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=== Rappels sur les coronavirus ===
=== Rappels sur les coronavirus ===
Les [[coronavirus]] (CoV) infectent de nombreuses espèces animales. Ils sont parfois [[zoonotique]]s (c'est à dire capable d'infecter à la fois un animal et l'Homme). Ils sont probablement très anciens, mais quelques espèces émergentes de coronavirus sont apparues ces dernières décennies, attirant l'attention en raison de coûts sociaux-économiques importants. <br>Historiquement, le premier coronavirus (virus de la bronchite du poulet) a été identifié par un vétérinaire (le Dr. Oskar Seifried) en [[1931]]<ref>{{Article |prénom1=O. |nom1=Seifried |titre=HISTOPATHOLOGY OF INFECTIOUS LARYNGOTRACHEITIS IN CHICKENS |périodique=The Journal of Experimental Medicine |volume=54 |numéro=6 |date=1931-11-30 |issn=0022-1007 |pmid=19869962 |pmcid=2180300 |doi=10.1084/jem.54.6.817 |lire en ligne=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19869962 |consulté le=2020-05-17 |pages=817–826}}</ref>, mais ce groupe de virus a surtout commencé à être identifiés dans la seconde partie du XXème siècle. Mais ils ne sont connus du [[grand public]] que depuis 2003 (quand le [[SARS-CoV-1]] a émergé en causant une épidémie de [[syndrome respiratoire aigu sévère]] chez l'Homme).
Concernant la [[faune sauvage]], de nombreux [[mammifère]]s sont suspectés de pouvoir être infectés par divers CoV, et notamment par les deux virus émergents et préoccupants que sont le [[SARS-CoV-1]] et le [[SARS-CoV-2]] (on le pense au vu des modélisations de leurs protéines cibles potentielles du virus (simulations par modélisation d'homologie). Le [[Pangolin]] et des rongeurs du vaste groupe des [[Cricetidae]]<ref name=GammeHotesPotentielsMai2020/>, ainsi que des animaux élevés pour leur fourrure (renards, visons) sont concernés. Ces virus pourrait éventuellement avoir des effets important sur une partie de la [[faune sauvage]] ([[grands singes]] notamment).


Avant les pandémies de [[SRAS]] ([[2002]]-[[2003]]), de [[MERS]] puis de [[COVID-19]], les coronavirus, réputés bénins, intéressaient peu la [[médecine]] humaine, mais ils avaient déjà une importance considérable en [[santé animale]] ({{Citation|La plupart de nos connaissances sur les propriétés moléculaires pathogènes des coronavirus viennent de la communauté de virologie vétérinaire}})<ref name=Vijgen2005>{{Article |langue=en |prénom1=Leen |nom1=Vijgen |prénom2=Els |nom2=Keyaerts |prénom3=Elien |nom3=Moës |prénom4=Inge |nom4=Thoelen |titre=Complete Genomic Sequence of Human Coronavirus OC43: Molecular Clock Analysis Suggests a Relatively Recent Zoonotic Coronavirus Transmission Event |périodique=Journal of Virology |volume=79 |numéro=3 |date=2005-02-01 |issn=0022-538X |issn2=1098-5514 |pmid=15650185 |pmcid=PMC544107 |doi=10.1128/JVI.79.3.1595-1604.2005 |lire en ligne=https://jvi.asm.org/content/79/3/1595 |consulté le=2020-05-16 |pages=1595–1604}}</ref>. Au XXème siècle, les études sur les CoV strictement « vétérinaires » n'ont porté que sur des virus à forts enjeux technico-économiques pour l'élevage : [[virus de l'hépatite de souris]] (MHV) ; [[virus de la péritonite infectieuse féline]] (FIPV) et virus de la bronchite infectieuse des volailles (IBV). Puis au XXIème siècle le virus de la diarrhée épidémique porcine (PEDV), parce qu'il entraine une morbidité et une mortalité importantes (et donc des pertes économiques) s'y est ajouté. <br>Des virologistes vétérinaires, bien avant les médecins ont, dans ce cadre, noté que le [[système nerveux central]] (SNC) peut être ciblé par certains coronavirus. Ils l'ont démontré avec le [[virus de l'encéphalomyélite porcine hémagglutinante]] (PHEV), principalement connu de éleveurs porcins comme source d'infection entérique, mais qui peut aussi infecter les neurones du système nerveux central, en provoquant chez le porc une [[encéphalite]], accompagnée de vomissements et d'un dépérissement<ref name=mora2020>{{Article |prénom1=Juan Carlos |nom1=Mora-Díaz |prénom2=Pablo Enrique |nom2=Piñeyro |prénom3=Elizabeth |nom3=Houston |prénom4=Jeffrey |nom4=Zimmerman |titre=Porcine Hemagglutinating Encephalomyelitis Virus: A Review |périodique=Frontiers in Veterinary Science |volume=6 |date=2019 |issn=2297-1769 |pmid=30873421 |pmcid=6402421 |doi=10.3389/fvets.2019.00053 |lire en ligne=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30873421 |consulté le=2020-05-16 |pages=53}}</ref>. Récemment, un nouveau [[Alphacoronavirus]] dit du ''syndrome de diarrhée aiguë porcine'' ([[SADS-CoV]]) a été décrit chez le porc<ref name=Lorusso2020>{{Article |prénom1=Alessio |nom1=Lorusso |titre=Novel coronavirus (SARS-CoV-2) epidemic: a veterinary perspective |périodique=Veterinaria Italiana |date=2020-02-12 |issn=1828-1427 |doi=10.12834/VetIt.2173.11599.1 |lire en ligne=http://doi.org/10.12834/VetIt.2173.11599.1 |consulté le=2020-05-16 |pages=1}}</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Qiuhong |nom1=Wang |prénom2=Anastasia N |nom2=Vlasova |prénom3=Scott P |nom3=Kenney |prénom4=Linda J |nom4=Saif |titre=Emerging and re-emerging coronaviruses in pigs |périodique=Current Opinion in Virology |volume=34 |date=2019-02 |pmid=30654269 |pmcid=PMC7102852 |doi=10.1016/j.coviro.2018.12.001 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1879625718301160 |consulté le=2020-05-16 |pages=39–49}}</ref>.<br>
Concernant la faune domestiquée, plusieurs [[Coronavirus]] sont déjà source d'importants problèmes [[zootechnique]]s et de pertes économiques pour l'industrie de l'élevage. Et dans le contexte d'un monde de plus en plus [[anthropisation|anthropisé]], et de la [[grande accélération]], ce type de virose (parfois zoonotiques) peut éventuellement très rapidement affecter des élevages ou des animaux domestiques et de compagnie (tels que [[chien]]s, [[chat]]s et [[hamster]]). Des études évaluent la sensibilité de différentes espèces animales à l'infection par la SARS-CoV-2, qui ont déjà montré que les volailles et porcs n'y sont pas vulnérables. <br>Comme d'autres [[virus à ARN]], dans certaines conditions (et notamment dans les conditions de l'élevage industriel et mondialisé), des ''Coronavirus'' peuvent se répandre plus facilement et imprévisiblement changer d'hôte, et aussi changer de tropisme tissulaire chez un même tôt et/ou avoir une pathogénicité ou une contagiosité qui évolue.
Les vétérinaires s'intéressent d'autant plus aux coronavirus que le double contexte de l'[[anthropisation]] de la planète, et de l'élevage industriel mondialisé (élevages d'animaux génétiquement de moins en moins diversifiés, en raison notamment du développement de l'[[insémination artificielle]] et d'une sélection drastique des géniteurs) est très favorable à la diffusion de de type de virus et à l'apparition de nouveaux coronavirus.

Des coronavirus infectent communément de nombreux animaux domestiques et d'élevage ; souvent de manière peu symptomatique ou asymptomatique ; mais parfois mortellement, via des maladies plus graves. Dans l'organisme, leur [[tropisme]] (cellules-cibles et/ou organes-cibles du virus) a longtemps été réputé principalement respiratoire, gastroentérique (tout ou partie du tube digestif) ou hépatique (tout ou partie du foie)<ref name=CoVpost-SARS2009>{{Article |langue=en |prénom1=Stanley |nom1=Perlman |prénom2=Jason |nom2=Netland |titre=Coronaviruses post-SARS: update on replication and pathogenesis |périodique=Nature Reviews Microbiology |volume=7 |numéro=6 |date=2009-06 |issn=1740-1526 |issn2=1740-1534 |pmid=19430490 |pmcid=PMC2830095 |doi=10.1038/nrmicro2147 |lire en ligne=http://www.nature.com/articles/nrmicro2147 |consulté le=2020-05-10 |pages=439–450}}</ref> et plus rarement [[neurologique]]<ref name=theseDubois2018>Dubois G (2018) ''[http://espace.inrs.ca/7414/1/Dubois-G-M-Janvier2018.pdf Coronavirus humain OC43, neurovirulence et neuropropagation : Importance de sa protéine d’enveloppe]'' (Doctoral dissertation, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique), voir p 15, chapitre : 1.4.1 ''Coronavirus infectant les animaux''</ref>, mais on note de plus en plus d'atteintes neurologiques parfois graves<ref>Holmes, K. V., and M. M. Lai. (1996) ''Coronaviridae : the viruses and their replication'', p. 1075-1093. In B. N. Fields, D. M. Knipe, and P. M. Howley (ed.), Fields virology, 3rd ed. Raven Press, New York.</ref>.

* Concernant la [[faune sauvage]], de nombreux [[mammifère]]s sont suspectés de pouvoir être infectés par divers CoV, et notamment par les deux virus émergents et préoccupants que sont le [[SARS-CoV-1]] et le [[SARS-CoV-2]] (on le pense au vu des modélisations de leurs protéines cibles potentielles du virus (simulations par modélisation d'homologie). Le [[Pangolin]] et des rongeurs du vaste groupe des [[Cricetidae]]<ref name=GammeHotesPotentielsMai2020/>, ainsi que des animaux élevés pour leur fourrure (renards, visons) sont concernés. Ces virus pourrait éventuellement avoir des effets important sur une partie de la [[faune sauvage]] ([[grands singes]] notamment).

* Concernant la faune domestiquée, plusieurs [[Coronavirus]] sont déjà source d'importants problèmes [[zootechnique]]s et de pertes économiques pour l'industrie de l'élevage. Et dans le contexte d'un monde de plus en plus [[anthropisation|anthropisé]], et de la [[grande accélération]], ce type de virose (parfois zoonotiques) peut éventuellement très rapidement affecter des élevages ou des animaux domestiques et de compagnie (tels que [[chien]]s, [[chat]]s et [[hamster]]). Des études évaluent la sensibilité de différentes espèces animales à l'infection par la SARS-CoV-2, qui ont déjà montré que les volailles et porcs n'y sont pas vulnérables. <br>Comme d'autres [[virus à ARN]], dans certaines conditions (et notamment dans les conditions de l'élevage industriel et mondialisé), des ''Coronavirus'' peuvent se répandre plus facilement et imprévisiblement changer d'hôte, et aussi changer de tropisme tissulaire chez un même tôt et/ou avoir une pathogénicité ou une contagiosité qui évolue.


Des coronavirus à effets parfois sévères à mortels pour l'Homme sont trois à avoir émergé depuis 2000 ([[SARS-CoV-1]], [[MERS]], [[SARS-CoV-2]])<ref name=CoronavirusFelin2012/>. Avec l'[[maladie émergente|émergence en 2019]] du [[SARS-CoV-2]] et, corrélativement, de la [[pandémie de COVID-19]]) en [[2019]]-[[2020]] (3ème émergence pandémique due à un coronavirus en deux décennies). En 2020, un enjeu urgent est donc de mieux comprendre l'écologie de ce virus, ainsi ses interactions avec d'autres virus (de sa famille ou non) et entre ce virus et les systèmes immunitaires de l'Homme et des animaux domestiques ou sauvages avec lesquels il est en contact ; et avec les systèmes d'élevage, de chasse, de trafic et vente d'animaux sauvages. En effet, ces trois [[maladies émergentes]] ont en commun d'être très contagieuses, parfois sévères à mortelles (SRAS, MEERS, COVID-19), et comprendre les interactions CoV-hôte chez les animaux {{Citation|pourrait également fournir des informations importantes sur la pathogenèse du CoV chez l'homme}}. Tout comme la [[grippe]], la COVID-19 est une [[maladie zoonotique]] induite par un [[virus à ARN]], c'est à dire, un virus qui mute facilement, et dans ces 3 cas, passant de l'Animal à l'Homme (via un hôte intermédiaire), et susceptible, inversement, de passer de l'Homme à l'Animal. Les mécanismes moléculaires responsables de l'émergence de nouvelles souches ou variants de CoV et expliquant des caractéristiques antigéniques, biologiques et/ou pathogénétiques nouvelles doivent être mieux compris, pour également mieux comprendre l'émergence, la propagation et l'évolution de la [[pandémie de COVID-19]] et d'un possible équivalent animal.
Des coronavirus à effets parfois sévères à mortels pour l'Homme sont trois à avoir émergé depuis 2000 ([[SARS-CoV-1]], [[MERS]], [[SARS-CoV-2]])<ref name=CoronavirusFelin2012/>. Avec l'[[maladie émergente|émergence en 2019]] du [[SARS-CoV-2]] et, corrélativement, de la [[pandémie de COVID-19]]) en [[2019]]-[[2020]] (3ème émergence pandémique due à un coronavirus en deux décennies). En 2020, un enjeu urgent est donc de mieux comprendre l'écologie de ce virus, ainsi ses interactions avec d'autres virus (de sa famille ou non) et entre ce virus et les systèmes immunitaires de l'Homme et des animaux domestiques ou sauvages avec lesquels il est en contact ; et avec les systèmes d'élevage, de chasse, de trafic et vente d'animaux sauvages. En effet, ces trois [[maladies émergentes]] ont en commun d'être très contagieuses, parfois sévères à mortelles (SRAS, MEERS, COVID-19), et comprendre les interactions CoV-hôte chez les animaux {{Citation|pourrait également fournir des informations importantes sur la pathogenèse du CoV chez l'homme}}. Tout comme la [[grippe]], la COVID-19 est une [[maladie zoonotique]] induite par un [[virus à ARN]], c'est à dire, un virus qui mute facilement, et dans ces 3 cas, passant de l'Animal à l'Homme (via un hôte intermédiaire), et susceptible, inversement, de passer de l'Homme à l'Animal. Les mécanismes moléculaires responsables de l'émergence de nouvelles souches ou variants de CoV et expliquant des caractéristiques antigéniques, biologiques et/ou pathogénétiques nouvelles doivent être mieux compris, pour également mieux comprendre l'émergence, la propagation et l'évolution de la [[pandémie de COVID-19]] et d'un possible équivalent animal.

Version du 10 juin 2020 à 15:29

SARS-CoV-2 chez les animaux non-humains
Agent infectieux
Origine
Localisation
États-Unis, Belgique, Espagne, France, Hong-Kong
Site web
Bilan
Cas confirmés
22 chats (contamination naturelle)
3 chiens (contamination naturelle)
Autres espèces : indéterminé
Morts
1 chat

Mi-2020, le SARS-CoV-2 chez les animaux non-humains n'a été observé que très sporadiquement.
Le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2), identifié fin 2019 est estimé être d'origine animale (chiroptère probablement)[1], et avoir muté en s'adaptant à l'Homme[2]. Il a été à la source de la pandémie de COVID-19. Ce virus fait partie d'un groupe de centaines de virus, notamment isolés chez des humains, rongeurs et chez des Chauves-souris (pour lesquelles les coronavirus semblent très peu pathogènes)[1]. Ces virus on ont un potentiel démontré (par les exemples du SRAS puis du MERS) de mutation et passage d'une espèces à l'autre. Les CoVs effectuent de tels passages de la barrière des espèces probablement depuis des milliers d'années, devenant parfois des pathogènes humains importants[3],[4],[5],[6],[7]. Fin 2018, juste avant la pandémie, Cui et al. (2018) alertaient en écrivant «... compte tenu de la prévalence et de la grande diversité génétique des SARS-rCoV des chauves-souris, de leur étroite coexistence et de la recombinaison fréquente des CoV, on s'attend à ce que de nouvelles variantes émergent à l'avenir»[8].

En mai-juin 2020, « le rôle des animaux dans l'épidémiologie du SRAS-CoV-2 est encore largement inconnu »[9] mais il fait l'objet de recherches.
Lors de la pandémie de Covid-19, quelques cas d'animaux de compagnie, d'élevage ou de jardins zoologiques infectés par le coronavirus ont toutefois été signalés. Cette maladie due au SARS-CoV-2 est le plus souvent bénigne chez la majorité des sujets non-humains, voire asymptomatique chez les chiens. La mort d'un seul chat a été confirmée et il y a également un doute sur des morts survenues chez des visons[10] ainsi que chez un chien hongkongais[11]. Des chats, des chiens, des lions, des tigres et des visons semblent avoir été contaminés par l'être humain. La contamination entre chats et furets a été prouvée expérimentalement[12],[13]. Les cas de contamination animale semblent rares mais peu de dépistages ont été faits, et même aucun sur des sujets sauvages.

Mi-2020, selon les autorités sanitaires nationales et internationales (OMS, OIE…), les animaux domestiques ne jouent pas de rôle épidémiologique significatif dans la diffusion du SARS-CoV-2 ; le risque de contamination de l’Homme par ce virus à partir des animaux domestiques est jugé faible, mais non-nul. Le risque inverse (c'est à dire de contamination d'un animal par un humain atteint de COVID-19) est démontré, par quelques cas isolés (chiens, chats) mais dans la plupart des cas la réplication du virus semblait nulle ou faible, et souvent l'excrétion virale de l'animal domestique était faible. Cependant en mai 2020, les experts restent prudents sur ce sujet, car comme le rappelle alors l'académie de médecine en France, « le Sars-CoV-2 a pu être isolé chez plusieurs espèces animales, dont le chien viverrin, les chats ou infecter expérimentalement des furets et des rongeurs (cobayes et hamsters), le plus souvent sans signes cliniques »[14]. Début 2020, l'OMS (et divers experts), sur la base des premiers éléments disponibles, ont rapidement déclaré que rien n'indiquait que la maladie puisse se transmettre de l'humain à l'animal. Après la découverte de quelques cas, et sur la base d'un faible nombre de données, les experts de l'organisation, et d'autres, ont alors affirmé que le virus ne toucherait que très peu les chiens et chats et que, le cas échéant, ces animaux présenteraient des taux d'excrétion et risques de contagion faibles.
Début mai 2020, on ignorait encore dans quelle mesure le virus avait ou non conservé des caractéristiques lui permettant de contaminer d'autres espèces animales. Dans le contexte de la pandémie de COVID-19, le public et les éleveurs se demandent quels sont les risques pour leurs animaux. Par ailleurs, pour gérer et contrer la pandémie de COVID-19, localement et à l'échelle planétaire, pour limiter ou éviter une seconde vague ou d'autres émergences épidémiques ou pandémiques de virus de la même famille, il importe de trouver quelle est l'espèce-intermédiaire comme on a pu le faire pour le SARS et le MERS ; il importe aussi de savoir s'il pourrait y voir d'autres espèce-intermédiaires et de comprendre ce qui peut favoriser le franchissement de la barrière de l'espèce (franchissement qui pourrait à nouveau se produire). Il en va de même pour le SRAS qui peut ré-émerger, et le MERS qui n'a pas disparu.

Quelques « hôtes réservoirs » et « espèces intermédiaires » de certains HCoV (coronavirus humains ou humanisés) sont déjà connus. Une meilleure identification des hôtes-animaux est nécessaire à la prévention vétérinaire (et en médecine humaine)[15]. En effet, à titre d'exemple : le SARS-CoV et le MERS-CoV sont deux coronavirus hautement pathogènes mais à ce jour mal adaptés aux humains ; leur transmission au sein de l'humanité n'est pas assurée mais ils peuvent se maintenir dans leurs réservoirs zoonotiques et, de là, éventuellement se re-propager ver l'Homme, « éventuellement via un ou plusieurs hôtes intermédiaires et amplificateurs »[15] ;

Dans l'approche « une seule santé », les scientifiques cherchent donc à répondre aux questions suivantes : Quelles sont les espèces-réservoir du SARS-CoV-2, quelles sont ses éventuelles espèces vectrices, sauvages et/ou domestiques potentiellement intermédiaires ou amplificatrices potentiels du SARS-CoV-2 ? comment et à quelles conditions le virus se propage dans le monde animal ? et avec quels effets sur les animaux et les écosystèmes ou les agroécosystèmes ? Les animaux commensaux ou épisodiquement proches de l'homme jouent-ils ou peuvent-ils jouer un rôle épidémiologique ou écoépidémiologique (via leurs poils, plumes, urines ou fèces, voire leur salive, larmes ou sperme éventuellement). Au 21 mai 2020, l'OIE estimait que « la propagation actuelle du COVID-19 est le résultat d'une transmission d'humain à humain. À ce jour, rien ne prouve que les animaux aient un rôle important sur le plan épidémiologique dans la propagation de la maladie. Il n'est donc pas justifié de prendre des mesures visant les animaux, notamment les animaux de compagnie, qui pourraient compromettre leur bien-être »[16].

Rappels sur les coronavirus

Les coronavirus (CoV) infectent de nombreuses espèces animales. Ils sont parfois zoonotiques (c'est à dire capable d'infecter à la fois un animal et l'Homme). Ils sont probablement très anciens, mais quelques espèces émergentes de coronavirus sont apparues ces dernières décennies, attirant l'attention en raison de coûts sociaux-économiques importants.
Historiquement, le premier coronavirus (virus de la bronchite du poulet) a été identifié par un vétérinaire (le Dr. Oskar Seifried) en 1931[17], mais ce groupe de virus a surtout commencé à être identifiés dans la seconde partie du XXème siècle. Mais ils ne sont connus du grand public que depuis 2003 (quand le SARS-CoV-1 a émergé en causant une épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère chez l'Homme).

Avant les pandémies de SRAS (2002-2003), de MERS puis de COVID-19, les coronavirus, réputés bénins, intéressaient peu la médecine humaine, mais ils avaient déjà une importance considérable en santé animale (« La plupart de nos connaissances sur les propriétés moléculaires pathogènes des coronavirus viennent de la communauté de virologie vétérinaire »)[18]. Au XXème siècle, les études sur les CoV strictement « vétérinaires » n'ont porté que sur des virus à forts enjeux technico-économiques pour l'élevage : virus de l'hépatite de souris (MHV) ; virus de la péritonite infectieuse féline (FIPV) et virus de la bronchite infectieuse des volailles (IBV). Puis au XXIème siècle le virus de la diarrhée épidémique porcine (PEDV), parce qu'il entraine une morbidité et une mortalité importantes (et donc des pertes économiques) s'y est ajouté.
Des virologistes vétérinaires, bien avant les médecins ont, dans ce cadre, noté que le système nerveux central (SNC) peut être ciblé par certains coronavirus. Ils l'ont démontré avec le virus de l'encéphalomyélite porcine hémagglutinante (PHEV), principalement connu de éleveurs porcins comme source d'infection entérique, mais qui peut aussi infecter les neurones du système nerveux central, en provoquant chez le porc une encéphalite, accompagnée de vomissements et d'un dépérissement[19]. Récemment, un nouveau Alphacoronavirus dit du syndrome de diarrhée aiguë porcine (SADS-CoV) a été décrit chez le porc[20],[21].
Les vétérinaires s'intéressent d'autant plus aux coronavirus que le double contexte de l'anthropisation de la planète, et de l'élevage industriel mondialisé (élevages d'animaux génétiquement de moins en moins diversifiés, en raison notamment du développement de l'insémination artificielle et d'une sélection drastique des géniteurs) est très favorable à la diffusion de de type de virus et à l'apparition de nouveaux coronavirus.

Des coronavirus infectent communément de nombreux animaux domestiques et d'élevage ; souvent de manière peu symptomatique ou asymptomatique ; mais parfois mortellement, via des maladies plus graves. Dans l'organisme, leur tropisme (cellules-cibles et/ou organes-cibles du virus) a longtemps été réputé principalement respiratoire, gastroentérique (tout ou partie du tube digestif) ou hépatique (tout ou partie du foie)[22] et plus rarement neurologique[23], mais on note de plus en plus d'atteintes neurologiques parfois graves[24].

  • Concernant la faune sauvage, de nombreux mammifères sont suspectés de pouvoir être infectés par divers CoV, et notamment par les deux virus émergents et préoccupants que sont le SARS-CoV-1 et le SARS-CoV-2 (on le pense au vu des modélisations de leurs protéines cibles potentielles du virus (simulations par modélisation d'homologie). Le Pangolin et des rongeurs du vaste groupe des Cricetidae[25], ainsi que des animaux élevés pour leur fourrure (renards, visons) sont concernés. Ces virus pourrait éventuellement avoir des effets important sur une partie de la faune sauvage (grands singes notamment).
  • Concernant la faune domestiquée, plusieurs Coronavirus sont déjà source d'importants problèmes zootechniques et de pertes économiques pour l'industrie de l'élevage. Et dans le contexte d'un monde de plus en plus anthropisé, et de la grande accélération, ce type de virose (parfois zoonotiques) peut éventuellement très rapidement affecter des élevages ou des animaux domestiques et de compagnie (tels que chiens, chats et hamster). Des études évaluent la sensibilité de différentes espèces animales à l'infection par la SARS-CoV-2, qui ont déjà montré que les volailles et porcs n'y sont pas vulnérables.
    Comme d'autres virus à ARN, dans certaines conditions (et notamment dans les conditions de l'élevage industriel et mondialisé), des Coronavirus peuvent se répandre plus facilement et imprévisiblement changer d'hôte, et aussi changer de tropisme tissulaire chez un même tôt et/ou avoir une pathogénicité ou une contagiosité qui évolue.

Des coronavirus à effets parfois sévères à mortels pour l'Homme sont trois à avoir émergé depuis 2000 (SARS-CoV-1, MERS, SARS-CoV-2)[26]. Avec l'émergence en 2019 du SARS-CoV-2 et, corrélativement, de la pandémie de COVID-19) en 2019-2020 (3ème émergence pandémique due à un coronavirus en deux décennies). En 2020, un enjeu urgent est donc de mieux comprendre l'écologie de ce virus, ainsi ses interactions avec d'autres virus (de sa famille ou non) et entre ce virus et les systèmes immunitaires de l'Homme et des animaux domestiques ou sauvages avec lesquels il est en contact ; et avec les systèmes d'élevage, de chasse, de trafic et vente d'animaux sauvages. En effet, ces trois maladies émergentes ont en commun d'être très contagieuses, parfois sévères à mortelles (SRAS, MEERS, COVID-19), et comprendre les interactions CoV-hôte chez les animaux « pourrait également fournir des informations importantes sur la pathogenèse du CoV chez l'homme ». Tout comme la grippe, la COVID-19 est une maladie zoonotique induite par un virus à ARN, c'est à dire, un virus qui mute facilement, et dans ces 3 cas, passant de l'Animal à l'Homme (via un hôte intermédiaire), et susceptible, inversement, de passer de l'Homme à l'Animal. Les mécanismes moléculaires responsables de l'émergence de nouvelles souches ou variants de CoV et expliquant des caractéristiques antigéniques, biologiques et/ou pathogénétiques nouvelles doivent être mieux compris, pour également mieux comprendre l'émergence, la propagation et l'évolution de la pandémie de COVID-19 et d'un possible équivalent animal.

Origine animale du virus

Chiroptères

Animaux infectés sur le terrain

À la date d'avril 2020, l'ANSES considère qu'il n'existe aucune preuve scientifique montrant que les animaux domestiques (de compagnie ou d'élevage) jouent un rôle épidémiologique dans la diffusion du SARS-CoV-2[27]. Il en est de même pour les CDC américains[28], l'OMS[29] et l'OIE[30]. Cependant, certains animaux en contact étroits avec des personnes ayant été infectées de manière probable ou certaine par le SARS-CoV-2 ont été diagnostiqués positifs[31].

Parmi eux, environ une vingtaine de chats ont été diagnostiqués positifs au SARS-CoV-2. Bien que ce nombre soit probablement sous-estimé, les autorités vétérinaires parlent de cas sporadiques[32]. Les contaminations émaneraient des êtres humains vivant avec l'animal, mais des chercheurs chinois ont montré que la contamination était possible entre chats[12], ce qui est confirmé par une étude japonaise[33]. En revanche, la contamination de l'humain par le chat est pour l'instant exclue. Les chats contaminés présentaient des formes généralement peu sévères voire asymptomatiques, avec toutefois dans certains cas des symptômes digestifs, des insuffisances cardiaques ou des difficultés respiratoires, accompagnées de toux, dans le cas du patient de Bordeaux par exemple[34]. Les jeunes chatons seraient encore plus sensibles. Bien que les chats semblent sensibles, certains font des formes asymptomatiques[33], tandis que d'autres présentent de la toux, des difficultés respiratoires, des troubles digestifs, de la fièvre, et même, chez un patient, des problèmes de coagulation et des défaillances cardiaques[35]. Néanmoins, l'étude clinique des infections à SARS-CoV-2 chez les animaux reste très limitée. Les cas confirmés sont répertoriés sur le site de l'OIE[36] :

  • un cas à Hong Kong le 28 février ;
  • un cas en Belgique le 28 mars[37] ;
  • deux cas à New York le 23 avril[38] ;
  • deux cas en France le 2 mai (à Paris) et le 12 mai (à Bordeaux)[32],[34] ;
  • un cas en Espagne survenu le 8 mai, présentant des difficultés respiratoires, une insuffisance cardiaque, mais aussi des problèmes de coagulation prouvés par un taux de plaquettes bas, mais sans fièvre (38,2 °C étant normal pour un chat). Il a été euthanasié, les chances qu'il s'en sorte ayant été jugées faibles. Il présentait toutefois des comorbidités [39],[35]. L'animal semble avoir été contaminé par son propriétaire, également décédé du virus[40].

D'autres espèces de félins ont été affectées par le SARS-CoV-2. Par exemple, dans un zoo de New York (quartier du Bronx), quatre tigres ont été contaminés par leur soigneur, présentant une toux sèche et une perte d'appétit. De plus, un tigre sauvage fiévreux repéré en Inde pourrait être mort du coronavirus. Les autorités indiennes ont pris des mesures de précaution dans les réserves où vit cet animal, déjà en voie d'extinction[41]. Trois lions ont été déclarés positifs dans ce même zoo du Bronx. Ils présentaient une toux sèche et une perte d'appétit, sauf l'un d'entre eux, qui était asymptomatique[41].

Chez les chiens, un premier cas d'infection naturelle a été identifié à Hong Kong, le 28 février 2020, chez un chien sans le moindre symptôme et ayant une charge virale faible[42]. Cet animal est mort le 16 mars, sans qu'on en connaisse la cause[11]. Un deuxième chien a été déclaré positif à Hong Kong, le 20 mars 2020. De son côté, le carlin contaminé aux États-Unis en avril 2020, présentait des symptômes (éternuements, perte d'appétit, toux sèche). Cette race pourrait être plus vulnérable[43].

De nombreux visons, parmi les 20 500 élevés dans deux fermes situées à l'est d'Eindhoven aux Pays-Bas, ayant contracté le SARS-CoV-2 ont présenté des difficultés respiratoires. Une hausse de la mortalité a par ailleurs été observée. Les premiers animaux atteints auraient été contaminés par les employés, présentant des symptômes sans toutefois avoir été testés, et la promiscuité aurait joué un rôle dans la poursuite de la transmission du virus au sein des élevages. Les autorités ont fermé les deux fermes, et établi un périmètre de sécurité de 400 m autour d'elles, même si aucun cas de transmission du vison à l'être humain n'a été établi[10]. Le ministère de l'agriculture des Pays-Bas a décidé de procéder à partir du 6 juin 2020 à l'abattage de 10.000 visons afin d'éviter qu'ils deviennent un foyer de contamination pour l'homme[44].

Animaux inoculés dans le cadre de la recherche scientifique

Une étude japonaise montre que la transmission expérimentale en laboratoire de chat à chat est possible et incite à la précaution en évoquant une éventuelle chaîne de contamination du chat à l'homme et le rôle des chats dans les contaminations[33]. D'autre part, une étude a montré qu'à Wuhan, sur 102 chats testés, 15 avaient développé des anticorps, témoignant d'une infection au SARS-Cov-2.[pas clair] Les chiens seraient moins sensibles que les félins au SARS-CoV-2 puisque, selon une expérience chinoise, après inoculation chez cinq beagles, les chiens auraient rapidement neutralisé le virus (pas d'agents actifs retrouvés) et n'ont pas présenté de symptômes.

Par ailleurs, des études chinoises ont montré la sensibilité du furet au coronavirus, avec apparition de symptômes (toux sèche) plus marqués que chez le chat[13],[45]. La possibilité d'une transmission du SARS-CoV-2 entre furets a par ailleurs été confirmée par l'une de ces études[13]. Les hamsters ont la même sensibilité au virus que les furets. Ils sont utilisés dans le cadre de la recherche scientifique, pour étudier une réponse immunitaire au virus similaire à celle développée par un être humain affecté par la Covid-19 [46].

Des macaques rhésus, contaminés par le SARS-CoV-2 dans le cadre de la recherche, ont développé une maladie respiratoire d'une durée de 8 à 16 jours, analogue aux formes modérées de Covid-19 observées chez les êtres humains. Des infiltrats pulmonaires étaient visibles sur les radiographies pulmonaires, comme dans la maladie humaine. Des charges virales élevées ont été détectées dans le nez et la gorge de tous les animaux, ainsi que dans les lavements broncho-alvéolaires. Des pertes rectales prolongées ont été observées chez l'un d'entre eux [47]. Cela étant, aucun cas de contamination naturelle ni de transmission entre macaques n'a été observé. Une prépublication a révélé que les animaux étudiés n'avaient pas pu être recontaminés après guérison, mais la faible taille de l'échantillon ne permet pas d'en tirer des conclusions définitives [48]. Un candidat vaccin est actuellement testé sur cette espèce animale en prélude à une possible expérimentation en médecine humaine[49].

D'après des études chinoises, les canards, les poulets et les porcs ne seraient pas sensibles au nouveau coronavirus (SARS-CoV-2), y compris avec de fortes doses inoculées[50] De même, en conditions d'inoculation très sévère en laboratoire, les souris ne semblent être que de piètres hôtes du SARS-CoV-2[51]. Étant donnée l'importance de bénéficier d'un modèle animal pour étudier les processus infectieux en laboratoire, des souris exprimant la forme humaine du récepteur ACE2 ont été testées, et se sont révélées capables de multiplier le virus dans leurs poumons[52], ouvrant la porte à des recherches accélérées sur la thérapie antivirale, les vaccins et la pathogenèse en général.

Inquiétudes quant à la transmission du SARS-CoV-2 chez les grands singes

Les grands singes forment la famille de primates des Hominidés, dont font partie l'être humain, les chimpanzés, les gorilles et les orangs-outans. La très forte ressemblance génétique avec les humains (98,5 % pour le chimpanzé et le gorille et 96 % pour l'orang-outan) fait redouter une éventuelle transmission à des populations déjà très affaiblies. De surcroît, il apparaît que le gorille est déjà sensible à d'autres coronavirus humains, comme HCoV-OC43 et plus généralement aux virus humains, comme le virus Ebola, ayant déjà tué le tiers des gorilles[53]. Des mesures de protection ont été prise en République démocratique du Congo pour protéger l'espèce très menacée du gorille de montagne, avec la fermeture du parc naturel des Virunga qui les accueille, et ce jusqu'au 1er juin 2020. Le Rwanda a pris des mesures équivalentes mais qui ont été même élargies aux recherches scientifiques. De son côté, l'Ouganda n'a pas pris de mesures particulières[54]. Les jardins zoologiques s'adaptent également, puisque nombreux sont ceux où les soigneurs se vêtent d'un masque pour s'occuper des primates, par précaution. Les scientifiques jugent le risque de complications élevé, mais aucun cas n'est pour l'instant à déplorer[54], d'autant plus que la mise sous respirateur serait impossible et la distanciation physique des primates très ardue[55].

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