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Richement dotée par les Ottoniens, le chapitre de dames de la haute noblesse (Frauenstift) reçut le statut particulier d'immédiateté impériale, c'est-à-dire qu'il était souverain sur son territoire dépendant directement de l'empereur et que son abbesse siégeait à la diète d'Empire. Le couvent comptait parmi les monastères les plus célèbres, avec l'abbayes d'Essen et Cologne en Rhénanie, ainsi que Gandersheim, Gernorde et Herford en Saxe. La reine Mathilde elle-même fut éduquée à Herford.
Vue en direction du nord. Devant: le moulin du château (Schlossmühle Quedlinburg)
L'abbesse avait la dignité de prince d'Empire. Plusieurs de ces abbesses appartenaient à la famille impériale, dont Mathilde de Quedlinbourg, sœur d'Otton II. Elle possédait une bible enluminée du Ve siècle, dont il ne subsiste que les six folios constituant l’Itala de Quedlinbourg (Stiftung Preußischer Kulturbesitz, Bibliothèque d'État de Berlin, Cod. theol. lat. fol. 485)
Après de laborieuses discussions entre l'abbaye et la cité de Quedlinbourg, en 1479, le chapitre a décidé que l'électeur Ernest de Saxe tenait souvent le rôle de Vogt (bailli) exerçant une protection militaire. En 1539 la réforme protestante est introduite et l'abbaye transformée en congrégation mondiale de dames. Les princes-électeurs saxons cédèrent les droits de baillis aux Brandebourg-Prusse en 1697 et le territoire abbatial était occupé par les troupes de l'électeur Frédéric III de Brandebourg au cours de l'année suivante.