Utilisateur:TED/Tests arbres
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Pour les arbres, les modèles utilisés sont les suivants : (Cf. {{Arbre début/Documentation}} pour les explications)
N.B. : le modèle {{Arbre}} n'existe pas, mais il a une sous-page.
Pour les cladogrammes, les modèles utilisés sont les suivants :
Test arbre[modifier | modifier le code]
Test arbre simple[modifier | modifier le code]
- Racine
Syntaxe :
{{Arbre début}}
*Racine
**1
**2
***21
***{{Arbre/Branche finale}}22
**{{Arbre/Branche finale}}3
{{Arbre fin}}
Test avec une branche sans nom : ça décale[modifier | modifier le code]
- Racine
Ça décale, mais finalement, c'est cette disposition des feuilles (numéros) qui est pas mal. Il faudrait pour la branche menant à 21 avoir un {{Arbre/Branche début}} qui ferait un trait horizontal au lieu du trait vertical qui semble venir de 1.
Test avec nom de branche masqué : ça fait un trou[modifier | modifier le code]
- Racine
{{invisible}} est-il un bon modèle pour faire ça ?
Test avec un rond : c'est un peu décalé[modifier | modifier le code]
- Racine
Test avec un c.n.n.[modifier | modifier le code]
- Racine
- 1
- Modèle:Arbre/Branche finale clade non nommé
Ça risque d'être compliqué à lire avec des « clade non nommé » partout dans les phylogénies actuelles.
Test clade[modifier | modifier le code]
Tests nombre de branches et décalage[modifier | modifier le code]
Une branche[modifier | modifier le code]
| Racine |
Feuille |
| Branche 1 |
Feuille |
=> problème de décalage de la feuille par rapport à la branche, car les label de la branche est sur deux lignes
En forçant le label de la branche sur une ligne, la feuille est bien en face de la branche.
| Branche1 |
Feuille |
Deux branches[modifier | modifier le code]
| Branche 1 |
Feuille 1 |
| Branche 2 |
Feuille 2 |
=> problème de décalage des feuilles par rapport aux branches, car les label des branches sont sur deux lignes
En forçant les labels des branches sur une ligne, les feuilles sont bien en face des branches.
| Branche1 |
Feuille 1 |
| Branche2 |
Feuille 2 |
Rateau à trois branches[modifier | modifier le code]
Idem ci-dessus pour le décalage
| Branche 1 |
Feuille 1 |
| Branche 2 |
Feuille 2 |
| Branche 3 |
Feuille 3 |
| Branche1 |
Feuille 1 |
| Branche2 |
Feuille 2 |
| Branche3 |
Feuille 3 |
Tests longueur des branches[modifier | modifier le code]
Arbre simple : problème de départ[modifier | modifier le code]
| Racine |
| ||||||||||||
Problème : la feuille 2 n'est pas au même niveau verticalement que les autres feuilles. Et même problème que ci-dessus pour le décalage des feuilles par rapport aux branches.
Correction du décalage des feuilles (mais toujours pas au même niveau verticalement)
| Racine |
| ||||||||||||
Essai avec une branche allongée par un clade à une branche sans label[modifier | modifier le code]
| Racine |
| |||||||||||||||
Problème de décalage des branches (évoqué ci-dessus), et là c'est catastrophique pour la branche 2. Et la feuille 2 n'est pas au même niveau, même si c'est mieux.
Correction du décalage des feuilles (mais toujours pas au même niveau verticalement)
| Racine |
| |||||||||||||||
Correction du décalage des feuilles et deux branches vides pour allonger la branche :
| Racine |
| ||||||||||||||||||
=> encore trop court
Trois branches vides pour allonger la branche :
| Racine |
| |||||||||||||||||||||
=> c'est trop long ! La longueur des branches n'est pas fixe (dépend du texte du label).
Essai avec une branche supplémentaire avec label[modifier | modifier le code]
| Racine |
| |||||||||||||||
Toujours même problème que ci-dessus pour le décalage des feuilles par rapport aux branches. Mais la feuille 2 est au bon niveau verticalement.
Correction du décalage des feuilles :
| Racine |
| |||||||||||||||
=> Ça marche, mais on a un label en trop.
Essai avec une branche supplémentaire avec label caché[modifier | modifier le code]
| Racine |
| |||||||||||||||
Toujours même problème que ci-dessus pour le décalage des feuilles par rapport aux branches.
Correction du décalage des feuilles[modifier | modifier le code]
| Racine |
| |||||||||||||||
=> Ça marche, mais c'est du bidouillage. Y aurait-il moyen de faire mieux ? {{invisible}} est-il le bon moyen ?
En tout cas, cela donne une idée du résultat recherché.
Test feuille[modifier | modifier le code]
| Racine |
| ||||||||||||
=> on peut mettre une feuille sans nom.
| Racine |
| ||||||
Mais pas 2 feuilles…
| Racine |
| |||||||||
Ni une feuille dont la « feuille-sœur » de même niveau est une branche qui se divise.
Zone de travail sur un arbre[modifier | modifier le code]
Les arbres ci-dessous sont tirés de Rhodophyta (classification phylogénétique) pour y être inclus en remplacement des arbres en art ASCII.
Saunders & Hommersand[modifier | modifier le code]
- sous-règne des Rhodoplantae
- embranchement des Cyanidiophyta
- Modèle:Arbre/Branche finaleembranchement des Rhodophyta
- sous-embranchement des Rhodellophytina (vraisemblablement paraphylétique)
- Modèle:Arbre/Branche finaleclasse des Rhodellophyceae
- ordre des « Porphyridiales 1 » (Rhodella)
- ordre des Stylonematales
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Porphyridiales
- Modèle:Arbre/Branche finaleclasse des Rhodellophyceae
- sous-embranchement des Metarhodophytina
- Modèle:Arbre/Branche finalesous-embranchement des Eurhodophytina
- classe des Bangiophyceae
- Modèle:Arbre/Branche finaleclasse des Florideophyceae
- sous-classe des Hildenbrandiophycidae
- sous-classe des Nemaliophycidae
- ordre des Acrochaetiales
- ordre des Balbianiales
- ordre des Balliales
- ordre des Batrachospermales
- famille des Batrachospermaceae
- famille des Lemaneaceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Psilosiphonaceae
- ordre des Colaconematales
- ordre des Corallinales
- famille des Corallinaceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Sporolithaceae
- ordre des Nemaliales
- famille des Galaxauraceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Liagoraceae
- ordre des Palmariales
- famille des Palmariaceae
- famille des Rhodophysemataceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Rhodothamniellaceae
- ordre des Rhodogorgonales
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Thoreales
- sous-classe des Ahnfeltiophycidae
- ordre des Ahnfeltiales
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Pihiellales
- Modèle:Arbre/Branche finalesous-classe des Rhodymeniophycidae
- ordre des Bonnemaisoniales
- famille des Bonnemaisoniaceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Naccariaceae
- ordre des Ceramiales
- famille des Ceramiaceae
- famille des Dasyaceae
- famille des Delesseriaceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Rhodomelaceae
- ordre des Gelidiales
- ordre des Gigartinales
- famille des Acrosymphytaceae
- famille des Acrotylaceae
- famille des Areschougiaceae
- famille des Blinksiaceae
- famille des Calosiphoniaceae
- famille des Caulacanthaceae
- famille des Corynocystaceae
- famille des Cruoriaceae
- famille des Cubiculosporaceae
- famille des Cystocloniaceae
- famille des Dicranemataceae
- famille des Dumontiaceae
- famille des Endocladiaceae
- famille des Furcellariaceae
- famille des Gainiaceae
- famille des Gigartinaceae
- famille des Gloiosiphoniaceae
- famille des Haemeschariaceae
- famille des Kallymeniaceae
- famille des Mychodeaceae
- famille des Mychodeophyllaceae
- famille des Nizymeniaceae
- famille des Petrocelidaceae
- famille des Peyssonneliaceae
- famille des Phacelocarpaceae
- famille des Phyllophoraceae
- famille des Polyideaceae
- famille des Rhizophyllidaceae
- famille des Rissoellaceae
- famille des Schmitziellaceae
- famille des Solieriaceae
- famille des Sphaerococcaceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Tichocarpaceae
- ordre des Gracilariales
- famille des Gracilariaceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Pterocladiophilaceae
- ordre des Halymeniales
- famille des Halymeniaceae
- famille des Sebdeniaceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Tsengiaceae
- ordre des Nematostomatales
- famille des Nematostomataceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Schizymeniaceae
- ordre des Plocamiales
- famille des Plocamiaceae
- famille des Pseudoanemoniaceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Sarcodiaceae
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Rhodymeniales
- famille des Champiaceae
- famille des Faucheaceae
- famille des Lomentariaceae
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Rhodymeniaceae
- ordre des Bonnemaisoniales
- sous-embranchement des Rhodellophytina (vraisemblablement paraphylétique)
Yoon et al.[modifier | modifier le code]
- règne des Eukaryota
- Modèle:Arbre/Branche finaleembranchement des Rhodophyta Wettstein 1901
- sous-embranchement des [Cyanidiophytina]] H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006
- Modèle:Arbre/Branche finaleclasse des Cyanidiophyceae Merola, Castaldo, De Luca, Gambardella, Musacchio et Taddei 1981
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Cyanidiales Christensen 1962
- famille des Cyanidiaceae Geitler 1935
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Galdieriaceae Merola, Castaldo, De Luca, Gambardella, Musacchio et Taddei 1981
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Cyanidiales Christensen 1962
- Modèle:Arbre/Branche finaleclasse des Cyanidiophyceae Merola, Castaldo, De Luca, Gambardella, Musacchio et Taddei 1981
- Modèle:Arbre/Branche finalesous-embranchement des Rhodophytina
- classe des Bangiophyceae Wetstein 1901
- Modèle:Arbre/Branche finale ordre des Bangiales Nägeli 1847
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Bangiaceae Engler 1892
- Modèle:Arbre/Branche finale ordre des Bangiales Nägeli 1847
- classe des Compsopogonophyceae G.W. Saunders et Hommersand 2004
- ordre des Compsopogonales Skuja 1939
- famille des Boldiaceae Herndon 1964
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Compsogonaceae Schmitz in Engler et Prantl 1896
- ordre des Erythropeltidales Garbary, Hansen et Scagel 1980
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Erythrotrychiaceae G.M. Smith 1933
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Rhodochaetales Bessey 1907
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Rhodochaetaceae Schmitz in Engler et Prantl 1896
- ordre des Compsopogonales Skuja 1939
- classe des Florideophyceae Cronquist 1960 (non détaillée dans l'article)
- classe des Porphyridiophyceae H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Porphyridiales Kylin ex Skuja 1939
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Porphyridiaceae Skuja 1939
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Porphyridiales Kylin ex Skuja 1939
- classe des Rhodellophyceae Cavalier-Smith 1998
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Rhodellales H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Rhodellaceae H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Rhodellales H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006
- Modèle:Arbre/Branche finaleclasse des Stylonematophyceae H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Stylonematales Drew 1956
- Modèle:Arbre/Branche finalefamille des Stylonemataceae Drew 1956
- Modèle:Arbre/Branche finaleordre des Stylonematales Drew 1956
- classe des Bangiophyceae Wetstein 1901
- sous-embranchement des [Cyanidiophytina]] H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006
- Modèle:Arbre/Branche finaleembranchement des Rhodophyta Wettstein 1901
Nozaki[modifier | modifier le code]
Source[modifier | modifier le code]
└─o Plantae ├─o Rhodophyta └─o ├─o Glaucophyta └─o ├─o Viridiplantae └─o ├─o Discicristata │ ├─o Heterolobosea │ └─o │ ├─o Kinetoplastida │ └─o Euglenozoa └─o Chromalveolata ├─o Heterokontophyta └─o Alveolata ├─o Apicomplexa └─o Ciliophora
Essai clade[modifier | modifier le code]
Position des Rhodophyta dans l'arbre des Eucaryotes.
souligné : taxon comprenant des organismes photosynthétiques
* : organisme photosynthétique issu d'une endosymbiose primaire,
** : organisme photosynthétique issu d'une endosymbiose secondaire.
| Eukaryota |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
=> problème d'alignement horizontal quand les labels des branches sont sur plusieurs lignes (en particulier la branche « perte du plaste »). => Il faudrait trouver un moyen pour gérer la longueur des branches et faire apparaître tous les taxons terminaux à la même verticale.
Essai de modification de la longueur des branches[modifier | modifier le code]
Position des Rhodophyta dans l'arbre des Eucaryotes.
souligné : taxon comprenant des organismes photosynthétiques
* : organisme photosynthétique issu d'une endosymbiose primaire,
** : organisme photosynthétique issu d'une endosymbiose secondaire.
| Eukaryota |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
=> rendu OK, mais c'est du bidouillage.
Essai cladogramme[modifier | modifier le code]
| Arbre phylogénétique simplifié selon Nozaki et al., 2003 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Position des Rhodophyta dans l'arbre des Eucaryotes.
souligné : taxon comprenant des organismes photosynthétiques
|
=> le décalage des branches est catastrophique avec l'utilisation de {{cladogramme}} : la branche « perte du plaste » arrive en dessous des branches filles.
| Arbre phylogénétique simplifié selon Nozaki et al., 2003 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Position des Rhodophyta dans l'arbre des Eucaryotes.
souligné : taxon comprenant des organismes photosynthétiques
|
=> la longueur des branches bidouillée n'est pas conservée par la mise en boîte.