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Le '''coronavirus de Wuhan''', plus exactement le '''virus de la pneumonie du marché aux fruits de mer de Wuhan'''<ref>{{lien web| langue=en| url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=2697049| titre=Wuhan seafood market pneumonia virus| site=[[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]| consulté le=23 janvier 2020}}.</ref>, noté '''2019-nCoV''' (pour ''2019 Novel Coronavirus'') par l'[[Organisation mondiale de la santé|OMS]]<ref>{{Lien web|titre=Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV)|url=https://www.who.int/publications-detail/surveillance-case-definitions-for-human-infection-with-novel-coronavirus-(ncov)|série=who.int|consulté le=21 January 2020}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web|titre=Novel coronavirus (2019-nCoV), Wuhan, China|url=https://www.cdc.gov/coronavirus/novel-coronavirus-2019.html|série=cdc.gov|éditeur=cdc.gov|date=10 January 2020|consulté le=16 January 2020}}.</ref>, est un [[coronavirus]] à ARN simple brin à sens positif, à l'origine de la [[Épidémie du coronavirus de 2019-2020|pneumonie de Wuhan]] et signalé le {{date-|12 décembre 2019}}. Son génome a été séquencé pour la première fois le {{Date-|5|1|2020}} par une équipe de l'[[Université Fudan]] de [[Shanghai]] ([[Chine]]), déposé sur [[GenBank]] et actualisé le {{Date-|17|1|2020}}<ref name=":0">{{Lien web|titre=New-type coronavirus causes pneumonia in Wuhan: expert – Xinhua {{!}} English.news.cn|url=http://www.xinhuanet.com/english/2020-01/09/c_138690570.htm|consulté le=9 January 2020}}.</ref>{{,}}<ref name=":1">{{Lien web|titre=CoV2020|url=https://platform.gisaid.org/epi3/start/CoV2020|série=platform.gisaid.org|consulté le=12 January 2020}}.</ref>{{,}}<ref name=":32">{{Lien web|langue=en|auteur1=Wu, F. et al.|titre=Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947|site=GenBank|périodique=|date=2020-01-23|consulté le=2020-01-23}}.</ref>.
Le '''coronavirus de Wuhan''', désigné internationalement sous le terme ''{{lang|en|novel Coronavirus}}'' abrégé '''2019-nCoV'''<ref>{{Lien web|titre=Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV)|url=https://www.who.int/publications-detail/surveillance-case-definitions-for-human-infection-with-novel-coronavirus-(ncov)|série=who.int|consulté le=21 January 2020}}.</ref>{{,}}<ref>{{Lien web|titre=Novel coronavirus (2019-nCoV), Wuhan, China|url=https://www.cdc.gov/coronavirus/novel-coronavirus-2019.html|série=cdc.gov|éditeur=cdc.gov|date=10 January 2020|consulté le=16 January 2020}}.</ref>, parfois appelé '''virus de la pneumonie du marché aux fruits de mer de Wuhan'''<ref>{{lien web| langue=en| url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=2697049| titre=Wuhan seafood market pneumonia virus| site=[[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]| consulté le=23 janvier 2020}}.</ref>, est le [[coronavirus]] à l'origine de [[Épidémie de coronavirus de 2019-2020|pneumonie de Wuhan]]. Apparenté au [[SARS-CoV|coronavirus du SRAS]], il appartient au [[Sous-genre (biologie)|sous-genre]] des ''{{Lien|langue=en|trad=Sarbecovirus|fr=Sarbecovirus}}''<ref name="Nextsrain">
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== Taxonomie, pathologie et épidémiologie ==
== Taxonomie, pathologie et épidémiologie ==
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== Notes et références ==
== Notes et références ==
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== Voir aussi ==
== Voir aussi ==

Version du 25 janvier 2020 à 22:40

2019-nCoV

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2019-nCoV
Description de l'image Defaut 2.svg.
Classification
Domaine Riboviria
Embranchement Negarnaviricota
Ordre Nidovirales
Sous-ordre Cornidovirineae
Famille Coronaviridae
Genre Betacoronavirus
Sous-genre Sarbecovirus

Espèce

2019-nCoV [a]
OMS[1], CDC[2]

Le coronavirus de Wuhan, désigné internationalement sous le terme novel Coronavirus abrégé 2019-nCoV[3],[4], parfois appelé virus de la pneumonie du marché aux fruits de mer de Wuhan[5], est le coronavirus à l'origine de pneumonie de Wuhan. Apparenté au coronavirus du SRAS, il appartient au sous-genre des Sarbecovirus[6]. Son génome a été séquencé pour la première fois le par une équipe de l'Université Fudan de Shanghai (Chine), déposé sur GenBank et actualisé le [7],[8],[9].

Taxonomie, pathologie et épidémiologie

Le virus 2019-nCoV appartient au genre Betacoronavirus, dans la famille Coronaviridae. Les maladies que provoquent les coronavirus peuvent aller du rhume à des maladies plus graves telles que le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) et le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). Seuls six coronavirus (229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, SARS-CoV) étaient auparavant connus pour infecter des Humains ; ce nouveau virus, 2019-nCoV, serait donc le septième.

Dans les premières semaines de l'épidémie de 2019-2020, le virus s'est propagé par l'intermédiaire de voyageurs vers différents pays d'Asie[10],[11],[12], le 21 janvier en Amérique du Nord[13] et le 24 janvier en Australie[14] et en Europe (3 cas confirmés en France sur des patients ayant récemment voyagé en Chine[15]). Il y a eu 41 décès, principalement dans et autour de Wuhan, et 913 cas connus[16]. Les scientifiques du Centre d'analyse des maladies infectieuses mondiales du Medical Research Council de l'Imperial College de Londres estiment que jusqu'à 4 000 personnes sont infectées par 2019-nCoV dans la ville de Wuhan[17].

Le 20 janvier 2020, la transmission interhumaine a été confirmée dans le Guangdong, en Chine, selon Zhong Nanshan, chef de l'équipe de la commission de la santé enquêtant sur l'épidémie[18].

Le taux de reproduction (Ro) de 2019-nCoV, c’est à dire le nombre moyen de personnes infectées par un patient, serait comparable à ceux de SRAS-CoV et de la grippe de 1918, compris entre 1,4 et 3,8[19].

Phylogénie et biologie moléculaire

Le 22 janvier 2020, Journal of Medical Virology a publié une analyse phylogénétique et génomique qui exclut quasiment une descendance directe de 2019-nCoV à partir de SARS-CoV[20]: un événement de recombinaison homologue pourrait avoir mélangé un bétacoronavirus de "clade A" (virus de type Bat SARS CoVZC45 et CoVZXC21) avec un bétacoronavirus encore inconnu. Cette étude suggère par ailleurs, en examinant la fréquence d'usage des codons, qu'un serpent de la région de Wuhan serait le « réservoir d'animaux sauvages le plus probable » pour 2019-nCOV, ce qui a été repris par la presse[21]. Cette dernière interprétation a toutefois été remise en cause le jour même, et l'origine "serpent" écartée[22].

Dix-huit génomes du nouveau coronavirus ont été isolés et signalés[23], notamment BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-01/2019, BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-04/2020, BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-05/2019, BetaCoV / Wuhan / WIV04 / 2019 et BetaCoV / Wuhan / IPBCAMS-WH-01/2019 du CDC chinois (en), de l'Institut de biologie des agents pathogènes et de l'hôpital Wuhan Jinyintan[24],[25]. Sa séquence d'ARN compte environ 30 kb.

Les séquences de 2019-nCoV présentent des similitudes avec les bétacoronavirus trouvés chez les chauves-souris[26],[27]; cependant, le virus est génétiquement distinct des autres coronavirus tels que le coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS)[20] et le coronavirus lié au syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS)[26]. Comme le SRAS-CoV, il fait partie du sous-genre Sarbecovirus[28],[29],[30].

Le nouveau génome a conduit à plusieurs expériences de modélisation de protéines sur la protéine de liaison aux récepteurs (RBD) de la protéine nCoV spike (S). Au 23 janvier 2020, deux groupes chinois pensent que la protéine S conserve une affinité suffisante avec le récepteur du SRAS (enzyme de conversion de l'angiotensine 2, ACE2) pour l'utiliser comme mécanisme d'entrée cellulaire[31]; l'identification de ACE2 comme récepteur cellulaire est également décrite par deux autres groupes de chercheurs[26],[32].

Notes et références

  1. ↑ La notation nCoV fait référence à Novel Coronavirus, qui est la dénomination provisoire standard pour tous les nouveaux coronavirus en attente de classification taxonomique établie.
  1. ↑ (en) « Novel Coronavirus (2019-nCoV) », sur https://www.who.int/, OMS (consulté le ).
  2. ↑ (en) « 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV), Wuhan, China », sur https://www.cdc.gov/, CDC (consulté le ).
  3. ↑ « Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV) », who.int (consulté le ).
  4. ↑ « Novel coronavirus (2019-nCoV), Wuhan, China », cdc.gov, cdc.gov, (consulté le ).
  5. ↑ (en) « Wuhan seafood market pneumonia virus », sur NCBI (consulté le ).
  6. ↑ (en) « Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses including novel coronavirus from Wuhan using data generated by the Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, the National Institute for Viral Disease Control and Prevention, the Institute of Pathogen Biology, and the Wuhan Institute of Virology shared via GISAID », sur https://nextstrain.org/, (consulté le ).
  7. ↑ « New-type coronavirus causes pneumonia in Wuhan: expert – Xinhua | English.news.cn » (consulté le ).
  8. ↑ « CoV2020 », platform.gisaid.org (consulté le ).
  9. ↑ (en) Wu, F. et al., « Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome », sur GenBank, (consulté le ).
  10. ↑ (en) « China coronavirus: Hong Kong scraps major Lunar New Year events », sur South China Morning Post, (consulté le )
  11. ↑ (en) hermesauto, « Wuhan virus: Vietnam confirms 2 cases of Sars-like coronavirus », The Straits Times, (consulté le )
  12. ↑ (en) hermesauto, « Singapore confirms first case of Wuhan virus », The Straits Times, (consulté le )
  13. ↑ « New Virus Spreads to U.S., Sparking Rush to Contain Outbreak », sur www.bloomberg.com, (consulté le )
  14. ↑ (en) Scott Morrison, « Update on Coronavirus pic.twitter.com/Ol8DRQtVQJ », sur @ScottMorrisonMP, (consulté le )
  15. ↑ « Coronavirus : un troisième cas d’infection confirmé en France », Le Monde.fr,‎ (lire en ligne, consulté le )
  16. ↑ « Wuhan virus: China reports fourth death in pneumonia outbreak; 15 medical workers infected », The Straits Times (consulté le )
  17. ↑ BBC: China coronavirus: Fear grips Wuhan as lockdown begins
  18. ↑ (en) Associated Press, « China confirms human-to-human transmission of new coronavirus », sur CBC.ca, (consulté le )
  19. ↑ (en) Julien Riou et Christian L. Althaus, « Pattern of early human-to-human transmission of Wuhan 2019-nCoV », bioRxiv,‎ , p. 2020.01.23.917351 (DOI 10.1101/2020.01.23.917351, lire en ligne, consulté le )
  20. ↑ a et b Ji, Wang, Zhao et Zai, « Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human », Journal of Medical Virology,‎ (DOI 10.1002/jmv.25682)
  21. ↑ CNN: Snakes could be the source of the Wuhan coronavirus outbreak
  22. ↑ (en-US) « nCoV's relationship to bat coronaviruses & recombination signals (no snakes) », sur Virological, (consulté le )
  23. ↑ Trevor Bedford and Richard Neher, « Genomic epidemiology of novel coronavirus (nCoV) using data generated by Fudan University, China CDC, Chinese Academy of Medical Sciences, Chinese Academy of Sciences, Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention and the Thai National Institute of Health shared via GISAID », nextstrain.org (consulté le )
  24. ↑ « Initial genome release of novel coronavirus », Virological, (consulté le )
  25. ↑ (en) Wu, F. et al., « Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome », sur GenBank, (consulté le )
  26. ↑ a b et c (en) Shi, ZL et al., « Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin », bioRxiv,‎ (lire en ligne)
  27. ↑ (en) Benvenuto D. et al., « The 2019-new Coronavirus epidemic: evidence for virus evolution », bioRxiv.org,‎ (lire en ligne)
  28. ↑ « Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses », nextstrain (consulté le )
  29. ↑ Hui DS, I Azhar E, Madani TA, Ntoumi F, Kock R, Dar O, Ippolito G, Mchugh TD, Memish ZA, Drosten C, Zumla A, Petersen E. The continuing 2019-nCoV epidemic threat of novel coronaviruses to global health – The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan, China. Int J Infect Dis. 2020 Jan 14;91:264–266. PMID 31953166 DOI 10.1016/j.ijid.2020.01.009 Accès libre
  30. ↑ Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau, Patrick C. Y. Woo: Global Epidemiology of Bat Coronaviruses, in: Viruses. 2019 Feb; 11(2): 174, doi:10.3390/v11020174
  31. ↑ (en) Xu, X. et al., « Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission », SCIENCE CHINA Life Sciences,‎ (lire en ligne)
  32. ↑ (en) Michael C. Letko et Vincent Munster, « Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV », bioRxiv,‎ (DOI 10.1101/2020.01.22.915660, lire en ligne, consulté le )

Voir aussi

Articles connexes

Liens externes

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