In silico
In silico (en français « en silice ») est une expression d'inspiration latine désignant une recherche ou un essai effectué au moyen de l'informatique. La phrase fut inventée en 1989, par analogie avec les phrases latines in vivo (en français « en vie »), in vitro (« en éprouvette ») et in situ (« en place ») qui font souvent référence à la manière d'effectuer une expérience vivante.
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Mise au point des médicaments [modifier]
Parce que les recherches in silico produisent et présélectionnent les médicaments potentiels, elles ont le pouvoir d'accélérer le taux de découvertes et de réduire le besoin d'expériences de laboratoire couteuses ou d'essais cliniques. En 2010, par exemple, des chercheurs se sont servis d'un algorithme pour trouver, en silice, de possibles inhibiteurs d'un enzyme lié à l'activité cancéreuse, dont 50 % s'avéraient de véritables inhibiteurs plus tard au laboratoire[1][2]. Cette approche se différencie des laboratoires de criblage à haut débit où on essaie physiquement des milliers de composés chaque jour avec un moindre taux de réussite.
Modèles cellulaires [modifier]
Il y a eu des efforts pour établir des modèles informatiques du comportement cellulaire. Par exemple, en 2007 des chercheurs en lutte contre la tuberculose ont développé un modèle en silice/in silico de la tuberculose qui permet de simuler le développement de certains faits en quelques minutes au lieu d'une période de mois[3]. Néanmoins, ces travaux ne représentent pas un modèle tout à fait précis du comportement de toute la cellule. Des limitations de notre compréhension de la dynamique moléculaire et de la biologie cellulaire, en plus d'un manque de capacité informatique aboutissent à des suppositions simplificatrices qui restreignent l'utilité des modèles en silice actuels.
Génétique [modifier]
Des séquençages génétiques numériques peuvent être entreposés dans une base de données, étudiés, modifiés numériquement et servir de gabarit pour la création d'ADN neuf grâce à la synthèse de gènes artificiels.
Étymologie [modifier]
In silico est formée par analogie avec in vivo ou in utero, l'expression fait référence à l'utilisation massive de semi-conducteurs de silicium dans les ordinateurs. Cependant, cette expression n'a aucune signification en latin.
Emploi [modifier]
In silico est très utilisée en bio-informatique, par exemple pour la recherche de gènes qui peut se faire in silico via des programmes de détection de gènes, puis in situ pour valider expérimentalement les prédictions faites par ordinateur.
Notes et références [modifier]
- Röhrig, Ute F.; Awad, Loay; Grosdidier, AuréLien; Larrieu, Pierre; Stroobant, Vincent; Colau, Didier; Cerundolo, Vincenzo; Simpson, Andrew J. G. et al. (2010). « Rational Design of Indoleamine 2,3-Dioxygenase Inhibitors ». Journal of Medicinal Chemistry 53 (3): 1172–89. doi:10.1021/jm9014718. PMID 20055453.
- Ludwig Institute for Cancer Research (2010, February 4). New computational tool for cancer treatment. ScienceDaily. Retrieved February 12, 2010, from http://www.sciencedaily.com/releases/2010/01/100129151756.htm
- University Of Surrey (2007, June 25). In Silico Cell For TB Drug Discovery. ScienceDaily. Retrieved February 12, 2010, from http://www.sciencedaily.com/releases/2007/06/070624135714.htm
