Pour la saison 2013-2014 l'elan chalon voit cinq arrivées (Jon Brockman, A. J. Slaughter, Wilbert Brown, Josh Bostic et Mareks Jurevičus) pour cinq départs (Blake Schilb, Shelden Williams, Kevin Houston, Nicolas Lang et Ulysse Adjagba)[1]. Wilbert Brown n'est pas conservé après le premier match de championnat. Mickael Hay est limogé fin octobre 2013 après un mauvais début de saison (trois défaites en quatre rencontres)[2] et c'est Jean-Denys Choulet qui le remplace au poste d'entraineur, le [3]. Le , Josh Bostic et Mareks Jurevičus partent du club, et Kris Joseph arrive à Chalon-sur-Saône[4]. L'Élan Chalon est éliminé de l'EuroCoupe en première phase (cinquième sur six avec quatre victoires pour six défaites)[5]. Le club avec Jean-Denys Choulet redresse la barre et finit les matchs aller du championnat à la neuvième place avec un bilan de huit victoires pour sept défaites[6]. Pendant cette période, une victoire notable au Colisée contre Nanterre, le champion de France en titre (105 à 63)[7]. Mais l'Élan Chalon manque la qualification pour la Leaders Cup à la suite du match rejoué (11e journée) contre Cholet (84-87 pour les Choletais), gagné en premier lieu par les Chalonnais (72 à 71) mais contesté par Cholet et finalement invalidé[8],[9],[10],[N 1]. Début , Erving Walker est recruté en tant que joker[11]. Le deuxième imbroglio arbitral touche le club avec une élimination de la Coupe de France (défaite à domicile 76-77 contre l'ASVEL), mais donner à rejouer dans un premier temps puis ce match à rejouer est annulé dans un deuxième temps[12],[13],[N 2]. L'Élan Chalon finit la saison à la 8e place (17 victoires pour 13 défaites)[14] et se qualifie pour les play-offs, mais le club se fait éliminer en quart de finale par Strasbourg.
↑Lors de la 11e journée de Pro A (7 décembre 2013), L'Élan Chalon reçoit Cholet, sur la dernière action du match alors que les Choletais mènent 71 à 69, A. J. Slaughter tire à trois points quasiment à la sirène, le ballon rentre mais Clint Capela accompagne (en touchant) le ballon lors de sa phase descendante. Un arbitre indique panier a deux points mais l'arbitre principal demande la vidéo (vidéo du club chalonnais) et déjuge son collègue en validant le tir à trois points car ne voyant pas sur cette vidéo Clint Capela toucher le ballon, ceci offrant la victoire aux Chalonnais 72 à 71. Mais Cholet pose réclamation et plus tard la chambre d'appel de la FFBB (organisme qui gère les arbitres) annule le score du match (une autre vidéo montre que Clint Capela semble bien toucher le ballon), l'Élan Chalon porte réclamation au CNOSF. Le mardi 7 janvier 2014, les deux clubs sont reçus au CNOSF, et après l'avis rendu par ce dernier organisme (match à rejouer), la FFBB valide cette décision en début de soirée. Le match est rejoué le lendemain, et gagné par les Choletais 87 à 84.
↑Lors du seizième de finale de la Coupe de France le 28 janvier 2014, l'Élan Chalon reçoit l'ASVEL et sur la dernière action du match (en prolongation) alors que l'Élan Chalon mène 76 à 75, Edwin Jackson récupère un rebond offensif, tire tout de suite et marque puis la sonnerie retentit, victoire de l'ASVEL 77 à 76. Les chalonnais portent réclamation car au moment où le ballon était dans les filets le chrono indiquait 5 dixièmes de seconde. Cette demi-seconde avec le temps-mort qui restait à Jean-Denys Choulet et donc une remise en jeu au milieu de terrain, aurait permis une possibilité d'un dernier shoot chalonnais. Dans un premier temps, le 5 février 2014, la Commission Fédérale des Officiels de la FFBB décide de faire rejouer le match. L'ASVEL fait appel et dans un deuxième temps, le 21 février 2014, la Chambre d'Appel annule la décision de faire rejouer ce match. Mais depuis l'Élan Chalon a saisi le CNOSF.