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Le virome humain est l'ensemble des virus présents dans le corps humain ou à sa surface. Le virome humain est la partie virale du microbiote humain qui comprend l'ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, champignons) du corps humain.

Le virome humain est composé de virus d'eucaryotes, de virus de procaryotes (bacteriophages et virus d'archées) ainsi que d'éléments génétiques d'origine virale intégrés dans le génome humain (notamment les rétrovirus endogènes humains)[1]. Les virus composant le virome peuvent être classés en deux catégories en fonction de leur effet sur l'organisme humain les hébergeant: les virus pathogènes responsables de maladies et virus commensaux n'ayant pas d'effet délétère[2].

Acquisition et évolution[modifier | modifier le code]

Chaque être humain est infecté par différents virus, de manière aiguë ou chronique. L'acquisition et l'évolution du virome d'une personne dépend de son exposition et de sa susceptibilité aux infections virales [3]. L'exposition aux virus est influencée par différents facteurs individuels tels que l'hygiène, le lieu et le mode de vie[3]. La susceptibilité aux infections virales dépend de facteurs viraux (virulence de la souche virale) ainsi que de caractéristiques de l'hôte[4] tels que l'âge, le sexe, le statut immunologique (immunocompétence, immunodéficience, immunosuppression), les facteurs génétiques[5] et l'immunité pré-existante.

Catégories[modifier | modifier le code]

Les virus infectent de nombreux organes du corps humain et le virome humain peut être divisé selon le ou les organes étudiés. Les viromes intestinaux[6][7], respiratoires[8] et plasmatiques[9][10] sont les plus caractérisés.

Effets sur la santé[modifier | modifier le code]

Les virus peuvent avoir des effets négatifs, neutres et potentiellement positifs sur l´état de santé de l'organisme humain qui les héberge[1][2]. Les effets du virome dépendent non seulement de la nature des virus qui le composent mais également des caractéristiques de l'hôte (immunosuppression, facteurs génétiques)[1][2].

Virome: source de virus pathogènes[modifier | modifier le code]

Le virome humain peut inclure des virus d'eucaryotes pathogènes, responsables de diverses maladies telles que la grippe (virus de la grippe), le SIDA (VIH), les hépatites (virus des hépatites A, B et C) et les gastro-entérites (rotavirus, norovirus, adenovirus, astrovirus) en fonction des organes et cellules qu'ils infectent (tropisme).

Virome: source de virus commensaux[modifier | modifier le code]

De nombreux virus infectant des cellules humaines ne causent aucune pathologie chez les adultes en bonne santé. Par exemple, les infections chroniques par certains herpesvirus et anellovirus sont fréquentes et généralement asymptomatiques car elles sont contrôlées par le système immunitaire humain[11].

Effets des virus de procaryotes[modifier | modifier le code]

Les bactériophages régulent la composition des populations bactériennes du corps humain et peuvent donc avoir un effet positif ou négatif indirect sur la santé humaine[12][13].

Technique d'étude du virome[modifier | modifier le code]

L'étude du virome repose sur le séquençage de l'ensemble des acides nucléiques présents dans un échantillon (biopsie, fluide corporel, liquide de lavage...)[12][14]. Cette approche méthodologique comporte les étapes suivantes[15][16]:

  • Purification et concentration des particules virales
  • Extraction et la purification des acides nucléiques viraux
  • Traitement et préparation des acides nucléiques pour le séquençage
  • Séquençage de nouvelle génération
  • Analyse bio-informatique permettant l'identification des séquences virales

Références[modifier | modifier le code]

  1. ↑ a b et c (en) Herbert W. Virgin, « The Virome in Mammalian Physiology and Disease », Cell, vol. 157,‎ , p. 142–150 (ISSN 0092-8674 et 1097-4172, PMID 24679532, 24679532, PMCID 3977141, DOI 10.1016/j.cell.2014.02.032, lire en ligne, consulté le )
  2. ↑ a b et c (en) Ken Cadwell, « The Virome in Host Health and Disease », Immunity, vol. 42,‎ , p. 805–813 (ISSN 1074-7613, PMID 25992857, PMCID 4578625, DOI 10.1016/j.immuni.2015.05.003, lire en ligne, consulté le )
  3. ↑ a et b (en) Eric Delwart, « A Roadmap to the Human Virome », PLoS Pathogens, vol. 9,‎ (PMID 23457428, PMCID PMC3573120, DOI 10.1371/journal.ppat.1003146, lire en ligne)
  4. ↑ (en) Neal Nathanson, Viral Pathogenesis and Immunity, 2nd edition, (ISBN 9780080471051), p. 174-184
  5. ↑ Laurent Abel, Alexandre Alcaïs et Erwin Schurr, « The dissection of complex susceptibility to infectious disease: bacterial, viral and parasitic infections », Current Opinion in Immunology, vol. 30,‎ , p. 72–78 (ISSN 1879-0372, PMID 25083600, DOI 10.1016/j.coi.2014.07.002, lire en ligne, consulté le )
  6. ↑ Lesley Ann Ogilvie et Brian Vaughan Jones, « The human gut virome: a multifaceted majority », Evolutionary and Genomic Microbiology,‎ , p. 918 (PMID 26441861, PMCID 4566309, DOI 10.3389/fmicb.2015.00918, lire en ligne, consulté le )
  7. ↑ (en) Emidio Scarpellini, Gianluca Ianiro, Fabia Attili, Chiara Bassanelli, Adriano De Santis et Antonio Gasbarrini, « The human gut microbiota and virome: Potential therapeutic implications », Digestive and Liver Disease, vol. 47,‎ , p. 1007-1012 (DOI http://dx.doi.org/10.1016/j.dld.2015.07.008, lire en ligne)
  8. ↑ Jacque C. Young, Christel Chehoud, Kyle Bittinger et Aubrey Bailey, « Viral metagenomics reveal blooms of anelloviruses in the respiratory tract of lung transplant recipients », American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons, vol. 15,‎ , p. 200–209 (ISSN 1600-6135, PMID 25403800, PMCID 4276431, DOI 10.1111/ajt.13031, lire en ligne, consulté le )
  9. ↑ Iwijn De Vlaminck, Kiran K. Khush, Calvin Strehl et Bitika Kohli, « Temporal response of the human virome to immunosuppression and antiviral therapy », Cell, vol. 155,‎ , p. 1178–1187 (ISSN 1097-4172, PMID 24267896, PMCID 4098717, DOI 10.1016/j.cell.2013.10.034, lire en ligne, consulté le )
  10. ↑ (en) Rika A. Furuta, Hirotaka Sakamoto, Ayumu Kuroishi et Kazuta Yasiui, « Metagenomic profiling of the viromes of plasma collected from blood donors with elevated serum alanine aminotransferase levels », Transfusion, vol. 55,‎ , p. 1889–1899 (ISSN 1537-2995, DOI 10.1111/trf.13057, lire en ligne, consulté le )
  11. ↑ Herbert W. Virgin, E. John Wherry et Rafi Ahmed, « Redefining chronic viral infection », Cell, vol. 138,‎ , p. 30–50 (ISSN 1097-4172, PMID 19596234, DOI 10.1016/j.cell.2009.06.036, lire en ligne, consulté le )
  12. ↑ a et b Kristine M. Wylie, George M. Weinstock et Gregory A. Storch, « Emerging view of the human virome », Translational Research: The Journal of Laboratory and Clinical Medicine, vol. 160,‎ , p. 283–290 (ISSN 1878-1810, PMID 22683423, PMCID 3701101, DOI 10.1016/j.trsl.2012.03.006, lire en ligne, consulté le )
  13. ↑ Shira R. Abeles et David T. Pride, « Molecular bases and role of viruses in the human microbiome », Journal of Molecular Biology, vol. 426,‎ , p. 3892–3906 (ISSN 1089-8638, PMID 25020228, DOI 10.1016/j.jmb.2014.07.002, lire en ligne, consulté le )
  14. ↑ Sophie Butot, Sophie Zuber et Leen Baert, « Sample preparation prior to molecular amplification: complexities and opportunities », Current Opinion in Virology, vol. 4,‎ , p. 66–70 (ISSN 1879-6265, PMID 24441295, DOI 10.1016/j.coviro.2013.12.004, lire en ligne, consulté le )
  15. ↑ Kyle Bibby, « Metagenomic identification of viral pathogens », Trends in Biotechnology, vol. 31,‎ , p. 275–279 (ISSN 1879-3096, PMID 23415279, DOI 10.1016/j.tibtech.2013.01.016, lire en ligne, consulté le )
  16. ↑ Ruth R. Miller, Vincent Montoya, Jennifer L. Gardy et David M. Patrick, « Metagenomics for pathogen detection in public health », Genome Medicine, vol. 5,‎ , p. 81 (ISSN 1756-994X, PMID 24050114, PMCID 3978900, DOI 10.1186/gm485, lire en ligne, consulté le )
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