Gammaproteobacteria

Classification
Domaine	Bacteria
Embranchement	Proteobacteria

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Les Gammaproteobacteria sont l'une des neuf classes de Pseudomonadota (anciennement Proteobacteria), relativement ubiquiste. Il s'agit de l'une des classes les plus étudiées comprenant de nombreuses bactéries parmi les plus connues.

Description

La classe Gammaproteobacteria a été définie en 2005 dans le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Elle comprend de plusieurs ordres bactériens parmi les plus connus tels que les Enterobacterales, les Legionellales, les Pseudomonales et les Vibrionales impliquées dans la santé humaine. Cette classe regroupe des bactéries très ubiquitaires dont certaines ont été retrouvés jusque dans les nuages, pluies et brouillards^[2]^,^[3].

Taxonomie

Décrites en 2005, les Gammaproteobactéria ont connues de nombreuses modifications au cours des années. En 2013, les Acidithiobacillales ont été déplacées de cette vers une nouvelle classe créée pour les contenir, Acidithiobacillia^[4].

En août 2022, les Gammaproteobacteria comprennent neuf classes dont sept ayant un nom correctement validés par l'ICSP, une nécessitant un changement de nom et une autre publiée de manière invalide^[5].

Ordres

Ordres actuels

Selon la LPSN (19 août 2022)^[6], les Gammaproteobacteria comprennent actuellement les ordres suivants :

les Acidiferrobacterales depuis 2015 et dont le genre type est Acidiferrobacter..
les Aeromonadales depuis 2005 et dont le genre type est Aeromonas.
les Alteromonadales depuis 2005 et dont le genre type est Alteromonas et qui contient aussi les Pseudoalteromonas
les Arenicellales depuis 2015 dont le genre type est Arenicella.
les Cardiobacteriales depuis 2005 et dont le genre type est Cardiobacterium et qui contient aussi l'espèce Suttonella ornithocola qui cause des pneumonies chez les mésanges.
les Cellvibrionales depuis 2015 et dont le genre type est Cellvibrio
les Chromatiales depuis 2005 et qui étaient connues sous le nom de (bactéries pourpres). Le genre type est Chromatium.
les Enterobacterales depuis 2005, autrefois connues sous le nom dEnterobacteriales et dont le genre type est Enterobacter. C'est un des ordres les plus importants avec notamment Escherichia coli qui provoque des gastro-entérites, des infections urinaires, des méningites et des septicémies, Salmonella typhi qui est l’agent de fièvre typhoïde, Yersinia pestis qui est l’agent de la peste.
les Immundisolibacterales depuis 2017 et dont le genre type est Immundisolibacter.
les Legionellales (parasites intracellulaires). Exemples : Legionella pneumophila qui est l’agent de la légionellose, Coxiella burnetii est responsable de la fièvre Q ou coxiellose.
les Lysobacterales au moins depuis 2015 et dont le genre type est Lysobacter. Cet ordre comprend une partie des anciennes Xanthomonadales.
les Methylococcales depuis 2005 et dont le genre type est Methylococcus.
les Nevskiales depuis 2015 dont le genre type est Nevskia. Cet ordre comprend une partie des anciennes Xanthomonadales.
les Oceanospirillales depuis 2005 et dont le genre type est Oceanospirillum.
les Orbales depuis 2013 et dont le genre type est Orbus.
les Pasteurellales depuis 2005 et dont le genre type est Pasteurella. Cet ordre contient Haemophilus influenzae ou bacille de Pfeiffer que l’on retrouve souvent dans les infections des voies respiratoires.
les Pseudomonadales depuis 2005 et dont le genre type est Pseudomonas. Cet ordre contient l'espèce Pseudomonas aeruginosa qui provoque des infections parmi les plus difficiles à traiter.
les Thiotrichales depuis 2005 et dont le genre type est Thiotrix. Cet ordre contient des bactéries telles que Thiomargarita namibiensis qui est la plus grande bactérie ayant été découverte (entre 100 et 750 µm) et Thiolava veneris, une extrémophile. Le nom de cet ordre est actuellement illégitime et doit être remplacé.
les Vibrionales (aquatiques et pathogènes) depuis 2005 et dont le genre type est Vibrio. Cet ordre contient des bactéries importantes telles que Vibrio cholerae qui est l’agent du choléra, Photobacterium phosphoreum qui colonise les organes luminescents des poissons et qui est responsable de leur bio-luminescence.

Candidatus

Selon la LPSN (19 août 2022)^[6], l'ordre "Tethybacterales" est un ordre candidat ("Candidatus Tethybacterales") car il n'a pas été publié de manière valide.

Anciens ordres

Selon la LPSN (19 août 2022)^[6], les ordres suivants ne font plus partie des Gammaproteobacteria :

2005 à 2013 Acidithiobacillales puis cet ordre a été déplacé vers la classe Acidithiobacillia^[4]
2005 à 2015 les Xanthomonadales dont le nom est illégitime et qui n'est normalement plus utilisé et remplacé par les Lysobacterales.

Non classés dans un ordre

Parmi les non-classifiées ^[7]— Azoamicus ciliaticola endosymbiote d'un cilé et caractérisé par sa capacité à réaliser une dénitrification à l’intérieur de leur hôte, en milieux aqueux dépourvu d'oxygène.

Références

↑ (en) George M. Garrity, Julia A. Bell et Timothy G. Lilburn, « Class III. Gammaproteobacteria class. nov. », dans D. J. Brenner, N. R. Krieg, J. T. Staley, G. M. Garrity, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 : The Proteobacteria, part B (The gammaproteobacteria), New York, Springer, 2005, 2^e éd., XXVIII-1106 p. (ISBN 978-0387-24144-9, BNF 39993051), p. 1.
↑ Delort A.M & Parazols M (2007) Des microorganismes dans les nuages? In Les Mercredis de la Science., mars 2017
↑ Delort, A. M., Vaïtilingom, M., Amato, P., Sancelme, M., Parazols, M., Mailhot, G., ... & Deguillaume, L. (2010). A short overview of the microbial population in clouds: Potential roles in atmospheric chemistry and nucleation processes. Atmospheric Research, 98(2-4), 249-260.
↑ ^{a et b} (en) Kelly P Williams et Donovan P Kelly, « Proposal for a new class within the phylum Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., with the type order Acidithiobacillales, and emended description of the class Gammaproteobacteria », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 63, n^o 8,‎ août 2013, p. 2901-2906 (PMID 23334881, DOI 10.1099/ijs.0.049270-0)
↑ (en) « Class Gammaproteobacteria », sur LPSN, 19 août 2022
↑ ^{a b et c} List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 19 août 2022
↑ (en) « Candidatus Azoamicus ciliaticola », sur NCBI taxonomy database (consulté le 13 juin 2021)

Références biologiques

Sur les autres projets Wikimedia :

Gamma Proteobacteria, sur Wikimedia Commons
Gammaproteobacteria, sur Wikispecies

(en) Référence BioLib : Gammaproteobacteria Garrity, Bell & Lilburn, 2006 (consulté le 27 décembre 2017)
(en) Référence Catalogue of Life : Gammaproteobacteria Garrity et al., 2005 (consulté le 11 décembre 2020)
(fr + en) Référence ITIS : Gammaproteobacteria Garrity & al., 2005 (consulté le 27 décembre 2017)
(en) Référence NCBI : Gammaproteobacteria (taxons inclus) (consulté le 27 décembre 2017)
(en) Référence WoRMS : Gammaproteobacteria (+ liste ordres + liste familles) (consulté le 27 décembre 2017)

Portail de la microbiologie

[1] (en) George M. Garrity, Julia A. Bell et Timothy G. Lilburn, « Class III. Gammaproteobacteria class. nov. », dans D. J. Brenner, N. R. Krieg, J. T. Staley, G. M. Garrity, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 : The Proteobacteria, part B (The gammaproteobacteria), New York, Springer, 2005, 2^e éd., XXVIII-1106 p. (ISBN 978-0387-24144-9, BNF 39993051), p. 1.

[2] Delort A.M & Parazols M (2007) Des microorganismes dans les nuages? In Les Mercredis de la Science., mars 2017

[3] Delort, A. M., Vaïtilingom, M., Amato, P., Sancelme, M., Parazols, M., Mailhot, G., ... & Deguillaume, L. (2010). A short overview of the microbial population in clouds: Potential roles in atmospheric chemistry and nucleation processes. Atmospheric Research, 98(2-4), 249-260.

[Williams2013-4] {a et b} (en) Kelly P Williams et Donovan P Kelly, « Proposal for a new class within the phylum Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., with the type order Acidithiobacillales, and emended description of the class Gammaproteobacteria », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 63, n^o 8,‎ août 2013, p. 2901-2906 (PMID 23334881, DOI 10.1099/ijs.0.049270-0)

[LPSNGamma-5] (en) « Class Gammaproteobacteria », sur LPSN, 19 août 2022

[LPSN19_août_2022-6] {a b et c} List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 19 août 2022

[7] (en) « Candidatus Azoamicus ciliaticola », sur NCBI taxonomy database (consulté le 13 juin 2021)

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