Eubacteria
| Domaine | Bacteria |
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- Eubactéries
- Protéobactéries
- groupe :
- Firmicutes
- groupe Bacillus / Clostridium
- Actinobactéries
- groupe :
- Firmicutes
- groupe :
- groupe :
- Planctomycétales
- Bactéries vertes non sulfureuses
- Aquificales
- Thermotogales
Les eubactéries (Eubacteria), ou « vraies bactéries », sont une subdivision majeure des procaryotes, comprenant toutes les bactéries. On peut citer par exemple les Chlorobactéries (auxquelles on peut adjoindre, selon la théorie endosymbiotique, les chloroplastes), les Protéobactéries (incluant les mitochondries selon la même théorie), les Cyanobactéries, les Mycoplasmes (Mollicutes), les Entérobactéries, les Pseudomonades et la plupart des bactéries gram-positives.
Il en existe près de 10 000 espèces répertoriées, mais la diversité réelle du groupe est probablement supérieure[1].
Position systématique
Selon Thomas Cavalier-Smith, elles forment un groupe paraphylétique (les Neomura, regroupant Archées et Eucaryotes, s'origineraient en leur sein), alors que, classiquement depuis Carl Woese, elles constituent seules l'un des trois empires du vivant. La classification de Woese est privilégiée par les microbiologistes sur base des analyses phylogénétiques. Lors de la découverte des Archées, leur capacité à se développer dans des environnements classiquement défavorables à la vie laissait supposer que les Archées étaient apparues avant les Bactéries, ce qui justifiait la dénomination d'Archéobactéries (vieilles bactéries). Les Bactéries avaient été alors renommées Eubactéries (vraies bactéries). Entre temps, les analyses phylogénétiques ont démontré que les Archées sont phylogénétiquement plus proches des Eucaryotes que des Bactéries et qu'elles étaient apparues après les Bactéries.
Note : Ne pas confondre avec les Eobacteria, taxon paraphylétique regroupant les plus primitives des bactéries, les Chlorobacteria et Hadobacteria.
Particularités
Les eubactéries se distinguent d’une part des eucaryotes par leur structure cellulaire (la structure procaryote) dont une des caractéristiques est d'être sans noyau, et d’autre part des archées par divers aspects chimiques (dont la structure de la membrane cellulaire) et génétiques.
Leur taille varie de celle d'un virus, comme certaines nanobactéries (0,05 µm) à une taille supérieure à celle de la moyenne des Protozoaires (Epulopiscium fishelsoni (600 µm x 80 µm) est beaucoup plus grande qu'une Paramécie)[2].
Importance biologique
Si la diversité des formes est faible, les eubactéries occupent la plupart des milieux, et constituent certainement, en nombre de cellules et peut-être en masse, la plus grande partie du vivant. Elles remplissent des fonctions fondamentales dans l'écosystème terrestre, comme par exemple dans le cycle de l'azote ou du soufre.
Elles jouent aussi un rôle prépondérant dans le recyclage des déchets organiques.
Quand on considère que les mitochondries et les chloroplastes sont des eubactéries symbiotiques, cela inclut aussi la photosynthèse et le métabolisme de l'oxygène (les eubactéries sont à l'origine de tout l'oxygène de l'atmosphère), et elles sont donc la porte d'entrée de toute l'énergie qui fait fonctionner le vivant.
Les plus anciens fossiles connus, les stromatolites, sont d'origine bactérienne et sont datés de 3,5 milliards d'années.
Classification
La classification traditionnelle distingue, sur la base du métabolisme, les bactéries photosynthétiques et les bactéries chimiotrophes.
La coloration de Gram est un facteur déterminant dans la taxinomie (classification classique) bactérienne. Elle permet une discrimination entre eubactéries à Gram positif et à Gram négatif.
La systématique moderne, basée sur les analyses génétiques, distingue de nombreux groupes. On notera, entre autres, les cyanobactéries, un groupe important de bactéries photosynthétiques.
Les Eubactéries et l'Homme
Historiquement, et peut-être encore dans l'esprit général, les bactéries sont associées aux maladies. En effet, de nombreux parasites sont des bactéries (l'inverse n'est pas vrai). L'étude des bactéries a longtemps été dominée par la pathologie, et, dans une moindre mesure, les applications techniques (entre autres la fermentation, que ce soit pour la favoriser ou la combattre).
Habitat et métabolisme
On trouve des eubactéries dans presque tous les milieux où la vie se révèle possible. Leur répartition va de l'atmosphère aux limites inférieures des sols et des fonds océaniques en passant par tous les écosystèmes.
Selon les lignées, on en trouve des phototrophes (tirant leur énergie de la lumière), chimiotrophes (trouvant leur énergie de gradients chimiques non organiques), hétérotrophes (trouvant leur énergie dans la matière organique, qu'elle soit vivante (parasitisme) ou morte (saprophytisme)); on en trouve des aérobies ou des anaérobies, strictes ou non.
Notes et références
- Gilles Macagno, « L’immense univers microbien », émission Continent sciences sur France Culture, 18 février 2013
- Lecointre G. Le Guyader H. Classification phylogénétique du vivant, Belin 2001 ISBN 2-7011-2137-X
Liens externes
- (en) Référence Tree of Life Web Project : Eubacteria (consulté le )
- (en) Référence Paleobiology Database : Eubacteria (consulté le )
