« Variant Alpha du SARS-CoV-2 » : différence entre les versions

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La variante VOC-202012/01, ou Variant of Concern 202012/01[1], voire B.1.1.7, précédemment VUI-202012/01, est une variante du SARS-CoV-2, coronavirus responsable du COVID-19. Elle a été détectée pour la première fois en octobre 2020 au cours de la pandémie de Covid-19 au Royaume-Uni à partir d'échantillons prélevés le mois précédent[2], est s'est rapidement propagée à partir de mi-décembre 2020. Sa propagation est corrélée avec une augmentation significative du nombre de cas de COVID-19 au Royaume-Uni. On pense que cette augmentation est au moins en partie due à une mutation N501Y du péplomère S du virus affectant le domaine de liaison au récepteur, ou RBD (pour receptor-binding domain), susceptible de se lier à l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) : un résidu d'asparagine est remplacé par une tyrosine en position 501.

Propriétés

Mutations

Les mutations du SARS-CoV-2 sont un phénomène fréquent : plus de 4 000 mutations avaient été détectées en décembre 2020 rien que dans la glycoprotéine S[3]. L'analyse des mutations est un moyen courant de tracer la diffusion des virus dans une population. Outre le fait qu'elle a pu par exemple montrer que le SARS-CoV-2 s'est répandu au Royaume-Uni à partir d'un millier de points d'entrée, elle a également permis de montrer qu'une variante portant la mutation G614 a complètement remplacé celle portant la mutation D614[4].

La variante VOC-202012/01 est définie par 23 mutations : quatre délétions, six mutations synonymes et treize mutations non synonymes[1], soit 17 mutations induisant un changement d'acide aminé dans les protéines traduites à partir de l'ARN viral[5].

Transmissibilité

Les chercheurs britanniques du NERVTAG (en) indiquèrent le 18 décembre 2020 qu'ils étaient relativement confiants sur le fait que la variante VOC-202012/01 soit significativement plus transmissible que les autres, mais disposaient de données insuffisantes pour tirer quelque conclusion que ce fut quant au mécanisme sous-jacent de cette transmissibilité accrue, à la répartiton des cas selon l'âge ou à la sévérité des cas[6]. Ils estimèrent, au vu du doublement de la prévalence relative de cette variante tous les 6,4 jours, qu'elle est deux fois plus contagieuse que le virus original, avec un coefficient de sélection de 70 %[7],[a]. Ils identifièrent également une corrélation entre un taux de reproduction plus élevé et la détection de la variante B.1.1.7.5. Bien qu'il puisse y avoir d'autres explications, il est probable que cette corrélation provienne d'une plus grande transmissibilité de cette variante ; les analyses en laboratoire devront clarifier ce point[5].

L'une des mutations les plus significatives de la variante VOC-202012/01 est la N501Y[3]. Cette mutation affecte le motif de liaison au récepteur, ou RBM (pour receptor-binding motif), groupe de résidus du RBD[8] qui entrent directement en contact avec l'ACE2 humaine. Les mutations à ce niveau modifient la reconnaissance des anticorps et la spécificité de liaison du péplomère S à l'ACE2.

Sévérité

Le NERVTAG estima le 18 décembre 2020 qu'il n'y avait pas assez de données pour conclure sur la sévérité du COVID-19 induit par la variante VOC-202012/01 du SARS-CoV-2. Les autorités britanniques indiquèrent le lendemain qu'il n'y avait pas de preuve à cette date que la nouvelle variante du virus soit plus mortelle ou qu'elle réponde différemment aux vaccins ou au traitements[9],[10].

Le séquençage de la variante VOC-202012/01 a mis en évidence une mutation Q27stop — remplacement du résidu de glutamine en position 27 par un codon-stop — qui tronque la protéine issue de l'ORF8 (cadre de lecture ouvert no 8) ou la rend inactive[11]. Une étude antérieur sur des variantes de SARS-CoV-2 dépourvues de gènes du cadre de lecture ouvert no 8 ont été associés à des symptômes plus légers et un meilleur pronostic[12].

La délétion en positions 69-70 de la glycoprotéine S a été observée « chez des virus qui évitent la réponse immunitaire de certains patients immunodéprimés »[13] et a été également trouvée « associée à d'autres modifications du RBD »[1].

Efficacité des vaccins

Fin 2020, plusieurs vaccins étaient en cours de développement, ou déjà utilisés contre le COVID-19. La plupart d'entre eux ciblent la glycoprotéine S[14] comme antigène principal, et la variante VOC-202012/01 du SARS-CoV-2 présente plusieurs mutations sur cette protéine. Néanmoins, le système immunitaire produit des anticorps ciblant plusieurs régions de cette protéine en réponse à ces vaccins, de sorte qu'on estime peu probable qu'une mutation sur le péplomère S affecte l'efficacité de ces vaccins[3]. Cependant, il est possible que l'accumulation des mutations rende nécessaire de modifier les vaccins. Le SARS-CoV-2 mute plus lentement que les virus de la grippe, par exemple, de sorte que les vaccins qui auront été efficaces fin 2020 sont ceux qui pourront être ajustés si nécessaire[15].

Notes et références

Notes

  1. ↑ Le coefficient de sélection peut être estimé à partir de la vitesse de doublement de la prévalence relative de cette variante selon ln(2)*6,5/6,4 = 0,704, où 6,5 est l'intervalle estimé entre deux générations de virus ; cela conduit à une contagion exp(0,704) = 2,02 fois plus élevée que le virus ancestral.

Références

  1. ↑ a b et c (en) « Investigation of novel SARS-COV-2 variant. Variant of Concern 202012/01 » [PDF], sur https://assets.publishing.service.gov.uk/, Public Health England, (consulté le ).
  2. ↑ (en) « Covid: Nations impose UK travel bans over new variant », sur https://www.bbc.com/, BBC, (consulté le ).
  3. ↑ a b et c (en) Jacqui Wise, « Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK », BMJ, vol. 371,‎ , p. 4857 (PMID 33328153, DOI 10.1136/bmj.m4857, lire en ligne)
  4. ↑ (en) Bette Korber, Will M. Fischer, Sandrasegaram Gnanakaran, Hyejin Yoon, James Theiler, Werner Abfalterer, Nick Hengartner, Elena E. Giorgi, Tanmoy Bhattacharya, Brian Foley, Kathryn M. Hastie, Matthew D. Parker, David G. Partridge, Cariad M. Evans, Timothy M. Freeman, Thushan I. de Silva, Charlene McDanal, Lautaro G. Perez, Haili Tang, Alex Moon-Walker, Sean P. Whelan, Celia C. LaBranche, Erica O. Saphire et David C. Montefiori, « Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus », Cell, vol. 182, no 4,‎ , p. 812-827 (PMID 32697968, PMCID 7332439, DOI 10.1016/j.cell.2020.06.043, lire en ligne)
  5. ↑ a et b (en) Sharon Peacock, « Here's what we know about the new variant of coronavirus », sur https://www.theguardian.com/, The Guardian, (consulté le ).
  6. ↑ (en) « NERVTAG meeting on SARS-CoV-2 variant under investigation VUI-202012/01 », sur https://khub.net/, Knowledge Hub, (consulté le ).
  7. ↑ (en) « New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment » (consulté le ).
  8. ↑ (en) Chunyan Yi, Xiaoyu Sun, Jing Ye, Longfei Ding, Meiqin Liu, Zhuo Yang, Xiao Lu, Yaguang Zhang, Liyang Ma, Wangpeng Gu, Aidong Qu, Jianqing Xu, Zhengli Shi, Zhiyang Ling et Bing Sun, « Key residues of the receptor binding motif in the spike protein of SARS-CoV-2 that interact with ACE2 and neutralizing antibodies », Cellular & Molecular Immunology, vol. 17, no 6,‎ , p. 621-630 (PMID 32415260, PMCID 7227451, DOI 10.1038/s41423-020-0458-z, lire en ligne)
  9. ↑ (en) « Covid: WHO in 'close contact' with UK over new virus variant », sur https://www.bbc.com/news/, BBC News, (consulté le ).
  10. ↑ (en) « As it happened: Stricter Covid rules for Christmas outlined », sur https://www.bbc.com/news/, BBC News, (consulté le ).
  11. ↑ (en) Andrew Rambaut, Nick Loman, Oliver Pybus, Wendy Barclay, Jeff Barrett, Alesandro Carabelli, Tom Connor, Tom Peacock, David L. Robertson et Erik Volz, « Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations », sur https://virological.org/, (consulté le ).
  12. ↑ (en) Luca Zinzula, « Lost in deletion: The enigmatic ORF8 protein of SARS-CoV-2 », Biochemical and Biophysical Research Communications,‎ (PMCID 7577707, DOI 10.1016/j.bbrc.2020.10.045)
  13. ↑ (en) Kai Kupferschmidt, « Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms, but its importance remains unclear », sur https://www.sciencemag.org/, Science, (consulté le ) : « One reason to be concerned, Rambaut says, is that among the 17 mutations are eight in the gene that encodes the spike protein on the viral surface, two of which are particularly worrisome. One, called N501Y, has previously been shown to increase how tightly the protein binds to the angiotensin-converting enzyme 2 receptor, its entry point into human cells. The other, named 69-70del, leads to the loss of two amino acids in the spike protein and has been found in viruses that eluded the immune response in some immunocompromised patients. ».
  14. ↑ (en) Tung Thanh Le, Jakob P. Cramer, Robert Chen et Stephen Mayhew, « Evolution of the COVID-19 vaccine development landscape », Nature Reviews, vol. 19, no 10,‎ , p. 667-668 (PMID 32887942, DOI 10.1038/d41573-020-00151-8, lire en ligne)
  15. ↑ (en) Sunita Patel-Carstairs, « COVID-19: London and South East set for Tier 4 rules - as new COVID variant 'real cause for concern' », sur https://news.sky.com/, Sky News, (consulté le ).
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