Raoultella

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Raoultella planticola sur gélose MacConkey, montrant un résultat positif (le microorganisme a la capacité de dégrader le lactose, ce qui est détecté par l'indicateur de pH rouge neutre). La technique de l'isolement se fait en utilisant 13 stries.

Raoultella est un genre de protéobactéries de la famille des Enterobacteriaceae[1],[2],[3]. Depuis sa description en 2001, plusieurs analyses phylogénétiques robustes ont montré que les espèces placées dans ce genre sont nichées au sein du genre Klebsiella, indiquant que Raoultella devrait être abandonné et considéré comme synonyme junior de Klebsiella[4],[5],[6],[7],[8].

Description[modifier | modifier le code]

Les bactéries de ce genre sont des bâtonnets gram négatifs, oxydase négatifs, aérobiques, non motiles, capsulés.

Dans les infections humaines, les espèces de Raoultella sont généralement sensibles au traitement par les carbapénèmes[9].

Habitat[modifier | modifier le code]

Les habitats naturels des représentants du genre sont les plans d'eau, le sol et les plantes. Ce dernier habitat est d'ailleurs à l'origine du nom de l'espèce Raoultella planticola, dont l'épithète spécifique planticola signifie « habitant des plantes »[10].

Systématique[modifier | modifier le code]

Taxinomie[modifier | modifier le code]

Le genre est décrit par Michel Drancourt, Claude Bollet, Anne Carta et Patricia Rousselier, du laboratoire de bactériologie de l'hôpital de la Timone, en 2001. Le nom de genre est dédié au bactériologiste français Didier Raoult[2],[1]. En 2014, une nouvelle espèce de bactérie est isolée et caractérisée comme appartenant au genre Raoultella. Elle est nommée R. electrica[11].

Analyses phylogénétiques[modifier | modifier le code]

En 2001, des analyses phylogénétiques d'espèces du genre Klebsiella, ainsi que d'espèces parmi d'autres genres de la famille des Enterobacteriaceae, et portant sur deux gènes (l'ARNr 16S et rpoB) semblent indiquer que le genre Klebsiella est hétérogène[1]. Ce genre est alors scindé en deux et le genre Raoultella créé. Les espèces K. ornithinolytica, K. planticola, K. trevisanii (synonyme de K. planticola) et K. terrigena y sont alors placées par les descripteurs du genre.

En 2014, la pertinence du genre Raoultella est remise en question par une analyse phylogénétique des klebsielles plus poussée, utilisant des génomes complets (2,93 Mpb) plutôt que deux gènes seulement. Cette analyse montre que R. ornithinolytica est nichée au milieu de l'arbre phylogénétique de klebsielles, sur une branche proche de K. oxytoca. L'analyse conclut que le genre Raoultella devrait être abandonné[4]. La synonymie avec Klebsiella est explicitement demandée à nouveau par Ma et al. en 2021[6].

Liste d'espèces[modifier | modifier le code]

Les espèces pour ce genre sont :

Liens externes[modifier | modifier le code]

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Ressources relatives au vivantVoir et modifier les données sur Wikidata :

Références[modifier | modifier le code]

  1. a b c d e et f (en) Michel Drancourt, Claude Bollet, Anne Carta et Patricia Rousselier, « Phylogenetic analyses of Klebsiella species delineate Klebsiella and Raoultella gen. nov., with description of Raoultella ornithinolytica comb. nov., Raoultella terrigena comb. nov. and Raoultella planticola comb. nov. », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Society for General Microbiology (d), vol. 51, no 3,‎ , p. 925-932 (ISSN 1466-5026 et 1466-5034, OCLC 807119723, PMID 11411716, DOI 10.1099/00207713-51-3-925)Voir et modifier les données sur Wikidata.
  2. a b c d e et f (en) « Genus Raoultella » [archive du ], sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le ).
  3. (en) « Raoultella » [archive du ], sur Encyclopédie de la Vie (consulté le ).
  4. a et b (en) Corey Hudson, Zachary W. Bent, Robert J. Meagher et Kelly P. Williams, « Resistance determinants and mobile genetic elements of an NDM-1-encoding Klebsiella pneumoniae strain », PLOS ONE, Public Library of Science, vol. 9, no 6,‎ , e99209 (ISSN 1932-6203, OCLC 228234657, PMID 24905728, PMCID 4048246, DOI 10.1371/JOURNAL.PONE.0099209)Voir et modifier les données sur Wikidata.
  5. (en) Kelly L Wyres, Margaret M C Lam et Kat Holt, « Population genomics of Klebsiella pneumoniae », Nature Reviews Microbiology, Royaume-Uni, Nature Publishing Group,‎ (ISSN 1740-1534 et 1740-1526, PMID 32055025, DOI 10.1038/S41579-019-0315-1)Voir et modifier les données sur Wikidata
  6. a et b (en) Yuanyuan Ma, Xiuqin Wu, Shuying Li, Lie Tang, Mingyue Chen et Qianli An, « Proposal for reunification of the genus Raoultella with the genus Klebsiella and reclassification of Raoultella electrica as Klebsiella electrica comb. nov », Research in Microbiology, Elsevier, vol. 172, no 6,‎ , p. 103851 (ISSN 0923-2508 et 1769-7123, DOI 10.1016/J.RESMIC.2021.103851)Voir et modifier les données sur Wikidata.
  7. (en) Harry Thorpe, Ross Booton, Teemu Kallonen, Marjorie J. Gibbon, Natacha Couto, Virginie Passet, Juan Sebastian Lopez Fernandez, Carla Rodrigues, Louise Matthews, Sonia Mitchell, Richard Reeve, Sophia David, Cristina Merla, Marta Corbella, Carolina Ferrari, Francesco Comandatore, Piero Marone, Sylvain Brisse, Davide Sassera, Jukka Corander et Edward J. Feil, « One Health or Three? Transmission modelling of Klebsiella isolates reveals ecological barriers to transmission between humans, animals and the environment », BioRxiv, Cold Spring Harbor (d), Cold Spring Harbor Laboratory (d),‎ (OCLC 872278079, DOI 10.1101/2021.08.05.455249)Voir et modifier les données sur Wikidata
  8. (en) Marjorie J Gibbon, Natacha Couto, Sophia David, Ruth Barden, Richard Standerwick, Kishore Jagadeesan, Hollie Birkwood, Punyawee Dulyayangkul, Matthew B Avison, Andrew Kannan, Dan Kibbey, Tim Craft, Samia Habib, Harry A Thorpe, Jukka Corander, Barbara Kasprzyk-Hordern et Edward J Feil, « A high prevalence of bla OXA-48 in Klebsiella (Raoultella) ornithinolytica and related species in hospital wastewater in South West England », Microbial genomics, Society for General Microbiology (d),‎ (ISSN 2057-5858, PMID 33416467, DOI 10.1099/MGEN.0.000509)Voir et modifier les données sur Wikidata
  9. (en) Alicja Sêkowska, Tomasz Bogiel, Marcin Woźniak et Eugenia Gospodarek-Komkowska, « Raoultella spp. – reliable identification, susceptibility to antimicrobials and antibiotic resistance mechanisms », Journal of Medical Microbiology, vol. 69, no 2,‎ , p. 233–238 (ISSN 0022-2615, PMID 31971501, DOI 10.1099/jmm.0.001150)
  10. a et b (en) « Species Raoultella planticola » [archive du ], sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le ).
  11. a et b (en) Zen-ichiro Kimura, Kyung Mi Chung, Hiroaki Itoh, Akira Hiraishi et Satoshi Okabe, « Raoultella electrica sp. nov., isolated from anodic biofilms of a glucose-fed microbial fuel cell », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Society for General Microbiology (d), vol. 64, no 4,‎ , p. 1384-1388 (ISSN 1466-5026 et 1466-5034, OCLC 807119723, PMID 24449794, DOI 10.1099/IJS.0.058826-0)Voir et modifier les données sur Wikidata.
  12. (en) « Raoultella electrica – DSM 102253 », sur Leibniz Institute – DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures (consulté le ).
  13. (en) « Species Raoultella electrica » [archive du ], sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le ).
  14. (en) « Species Raoultella ornithinolytica » [archive du ], sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le ).