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Le département a emprunté son nom à la rivière Cher longue de 365 km et affluent de la Loire. Il s'étend sur 7 235 km2 (15e département par la superficie), fait partie de la région Centre-Val de Loire et est limitrophe des départements de l'Indre, de Loir-et-Cher, du Loiret de cette même région, de la Nièvre en Bourgogne-Franche-Comté, de l'Allier en Auvergne-Rhône-Alpes et de la Creuse en Aquitaine.
Au sud près des premiers contreforts du Massif central, à l'est aux douces collines du Sancerrois bordées par le cours de la Loire, le département s'ouvre à l'ouest sur la Champagne berrichonne et au nord-ouest sur la plaine de Sologne. Son altitude évolue de 89 à 504 m.
Notion historiquement disputée et avec différentes approches, le centre de la France métropolitaine sans tenir compte de la Corse serait situé à Vesdun.