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{{Avertissement covid-19}}
{{À sourcer|date=janvier 2021}}
{{2autres|les souches et mutations du SARS-CoV-2|plus de renseignements|pandémie de Covid-19|le coronavirus en cause|SARS-CoV-2}}


{{Événement en cours|wikinews=Coronavirus : le nombre de cas par pays}}
{{À wikifier|date=janvier 2021}}


{{Article détaillé|Souche (biologie)}}
Tous les virus peuvent muter. Après avoir infecté nos cellules, ceux-ci se multiplient en réalisant des copies d’eux-mêmes. Ce processus n’est pas parfait et les copies peuvent comporter des « erreurs » : les [[Mutation (génétique)|mutations]]. Le matériel génétique des copies virales diffère alors du matériel génétique du virus de départ.

'''Tous les virus peuvent muter'''. Après avoir infecté nos cellules, ceux-ci se multiplient en réalisant des copies d’eux-mêmes. Ce processus n’est pas parfait et les copies peuvent comporter des « erreurs » : les [[Mutation (génétique)|mutations]]. Le matériel génétique des copies virales diffère alors du matériel génétique du virus de départ.

[[Fichier:Novel Coronavirus SARS-CoV-2.jpg|vignette|300x300px|Le SARS-CoV-2 en [[Microscope électronique|microscopie électronique]].]]


Si ces mutations peuvent n’avoir aucune conséquence, elles peuvent dans certains cas avoir un impact, par exemple sur la transmissibilité ou sur la virulence du virus. Les mutations expliquent aussi le passage d’un virus d’une espèce à une autre : elles jouent un rôle dans l’adaptation du virus au nouvel hôte.
Si ces mutations peuvent n’avoir aucune conséquence, elles peuvent dans certains cas avoir un impact, par exemple sur la transmissibilité ou sur la virulence du virus. Les mutations expliquent aussi le passage d’un virus d’une espèce à une autre : elles jouent un rôle dans l’adaptation du virus au nouvel hôte.


En comparaison avec les virus à ADN, les virus à ARN (comme le virus de la [[grippe]] ou le [[Virus de l'immunodéficience humaine|VIH]]) ont tendance à muter plus rapidement et plus fréquemment. Les [[coronavirus]], qui sont également des virus à ARN, sont néanmoins plutôt stables car ils produisent une enzyme correctrice d’erreurs, appelée « [[exoribonucléase]] ». Le [[SARS-CoV-2]] muterait ainsi environ deux fois moins rapidement que les virus grippaux d'après Inserm.
En comparaison avec les virus à ADN, les virus à ARN (comme le virus de la [[grippe]] ou le [[Virus de l'immunodéficience humaine|VIH]]) ont tendance à muter plus rapidement et plus fréquemment. Les [[coronavirus]], qui sont également des virus à ARN, sont néanmoins plutôt stables car ils produisent une enzyme correctrice d’erreurs, appelée « [[exoribonucléase]] ». Le [[SARS-CoV-2]] muterait ainsi environ deux fois moins rapidement que les virus grippaux d'après Inserm<ref>{{Lien web |langue=fr-FR |titre=Des mutations rendant le SARS-CoV-2 plus dangereux, vraiment ? |url=https://presse.inserm.fr/des-mutations-rendant-le-sars-cov-2-plus-dangereux-vraiment/41099/ |site=Salle de presse {{!}} Inserm |date=2020-10-12 |consulté le=2021-01-23}}</ref>.


Cependant entre la fin 2020 et début janvier 2021, de nombreuses mutations problématiques, dans le sens où elles ont un effet négatif pour l'Homme, ont été identifiées, comme le variant britannique [[VOC-202012/01]], le variant sud-africain [[Variant 501.V2|501.V2]], et les variants brésiliens [[Variant B1.1.248 du SARS-CoV-2|B1.1.248]] et [[Variant P.1 du SARS-CoV-2|P.1]], le premier étnt 50% à 75% plus contagieux et les autres également, en plus de renfermer la mutation E484K, qui pourrait compromettre l'efficacité des vaccins.
Cependant entre la fin 2020 et début janvier 2021, de nombreuses mutations problématiques, dans le sens où elles ont un effet négatif pour l'Homme, ont été identifiées, comme le variant britannique [[VOC-202012/01]], le variant sud-africain [[Variant 501.V2|501.V2]], et les variants brésiliens [[Variant B1.1.248 du SARS-CoV-2|B1.1.248]] et [[Variant P.1 du SARS-CoV-2|P.1]], le premier étant 50% à 75% plus contagieux idem pour les autres souches, en plus de renfermer la mutation '''E484K''', qui pourrait compromettre l'efficacité des vaccins<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Covid-19 : E484K, la mutation qui pose question pour les vaccins |url=https://www.sciencesetavenir.fr/sante/covid-19-e484k-la-mutation-qui-pose-question-pour-les-vaccins_150771 |site=Sciences et Avenir |consulté le=2021-01-23}}</ref>.


== 20A EU.1 ==
== 20A EU.1 ==
Le {{date-|30 octobre 2020}}, des scientifiques suisses, américains et espagnols publient l'étude d'une nouvelle souche du SARS-CoV-2, appelée 20A EU.1.{{Référence souhaitée}} Cette souche semble avoir émergé parmi des travailleurs agricoles en [[Aragon (communauté autonome)|Aragon]], dans le nord-est de l’[[Espagne]], « C’est du moins les traces les plus anciennes de sa présence que nous avons pu détecter », précise Emma Hodcroft, l’auteure principale de l’étude et spécialiste de la génétique évolutive humaine à l’[[université de Bâle]], d'après France 24.{{Référence souhaitée}}


{{Infobox Épidémie
Après son développement en Espagne, cette mutation s'est étendue à de nombreux pays européens. Avant le 15 juillet, de très faibles valeurs ont été trouvées en dehors de la [[Péninsule Ibérique]]. Mais après cela, la mutation s’est propagée en Europe et elle s'est également étendue à la [[Norvège]], à la [[Lettonie]], aux [[Pays-Bas]] et à la France. Cette variante s'est même répandue sur d'autres continents, par exemple, la [[Nouvelle-Zélande]] ou [[Hong Kong]].{{Référence souhaitée}}
| nom = 20A EU.1
| image1 =
| légende1 =
| maladie = Covid-19
| agent infectieux =
| type = SARS-CoV-2
| origine = [[Aragon (communauté autonome)|Aragon]], Espagne
| localisation = Espagne, Royaume-Uni, Irlande, Suisse, France, Belgique, Norvège, Allemagne, Nouvelle-Zélande, Hong Kong
| date arrivée = Octobre 2020
| date fin =
}}


Le {{date-|30 octobre 2020}}, des scientifiques suisses, américains et espagnols publient l'étude d'une nouvelle souche du SARS-CoV-2, appelée 20A EU.1<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Emma B. |nom1=Hodcroft |prénom2=Moira |nom2=Zuber |prénom3=Sarah |nom3=Nadeau |prénom4=Iñaki |nom4=Comas |titre=Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020 |périodique=medRxiv |date=2020-10-28 |doi=10.1101/2020.10.25.20219063 |lire en ligne=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.25.20219063v1 |consulté le=2021-01-23 |pages=2020.10.25.20219063 }}</ref> Cette souche semble avoir émergé parmi des travailleurs agricoles en [[Aragon (communauté autonome)|Aragon]], dans le nord-est de l’[[Espagne]], « C’est du moins les traces les plus anciennes de sa présence que nous avons pu détecter », précise Emma Hodcroft, l’auteure principale de l’étude et spécialiste de la génétique évolutive humaine à l’[[université de Bâle]], d'après France 24<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Covid-19 : sur la piste de la folle propagation d’une souche espagnole du virus |url=https://www.france24.com/fr/europe/20201030-covid-19-sur-la-piste-de-la-folle-propagation-d-une-souche-espagnole-du-virus |site=France 24 |date=2020-10-30 |consulté le=2021-01-23}}</ref>.
La souche 20A EU.1 s'est mélangée à la population locale et a ensuite migré vers d'autres régions du pays, représentant actuellement plus de 70 % de toutes les séquences analysées par les chercheurs. À partir de la mi-juillet, cette mutation a rapidement balayé le reste du continent européen, cité plus haut, à commencer par le [[Royaume-Uni]] (80 % de toutes les séquences analysées), la [[Suisse]] et les [[Pays-Bas]]. Emma Hodcroft a souligné qu'en [[France]], « elle représente seulement 40 % des cas analysées, et c’est une autre souche qui est dominante ».{{Référence souhaitée}}

Après son développement en Espagne, cette mutation s'est étendue à de nombreux pays européens. Avant le 15 juillet, de très faibles valeurs ont été trouvées en dehors de la [[Péninsule Ibérique]]. Mais après cela, la mutation s’est propagée en Europe et elle s'est également étendue à la [[Norvège]], à la [[Lettonie]], aux [[Pays-Bas]] et à la France. Cette variante s'est même répandue sur d'autres continents, par exemple, la [[Nouvelle-Zélande]] ou [[Hong Kong]]<ref>{{Article |prénom1=Vladislav L. |nom1=Inozemtsev |prénom2=Cécile |nom2=Tarpinian |titre=Sur le Brexit et une « nouvelle AELE » |périodique=Politique étrangère |volume=Été |numéro=2 |date=2020 |issn=0032-342X |issn2=1958-8992 |doi=10.3917/pe.202.0169 |lire en ligne=http://dx.doi.org/10.3917/pe.202.0169 |consulté le=2021-01-23 |pages=169 }}</ref>.

La souche 20A EU.1 s'est mélangée à la population locale et a ensuite migré vers d'autres régions du pays, représentant actuellement plus de 70 % de toutes les séquences analysées par les chercheurs. À partir de la mi-juillet, cette mutation a rapidement balayé le reste du continent européen, cité plus haut, à commencer par le [[Royaume-Uni]] (80 % de toutes les séquences analysées), la [[Suisse]] et les [[Pays-Bas]]. Emma Hodcroft a souligné qu'en [[France]], « elle représente seulement 40 % des cas analysées, et c’est une autre souche qui est dominante »<ref>{{Lien web |titre=Yahoo fait désormais partie de Verizon Media |url=https://consent.yahoo.com/v2/collectConsent?sessionId=3_cc-session_bae9ca8f-be6e-4f64-8e29-dc66fd84937e |site=consent.yahoo.com |consulté le=2021-01-23}}</ref>.


Les [[Mutation (génétique)|mutations génétiques]] d’un virus sont fréquentes ; elles se produisent lorsque le virus se multiplie dans l'organisme infecté et la plupart du temps elles n’affectent pas son comportement. Mais il n'est pas exclu qu'une nouvelle souche s'avère plus virulente.
Les [[Mutation (génétique)|mutations génétiques]] d’un virus sont fréquentes ; elles se produisent lorsque le virus se multiplie dans l'organisme infecté et la plupart du temps elles n’affectent pas son comportement. Mais il n'est pas exclu qu'une nouvelle souche s'avère plus virulente.
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== Souche B1.1.207 ==
== Souche B1.1.207 ==

{{Infobox Épidémie
| nom = B1.1.207
| image1 =
| légende1 =
| maladie = Covid-19
| agent infectieux =
| type = SARS-CoV-2
| origine = Nigéria (peu d’information)
| localisation = Nigéria (peu d’information)
| date arrivée = Décembre 2020
| date fin =
}}

Il s'agit d'une souche présente au Nigeria. Elle représentait 1 % des contaminations en décembre, mais pourrait augmenter en prévalence. On dispose de peu de données sur cette souche.
Il s'agit d'une souche présente au Nigeria. Elle représentait 1 % des contaminations en décembre, mais pourrait augmenter en prévalence. On dispose de peu de données sur cette souche.


== D614G ==
== D614G ==

Dans le monde on recense la souche D614G qui a été qualifiée de « plus infectieuse » que les autres dans un article publié en juillet dans la revue Cell.{{Référence souhaitée}} À travers le monde, on observe de multiples souches et mutations du virus mais, dans la plupart des cas, elles sont très difficiles à détecter.
{{Infobox Épidémie
| nom = D614G
| image1 =
| légende1 =
| maladie = Covid-19
| agent infectieux =
| type = SARS-CoV-2
| origine = Chine
| localisation = Europe, États-Unis
| date arrivée = Avril, Mai 2020
| date fin =
}}

Dans le monde on recense la souche D614G qui a été qualifiée de « plus infectieuse » que les autres dans un article publié en juillet dans la revue Cell<ref>{{Lien web |langue=en |titre=Home: Cell Press |url=https://id.elsevier.com/ACW/?return=https://secure.jbs.elsevierhealth.com/action/consumeSsoCookie?redirectUri=https%253A%252F%252Fwww.cell.com%252Faction%252FconsumeSharedSessionAction%253FJSESSIONID%253DaaasKftgFEbjS8PJtWOCx%2526MAID%253DQ3HqaaABMLc4De3Ld%25252BbNTA%25253D%25253D%2526SERVER%253DWZ6myaEXBLHNN%25252BUWpfIEYQ%25253D%25253D%2526ORIGIN%253D146788757%2526RD%253DRD&code=null |site=id.elsevier.com |consulté le=2021-01-23}}</ref>. À travers le monde, on observe de multiples souches et mutations du virus mais, dans la plupart des cas, elles sont très difficiles à détecter.


== Cluster 5 ==
== Cluster 5 ==
{{Article détaillé|Pandémie de Covid-19 au Danemark}}
{{Article détaillé|Pandémie de Covid-19 au Danemark}}

Il s'agit d'une mutation du SARS-CoV-2 apparue dans des élevages de [[Vison d'Europe|visons]] danois qui est susceptible d'altérer la réponse des vaccins. Il a entraîné l'abattage de 15 millions de visons, soit l'intégralité de la population d'élevage du Danemark.
{{Infobox Épidémie
| nom = Cluster 5
| image1 =
| légende1 =
| maladie = Covid-19
| agent infectieux =
| type = SARS-CoV-2
| origine = Visons (animal), Danemark
| localisation = Danemark, Pays-Bas, Espagne, Suède, Italie, Etats-Unis
| date arrivée = Octobre 2020
| date fin =
}}

Il s'agit d'une mutation du SARS-CoV-2 apparue dans des élevages de [[Vison d'Europe|visons]] danois qui est susceptible d'altérer la réponse des vaccins. Il a entraîné l'abattage de 15 millions de visons, soit l'intégralité de la population d'élevage du Danemark<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Covid-19: 12 personnes touchées par une mutation du virus, le Danemark abat 15 millions de visons |url=https://www.latribune.fr/entreprises-finance/industrie/chimie-pharmacie/covid-19-12-personnes-touchees-par-une-mutation-du-virus-le-danemark-abat-15-millions-de-visons-861542.html |site=La Tribune |consulté le=2021-01-23}}</ref>.


== VOC202012/01 ("dit anglais") ==
== VOC202012/01 ("dit anglais") ==
{{Article détaillé|VOC-202012/01}}
{{Article détaillé|VOC-202012/01}}

Il s'agit d'une souche apparue en octobre au [[Royaume-Uni]] et qui a connu une croissance exponentielle à partir de début décembre pour devenir largement majoritaire. Elles serait 50% à 75% plus contagieuse que les souches habituelles, y compris chez les enfants, mais n'entraînent pas de formes graves. Elle comporte la mutation N501Y qui modifie la façon dont le virus s'attache aux cellules par la glycoprotéine S. Il se propage dans le monde (voir carte dans l'article détaillé)
{{Infobox Épidémie
| nom = VOC202012/01
| image1 =
| légende1 =
| maladie = Covid-19
| agent infectieux =
| type = SARS-CoV-2
| origine = Sud de l’Angleterre
| localisation = Canada, Mexique, États-Unis, Jamaïque, Équateur, Pérou, Brésil, Chili, Argentine, République Tchèque, Norvège, Danemark, Pays-Bas, Islande, Royaume-Uni, Irlande, Belgique, Luxembourg, France, Portugal, Espagne, Suisse, Italie, Malte, Grèce, Ghana, Chypre, Liban, Israël, Jordanie, Émirats arabes unis, Oman, Suède, Finlande, Luxembourg, Allemagne, Autriche, Hongrie, Roumanie, Slovaquie, Turquie, Pakistan, Inde, Sri, Lanka, Thaïlande, Iran, Chine, Corée du Sud, Japon, Vietnam, Taïwan, Hong Hong, Philippines , Singapour, Australie, Russie, Malaisie (au 19 janvier 2021)
| date arrivée = Entre septembre et décembre 2020
| date fin =
}}

Il s'agit d'une souche apparue en octobre au [[Royaume-Uni]] et qui a connu une croissance exponentielle à partir de début décembre pour devenir largement majoritaire. Elles serait 50% à 75% plus contagieuse que les souches habituelles, y compris chez les enfants, mais n'entraînent pas de formes graves. Elle comporte la mutation N501Y qui modifie la façon dont le virus s'attache aux cellules par la glycoprotéine S. Il se propage dans le monde (voir carte dans l'article détaillé)<ref>{{Lien web |langue=fr |nom=Science-et-vie.com |titre=Mutations du Covid-19 : ce que les scientifiques savent de la nouvelle souche du Royaume-Uni - Science & Vie |url=https://www.science-et-vie.com/corps-et-sante/mutation-du-covid-19-ce-que-les-scientifiques-savent-de-la-nouvelle-souche-du-ro-60695 |site=www.science-et-vie.com |date=2020-12-22 |consulté le=2021-01-23}}</ref>.

[[Fichier:Test PCR dépistage SARS-CoV-2 prélèvement nasal Strasbourg 21 août 2020.jpg|vignette|Prélèvement nasopharyngé par écouvillon, pour test PCR ([[test d'amplification des acides nucléiques]]) de dépistage du [[SARS-CoV-2]], ici à Strasbourg, le 21 août 2020.]]


== Variant 501.V2 (dit "sud-africain") ==
== Variant 501.V2 (dit "sud-africain") ==
{{Article détaillé|Variant 501.V2 du SARS-CoV-2 (dit sud-africain)}}
{{Article détaillé|Variant 501.V2 du SARS-CoV-2 (dit sud-africain)}}

Il s'agit d'un variant apparu en Afrique du Sud en octobre-novembre 2020, qui est particulièrement suivi (mais fait l'objet de moins d'études que le [[VOC-202012/01|VOC202012/01]]) en raison de sa forte contagiosité (peut être même supérieure à ce dernier), puisqu'il porte la mutation N501Y. Il a cependant plus mutée puisqu'il porte deux autres mutations notables, dont la E484K, qui pourrait altérer l'efficacité des vaccins en réduisant le pouvoir neutralisant des anticorps. Il entraînerait alors aussi des risques de réinfection.{{Référence souhaitée}}
{{Infobox Épidémie
| nom = 501.V2
| image1 =
| légende1 =
| maladie = Covid-19
| agent infectieux =
| type = SARS-CoV-2
| origine = Afrique du Sud
| localisation = Canada, Norvège, Allemagne, Pays-Bas, Royaume-Uni, Irlande, France, Suisse, Autriche, Israël, Ghana, Zambie, Botswana, Afrique du Sud, Suède, Finlande, Corée du Sud, Japon, Taïwan, Nouvelle-Zélande (au 19 janvier 2021)
| date arrivée = Octobre, Novembre 2020
| date fin =
}}

Il s'agit d'un variant apparu en Afrique du Sud en octobre-novembre 2020, qui est particulièrement suivi (mais fait l'objet de moins d'études que le [[VOC-202012/01|VOC202012/01]]) en raison de sa forte contagiosité (peut être même supérieure à ce dernier), puisqu'il porte la mutation N501Y. Il a cependant mutée d’avantage puisqu'il porte deux autres mutations notables, dont la E484K, qui pourrait altérer l'efficacité des vaccins en réduisant le pouvoir neutralisant des anticorps. Il entraînerait alors aussi des risques de réinfection<ref>{{Lien web |langue=fr |prénom=Aurore |nom=Savarit-Lebrère |titre=Le variant sud-africain «plus toxique» que le variant anglais |url=https://www.liberation.fr/france/2021/01/13/le-variant-sud-africain-plus-toxique-que-le-variant-anglais_1815888 |site=Libération.fr |date=2021-01-13 |consulté le=2021-01-23}}</ref>.


== Variant B1.1.28 ==
== Variant B1.1.28 ==

{{Infobox Épidémie
| nom = B1.1.28
| image1 =
| légende1 =
| maladie = Covid-19
| agent infectieux =
| type = SARS-CoV-2
| origine = Brésil (peu d’information)
| localisation = Brésil (peu d’information)
| date arrivée = Février 2020
| date fin =
}}

Il s'agit d'un variant détecté au Brésil en février 2020. Les variants [[Variant B1.1.248 du SARS-CoV-2|B1.1.248]] et [[Variant P.1 du SARS-CoV-2|P1]] en seraient issus.
Il s'agit d'un variant détecté au Brésil en février 2020. Les variants [[Variant B1.1.248 du SARS-CoV-2|B1.1.248]] et [[Variant P.1 du SARS-CoV-2|P1]] en seraient issus.


== Variant B1.1.248 (brésilien) ==
== Variant B1.1.248 (brésilien) ==
{{Article détaillé|Variant B1.1.248 (dit brésilien)}}
{{Article détaillé|Variant B1.1.248 (dit brésilien)}}

{{Infobox Épidémie
| nom = B1.1.248
| image1 =
| légende1 =
| maladie = Covid-19
| agent infectieux =
| type = SARS-CoV-2
| origine = Japon
| localisation = Japon, Allemagne, Brésil
| date arrivée = Janvier 2021
| date fin =
}}

Il s'agit d'un variant découvert le 6 janvier au Japon chez des voyageurs revenant du Brésil. Cette souche présente les mutations N501Y et E484K, et est donc toute aussi problématique que le variant 501.V2. Plus de 12 mutations ont été détectées sur la protéine S, cible des vaccins.
Il s'agit d'un variant découvert le 6 janvier au Japon chez des voyageurs revenant du Brésil. Cette souche présente les mutations N501Y et E484K, et est donc toute aussi problématique que le variant 501.V2. Plus de 12 mutations ont été détectées sur la protéine S, cible des vaccins.


== Variant P1 (détecté à Manaus) ==
== Variant P1 (détecté à Manaus) ==
{{Article détaillé|Variant P1 du SARS-CoV-2}}
{{Article détaillé|Variant P1 du SARS-CoV-2}}

Il s'agit d'un variant détecté en [[décembre 2020]] dans la région de [[Manaus]] au Brésil. Il est responsable d'une seconde vague extrêmement intense dans l'état de l'[[Amazonas]] et plus particulièrement dans la ville de [[Manaus]], alors même que la ville avait atteint le seuil d'immunité collective en octobre dernier avec 76 % de la population déjà exposée au Covid-19.{{Référence souhaitée}} Cela montrerait l'inefficacité des anticorps issus du contact avec d'anciennes souches du virus face à ce variant. Il est porteur de 21 mutations, dont E484K ( remettant en cause l'efficacité des vaccins), N501Y (le rendant plus contagieux)
{{Infobox Épidémie
| nom = P1
| image1 =
| légende1 =
| maladie = Covid-19
| agent infectieux =
| type = SARS-CoV-2
| origine = Manaus, Brésil
| localisation = Brésil (peu d’information)
| date arrivée = Décembre 2020
| date fin =
}}

Il s'agit d'un variant détecté en [[décembre 2020]] dans la région de [[Manaus]] au Brésil. Il est responsable d'une seconde vague extrêmement intense dans l'état de l'[[Amazonas]] et plus particulièrement dans la ville de [[Manaus]], alors même que la ville avait atteint le seuil d'immunité collective en octobre dernier avec 76 % de la population déjà exposée au Covid-19<ref>{{Lien web |langue=fr |titre=Que sait-on du variant brésilien du Covid-19 qui sème le chaos à Manaus ? |url=https://www.20minutes.fr/sante/2956711-20210119-coronavirus-sait-variant-bresilien-covid-19-seme-chaos-manaus |site=www.20minutes.fr |consulté le=2021-01-23}}</ref>. Cela montrerait l'inefficacité des anticorps issus du contact avec d'anciennes souches du virus face à ce variant. Il est porteur de 21 mutations, dont E484K ( remettant en cause l'efficacité des vaccins), N501Y (le rendant plus contagieux).


{{Portail|médecine}}
{{Portail|médecine}}

==Liens externes==

Version du 23 janvier 2021 à 04:42

Important}}}

Wikipédia ne donne pas de conseils médicaux ou sanitaires. Cet article est susceptible de contenir des informations obsolètes ou inexactes. Seul un professionnel de la santé est apte à vous fournir un avis médical, et seules les autorités sanitaires de votre pays sont compétentes pour donner des consignes de santé publique relatives à la pandémie de Covid-19.

Page d’aide sur l’homonymie

Cet article concerne les souches et mutations du SARS-CoV-2. Pour plus de renseignements, voir pandémie de Covid-19. Pour le coronavirus en cause, voir SARS-CoV-2.

Cet article concerne un événement en cours.

Ces informations peuvent manquer de recul, changer à mesure que l’événement progresse ou ne pas prendre en compte des développements récents. Le titre lui-même peut être provisoire. N’hésitez pas à l’améliorer en veillant à citer vos sources.
La dernière modification de cette page a été faite le 23 janvier 2021 à 04:42.
 → Sur Wikinews, voir aussi : Coronavirus : le nombre de cas par pays.
Article détaillé : Souche (biologie).

Tous les virus peuvent muter. Après avoir infecté nos cellules, ceux-ci se multiplient en réalisant des copies d’eux-mêmes. Ce processus n’est pas parfait et les copies peuvent comporter des « erreurs » : les mutations. Le matériel génétique des copies virales diffère alors du matériel génétique du virus de départ.

Le SARS-CoV-2 en microscopie électronique.

Si ces mutations peuvent n’avoir aucune conséquence, elles peuvent dans certains cas avoir un impact, par exemple sur la transmissibilité ou sur la virulence du virus. Les mutations expliquent aussi le passage d’un virus d’une espèce à une autre : elles jouent un rôle dans l’adaptation du virus au nouvel hôte.

En comparaison avec les virus à ADN, les virus à ARN (comme le virus de la grippe ou le VIH) ont tendance à muter plus rapidement et plus fréquemment. Les coronavirus, qui sont également des virus à ARN, sont néanmoins plutôt stables car ils produisent une enzyme correctrice d’erreurs, appelée « exoribonucléase ». Le SARS-CoV-2 muterait ainsi environ deux fois moins rapidement que les virus grippaux d'après Inserm[1].

Cependant entre la fin 2020 et début janvier 2021, de nombreuses mutations problématiques, dans le sens où elles ont un effet négatif pour l'Homme, ont été identifiées, comme le variant britannique VOC-202012/01, le variant sud-africain 501.V2, et les variants brésiliens B1.1.248 et P.1, le premier étant 50% à 75% plus contagieux idem pour les autres souches, en plus de renfermer la mutation E484K, qui pourrait compromettre l'efficacité des vaccins[2].

20A EU.1

20A EU.1
Maladie
Covid-19
Agent infectieux
SARS-CoV-2
Origine
Aragon, Espagne
Localisation
Espagne, Royaume-Uni, Irlande, Suisse, France, Belgique, Norvège, Allemagne, Nouvelle-Zélande, Hong Kong
Date d'arrivée
Octobre 2020

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Le , des scientifiques suisses, américains et espagnols publient l'étude d'une nouvelle souche du SARS-CoV-2, appelée 20A EU.1[3] Cette souche semble avoir émergé parmi des travailleurs agricoles en Aragon, dans le nord-est de l’Espagne, « C’est du moins les traces les plus anciennes de sa présence que nous avons pu détecter », précise Emma Hodcroft, l’auteure principale de l’étude et spécialiste de la génétique évolutive humaine à l’université de Bâle, d'après France 24[4].

Après son développement en Espagne, cette mutation s'est étendue à de nombreux pays européens. Avant le 15 juillet, de très faibles valeurs ont été trouvées en dehors de la Péninsule Ibérique. Mais après cela, la mutation s’est propagée en Europe et elle s'est également étendue à la Norvège, à la Lettonie, aux Pays-Bas et à la France. Cette variante s'est même répandue sur d'autres continents, par exemple, la Nouvelle-Zélande ou Hong Kong[5].

La souche 20A EU.1 s'est mélangée à la population locale et a ensuite migré vers d'autres régions du pays, représentant actuellement plus de 70 % de toutes les séquences analysées par les chercheurs. À partir de la mi-juillet, cette mutation a rapidement balayé le reste du continent européen, cité plus haut, à commencer par le Royaume-Uni (80 % de toutes les séquences analysées), la Suisse et les Pays-Bas. Emma Hodcroft a souligné qu'en France, « elle représente seulement 40 % des cas analysées, et c’est une autre souche qui est dominante »[6].

Les mutations génétiques d’un virus sont fréquentes ; elles se produisent lorsque le virus se multiplie dans l'organisme infecté et la plupart du temps elles n’affectent pas son comportement. Mais il n'est pas exclu qu'une nouvelle souche s'avère plus virulente.

La nouvelle souche SARS-CoV-2 20A EU.1 s'avère plutôt contagieuse, ce qui pourrait expliquer le développement rapide de la deuxième vague. Mais, à ce stade des recherches, rien n’indique qu’elle soit plus dangereuse que les autres. La chercheuse suisse explique qu'elle n'a jamais étudié une variante de la sorte : « Je n’ai observé aucune variante avec ce type de dynamique depuis que j’ai commencé à étudier les séquences génomiques du coronavirus en Europe.

Souche B1.1.207

B1.1.207
Maladie
Covid-19
Agent infectieux
SARS-CoV-2
Origine
Nigéria (peu d’information)
Localisation
Nigéria (peu d’information)
Date d'arrivée
Décembre 2020

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Il s'agit d'une souche présente au Nigeria. Elle représentait 1 % des contaminations en décembre, mais pourrait augmenter en prévalence. On dispose de peu de données sur cette souche.

D614G

D614G
Maladie
Covid-19
Agent infectieux
SARS-CoV-2
Origine
Chine
Localisation
Europe, États-Unis
Date d'arrivée
Avril, Mai 2020

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Dans le monde on recense la souche D614G qui a été qualifiée de « plus infectieuse » que les autres dans un article publié en juillet dans la revue Cell[7]. À travers le monde, on observe de multiples souches et mutations du virus mais, dans la plupart des cas, elles sont très difficiles à détecter.

Cluster 5

Article détaillé : Pandémie de Covid-19 au Danemark.
Cluster 5
Maladie
Covid-19
Agent infectieux
SARS-CoV-2
Origine
Visons (animal), Danemark
Localisation
Danemark, Pays-Bas, Espagne, Suède, Italie, Etats-Unis
Date d'arrivée
Octobre 2020

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Il s'agit d'une mutation du SARS-CoV-2 apparue dans des élevages de visons danois qui est susceptible d'altérer la réponse des vaccins. Il a entraîné l'abattage de 15 millions de visons, soit l'intégralité de la population d'élevage du Danemark[8].

VOC202012/01 ("dit anglais")

Article détaillé : VOC-202012/01.
VOC202012/01
Maladie
Covid-19
Agent infectieux
SARS-CoV-2
Origine
Sud de l’Angleterre
Localisation
Canada, Mexique, États-Unis, Jamaïque, Équateur, Pérou, Brésil, Chili, Argentine, République Tchèque, Norvège, Danemark, Pays-Bas, Islande, Royaume-Uni, Irlande, Belgique, Luxembourg, France, Portugal, Espagne, Suisse, Italie, Malte, Grèce, Ghana, Chypre, Liban, Israël, Jordanie, Émirats arabes unis, Oman, Suède, Finlande, Luxembourg, Allemagne, Autriche, Hongrie, Roumanie, Slovaquie, Turquie, Pakistan, Inde, Sri, Lanka, Thaïlande, Iran, Chine, Corée du Sud, Japon, Vietnam, Taïwan, Hong Hong, Philippines , Singapour, Australie, Russie, Malaisie (au 19 janvier 2021)
Date d'arrivée
Entre septembre et décembre 2020

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Il s'agit d'une souche apparue en octobre au Royaume-Uni et qui a connu une croissance exponentielle à partir de début décembre pour devenir largement majoritaire. Elles serait 50% à 75% plus contagieuse que les souches habituelles, y compris chez les enfants, mais n'entraînent pas de formes graves. Elle comporte la mutation N501Y qui modifie la façon dont le virus s'attache aux cellules par la glycoprotéine S. Il se propage dans le monde (voir carte dans l'article détaillé)[9].

Prélèvement nasopharyngé par écouvillon, pour test PCR (test d'amplification des acides nucléiques) de dépistage du SARS-CoV-2, ici à Strasbourg, le 21 août 2020.

Variant 501.V2 (dit "sud-africain")

Article détaillé : Variant 501.V2 du SARS-CoV-2 (dit sud-africain).
501.V2
Maladie
Covid-19
Agent infectieux
SARS-CoV-2
Origine
Afrique du Sud
Localisation
Canada, Norvège, Allemagne, Pays-Bas, Royaume-Uni, Irlande, France, Suisse, Autriche, Israël, Ghana, Zambie, Botswana, Afrique du Sud, Suède, Finlande, Corée du Sud, Japon, Taïwan, Nouvelle-Zélande (au 19 janvier 2021)
Date d'arrivée
Octobre, Novembre 2020

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Il s'agit d'un variant apparu en Afrique du Sud en octobre-novembre 2020, qui est particulièrement suivi (mais fait l'objet de moins d'études que le VOC202012/01) en raison de sa forte contagiosité (peut être même supérieure à ce dernier), puisqu'il porte la mutation N501Y. Il a cependant mutée d’avantage puisqu'il porte deux autres mutations notables, dont la E484K, qui pourrait altérer l'efficacité des vaccins en réduisant le pouvoir neutralisant des anticorps. Il entraînerait alors aussi des risques de réinfection[10].

Variant B1.1.28

B1.1.28
Maladie
Covid-19
Agent infectieux
SARS-CoV-2
Origine
Brésil (peu d’information)
Localisation
Brésil (peu d’information)
Date d'arrivée
Février 2020

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Il s'agit d'un variant détecté au Brésil en février 2020. Les variants B1.1.248 et P1 en seraient issus.

Variant B1.1.248 (brésilien)

Article détaillé : Variant B1.1.248 (dit brésilien).
B1.1.248
Maladie
Covid-19
Agent infectieux
SARS-CoV-2
Origine
Japon
Localisation
Japon, Allemagne, Brésil
Date d'arrivée
Janvier 2021

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Il s'agit d'un variant découvert le 6 janvier au Japon chez des voyageurs revenant du Brésil. Cette souche présente les mutations N501Y et E484K, et est donc toute aussi problématique que le variant 501.V2. Plus de 12 mutations ont été détectées sur la protéine S, cible des vaccins.

Variant P1 (détecté à Manaus)

Article détaillé : Variant P1 du SARS-CoV-2.
P1
Maladie
Covid-19
Agent infectieux
SARS-CoV-2
Origine
Manaus, Brésil
Localisation
Brésil (peu d’information)
Date d'arrivée
Décembre 2020

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Il s'agit d'un variant détecté en décembre 2020 dans la région de Manaus au Brésil. Il est responsable d'une seconde vague extrêmement intense dans l'état de l'Amazonas et plus particulièrement dans la ville de Manaus, alors même que la ville avait atteint le seuil d'immunité collective en octobre dernier avec 76 % de la population déjà exposée au Covid-19[11]. Cela montrerait l'inefficacité des anticorps issus du contact avec d'anciennes souches du virus face à ce variant. Il est porteur de 21 mutations, dont E484K ( remettant en cause l'efficacité des vaccins), N501Y (le rendant plus contagieux).

Liens externes

  1. ↑ « Des mutations rendant le SARS-CoV-2 plus dangereux, vraiment ? », sur Salle de presse | Inserm, (consulté le )
  2. ↑ « Covid-19 : E484K, la mutation qui pose question pour les vaccins », sur Sciences et Avenir (consulté le )
  3. ↑ (en) Emma B. Hodcroft, Moira Zuber, Sarah Nadeau et Iñaki Comas, « Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020 », medRxiv,‎ , p. 2020.10.25.20219063 (DOI 10.1101/2020.10.25.20219063, lire en ligne, consulté le )
  4. ↑ « Covid-19 : sur la piste de la folle propagation d’une souche espagnole du virus », sur France 24, (consulté le )
  5. ↑ Vladislav L. Inozemtsev et Cécile Tarpinian, « Sur le Brexit et une « nouvelle AELE » », Politique étrangère, vol. Été, no 2,‎ , p. 169 (ISSN 0032-342X et 1958-8992, DOI 10.3917/pe.202.0169, lire en ligne, consulté le )
  6. ↑ « Yahoo fait désormais partie de Verizon Media », sur consent.yahoo.com (consulté le )
  7. ↑ (en) « Home: Cell Press », sur id.elsevier.com (consulté le )
  8. ↑ « Covid-19: 12 personnes touchées par une mutation du virus, le Danemark abat 15 millions de visons », sur La Tribune (consulté le )
  9. ↑ Science-et-vie.com, « Mutations du Covid-19 : ce que les scientifiques savent de la nouvelle souche du Royaume-Uni - Science & Vie », sur www.science-et-vie.com, (consulté le )
  10. ↑ Aurore Savarit-Lebrère, « Le variant sud-africain «plus toxique» que le variant anglais », sur Libération.fr, (consulté le )
  11. ↑ « Que sait-on du variant brésilien du Covid-19 qui sème le chaos à Manaus ? », sur www.20minutes.fr (consulté le )
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