui exemples de l'architecture en bois russe. De cette architecture typique du Nord russe, le parc abrite aujourd'hui églises et autres sites culturels des XVIIIe et XIXe siècles et des dizaines de sites archéologiques et cimetières. Quarante-cinq monuments sont classés aux objets patrimoniaux culturels de Russie, notamment le pogost du Potchozero, la chapelle de la Transfiguration de Glazovo et l'église de l'Assomption de Verchinino. Enfin, l'un des villages, Zekhnova, est membre de l'association des Plus Beaux Villages de Russie.
Si une certaine protection existait déjà durant la période soviétique, c'est seulement trois jours après la dissolution de l'URSS que le parc national est créé, le . Le parc garde une nature encore peu touchée par les activités humaines tandis que le statut de parc national a permis une meilleure protection des biens culturels ainsi qu'un meilleur accès à la zone et, aujourd'hui, plusieurs voies terrestres et lacustres parcourent le parc. La partie nord du parc abrite principalement les lieux culturels tandis que la partie méridionale est plus naturelle.
La bataille de Lépante par Juan Luna.Cervantes, auteur de Don Quichotte, est un vétéran de la bataille de Lépante(peinture), au cours de laquelle il perdit l’usage d’une main.
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