Étude d'association pangénomique

Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.
Aller à : navigation, rechercher

Une étude d'association pangénomique (Genome Wide Association Study en anglais) est une analyse de nombreuses variations génétiques chez de nombreux individus, afin d'étudier leurs corrélations avec des traits phénotypiques[1].

Ces études se concentrent généralement sur les associations entre les polymorphismes nucléotidiques (SNP) et des phénotypes tels que les maladies humaines majeures.

Par exemple, l'étude d'association pangénomique « CoLaus » (cohorte lausannoise) cherche des associations entre les données médicales et génétiques d'une cohorte de plus de 6 000 personnes[2],[3],[4].

Méthodologie[modifier | modifier le code]

Pour faire une étude d’association pangénomique il faut disposer d'une cohorte, c’est-à-dire des milliers d'individus à partir desquels de l’ADN pourra être collecté. L'approche la plus commune est l’Étude cas-témoins, qui compare deux grands groupes d'individus, un groupe témoin en bonne santé et un groupe de cas affecté par une maladie. Il faut également disposer de marqueurs génétiques, ici des SNPs connus. La première étape est le génotypage des échantillons d'ADN de la cohorte afin de déterminer des variants génétiques. Cela peut être fait par une technologie appelée SNP array. Ensuite, les sujets de la cohorte sont suivis au fil du temps et subissent régulièrement des analyses au niveau des phénotypes important pour l’analyse. Le style de vie des sujets de la cohorte peut aussi être pris en compte pour étudier l’influence des facteurs environnementaux.

Pour chacun de ces SNP, il est étudié si la fréquence de l'allèle est significativement modifiée entre le groupe cas et le groupe témoin. Ceci est calculé grâce à un Odds ratio qui est le rapport de deux cotes, qui sont les chances de maladie pour les individus ayant un allèle spécifique et les chances de maladie pour les individus qui n'ont pas ce même allèle. Lorsque la fréquence de l'allèle dans le groupe cas est beaucoup plus élevée que dans le groupe témoin, le rapport de cotes est supérieur à 1, et vice versa. De plus, une valeur de P pour la significativité du odds-ratio est typiquement calculée en utilisant un Test du χ². Trouver des odds ratios significativement différents de 1 est l'objectif de l'étude d’association pangénomique parce que cela montre qu'un SNP est associé à une maladie.

Résultats[modifier | modifier le code]

Exemple d'un diagramme de Manhattan

On peut représenter les résultats d’une GWAS sur un graphique appelé diagramme de Manhattan. Il s’agit d’un Nuage de points (statistique), avec les coordonnées génomiques affichées le long de l'axe X et le logarithme négatif de la valeur P de l'association pour chaque polymorphisme nucléotidique (SNP) affiché sur l'axe Y. Ainsi chaque point du diagramme de Manhattan représente un SNP. Du fait que les associations les plus fortes ont les plus petites valeurs de P leurs logarithmes négatifs seront les plus grands. Donc lorsque la valeur p est très petite (significative), le point sera très élevé. Étant donné que plusieurs tests sont effectués, il faut ajuster le seuil de significativité avec une Correction de Bonferroni par exemple.

Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. (en) Laura Sanders, « 40 more ‘intelligence’ genes found; Evidence grows for the idea that some of your smarts are in your DNA », sur Science News, (consulté le 26 juin 2017)
  2. Site de l'étude CoLaus (page consultée le 29 décembre 2011).
  3. Philippe Barraud, « Maladies cardio-vasculaires : 6000 Lausannois sous la loupe d'une vaste étude au CHUV », Le Temps, mercredi 10 septembre 2003 (article consulté en ligne le 29 décembre 2011).
  4. Pierre-Yves Frei, « 7000 Romands sous la loupe médicale d’une vaste étude génétique », Le Temps, mardi novembre 2011 (article consulté en ligne le 29 décembre 2011).

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Lien externe[modifier | modifier le code]