Domaine (biologie)

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En biologie, le domaine (néolatinisé en dominium[réf. nécessaire]) est dans certaines classifications biologiques le premier niveau de rang au-dessus des règnes. Il est parfois considéré comme un synonyme du terme plus traditionnel d'empire, toutefois ces notions ne se recouvrent pas totalement [réf. nécessaire].

Historique[modifier | modifier le code]

Le terme domaine a été introduit pour discuter de la classification du monde vivant selon un modèle divisant celui-ci en trois grands groupes supposés holophylétiques[1]. Bien qu'étant de fait synonymes, l'emploi des termes domaine ou empire n'est pas tout à fait neutre. Le mot domaine est généralement rejeté par les taxonomistes qui contestent le modèle à trois domaines de Woese puisqu'au moins l'un d'entre eux n'est pas holophylétique (les bactéries). Ce terme est également parfois rejeté par des taxonomistes qui acceptent ce système, simplement au nom de l'antériorité du terme empire [réf. nécessaire].

Le modèle à trois domaines[modifier | modifier le code]

Arbre phylogénétique universel montrant les trois domaines selon Guillaume Lecointre & Hervé Le Guyader (2006) et d'après Purificación López-García & David Moreira (2008)[2].

La classification de Carl Woese et al. (1977, 1990)[3],[4],[5] distingue trois domaines supposés holophylétiques  :

  1. le domaine Eubacteria ou Bacteria
  2. le domaine Archaebacteria ou Archaea
  3. et le domaine Eukaryota ou Eucarya

Ces taxons comportent des différences fondamentales dans leurs génomes.

Les unicontes et bicontes sont des sous-domaines des Eucaryotes[6].

Variantes[modifier | modifier le code]

Articles connexes : Empire et Règne.

D'autres modèles ont été proposés, parmi lesquels :

Critiques[modifier | modifier le code]

Pour les systématiciens phylogénétiques, le modèle à trois domaines est obsolète pour la simple raison que les avancées en matière de phylogénétique semblent montrer que le domaine Eubacteria est en fait paraphylétique, or la classification phylogénétique ne reconnaît que des clades [12].

Pour les systématiciens évolutionnistes, la classification du monde vivant ne devrait pas se fonder uniquement sur des clades et devrait incorporer le concept de grade évolutif (voir empire et plan d'organisation)[13]. Or, la reconnaissance des deux domaines bactéries et archées au même rang taxonomique que celui des eucaryotes aurait pour effet de scinder de manière injustifiée le grade des procaryotes en deux.

Autres rangs taxonomiques[modifier | modifier le code]

Les rangs taxonomiques[a] utilisés en systématique pour la classification hiérarchique du monde vivant sont les suivants (par ordre décroissant) :


Notes et références[modifier | modifier le code]

Notes[modifier | modifier le code]

  1. En gras les 7 rangs principaux (RECOFGE, sigle mnémotechnique pour Règne/Embranchement/Classe/Ordre/Famille/Genre/Espèce), en maigre les rangs secondaires, en romaine les noms vulgaires, en italique les noms latins.
  2. Un embranchement en zoologie, ou division en botanique, est traditionnellement caractérisé par une description schématique appelée « plan d'organisation ».
  3. Les taxons aux rangs de race et de sous-race (animaux domestiques principalement) n'ont pas de noms scientifiques. Ils ne sont pas régis par le Code international de nomenclature zoologique (CINZ).
  4. Les taxons aux rangs de race et de sous-race (animaux domestiques principalement) n'ont pas de noms scientifiques. Ils ne sont pas régis par le Code international de nomenclature zoologique (CINZ).
  5. Les taxons aux rangs de race et de sous-race (animaux domestiques principalement) n'ont pas de noms scientifiques. Ils ne sont pas régis par le Code international de nomenclature zoologique (CINZ).

Références[modifier | modifier le code]

  1. (en) Carl R. Woese et George E. Fox, « Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 74, no 11,‎ , p. 5088–5090 (ISSN 0027-8424 et 1091-6490, PMID 270744, DOI 10.1073/pnas.74.11.5088, lire en ligne)
  2. (en) Purificación López-García & David Moreira, "Tracking microbial biodiversity through molecular and genomic ecology", Research in Microbiology, Vol.159, No.1, January-February 2008, p.67–73. DOI:10.1016/j.resmic.2007.11.019
  3. (en) C. R. Woese, W. E. Balch, L. J. Magrum, G. E. Fox and R. S. Wolfe, « An ancient divergence among the bacteria », dans Journal of Molecular Evolution, vol. 9, 1977, p. 305–311
  4. Carl R. Woese & George E. Fox, "Phylogenetic structure of the prokaryotic domain : The primary kingdoms", Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.74, No.11, November 1, 1977, p. 5088-5090. DOI:10.1073/pnas.74.11.5088
  5. (en) Carl R. Woese, Otto Kandlert & Mark L. Wheelis, "Towards a natural system of organisms : Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya", Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.87, No.12, June 1, 1990, p. 4576-4579. DOI:10.1073/pnas.87.12.4576
  6. (en) Alexandra Stechmann et Thomas Cavalier-Smith, « The root of the eukaryote tree pinpointed », Current Biology, vol. 13, no 17,‎ , R665-R666 (PMID 12956967, DOI 10.1016/S0960-9822(03)00602-X, lire en ligne)
  7. (en) E. Mayr, « Two empires or three? », Proc. Natl. Acad. Sci USA., vol. 95, no 17,‎ , p. 9720–9723 (PMCID 33883, DOI 10.1073/pnas.95.17.9720, lire en ligne)
  8. (en) T. Cavalier-Smith, « Only six kingdoms of life », Proc. R. Soc. Lond. B, vol. 271,‎ , p. 1251–62 (PMID 15306349, PMCID 1691724, DOI 10.1098/rspb.2004.2705, lire en ligne)
  9. Michael L. Cain, Hans Damman, Robert A. Lue & Carol Kaeseuk Yoon, Découvrir la biologie, De Boeck Supérieur, Bruxelles, 2006, p.26-27. (ISBN 2-8041-4627-8)
  10. Lansing M. Prescott, John P. Harley, Donald A. Klein, Joanne M. Willey, Linda M. Sherwood & Christopher J. Woolverton, Microbiologie, 3e édition, De Boeck, Bruxelles, 2010, p.491-492. (ISBN 978-2-8041-6012-8)
  11. (en)Cecie Starr, Ralph Taggart, Christine Evers & Lisa Starr, Biology : The Unit and Diversity of Life, Fourteenth Edition, Cengage Learning, Boston, 2016, p.11. (ISBN 978-1-305-07395-1)
  12. (en) Willi Hennig (trad. D. Dwight Davis et Rainer Zangerl), Phylogenetic Systematics, Urbana, Chicago, London, University of Illinois Press, , 263 p. (lire en ligne)
  13. (en) Ernst Mayr et W. J. Bock, « Classifications and other ordering systems », Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research, vol. 40, no 4,‎ , p. 169–194 (ISSN 0947-5745 et 1439-0469, DOI 10.1046/j.1439-0469.2002.00211.x, lire en ligne)

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Bibliographie[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]